git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
set description for groups
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Viewport.java
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
index 24adba5..6dfb14f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
@@ -96,6 +96,16 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_showFullId;\r
 \r
     /**\r
+     * Field _rightAlignIds\r
+     */\r
+    private boolean _rightAlignIds;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
+     */\r
+    private boolean _has_rightAlignIds;\r
+\r
+    /**\r
      * Field _showText\r
      */\r
     private boolean _showText;\r
@@ -166,36 +176,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_showAnnotation;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _showConservation\r
-     */\r
-    private boolean _showConservation;\r
-\r
-    /**\r
-     * keeps track of state for field: _showConservation\r
-     */\r
-    private boolean _has_showConservation;\r
-\r
-    /**\r
-     * Field _showQuality\r
-     */\r
-    private boolean _showQuality;\r
-\r
-    /**\r
-     * keeps track of state for field: _showQuality\r
-     */\r
-    private boolean _has_showQuality;\r
-\r
-    /**\r
-     * Field _showIdentity\r
-     */\r
-    private boolean _showIdentity;\r
-\r
-    /**\r
-     * keeps track of state for field: _showIdentity\r
-     */\r
-    private boolean _has_showIdentity;\r
-\r
-    /**\r
      * Field _xpos\r
      */\r
     private int _xpos;\r
@@ -301,6 +281,36 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_gatheredViews;\r
 \r
     /**\r
+     * Field _textCol1\r
+     */\r
+    private int _textCol1;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol1\r
+     */\r
+    private boolean _has_textCol1;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textCol2\r
+     */\r
+    private int _textCol2;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol2\r
+     */\r
+    private boolean _has_textCol2;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textColThreshold\r
+     */\r
+    private int _textColThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_textColThreshold;\r
+\r
+    /**\r
      * Field _annotationColours\r
      */\r
     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
@@ -434,6 +444,15 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteRenderGaps() \r
 \r
     /**\r
+     * Method deleteRightAlignIds\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteRightAlignIds()\r
+    {\r
+        this._has_rightAlignIds= false;\r
+    } //-- void deleteRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
      * Method deleteShowAnnotation\r
      * \r
      */\r
@@ -461,15 +480,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteShowColourText() \r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteShowConservation\r
-     * \r
-     */\r
-    public void deleteShowConservation()\r
-    {\r
-        this._has_showConservation= false;\r
-    } //-- void deleteShowConservation() \r
-\r
-    /**\r
      * Method deleteShowFullId\r
      * \r
      */\r
@@ -479,24 +489,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteShowFullId() \r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteShowIdentity\r
-     * \r
-     */\r
-    public void deleteShowIdentity()\r
-    {\r
-        this._has_showIdentity= false;\r
-    } //-- void deleteShowIdentity() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method deleteShowQuality\r
-     * \r
-     */\r
-    public void deleteShowQuality()\r
-    {\r
-        this._has_showQuality= false;\r
-    } //-- void deleteShowQuality() \r
-\r
-    /**\r
      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
      * \r
      */\r
@@ -533,6 +525,33 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteStartSeq() \r
 \r
     /**\r
+     * Method deleteTextCol1\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextCol1()\r
+    {\r
+        this._has_textCol1= false;\r
+    } //-- void deleteTextCol1() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteTextCol2\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextCol2()\r
+    {\r
+        this._has_textCol2= false;\r
+    } //-- void deleteTextCol2() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteTextColThreshold\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextColThreshold()\r
+    {\r
+        this._has_textColThreshold= false;\r
+    } //-- void deleteTextColThreshold() \r
+\r
+    /**\r
      * Method deleteWidth\r
      * \r
      */\r
@@ -761,6 +780,17 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean getRenderGaps() \r
 \r
     /**\r
+     * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public boolean getRightAlignIds()\r
+    {\r
+        return this._rightAlignIds;\r
+    } //-- boolean getRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
      * \r
      * @return String\r
@@ -805,17 +835,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean getShowColourText() \r
 \r
     /**\r
-     * Returns the value of field 'showConservation'.\r
-     * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'showConservation'.\r
-     */\r
-    public boolean getShowConservation()\r
-    {\r
-        return this._showConservation;\r
-    } //-- boolean getShowConservation() \r
-\r
-    /**\r
      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
      * \r
      * @return boolean\r
@@ -827,28 +846,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean getShowFullId() \r
 \r
     /**\r
-     * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
-     * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'showIdentity'.\r
-     */\r
-    public boolean getShowIdentity()\r
-    {\r
-        return this._showIdentity;\r
-    } //-- boolean getShowIdentity() \r
-\r
-    /**\r
-     * Returns the value of field 'showQuality'.\r
-     * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'showQuality'.\r
-     */\r
-    public boolean getShowQuality()\r
-    {\r
-        return this._showQuality;\r
-    } //-- boolean getShowQuality() \r
-\r
-    /**\r
      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
      * \r
      * @return boolean\r
@@ -893,6 +890,39 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- int getStartSeq() \r
 \r
     /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textCol1'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol1()\r
+    {\r
+        return this._textCol1;\r
+    } //-- int getTextCol1() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textCol2'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol2()\r
+    {\r
+        return this._textCol2;\r
+    } //-- int getTextCol2() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getTextColThreshold()\r
+    {\r
+        return this._textColThreshold;\r
+    } //-- int getTextColThreshold() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'title'.\r
      * \r
      * @return String\r
@@ -1067,6 +1097,18 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
 \r
     /**\r
+     * Method hasRightAlignIds\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasRightAlignIds()\r
+    {\r
+        return this._has_rightAlignIds;\r
+    } //-- boolean hasRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
      * Method hasShowAnnotation\r
      * \r
      * \r
@@ -1103,100 +1145,100 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean hasShowColourText() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowConservation\r
+     * Method hasShowFullId\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowConservation()\r
+    public boolean hasShowFullId()\r
     {\r
-        return this._has_showConservation;\r
-    } //-- boolean hasShowConservation() \r
+        return this._has_showFullId;\r
+    } //-- boolean hasShowFullId() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowFullId\r
+     * Method hasShowSequenceFeatures\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowFullId()\r
+    public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
     {\r
-        return this._has_showFullId;\r
-    } //-- boolean hasShowFullId() \r
+        return this._has_showSequenceFeatures;\r
+    } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowIdentity\r
+     * Method hasShowText\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowIdentity()\r
+    public boolean hasShowText()\r
     {\r
-        return this._has_showIdentity;\r
-    } //-- boolean hasShowIdentity() \r
+        return this._has_showText;\r
+    } //-- boolean hasShowText() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowQuality\r
+     * Method hasStartRes\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowQuality()\r
+    public boolean hasStartRes()\r
     {\r
-        return this._has_showQuality;\r
-    } //-- boolean hasShowQuality() \r
+        return this._has_startRes;\r
+    } //-- boolean hasStartRes() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowSequenceFeatures\r
+     * Method hasStartSeq\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
+    public boolean hasStartSeq()\r
     {\r
-        return this._has_showSequenceFeatures;\r
-    } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
+        return this._has_startSeq;\r
+    } //-- boolean hasStartSeq() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowText\r
+     * Method hasTextCol1\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowText()\r
+    public boolean hasTextCol1()\r
     {\r
-        return this._has_showText;\r
-    } //-- boolean hasShowText() \r
+        return this._has_textCol1;\r
+    } //-- boolean hasTextCol1() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasStartRes\r
+     * Method hasTextCol2\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasStartRes()\r
+    public boolean hasTextCol2()\r
     {\r
-        return this._has_startRes;\r
-    } //-- boolean hasStartRes() \r
+        return this._has_textCol2;\r
+    } //-- boolean hasTextCol2() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasStartSeq\r
+     * Method hasTextColThreshold\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasStartSeq()\r
+    public boolean hasTextColThreshold()\r
     {\r
-        return this._has_startSeq;\r
-    } //-- boolean hasStartSeq() \r
+        return this._has_textColThreshold;\r
+    } //-- boolean hasTextColThreshold() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasWidth\r
@@ -1482,6 +1524,17 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
 \r
     /**\r
+     * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)\r
+    {\r
+        this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
+        this._has_rightAlignIds = true;\r
+    } //-- void setRightAlignIds(boolean) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
      * \r
      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
@@ -1525,17 +1578,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
 \r
     /**\r
-     * Sets the value of field 'showConservation'.\r
-     * \r
-     * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
-     */\r
-    public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
-    {\r
-        this._showConservation = showConservation;\r
-        this._has_showConservation = true;\r
-    } //-- void setShowConservation(boolean) \r
-\r
-    /**\r
      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
      * \r
      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
@@ -1547,28 +1589,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
 \r
     /**\r
-     * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
-     * \r
-     * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
-     */\r
-    public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
-    {\r
-        this._showIdentity = showIdentity;\r
-        this._has_showIdentity = true;\r
-    } //-- void setShowIdentity(boolean) \r
-\r
-    /**\r
-     * Sets the value of field 'showQuality'.\r
-     * \r
-     * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
-     */\r
-    public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
-    {\r
-        this._showQuality = showQuality;\r
-        this._has_showQuality = true;\r
-    } //-- void setShowQuality(boolean) \r
-\r
-    /**\r
      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
      * \r
      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
@@ -1614,6 +1634,39 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setStartSeq(int) \r
 \r
     /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol1(int textCol1)\r
+    {\r
+        this._textCol1 = textCol1;\r
+        this._has_textCol1 = true;\r
+    } //-- void setTextCol1(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol2(int textCol2)\r
+    {\r
+        this._textCol2 = textCol2;\r
+        this._has_textCol2 = true;\r
+    } //-- void setTextCol2(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
+     */\r
+    public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
+    {\r
+        this._textColThreshold = textColThreshold;\r
+        this._has_textColThreshold = true;\r
+    } //-- void setTextColThreshold(int) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'title'.\r
      * \r
      * @param title the value of field 'title'.\r