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Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / AlcodonFrame.java
diff --git a/src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java b/src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
index 9a2c488..6b98b6a 100644 (file)
--- a/src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
+++ b/src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
@@ -1,8 +1,8 @@
 //
-// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
-// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
+// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
+// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2021.08.30 at 11:05:22 AM BST 
+// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:41 PM BST 
 //
 
 package jalview.xml.binding.jalview;
@@ -18,34 +18,46 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
 /**
- * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+ * <p>
+ * Java class for anonymous complex type.
  * 
- * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
- * contained within this class.
+ * <p>
+ * The following schema fragment specifies the expected content contained within
+ * this class.
  * 
- * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
- * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded"
- * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
- * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
- * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="pos2"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
- * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
- * name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
- * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
- * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
- * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
- * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
- * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
- * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
+ * <pre>
+ * &lt;complexType>
+ *   &lt;complexContent>
+ *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+ *       &lt;sequence>
+ *         &lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
+ *           &lt;complexType>
+ *             &lt;complexContent>
+ *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+ *                 &lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
+ *                 &lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
+ *                 &lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
+ *               &lt;/restriction>
+ *             &lt;/complexContent>
+ *           &lt;/complexType>
+ *         &lt;/element>
+ *         &lt;element name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
+ *           &lt;complexType>
+ *             &lt;complexContent>
+ *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+ *                 &lt;sequence>
+ *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
+ *                 &lt;/sequence>
+ *                 &lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *               &lt;/restriction>
+ *             &lt;/complexContent>
+ *           &lt;/complexType>
+ *         &lt;/element>
+ *       &lt;/sequence>
+ *     &lt;/restriction>
+ *   &lt;/complexContent>
+ * &lt;/complexType>
+ * </pre>
  * 
  * 
  */
@@ -62,16 +74,22 @@ public class AlcodonFrame
   /**
    * Gets the value of the alcodon property.
    * 
-   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
-   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
-   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
-   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodon property.
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the alcodon property.
    * 
-   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
-   * getAlcodon().add(newItem); &lt;/pre&gt;
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
    * 
+   * <pre>
+   * getAlcodon().add(newItem);
+   * </pre>
    * 
-   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
    * {@link AlcodonFrame.Alcodon }
    * 
    * 
@@ -88,16 +106,22 @@ public class AlcodonFrame
   /**
    * Gets the value of the alcodMap property.
    * 
-   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
-   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
-   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
-   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodMap property.
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the alcodMap property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
    * 
-   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
-   * getAlcodMap().add(newItem); &lt;/pre&gt;
+   * <pre>
+   * getAlcodMap().add(newItem);
+   * </pre>
    * 
    * 
-   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
    * {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
    * 
    * 
@@ -112,20 +136,25 @@ public class AlcodonFrame
   }
 
   /**
-   * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
    * 
-   * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
-   * contained within this class.
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
    * 
-   * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
-   * &amp;lt;restriction
-   * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
-   * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
-   * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
-   * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required"
-   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
-   * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
-   * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;complexContent>
+   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+   *       &lt;sequence>
+   *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
+   *       &lt;/sequence>
+   *       &lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+   *     &lt;/restriction>
+   *   &lt;/complexContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
    * 
    * 
    */
@@ -198,21 +227,24 @@ public class AlcodonFrame
    * none at all (indicating a gapped column with no translated peptide).
    * 
    * 
-   * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
    * 
-   * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
-   * contained within this class.
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
    * 
-   * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
-   * &amp;lt;restriction
-   * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
-   * name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
-   * &amp;lt;attribute name="pos2"
-   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
-   * &amp;lt;attribute name="pos3"
-   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
-   * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
-   * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;complexContent>
+   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+   *       &lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
+   *       &lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
+   *       &lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
+   *     &lt;/restriction>
+   *   &lt;/complexContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
    * 
    * 
    */