*/
public String formatSequences(FileFormatI format, SequenceI[] seqs)
{
- //
- // try
- // {
boolean withSuffix = getCacheSuffixDefault(format);
- return format.getAlignmentFile().print(seqs, withSuffix);
- // null;
- //
- // if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
- // {
- // afile = new FastaFile();
- // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX",
- // true));
- // }
- // else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
- // {
- // afile = new MSFfile();
- // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache
- // .getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
- // }
- // else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
- // {
- // afile = new PileUpfile();
- // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX",
- // true));
- // }
- // else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
- // {
- // afile = new ClustalFile();
- // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX",
- // true));
- // }
- // else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
- // {
- // afile = new BLCFile();
- // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache
- // .getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
- // }
- // else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
- // {
- // afile = new PIRFile();
- // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache
- // .getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
- // }
- // else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
- // {
- // afile = new PfamFile();
- // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX",
- // true));
- // }
- // /*
- // * amsa is not supported by this function - it requires an alignment
- // * rather than a sequence vector else if
- // (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
- // * { afile = new AMSAFile(); afile.addJVSuffix(
- // * jalview.bin.Cache.getDefault("AMSA_JVSUFFIX", true)); }
- // */
-
-// afile.setSeqs(seqs);
-// String afileresp = afile.print();
-// if (afile.hasWarningMessage())
-// {
-// System.err.println("Warning raised when writing as " + format
-// + " : " + afile.getWarningMessage());
-// }
-// return afileresp;
-// } catch (Exception e)
-// {
-// System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
-// + "' file\n");
-// e.printStackTrace();
-// }
-//
-// return null;
+ return format.getWriter(null).print(seqs, withSuffix);
}
public boolean getCacheSuffixDefault(FileFormatI format)
{
- return Cache.getDefault(format.toString() + "_JVSUFFIX", true);
+ return Cache.getDefault(format.getName() + "_JVSUFFIX", true);
}
public String formatSequences(FileFormatI format, AlignmentI alignment,