tooltip contains non-positional features and popup contains URLs from non-pos features
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ScoreMatrix.java
index 03b6778..a5a5ed3 100644 (file)
@@ -1,28 +1,58 @@
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
+ * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ */\r
 package jalview.schemes;\r
 \r
-public class ScoreMatrix {\r
+public class ScoreMatrix\r
+{\r
   String name;\r
+\r
   /**\r
    * reference to integer score matrix\r
    */\r
   int[][] matrix;\r
+\r
   /**\r
    * 0 for Protein Score matrix. 1 for dna score matrix\r
    */\r
   int type;\r
-  ScoreMatrix(String name, int[][] matrix, int type) {\r
-    this.matrix=matrix;\r
-    this.type=type;\r
+\r
+  ScoreMatrix(String name, int[][] matrix, int type)\r
+  {\r
+    this.matrix = matrix;\r
+    this.type = type;\r
   }\r
-  public boolean isDNA() {\r
-    return type==1;\r
+\r
+  public boolean isDNA()\r
+  {\r
+    return type == 1;\r
   }\r
-  public boolean isProtein() {\r
-    return type==0;\r
+\r
+  public boolean isProtein()\r
+  {\r
+    return type == 0;\r
   }\r
-  public int[][] getMatrix() {\r
+\r
+  public int[][] getMatrix()\r
+  {\r
     return matrix;\r
   }\r
+\r
   /**\r
    * \r
    * @param A1\r
@@ -31,21 +61,24 @@ public class ScoreMatrix {
    */\r
   public int getPairwiseScore(String A1, String A2)\r
   {\r
-    return getPairwiseScore(A1.charAt(0),A2.charAt(0));\r
+    return getPairwiseScore(A1.charAt(0), A2.charAt(0));\r
   }\r
-  public int getPairwiseScore(char c, char d) {\r
+\r
+  public int getPairwiseScore(char c, char d)\r
+  {\r
     int pog = 0;\r
 \r
     try\r
     {\r
-      int a = (type==0) ? ResidueProperties.aaIndex[c] : ResidueProperties.nucleotideIndex[c];\r
-      int b = (type==0) ? ResidueProperties.aaIndex[d] : ResidueProperties.nucleotideIndex[d];\r
+      int a = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex[c]\r
+              : ResidueProperties.nucleotideIndex[c];\r
+      int b = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex[d]\r
+              : ResidueProperties.nucleotideIndex[d];\r
 \r
       pog = matrix[a][b];\r
-    }\r
-    catch (Exception e)\r
+    } catch (Exception e)\r
     {\r
-      //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
+      // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
     }\r
 \r
     return pog;\r