Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into features/JAL...
[jalview.git] / src / jalview / schemes / UserColourScheme.java
index d95652d..8e58c20 100755 (executable)
@@ -73,7 +73,7 @@ public class UserColourScheme extends ResidueColourScheme
     schemeName = from.schemeName;
     if (from.lowerCaseColours != null)
     {
-      lowerCaseColours = new Color[lowerCaseColours.length];
+      lowerCaseColours = new Color[from.lowerCaseColours.length];
       System.arraycopy(from.lowerCaseColours, 0, lowerCaseColours, 0,
               from.lowerCaseColours.length);
     }
@@ -238,24 +238,6 @@ public class UserColourScheme extends ResidueColourScheme
 
   }
 
-  @Override
-  public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
-  {
-    Color colour;
-    int index = ResidueProperties.aaIndex[c];
-
-    if (lowerCaseColours != null && 'a' <= c && c <= 'z')
-    {
-      colour = lowerCaseColours[index];
-    }
-    else
-    {
-      colour = colors[index];
-    }
-
-    return colour;
-  }
-
   public void setLowerCaseColours(Color[] lcolours)
   {
     lowerCaseColours = lcolours;