- if (source == toggleCase)\r
- ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
- .toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
- else\r
- ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
- .changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
- sg.getEndRes() + 1);\r
+ int start = sg.getStartRes();\r
+ int end = sg.getEndRes() + 1;\r
+\r
+ do\r
+ {\r
+ if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
+ {\r
+ end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
+ if (start == end)\r
+ end = sg.getEndRes() + 1;\r
+ if (end > sg.getEndRes())\r
+ end = sg.getEndRes() + 1;\r
+ }\r
+\r
+ if (source == toggleCase)\r
+ ( (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
+ .toggleCase(start, end);\r
+ else\r
+ ( (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
+ .changeCase(source == toUpper, start, end);\r
+\r
+ if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
+ {\r
+ start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
+ start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
+ }\r
+\r
+ }\r
+ while (end < sg.getEndRes());\r