selection sending and receiving, autoscrolling to highlighted position
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / JalviewUserColours.java
index 5b4fb76..7c059da 100755 (executable)
 /*\r
- * This class was automatically generated with\r
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
 \r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
-\r
-import java.util.*;\r
 \r
-import org.exolab.castor.xml.*;\r
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
 \r
 /**\r
  * Class JalviewUserColours.\r
- *\r
+ * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JalviewUserColours\r
-    implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  //--------------------------/\r
-  //- Class/Member Variables -/\r
-  //--------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _schemeName\r
-   */\r
-  private java.lang.String _schemeName;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colourList\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _colourList;\r
-\r
-  //----------------/\r
-  //- Constructors -/\r
-  //----------------/\r
-\r
-  public JalviewUserColours()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _colourList = new Vector();\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours()\r
-\r
-  //-----------/\r
-  //- Methods -/\r
-  //-----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method addColour\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param vColour\r
-   */\r
-  public void addColour(jalview.schemabinding.version2.Colour vColour)\r
-      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    _colourList.addElement(vColour);\r
-  } //-- void addColour(jalview.schemabinding.version2.Colour)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method addColour\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param index\r
-   * @param vColour\r
-   */\r
-  public void addColour(int index,\r
-                        jalview.schemabinding.version2.Colour vColour)\r
-      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    _colourList.insertElementAt(vColour, index);\r
-  } //-- void addColour(int, jalview.schemabinding.version2.Colour)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateColour\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return Enumeration\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateColour()\r
-  {\r
-    return _colourList.elements();\r
-  } //-- java.util.Enumeration enumerateColour()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getColour\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param index\r
-   * @return Colour\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Colour getColour(int index)\r
-      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    //-- check bounds for index\r
-    if ( (index < 0) || (index > _colourList.size()))\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _schemeName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _schemeName;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colourList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _colourList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JalviewUserColours() {\r
+        super();\r
+        this._colourList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addColour(\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._colourList.addElement(vColour);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addColour(\r
+            final int index,\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._colourList.add(index, vColour);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateColour.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all Colour elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateColour(\r
+    ) {\r
+        return this._colourList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getColour.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the Colour at the given index\r
+     */\r
+    public Colour getColour(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._colourList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getColour: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._colourList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (Colour) _colourList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getColour.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public Colour[] getColour(\r
+    ) {\r
+        Colour[] array = new Colour[0];\r
+        return (Colour[]) this._colourList.toArray(array);\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Colour) _colourList.elementAt(index);\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.Colour getColour(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getColour\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return Colour\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Colour[] getColour()\r
-  {\r
-    int size = _colourList.size();\r
-    jalview.schemabinding.version2.Colour[] mArray = new jalview.schemabinding.\r
-        version2.Colour[size];\r
-    for (int index = 0; index < size; index++)\r
-    {\r
-      mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.Colour) _colourList.\r
-          elementAt(index);\r
+    /**\r
+     * Method getColourCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getColourCount(\r
+    ) {\r
+        return this._colourList.size();\r
     }\r
-    return mArray;\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.Colour[] getColour()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getColourCount\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   */\r
-  public int getColourCount()\r
-  {\r
-    return _colourList.size();\r
-  } //-- int getColourCount()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'schemeName'.\r
-   *\r
-   * @return String\r
-   * @return the value of field 'schemeName'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSchemeName()\r
-  {\r
-    return this._schemeName;\r
-  } //-- java.lang.String getSchemeName()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'schemeName'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'SchemeName'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSchemeName(\r
+    ) {\r
+        return this._schemeName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllColour(\r
+    ) {\r
+        this._colourList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeColour.\r
+     * \r
+     * @param vColour\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeColour(\r
+            final Colour vColour) {\r
+        boolean removed = _colourList.remove(vColour);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeColourAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public Colour removeColourAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._colourList.remove(index);\r
+        return (Colour) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final int index,\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._colourList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setColour: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._colourList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._colourList.set(index, vColour);\r
     }\r
-    catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vColourArray\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final Colour[] vColourArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _colourList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vColourArray.length; i++) {\r
+                this._colourList.add(vColourArray[i]);\r
+        }\r
     }\r
-    return true;\r
-  } //-- boolean isValid()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method marshal\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param out\r
-   */\r
-  public void marshal(java.io.Writer out)\r
-      throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method marshal\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param handler\r
-   */\r
-  public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-      throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAllColour\r
-   *\r
-   */\r
-  public void removeAllColour()\r
-  {\r
-    _colourList.removeAllElements();\r
-  } //-- void removeAllColour()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeColour\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param index\r
-   * @return Colour\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Colour removeColour(int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = _colourList.elementAt(index);\r
-    _colourList.removeElementAt(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Colour) obj;\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.Colour removeColour(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method setColour\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param index\r
-   * @param vColour\r
-   */\r
-  public void setColour(int index,\r
-                        jalview.schemabinding.version2.Colour vColour)\r
-      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    //-- check bounds for index\r
-    if ( (index < 0) || (index > _colourList.size()))\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'schemeName'.\r
+     * \r
+     * @param schemeName the value of field 'schemeName'.\r
+     */\r
+    public void setSchemeName(\r
+            final java.lang.String schemeName) {\r
+        this._schemeName = schemeName;\r
     }\r
-    _colourList.setElementAt(vColour, index);\r
-  } //-- void setColour(int, jalview.schemabinding.version2.Colour)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method setColour\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param colourArray\r
-   */\r
-  public void setColour(jalview.schemabinding.version2.Colour[] colourArray)\r
-  {\r
-    //-- copy array\r
-    _colourList.removeAllElements();\r
-    for (int i = 0; i < colourArray.length; i++)\r
-    {\r
-      _colourList.addElement(colourArray[i]);\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-  } //-- void setColour(jalview.schemabinding.version2.Colour)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'schemeName'.\r
-   *\r
-   * @param schemeName the value of field 'schemeName'.\r
-   */\r
-  public void setSchemeName(java.lang.String schemeName)\r
-  {\r
-    this._schemeName = schemeName;\r
-  } //-- void setSchemeName(java.lang.String)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param reader\r
-   * @return Object\r
-   */\r
-  public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-      throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) Unmarshaller.\r
-        unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours.class,\r
-                  reader);\r
-  } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method validate\r
-   *\r
-   */\r
-  public void validate()\r
-      throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
-        Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  } //-- void validate()\r
 \r
 }\r