get the html header comment right!
[jalview.git] / utils / jalopy / docs / settings.html
index ff38d85..62e881d 100755 (executable)
@@ -1,73 +1,18 @@
 
-    <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
-  <html><head>
-      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
-   <title>Chapter&nbsp;4.&nbsp;Settings</title><link rel="stylesheet" href="site.css" type="text/css"><meta name="generator" content="DocBook XSL Stylesheets V1.65.1"><link rel="home" href="manual.html" title="Jalopy User Manual"><link rel="up" href="part-core.html" title="Part&nbsp;I.&nbsp;Jalopy core"><link rel="previous" href="usage.html" title="Chapter&nbsp;3.&nbsp;Usage"><link rel="next" href="project.html" title="4.2.&nbsp;Projects"><link rel="preface" href="dedication.html" title="Dedication"><link rel="preface" href="acknowledge.html" title="Acknowledgements"><link rel="preface" href="introduction.html" title="Introduction"><link rel="part" href="part-core.html" title="Part&nbsp;I.&nbsp;Jalopy core"><link rel="chapter" href="installation.html" title="Chapter&nbsp;1.&nbsp;Installation"><link rel="chapter" href="build.html" title="Chapter&nbsp;2.&nbsp;Building"><link rel="chapter" href="usage.html" title="Chapter&nbsp;3.&nbsp;Usage"><link rel="chapter" href="settings.html" title="Chapter&nbsp;4.&nbsp;Settings"><link rel="part" href="part-plugins.html" title="Part&nbsp;II.&nbsp;Plug-ins"><link rel="chapter" href="plugin-ant.html" title="Chapter&nbsp;5.&nbsp;Ant Plug-in task"><link rel="chapter" href="plugin-console.html" title="Chapter&nbsp;6.&nbsp;Console Application"><link rel="chapter" href="plugin-eclipse.html" title="Chapter&nbsp;7.&nbsp;Eclipse Plug-in"><link rel="chapter" href="plugin-jbuilder.html" title="Chapter&nbsp;8.&nbsp;JBuilder OpenTool"><link rel="chapter" href="plugin-jdev.html" title="Chapter&nbsp;9.&nbsp;JDeveloper Extension"><link rel="chapter" href="plugin-jedit.html" title="Chapter&nbsp;10.&nbsp;jEdit Plug-in"><link rel="chapter" href="plugin-netbeans.html" title="Chapter&nbsp;11.&nbsp;NetBeans/Sun ONE Studio module"><link rel="appendix" href="dependencies.html" title="Appendix&nbsp;A.&nbsp;Library Dependencies"><link rel="appendix" href="license-bsd.html" title="Appendix&nbsp;B.&nbsp;The Jalopy BSD License"><link rel="appendix" href="license-antlr.html" title="Appendix&nbsp;C.&nbsp;ANTLR SOFTWARE RIGHTS"><link rel="appendix" href="license-apache.html" title="Appendix&nbsp;D.&nbsp;The Apache Software License, Version 1.1"><link rel="appendix" href="license-gnu.html" title="Appendix&nbsp;E.&nbsp;GNU GENERAL PUBLIC LICENSE Version 2, June 1991"><link rel="appendix" href="license-gnu-doc.html" title="Appendix&nbsp;F.&nbsp;GNU Free Documentation License Version 1.1, March 2000"><link rel="appendix" href="license-common-public.html" title="Appendix&nbsp;G.&nbsp;Common Public License Version 1.0"><link rel="appendix" href="license-sun-public.html" title="Appendix&nbsp;H.&nbsp;SUN PUBLIC LICENSE Version 1.0"><link rel="index" href="ix01.html" title="Index"><link rel="section" href="settings.html#general" title="4.1.&nbsp;General"><link rel="section" href="project.html" title="4.2.&nbsp;Projects"><link rel="section" href="printer.html" title="4.3.&nbsp;Printer"><link rel="section" href="inspector.html" title="4.4.&nbsp;Code Inspector"><link rel="section" href="messages.html" title="4.5.&nbsp;Messages">
-      <meta name="description" content="Jalopy Java Source Code Formatter Beautifier Pretty Printer"> 
-      <meta http-equiv="pics-label" content='(pics-1.1 "http://www.icra.org/ratingsv02.html" l gen true for "http://jalopy.sf.net" r (cz 1 lz 1 nz 1 oz 1 vz 1) "http://www.rsac.org/ratingsv01.html" l gen true for "http://jalopy.sf.net" r (n 0 s 0 v 0 l 0))'> 
-    </head><body id="toppage" bgcolor="white" text="black" link="#0000FF" vlink="#840084" alink="#0000FF"><table width="700" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" align="left"><tbody><tr><td><table cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%" style="border:1px solid #336699"><tbody><tr><td height="16"></td></tr><tr><td bgcolor="#3399cc" height="1"></td></tr><tr style="border:none"><td style="border:none"><table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0"><tbody><tr><td class="logo">JALOPY</td><td class="sublogo" valign="bottom">Java Source Code Formatter Beautifier Pretty Printer</td></tr></tbody></table></td></tr><tr><td bgcolor="#3399cc" height="1"></td></tr><tr><td height="10"></td></tr><tr><td bgcolor="#ff8000" height="4"></td></tr><tr><td height="20" bgcolor="#336699" style="color:#ffffff;padding-left:10px"><a href="./index.html" class="navlink">Overview</a> &#149;
-                    <a href="./download.html" class="navlink">Download</a> &#149;
-                    <a href="./docs.html" class="navlink">Documentation</a> &#149;
-                    <a href="./plugins.html" class="navlink">Plug-ins</a> &#149;
-                    <a href="./links.html" class="navlink">Links</a> &#149;
-                    <a href="./contact.html" class="navlink">Contact</a></td></tr><tr><td height="1" bgcolor="#ffffff"></td></tr></tbody></table></td></tr><tr valign="top"><td valign="top" bgcolor="#ffffff"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%"><tbody><tr><td height="20" bgcolor="#faebd7" style="padding-left:15px"><a href="./features.html" class="navlink2">Features</a> |
-                    <a href="./history.html" class="navlink2">History</a> |
-                    <a href="./manual.html" class="navlink2">Manual</a> |
-                    <a href="./faq.html" class="navlink2">FAQ</a> |
-                    <a href="./api/index.html" class="navlink2">Javadoc</a></td></tr><tr><td height="20" bgcolor="#ffffff"></td></tr><tr><td bgcolor="#eeeecc" height="17" align="right" style="font-size:10px;padding-right:3px">
-                    This page generated: <strong>June 8 2004</strong></td></tr></tbody></table><table border="0" width="100%" cellspacing="0" cellpadding="5"><tr><td><div class="navheader"><table width="100%" summary="Navigation header"><tr><th colspan="3" align="center">Chapter&nbsp;4.&nbsp;Settings</th></tr><tr><td width="20%" align="left"><a accesskey="p" href="usage.html">Prev</a>&nbsp;</td><th width="60%" align="center">Part&nbsp;I.&nbsp;Jalopy core</th><td width="20%" align="right">&nbsp;<a accesskey="n" href="project.html">Next</a></td></tr></table><hr></div><div class="chapter" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h2 class="title"><a name="settings"></a>Chapter&nbsp;4.&nbsp;Settings</h2></div></div><div></div></div><a class="indexterm" name="d0e942"></a><p>
-Provides a detailed discussion of all available settings to configure Jalopy.
-</p><p><a name="settings-directory"></a>
-Jalopy stores all settings as files inside its
-<i class="firstterm">Settings directory</i> (or subdirectories thereof).
-This directory is located in the user home directory (<tt class="filename">$HOME/.jalopy</tt>).
-</p><a class="indexterm" name="d0e957"></a><p>
-A graphical user interface is provided to easily configure the settings.
-Please refer to the individual Plug-in chapters in <a href="part-plugins.html" title="Part&nbsp;II.&nbsp;Plug-ins">Part&nbsp;II, &#8220;Plug-ins&#8221;</a>
-for information on how to display it from within the Plug-in you received.
-</p><div class="sect1" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h2 class="title" style="clear: both"><a name="general"></a>4.1.&nbsp;General</h2></div></div><div></div></div><p><a name="code-convention"></a>
-Jalopy stores its settings in a binary file
-<tt class="filename">$HOME/.jalopy/<i class="replaceable"><tt>PROJECT_DIR</tt></i>/preferences.dat</tt>.
-However you can import/export your settings in both the binary, and a textual
-XML format. A group of settings forms a <i class="firstterm">code convention</i>.
-</p><a class="indexterm" name="d0e979"></a><div class="sect2" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h3 class="title"><a name="general-convention"></a>4.1.1.&nbsp;Convention</h3></div></div><div></div></div><p>
-Lets you name a group of settings, a code convention.
-</p><div class="itemizedlist"><ul type="disc"><li><p>
-Name
-</p><p>
-The name of the code convention. The name must be no longer than 10 characters.
-</p></li><li><p>
-Description
-</p><p>
-Stores a short description for the code convention.
-</p></li></ul></div></div><div class="sect2" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h3 class="title"><a name="general-compliance"></a>4.1.2.&nbsp;Compliance</h3></div></div><div></div></div><p>
-Lets you specify whether Java sources should be treated as JDK 1.3 or
-as JDK 1.4 compatible. The latter means <tt class="literal">assert</tt> will be
-recognized as a reserved keyword.
-</p><a class="indexterm" name="d0e1006"></a><a class="indexterm" name="d0e1009"></a><a class="indexterm" name="d0e1012"></a><div class="itemizedlist"><ul type="disc"><li><p>
-Source compatibility
-</p><p>
-Lets you choose the JDK version to use for source compatibility.
-</p></li></ul></div></div><div class="sect2" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h3 class="title"><a name="import-export"></a>4.1.3.&nbsp;Import/Export</h3></div></div><div></div></div><p>
-Use the <span><b class="guibutton">Import...</b></span> and <span><b class="guibutton">Export...</b></span>
-buttons to import an already-saved code convention, or export your current settings as
-a new code convention. You can choose between the binary <tt class="filename">.jal</tt> format
-or an XML representation.
-</p><p>
-Jalopy is able to import settings from both local and distributed locations.
-Just specify a valid Internet address (either starting with <i class="firstterm">http://</i> or
-<i class="firstterm">www.</i>) for the latter. Jalopy will then attempt to synchronize
-its settings with the given url on every invocation. That way it is easy to
-share a single code convention across a group of developers.
-</p><p>
-Please note that versions prior to 1.0b8 stored the backup directory always as
-an absolute file. Therefore after importing a code convention, you should
-check whether this directory points to your preferred backup directory. This
-advice holds true even for later versions in case you've changed the default
-backup directory.
-</p><p>
-However if the backup directory setting is left untouched, the directory is
-stored relative to the Jalopy settings directory. This way you can savely
-share your code convention across different systems and platforms.
-</p></div></div></div><div class="navfooter"><hr><table width="100%" summary="Navigation footer"><tr><td width="40%" align="left"><a accesskey="p" href="usage.html">Prev</a>&nbsp;</td><td width="20%" align="center"><a accesskey="u" href="part-core.html">Up</a></td><td width="40%" align="right">&nbsp;<a accesskey="n" href="project.html">Next</a></td></tr><tr><td width="40%" align="left" valign="top">Chapter&nbsp;3.&nbsp;Usage&nbsp;</td><td width="20%" align="center"><a accesskey="h" href="manual.html">Home</a></td><td width="40%" align="right" valign="top">&nbsp;4.2.&nbsp;Projects</td></tr></table></div></td></tr></table></td></tr><tr><td bgcolor="#eeeecc" height="17" style="font-size:9px;padding-left:5px"><a href="#toppage">to top</a></td></tr><tr><td height="30"><br></td></tr><tr><td height="3"></td></tr><tr><td bgcolor="#336699" height="1"></td></tr><tr><td height="1"></td></tr><tr><td bgcolor="#336699" height="16"></td></tr><tr><td bgcolor="#ff9966" height="4"></td></tr><tr><td class="footer" align="center" height="15" valign="middle">
-            Copyright &copy; 2001-2004, <a class="footer" href="./contact.html">Marco Hunsicker</a>. All rights reserved. Hosted by <a href="http://sourceforge.net">SourceForge.net</a></td></tr></tbody></table><img src="http://sourceforge.net/sflogo.php?group_id=45216&amp;type=1" width="1" height="1" border="0" hspace="0" vspace="0" alt=""></body></html>
\ No newline at end of file
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->