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Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Annotation.java
diff --git a/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java b/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
index 8d66aa3..2feda64 100644 (file)
--- a/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
+++ b/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
@@ -1,8 +1,8 @@
 //
-// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
-// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
+// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
+// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2021.08.30 at 11:05:22 AM BST 
+// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:41 PM BST 
 //
 
 package jalview.xml.binding.jalview;
@@ -17,65 +17,56 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
 /**
- * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+ * <p>
+ * Java class for anonymous complex type.
  * 
- * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
- * contained within this class.
+ * <p>
+ * The following schema fragment specifies the expected content contained within
+ * this class.
  * 
- * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
- * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
- * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement"
- * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="label"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt; &amp;lt;element
- * name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
- * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="thresholdLine"
- * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
- * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
- * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
- * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colour"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
- * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
- * name="property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
- * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
- * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="value"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
- * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="graph" use="required"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="sequenceRef"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="graphColour"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="graphHeight"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="scoreOnly"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="score"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="centreColLabels"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
- * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="showAllColLabels"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
- * name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
- * default="false" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="belowAlignment"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
- * &amp;lt;attribute name="calcId"
- * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
+ * <pre>
+ * &lt;complexType>
+ *   &lt;complexContent>
+ *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+ *       &lt;sequence>
+ *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
+ *         &lt;element name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
+ *         &lt;element name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
+ *         &lt;element name="thresholdLine" minOccurs="0">
+ *           &lt;complexType>
+ *             &lt;complexContent>
+ *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+ *                 &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
+ *                 &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *               &lt;/restriction>
+ *             &lt;/complexContent>
+ *           &lt;/complexType>
+ *         &lt;/element>
+ *         &lt;element name="contactmatrix" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MatrixType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
+ *         &lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
+ *       &lt;/sequence>
+ *       &lt;attribute name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *       &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *       &lt;attribute name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *       &lt;attribute name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *       &lt;attribute name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *       &lt;attribute name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *       &lt;attribute name="scoreOnly" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
+ *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
+ *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="centreColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="showAllColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
+ *       &lt;attribute name="belowAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
+ *       &lt;attribute name="calcId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *     &lt;/restriction>
+ *   &lt;/complexContent>
+ * &lt;/complexType>
+ * </pre>
  * 
  * 
  */
@@ -84,7 +75,7 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
   name = "",
   propOrder =
   { "annotationElement", "label", "description", "thresholdLine",
-      "property" })
+      "contactmatrix", "property" })
 @XmlRootElement(name = "Annotation")
 public class Annotation
 {
@@ -98,7 +89,9 @@ public class Annotation
 
   protected Annotation.ThresholdLine thresholdLine;
 
-  protected List<Annotation.Property> property;
+  protected List<MatrixType> contactmatrix;
+
+  protected List<Property> property;
 
   @XmlAttribute(name = "graph", required = true)
   protected boolean graph;
@@ -154,16 +147,22 @@ public class Annotation
   /**
    * Gets the value of the annotationElement property.
    * 
-   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
-   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
-   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
-   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotationElement property.
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the annotationElement property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
    * 
-   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
-   * getAnnotationElement().add(newItem); &lt;/pre&gt;
+   * <pre>
+   * getAnnotationElement().add(newItem);
+   * </pre>
    * 
    * 
-   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
    * {@link AnnotationElement }
    * 
    * 
@@ -247,27 +246,64 @@ public class Annotation
   }
 
   /**
+   * Gets the value of the contactmatrix property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the contactmatrix property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getContactmatrix().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link MatrixType
+   * }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<MatrixType> getContactmatrix()
+  {
+    if (contactmatrix == null)
+    {
+      contactmatrix = new ArrayList<MatrixType>();
+    }
+    return this.contactmatrix;
+  }
+
+  /**
    * Gets the value of the property property.
    * 
-   * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
-   * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
-   * present inside the JAXB object. This is why there is not a
-   * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the property property.
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the property property.
    * 
-   * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
-   * getProperty().add(newItem); &lt;/pre&gt;
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
    * 
+   * <pre>
+   * getProperty().add(newItem);
+   * </pre>
    * 
-   * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
-   * {@link Annotation.Property }
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Property }
    * 
    * 
    */
-  public List<Annotation.Property> getProperty()
+  public List<Property> getProperty()
   {
     if (property == null)
     {
-      property = new ArrayList<Annotation.Property>();
+      property = new ArrayList<Property>();
     }
     return this.property;
   }
@@ -680,96 +716,24 @@ public class Annotation
   }
 
   /**
-   * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
-   * 
-   * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
-   * contained within this class.
-   * 
-   * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
-   * &amp;lt;restriction
-   * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
-   * name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
-   * &amp;lt;attribute name="value"
-   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
-   * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
-   * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
-   * 
-   * 
-   */
-  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-  @XmlType(name = "")
-  public static class Property
-  {
-
-    @XmlAttribute(name = "name")
-    protected String name;
-
-    @XmlAttribute(name = "value")
-    protected String value;
-
-    /**
-     * Gets the value of the name property.
-     * 
-     * @return possible object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public String getName()
-    {
-      return name;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of the name property.
-     * 
-     * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public void setName(String value)
-    {
-      this.name = value;
-    }
-
-    /**
-     * Gets the value of the value property.
-     * 
-     * @return possible object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public String getValue()
-    {
-      return value;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of the value property.
-     * 
-     * @param value
-     *          allowed object is {@link String }
-     * 
-     */
-    public void setValue(String value)
-    {
-      this.value = value;
-    }
-
-  }
-
-  /**
-   * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
    * 
-   * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
-   * contained within this class.
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
    * 
-   * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
-   * &amp;lt;restriction
-   * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
-   * name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
-   * &amp;lt;attribute name="value"
-   * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
-   * name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
-   * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
-   * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;complexContent>
+   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+   *       &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+   *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
+   *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+   *     &lt;/restriction>
+   *   &lt;/complexContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
    * 
    * 
    */