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JAL-4366 avoid corrupting map when no complete mapping available for chain to sequence
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Annotation.java
diff --git a/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java b/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
index 2feda64..26e9124 100644 (file)
--- a/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
+++ b/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
@@ -1,8 +1,8 @@
 //
-// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
-// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
+// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
+// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:41 PM BST 
+// Generated on: 2023.11.01 at 07:03:09 PM GMT 
 //
 
 package jalview.xml.binding.jalview;
@@ -17,56 +17,61 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
 /**
- * <p>
- * Java class for anonymous complex type.
+ * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  * 
- * <p>
- * The following schema fragment specifies the expected content contained within
- * this class.
+ * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
+ * contained within this class.
  * 
- * <pre>
- * &lt;complexType>
- *   &lt;complexContent>
- *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *       &lt;sequence>
- *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
- *         &lt;element name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
- *         &lt;element name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
- *         &lt;element name="thresholdLine" minOccurs="0">
- *           &lt;complexType>
- *             &lt;complexContent>
- *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *                 &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
- *                 &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
- *               &lt;/restriction>
- *             &lt;/complexContent>
- *           &lt;/complexType>
- *         &lt;/element>
- *         &lt;element name="contactmatrix" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MatrixType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
- *         &lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
- *       &lt;/sequence>
- *       &lt;attribute name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
- *       &lt;attribute name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
- *       &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
- *       &lt;attribute name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
- *       &lt;attribute name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
- *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="scoreOnly" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
- *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
- *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
- *       &lt;attribute name="centreColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
- *       &lt;attribute name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
- *       &lt;attribute name="showAllColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
- *       &lt;attribute name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
- *       &lt;attribute name="belowAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
- *       &lt;attribute name="calcId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *     &lt;/restriction>
- *   &lt;/complexContent>
- * &lt;/complexType>
- * </pre>
+ * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+ * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
+ * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement"
+ * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="label"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt; &amp;lt;element
+ * name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
+ * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="thresholdLine"
+ * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
+ * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
+ * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
+ * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colour"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
+ * name="contactmatrix"
+ * type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MapOnAMatrixType"
+ * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="property"
+ * type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded"
+ * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
+ * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="graphType"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;attribute name="groupRef"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;attribute name="graphGroup"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
+ * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="scoreOnly"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;attribute name="score"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;attribute name="centreColLabels"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
+ * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="showAllColLabels"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
+ * name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
+ * default="false" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="belowAlignment"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;attribute name="calcId"
+ * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  * 
  * 
  */
@@ -89,7 +94,7 @@ public class Annotation
 
   protected Annotation.ThresholdLine thresholdLine;
 
-  protected List<MatrixType> contactmatrix;
+  protected List<MapOnAMatrixType> contactmatrix;
 
   protected List<Property> property;
 
@@ -147,22 +152,16 @@ public class Annotation
   /**
    * Gets the value of the annotationElement property.
    * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the annotationElement property.
+   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
+   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
+   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
+   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotationElement property.
    * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
+   * getAnnotationElement().add(newItem); &lt;/pre&gt;
    * 
-   * <pre>
-   * getAnnotationElement().add(newItem);
-   * </pre>
    * 
-   * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
    * {@link AnnotationElement }
    * 
    * 
@@ -248,31 +247,25 @@ public class Annotation
   /**
    * Gets the value of the contactmatrix property.
    * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the contactmatrix property.
-   * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
+   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
+   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
+   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the contactmatrix property.
    * 
-   * <pre>
-   * getContactmatrix().add(newItem);
-   * </pre>
+   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
+   * getContactmatrix().add(newItem); &lt;/pre&gt;
    * 
    * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link MatrixType
-   * }
+   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link MapOnAMatrixType }
    * 
    * 
    */
-  public List<MatrixType> getContactmatrix()
+  public List<MapOnAMatrixType> getContactmatrix()
   {
     if (contactmatrix == null)
     {
-      contactmatrix = new ArrayList<MatrixType>();
+      contactmatrix = new ArrayList<MapOnAMatrixType>();
     }
     return this.contactmatrix;
   }
@@ -280,22 +273,17 @@ public class Annotation
   /**
    * Gets the value of the property property.
    * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the property property.
-   * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
+   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
+   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
+   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the property property.
    * 
-   * <pre>
-   * getProperty().add(newItem);
-   * </pre>
+   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
+   * getProperty().add(newItem); &lt;/pre&gt;
    * 
    * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Property }
+   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link Property }
    * 
    * 
    */
@@ -716,24 +704,20 @@ public class Annotation
   }
 
   /**
-   * <p>
-   * Java class for anonymous complex type.
+   * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
    * 
-   * <p>
-   * The following schema fragment specifies the expected content contained
-   * within this class.
+   * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
+   * contained within this class.
    * 
-   * <pre>
-   * &lt;complexType>
-   *   &lt;complexContent>
-   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
-   *       &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-   *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
-   *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
-   *     &lt;/restriction>
-   *   &lt;/complexContent>
-   * &lt;/complexType>
-   * </pre>
+   * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+   * &amp;lt;restriction
+   * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
+   * name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+   * &amp;lt;attribute name="value"
+   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
+   * name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
+   * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+   * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
    * 
    * 
    */