added showUnconserved property to group and view attributes
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / JalviewUserColours.java
index 7963596..7c059da 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*\r
  * This class was automatically generated with \r
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
@@ -11,17 +11,8 @@ package jalview.schemabinding.version2;
  //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
-import java.io.IOException;\r
-import java.io.Reader;\r
-import java.io.Serializable;\r
-import java.io.Writer;\r
-import java.util.Enumeration;\r
-import java.util.Vector;\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
 /**\r
  * Class JalviewUserColours.\r
@@ -36,12 +27,12 @@ public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable {
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
-     * Field _schemeName\r
+     * Field _schemeName.\r
      */\r
     private java.lang.String _schemeName;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _colourList\r
+     * Field _colourList.\r
      */\r
     private java.util.Vector _colourList;\r
 \r
@@ -52,8 +43,8 @@ public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable {
 \r
     public JalviewUserColours() {\r
         super();\r
-        _colourList = new Vector();\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours()\r
+        this._colourList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
 \r
 \r
       //-----------/\r
@@ -61,240 +52,248 @@ public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable {
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
-     * Method addColour\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-    public void addColour(jalview.schemabinding.version2.Colour vColour)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        _colourList.addElement(vColour);\r
-    } //-- void addColour(jalview.schemabinding.version2.Colour) \r
+    public void addColour(\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._colourList.addElement(vColour);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method addColour\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param index\r
      * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-    public void addColour(int index, jalview.schemabinding.version2.Colour vColour)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        _colourList.insertElementAt(vColour, index);\r
-    } //-- void addColour(int, jalview.schemabinding.version2.Colour) \r
+    public void addColour(\r
+            final int index,\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._colourList.add(index, vColour);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method enumerateColour\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method enumerateColour.\r
      * \r
-     * @return Enumeration\r
+     * @return an Enumeration over all Colour elements\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateColour()\r
-    {\r
-        return _colourList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateColour() \r
+    public java.util.Enumeration enumerateColour(\r
+    ) {\r
+        return this._colourList.elements();\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method getColour\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method getColour.\r
      * \r
      * @param index\r
-     * @return Colour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the Colour at the given index\r
      */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Colour getColour(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        //-- check bounds for index\r
-        if ((index < 0) || (index > _colourList.size())) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+    public Colour getColour(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._colourList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getColour: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._colourList.size() - 1) + "]");\r
         }\r
         \r
-        return (jalview.schemabinding.version2.Colour) _colourList.elementAt(index);\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.Colour getColour(int) \r
+        return (Colour) _colourList.get(index);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method getColour\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method getColour.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
      * \r
-     * @return Colour\r
+     * @return this collection as an Array\r
      */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Colour[] getColour()\r
-    {\r
-        int size = _colourList.size();\r
-        jalview.schemabinding.version2.Colour[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.Colour[size];\r
-        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
-            mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.Colour) _colourList.elementAt(index);\r
-        }\r
-        return mArray;\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.Colour[] getColour() \r
+    public Colour[] getColour(\r
+    ) {\r
+        Colour[] array = new Colour[0];\r
+        return (Colour[]) this._colourList.toArray(array);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method getColourCount\r
-     * \r
+     * Method getColourCount.\r
      * \r
-     * \r
-     * @return int\r
+     * @return the size of this collection\r
      */\r
-    public int getColourCount()\r
-    {\r
-        return _colourList.size();\r
-    } //-- int getColourCount() \r
+    public int getColourCount(\r
+    ) {\r
+        return this._colourList.size();\r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'schemeName'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'schemeName'.\r
+     * @return the value of field 'SchemeName'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getSchemeName()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getSchemeName(\r
+    ) {\r
         return this._schemeName;\r
-    } //-- java.lang.String getSchemeName() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method isValid\r
-     * \r
+     * Method isValid.\r
      * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
      */\r
-    public boolean isValid()\r
-    {\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
         try {\r
             validate();\r
-        }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-    public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
      */\r
-    public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method removeAllColour\r
-     * \r
      */\r
-    public void removeAllColour()\r
-    {\r
-        _colourList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllColour() \r
+    public void removeAllColour(\r
+    ) {\r
+        this._colourList.clear();\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method removeColour\r
-     * \r
+     * Method removeColour.\r
      * \r
+     * @param vColour\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeColour(\r
+            final Colour vColour) {\r
+        boolean removed = _colourList.remove(vColour);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeColourAt.\r
      * \r
      * @param index\r
-     * @return Colour\r
+     * @return the element removed from the collection\r
      */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.Colour removeColour(int index)\r
-    {\r
-        java.lang.Object obj = _colourList.elementAt(index);\r
-        _colourList.removeElementAt(index);\r
-        return (jalview.schemabinding.version2.Colour) obj;\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.Colour removeColour(int) \r
+    public Colour removeColourAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._colourList.remove(index);\r
+        return (Colour) obj;\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method setColour\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param index\r
      * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-    public void setColour(int index, jalview.schemabinding.version2.Colour vColour)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        //-- check bounds for index\r
-        if ((index < 0) || (index > _colourList.size())) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+    public void setColour(\r
+            final int index,\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._colourList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setColour: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._colourList.size() - 1) + "]");\r
         }\r
-        _colourList.setElementAt(vColour, index);\r
-    } //-- void setColour(int, jalview.schemabinding.version2.Colour) \r
+        \r
+        this._colourList.set(index, vColour);\r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method setColour\r
      * \r
      * \r
-     * \r
-     * @param colourArray\r
+     * @param vColourArray\r
      */\r
-    public void setColour(jalview.schemabinding.version2.Colour[] colourArray)\r
-    {\r
+    public void setColour(\r
+            final Colour[] vColourArray) {\r
         //-- copy array\r
-        _colourList.removeAllElements();\r
-        for (int i = 0; i < colourArray.length; i++) {\r
-            _colourList.addElement(colourArray[i]);\r
+        _colourList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vColourArray.length; i++) {\r
+                this._colourList.add(vColourArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setColour(jalview.schemabinding.version2.Colour) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'schemeName'.\r
      * \r
      * @param schemeName the value of field 'schemeName'.\r
      */\r
-    public void setSchemeName(java.lang.String schemeName)\r
-    {\r
+    public void setSchemeName(\r
+            final java.lang.String schemeName) {\r
         this._schemeName = schemeName;\r
-    } //-- void setSchemeName(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method unmarshal\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method unmarshal.\r
      * \r
      * @param reader\r
-     * @return Object\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours\r
      */\r
-    public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         return (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method validate\r
      * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate() \r
+    }\r
 \r
 }\r