apply jalview code style
[jalview.git] / src / jalview / gui / WsJobParameters.java
index 58c9646..9164cc0 100644 (file)
@@ -1,3 +1,20 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ */
 package jalview.gui;
 
 import java.awt.BorderLayout;
@@ -33,6 +50,7 @@ import java.util.List;
 import java.util.Map;
 import java.util.Vector;
 
+import javax.swing.InputVerifier;
 import javax.swing.JButton;
 import javax.swing.JCheckBox;
 import javax.swing.JComboBox;
@@ -48,6 +66,7 @@ import javax.swing.JPopupMenu;
 import javax.swing.JScrollPane;
 import javax.swing.JSlider;
 import javax.swing.JSplitPane;
+import javax.swing.JTabbedPane;
 import javax.swing.JTable;
 import javax.swing.JTextArea;
 import javax.swing.JTextField;
@@ -105,6 +124,8 @@ import jalview.ws.params.WsParamSetI;
 public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
         ActionListener, DocumentListener
 {
+  URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
+
   private static final String SVC_DEF = "Defaults"; // this is the null
                                                     // parameter set as shown to
                                                     // user
@@ -122,6 +143,10 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
 
   JSplitPane jobPanel = new JSplitPane();
 
+  boolean split = true;
+
+  JTabbedPane tabpanels = new JTabbedPane();
+
   JPanel jobOptions = new JPanel();
 
   JScrollPane jobOptionsPane = new JScrollPane();
@@ -169,8 +194,8 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
    * @param service
    * @param preset
    */
-  public WsJobParameters(JFrame parent, Jws2Instance service, WsParamSetI preset,
-          List<Argument> jobArgset)
+  public WsJobParameters(JFrame parent, Jws2Instance service,
+          WsParamSetI preset, List<Argument> jobArgset)
   {
     this(parent, null, service, preset, jobArgset);
   }
@@ -221,9 +246,25 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
             (int) (deskr.getCenterY() - 250), 480, 500));
     frame.setContentPane(this);
     // should recover defaults from user prefs.
+    // settingsPanel.setDividerLocation(0.4);
+    // jobPanel.setDividerLocation(0.5);
     frame.validate();
-    settingsPanel.setDividerLocation(0.4);
-    jobPanel.setDividerLocation(0.3);
+    if (split)
+    {
+      javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
+      {
+        public void run()
+        {
+          settingsPanel.setDividerLocation(0.5);
+          jobPanel.setDividerLocation(setDescr.getLineCount() > 3 ? 0.35
+                  : 0.16);
+        }
+      });
+    }
+    else
+    {
+      tabpanels.setSelectedComponent(jobOptionsPane);
+    }
     frame.setVisible(true);
 
     if (response > 0)
@@ -233,22 +274,10 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     return false;
   }
 
-  protected JButton makeButton(String label, String tooltip,
-          ActionListener action)
-  {
-    JButton button = new JButton();
-    button.setText(label);
-    button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
-    button.setForeground(Color.black);
-    button.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
-    button.setToolTipText(tooltip);
-    button.addActionListener(action);
-    return button;
-  }
-
   private void jbInit()
   {
-    updatepref = makeButton("Update", "Update the stored user preference",
+    updatepref = JvSwingUtils.makeButton("Update",
+            "Update this existing user parameter set.",
             new ActionListener()
             {
 
@@ -257,7 +286,8 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
                 update_actionPerformed(e);
               }
             });
-    deletepref = makeButton("Delete", "Delete the user preference",
+    deletepref = JvSwingUtils.makeButton("Delete",
+            "Delete the currently selected user parameter set.",
             new ActionListener()
             {
 
@@ -266,7 +296,8 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
                 delete_actionPerformed(e);
               }
             });
-    createpref = makeButton("Create", "Create a new preference",
+    createpref = JvSwingUtils.makeButton("Create",
+            "Create a new parameter set with the current settings.",
             new ActionListener()
             {
 
@@ -275,8 +306,9 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
                 create_actionPerformed(e);
               }
             });
-    revertpref = makeButton("Revert",
-            "Undo all changes to the current set", new ActionListener()
+    revertpref = JvSwingUtils.makeButton("Revert",
+            "Undo all changes to the current parameter set",
+            new ActionListener()
             {
 
               public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -284,26 +316,22 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
                 revert_actionPerformed(e);
               }
             });
-    startjob.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
-    startjob.setText("Start");
-    startjob.setToolTipText("Start Job");
-    startjob.addActionListener(new ActionListener()
-    {
-      public void actionPerformed(ActionEvent e)
-      {
-        startjob_actionPerformed(e);
-      }
-    });
-    canceljob.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
-    canceljob.setText("Cancel");
-    canceljob.setToolTipText("Cancel Job");
-    canceljob.addActionListener(new ActionListener()
-    {
-      public void actionPerformed(ActionEvent e)
-      {
-        canceljob_actionPerformed(e);
-      }
-    });
+    startjob = JvSwingUtils.makeButton("Start Job",
+            "Start Job with current settings.", new ActionListener()
+            {
+              public void actionPerformed(ActionEvent e)
+              {
+                startjob_actionPerformed(e);
+              }
+            });
+    canceljob = JvSwingUtils.makeButton("Cancel Job",
+            "Close this dialog and cancel job.", new ActionListener()
+            {
+              public void actionPerformed(ActionEvent e)
+              {
+                canceljob_actionPerformed(e);
+              }
+            });
 
     setDetails.setBorder(new TitledBorder("Details"));
     setDetails.setLayout(new BorderLayout());
@@ -313,6 +341,7 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     setDescr.setBackground(getBackground());
     setDescr.setEditable(true);
     setDescr.getDocument().addDocumentListener(this);
+    setDescr.setToolTipText("Click to edit the notes for this parameter set.");
     JScrollPane setDescrView = new JScrollPane();
     // setDescrView.setPreferredSize(new Dimension(350, 200));
     setDescrView.getViewport().setView(setDescr);
@@ -322,7 +351,7 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     JPanel setNameInfo = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
     SetNamePanel.setLayout(new GridLayout(2, 1));
     SetNamePanel.setMinimumSize(new Dimension(300, 40));
-    JLabel setNameLabel = new JLabel("Parameter set: ");
+    JLabel setNameLabel = new JLabel("Current parameter set name :");
     setNameLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
     // setNameLabel.setHorizontalAlignment(FlowLayout.LEFT);
     setNameInfo.add(setNameLabel);
@@ -360,15 +389,24 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     jobOptionsPanel.setBorder(new TitledBorder("Options"));
     jobOptionsPane.getViewport().setView(jobOptions);
     jobOptionsPanel.add(jobOptionsPane, BorderLayout.CENTER);
-    settingsPanel.setLeftComponent(jobOptionsPanel);
-    settingsPanel.setRightComponent(jobParameters);
-    settingsPanel.setOrientation(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 
     setLayout(new BorderLayout());
-    // setPreferredSize(new Dimension(400, 600));
-    // setSize(new Dimension(400, 600));
     jobPanel.setLeftComponent(setDetails);
-    jobPanel.setRightComponent(settingsPanel);
+    if (split)
+    {
+      settingsPanel.setLeftComponent(jobOptionsPanel);
+      settingsPanel.setRightComponent(jobParameters);
+      settingsPanel.setOrientation(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
+      jobPanel.setRightComponent(settingsPanel);
+    }
+    else
+    {
+      jobPanel.setRightComponent(tabpanels);
+      jobOptionsPane.setName("Options");
+      tabpanels.add(jobOptionsPane);
+      paramPane.setName("Parameters");
+      tabpanels.add(paramPane);
+    }
     jobPanel.setOrientation(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
     add(SetNamePanel, BorderLayout.NORTH);
     add(jobPanel, BorderLayout.CENTER);
@@ -389,11 +427,7 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     if (isUserPreset)
     {
       String curname = ((String) setName.getSelectedItem()).trim();
-      if (curname.length() > 0 && !curname.equals(lastParmSet))
-      {
-        _deleteUserPreset(lastParmSet);
-      }
-      _storeCurrentPreset(curname);
+      _updatePreset(lastParmSet, curname);
       lastParmSet = curname;
       isUserPreset = true;
       initArgSetModified();
@@ -472,7 +506,8 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     { // instantiate the abstract proxy for Jaba objects
       jobArgset = jabajobArgset == null ? null : JabaParamStore
               .getJwsArgsfromJaba(jabajobArgset);
-      p = jabap; // (jabap != null) ? paramStore.getPreset(jabap.getName()) : null;
+      p = jabap; // (jabap != null) ? paramStore.getPreset(jabap.getName()) :
+                 // null;
     }
     // TODO: Recover window geometry prefs for this service
     // jobPanel.setDividerLocation(proportionalLocation)
@@ -715,7 +750,8 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     boolean stn = settingDialog;
     boolean renamed = false;
     settingDialog = true;
-    String nm = (String) setName.getSelectedItem();
+    String nm = (curSetName != null ? curSetName : (String) setName
+            .getSelectedItem());
     // check if the name is reserved - if it is, rename it.
     if (isServicePreset(nm))
     {
@@ -868,12 +904,20 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
       finfo = parm.getFurtherDetails();
       if (finfo != null)
       {
-        showDesc.setToolTipText("<html><p>Click to show brief description, and right click to open link for further information.</p></html>");
+        showDesc.setToolTipText("<html>"
+                + JvSwingUtils
+                        .wrapTooltip("Click to show brief description<br><img src=\""
+                                + linkImageURL
+                                + "\"/> Right click for further information.")
+                + "</html>");
         showDesc.addMouseListener(this);
       }
       else
       {
-        showDesc.setToolTipText("<html><p>Click to show brief description.</p></html>");
+        showDesc.setToolTipText("<html>"
+                + JvSwingUtils
+                        .wrapTooltip("Click to show brief description.")
+                + "</html>");
       }
       showDesc.addActionListener(new ActionListener()
       {
@@ -1023,15 +1067,19 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
           {
             valueField.setText(valueField.getText().trim());
             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
-            if (validator.getMin()!=null && validator.getMin().intValue()>iVal)
+            if (validator.getMin() != null
+                    && validator.getMin().intValue() > iVal)
             {
               iVal = validator.getMin().intValue();
-              // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for this parameter
+              // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
+              // this parameter
             }
-            if (validator.getMax()!=null && validator.getMax().intValue()<iVal)
+            if (validator.getMax() != null
+                    && validator.getMax().intValue() < iVal)
             {
               iVal = validator.getMax().intValue();
-              // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for this parameter
+              // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
+              // this parameter
             }
           } catch (Exception e)
           {
@@ -1056,15 +1104,19 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
           try
           {
             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
-            if (validator.getMin()!=null && validator.getMin().floatValue()>fVal)
+            if (validator.getMin() != null
+                    && validator.getMin().floatValue() > fVal)
             {
               fVal = validator.getMin().floatValue();
-              // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for this parameter
+              // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
+              // this parameter
             }
-            if (validator.getMax()!=null && validator.getMax().floatValue()<fVal)
+            if (validator.getMax() != null
+                    && validator.getMax().floatValue() < fVal)
             {
               fVal = validator.getMax().floatValue();
-              // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for this parameter
+              // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
+              // this parameter
             }
           } catch (Exception e)
           {
@@ -1152,7 +1204,7 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     {
       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
       {
-        Desktop.showUrl(finfo.toString());
+        showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
       }
     }
 
@@ -1193,8 +1245,6 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
 
     JLabel optlabel = new JLabel();
 
-    URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
-
     final URL finfo;
 
     boolean hasLink = false;
@@ -1215,15 +1265,19 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
       {
         hasLink = true;
         // optlabel.setToolTipText("<html><p>"+opt.getDescription()+"</p><img src=\""+linkImageURL+"\"/></html>");
-        enabled.setToolTipText("<html><p>" + opt.getDescription()
-                + "</p><img src=\"" + linkImageURL + "\"/></html>");
+        enabled.setToolTipText("<html>"
+                + JvSwingUtils.wrapTooltip(opt.getDescription()
+                        + "<br><img src=\"" + linkImageURL + "\"/>")
+                + "</html>");
         // optlabel.addMouseListener(this);
         enabled.addMouseListener(this);
       }
       else
       {
         // optlabel.setToolTipText(opt.getDescription());
-        enabled.setToolTipText(opt.getDescription());
+        enabled.setToolTipText("<html>"
+                + JvSwingUtils.wrapTooltip(opt.getDescription())
+                + "</html>");
       }
       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
@@ -1466,7 +1520,7 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
             }
             {
               System.out.println("Testing opts dupes for "
-                      + lastserv.getHost() + " : "
+                      + lastserv.getUri() + " : "
                       + lastserv.getActionText() + ":" + pr.getName());
               List<Option> rg = lastserv.getRunnerConfig().getOptions();
               for (Option o : rg)
@@ -1550,7 +1604,8 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
                 e.printStackTrace();
               }
             }
-            WsJobParameters pgui = new WsJobParameters(lastserv, new JabaPreset(lastserv, pr));
+            WsJobParameters pgui = new WsJobParameters(lastserv,
+                    new JabaPreset(lastserv, pr));
             JFrame jf = new JFrame("Parameters for "
                     + lastserv.getActionText());
             JPanel cont = new JPanel();
@@ -1750,6 +1805,7 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     {
       isUserPreset = false;
       // Service defaults
+      setDescr.setText("");
       updateTable(null, null);
       lastParmSet = SVC_DEF;
     }
@@ -1768,7 +1824,7 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
   {
     if (e.getSource() == setName && e.getStateChange() == e.SELECTED)
     {
-      String setname = (String) setName.getSelectedItem();
+      final String setname = (String) setName.getSelectedItem();
       System.out.println("Item state changed for " + setname
               + " (handling ? " + !settingDialog + ")");
       if (settingDialog)
@@ -1780,31 +1836,59 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
       {
         return;
       }
-      // user has selected a different item from combo-box
-      if (isModified())
+      javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
       {
-        String lsetname = (curSetName != null) ? curSetName : lastParmSet;
-        if (lsetname.equals(setname))
+        public void run()
         {
-          // setname was just edited - so ignore this event.
-          return;
+          doPreferenceComboStateChange(setname);
         }
-        settingDialog = true;
-        System.out.println("Prompting to save " + lsetname);
-        if (javax.swing.JOptionPane.showConfirmDialog(this,
-                "Parameter set '" + lsetname + "' is modifed\nsave ?",
-                "Save changes ?", javax.swing.JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION) == JOptionPane.OK_OPTION)
-        {
-          System.out.println("Saving for " + lsetname);
-          _storeCurrentPreset(lsetname);
+      });
+    }
+  }
 
-        }
+  private void doPreferenceComboStateChange(String setname)
+  {
+    // user has selected a different item from combo-box
+    if (isModified())
+    {
+      String lsetname = (curSetName != null) ? curSetName : lastParmSet;
+      if (lsetname.equals(setname))
+      {
+        // setname was just edited - so ignore this event.
+        return;
       }
       settingDialog = true;
-      reInitDialog(setname);
-      settingDialog = false;
+      System.out.println("Prompting to save " + lsetname);
+      if (javax.swing.JOptionPane
+              .showConfirmDialog(
+                      this,
+                      "Parameter set '"
+                              + lsetname
+                              + "' is modifed, and your changes will be lost.\nReally change preset ?",
+                      "Warning: Unsaved Changes",
+                      javax.swing.JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION) != JOptionPane.OK_OPTION)
+      {
+        // revert the combobox to the current item
+        settingDialog = true;
+        setName.setSelectedItem(lsetname);
+        settingDialog = false;
+        // and leave.
+        return;
+        // System.out.println("Saving for " + lsetname);
+        // _storeCurrentPreset(lsetname);
 
+      }
     }
+    settingDialog = true;
+    reInitDialog(setname);
+    settingDialog = false;
+
+  }
+
+  private void _renameExistingPreset(String oldName, String curSetName2)
+  {
+    paramStore.updatePreset(oldName, curSetName2, setDescr.getText(),
+            getJobParams());
   }
 
   /**
@@ -1817,6 +1901,13 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
     paramStore.storePreset(curSetName2, setDescr.getText(), getJobParams());
   }
 
+  private void _updatePreset(String lastParmSet2, String curname)
+  {
+    paramStore.updatePreset(lastParmSet2, curname, setDescr.getText(),
+            getJobParams());
+
+  }
+
   /**
    * last saved name for this user preset
    */
@@ -1839,11 +1930,22 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
         String msg = null;
         if (isServicePreset(newname))
         {
-          JOptionPane.showConfirmDialog(this,
-                  "Invalid name - preset already exists.", "Invalid name",
-                  JOptionPane.OK_OPTION);
-          // reset name
-          setName.setSelectedItem(curSetName);
+          final String oldname = curSetName != null ? curSetName
+                  : lastParmSet;
+          final Component ourframe = this;
+          settingDialog = true;
+          setName.getEditor().setItem(oldname);
+          settingDialog = false;
+          javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
+          {
+            public void run()
+            {
+              JOptionPane.showMessageDialog(ourframe,
+                      "Invalid name - preset already exists.",
+                      "Invalid name", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+            }
+          });
+
           return;
         }
         curSetName = newname;
@@ -1907,4 +2009,4 @@ public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
       return paramStore.getPreset(lastParmSet);
     }
   }
-}
\ No newline at end of file
+}