-// {
-// AlcodonFrame alc = new AlcodonFrame();
-// vamsasSet.addAlcodonFrame(alc);
-// for (int p = 0; p < acf.aaWidth; p++)
-// {
-// Alcodon cmap = new Alcodon();
-// if (acf.codons[p] != null)
-// {
-// // Null codons indicate a gapped column in the translated peptide
-// // alignment.
-// cmap.setPos1(acf.codons[p][0]);
-// cmap.setPos2(acf.codons[p][1]);
-// cmap.setPos3(acf.codons[p][2]);
-// }
-// alc.addAlcodon(cmap);
-// }
-// if (acf.getProtMappings() != null
-// && acf.getProtMappings().length > 0)
-// {
-// SequenceI[] dnas = acf.getdnaSeqs();
-// jalview.datamodel.Mapping[] pmaps = acf.getProtMappings();
-// for (int m = 0; m < pmaps.length; m++)
-// {
-// AlcodMap alcmap = new AlcodMap();
-// alcmap.setDnasq(seqHash(dnas[m]));
-// alcmap.setMapping(createVamsasMapping(pmaps[m], dnas[m], null,
-// false));
-// alc.addAlcodMap(alcmap);
-// }
-// }
+ // {
+ // AlcodonFrame alc = new AlcodonFrame();
+ // vamsasSet.addAlcodonFrame(alc);
+ // for (int p = 0; p < acf.aaWidth; p++)
+ // {
+ // Alcodon cmap = new Alcodon();
+ // if (acf.codons[p] != null)
+ // {
+ // // Null codons indicate a gapped column in the translated peptide
+ // // alignment.
+ // cmap.setPos1(acf.codons[p][0]);
+ // cmap.setPos2(acf.codons[p][1]);
+ // cmap.setPos3(acf.codons[p][2]);
+ // }
+ // alc.addAlcodon(cmap);
+ // }
+ // if (acf.getProtMappings() != null
+ // && acf.getProtMappings().length > 0)
+ // {
+ // SequenceI[] dnas = acf.getdnaSeqs();
+ // jalview.datamodel.Mapping[] pmaps = acf.getProtMappings();
+ // for (int m = 0; m < pmaps.length; m++)
+ // {
+ // AlcodMap alcmap = new AlcodMap();
+ // alcmap.setDnasq(seqHash(dnas[m]));
+ // alcmap.setMapping(createVamsasMapping(pmaps[m], dnas[m], null,
+ // false));
+ // alc.addAlcodMap(alcmap);
+ // }
+ // }