}\r
\r
\r
- public Color findColour(SequenceI seq,String s, int j,Vector aa) {\r
+ public Color findColour(String s, int j,Vector aa) {\r
Color c = Color.white;\r
Hashtable hash = null;\r
\r
double sc = 0;\r
if ( Integer.parseInt( hash.get("maxCount").toString() ) != -1 && hash.contains(s))\r
{\r
-\r
sc = ( (Integer) hash.get(s)).intValue() * 100.0 / ((Integer)hash.get("size")).intValue() ;\r
// MC Should be isGap\r
- if (!s.equals("-") && !s.equals(".") && !s.equals(" "))\r
+ if (!jalview.util.Comparison.isGap((s.charAt(0))))\r
{\r
for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
{\r
}\r
}\r
}\r
- else\r
- c = Color.white;\r
+\r
}\r
return c;\r
}\r