modified castor-1.1 library and refactored uk.ac.vamsas
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / AnnotationElement.java
index 2507197..eca3e6a 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*\r
  * This class was automatically generated with \r
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
@@ -11,15 +11,8 @@ package jalview.schemabinding.version2;
  //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
-import java.io.IOException;\r
-import java.io.Reader;\r
-import java.io.Serializable;\r
-import java.io.Writer;\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
 /**\r
  * Class AnnotationElement.\r
@@ -34,7 +27,7 @@ public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
-     * Field _position\r
+     * Field _position.\r
      */\r
     private int _position;\r
 \r
@@ -44,7 +37,7 @@ public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_position;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _colour\r
+     * Field _colour.\r
      */\r
     private int _colour;\r
 \r
@@ -54,22 +47,22 @@ public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_colour;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _displayCharacter\r
+     * Field _displayCharacter.\r
      */\r
     private java.lang.String _displayCharacter;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _description\r
+     * Field _description.\r
      */\r
     private java.lang.String _description;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _secondaryStructure\r
+     * Field _secondaryStructure.\r
      */\r
     private java.lang.String _secondaryStructure;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _value\r
+     * Field _value.\r
      */\r
     private float _value;\r
 \r
@@ -85,7 +78,7 @@ public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
 \r
     public AnnotationElement() {\r
         super();\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement()\r
+    }\r
 \r
 \r
       //-----------/\r
@@ -93,221 +86,204 @@ public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteColour\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteColour()\r
-    {\r
+    public void deleteColour(\r
+    ) {\r
         this._has_colour= false;\r
-    } //-- void deleteColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deletePosition\r
-     * \r
      */\r
-    public void deletePosition()\r
-    {\r
+    public void deletePosition(\r
+    ) {\r
         this._has_position= false;\r
-    } //-- void deletePosition() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteValue\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteValue()\r
-    {\r
+    public void deleteValue(\r
+    ) {\r
         this._has_value= false;\r
-    } //-- void deleteValue() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'colour'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'colour'.\r
+     * @return the value of field 'Colour'.\r
      */\r
-    public int getColour()\r
-    {\r
+    public int getColour(\r
+    ) {\r
         return this._colour;\r
-    } //-- int getColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'description'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'description'.\r
+     * @return the value of field 'Description'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getDescription()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getDescription(\r
+    ) {\r
         return this._description;\r
-    } //-- java.lang.String getDescription() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'displayCharacter'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'displayCharacter'.\r
+     * @return the value of field 'DisplayCharacter'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getDisplayCharacter()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getDisplayCharacter(\r
+    ) {\r
         return this._displayCharacter;\r
-    } //-- java.lang.String getDisplayCharacter() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'position'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'position'.\r
+     * @return the value of field 'Position'.\r
      */\r
-    public int getPosition()\r
-    {\r
+    public int getPosition(\r
+    ) {\r
         return this._position;\r
-    } //-- int getPosition() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'secondaryStructure'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'secondaryStructure'.\r
+     * @return the value of field 'SecondaryStructure'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getSecondaryStructure()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getSecondaryStructure(\r
+    ) {\r
         return this._secondaryStructure;\r
-    } //-- java.lang.String getSecondaryStructure() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'value'.\r
      * \r
-     * @return float\r
-     * @return the value of field 'value'.\r
+     * @return the value of field 'Value'.\r
      */\r
-    public float getValue()\r
-    {\r
+    public float getValue(\r
+    ) {\r
         return this._value;\r
-    } //-- float getValue() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasColour\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method hasColour.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one Colour has been added\r
      */\r
-    public boolean hasColour()\r
-    {\r
+    public boolean hasColour(\r
+    ) {\r
         return this._has_colour;\r
-    } //-- boolean hasColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasPosition\r
+     * Method hasPosition.\r
      * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one Position has been added\r
      */\r
-    public boolean hasPosition()\r
-    {\r
+    public boolean hasPosition(\r
+    ) {\r
         return this._has_position;\r
-    } //-- boolean hasPosition() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasValue\r
-     * \r
+     * Method hasValue.\r
      * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one Value has been added\r
      */\r
-    public boolean hasValue()\r
-    {\r
+    public boolean hasValue(\r
+    ) {\r
         return this._has_value;\r
-    } //-- boolean hasValue() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method isValid\r
-     * \r
+     * Method isValid.\r
      * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
      */\r
-    public boolean isValid()\r
-    {\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
         try {\r
             validate();\r
-        }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param out\r
-     */\r
-    public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param handler\r
-     */\r
-    public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'colour'.\r
      * \r
      * @param colour the value of field 'colour'.\r
      */\r
-    public void setColour(int colour)\r
-    {\r
+    public void setColour(\r
+            final int colour) {\r
         this._colour = colour;\r
         this._has_colour = true;\r
-    } //-- void setColour(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'description'.\r
      * \r
      * @param description the value of field 'description'.\r
      */\r
-    public void setDescription(java.lang.String description)\r
-    {\r
+    public void setDescription(\r
+            final java.lang.String description) {\r
         this._description = description;\r
-    } //-- void setDescription(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'displayCharacter'.\r
      * \r
      * @param displayCharacter the value of field 'displayCharacter'\r
      */\r
-    public void setDisplayCharacter(java.lang.String displayCharacter)\r
-    {\r
+    public void setDisplayCharacter(\r
+            final java.lang.String displayCharacter) {\r
         this._displayCharacter = displayCharacter;\r
-    } //-- void setDisplayCharacter(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'position'.\r
      * \r
      * @param position the value of field 'position'.\r
      */\r
-    public void setPosition(int position)\r
-    {\r
+    public void setPosition(\r
+            final int position) {\r
         this._position = position;\r
         this._has_position = true;\r
-    } //-- void setPosition(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'secondaryStructure'.\r
@@ -315,45 +291,50 @@ public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
      * @param secondaryStructure the value of field\r
      * 'secondaryStructure'.\r
      */\r
-    public void setSecondaryStructure(java.lang.String secondaryStructure)\r
-    {\r
+    public void setSecondaryStructure(\r
+            final java.lang.String secondaryStructure) {\r
         this._secondaryStructure = secondaryStructure;\r
-    } //-- void setSecondaryStructure(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'value'.\r
      * \r
      * @param value the value of field 'value'.\r
      */\r
-    public void setValue(float value)\r
-    {\r
+    public void setValue(\r
+            final float value) {\r
         this._value = value;\r
         this._has_value = true;\r
-    } //-- void setValue(float) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method unmarshal\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method unmarshal.\r
      * \r
      * @param reader\r
-     * @return Object\r
-     */\r
-    public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method validate\r
      * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate() \r
+    }\r
 \r
 }\r