fixes JAL-778 - flag to indicate binding between an alignment panel and Jmol view...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / JGroup.java
index 06eb940..309e704 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*\r
  * This class was automatically generated with \r
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
@@ -11,17 +11,8 @@ package jalview.schemabinding.version2;
  //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
-import java.io.IOException;\r
-import java.io.Reader;\r
-import java.io.Serializable;\r
-import java.io.Writer;\r
-import java.util.Enumeration;\r
-import java.util.Vector;\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
 /**\r
  * Class JGroup.\r
@@ -36,7 +27,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
-     * Field _start\r
+     * Field _start.\r
      */\r
     private int _start;\r
 \r
@@ -46,7 +37,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_start;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _end\r
+     * Field _end.\r
      */\r
     private int _end;\r
 \r
@@ -56,17 +47,17 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_end;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _name\r
+     * Field _name.\r
      */\r
     private java.lang.String _name;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _colour\r
+     * Field _colour.\r
      */\r
     private java.lang.String _colour;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _consThreshold\r
+     * Field _consThreshold.\r
      */\r
     private int _consThreshold;\r
 \r
@@ -76,7 +67,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_consThreshold;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _pidThreshold\r
+     * Field _pidThreshold.\r
      */\r
     private int _pidThreshold;\r
 \r
@@ -86,7 +77,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_pidThreshold;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _outlineColour\r
+     * Field _outlineColour.\r
      */\r
     private int _outlineColour;\r
 \r
@@ -96,7 +87,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_outlineColour;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _displayBoxes\r
+     * Field _displayBoxes.\r
      */\r
     private boolean _displayBoxes;\r
 \r
@@ -106,7 +97,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_displayBoxes;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _displayText\r
+     * Field _displayText.\r
      */\r
     private boolean _displayText;\r
 \r
@@ -116,7 +107,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_displayText;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _colourText\r
+     * Field _colourText.\r
      */\r
     private boolean _colourText;\r
 \r
@@ -126,7 +117,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_colourText;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _textCol1\r
+     * Field _textCol1.\r
      */\r
     private int _textCol1;\r
 \r
@@ -136,7 +127,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_textCol1;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _textCol2\r
+     * Field _textCol2.\r
      */\r
     private int _textCol2;\r
 \r
@@ -146,7 +137,7 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_textCol2;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _textColThreshold\r
+     * Field _textColThreshold.\r
      */\r
     private int _textColThreshold;\r
 \r
@@ -156,7 +147,54 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_textColThreshold;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _seqList\r
+     * Field _showUnconserved.\r
+     */\r
+    private boolean _showUnconserved;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
+     */\r
+    private boolean _has_showUnconserved;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
+     */\r
+    private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
+     */\r
+    private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showConsensusHistogram.\r
+     */\r
+    private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
+     */\r
+    private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showSequenceLogo.\r
+     */\r
+    private boolean _showSequenceLogo = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
+     */\r
+    private boolean _has_showSequenceLogo;\r
+\r
+    /**\r
+     * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this\r
+     * alignment)\r
+     *  \r
+     */\r
+    private java.lang.String _id;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _seqList.\r
      */\r
     private java.util.Vector _seqList;\r
 \r
@@ -167,8 +205,8 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
 \r
     public JGroup() {\r
         super();\r
-        _seqList = new Vector();\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.JGroup()\r
+        this._seqList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
 \r
 \r
       //-----------/\r
@@ -176,734 +214,937 @@ public class JGroup implements java.io.Serializable {
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
-     * Method addSeq\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param vSeq\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-    public void addSeq(int vSeq)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        _seqList.addElement(new java.lang.Integer(vSeq));\r
-    } //-- void addSeq(int) \r
+    public void addSeq(\r
+            final java.lang.String vSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._seqList.addElement(vSeq);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method addSeq\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param index\r
      * @param vSeq\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-    public void addSeq(int index, int vSeq)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        _seqList.insertElementAt(new java.lang.Integer(vSeq), index);\r
-    } //-- void addSeq(int, int) \r
+    public void addSeq(\r
+            final int index,\r
+            final java.lang.String vSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._seqList.add(index, vSeq);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteColourText\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteColourText()\r
-    {\r
+    public void deleteColourText(\r
+    ) {\r
         this._has_colourText= false;\r
-    } //-- void deleteColourText() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteConsThreshold\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteConsThreshold()\r
-    {\r
+    public void deleteConsThreshold(\r
+    ) {\r
         this._has_consThreshold= false;\r
-    } //-- void deleteConsThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteDisplayBoxes\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteDisplayBoxes()\r
-    {\r
+    public void deleteDisplayBoxes(\r
+    ) {\r
         this._has_displayBoxes= false;\r
-    } //-- void deleteDisplayBoxes() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteDisplayText\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteDisplayText()\r
-    {\r
+    public void deleteDisplayText(\r
+    ) {\r
         this._has_displayText= false;\r
-    } //-- void deleteDisplayText() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteEnd\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteEnd()\r
-    {\r
+    public void deleteEnd(\r
+    ) {\r
         this._has_end= false;\r
-    } //-- void deleteEnd() \r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        this._has_ignoreGapsinConsensus= false;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteOutlineColour\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteOutlineColour()\r
-    {\r
+    public void deleteOutlineColour(\r
+    ) {\r
         this._has_outlineColour= false;\r
-    } //-- void deleteOutlineColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deletePidThreshold\r
-     * \r
      */\r
-    public void deletePidThreshold()\r
-    {\r
+    public void deletePidThreshold(\r
+    ) {\r
         this._has_pidThreshold= false;\r
-    } //-- void deletePidThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteStart\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteStart()\r
-    {\r
+    public void deleteShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        this._has_showConsensusHistogram= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        this._has_showSequenceLogo= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        this._has_showUnconserved= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteStart(\r
+    ) {\r
         this._has_start= false;\r
-    } //-- void deleteStart() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteTextCol1\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteTextCol1()\r
-    {\r
+    public void deleteTextCol1(\r
+    ) {\r
         this._has_textCol1= false;\r
-    } //-- void deleteTextCol1() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteTextCol2\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteTextCol2()\r
-    {\r
+    public void deleteTextCol2(\r
+    ) {\r
         this._has_textCol2= false;\r
-    } //-- void deleteTextCol2() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteTextColThreshold\r
-     * \r
      */\r
-    public void deleteTextColThreshold()\r
-    {\r
+    public void deleteTextColThreshold(\r
+    ) {\r
         this._has_textColThreshold= false;\r
-    } //-- void deleteTextColThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method enumerateSeq\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method enumerateSeq.\r
      * \r
-     * @return Enumeration\r
+     * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateSeq()\r
-    {\r
-        return _seqList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateSeq() \r
+    public java.util.Enumeration enumerateSeq(\r
+    ) {\r
+        return this._seqList.elements();\r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'colour'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'colour'.\r
+     * @return the value of field 'Colour'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getColour()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getColour(\r
+    ) {\r
         return this._colour;\r
-    } //-- java.lang.String getColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'colourText'.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'colourText'.\r
+     * @return the value of field 'ColourText'.\r
      */\r
-    public boolean getColourText()\r
-    {\r
+    public boolean getColourText(\r
+    ) {\r
         return this._colourText;\r
-    } //-- boolean getColourText() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'consThreshold'.\r
+     * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
      */\r
-    public int getConsThreshold()\r
-    {\r
+    public int getConsThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._consThreshold;\r
-    } //-- int getConsThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'displayBoxes'.\r
+     * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
      */\r
-    public boolean getDisplayBoxes()\r
-    {\r
+    public boolean getDisplayBoxes(\r
+    ) {\r
         return this._displayBoxes;\r
-    } //-- boolean getDisplayBoxes() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'displayText'.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'displayText'.\r
+     * @return the value of field 'DisplayText'.\r
      */\r
-    public boolean getDisplayText()\r
-    {\r
+    public boolean getDisplayText(\r
+    ) {\r
         return this._displayText;\r
-    } //-- boolean getDisplayText() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'end'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'end'.\r
+     * @return the value of field 'End'.\r
      */\r
-    public int getEnd()\r
-    {\r
+    public int getEnd(\r
+    ) {\r
         return this._end;\r
-    } //-- int getEnd() \r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
+     * following description: Optional sequence group ID (only\r
+     * needs to be unique for this alignment)\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public boolean getIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'name'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'name'.\r
+     * @return the value of field 'Name'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getName()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getName(\r
+    ) {\r
         return this._name;\r
-    } //-- java.lang.String getName() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'outlineColour'.\r
+     * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
      */\r
-    public int getOutlineColour()\r
-    {\r
+    public int getOutlineColour(\r
+    ) {\r
         return this._outlineColour;\r
-    } //-- int getOutlineColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
+     * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
      */\r
-    public int getPidThreshold()\r
-    {\r
+    public int getPidThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._pidThreshold;\r
-    } //-- int getPidThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method getSeq\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method getSeq.\r
      * \r
      * @param index\r
-     * @return int\r
-     */\r
-    public int getSeq(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        //-- check bounds for index\r
-        if ((index < 0) || (index > _seqList.size())) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSeq(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
         }\r
         \r
-        return ((java.lang.Integer)_seqList.elementAt(index)).intValue();\r
-    } //-- int getSeq(int) \r
+        return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method getSeq\r
-     * \r
+     * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an\r
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
      * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public java.lang.String[] getSeq(\r
+    ) {\r
+        java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
+        return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSeqCount.\r
      * \r
-     * @return int\r
+     * @return the size of this collection\r
      */\r
-    public int[] getSeq()\r
-    {\r
-        int size = _seqList.size();\r
-        int[] mArray = new int[size];\r
-        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
-            mArray[index] = ((java.lang.Integer)_seqList.elementAt(index)).intValue();\r
-        }\r
-        return mArray;\r
-    } //-- int[] getSeq() \r
+    public int getSeqCount(\r
+    ) {\r
+        return this._seqList.size();\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method getSeqCount\r
+     * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
      * \r
+     * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._showConsensusHistogram;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
      * \r
+     * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._showSequenceLogo;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
      * \r
-     * @return int\r
+     * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
      */\r
-    public int getSeqCount()\r
-    {\r
-        return _seqList.size();\r
-    } //-- int getSeqCount() \r
+    public boolean getShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._showUnconserved;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'start'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'start'.\r
+     * @return the value of field 'Start'.\r
      */\r
-    public int getStart()\r
-    {\r
+    public int getStart(\r
+    ) {\r
         return this._start;\r
-    } //-- int getStart() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'textCol1'.\r
+     * @return the value of field 'TextCol1'.\r
      */\r
-    public int getTextCol1()\r
-    {\r
+    public int getTextCol1(\r
+    ) {\r
         return this._textCol1;\r
-    } //-- int getTextCol1() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'textCol2'.\r
+     * @return the value of field 'TextCol2'.\r
      */\r
-    public int getTextCol2()\r
-    {\r
+    public int getTextCol2(\r
+    ) {\r
         return this._textCol2;\r
-    } //-- int getTextCol2() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
      * \r
-     * @return int\r
-     * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
      */\r
-    public int getTextColThreshold()\r
-    {\r
+    public int getTextColThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._textColThreshold;\r
-    } //-- int getTextColThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasColourText\r
-     * \r
+     * Method hasColourText.\r
      * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one ColourText has been added\r
      */\r
-    public boolean hasColourText()\r
-    {\r
+    public boolean hasColourText(\r
+    ) {\r
         return this._has_colourText;\r
-    } //-- boolean hasColourText() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasConsThreshold\r
-     * \r
+     * Method hasConsThreshold.\r
      * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
      */\r
-    public boolean hasConsThreshold()\r
-    {\r
+    public boolean hasConsThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._has_consThreshold;\r
-    } //-- boolean hasConsThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasDisplayBoxes\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method hasDisplayBoxes.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
      */\r
-    public boolean hasDisplayBoxes()\r
-    {\r
+    public boolean hasDisplayBoxes(\r
+    ) {\r
         return this._has_displayBoxes;\r
-    } //-- boolean hasDisplayBoxes() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasDisplayText\r
+     * Method hasDisplayText.\r
      * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one DisplayText has been added\r
      */\r
-    public boolean hasDisplayText()\r
-    {\r
+    public boolean hasDisplayText(\r
+    ) {\r
         return this._has_displayText;\r
-    } //-- boolean hasDisplayText() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasEnd\r
-     * \r
+     * Method hasEnd.\r
      * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one End has been added\r
      */\r
-    public boolean hasEnd()\r
-    {\r
+    public boolean hasEnd(\r
+    ) {\r
         return this._has_end;\r
-    } //-- boolean hasEnd() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasOutlineColour\r
-     * \r
+     * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
      * \r
+     * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasOutlineColour.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
      */\r
-    public boolean hasOutlineColour()\r
-    {\r
+    public boolean hasOutlineColour(\r
+    ) {\r
         return this._has_outlineColour;\r
-    } //-- boolean hasOutlineColour() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasPidThreshold\r
+     * Method hasPidThreshold.\r
      * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
      */\r
-    public boolean hasPidThreshold()\r
-    {\r
+    public boolean hasPidThreshold(\r
+    ) {\r
         return this._has_pidThreshold;\r
-    } //-- boolean hasPidThreshold() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasStart\r
-     * \r
+     * Method hasShowConsensusHistogram.\r
      * \r
+     * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showConsensusHistogram;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowSequenceLogo.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
      */\r
-    public boolean hasStart()\r
-    {\r
-        return this._has_start;\r
-    } //-- boolean hasStart() \r
+    public boolean hasShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showSequenceLogo;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasTextCol1\r
+     * Method hasShowUnconserved.\r
      * \r
+     * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showUnconserved;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStart.\r
      * \r
+     * @return true if at least one Start has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasStart(\r
+    ) {\r
+        return this._has_start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextCol1.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
      */\r
-    public boolean hasTextCol1()\r
-    {\r
+    public boolean hasTextCol1(\r
+    ) {\r
         return this._has_textCol1;\r
-    } //-- boolean hasTextCol1() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasTextCol2\r
+     * Method hasTextCol2.\r
      * \r
+     * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasTextCol2(\r
+    ) {\r
+        return this._has_textCol2;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextColThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasTextColThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_textColThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourText'.\r
      * \r
+     * @return the value of field 'ColourText'.\r
+     */\r
+    public boolean isColourText(\r
+    ) {\r
+        return this._colourText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
      */\r
-    public boolean hasTextCol2()\r
-    {\r
-        return this._has_textCol2;\r
-    } //-- boolean hasTextCol2() \r
+    public boolean isDisplayBoxes(\r
+    ) {\r
+        return this._displayBoxes;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method hasTextColThreshold\r
+     * Returns the value of field 'displayText'.\r
      * \r
+     * @return the value of field 'DisplayText'.\r
+     */\r
+    public boolean isDisplayText(\r
+    ) {\r
+        return this._displayText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
      * \r
+     * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public boolean isIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
      */\r
-    public boolean hasTextColThreshold()\r
-    {\r
-        return this._has_textColThreshold;\r
-    } //-- boolean hasTextColThreshold() \r
+    public boolean isShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._showConsensusHistogram;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method isValid\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
      * \r
+     * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._showSequenceLogo;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
      * \r
+     * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._showUnconserved;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
      * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
      */\r
-    public boolean isValid()\r
-    {\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
         try {\r
             validate();\r
-        }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param out\r
-     */\r
-    public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param handler\r
-     */\r
-    public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method removeAllSeq\r
-     * \r
      */\r
-    public void removeAllSeq()\r
-    {\r
-        _seqList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllSeq() \r
+    public void removeAllSeq(\r
+    ) {\r
+        this._seqList.clear();\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method removeSeq\r
-     * \r
+     * Method removeSeq.\r
      * \r
+     * @param vSeq\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeSeq(\r
+            final java.lang.String vSeq) {\r
+        boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSeqAt.\r
      * \r
      * @param index\r
-     * @return int\r
+     * @return the element removed from the collection\r
      */\r
-    public int removeSeq(int index)\r
-    {\r
-        java.lang.Object obj = _seqList.elementAt(index);\r
-        _seqList.removeElementAt(index);\r
-        return ((java.lang.Integer)obj).intValue();\r
-    } //-- int removeSeq(int) \r
+    public java.lang.String removeSeqAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
+        return (java.lang.String) obj;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'colour'.\r
      * \r
      * @param colour the value of field 'colour'.\r
      */\r
-    public void setColour(java.lang.String colour)\r
-    {\r
+    public void setColour(\r
+            final java.lang.String colour) {\r
         this._colour = colour;\r
-    } //-- void setColour(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'colourText'.\r
      * \r
      * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
      */\r
-    public void setColourText(boolean colourText)\r
-    {\r
+    public void setColourText(\r
+            final boolean colourText) {\r
         this._colourText = colourText;\r
         this._has_colourText = true;\r
-    } //-- void setColourText(boolean) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
      * \r
      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
      */\r
-    public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
-    {\r
+    public void setConsThreshold(\r
+            final int consThreshold) {\r
         this._consThreshold = consThreshold;\r
         this._has_consThreshold = true;\r
-    } //-- void setConsThreshold(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
      * \r
      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
      */\r
-    public void setDisplayBoxes(boolean displayBoxes)\r
-    {\r
+    public void setDisplayBoxes(\r
+            final boolean displayBoxes) {\r
         this._displayBoxes = displayBoxes;\r
         this._has_displayBoxes = true;\r
-    } //-- void setDisplayBoxes(boolean) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'displayText'.\r
      * \r
      * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
      */\r
-    public void setDisplayText(boolean displayText)\r
-    {\r
+    public void setDisplayText(\r
+            final boolean displayText) {\r
         this._displayText = displayText;\r
         this._has_displayText = true;\r
-    } //-- void setDisplayText(boolean) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'end'.\r
      * \r
      * @param end the value of field 'end'.\r
      */\r
-    public void setEnd(int end)\r
-    {\r
+    public void setEnd(\r
+            final int end) {\r
         this._end = end;\r
         this._has_end = true;\r
-    } //-- void setEnd(int) \r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
+     * following description: Optional sequence group ID (only\r
+     * needs to be unique for this alignment)\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     * \r
+     * @param ignoreGapsinConsensus the value of field\r
+     * 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public void setIgnoreGapsinConsensus(\r
+            final boolean ignoreGapsinConsensus) {\r
+        this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
+        this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'name'.\r
      * \r
      * @param name the value of field 'name'.\r
      */\r
-    public void setName(java.lang.String name)\r
-    {\r
+    public void setName(\r
+            final java.lang.String name) {\r
         this._name = name;\r
-    } //-- void setName(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
      * \r
      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
      */\r
-    public void setOutlineColour(int outlineColour)\r
-    {\r
+    public void setOutlineColour(\r
+            final int outlineColour) {\r
         this._outlineColour = outlineColour;\r
         this._has_outlineColour = true;\r
-    } //-- void setOutlineColour(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
      * \r
      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
      */\r
-    public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
-    {\r
+    public void setPidThreshold(\r
+            final int pidThreshold) {\r
         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
         this._has_pidThreshold = true;\r
-    } //-- void setPidThreshold(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method setSeq\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param index\r
      * @param vSeq\r
-     */\r
-    public void setSeq(int index, int vSeq)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        //-- check bounds for index\r
-        if ((index < 0) || (index > _seqList.size())) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setSeq(\r
+            final int index,\r
+            final java.lang.String vSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
         }\r
-        _seqList.setElementAt(new java.lang.Integer(vSeq), index);\r
-    } //-- void setSeq(int, int) \r
+        \r
+        this._seqList.set(index, vSeq);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method setSeq\r
-     * \r
      * \r
      * \r
-     * @param seqArray\r
+     * @param vSeqArray\r
      */\r
-    public void setSeq(int[] seqArray)\r
-    {\r
+    public void setSeq(\r
+            final java.lang.String[] vSeqArray) {\r
         //-- copy array\r
-        _seqList.removeAllElements();\r
-        for (int i = 0; i < seqArray.length; i++) {\r
-            _seqList.addElement(new java.lang.Integer(seqArray[i]));\r
+        _seqList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {\r
+                this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setSeq(int) \r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
+     * \r
+     * @param showConsensusHistogram the value of field\r
+     * 'showConsensusHistogram'.\r
+     */\r
+    public void setShowConsensusHistogram(\r
+            final boolean showConsensusHistogram) {\r
+        this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
+        this._has_showConsensusHistogram = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
+     * \r
+     * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'\r
+     */\r
+    public void setShowSequenceLogo(\r
+            final boolean showSequenceLogo) {\r
+        this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
+        this._has_showSequenceLogo = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
+     * \r
+     * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
+     */\r
+    public void setShowUnconserved(\r
+            final boolean showUnconserved) {\r
+        this._showUnconserved = showUnconserved;\r
+        this._has_showUnconserved = true;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'start'.\r
      * \r
      * @param start the value of field 'start'.\r
      */\r
-    public void setStart(int start)\r
-    {\r
+    public void setStart(\r
+            final int start) {\r
         this._start = start;\r
         this._has_start = true;\r
-    } //-- void setStart(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
      * \r
      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
      */\r
-    public void setTextCol1(int textCol1)\r
-    {\r
+    public void setTextCol1(\r
+            final int textCol1) {\r
         this._textCol1 = textCol1;\r
         this._has_textCol1 = true;\r
-    } //-- void setTextCol1(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
      * \r
      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
      */\r
-    public void setTextCol2(int textCol2)\r
-    {\r
+    public void setTextCol2(\r
+            final int textCol2) {\r
         this._textCol2 = textCol2;\r
         this._has_textCol2 = true;\r
-    } //-- void setTextCol2(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
      * \r
      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
      */\r
-    public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
-    {\r
+    public void setTextColThreshold(\r
+            final int textColThreshold) {\r
         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
         this._has_textColThreshold = true;\r
-    } //-- void setTextColThreshold(int) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method unmarshal\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method unmarshal.\r
      * \r
      * @param reader\r
-     * @return Object\r
-     */\r
-    public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method validate\r
      * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate() \r
+    }\r
 \r
 }\r