always provide reference to hashtable so feature settings can be stored
authorjprocter <Jim Procter>
Tue, 14 Dec 2010 17:57:48 +0000 (17:57 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Tue, 14 Dec 2010 17:57:48 +0000 (17:57 +0000)
src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java

index 58892ed..20b2061 100644 (file)
@@ -9,6 +9,7 @@ import jalview.io.packed.DataProvider.JvDataType;
 
 import java.io.BufferedReader;
 import java.util.ArrayList;
 
 import java.io.BufferedReader;
 import java.util.ArrayList;
+import java.util.Hashtable;
 import java.util.List;
 
 public class ParsePackedSet
 import java.util.List;
 
 public class ParsePackedSet
@@ -122,6 +123,11 @@ public class ParsePackedSet
       }
       if (dta.getType().equals(JvDataType.FEATURES))
       {
       }
       if (dta.getType().equals(JvDataType.FEATURES))
       {
+        // check the context has a place to store feature rendering definitions, if not, create one.
+        if (context.featureColours==null)
+        {
+          context.featureColours = new Hashtable();
+        }
         try
         {
           jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(src);
         try
         {
           jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(src);