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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / AlcodonFrame.java
diff --git a/src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java b/src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
index 5dcc0bd..bb26303 100644 (file)
--- a/src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
+++ b/src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
@@ -1,8 +1,8 @@
 //
-// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
-// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
+// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
+// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2023.03.17 at 05:31:44 PM GMT 
+// Generated on: 2023.11.01 at 07:03:09 PM GMT 
 //
 
 package jalview.xml.binding.jalview;
@@ -18,46 +18,34 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
 /**
- * <p>
- * Java class for anonymous complex type.
+ * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  * 
- * <p>
- * The following schema fragment specifies the expected content contained within
- * this class.
+ * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
+ * contained within this class.
  * 
- * <pre>
- * &lt;complexType>
- *   &lt;complexContent>
- *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *       &lt;sequence>
- *         &lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
- *           &lt;complexType>
- *             &lt;complexContent>
- *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *                 &lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
- *                 &lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
- *                 &lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
- *               &lt;/restriction>
- *             &lt;/complexContent>
- *           &lt;/complexType>
- *         &lt;/element>
- *         &lt;element name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
- *           &lt;complexType>
- *             &lt;complexContent>
- *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *                 &lt;sequence>
- *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
- *                 &lt;/sequence>
- *                 &lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *               &lt;/restriction>
- *             &lt;/complexContent>
- *           &lt;/complexType>
- *         &lt;/element>
- *       &lt;/sequence>
- *     &lt;/restriction>
- *   &lt;/complexContent>
- * &lt;/complexType>
- * </pre>
+ * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+ * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded"
+ * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
+ * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
+ * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;attribute name="pos2"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
+ * name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
+ * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+ * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
+ * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
+ * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
+ * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+ * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  * 
  * 
  */
@@ -74,22 +62,16 @@ public class AlcodonFrame
   /**
    * Gets the value of the alcodon property.
    * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the alcodon property.
+   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
+   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
+   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
+   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodon property.
    * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
+   * getAlcodon().add(newItem); &lt;/pre&gt;
    * 
-   * <pre>
-   * getAlcodon().add(newItem);
-   * </pre>
    * 
-   * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
    * {@link AlcodonFrame.Alcodon }
    * 
    * 
@@ -106,22 +88,16 @@ public class AlcodonFrame
   /**
    * Gets the value of the alcodMap property.
    * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the alcodMap property.
-   * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
+   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
+   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
+   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodMap property.
    * 
-   * <pre>
-   * getAlcodMap().add(newItem);
-   * </pre>
+   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
+   * getAlcodMap().add(newItem); &lt;/pre&gt;
    * 
    * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
    * {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
    * 
    * 
@@ -136,25 +112,20 @@ public class AlcodonFrame
   }
 
   /**
-   * <p>
-   * Java class for anonymous complex type.
+   * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
    * 
-   * <p>
-   * The following schema fragment specifies the expected content contained
-   * within this class.
+   * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
+   * contained within this class.
    * 
-   * <pre>
-   * &lt;complexType>
-   *   &lt;complexContent>
-   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
-   *       &lt;sequence>
-   *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
-   *       &lt;/sequence>
-   *       &lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-   *     &lt;/restriction>
-   *   &lt;/complexContent>
-   * &lt;/complexType>
-   * </pre>
+   * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+   * &amp;lt;restriction
+   * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+   * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
+   * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
+   * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required"
+   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+   * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+   * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
    * 
    * 
    */
@@ -227,24 +198,21 @@ public class AlcodonFrame
    * none at all (indicating a gapped column with no translated peptide).
    * 
    * 
-   * <p>
-   * Java class for anonymous complex type.
+   * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
    * 
-   * <p>
-   * The following schema fragment specifies the expected content contained
-   * within this class.
+   * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
+   * contained within this class.
    * 
-   * <pre>
-   * &lt;complexType>
-   *   &lt;complexContent>
-   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
-   *       &lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
-   *       &lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
-   *       &lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
-   *     &lt;/restriction>
-   *   &lt;/complexContent>
-   * &lt;/complexType>
-   * </pre>
+   * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+   * &amp;lt;restriction
+   * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
+   * name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
+   * &amp;lt;attribute name="pos2"
+   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
+   * &amp;lt;attribute name="pos3"
+   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
+   * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+   * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
    * 
    * 
    */