Saves Jmol status
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Viewport.java
index 978ab5c..6dfb14f 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with\r
+ * This class was automatically generated with \r
  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
 \r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
-\r
-import java.util.*;\r
 \r
-import org.exolab.castor.xml.*;\r
+import java.io.IOException;\r
+import java.io.Reader;\r
+import java.io.Serializable;\r
+import java.io.Writer;\r
+import java.util.Enumeration;\r
+import java.util.Vector;\r
+import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
+import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
 /**\r
  * Class Viewport.\r
- *\r
+ * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Viewport\r
-    implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  //--------------------------/\r
-  //- Class/Member Variables -/\r
-  //--------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _conservationSelected\r
-   */\r
-  private boolean _conservationSelected;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
-   */\r
-  private boolean _has_conservationSelected;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pidSelected\r
-   */\r
-  private boolean _pidSelected;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _pidSelected\r
-   */\r
-  private boolean _has_pidSelected;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _bgColour\r
-   */\r
-  private java.lang.String _bgColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _consThreshold\r
-   */\r
-  private int _consThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _consThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_consThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pidThreshold\r
-   */\r
-  private int _pidThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_pidThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _title\r
-   */\r
-  private java.lang.String _title;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showFullId\r
-   */\r
-  private boolean _showFullId;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showFullId\r
-   */\r
-  private boolean _has_showFullId;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _rightAlignIds\r
-   */\r
-  private boolean _rightAlignIds;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
-   */\r
-  private boolean _has_rightAlignIds;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showText\r
-   */\r
-  private boolean _showText;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showText\r
-   */\r
-  private boolean _has_showText;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showColourText\r
-   */\r
-  private boolean _showColourText;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showColourText\r
-   */\r
-  private boolean _has_showColourText;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showBoxes\r
-   */\r
-  private boolean _showBoxes;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showBoxes\r
-   */\r
-  private boolean _has_showBoxes;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _wrapAlignment\r
-   */\r
-  private boolean _wrapAlignment;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
-   */\r
-  private boolean _has_wrapAlignment;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _renderGaps\r
-   */\r
-  private boolean _renderGaps;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _renderGaps\r
-   */\r
-  private boolean _has_renderGaps;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showSequenceFeatures\r
-   */\r
-  private boolean _showSequenceFeatures;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
-   */\r
-  private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showAnnotation\r
-   */\r
-  private boolean _showAnnotation;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
-   */\r
-  private boolean _has_showAnnotation;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xpos\r
-   */\r
-  private int _xpos;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _xpos\r
-   */\r
-  private boolean _has_xpos;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _ypos\r
-   */\r
-  private int _ypos;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _ypos\r
-   */\r
-  private boolean _has_ypos;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _width\r
-   */\r
-  private int _width;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _width\r
-   */\r
-  private boolean _has_width;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _height\r
-   */\r
-  private int _height;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _height\r
-   */\r
-  private boolean _has_height;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _startRes\r
-   */\r
-  private int _startRes;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _startRes\r
-   */\r
-  private boolean _has_startRes;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _startSeq\r
-   */\r
-  private int _startSeq;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _startSeq\r
-   */\r
-  private boolean _has_startSeq;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontName\r
-   */\r
-  private java.lang.String _fontName;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontSize\r
-   */\r
-  private int _fontSize;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _fontSize\r
-   */\r
-  private boolean _has_fontSize;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontStyle\r
-   */\r
-  private int _fontStyle;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _fontStyle\r
-   */\r
-  private boolean _has_fontStyle;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _viewName\r
-   */\r
-  private java.lang.String _viewName;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _sequenceSetId\r
-   */\r
-  private java.lang.String _sequenceSetId;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _gatheredViews\r
-   */\r
-  private boolean _gatheredViews;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
-   */\r
-  private boolean _has_gatheredViews;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textCol1\r
-   */\r
-  private int _textCol1;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textCol1\r
-   */\r
-  private boolean _has_textCol1;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textCol2\r
-   */\r
-  private int _textCol2;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textCol2\r
-   */\r
-  private boolean _has_textCol2;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textColThreshold\r
-   */\r
-  private int _textColThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_textColThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _annotationColours\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _hiddenColumnsList\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
-\r
-  //----------------/\r
-  //- Constructors -/\r
-  //----------------/\r
-\r
-  public Viewport()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _hiddenColumnsList = new Vector();\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
-\r
-  //-----------/\r
-  //- Methods -/\r
-  //-----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method addHiddenColumns\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param vHiddenColumns\r
-   */\r
-  public void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns\r
-                               vHiddenColumns)\r
-      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    _hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
-  } //-- void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method addHiddenColumns\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param index\r
-   * @param vHiddenColumns\r
-   */\r
-  public void addHiddenColumns(int index,\r
-                               jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns\r
-                               vHiddenColumns)\r
-      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    _hiddenColumnsList.insertElementAt(vHiddenColumns, index);\r
-  } //-- void addHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteConsThreshold\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteConsThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_consThreshold = false;\r
-  } //-- void deleteConsThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteConservationSelected\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteConservationSelected()\r
-  {\r
-    this._has_conservationSelected = false;\r
-  } //-- void deleteConservationSelected()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteFontSize\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteFontSize()\r
-  {\r
-    this._has_fontSize = false;\r
-  } //-- void deleteFontSize()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteFontStyle\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteFontStyle()\r
-  {\r
-    this._has_fontStyle = false;\r
-  } //-- void deleteFontStyle()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteGatheredViews\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteGatheredViews()\r
-  {\r
-    this._has_gatheredViews = false;\r
-  } //-- void deleteGatheredViews()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteHeight\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteHeight()\r
-  {\r
-    this._has_height = false;\r
-  } //-- void deleteHeight()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deletePidSelected\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deletePidSelected()\r
-  {\r
-    this._has_pidSelected = false;\r
-  } //-- void deletePidSelected()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deletePidThreshold\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deletePidThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_pidThreshold = false;\r
-  } //-- void deletePidThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteRenderGaps\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteRenderGaps()\r
-  {\r
-    this._has_renderGaps = false;\r
-  } //-- void deleteRenderGaps()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteRightAlignIds\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteRightAlignIds()\r
-  {\r
-    this._has_rightAlignIds = false;\r
-  } //-- void deleteRightAlignIds()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteShowAnnotation\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteShowAnnotation()\r
-  {\r
-    this._has_showAnnotation = false;\r
-  } //-- void deleteShowAnnotation()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteShowBoxes\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteShowBoxes()\r
-  {\r
-    this._has_showBoxes = false;\r
-  } //-- void deleteShowBoxes()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteShowColourText\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteShowColourText()\r
-  {\r
-    this._has_showColourText = false;\r
-  } //-- void deleteShowColourText()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteShowFullId\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteShowFullId()\r
-  {\r
-    this._has_showFullId = false;\r
-  } //-- void deleteShowFullId()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteShowSequenceFeatures\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteShowSequenceFeatures()\r
-  {\r
-    this._has_showSequenceFeatures = false;\r
-  } //-- void deleteShowSequenceFeatures()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteShowText\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteShowText()\r
-  {\r
-    this._has_showText = false;\r
-  } //-- void deleteShowText()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteStartRes\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteStartRes()\r
-  {\r
-    this._has_startRes = false;\r
-  } //-- void deleteStartRes()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteStartSeq\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteStartSeq()\r
-  {\r
-    this._has_startSeq = false;\r
-  } //-- void deleteStartSeq()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteTextCol1\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteTextCol1()\r
-  {\r
-    this._has_textCol1 = false;\r
-  } //-- void deleteTextCol1()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteTextCol2\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteTextCol2()\r
-  {\r
-    this._has_textCol2 = false;\r
-  } //-- void deleteTextCol2()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteTextColThreshold\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteTextColThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_textColThreshold = false;\r
-  } //-- void deleteTextColThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteWidth\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteWidth()\r
-  {\r
-    this._has_width = false;\r
-  } //-- void deleteWidth()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteWrapAlignment\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteWrapAlignment()\r
-  {\r
-    this._has_wrapAlignment = false;\r
-  } //-- void deleteWrapAlignment()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteXpos\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteXpos()\r
-  {\r
-    this._has_xpos = false;\r
-  } //-- void deleteXpos()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method deleteYpos\r
-   *\r
-   */\r
-  public void deleteYpos()\r
-  {\r
-    this._has_ypos = false;\r
-  } //-- void deleteYpos()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateHiddenColumns\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return Enumeration\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
-  {\r
-    return _hiddenColumnsList.elements();\r
-  } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
-   *\r
-   * @return AnnotationColours\r
-   * @return the value of field 'annotationColours'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
-  {\r
-    return this._annotationColours;\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'bgColour'.\r
-   *\r
-   * @return String\r
-   * @return the value of field 'bgColour'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getBgColour()\r
-  {\r
-    return this._bgColour;\r
-  } //-- java.lang.String getBgColour()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'consThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getConsThreshold()\r
-  {\r
-    return this._consThreshold;\r
-  } //-- int getConsThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
-   */\r
-  public boolean getConservationSelected()\r
-  {\r
-    return this._conservationSelected;\r
-  } //-- boolean getConservationSelected()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontName'.\r
-   *\r
-   * @return String\r
-   * @return the value of field 'fontName'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getFontName()\r
-  {\r
-    return this._fontName;\r
-  } //-- java.lang.String getFontName()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontSize'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'fontSize'.\r
-   */\r
-  public int getFontSize()\r
-  {\r
-    return this._fontSize;\r
-  } //-- int getFontSize()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'fontStyle'.\r
-   */\r
-  public int getFontStyle()\r
-  {\r
-    return this._fontStyle;\r
-  } //-- int getFontStyle()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'gatheredViews'.\r
-   */\r
-  public boolean getGatheredViews()\r
-  {\r
-    return this._gatheredViews;\r
-  } //-- boolean getGatheredViews()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'height'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'height'.\r
-   */\r
-  public int getHeight()\r
-  {\r
-    return this._height;\r
-  } //-- int getHeight()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenColumns\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param index\r
-   * @return HiddenColumns\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int\r
-      index)\r
-      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    //-- check bounds for index\r
-    if ( (index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size()))\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException();\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.\r
-        elementAt(index);\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenColumns\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return HiddenColumns\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
-  {\r
-    int size = _hiddenColumnsList.size();\r
-    jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] mArray = new jalview.\r
-        schemabinding.version2.HiddenColumns[size];\r
-    for (int index = 0; index < size; index++)\r
-    {\r
-      mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
-          _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
-    }\r
-    return mArray;\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenColumnsCount\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   */\r
-  public int getHiddenColumnsCount()\r
-  {\r
-    return _hiddenColumnsList.size();\r
-  } //-- int getHiddenColumnsCount()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'pidSelected'.\r
-   */\r
-  public boolean getPidSelected()\r
-  {\r
-    return this._pidSelected;\r
-  } //-- boolean getPidSelected()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getPidThreshold()\r
-  {\r
-    return this._pidThreshold;\r
-  } //-- int getPidThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'renderGaps'.\r
-   */\r
-  public boolean getRenderGaps()\r
-  {\r
-    return this._renderGaps;\r
-  } //-- boolean getRenderGaps()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'rightAlignIds'.\r
-   */\r
-  public boolean getRightAlignIds()\r
-  {\r
-    return this._rightAlignIds;\r
-  } //-- boolean getRightAlignIds()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
-   *\r
-   * @return String\r
-   * @return the value of field 'sequenceSetId'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSequenceSetId()\r
-  {\r
-    return this._sequenceSetId;\r
-  } //-- java.lang.String getSequenceSetId()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowAnnotation()\r
-  {\r
-    return this._showAnnotation;\r
-  } //-- boolean getShowAnnotation()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'showBoxes'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowBoxes()\r
-  {\r
-    return this._showBoxes;\r
-  } //-- boolean getShowBoxes()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showColourText'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'showColourText'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowColourText()\r
-  {\r
-    return this._showColourText;\r
-  } //-- boolean getShowColourText()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showFullId'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'showFullId'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowFullId()\r
-  {\r
-    return this._showFullId;\r
-  } //-- boolean getShowFullId()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowSequenceFeatures()\r
-  {\r
-    return this._showSequenceFeatures;\r
-  } //-- boolean getShowSequenceFeatures()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showText'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'showText'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowText()\r
-  {\r
-    return this._showText;\r
-  } //-- boolean getShowText()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'startRes'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'startRes'.\r
-   */\r
-  public int getStartRes()\r
-  {\r
-    return this._startRes;\r
-  } //-- int getStartRes()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'startSeq'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'startSeq'.\r
-   */\r
-  public int getStartSeq()\r
-  {\r
-    return this._startSeq;\r
-  } //-- int getStartSeq()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textCol1'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'textCol1'.\r
-   */\r
-  public int getTextCol1()\r
-  {\r
-    return this._textCol1;\r
-  } //-- int getTextCol1()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textCol2'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'textCol2'.\r
-   */\r
-  public int getTextCol2()\r
-  {\r
-    return this._textCol2;\r
-  } //-- int getTextCol2()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getTextColThreshold()\r
-  {\r
-    return this._textColThreshold;\r
-  } //-- int getTextColThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'title'.\r
-   *\r
-   * @return String\r
-   * @return the value of field 'title'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getTitle()\r
-  {\r
-    return this._title;\r
-  } //-- java.lang.String getTitle()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'viewName'.\r
-   *\r
-   * @return String\r
-   * @return the value of field 'viewName'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getViewName()\r
-  {\r
-    return this._viewName;\r
-  } //-- java.lang.String getViewName()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'width'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'width'.\r
-   */\r
-  public int getWidth()\r
-  {\r
-    return this._width;\r
-  } //-- int getWidth()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
-   */\r
-  public boolean getWrapAlignment()\r
-  {\r
-    return this._wrapAlignment;\r
-  } //-- boolean getWrapAlignment()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'xpos'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'xpos'.\r
-   */\r
-  public int getXpos()\r
-  {\r
-    return this._xpos;\r
-  } //-- int getXpos()\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'ypos'.\r
-   *\r
-   * @return int\r
-   * @return the value of field 'ypos'.\r
-   */\r
-  public int getYpos()\r
-  {\r
-    return this._ypos;\r
-  } //-- int getYpos()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasConsThreshold\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasConsThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_consThreshold;\r
-  } //-- boolean hasConsThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasConservationSelected\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasConservationSelected()\r
-  {\r
-    return this._has_conservationSelected;\r
-  } //-- boolean hasConservationSelected()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFontSize\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasFontSize()\r
-  {\r
-    return this._has_fontSize;\r
-  } //-- boolean hasFontSize()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFontStyle\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasFontStyle()\r
-  {\r
-    return this._has_fontStyle;\r
-  } //-- boolean hasFontStyle()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasGatheredViews\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasGatheredViews()\r
-  {\r
-    return this._has_gatheredViews;\r
-  } //-- boolean hasGatheredViews()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasHeight\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasHeight()\r
-  {\r
-    return this._has_height;\r
-  } //-- boolean hasHeight()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPidSelected\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasPidSelected()\r
-  {\r
-    return this._has_pidSelected;\r
-  } //-- boolean hasPidSelected()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPidThreshold\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasPidThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_pidThreshold;\r
-  } //-- boolean hasPidThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasRenderGaps\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasRenderGaps()\r
-  {\r
-    return this._has_renderGaps;\r
-  } //-- boolean hasRenderGaps()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasRightAlignIds\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasRightAlignIds()\r
-  {\r
-    return this._has_rightAlignIds;\r
-  } //-- boolean hasRightAlignIds()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowAnnotation\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasShowAnnotation()\r
-  {\r
-    return this._has_showAnnotation;\r
-  } //-- boolean hasShowAnnotation()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowBoxes\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasShowBoxes()\r
-  {\r
-    return this._has_showBoxes;\r
-  } //-- boolean hasShowBoxes()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowColourText\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasShowColourText()\r
-  {\r
-    return this._has_showColourText;\r
-  } //-- boolean hasShowColourText()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowFullId\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasShowFullId()\r
-  {\r
-    return this._has_showFullId;\r
-  } //-- boolean hasShowFullId()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowSequenceFeatures\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
-  {\r
-    return this._has_showSequenceFeatures;\r
-  } //-- boolean hasShowSequenceFeatures()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowText\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasShowText()\r
-  {\r
-    return this._has_showText;\r
-  } //-- boolean hasShowText()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStartRes\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasStartRes()\r
-  {\r
-    return this._has_startRes;\r
-  } //-- boolean hasStartRes()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStartSeq\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasStartSeq()\r
-  {\r
-    return this._has_startSeq;\r
-  } //-- boolean hasStartSeq()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextCol1\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasTextCol1()\r
-  {\r
-    return this._has_textCol1;\r
-  } //-- boolean hasTextCol1()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextCol2\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasTextCol2()\r
-  {\r
-    return this._has_textCol2;\r
-  } //-- boolean hasTextCol2()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextColThreshold\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasTextColThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_textColThreshold;\r
-  } //-- boolean hasTextColThreshold()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasWidth\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasWidth()\r
-  {\r
-    return this._has_width;\r
-  } //-- boolean hasWidth()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasWrapAlignment\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasWrapAlignment()\r
-  {\r
-    return this._has_wrapAlignment;\r
-  } //-- boolean hasWrapAlignment()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasXpos\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasXpos()\r
-  {\r
-    return this._has_xpos;\r
-  } //-- boolean hasXpos()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasYpos\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean hasYpos()\r
-  {\r
-    return this._has_ypos;\r
-  } //-- boolean hasYpos()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @return boolean\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    }\r
-    catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  } //-- boolean isValid()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method marshal\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param out\r
-   */\r
-  public void marshal(java.io.Writer out)\r
-      throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method marshal\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param handler\r
-   */\r
-  public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-      throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAllHiddenColumns\r
-   *\r
-   */\r
-  public void removeAllHiddenColumns()\r
-  {\r
-    _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
-  } //-- void removeAllHiddenColumns()\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeHiddenColumns\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param index\r
-   * @return HiddenColumns\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int\r
-      index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
-    _hiddenColumnsList.removeElementAt(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
-  } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
-   *\r
-   * @param annotationColours the value of field\r
-   * 'annotationColours'.\r
-   */\r
-  public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.\r
-                                   AnnotationColours annotationColours)\r
-  {\r
-    this._annotationColours = annotationColours;\r
-  } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'bgColour'.\r
-   *\r
-   * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
-   */\r
-  public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
-  {\r
-    this._bgColour = bgColour;\r
-  } //-- void setBgColour(java.lang.String)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
-   *\r
-   * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
-   */\r
-  public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
-  {\r
-    this._consThreshold = consThreshold;\r
-    this._has_consThreshold = true;\r
-  } //-- void setConsThreshold(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
-   *\r
-   * @param conservationSelected the value of field\r
-   * 'conservationSelected'.\r
-   */\r
-  public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
-  {\r
-    this._conservationSelected = conservationSelected;\r
-    this._has_conservationSelected = true;\r
-  } //-- void setConservationSelected(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontName'.\r
-   *\r
-   * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
-   */\r
-  public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
-  {\r
-    this._fontName = fontName;\r
-  } //-- void setFontName(java.lang.String)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontSize'.\r
-   *\r
-   * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
-   */\r
-  public void setFontSize(int fontSize)\r
-  {\r
-    this._fontSize = fontSize;\r
-    this._has_fontSize = true;\r
-  } //-- void setFontSize(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
-   *\r
-   * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
-   */\r
-  public void setFontStyle(int fontStyle)\r
-  {\r
-    this._fontStyle = fontStyle;\r
-    this._has_fontStyle = true;\r
-  } //-- void setFontStyle(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
-   *\r
-   * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
-   */\r
-  public void setGatheredViews(boolean gatheredViews)\r
-  {\r
-    this._gatheredViews = gatheredViews;\r
-    this._has_gatheredViews = true;\r
-  } //-- void setGatheredViews(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'height'.\r
-   *\r
-   * @param height the value of field 'height'.\r
-   */\r
-  public void setHeight(int height)\r
-  {\r
-    this._height = height;\r
-    this._has_height = true;\r
-  } //-- void setHeight(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method setHiddenColumns\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param index\r
-   * @param vHiddenColumns\r
-   */\r
-  public void setHiddenColumns(int index,\r
-                               jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns\r
-                               vHiddenColumns)\r
-      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    //-- check bounds for index\r
-    if ( (index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size()))\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException();\r
-    }\r
-    _hiddenColumnsList.setElementAt(vHiddenColumns, index);\r
-  } //-- void setHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method setHiddenColumns\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param hiddenColumnsArray\r
-   */\r
-  public void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]\r
-                               hiddenColumnsArray)\r
-  {\r
-    //-- copy array\r
-    _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
-    for (int i = 0; i < hiddenColumnsArray.length; i++)\r
-    {\r
-      _hiddenColumnsList.addElement(hiddenColumnsArray[i]);\r
-    }\r
-  } //-- void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
-   *\r
-   * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
-   */\r
-  public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
-  {\r
-    this._pidSelected = pidSelected;\r
-    this._has_pidSelected = true;\r
-  } //-- void setPidSelected(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
-   *\r
-   * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
-   */\r
-  public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
-  {\r
-    this._pidThreshold = pidThreshold;\r
-    this._has_pidThreshold = true;\r
-  } //-- void setPidThreshold(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
-   *\r
-   * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
-   */\r
-  public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
-  {\r
-    this._renderGaps = renderGaps;\r
-    this._has_renderGaps = true;\r
-  } //-- void setRenderGaps(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
-   *\r
-   * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
-   */\r
-  public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)\r
-  {\r
-    this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
-    this._has_rightAlignIds = true;\r
-  } //-- void setRightAlignIds(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
-   *\r
-   * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
-   */\r
-  public void setSequenceSetId(java.lang.String sequenceSetId)\r
-  {\r
-    this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
-  } //-- void setSequenceSetId(java.lang.String)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
-   *\r
-   * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
-   */\r
-  public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
-  {\r
-    this._showAnnotation = showAnnotation;\r
-    this._has_showAnnotation = true;\r
-  } //-- void setShowAnnotation(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
-   *\r
-   * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
-   */\r
-  public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
-  {\r
-    this._showBoxes = showBoxes;\r
-    this._has_showBoxes = true;\r
-  } //-- void setShowBoxes(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showColourText'.\r
-   *\r
-   * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
-   */\r
-  public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
-  {\r
-    this._showColourText = showColourText;\r
-    this._has_showColourText = true;\r
-  } //-- void setShowColourText(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showFullId'.\r
-   *\r
-   * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
-   */\r
-  public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
-  {\r
-    this._showFullId = showFullId;\r
-    this._has_showFullId = true;\r
-  } //-- void setShowFullId(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
-   *\r
-   * @param showSequenceFeatures the value of field\r
-   * 'showSequenceFeatures'.\r
-   */\r
-  public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
-  {\r
-    this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
-    this._has_showSequenceFeatures = true;\r
-  } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showText'.\r
-   *\r
-   * @param showText the value of field 'showText'.\r
-   */\r
-  public void setShowText(boolean showText)\r
-  {\r
-    this._showText = showText;\r
-    this._has_showText = true;\r
-  } //-- void setShowText(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'startRes'.\r
-   *\r
-   * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
-   */\r
-  public void setStartRes(int startRes)\r
-  {\r
-    this._startRes = startRes;\r
-    this._has_startRes = true;\r
-  } //-- void setStartRes(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'startSeq'.\r
-   *\r
-   * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
-   */\r
-  public void setStartSeq(int startSeq)\r
-  {\r
-    this._startSeq = startSeq;\r
-    this._has_startSeq = true;\r
-  } //-- void setStartSeq(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textCol1'.\r
-   *\r
-   * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
-   */\r
-  public void setTextCol1(int textCol1)\r
-  {\r
-    this._textCol1 = textCol1;\r
-    this._has_textCol1 = true;\r
-  } //-- void setTextCol1(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textCol2'.\r
-   *\r
-   * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
-   */\r
-  public void setTextCol2(int textCol2)\r
-  {\r
-    this._textCol2 = textCol2;\r
-    this._has_textCol2 = true;\r
-  } //-- void setTextCol2(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
-   *\r
-   * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
-   */\r
-  public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
-  {\r
-    this._textColThreshold = textColThreshold;\r
-    this._has_textColThreshold = true;\r
-  } //-- void setTextColThreshold(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'title'.\r
-   *\r
-   * @param title the value of field 'title'.\r
-   */\r
-  public void setTitle(java.lang.String title)\r
-  {\r
-    this._title = title;\r
-  } //-- void setTitle(java.lang.String)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'viewName'.\r
-   *\r
-   * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
-   */\r
-  public void setViewName(java.lang.String viewName)\r
-  {\r
-    this._viewName = viewName;\r
-  } //-- void setViewName(java.lang.String)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'width'.\r
-   *\r
-   * @param width the value of field 'width'.\r
-   */\r
-  public void setWidth(int width)\r
-  {\r
-    this._width = width;\r
-    this._has_width = true;\r
-  } //-- void setWidth(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
-   *\r
-   * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
-   */\r
-  public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
-  {\r
-    this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
-    this._has_wrapAlignment = true;\r
-  } //-- void setWrapAlignment(boolean)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'xpos'.\r
-   *\r
-   * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
-   */\r
-  public void setXpos(int xpos)\r
-  {\r
-    this._xpos = xpos;\r
-    this._has_xpos = true;\r
-  } //-- void setXpos(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'ypos'.\r
-   *\r
-   * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
-   */\r
-  public void setYpos(int ypos)\r
-  {\r
-    this._ypos = ypos;\r
-    this._has_ypos = true;\r
-  } //-- void setYpos(int)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal\r
-   *\r
-   *\r
-   *\r
-   * @param reader\r
-   * @return Object\r
-   */\r
-  public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-      throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(\r
-        jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
-  } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
-\r
-  /**\r
-   * Method validate\r
-   *\r
-   */\r
-  public void validate()\r
-      throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
-        Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  } //-- void validate()\r
+public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _conservationSelected\r
+     */\r
+    private boolean _conservationSelected;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
+     */\r
+    private boolean _has_conservationSelected;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pidSelected\r
+     */\r
+    private boolean _pidSelected;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _pidSelected\r
+     */\r
+    private boolean _has_pidSelected;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _bgColour\r
+     */\r
+    private java.lang.String _bgColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _consThreshold\r
+     */\r
+    private int _consThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _consThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_consThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pidThreshold\r
+     */\r
+    private int _pidThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_pidThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _title\r
+     */\r
+    private java.lang.String _title;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showFullId\r
+     */\r
+    private boolean _showFullId;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showFullId\r
+     */\r
+    private boolean _has_showFullId;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _rightAlignIds\r
+     */\r
+    private boolean _rightAlignIds;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
+     */\r
+    private boolean _has_rightAlignIds;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showText\r
+     */\r
+    private boolean _showText;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showText\r
+     */\r
+    private boolean _has_showText;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showColourText\r
+     */\r
+    private boolean _showColourText;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showColourText\r
+     */\r
+    private boolean _has_showColourText;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showBoxes\r
+     */\r
+    private boolean _showBoxes;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showBoxes\r
+     */\r
+    private boolean _has_showBoxes;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _wrapAlignment\r
+     */\r
+    private boolean _wrapAlignment;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
+     */\r
+    private boolean _has_wrapAlignment;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _renderGaps\r
+     */\r
+    private boolean _renderGaps;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _renderGaps\r
+     */\r
+    private boolean _has_renderGaps;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showSequenceFeatures\r
+     */\r
+    private boolean _showSequenceFeatures;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
+     */\r
+    private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showAnnotation\r
+     */\r
+    private boolean _showAnnotation;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
+     */\r
+    private boolean _has_showAnnotation;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xpos\r
+     */\r
+    private int _xpos;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _xpos\r
+     */\r
+    private boolean _has_xpos;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _ypos\r
+     */\r
+    private int _ypos;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _ypos\r
+     */\r
+    private boolean _has_ypos;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _width\r
+     */\r
+    private int _width;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _width\r
+     */\r
+    private boolean _has_width;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _height\r
+     */\r
+    private int _height;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _height\r
+     */\r
+    private boolean _has_height;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _startRes\r
+     */\r
+    private int _startRes;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _startRes\r
+     */\r
+    private boolean _has_startRes;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _startSeq\r
+     */\r
+    private int _startSeq;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _startSeq\r
+     */\r
+    private boolean _has_startSeq;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _fontName\r
+     */\r
+    private java.lang.String _fontName;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _fontSize\r
+     */\r
+    private int _fontSize;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _fontSize\r
+     */\r
+    private boolean _has_fontSize;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _fontStyle\r
+     */\r
+    private int _fontStyle;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _fontStyle\r
+     */\r
+    private boolean _has_fontStyle;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _viewName\r
+     */\r
+    private java.lang.String _viewName;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _sequenceSetId\r
+     */\r
+    private java.lang.String _sequenceSetId;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _gatheredViews\r
+     */\r
+    private boolean _gatheredViews;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
+     */\r
+    private boolean _has_gatheredViews;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textCol1\r
+     */\r
+    private int _textCol1;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol1\r
+     */\r
+    private boolean _has_textCol1;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textCol2\r
+     */\r
+    private int _textCol2;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol2\r
+     */\r
+    private boolean _has_textCol2;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textColThreshold\r
+     */\r
+    private int _textColThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_textColThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _annotationColours\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _hiddenColumnsList\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Viewport() {\r
+        super();\r
+        _hiddenColumnsList = new Vector();\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method addHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     */\r
+    public void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
+    } //-- void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method addHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     */\r
+    public void addHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _hiddenColumnsList.insertElementAt(vHiddenColumns, index);\r
+    } //-- void addHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteConsThreshold\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteConsThreshold()\r
+    {\r
+        this._has_consThreshold= false;\r
+    } //-- void deleteConsThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteConservationSelected\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteConservationSelected()\r
+    {\r
+        this._has_conservationSelected= false;\r
+    } //-- void deleteConservationSelected() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteFontSize\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteFontSize()\r
+    {\r
+        this._has_fontSize= false;\r
+    } //-- void deleteFontSize() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteFontStyle\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteFontStyle()\r
+    {\r
+        this._has_fontStyle= false;\r
+    } //-- void deleteFontStyle() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteGatheredViews\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteGatheredViews()\r
+    {\r
+        this._has_gatheredViews= false;\r
+    } //-- void deleteGatheredViews() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteHeight\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteHeight()\r
+    {\r
+        this._has_height= false;\r
+    } //-- void deleteHeight() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deletePidSelected\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deletePidSelected()\r
+    {\r
+        this._has_pidSelected= false;\r
+    } //-- void deletePidSelected() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deletePidThreshold\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deletePidThreshold()\r
+    {\r
+        this._has_pidThreshold= false;\r
+    } //-- void deletePidThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteRenderGaps\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteRenderGaps()\r
+    {\r
+        this._has_renderGaps= false;\r
+    } //-- void deleteRenderGaps() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteRightAlignIds\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteRightAlignIds()\r
+    {\r
+        this._has_rightAlignIds= false;\r
+    } //-- void deleteRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteShowAnnotation\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteShowAnnotation()\r
+    {\r
+        this._has_showAnnotation= false;\r
+    } //-- void deleteShowAnnotation() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteShowBoxes\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteShowBoxes()\r
+    {\r
+        this._has_showBoxes= false;\r
+    } //-- void deleteShowBoxes() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteShowColourText\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteShowColourText()\r
+    {\r
+        this._has_showColourText= false;\r
+    } //-- void deleteShowColourText() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteShowFullId\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteShowFullId()\r
+    {\r
+        this._has_showFullId= false;\r
+    } //-- void deleteShowFullId() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteShowSequenceFeatures\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteShowSequenceFeatures()\r
+    {\r
+        this._has_showSequenceFeatures= false;\r
+    } //-- void deleteShowSequenceFeatures() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteShowText\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteShowText()\r
+    {\r
+        this._has_showText= false;\r
+    } //-- void deleteShowText() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteStartRes\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteStartRes()\r
+    {\r
+        this._has_startRes= false;\r
+    } //-- void deleteStartRes() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteStartSeq\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteStartSeq()\r
+    {\r
+        this._has_startSeq= false;\r
+    } //-- void deleteStartSeq() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteTextCol1\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextCol1()\r
+    {\r
+        this._has_textCol1= false;\r
+    } //-- void deleteTextCol1() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteTextCol2\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextCol2()\r
+    {\r
+        this._has_textCol2= false;\r
+    } //-- void deleteTextCol2() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteTextColThreshold\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteTextColThreshold()\r
+    {\r
+        this._has_textColThreshold= false;\r
+    } //-- void deleteTextColThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteWidth\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteWidth()\r
+    {\r
+        this._has_width= false;\r
+    } //-- void deleteWidth() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteWrapAlignment\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteWrapAlignment()\r
+    {\r
+        this._has_wrapAlignment= false;\r
+    } //-- void deleteWrapAlignment() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteXpos\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteXpos()\r
+    {\r
+        this._has_xpos= false;\r
+    } //-- void deleteXpos() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method deleteYpos\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deleteYpos()\r
+    {\r
+        this._has_ypos= false;\r
+    } //-- void deleteYpos() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return Enumeration\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
+    {\r
+        return _hiddenColumnsList.elements();\r
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
+     * \r
+     * @return AnnotationColours\r
+     * @return the value of field 'annotationColours'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
+    {\r
+        return this._annotationColours;\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'bgColour'.\r
+     * \r
+     * @return String\r
+     * @return the value of field 'bgColour'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getBgColour()\r
+    {\r
+        return this._bgColour;\r
+    } //-- java.lang.String getBgColour() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'consThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getConsThreshold()\r
+    {\r
+        return this._consThreshold;\r
+    } //-- int getConsThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
+     */\r
+    public boolean getConservationSelected()\r
+    {\r
+        return this._conservationSelected;\r
+    } //-- boolean getConservationSelected() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontName'.\r
+     * \r
+     * @return String\r
+     * @return the value of field 'fontName'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getFontName()\r
+    {\r
+        return this._fontName;\r
+    } //-- java.lang.String getFontName() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontSize'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'fontSize'.\r
+     */\r
+    public int getFontSize()\r
+    {\r
+        return this._fontSize;\r
+    } //-- int getFontSize() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'fontStyle'.\r
+     */\r
+    public int getFontStyle()\r
+    {\r
+        return this._fontStyle;\r
+    } //-- int getFontStyle() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'gatheredViews'.\r
+     */\r
+    public boolean getGatheredViews()\r
+    {\r
+        return this._gatheredViews;\r
+    } //-- boolean getGatheredViews() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'height'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'height'.\r
+     */\r
+    public int getHeight()\r
+    {\r
+        return this._height;\r
+    } //-- int getHeight() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return HiddenColumns\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int index)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return HiddenColumns\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
+    {\r
+        int size = _hiddenColumnsList.size();\r
+        jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[size];\r
+        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
+            mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
+        }\r
+        return mArray;\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenColumnsCount\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return int\r
+     */\r
+    public int getHiddenColumnsCount()\r
+    {\r
+        return _hiddenColumnsList.size();\r
+    } //-- int getHiddenColumnsCount() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'pidSelected'.\r
+     */\r
+    public boolean getPidSelected()\r
+    {\r
+        return this._pidSelected;\r
+    } //-- boolean getPidSelected() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getPidThreshold()\r
+    {\r
+        return this._pidThreshold;\r
+    } //-- int getPidThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'renderGaps'.\r
+     */\r
+    public boolean getRenderGaps()\r
+    {\r
+        return this._renderGaps;\r
+    } //-- boolean getRenderGaps() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public boolean getRightAlignIds()\r
+    {\r
+        return this._rightAlignIds;\r
+    } //-- boolean getRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     * \r
+     * @return String\r
+     * @return the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSequenceSetId()\r
+    {\r
+        return this._sequenceSetId;\r
+    } //-- java.lang.String getSequenceSetId() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowAnnotation()\r
+    {\r
+        return this._showAnnotation;\r
+    } //-- boolean getShowAnnotation() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'showBoxes'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowBoxes()\r
+    {\r
+        return this._showBoxes;\r
+    } //-- boolean getShowBoxes() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showColourText'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'showColourText'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowColourText()\r
+    {\r
+        return this._showColourText;\r
+    } //-- boolean getShowColourText() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showFullId'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'showFullId'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowFullId()\r
+    {\r
+        return this._showFullId;\r
+    } //-- boolean getShowFullId() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowSequenceFeatures()\r
+    {\r
+        return this._showSequenceFeatures;\r
+    } //-- boolean getShowSequenceFeatures() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showText'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'showText'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowText()\r
+    {\r
+        return this._showText;\r
+    } //-- boolean getShowText() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'startRes'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'startRes'.\r
+     */\r
+    public int getStartRes()\r
+    {\r
+        return this._startRes;\r
+    } //-- int getStartRes() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'startSeq'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'startSeq'.\r
+     */\r
+    public int getStartSeq()\r
+    {\r
+        return this._startSeq;\r
+    } //-- int getStartSeq() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textCol1'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol1()\r
+    {\r
+        return this._textCol1;\r
+    } //-- int getTextCol1() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textCol2'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol2()\r
+    {\r
+        return this._textCol2;\r
+    } //-- int getTextCol2() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getTextColThreshold()\r
+    {\r
+        return this._textColThreshold;\r
+    } //-- int getTextColThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'title'.\r
+     * \r
+     * @return String\r
+     * @return the value of field 'title'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getTitle()\r
+    {\r
+        return this._title;\r
+    } //-- java.lang.String getTitle() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'viewName'.\r
+     * \r
+     * @return String\r
+     * @return the value of field 'viewName'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getViewName()\r
+    {\r
+        return this._viewName;\r
+    } //-- java.lang.String getViewName() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'width'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'width'.\r
+     */\r
+    public int getWidth()\r
+    {\r
+        return this._width;\r
+    } //-- int getWidth() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
+     */\r
+    public boolean getWrapAlignment()\r
+    {\r
+        return this._wrapAlignment;\r
+    } //-- boolean getWrapAlignment() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'xpos'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'xpos'.\r
+     */\r
+    public int getXpos()\r
+    {\r
+        return this._xpos;\r
+    } //-- int getXpos() \r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ypos'.\r
+     * \r
+     * @return int\r
+     * @return the value of field 'ypos'.\r
+     */\r
+    public int getYpos()\r
+    {\r
+        return this._ypos;\r
+    } //-- int getYpos() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasConsThreshold\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasConsThreshold()\r
+    {\r
+        return this._has_consThreshold;\r
+    } //-- boolean hasConsThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasConservationSelected\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasConservationSelected()\r
+    {\r
+        return this._has_conservationSelected;\r
+    } //-- boolean hasConservationSelected() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFontSize\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasFontSize()\r
+    {\r
+        return this._has_fontSize;\r
+    } //-- boolean hasFontSize() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFontStyle\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasFontStyle()\r
+    {\r
+        return this._has_fontStyle;\r
+    } //-- boolean hasFontStyle() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasGatheredViews\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasGatheredViews()\r
+    {\r
+        return this._has_gatheredViews;\r
+    } //-- boolean hasGatheredViews() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasHeight\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasHeight()\r
+    {\r
+        return this._has_height;\r
+    } //-- boolean hasHeight() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPidSelected\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasPidSelected()\r
+    {\r
+        return this._has_pidSelected;\r
+    } //-- boolean hasPidSelected() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPidThreshold\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasPidThreshold()\r
+    {\r
+        return this._has_pidThreshold;\r
+    } //-- boolean hasPidThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasRenderGaps\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasRenderGaps()\r
+    {\r
+        return this._has_renderGaps;\r
+    } //-- boolean hasRenderGaps() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasRightAlignIds\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasRightAlignIds()\r
+    {\r
+        return this._has_rightAlignIds;\r
+    } //-- boolean hasRightAlignIds() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowAnnotation\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasShowAnnotation()\r
+    {\r
+        return this._has_showAnnotation;\r
+    } //-- boolean hasShowAnnotation() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowBoxes\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasShowBoxes()\r
+    {\r
+        return this._has_showBoxes;\r
+    } //-- boolean hasShowBoxes() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowColourText\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasShowColourText()\r
+    {\r
+        return this._has_showColourText;\r
+    } //-- boolean hasShowColourText() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowFullId\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasShowFullId()\r
+    {\r
+        return this._has_showFullId;\r
+    } //-- boolean hasShowFullId() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowSequenceFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
+    {\r
+        return this._has_showSequenceFeatures;\r
+    } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowText\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasShowText()\r
+    {\r
+        return this._has_showText;\r
+    } //-- boolean hasShowText() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStartRes\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasStartRes()\r
+    {\r
+        return this._has_startRes;\r
+    } //-- boolean hasStartRes() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStartSeq\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasStartSeq()\r
+    {\r
+        return this._has_startSeq;\r
+    } //-- boolean hasStartSeq() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextCol1\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasTextCol1()\r
+    {\r
+        return this._has_textCol1;\r
+    } //-- boolean hasTextCol1() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextCol2\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasTextCol2()\r
+    {\r
+        return this._has_textCol2;\r
+    } //-- boolean hasTextCol2() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextColThreshold\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasTextColThreshold()\r
+    {\r
+        return this._has_textColThreshold;\r
+    } //-- boolean hasTextColThreshold() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasWidth\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasWidth()\r
+    {\r
+        return this._has_width;\r
+    } //-- boolean hasWidth() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasWrapAlignment\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasWrapAlignment()\r
+    {\r
+        return this._has_wrapAlignment;\r
+    } //-- boolean hasWrapAlignment() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasXpos\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasXpos()\r
+    {\r
+        return this._has_xpos;\r
+    } //-- boolean hasXpos() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasYpos\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean hasYpos()\r
+    {\r
+        return this._has_ypos;\r
+    } //-- boolean hasYpos() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return boolean\r
+     */\r
+    public boolean isValid()\r
+    {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        }\r
+        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    } //-- boolean isValid() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method marshal\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     */\r
+    public void marshal(java.io.Writer out)\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        \r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method marshal\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     */\r
+    public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        \r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAllHiddenColumns\r
+     * \r
+     */\r
+    public void removeAllHiddenColumns()\r
+    {\r
+        _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
+    } //-- void removeAllHiddenColumns() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return HiddenColumns\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int index)\r
+    {\r
+        java.lang.Object obj = _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
+        _hiddenColumnsList.removeElementAt(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
+    } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
+     * \r
+     * @param annotationColours the value of field\r
+     * 'annotationColours'.\r
+     */\r
+    public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
+    {\r
+        this._annotationColours = annotationColours;\r
+    } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'bgColour'.\r
+     * \r
+     * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
+     */\r
+    public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
+    {\r
+        this._bgColour = bgColour;\r
+    } //-- void setBgColour(java.lang.String) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
+     */\r
+    public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
+    {\r
+        this._consThreshold = consThreshold;\r
+        this._has_consThreshold = true;\r
+    } //-- void setConsThreshold(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
+     * \r
+     * @param conservationSelected the value of field\r
+     * 'conservationSelected'.\r
+     */\r
+    public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
+    {\r
+        this._conservationSelected = conservationSelected;\r
+        this._has_conservationSelected = true;\r
+    } //-- void setConservationSelected(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontName'.\r
+     * \r
+     * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
+     */\r
+    public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
+    {\r
+        this._fontName = fontName;\r
+    } //-- void setFontName(java.lang.String) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontSize'.\r
+     * \r
+     * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
+     */\r
+    public void setFontSize(int fontSize)\r
+    {\r
+        this._fontSize = fontSize;\r
+        this._has_fontSize = true;\r
+    } //-- void setFontSize(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
+     * \r
+     * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
+     */\r
+    public void setFontStyle(int fontStyle)\r
+    {\r
+        this._fontStyle = fontStyle;\r
+        this._has_fontStyle = true;\r
+    } //-- void setFontStyle(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
+     * \r
+     * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
+     */\r
+    public void setGatheredViews(boolean gatheredViews)\r
+    {\r
+        this._gatheredViews = gatheredViews;\r
+        this._has_gatheredViews = true;\r
+    } //-- void setGatheredViews(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'height'.\r
+     * \r
+     * @param height the value of field 'height'.\r
+     */\r
+    public void setHeight(int height)\r
+    {\r
+        this._height = height;\r
+        this._has_height = true;\r
+    } //-- void setHeight(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method setHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     */\r
+    public void setHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        _hiddenColumnsList.setElementAt(vHiddenColumns, index);\r
+    } //-- void setHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method setHiddenColumns\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param hiddenColumnsArray\r
+     */\r
+    public void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] hiddenColumnsArray)\r
+    {\r
+        //-- copy array\r
+        _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
+        for (int i = 0; i < hiddenColumnsArray.length; i++) {\r
+            _hiddenColumnsList.addElement(hiddenColumnsArray[i]);\r
+        }\r
+    } //-- void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
+     * \r
+     * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
+     */\r
+    public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
+    {\r
+        this._pidSelected = pidSelected;\r
+        this._has_pidSelected = true;\r
+    } //-- void setPidSelected(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
+     */\r
+    public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
+    {\r
+        this._pidThreshold = pidThreshold;\r
+        this._has_pidThreshold = true;\r
+    } //-- void setPidThreshold(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
+     * \r
+     * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
+     */\r
+    public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
+    {\r
+        this._renderGaps = renderGaps;\r
+        this._has_renderGaps = true;\r
+    } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)\r
+    {\r
+        this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
+        this._has_rightAlignIds = true;\r
+    } //-- void setRightAlignIds(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     * \r
+     * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     */\r
+    public void setSequenceSetId(java.lang.String sequenceSetId)\r
+    {\r
+        this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
+    } //-- void setSequenceSetId(java.lang.String) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
+     * \r
+     * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
+     */\r
+    public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
+    {\r
+        this._showAnnotation = showAnnotation;\r
+        this._has_showAnnotation = true;\r
+    } //-- void setShowAnnotation(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
+     * \r
+     * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
+     */\r
+    public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
+    {\r
+        this._showBoxes = showBoxes;\r
+        this._has_showBoxes = true;\r
+    } //-- void setShowBoxes(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showColourText'.\r
+     * \r
+     * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
+     */\r
+    public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
+    {\r
+        this._showColourText = showColourText;\r
+        this._has_showColourText = true;\r
+    } //-- void setShowColourText(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showFullId'.\r
+     * \r
+     * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
+     */\r
+    public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
+    {\r
+        this._showFullId = showFullId;\r
+        this._has_showFullId = true;\r
+    } //-- void setShowFullId(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
+     * \r
+     * @param showSequenceFeatures the value of field\r
+     * 'showSequenceFeatures'.\r
+     */\r
+    public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
+    {\r
+        this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
+        this._has_showSequenceFeatures = true;\r
+    } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showText'.\r
+     * \r
+     * @param showText the value of field 'showText'.\r
+     */\r
+    public void setShowText(boolean showText)\r
+    {\r
+        this._showText = showText;\r
+        this._has_showText = true;\r
+    } //-- void setShowText(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'startRes'.\r
+     * \r
+     * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
+     */\r
+    public void setStartRes(int startRes)\r
+    {\r
+        this._startRes = startRes;\r
+        this._has_startRes = true;\r
+    } //-- void setStartRes(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'startSeq'.\r
+     * \r
+     * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
+     */\r
+    public void setStartSeq(int startSeq)\r
+    {\r
+        this._startSeq = startSeq;\r
+        this._has_startSeq = true;\r
+    } //-- void setStartSeq(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol1(int textCol1)\r
+    {\r
+        this._textCol1 = textCol1;\r
+        this._has_textCol1 = true;\r
+    } //-- void setTextCol1(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol2(int textCol2)\r
+    {\r
+        this._textCol2 = textCol2;\r
+        this._has_textCol2 = true;\r
+    } //-- void setTextCol2(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
+     */\r
+    public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
+    {\r
+        this._textColThreshold = textColThreshold;\r
+        this._has_textColThreshold = true;\r
+    } //-- void setTextColThreshold(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'title'.\r
+     * \r
+     * @param title the value of field 'title'.\r
+     */\r
+    public void setTitle(java.lang.String title)\r
+    {\r
+        this._title = title;\r
+    } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'viewName'.\r
+     * \r
+     * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
+     */\r
+    public void setViewName(java.lang.String viewName)\r
+    {\r
+        this._viewName = viewName;\r
+    } //-- void setViewName(java.lang.String) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'width'.\r
+     * \r
+     * @param width the value of field 'width'.\r
+     */\r
+    public void setWidth(int width)\r
+    {\r
+        this._width = width;\r
+        this._has_width = true;\r
+    } //-- void setWidth(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
+     * \r
+     * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
+     */\r
+    public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
+    {\r
+        this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
+        this._has_wrapAlignment = true;\r
+    } //-- void setWrapAlignment(boolean) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'xpos'.\r
+     * \r
+     * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
+     */\r
+    public void setXpos(int xpos)\r
+    {\r
+        this._xpos = xpos;\r
+        this._has_xpos = true;\r
+    } //-- void setXpos(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'ypos'.\r
+     * \r
+     * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
+     */\r
+    public void setYpos(int ypos)\r
+    {\r
+        this._ypos = ypos;\r
+        this._has_ypos = true;\r
+    } //-- void setYpos(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @return Object\r
+     */\r
+    public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
+    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method validate\r
+     * \r
+     */\r
+    public void validate()\r
+        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    } //-- void validate() \r
 \r
 }\r