git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
set description for groups
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Viewport.java
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
index 4e6747e..6dfb14f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
@@ -15,6 +15,8 @@ import java.io.IOException;
 import java.io.Reader;\r
 import java.io.Serializable;\r
 import java.io.Writer;\r
+import java.util.Enumeration;\r
+import java.util.Vector;\r
 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
@@ -94,6 +96,16 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_showFullId;\r
 \r
     /**\r
+     * Field _rightAlignIds\r
+     */\r
+    private boolean _rightAlignIds;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
+     */\r
+    private boolean _has_rightAlignIds;\r
+\r
+    /**\r
      * Field _showText\r
      */\r
     private boolean _showText;\r
@@ -164,36 +176,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     private boolean _has_showAnnotation;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _showConservation\r
-     */\r
-    private boolean _showConservation;\r
-\r
-    /**\r
-     * keeps track of state for field: _showConservation\r
-     */\r
-    private boolean _has_showConservation;\r
-\r
-    /**\r
-     * Field _showQuality\r
-     */\r
-    private boolean _showQuality;\r
-\r
-    /**\r
-     * keeps track of state for field: _showQuality\r
-     */\r
-    private boolean _has_showQuality;\r
-\r
-    /**\r
-     * Field _showIdentity\r
-     */\r
-    private boolean _showIdentity;\r
-\r
-    /**\r
-     * keeps track of state for field: _showIdentity\r
-     */\r
-    private boolean _has_showIdentity;\r
-\r
-    /**\r
      * Field _xpos\r
      */\r
     private int _xpos;\r
@@ -278,6 +260,66 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
      */\r
     private boolean _has_fontStyle;\r
 \r
+    /**\r
+     * Field _viewName\r
+     */\r
+    private java.lang.String _viewName;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _sequenceSetId\r
+     */\r
+    private java.lang.String _sequenceSetId;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _gatheredViews\r
+     */\r
+    private boolean _gatheredViews;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
+     */\r
+    private boolean _has_gatheredViews;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textCol1\r
+     */\r
+    private int _textCol1;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol1\r
+     */\r
+    private boolean _has_textCol1;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textCol2\r
+     */\r
+    private int _textCol2;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol2\r
+     */\r
+    private boolean _has_textCol2;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textColThreshold\r
+     */\r
+    private int _textColThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_textColThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _annotationColours\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _hiddenColumnsList\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
+\r
 \r
       //----------------/\r
      //- Constructors -/\r
@@ -285,6 +327,7 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
 \r
     public Viewport() {\r
         super();\r
+        _hiddenColumnsList = new Vector();\r
     } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
 \r
 \r
@@ -293,6 +336,33 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
+     * Method addHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     */\r
+    public void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
+    } //-- void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method addHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     */\r
+    public void addHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _hiddenColumnsList.insertElementAt(vHiddenColumns, index);\r
+    } //-- void addHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
+\r
+    /**\r
      * Method deleteConsThreshold\r
      * \r
      */\r
@@ -329,6 +399,15 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteFontStyle() \r
 \r
     /**\r
+     * Method deleteGatheredViews\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteGatheredViews()\r
+    {\r
+        this._has_gatheredViews= false;\r
+    } //-- void deleteGatheredViews() \r
+\r
+    /**\r
      * Method deleteHeight\r
      * \r
      */\r
@@ -365,6 +444,15 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteRenderGaps() \r
 \r
     /**\r
+     * Method deleteRightAlignIds\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteRightAlignIds()\r
+    {\r
+        this._has_rightAlignIds= false;\r
+    } //-- void deleteRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
      * Method deleteShowAnnotation\r
      * \r
      */\r
@@ -392,15 +480,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteShowColourText() \r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteShowConservation\r
-     * \r
-     */\r
-    public void deleteShowConservation()\r
-    {\r
-        this._has_showConservation= false;\r
-    } //-- void deleteShowConservation() \r
-\r
-    /**\r
      * Method deleteShowFullId\r
      * \r
      */\r
@@ -410,24 +489,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteShowFullId() \r
 \r
     /**\r
-     * Method deleteShowIdentity\r
-     * \r
-     */\r
-    public void deleteShowIdentity()\r
-    {\r
-        this._has_showIdentity= false;\r
-    } //-- void deleteShowIdentity() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method deleteShowQuality\r
-     * \r
-     */\r
-    public void deleteShowQuality()\r
-    {\r
-        this._has_showQuality= false;\r
-    } //-- void deleteShowQuality() \r
-\r
-    /**\r
      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
      * \r
      */\r
@@ -464,6 +525,33 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteStartSeq() \r
 \r
     /**\r
+     * Method deleteTextCol1\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextCol1()\r
+    {\r
+        this._has_textCol1= false;\r
+    } //-- void deleteTextCol1() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteTextCol2\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextCol2()\r
+    {\r
+        this._has_textCol2= false;\r
+    } //-- void deleteTextCol2() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteTextColThreshold\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextColThreshold()\r
+    {\r
+        this._has_textColThreshold= false;\r
+    } //-- void deleteTextColThreshold() \r
+\r
+    /**\r
      * Method deleteWidth\r
      * \r
      */\r
@@ -500,6 +588,29 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteYpos() \r
 \r
     /**\r
+     * Method enumerateHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return Enumeration\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
+    {\r
+        return _hiddenColumnsList.elements();\r
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
+     * \r
+     * @return AnnotationColours\r
+     * @return the value of field 'annotationColours'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
+    {\r
+        return this._annotationColours;\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
      * \r
      * @return String\r
@@ -566,6 +677,17 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- int getFontStyle() \r
 \r
     /**\r
+     * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'gatheredViews'.\r
+     */\r
+    public boolean getGatheredViews()\r
+    {\r
+        return this._gatheredViews;\r
+    } //-- boolean getGatheredViews() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'height'.\r
      * \r
      * @return int\r
@@ -577,6 +699,54 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- int getHeight() \r
 \r
     /**\r
+     * Method getHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return HiddenColumns\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int index)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return HiddenColumns\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
+    {\r
+        int size = _hiddenColumnsList.size();\r
+        jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[size];\r
+        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
+            mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
+        }\r
+        return mArray;\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenColumnsCount\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return int\r
+     */\r
+    public int getHiddenColumnsCount()\r
+    {\r
+        return _hiddenColumnsList.size();\r
+    } //-- int getHiddenColumnsCount() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
      * \r
      * @return boolean\r
@@ -610,6 +780,28 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean getRenderGaps() \r
 \r
     /**\r
+     * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public boolean getRightAlignIds()\r
+    {\r
+        return this._rightAlignIds;\r
+    } //-- boolean getRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     * \r
+     * @return String\r
+     * @return the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSequenceSetId()\r
+    {\r
+        return this._sequenceSetId;\r
+    } //-- java.lang.String getSequenceSetId() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
      * \r
      * @return boolean\r
@@ -643,17 +835,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean getShowColourText() \r
 \r
     /**\r
-     * Returns the value of field 'showConservation'.\r
-     * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'showConservation'.\r
-     */\r
-    public boolean getShowConservation()\r
-    {\r
-        return this._showConservation;\r
-    } //-- boolean getShowConservation() \r
-\r
-    /**\r
      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
      * \r
      * @return boolean\r
@@ -665,28 +846,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean getShowFullId() \r
 \r
     /**\r
-     * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
-     * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'showIdentity'.\r
-     */\r
-    public boolean getShowIdentity()\r
-    {\r
-        return this._showIdentity;\r
-    } //-- boolean getShowIdentity() \r
-\r
-    /**\r
-     * Returns the value of field 'showQuality'.\r
-     * \r
-     * @return boolean\r
-     * @return the value of field 'showQuality'.\r
-     */\r
-    public boolean getShowQuality()\r
-    {\r
-        return this._showQuality;\r
-    } //-- boolean getShowQuality() \r
-\r
-    /**\r
      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
      * \r
      * @return boolean\r
@@ -731,6 +890,39 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- int getStartSeq() \r
 \r
     /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textCol1'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol1()\r
+    {\r
+        return this._textCol1;\r
+    } //-- int getTextCol1() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textCol2'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol2()\r
+    {\r
+        return this._textCol2;\r
+    } //-- int getTextCol2() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getTextColThreshold()\r
+    {\r
+        return this._textColThreshold;\r
+    } //-- int getTextColThreshold() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'title'.\r
      * \r
      * @return String\r
@@ -742,6 +934,17 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- java.lang.String getTitle() \r
 \r
     /**\r
+     * Returns the value of field 'viewName'.\r
+     * \r
+     * @return String\r
+     * @return the value of field 'viewName'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getViewName()\r
+    {\r
+        return this._viewName;\r
+    } //-- java.lang.String getViewName() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'width'.\r
      * \r
      * @return int\r
@@ -834,6 +1037,18 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean hasFontStyle() \r
 \r
     /**\r
+     * Method hasGatheredViews\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasGatheredViews()\r
+    {\r
+        return this._has_gatheredViews;\r
+    } //-- boolean hasGatheredViews() \r
+\r
+    /**\r
      * Method hasHeight\r
      * \r
      * \r
@@ -882,6 +1097,18 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
 \r
     /**\r
+     * Method hasRightAlignIds\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasRightAlignIds()\r
+    {\r
+        return this._has_rightAlignIds;\r
+    } //-- boolean hasRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
      * Method hasShowAnnotation\r
      * \r
      * \r
@@ -918,100 +1145,100 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- boolean hasShowColourText() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowConservation\r
+     * Method hasShowFullId\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowConservation()\r
+    public boolean hasShowFullId()\r
     {\r
-        return this._has_showConservation;\r
-    } //-- boolean hasShowConservation() \r
+        return this._has_showFullId;\r
+    } //-- boolean hasShowFullId() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowFullId\r
+     * Method hasShowSequenceFeatures\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowFullId()\r
+    public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
     {\r
-        return this._has_showFullId;\r
-    } //-- boolean hasShowFullId() \r
+        return this._has_showSequenceFeatures;\r
+    } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowIdentity\r
+     * Method hasShowText\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowIdentity()\r
+    public boolean hasShowText()\r
     {\r
-        return this._has_showIdentity;\r
-    } //-- boolean hasShowIdentity() \r
+        return this._has_showText;\r
+    } //-- boolean hasShowText() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowQuality\r
+     * Method hasStartRes\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowQuality()\r
+    public boolean hasStartRes()\r
     {\r
-        return this._has_showQuality;\r
-    } //-- boolean hasShowQuality() \r
+        return this._has_startRes;\r
+    } //-- boolean hasStartRes() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowSequenceFeatures\r
+     * Method hasStartSeq\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
+    public boolean hasStartSeq()\r
     {\r
-        return this._has_showSequenceFeatures;\r
-    } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
+        return this._has_startSeq;\r
+    } //-- boolean hasStartSeq() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasShowText\r
+     * Method hasTextCol1\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasShowText()\r
+    public boolean hasTextCol1()\r
     {\r
-        return this._has_showText;\r
-    } //-- boolean hasShowText() \r
+        return this._has_textCol1;\r
+    } //-- boolean hasTextCol1() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasStartRes\r
+     * Method hasTextCol2\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasStartRes()\r
+    public boolean hasTextCol2()\r
     {\r
-        return this._has_startRes;\r
-    } //-- boolean hasStartRes() \r
+        return this._has_textCol2;\r
+    } //-- boolean hasTextCol2() \r
 \r
     /**\r
-     * Method hasStartSeq\r
+     * Method hasTextColThreshold\r
      * \r
      * \r
      * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasStartSeq()\r
+    public boolean hasTextColThreshold()\r
     {\r
-        return this._has_startSeq;\r
-    } //-- boolean hasStartSeq() \r
+        return this._has_textColThreshold;\r
+    } //-- boolean hasTextColThreshold() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasWidth\r
@@ -1108,6 +1335,41 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 \r
     /**\r
+     * Method removeAllHiddenColumns\r
+     * \r
+     */\r
+    public void removeAllHiddenColumns()\r
+    {\r
+        _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
+    } //-- void removeAllHiddenColumns() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return HiddenColumns\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int index)\r
+    {\r
+        java.lang.Object obj = _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
+        _hiddenColumnsList.removeElementAt(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
+     * \r
+     * @param annotationColours the value of field\r
+     * 'annotationColours'.\r
+     */\r
+    public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
+    {\r
+        this._annotationColours = annotationColours;\r
+    } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
      * \r
      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
@@ -1173,6 +1435,17 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setFontStyle(int) \r
 \r
     /**\r
+     * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
+     * \r
+     * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
+     */\r
+    public void setGatheredViews(boolean gatheredViews)\r
+    {\r
+        this._gatheredViews = gatheredViews;\r
+        this._has_gatheredViews = true;\r
+    } //-- void setGatheredViews(boolean) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'height'.\r
      * \r
      * @param height the value of field 'height'.\r
@@ -1184,6 +1457,40 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setHeight(int) \r
 \r
     /**\r
+     * Method setHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     */\r
+    public void setHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        _hiddenColumnsList.setElementAt(vHiddenColumns, index);\r
+    } //-- void setHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method setHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param hiddenColumnsArray\r
+     */\r
+    public void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] hiddenColumnsArray)\r
+    {\r
+        //-- copy array\r
+        _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
+        for (int i = 0; i < hiddenColumnsArray.length; i++) {\r
+            _hiddenColumnsList.addElement(hiddenColumnsArray[i]);\r
+        }\r
+    } //-- void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
      * \r
      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
@@ -1217,6 +1524,27 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
 \r
     /**\r
+     * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)\r
+    {\r
+        this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
+        this._has_rightAlignIds = true;\r
+    } //-- void setRightAlignIds(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     * \r
+     * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     */\r
+    public void setSequenceSetId(java.lang.String sequenceSetId)\r
+    {\r
+        this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
+    } //-- void setSequenceSetId(java.lang.String) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
      * \r
      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
@@ -1250,17 +1578,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
 \r
     /**\r
-     * Sets the value of field 'showConservation'.\r
-     * \r
-     * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
-     */\r
-    public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
-    {\r
-        this._showConservation = showConservation;\r
-        this._has_showConservation = true;\r
-    } //-- void setShowConservation(boolean) \r
-\r
-    /**\r
      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
      * \r
      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
@@ -1272,28 +1589,6 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
 \r
     /**\r
-     * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
-     * \r
-     * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
-     */\r
-    public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
-    {\r
-        this._showIdentity = showIdentity;\r
-        this._has_showIdentity = true;\r
-    } //-- void setShowIdentity(boolean) \r
-\r
-    /**\r
-     * Sets the value of field 'showQuality'.\r
-     * \r
-     * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
-     */\r
-    public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
-    {\r
-        this._showQuality = showQuality;\r
-        this._has_showQuality = true;\r
-    } //-- void setShowQuality(boolean) \r
-\r
-    /**\r
      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
      * \r
      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
@@ -1339,6 +1634,39 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setStartSeq(int) \r
 \r
     /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol1(int textCol1)\r
+    {\r
+        this._textCol1 = textCol1;\r
+        this._has_textCol1 = true;\r
+    } //-- void setTextCol1(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol2(int textCol2)\r
+    {\r
+        this._textCol2 = textCol2;\r
+        this._has_textCol2 = true;\r
+    } //-- void setTextCol2(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
+     */\r
+    public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
+    {\r
+        this._textColThreshold = textColThreshold;\r
+        this._has_textColThreshold = true;\r
+    } //-- void setTextColThreshold(int) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'title'.\r
      * \r
      * @param title the value of field 'title'.\r
@@ -1349,6 +1677,16 @@ public class Viewport implements java.io.Serializable {
     } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
 \r
     /**\r
+     * Sets the value of field 'viewName'.\r
+     * \r
+     * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
+     */\r
+    public void setViewName(java.lang.String viewName)\r
+    {\r
+        this._viewName = viewName;\r
+    } //-- void setViewName(java.lang.String) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'width'.\r
      * \r
      * @param width the value of field 'width'.\r