JAL-1705 further unit tests
[jalview.git] / test / jalview / ext / ensembl / EnsemblSeqProxyTest.java
index a06465f..ed936d5 100644 (file)
@@ -1,19 +1,28 @@
 package jalview.ext.ensembl;
 
+import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
+
 import jalview.datamodel.Alignment;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
+import jalview.datamodel.Sequence;
+import jalview.datamodel.SequenceFeature;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
 import jalview.io.FastaFile;
 import jalview.io.FileParse;
+import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
+import jalview.io.gff.SequenceOntologyLite;
 
 import java.lang.reflect.Method;
 import java.net.MalformedURLException;
 import java.net.URL;
+import java.util.ArrayList;
 import java.util.Arrays;
 import java.util.List;
 
 import org.testng.Assert;
+import org.testng.annotations.AfterClass;
+import org.testng.annotations.BeforeClass;
 import org.testng.annotations.DataProvider;
 import org.testng.annotations.Test;
 
@@ -99,6 +108,18 @@ public class EnsemblSeqProxyTest
                   + "NRDQIIFMVGRGYLSPDLSKVRSNCPKAMKRLMAECLKKKRDERPLFPQILASIELLARS\n"
                   + "LPKIHRSASEPSLNRAGFQTEDFSLYACASPKTPIQAGGYGAFPVH" } };
 
+  @BeforeClass
+  public void setUp()
+  {
+    SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntologyLite());
+  }
+
+  @AfterClass
+  public void tearDown()
+  {
+    SequenceOntologyFactory.setInstance(null);
+  }
+
   @DataProvider(name = "queries")
   public Object[][] createQueryData(Method m)
   {
@@ -189,7 +210,7 @@ public class EnsemblSeqProxyTest
       }
 
       @Override
-      protected String getRequestMimeType()
+      protected String getRequestMimeType(boolean b)
       {
         // TODO Auto-generated method stub
         return null;
@@ -208,5 +229,150 @@ public class EnsemblSeqProxyTest
             + (isAvailable ? "UP!"
                     : "DOWN or unreachable ******************* BAD!"));
   }
-  // todo lots of tests
+
+  /**
+   * Tests for the method that computes all peptide variants given codon
+   * variants
+   */
+  @Test(groups = "Functional")
+  public void testComputePeptideVariants()
+  {
+    String[][] codonVariants = new String[][] { { "A" }, { "G" }, { "T" } };
+
+    /*
+     * AGT codes for S - this is not included in the variants returned
+     */
+    List<String> variants = EnsemblSeqProxy.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
+    assertEquals("[]", variants.toString());
+
+    // S is reported if it differs from the current value (A):
+    variants = EnsemblSeqProxy.computePeptideVariants(codonVariants, "A");
+    assertEquals("[S]", variants.toString());
+
+    /*
+     * synonymous variant is not reported
+     */
+    codonVariants = new String[][] { { "A" }, { "G" }, { "C", "T" } };
+    // AGC and AGT both code for S
+    variants = EnsemblSeqProxy.computePeptideVariants(codonVariants, "s");
+    assertEquals("[]", variants.toString());
+
+    /*
+     * equivalent variants are only reported once
+     */
+    codonVariants = new String[][] { { "C" }, { "T" },
+        { "A", "C", "G", "T" } };
+    // CTA CTC CTG CTT all code for L
+    variants = EnsemblSeqProxy.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
+    assertEquals("[L]", variants.toString());
+
+    /*
+     * vary codons 1 and 2; variant products are sorted and non-redundant
+     */
+    codonVariants = new String[][] { { "a", "C" }, { "g", "T" }, { "A" } };
+    // aga ata cga cta code for R, I, R, L
+    variants = EnsemblSeqProxy.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
+    assertEquals("[I, L, R]", variants.toString());
+
+    /*
+     * vary codons 2 and 3
+     */
+    codonVariants = new String[][] { { "a" }, { "g", "T" }, { "A", "c" } };
+    // aga agc ata atc code for R, S, I, I
+    variants = EnsemblSeqProxy.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
+    assertEquals("[I, R]", variants.toString());
+
+    /*
+     * vary codons 1 and 3
+     */
+    codonVariants = new String[][] { { "a", "t" }, { "a" }, { "t", "g" } };
+    // aat aag tat tag code for N, K, Y, STOP - STOP sorted to end
+    variants = EnsemblSeqProxy.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
+    assertEquals("[K, N, Y, STOP]", variants.toString());
+
+    /*
+     * vary codons 1, 2 and 3
+     */
+    codonVariants = new String[][] { { "a", "t" }, { "G", "C" },
+        { "t", "g" } };
+    // agt agg act acg tgt tgg tct tcg code for S, R, T, T, C, W, S, S
+    variants = EnsemblSeqProxy.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
+    assertEquals("[C, R, T, W]", variants.toString());
+  }
+  
+  /**
+   * Tests for the method that maps the subset of a dna sequence that has CDS
+   * (or subtype) feature.
+   */
+  @Test(groups = "Functional")
+  public void testGetCdsRanges()
+  {
+    EnsemblSeqProxy testee = new EnsemblSeqProxyAdapter();
+
+    SequenceI dnaSeq = new Sequence("dna", "aaaGGGcccAAATTTttt");
+    dnaSeq.createDatasetSequence();
+    SequenceI ds = dnaSeq.getDatasetSequence();
+
+    // CDS for dna 3-6
+    SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 4, 6, 0f, null);
+    ds.addSequenceFeature(sf);
+    // exon feature should be ignored here
+    sf = new SequenceFeature("exon", "", 7, 9, 0f, null);
+    ds.addSequenceFeature(sf);
+    // CDS for dna 10-12
+    sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 10, 12, 0f, null);
+    ds.addSequenceFeature(sf);
+
+    List<int[]> ranges = new ArrayList<int[]>();
+    int mappedLength = testee.getCdsRanges(dnaSeq, ranges);
+    assertEquals(6, mappedLength);
+    assertEquals(2, ranges.size());
+    assertEquals(4, ranges.get(0)[0]);
+    assertEquals(6, ranges.get(0)[1]);
+    assertEquals(10, ranges.get(1)[0]);
+    assertEquals(12, ranges.get(1)[1]);
+
+  }
+
+  @Test(groups = "Functional")
+  public void getGenomicRangesFromFeatures()
+  {
+
+  }
+
+  /**
+   * Tests for the method that maps the subset of a dna sequence that has CDS
+   * (or subtype) feature - case where the start codon is incomplete.
+   */
+  @Test(groups = "Functional")
+  public void testGetCdsRanges_fivePrimeIncomplete()
+  {
+    EnsemblSeqProxy testee = new EnsemblSeqProxyAdapter();
+  
+    SequenceI dnaSeq = new Sequence("dna", "aaagGGCCCaaaTTTttt");
+    dnaSeq.createDatasetSequence();
+    SequenceI ds = dnaSeq.getDatasetSequence();
+  
+    // CDS for dna 5-6 (incomplete codon), 7-9
+    SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 5, 9, 0f, null);
+    sf.setPhase("2"); // skip 2 bases to start of next codon
+    ds.addSequenceFeature(sf);
+    ds.addSequenceFeature(sf);
+    // CDS for dna 13-15
+    sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 13, 15, 0f, null);
+    ds.addSequenceFeature(sf);
+  
+    List<int[]> ranges = new ArrayList<int[]>();
+    int mappedLength = testee.getCdsRanges(dnaSeq, ranges);
+
+    /*
+     * check the mapping starts with the first complete codon
+     */
+    assertEquals(6, mappedLength);
+    assertEquals(2, ranges.size());
+    assertEquals(7, ranges.get(0)[0]);
+    assertEquals(9, ranges.get(0)[1]);
+    assertEquals(13, ranges.get(1)[0]);
+    assertEquals(15, ranges.get(1)[1]);
+  }
 }
\ No newline at end of file