\r
public Color findColour(String s, int j)\r
{\r
+ char res = s.charAt(0);\r
+ if ('a' <= res && res <= 'z' )\r
+ {\r
+ // TO UPPERCASE !!!\r
+ s = String.valueOf( res -= ('a' - 'A') );\r
+ }\r
+\r
+\r
if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
{\r
return Color.white;\r
}\r
\r
-\r
- if (!jalview.util.Comparison.isGap( (s.charAt(0))))\r
+ if (!jalview.util.Comparison.isGap( res ))\r
{\r
String max = (String) consensus[j].get("maxResidue");\r
\r
if (max.indexOf(s) > -1)\r
{\r
- return new Color(154, 154, 255);\r
+ currentColour = new Color(154, 154, 255);\r
}\r
else\r
{\r
\r
if (c > 0)\r
{\r
- return new Color(204, 204, 255);\r
+ currentColour = new Color(204, 204, 255);\r
}\r
else\r
{\r
- return Color.white;\r
+ currentColour = Color.white;\r
}\r
}\r
+\r
+ if(conservationColouring)\r
+ applyConservation(j);\r
}\r
else\r
{\r
return Color.white;\r
}\r
+\r
+ return currentColour;\r
}\r
}\r