possible fix for stockhom ss-annotation re-creation after it is saved to Jalview...
[jalview.git] / src / jalview / util / Comparison.java
index e48c0ca..67a668a 100755 (executable)
@@ -1,26 +1,25 @@
 /*\r
-* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
-* Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-*\r
-* This program is free software; you can redistribute it and/or\r
-* modify it under the terms of the GNU General Public License\r
-* as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
-* of the License, or (at your option) any later version.\r
-*\r
-* This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
-* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
-* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
-* GNU General Public License for more details.\r
-*\r
-* You should have received a copy of the GNU General Public License\r
-* along with this program; if not, write to the Free Software\r
-* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
-*/\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
+ * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ *\r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ *\r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ *\r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ */\r
 package jalview.util;\r
 \r
 import jalview.datamodel.*;\r
 \r
-\r
 /**\r
  * DOCUMENT ME!\r
  *\r
@@ -30,7 +29,7 @@ import jalview.datamodel.*;
 public class Comparison\r
 {\r
   /** DOCUMENT ME!! */\r
-  public static String GapChars = " .-";\r
+  public static final String GapChars = " .-";\r
 \r
   /**\r
    * DOCUMENT ME!\r
@@ -40,7 +39,7 @@ public class Comparison
    *\r
    * @return DOCUMENT ME!\r
    */\r
-  public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
+  public static final float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
   {\r
     return Comparison.compare(ii, jj, 0, ii.getLength() - 1);\r
   }\r
@@ -55,8 +54,8 @@ public class Comparison
    */\r
   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end)\r
   {\r
-    String si = ii.getSequence();\r
-    String sj = jj.getSequence();\r
+    String si = ii.getSequenceAsString();\r
+    String sj = jj.getSequenceAsString();\r
 \r
     int ilen = si.length() - 1;\r
     int jlen = sj.length() - 1;\r
@@ -116,70 +115,21 @@ public class Comparison
    * @param s2 SequenceI\r
    * @return float\r
    */\r
-  public static float PID(SequenceI s1, SequenceI s2)\r
+  public final static float PID(String seq1, String seq2)\r
   {\r
-    int len;\r
-\r
-    if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
-    {\r
-      len = s1.getSequence().length();\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      len = s2.getSequence().length();\r
-    }\r
-\r
-    int bad = 0;\r
-\r
-    for (int i = 0; i < len; i++)\r
-    {\r
-      char chr1;\r
-      char chr2;\r
-\r
-      if (i < s1.getSequence().length())\r
-      {\r
-        chr1 = Character.toUpperCase(s1.getSequence().charAt(i));\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        chr1 = '.';\r
-      }\r
-\r
-      if (i < s2.getSequence().length())\r
-      {\r
-        chr2 = Character.toUpperCase(s2.getSequence().charAt(i));\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        chr2 = '.';\r
-      }\r
-\r
-      if (! (jalview.util.Comparison.isGap(chr1)) &&\r
-          ! (jalview.util.Comparison.isGap(chr2)))\r
-      {\r
-        if (chr1 != chr2)\r
-        {\r
-          bad++;\r
-        }\r
-      }\r
-    }\r
-\r
-    return ( (float) 100 * (len - bad)) / len;\r
+    return PID(seq1, seq2, 0, seq1.length());\r
   }\r
 \r
+  static final int caseShift = 'a' - 'A';\r
+\r
   // Another pid with region specification\r
-  public static float PID(SequenceI s1, SequenceI s2, int start, int end)\r
+  public final static float PID(String seq1, String seq2, int start, int end)\r
   {\r
-    int len;\r
 \r
-    if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
-    {\r
-      len = s1.getSequence().length();\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      len = s2.getSequence().length();\r
-    }\r
+    int s1len = seq1.length();\r
+    int s2len = seq2.length();\r
+\r
+    int len = Math.min(s1len, s2len);\r
 \r
     if (end < len)\r
     {\r
@@ -192,37 +142,31 @@ public class Comparison
     }\r
 \r
     int bad = 0;\r
+    char chr1;\r
+    char chr2;\r
 \r
     for (int i = start; i < len; i++)\r
     {\r
-      char chr1;\r
-      char chr2;\r
+      chr1 = seq1.charAt(i);\r
 \r
-      if (i < s1.getSequence().length())\r
-      {\r
-        chr1 = Character.toUpperCase(s1.getSequence().charAt(i));\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        chr1 = '.';\r
-      }\r
+      chr2 = seq2.charAt(i);\r
 \r
-      if (i < s2.getSequence().length())\r
+      if ('a' <= chr1 && chr1 <= 'z')\r
       {\r
-        chr2 = Character.toUpperCase(s2.getSequence().charAt(i));\r
+        // TO UPPERCASE !!!\r
+        //Faster than toUpperCase\r
+        chr1 -= caseShift;\r
       }\r
-      else\r
+      if ('a' <= chr2 && chr2 <= 'z')\r
       {\r
-        chr2 = '.';\r
+        // TO UPPERCASE !!!\r
+        //Faster than toUpperCase\r
+        chr2 -= caseShift;\r
       }\r
 \r
-      if (! (jalview.util.Comparison.isGap(chr1)) &&\r
-          ! (jalview.util.Comparison.isGap(chr2)))\r
+      if (chr1 != chr2 && !isGap(chr1) && !isGap(chr2))\r
       {\r
-        if (chr1 != chr2)\r
-        {\r
-          bad++;\r
-        }\r
+        bad++;\r
       }\r
     }\r
 \r
@@ -236,12 +180,12 @@ public class Comparison
    *\r
    * @return DOCUMENT ME!\r
    */\r
-  public static boolean isGap(char c)\r
+  public static final boolean isGap(char c)\r
   {\r
     return (c == '-' || c == '.' || c == ' ') ? true : false;\r
   }\r
 \r
-  public static boolean isNucleotide(SequenceI [] seqs)\r
+  public static final boolean isNucleotide(SequenceI[] seqs)\r
   {\r
     int i = 0, iSize = seqs.length, j, jSize;\r
     float nt = 0, aa = 0;\r
@@ -253,11 +197,15 @@ public class Comparison
       {\r
         c = seqs[i].getCharAt(j);\r
         if ('a' <= c && c <= 'z')\r
+        {\r
           c -= ('a' - 'A');\r
+        }\r
 \r
         if (c == 'A' || c == 'G' || c == 'C' || c == 'T' || c == 'U')\r
+        {\r
           nt++;\r
-        else if (!jalview.util.Comparison.isGap( seqs[i].getCharAt(j)))\r
+        }\r
+        else if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[i].getCharAt(j)))\r
         {\r
           aa++;\r
         }\r
@@ -266,9 +214,13 @@ public class Comparison
     }\r
 \r
     if ( (nt / (nt + aa)) > 0.85f)\r
+    {\r
       return true;\r
+    }\r
     else\r
+    {\r
       return false;\r
+    }\r
 \r
   }\r
 }\r