+ residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
+ : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar);
+ if (residue != null)
+ {
+ text.append(" Residue: ").append(residue);
+ }
+ }
+
+ int pos = -1;
+ if (residue != null)
+ {
+ pos = sequence.findPosition(res);
+ text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
+ }
+ // Object obj = null;
+ // if (av.getAlignment().isNucleotide())
+ // {
+ // obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
+ // + "");
+ // if (obj != null)
+ // {
+ // text.append(" Nucleotide: ");
+ // }
+ // }
+ // else
+ // {
+ // obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
+ // if (obj != null)
+ // {
+ // text.append(" Residue: ");
+ // }
+ // }
+ //
+ // if (obj != null)
+ // {
+ //
+ // if (obj != "")
+ // {
+ // text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
+ // }
+ // }