Parsing updates
[jalview.git] / src / jalview / ws / MsaWSClient.java
index 0d4b2c1..6d46e4b 100755 (executable)
@@ -125,7 +125,7 @@ public class MsaWSClient
                              " Service location failed\nfor URL :" + WsURL +\r
                              "\n" +\r
                              ex.getMessage());\r
-      wsInfo.setStatus(wsInfo.ERROR);\r
+      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.ERROR);\r
       ex.printStackTrace();\r
 \r
       return false;\r
@@ -257,7 +257,7 @@ public class MsaWSClient
             throw (new Exception(\r
                 "Timed out when communicating with server\nTry again later.\n"));\r
           }\r
-          jalview.bin.Jalview.log.debug("Result state " + result.getState() +\r
+          jalview.bin.Cache.log.debug("Result state " + result.getState() +\r
                                         "(ServerError=" + result.isServerError() +\r
                                         ")");\r
           if (result.isRunning())\r
@@ -280,9 +280,7 @@ public class MsaWSClient
           {\r
             if (result.getStatus() != null)\r
             {\r
-              System.out.println("result "+result.getStatus().length());\r
-              wsInfo.setProgressText(OutputHeader + "\n" );\r
-                                //     result.getStatus());\r
+              wsInfo.setProgressText(OutputHeader + "\n"+   result.getStatus());\r
             }\r
             if (result.isServerError())\r
             {\r
@@ -335,6 +333,7 @@ public class MsaWSClient
              +"\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
              ,"Out of memory", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );\r
           System.out.println("MsaWSClient: "+er);\r
+          System.gc();\r
         }\r
       }\r
 \r
@@ -396,7 +395,7 @@ public class MsaWSClient
                            e.toString() +\r
                            "\n");\r
         this.allowedServerExceptions = 0;\r
-        wsInfo.setStatus(wsInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
+        wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
         wsInfo.appendProgressText(\r
             "Failed to submit sequences for alignment.\n" +\r
             "It is most likely that there is a problem with the server.\n" +\r
@@ -436,21 +435,18 @@ public class MsaWSClient
 \r
         if (result.getStatus() != null)\r
         {\r
-          System.out.println("get status  " +result.getStatus().length());\r
-         // OutputHeader += ("\n" + result.getStatus());\r
+          OutputHeader += ("\n" + result.getStatus());\r
         }\r
 \r
         if (result.getMsa() != null)\r
         {\r
-          System.out.println("get msa");\r
-       //   OutputHeader += "\nAlignment Object Method Notes\n";\r
+          OutputHeader += "\nAlignment Object Method Notes\n";\r
 \r
           String[] lines = result.getMsa().getMethod();\r
 \r
-System.out.println("lines "+lines.length);\r
           for (int line = 0; line < lines.length; line++)\r
           {\r
-           // OutputHeader += (lines[line] + "\n");\r
+            OutputHeader += (lines[line] + "\n");\r
           }\r
 \r
           // JBPNote The returned files from a webservice could be hidden behind icons in the monitor window that, when clicked, pop up their corresponding data\r