refactored old jalview service code to its own package.
authorjprocter <Jim Procter>
Mon, 17 May 2010 16:12:18 +0000 (16:12 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Mon, 17 May 2010 16:12:18 +0000 (16:12 +0000)
src/jalview/ws/AWSThread.java
src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java [moved from src/jalview/ws/Discoverer.java with 99% similarity, mode: 0644]
src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java [moved from src/jalview/ws/JPredClient.java with 98% similarity, mode: 0644]
src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java [moved from src/jalview/ws/JPredThread.java with 92% similarity]
src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java [moved from src/jalview/ws/JWS1Thread.java with 96% similarity]
src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java [moved from src/jalview/ws/MsaWSClient.java with 97% similarity, mode: 0644]
src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java [moved from src/jalview/ws/MsaWSThread.java with 92% similarity]
src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java [moved from src/jalview/ws/SeqSearchWSClient.java with 94% similarity]
src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java [moved from src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java with 92% similarity]
src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java [moved from src/jalview/ws/WS1Client.java with 96% similarity]
src/jalview/ws/jws1/WSJob.java [moved from src/jalview/ws/WSJob.java with 97% similarity]

index 8d9dce5..4f60480 100644 (file)
@@ -98,6 +98,7 @@ public abstract class AWSThread extends Thread
             // always output the exception's stack trace to the log
             Cache.log.warn(WebServiceName + " job(" + jobs[j].jobnum
                     + ") Server exception.");
             // always output the exception's stack trace to the log
             Cache.log.warn(WebServiceName + " job(" + jobs[j].jobnum
                     + ") Server exception.");
+            // todo: could limit trace to cause if this is a SOAPFaultException.
             ex.printStackTrace();
 
             if (jobs[j].allowedServerExceptions > 0)
             ex.printStackTrace();
 
             if (jobs[j].allowedServerExceptions > 0)
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
similarity index 99%
rename from src/jalview/ws/Discoverer.java
rename to src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
index 5d20dd4..90581dc
@@ -15,7 +15,7 @@
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
-package jalview.ws;
+package jalview.ws.jws1;
 
 /**
  * <p>
 
 /**
  * <p>
@@ -37,6 +37,7 @@ package jalview.ws;
  * @author not attributable
  * @version 1.0
  */
  * @author not attributable
  * @version 1.0
  */
+
 import java.util.*;
 
 import javax.swing.*;
 import java.util.*;
 
 import javax.swing.*;
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
similarity index 98%
rename from src/jalview/ws/JPredClient.java
rename to src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java
index 23f4de6..eab47d7
@@ -15,7 +15,7 @@
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
-package jalview.ws;
+package jalview.ws.jws1;
 
 import java.awt.event.ActionEvent;
 import java.awt.event.ActionListener;
 
 import java.awt.event.ActionEvent;
 import java.awt.event.ActionListener;
@@ -371,7 +371,7 @@ public class JPredClient extends WS1Client
         if (msa.getSequences().length == 1)
         {
           // Single Sequence prediction
         if (msa.getSequences().length == 1)
         {
           // Single Sequence prediction
-          new jalview.ws.JPredClient(sh, af.getTitle(), false, msa, af,
+          new jalview.ws.jws1.JPredClient(sh, af.getTitle(), false, msa, af,
                   true);
         }
         else
                   true);
         }
         else
@@ -379,7 +379,7 @@ public class JPredClient extends WS1Client
           if (msa.getSequences().length > 1)
           {
             // Sequence profile based prediction
           if (msa.getSequences().length > 1)
           {
             // Sequence profile based prediction
-            new jalview.ws.JPredClient(sh, af.getTitle(), true, msa, af,
+            new jalview.ws.jws1.JPredClient(sh, af.getTitle(), true, msa, af,
                     true);
           }
         }
                     true);
           }
         }
similarity index 92%
rename from src/jalview/ws/JPredThread.java
rename to src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java
index 3589c16..a0036fe 100644 (file)
-/*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
- */\r
-package jalview.ws;\r
-\r
-import java.util.*;\r
-\r
-import jalview.analysis.*;\r
-import jalview.bin.*;\r
-import jalview.datamodel.*;\r
-import jalview.gui.*;\r
-import jalview.io.*;\r
-import jalview.util.*;\r
-import vamsas.objects.simple.JpredResult;\r
-\r
-class JPredThread extends JWS1Thread implements WSClientI\r
-{\r
-  // TODO: put mapping between JPredJob input and input data here -\r
-  // JNetAnnotation adding is done after result parsing.\r
-  class JPredJob extends WSJob\r
-  {\r
-    // TODO: make JPredJob deal only with what was sent to and received from a\r
-    // JNet service\r
-    int[] predMap = null; // mapping from sequence(i) to the original\r
-\r
-    // sequence(predMap[i]) being predicted on\r
-\r
-    vamsas.objects.simple.Sequence sequence;\r
-\r
-    vamsas.objects.simple.Msfalignment msa;\r
-\r
-    java.util.Hashtable SequenceInfo = null;\r
-\r
-    int msaIndex = 0; // the position of the original sequence in the array of\r
-\r
-    // Sequences in the input object that this job holds a\r
-    // prediction for\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * @return true if getResultSet will return a valid alignment and prediction\r
-     *         result.\r
-     */\r
-    public boolean hasResults()\r
-    {\r
-      if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
-              && ((JpredResult) result).getPredfile() != null\r
-              && ((JpredResult) result).getAligfile() != null)\r
-      {\r
-        return true;\r
-      }\r
-      return false;\r
-    }\r
-\r
-    public boolean hasValidInput()\r
-    {\r
-      if (sequence != null)\r
-      {\r
-        return true;\r
-      }\r
-      return false;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * @return null or Object[] { annotated alignment for this prediction,\r
-     *         ColumnSelection for this prediction} or null if no results\r
-     *         available.\r
-     * @throws Exception\r
-     */\r
-    public Object[] getResultSet() throws Exception\r
-    {\r
-      if (result == null || !result.isFinished())\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-      Alignment al = null;\r
-      ColumnSelection alcsel = null;\r
-      int FirstSeq = -1; // the position of the query sequence in Alignment al\r
-\r
-      JpredResult result = (JpredResult) this.result;\r
-\r
-      jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output from JNet job.");\r
-      // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt",\r
-      // "File");\r
-      jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result\r
-              .getPredfile(), "Paste");\r
-      SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
-      jalview.bin.Cache.log.debug("Got prediction profile.");\r
-\r
-      if ((this.msa != null) && (result.getAligfile() != null))\r
-      {\r
-        jalview.bin.Cache.log.debug("Getting associated alignment.");\r
-        // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single\r
-        // sequence\r
-        String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(result\r
-                .getAligfile(), "Paste");\r
-\r
-        if (jalview.io.FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
-        {\r
-          SequenceI sqs[];\r
-          if (predMap != null)\r
-          {\r
-            Object[] alandcolsel = input\r
-                    .getAlignmentAndColumnSelection(getGapChar());\r
-            sqs = (SequenceI[]) alandcolsel[0];\r
-            al = new Alignment(sqs);\r
-            alcsel = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
-          }\r
-          else\r
-          {\r
-            al = new FormatAdapter().readFile(result.getAligfile(),\r
-                    "Paste", format);\r
-            sqs = new SequenceI[al.getHeight()];\r
-\r
-            for (int i = 0, j = al.getHeight(); i < j; i++)\r
-            {\r
-              sqs[i] = al.getSequenceAt(i);\r
-            }\r
-            if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(\r
-                    (Hashtable) SequenceInfo, sqs))\r
-            {\r
-              throw (new Exception(\r
-                      "Couldn't recover sequence properties for alignment."));\r
-            }\r
-          }\r
-          FirstSeq = 0;\r
-          al.setDataset(null);\r
-\r
-          jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,\r
-                  FirstSeq, false, predMap);\r
-\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          throw (new Exception("Unknown format " + format\r
-                  + " for file : \n" + result.getAligfile()));\r
-        }\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        al = new Alignment(preds);\r
-        FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();\r
-        if (predMap != null)\r
-        {\r
-          char gc = getGapChar();\r
-          SequenceI[] sqs = (SequenceI[]) ((java.lang.Object[]) input\r
-                  .getAlignmentAndColumnSelection(gc))[0];\r
-          if (this.msaIndex >= sqs.length)\r
-          {\r
-            throw new Error(\r
-                    "Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!");\r
-          }\r
-\r
-          // ///\r
-          // Uses RemoveGapsCommand\r
-          // ///\r
-          new jalview.commands.RemoveGapsCommand("Remove Gaps",\r
-                  new SequenceI[]\r
-                  { sqs[msaIndex] }, currentView);\r
-\r
-          SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(FirstSeq);\r
-          profileseq.setSequence(sqs[msaIndex].getSequenceAsString());\r
-        }\r
-\r
-        if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(al\r
-                .getSequenceAt(FirstSeq), SequenceInfo))\r
-        {\r
-          throw (new Exception(\r
-                  "Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!"));\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          al.setDataset(null);\r
-          jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,\r
-                  FirstSeq, true, predMap);\r
-          SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(0); // this includes any gaps.\r
-          alignToProfileSeq(al, profileseq);\r
-          if (predMap != null)\r
-          {\r
-            // Adjust input view for gaps\r
-            // propagate insertions into profile\r
-            alcsel = propagateInsertions(profileseq, al, input);\r
-          }\r
-        }\r
-      }\r
-      return new Object[]\r
-      { al, alcsel }; // , FirstSeq, noMsa};\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Given an alignment where all other sequences except profileseq are\r
-     * aligned to the ungapped profileseq, insert gaps in the other sequences to\r
-     * realign them with the residues in profileseq\r
-     * \r
-     * @param al\r
-     * @param profileseq\r
-     */\r
-    private void alignToProfileSeq(Alignment al, SequenceI profileseq)\r
-    {\r
-      char gc = al.getGapCharacter();\r
-      int[] gapMap = profileseq.gapMap();\r
-      // insert gaps into profile\r
-      for (int lp = 0, r = 0; r < gapMap.length; r++)\r
-      {\r
-        if (gapMap[r] - lp > 1)\r
-        {\r
-          StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
-          for (int s = 0, ns = gapMap[r] - lp; s < ns; s++)\r
-          {\r
-            sb.append(gc);\r
-          }\r
-          for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
-          {\r
-            String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
-            int diff = gapMap[r] - sq.length();\r
-            if (diff > 0)\r
-            {\r
-              // pad gaps\r
-              sq = sq + sb;\r
-              while ((diff = gapMap[r] - sq.length()) > 0)\r
-              {\r
-                sq = sq\r
-                        + ((diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb\r
-                                .substring(0, diff));\r
-              }\r
-              al.getSequenceAt(s).setSequence(sq);\r
-            }\r
-            else\r
-            {\r
-              al.getSequenceAt(s).setSequence(\r
-                      sq.substring(0, gapMap[r]) + sb.toString()\r
-                              + sq.substring(gapMap[r]));\r
-            }\r
-          }\r
-        }\r
-        lp = gapMap[r];\r
-      }\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Add gaps into the sequences aligned to profileseq under the given\r
-     * AlignmentView\r
-     * \r
-     * @param profileseq\r
-     * @param al\r
-     * @param input\r
-     */\r
-    private ColumnSelection propagateInsertions(SequenceI profileseq,\r
-            Alignment al, AlignmentView input)\r
-    {\r
-      char gc = al.getGapCharacter();\r
-      Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(gc);\r
-      ColumnSelection nview = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
-      SequenceI origseq;\r
-      nview.pruneDeletions(ShiftList\r
-              .parseMap((origseq = ((SequenceI[]) alandcolsel[0])[0])\r
-                      .gapMap())); // recover original prediction sequence's\r
-      // mapping to view.\r
-      int[] viscontigs = nview.getVisibleContigs(0, profileseq.getLength());\r
-      int spos = 0;\r
-      int offset = 0;\r
-      // input.pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[])\r
-      // alandcolsel[0])[0].gapMap()))\r
-      // add profile to visible contigs\r
-      for (int v = 0; v < viscontigs.length; v += 2)\r
-      {\r
-        if (viscontigs[v] > spos)\r
-        {\r
-          StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
-          for (int s = 0, ns = viscontigs[v] - spos; s < ns; s++)\r
-          {\r
-            sb.append(gc);\r
-          }\r
-          for (int s = 0, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
-          {\r
-            SequenceI sqobj = al.getSequenceAt(s);\r
-            if (sqobj != profileseq)\r
-            {\r
-              String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
-              if (sq.length() <= spos + offset)\r
-              {\r
-                // pad sequence\r
-                int diff = spos + offset - sq.length() - 1;\r
-                if (diff > 0)\r
-                {\r
-                  // pad gaps\r
-                  sq = sq + sb;\r
-                  while ((diff = spos + offset - sq.length() - 1) > 0)\r
-                  {\r
-                    sq = sq\r
-                            + ((diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb\r
-                                    .substring(0, diff));\r
-                  }\r
-                }\r
-                sq += sb.toString();\r
-              }\r
-              else\r
-              {\r
-                al.getSequenceAt(s).setSequence(\r
-                        sq.substring(0, spos + offset) + sb.toString()\r
-                                + sq.substring(spos + offset));\r
-              }\r
-            }\r
-          }\r
-          // offset+=sb.length();\r
-        }\r
-        spos = viscontigs[v + 1] + 1;\r
-      }\r
-      if ((offset + spos) < profileseq.getLength())\r
-      {\r
-        StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
-        for (int s = 0, ns = profileseq.getLength() - spos - offset; s < ns; s++)\r
-        {\r
-          sb.append(gc);\r
-        }\r
-        for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
-        {\r
-          String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
-          // pad sequence\r
-          int diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
-          while (diff > 0)\r
-          {\r
-            sq = sq\r
-                    + ((diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb\r
-                            .substring(0, diff));\r
-            diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
-          }\r
-        }\r
-      }\r
-      return nview;\r
-    }\r
-\r
-    public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq, int[] delMap)\r
-    {\r
-      super();\r
-      this.predMap = delMap;\r
-      String sq = AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars, seq\r
-              .getSequenceAsString());\r
-      if (sq.length() >= 20)\r
-      {\r
-        this.SequenceInfo = SequenceInfo;\r
-        sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
-        sequence.setId(seq.getName());\r
-        sequence.setSeq(sq);\r
-      }\r
-    }\r
-\r
-    public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap)\r
-    {\r
-      this(SequenceInfo, msf[0], delMap);\r
-      if (sequence != null)\r
-      {\r
-        if (msf.length > 1)\r
-        {\r
-          msa = new vamsas.objects.simple.Msfalignment();\r
-          jalview.io.PileUpfile pileup = new jalview.io.PileUpfile();\r
-          msa.setMsf(pileup.print(msf));\r
-        }\r
-      }\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  ext.vamsas.Jpred server;\r
-\r
-  String altitle = "";\r
-\r
-  JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle,\r
-          ext.vamsas.Jpred server, String wsurl, AlignmentView alview,\r
-          AlignFrame alframe)\r
-  {\r
-    super(alframe, wsinfo, alview, wsurl);\r
-    this.altitle = altitle;\r
-    this.server = server;\r
-  }\r
-\r
-  JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle,\r
-          ext.vamsas.Jpred server, String wsurl, Hashtable SequenceInfo,\r
-          SequenceI seq, int[] delMap, AlignmentView alview,\r
-          AlignFrame alframe)\r
-  {\r
-    this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);\r
-    JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, seq, delMap);\r
-    if (job.hasValidInput())\r
-    {\r
-      OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
-      jobs = new WSJob[]\r
-      { job };\r
-      job.jobnum = 0;\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle,\r
-          ext.vamsas.Jpred server, Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf,\r
-          int[] delMap, AlignmentView alview, AlignFrame alframe,\r
-          String wsurl)\r
-  {\r
-    this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);\r
-    JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, msf, delMap);\r
-    if (job.hasValidInput())\r
-    {\r
-      jobs = new WSJob[]\r
-      { job };\r
-      OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
-      job.jobnum = 0;\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void StartJob(AWsJob j)\r
-  {\r
-    if (!(j instanceof JPredJob))\r
-    {\r
-      throw new Error(\r
-              "Implementation error - StartJob(JpredJob) called on "\r
-                      + j.getClass());\r
-    }\r
-    try\r
-    {\r
-      JPredJob job = (JPredJob) j;\r
-      if (job.msa != null)\r
-      {\r
-        job.jobId = server.predictOnMsa(job.msa);\r
-      }\r
-      else if (job.sequence != null)\r
-      {\r
-        job.jobId = server.predict(job.sequence); // debug like : job.jobId =\r
-        // "/jobs/www-jpred/jp_Yatat29";//\r
-      }\r
-\r
-      if (job.jobId != null)\r
-      {\r
-        if (job.jobId.startsWith("Broken"))\r
-        {\r
-          job.result = (vamsas.objects.simple.Result) new JpredResult();\r
-          job.result.setInvalid(true);\r
-          job.result.setStatus("Submission " + job.jobId);\r
-          throw new Exception(job.jobId);\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          job.submitted = true;\r
-          job.subjobComplete = false;\r
-          Cache.log.info(WsUrl + " Job Id '" + job.jobId + "'");\r
-        }\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        throw new Exception("Server timed out - try again later\n");\r
-      }\r
-    } catch (Exception e)\r
-    {\r
-      // kill the whole job.\r
-      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
-      if (e.getMessage().indexOf("Exception") > -1)\r
-      {\r
-        wsInfo\r
-                .setStatus(j.jobnum,\r
-                        WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
-        wsInfo\r
-                .setProgressText(\r
-                        j.jobnum,\r
-                        "Failed to submit the prediction. (Just close the window)\n"\r
-                                + "It is most likely that there is a problem with the server.\n");\r
-        System.err\r
-                .println("JPredWS Client: Failed to submit the prediction. Quite possibly because of a server error - see below)\n"\r
-                        + e.getMessage() + "\n");\r
-\r
-        jalview.bin.Cache.log.warn("Server Exception", e);\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
-        // JBPNote - this could be a popup informing the user of the problem.\r
-        wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
-                "Failed to submit the prediction:\n" + e.getMessage()\r
-                        + wsInfo.getProgressText());\r
-\r
-        jalview.bin.Cache.log.debug("Failed Submission of job " + j.jobnum,\r
-                e);\r
-\r
-      }\r
-      j.allowedServerExceptions = -1;\r
-      j.subjobComplete = true;\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void parseResult()\r
-  {\r
-    int results = 0; // number of result sets received\r
-    JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
-    try\r
-    {\r
-      for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
-      {\r
-        finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
-        if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete\r
-                && jobs[j].hasResults())\r
-        {\r
-          results++;\r
-        }\r
-      }\r
-    } catch (Exception ex)\r
-    {\r
-\r
-      Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "\r
-              + altitle, ex);\r
-      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
-    }\r
-    if (results > 0)\r
-    {\r
-      wsInfo.showResultsNewFrame\r
-              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
-              {\r
-                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
-                {\r
-                  displayResults(true);\r
-                }\r
-              });\r
-      wsInfo.mergeResults\r
-              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
-              {\r
-                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
-                {\r
-                  displayResults(false);\r
-                }\r
-              });\r
-      wsInfo.setResultsReady();\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      wsInfo.setFinishedNoResults();\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  void displayResults(boolean newWindow)\r
-  {\r
-    // TODO: cope with multiple subjobs.\r
-    if (jobs != null)\r
-    {\r
-      Object[] res = null;\r
-      boolean msa = false;\r
-      for (int jn = 0; jn < jobs.length; jn++)\r
-      {\r
-        Object[] jobres = null;\r
-        JPredJob j = (JPredJob) jobs[jn];\r
-\r
-        if (j.hasResults())\r
-        {\r
-          // hack - we only deal with all single seuqence predictions or all\r
-          // profile predictions\r
-          msa = (j.msa != null) ? true : msa;\r
-          try\r
-          {\r
-            jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output of job " + jn);\r
-            jobres = j.getResultSet();\r
-            jalview.bin.Cache.log.debug("Finished parsing output.");\r
-            if (jobs.length == 1)\r
-            {\r
-              res = jobres;\r
-            }\r
-            else\r
-            {\r
-              // do merge with other job results\r
-              throw new Error(\r
-                      "Multiple JNet subjob merging not yet implemented.");\r
-            }\r
-          } catch (Exception e)\r
-          {\r
-            jalview.bin.Cache.log.error(\r
-                    "JNet Client: JPred Annotation Parse Error", e);\r
-            wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
-            wsInfo.appendProgressText(j.jobnum, OutputHeader + "\n"\r
-                    + j.result.getStatus()\r
-                    + "\nInvalid JNet job result data!\n" + e.getMessage());\r
-            j.result.setBroken(true);\r
-          }\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      if (res != null)\r
-      {\r
-        if (newWindow)\r
-        {\r
-          AlignFrame af;\r
-          if (input == null)\r
-          {\r
-            if (res[1] != null)\r
-            {\r
-              af = new AlignFrame((Alignment) res[0],\r
-                      (ColumnSelection) res[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
-                      AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
-            }\r
-            else\r
-            {\r
-              af = new AlignFrame((Alignment) res[0],\r
-                      AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
-            }\r
-          }\r
-          else\r
-          {\r
-            /*\r
-             * java.lang.Object[] alandcolsel =\r
-             * input.getAlignmentAndColumnSelection\r
-             * (alignFrame.getViewport().getGapCharacter()); if\r
-             * (((SequenceI[])alandcolsel[0])[0].getLength()!=res.getWidth()) {\r
-             * if (msa) { throw new Error("Implementation Error! ColumnSelection\r
-             * from input alignment will not map to result alignment!"); } } if\r
-             * (!msa) { // update hidden regions to account for loss of gaps in\r
-             * profile. - if any // gapMap returns insert list, interpreted as\r
-             * delete list by pruneDeletions //((ColumnSelection)\r
-             * alandcolsel[1]).pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[])\r
-             * alandcolsel[0])[0].gapMap())); }\r
-             */\r
-\r
-            af = new AlignFrame((Alignment) res[0],\r
-                    (ColumnSelection) res[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
-                    AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
-          }\r
-          Desktop.addInternalFrame(af, altitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
-                  AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          Cache.log.info("Append results onto existing alignment.");\r
-        }\r
-      }\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void pollJob(AWsJob job) throws Exception\r
-  {\r
-    ((JPredJob)job).result = server.getresult(job.jobId);\r
-  }\r
-\r
-  public boolean isCancellable()\r
-  {\r
-    return false;\r
-  }\r
-\r
-  public void cancelJob()\r
-  {\r
-    throw new Error("Implementation error!");\r
-  }\r
-\r
-  public boolean canMergeResults()\r
-  {\r
-    return false;\r
-  }\r
-\r
-}\r
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ */
+package jalview.ws.jws1;
+
+import java.util.*;
+
+import jalview.analysis.*;
+import jalview.bin.*;
+import jalview.datamodel.*;
+import jalview.gui.*;
+import jalview.io.*;
+import jalview.util.*;
+import jalview.ws.AWsJob;
+import jalview.ws.JobStateSummary;
+import jalview.ws.WSClientI;
+import vamsas.objects.simple.JpredResult;
+
+class JPredThread extends JWS1Thread implements WSClientI
+{
+  // TODO: put mapping between JPredJob input and input data here -
+  // JNetAnnotation adding is done after result parsing.
+  class JPredJob extends WSJob
+  {
+    // TODO: make JPredJob deal only with what was sent to and received from a
+    // JNet service
+    int[] predMap = null; // mapping from sequence(i) to the original
+
+    // sequence(predMap[i]) being predicted on
+
+    vamsas.objects.simple.Sequence sequence;
+
+    vamsas.objects.simple.Msfalignment msa;
+
+    java.util.Hashtable SequenceInfo = null;
+
+    int msaIndex = 0; // the position of the original sequence in the array of
+
+    // Sequences in the input object that this job holds a
+    // prediction for
+
+    /**
+     * 
+     * @return true if getResultSet will return a valid alignment and prediction
+     *         result.
+     */
+    public boolean hasResults()
+    {
+      if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()
+              && ((JpredResult) result).getPredfile() != null
+              && ((JpredResult) result).getAligfile() != null)
+      {
+        return true;
+      }
+      return false;
+    }
+
+    public boolean hasValidInput()
+    {
+      if (sequence != null)
+      {
+        return true;
+      }
+      return false;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * @return null or Object[] { annotated alignment for this prediction,
+     *         ColumnSelection for this prediction} or null if no results
+     *         available.
+     * @throws Exception
+     */
+    public Object[] getResultSet() throws Exception
+    {
+      if (result == null || !result.isFinished())
+      {
+        return null;
+      }
+      Alignment al = null;
+      ColumnSelection alcsel = null;
+      int FirstSeq = -1; // the position of the query sequence in Alignment al
+
+      JpredResult result = (JpredResult) this.result;
+
+      jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output from JNet job.");
+      // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt",
+      // "File");
+      jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result
+              .getPredfile(), "Paste");
+      SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();
+      jalview.bin.Cache.log.debug("Got prediction profile.");
+
+      if ((this.msa != null) && (result.getAligfile() != null))
+      {
+        jalview.bin.Cache.log.debug("Getting associated alignment.");
+        // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single
+        // sequence
+        String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(result
+                .getAligfile(), "Paste");
+
+        if (jalview.io.FormatAdapter.isValidFormat(format))
+        {
+          SequenceI sqs[];
+          if (predMap != null)
+          {
+            Object[] alandcolsel = input
+                    .getAlignmentAndColumnSelection(getGapChar());
+            sqs = (SequenceI[]) alandcolsel[0];
+            al = new Alignment(sqs);
+            alcsel = (ColumnSelection) alandcolsel[1];
+          }
+          else
+          {
+            al = new FormatAdapter().readFile(result.getAligfile(),
+                    "Paste", format);
+            sqs = new SequenceI[al.getHeight()];
+
+            for (int i = 0, j = al.getHeight(); i < j; i++)
+            {
+              sqs[i] = al.getSequenceAt(i);
+            }
+            if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(
+                    (Hashtable) SequenceInfo, sqs))
+            {
+              throw (new Exception(
+                      "Couldn't recover sequence properties for alignment."));
+            }
+          }
+          FirstSeq = 0;
+          al.setDataset(null);
+
+          jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,
+                  FirstSeq, false, predMap);
+
+        }
+        else
+        {
+          throw (new Exception("Unknown format " + format
+                  + " for file : \n" + result.getAligfile()));
+        }
+      }
+      else
+      {
+        al = new Alignment(preds);
+        FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();
+        if (predMap != null)
+        {
+          char gc = getGapChar();
+          SequenceI[] sqs = (SequenceI[]) ((java.lang.Object[]) input
+                  .getAlignmentAndColumnSelection(gc))[0];
+          if (this.msaIndex >= sqs.length)
+          {
+            throw new Error(
+                    "Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!");
+          }
+
+          // ///
+          // Uses RemoveGapsCommand
+          // ///
+          new jalview.commands.RemoveGapsCommand("Remove Gaps",
+                  new SequenceI[]
+                  { sqs[msaIndex] }, currentView);
+
+          SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(FirstSeq);
+          profileseq.setSequence(sqs[msaIndex].getSequenceAsString());
+        }
+
+        if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(al
+                .getSequenceAt(FirstSeq), SequenceInfo))
+        {
+          throw (new Exception(
+                  "Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!"));
+        }
+        else
+        {
+          al.setDataset(null);
+          jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,
+                  FirstSeq, true, predMap);
+          SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(0); // this includes any gaps.
+          alignToProfileSeq(al, profileseq);
+          if (predMap != null)
+          {
+            // Adjust input view for gaps
+            // propagate insertions into profile
+            alcsel = propagateInsertions(profileseq, al, input);
+          }
+        }
+      }
+      return new Object[]
+      { al, alcsel }; // , FirstSeq, noMsa};
+    }
+
+    /**
+     * Given an alignment where all other sequences except profileseq are
+     * aligned to the ungapped profileseq, insert gaps in the other sequences to
+     * realign them with the residues in profileseq
+     * 
+     * @param al
+     * @param profileseq
+     */
+    private void alignToProfileSeq(Alignment al, SequenceI profileseq)
+    {
+      char gc = al.getGapCharacter();
+      int[] gapMap = profileseq.gapMap();
+      // insert gaps into profile
+      for (int lp = 0, r = 0; r < gapMap.length; r++)
+      {
+        if (gapMap[r] - lp > 1)
+        {
+          StringBuffer sb = new StringBuffer();
+          for (int s = 0, ns = gapMap[r] - lp; s < ns; s++)
+          {
+            sb.append(gc);
+          }
+          for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)
+          {
+            String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();
+            int diff = gapMap[r] - sq.length();
+            if (diff > 0)
+            {
+              // pad gaps
+              sq = sq + sb;
+              while ((diff = gapMap[r] - sq.length()) > 0)
+              {
+                sq = sq
+                        + ((diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb
+                                .substring(0, diff));
+              }
+              al.getSequenceAt(s).setSequence(sq);
+            }
+            else
+            {
+              al.getSequenceAt(s).setSequence(
+                      sq.substring(0, gapMap[r]) + sb.toString()
+                              + sq.substring(gapMap[r]));
+            }
+          }
+        }
+        lp = gapMap[r];
+      }
+    }
+
+    /**
+     * Add gaps into the sequences aligned to profileseq under the given
+     * AlignmentView
+     * 
+     * @param profileseq
+     * @param al
+     * @param input
+     */
+    private ColumnSelection propagateInsertions(SequenceI profileseq,
+            Alignment al, AlignmentView input)
+    {
+      char gc = al.getGapCharacter();
+      Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(gc);
+      ColumnSelection nview = (ColumnSelection) alandcolsel[1];
+      SequenceI origseq;
+      nview.pruneDeletions(ShiftList
+              .parseMap((origseq = ((SequenceI[]) alandcolsel[0])[0])
+                      .gapMap())); // recover original prediction sequence's
+      // mapping to view.
+      int[] viscontigs = nview.getVisibleContigs(0, profileseq.getLength());
+      int spos = 0;
+      int offset = 0;
+      // input.pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[])
+      // alandcolsel[0])[0].gapMap()))
+      // add profile to visible contigs
+      for (int v = 0; v < viscontigs.length; v += 2)
+      {
+        if (viscontigs[v] > spos)
+        {
+          StringBuffer sb = new StringBuffer();
+          for (int s = 0, ns = viscontigs[v] - spos; s < ns; s++)
+          {
+            sb.append(gc);
+          }
+          for (int s = 0, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)
+          {
+            SequenceI sqobj = al.getSequenceAt(s);
+            if (sqobj != profileseq)
+            {
+              String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();
+              if (sq.length() <= spos + offset)
+              {
+                // pad sequence
+                int diff = spos + offset - sq.length() - 1;
+                if (diff > 0)
+                {
+                  // pad gaps
+                  sq = sq + sb;
+                  while ((diff = spos + offset - sq.length() - 1) > 0)
+                  {
+                    sq = sq
+                            + ((diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb
+                                    .substring(0, diff));
+                  }
+                }
+                sq += sb.toString();
+              }
+              else
+              {
+                al.getSequenceAt(s).setSequence(
+                        sq.substring(0, spos + offset) + sb.toString()
+                                + sq.substring(spos + offset));
+              }
+            }
+          }
+          // offset+=sb.length();
+        }
+        spos = viscontigs[v + 1] + 1;
+      }
+      if ((offset + spos) < profileseq.getLength())
+      {
+        StringBuffer sb = new StringBuffer();
+        for (int s = 0, ns = profileseq.getLength() - spos - offset; s < ns; s++)
+        {
+          sb.append(gc);
+        }
+        for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)
+        {
+          String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();
+          // pad sequence
+          int diff = origseq.getLength() - sq.length();
+          while (diff > 0)
+          {
+            sq = sq
+                    + ((diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb
+                            .substring(0, diff));
+            diff = origseq.getLength() - sq.length();
+          }
+        }
+      }
+      return nview;
+    }
+
+    public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq, int[] delMap)
+    {
+      super();
+      this.predMap = delMap;
+      String sq = AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars, seq
+              .getSequenceAsString());
+      if (sq.length() >= 20)
+      {
+        this.SequenceInfo = SequenceInfo;
+        sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();
+        sequence.setId(seq.getName());
+        sequence.setSeq(sq);
+      }
+    }
+
+    public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap)
+    {
+      this(SequenceInfo, msf[0], delMap);
+      if (sequence != null)
+      {
+        if (msf.length > 1)
+        {
+          msa = new vamsas.objects.simple.Msfalignment();
+          jalview.io.PileUpfile pileup = new jalview.io.PileUpfile();
+          msa.setMsf(pileup.print(msf));
+        }
+      }
+    }
+  }
+
+  ext.vamsas.Jpred server;
+
+  String altitle = "";
+
+  JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle,
+          ext.vamsas.Jpred server, String wsurl, AlignmentView alview,
+          AlignFrame alframe)
+  {
+    super(alframe, wsinfo, alview, wsurl);
+    this.altitle = altitle;
+    this.server = server;
+  }
+
+  JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle,
+          ext.vamsas.Jpred server, String wsurl, Hashtable SequenceInfo,
+          SequenceI seq, int[] delMap, AlignmentView alview,
+          AlignFrame alframe)
+  {
+    this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);
+    JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, seq, delMap);
+    if (job.hasValidInput())
+    {
+      OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
+      jobs = new WSJob[]
+      { job };
+      job.setJobnum(0);
+    }
+  }
+
+  JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle,
+          ext.vamsas.Jpred server, Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf,
+          int[] delMap, AlignmentView alview, AlignFrame alframe,
+          String wsurl)
+  {
+    this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);
+    JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, msf, delMap);
+    if (job.hasValidInput())
+    {
+      jobs = new WSJob[]
+      { job };
+      OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
+      job.setJobnum(0);
+    }
+  }
+
+  public void StartJob(AWsJob j)
+  {
+    if (!(j instanceof JPredJob))
+    {
+      throw new Error(
+              "Implementation error - StartJob(JpredJob) called on "
+                      + j.getClass());
+    }
+    try
+    {
+      JPredJob job = (JPredJob) j;
+      if (job.msa != null)
+      {
+        job.setJobId(server.predictOnMsa(job.msa));
+      }
+      else if (job.sequence != null)
+      {
+        job.setJobId(server.predict(job.sequence)); // debug like : job.jobId =
+        // "/jobs/www-jpred/jp_Yatat29";//
+      }
+
+      if (job.getJobId() != null)
+      {
+        if (job.getJobId().startsWith("Broken"))
+        {
+          job.result = (vamsas.objects.simple.Result) new JpredResult();
+          job.result.setInvalid(true);
+          job.result.setStatus("Submission " + job.getJobId());
+          throw new Exception(job.getJobId());
+        }
+        else
+        {
+          job.setSubmitted(true);
+          job.setSubjobComplete(false);
+          Cache.log.info(WsUrl + " Job Id '" + job.getJobId() + "'");
+        }
+      }
+      else
+      {
+        throw new Exception("Server timed out - try again later\n");
+      }
+    } catch (Exception e)
+    {
+      // kill the whole job.
+      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
+      if (e.getMessage().indexOf("Exception") > -1)
+      {
+        wsInfo
+                .setStatus(j.getJobnum(),
+                        WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
+        wsInfo
+                .setProgressText(
+                        j.getJobnum(),
+                        "Failed to submit the prediction. (Just close the window)\n"
+                                + "It is most likely that there is a problem with the server.\n");
+        System.err
+                .println("JPredWS Client: Failed to submit the prediction. Quite possibly because of a server error - see below)\n"
+                        + e.getMessage() + "\n");
+
+        jalview.bin.Cache.log.warn("Server Exception", e);
+      }
+      else
+      {
+        wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
+        // JBPNote - this could be a popup informing the user of the problem.
+        wsInfo.appendProgressText(j.getJobnum(),
+                "Failed to submit the prediction:\n" + e.getMessage()
+                        + wsInfo.getProgressText());
+
+        jalview.bin.Cache.log.debug("Failed Submission of job " + j.getJobnum(),
+                e);
+
+      }
+      j.setAllowedServerExceptions(-1);
+      j.setSubjobComplete(true);
+    }
+  }
+
+  public void parseResult()
+  {
+    int results = 0; // number of result sets received
+    JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();
+    try
+    {
+      for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
+      {
+        finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
+        if (jobs[j].isSubmitted() && jobs[j].isSubjobComplete()
+                && jobs[j].hasResults())
+        {
+          results++;
+        }
+      }
+    } catch (Exception ex)
+    {
+
+      Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "
+              + altitle, ex);
+      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
+    }
+    if (results > 0)
+    {
+      wsInfo.showResultsNewFrame
+              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
+              {
+                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
+                {
+                  displayResults(true);
+                }
+              });
+      wsInfo.mergeResults
+              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
+              {
+                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
+                {
+                  displayResults(false);
+                }
+              });
+      wsInfo.setResultsReady();
+    }
+    else
+    {
+      wsInfo.setFinishedNoResults();
+    }
+  }
+
+  void displayResults(boolean newWindow)
+  {
+    // TODO: cope with multiple subjobs.
+    if (jobs != null)
+    {
+      Object[] res = null;
+      boolean msa = false;
+      for (int jn = 0; jn < jobs.length; jn++)
+      {
+        Object[] jobres = null;
+        JPredJob j = (JPredJob) jobs[jn];
+
+        if (j.hasResults())
+        {
+          // hack - we only deal with all single seuqence predictions or all
+          // profile predictions
+          msa = (j.msa != null) ? true : msa;
+          try
+          {
+            jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output of job " + jn);
+            jobres = j.getResultSet();
+            jalview.bin.Cache.log.debug("Finished parsing output.");
+            if (jobs.length == 1)
+            {
+              res = jobres;
+            }
+            else
+            {
+              // do merge with other job results
+              throw new Error(
+                      "Multiple JNet subjob merging not yet implemented.");
+            }
+          } catch (Exception e)
+          {
+            jalview.bin.Cache.log.error(
+                    "JNet Client: JPred Annotation Parse Error", e);
+            wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
+            wsInfo.appendProgressText(j.getJobnum(), OutputHeader + "\n"
+                    + j.result.getStatus()
+                    + "\nInvalid JNet job result data!\n" + e.getMessage());
+            j.result.setBroken(true);
+          }
+        }
+      }
+
+      if (res != null)
+      {
+        if (newWindow)
+        {
+          AlignFrame af;
+          if (input == null)
+          {
+            if (res[1] != null)
+            {
+              af = new AlignFrame((Alignment) res[0],
+                      (ColumnSelection) res[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
+                      AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
+            }
+            else
+            {
+              af = new AlignFrame((Alignment) res[0],
+                      AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
+            }
+          }
+          else
+          {
+            /*
+             * java.lang.Object[] alandcolsel =
+             * input.getAlignmentAndColumnSelection
+             * (alignFrame.getViewport().getGapCharacter()); if
+             * (((SequenceI[])alandcolsel[0])[0].getLength()!=res.getWidth()) {
+             * if (msa) { throw new Error("Implementation Error! ColumnSelection
+             * from input alignment will not map to result alignment!"); } } if
+             * (!msa) { // update hidden regions to account for loss of gaps in
+             * profile. - if any // gapMap returns insert list, interpreted as
+             * delete list by pruneDeletions //((ColumnSelection)
+             * alandcolsel[1]).pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[])
+             * alandcolsel[0])[0].gapMap())); }
+             */
+
+            af = new AlignFrame((Alignment) res[0],
+                    (ColumnSelection) res[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
+                    AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
+          }
+          Desktop.addInternalFrame(af, altitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
+                  AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
+        }
+        else
+        {
+          Cache.log.info("Append results onto existing alignment.");
+        }
+      }
+    }
+  }
+
+  public void pollJob(AWsJob job) throws Exception
+  {
+    ((JPredJob)job).result = server.getresult(job.getJobId());
+  }
+
+  public boolean isCancellable()
+  {
+    return false;
+  }
+
+  public void cancelJob()
+  {
+    throw new Error("Implementation error!");
+  }
+
+  public boolean canMergeResults()
+  {
+    return false;
+  }
+
+}
similarity index 96%
rename from src/jalview/ws/JWS1Thread.java
rename to src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java
index c4d4c16..4ca24b8 100644 (file)
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
-package jalview.ws;
+package jalview.ws.jws1;
 
 import javax.swing.*;
 
 import jalview.bin.*;
 import jalview.datamodel.*;
 import jalview.gui.*;
 
 import javax.swing.*;
 
 import jalview.bin.*;
 import jalview.datamodel.*;
 import jalview.gui.*;
+import jalview.ws.AWSThread;
 
 /**
  * specific methods for Jalview WS1 web service jobs
 
 /**
  * specific methods for Jalview WS1 web service jobs
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
similarity index 97%
rename from src/jalview/ws/MsaWSClient.java
rename to src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java
index d58e2dc..e081b2e
@@ -15,7 +15,7 @@
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
-package jalview.ws;
+package jalview.ws.jws1;
 
 import java.awt.event.ActionEvent;
 import java.awt.event.ActionListener;
 
 import java.awt.event.ActionEvent;
 import java.awt.event.ActionListener;
@@ -200,7 +200,7 @@ public class MsaWSClient extends WS1Client
       public void actionPerformed(ActionEvent e)
       {
         AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
       public void actionPerformed(ActionEvent e)
       {
         AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
-        new jalview.ws.MsaWSClient(serviceHandle, alignFrame.getTitle(),
+        new jalview.ws.jws1.MsaWSClient(serviceHandle, alignFrame.getTitle(),
                 msa, false, true, alignFrame.getViewport().getAlignment()
                         .getDataset(), alignFrame);
 
                 msa, false, true, alignFrame.getViewport().getAlignment()
                         .getDataset(), alignFrame);
 
@@ -219,7 +219,7 @@ public class MsaWSClient extends WS1Client
         public void actionPerformed(ActionEvent e)
         {
           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
         public void actionPerformed(ActionEvent e)
         {
           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
-          new jalview.ws.MsaWSClient(serviceHandle, alignFrame.getTitle(),
+          new jalview.ws.jws1.MsaWSClient(serviceHandle, alignFrame.getTitle(),
                   msa, true, true, alignFrame.getViewport().getAlignment()
                           .getDataset(), alignFrame);
 
                   msa, true, true, alignFrame.getViewport().getAlignment()
                           .getDataset(), alignFrame);
 
similarity index 92%
rename from src/jalview/ws/MsaWSThread.java
rename to src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java
index ab3dfbe..446aefa 100644 (file)
-/*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
- */\r
-package jalview.ws;\r
-\r
-import java.util.*;\r
-\r
-import jalview.analysis.*;\r
-import jalview.bin.*;\r
-import jalview.datamodel.*;\r
-import jalview.gui.*;\r
-import vamsas.objects.simple.MsaResult;\r
-\r
-/**\r
- * <p>\r
- * Title:\r
- * </p>\r
- * \r
- * <p>\r
- * Description:\r
- * </p>\r
- * \r
- * <p>\r
- * Copyright: Copyright (c) 2004\r
- * </p>\r
- * \r
- * <p>\r
- * Company: Dundee University\r
- * </p>\r
- * \r
- * @author not attributable\r
- * @version 1.0\r
- */\r
-class MsaWSThread extends JWS1Thread implements WSClientI\r
-{\r
-  boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment\r
-\r
-  // service\r
-\r
-  boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence\r
-\r
-  // order\r
-\r
-  class MsaWSJob extends WSJob\r
-  {\r
-    // hold special input for this\r
-    vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
-\r
-    /**\r
-     * MsaWSJob\r
-     * \r
-     * @param jobNum\r
-     *          int\r
-     * @param jobId\r
-     *          String\r
-     */\r
-    public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)\r
-    {\r
-      this.jobnum = jobNum;\r
-      if (!prepareInput(inSeqs, 2))\r
-      {\r
-        submitted = true;\r
-        subjobComplete = true;\r
-        result = new MsaResult();\r
-        result.setFinished(true);\r
-        result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");\r
-      }\r
-\r
-    }\r
-\r
-    Hashtable SeqNames = new Hashtable();\r
-\r
-    Vector emptySeqs = new Vector();\r
-\r
-    /**\r
-     * prepare input sequences for MsaWS service\r
-     * \r
-     * @param seqs\r
-     *          jalview sequences to be prepared\r
-     * @param minlen\r
-     *          minimum number of residues required for this MsaWS service\r
-     * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.\r
-     */\r
-    private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)\r
-    {\r
-      int nseqs = 0;\r
-      if (minlen < 0)\r
-      {\r
-        throw new Error(\r
-                "Implementation error: minlen must be zero or more.");\r
-      }\r
-      for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
-      {\r
-        if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
-        {\r
-          nseqs++;\r
-        }\r
-      }\r
-      boolean valid = nseqs > 1; // need at least two seqs\r
-      vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]\r
-              : null;\r
-      for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)\r
-      {\r
-\r
-        String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same\r
-        // for\r
-        // any\r
-        // subjob\r
-        SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils\r
-                .SeqCharacterHash(seqs[i]));\r
-        if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
-        {\r
-          seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
-          seqarray[n].setId(newname);\r
-          seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()\r
-                  : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,\r
-                          seqs[i].getSequenceAsString()));\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          String empty = null;\r
-          if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())\r
-          {\r
-            empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq\r
-                    .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]\r
-                            .getSequenceAsString());\r
-          }\r
-          emptySeqs.add(new String[]\r
-          { newname, empty });\r
-        }\r
-      }\r
-      this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
-      this.seqs.setSeqs(seqarray);\r
-      return valid;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.\r
-     */\r
-    public boolean hasResults()\r
-    {\r
-      if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
-              && ((MsaResult) result).getMsa() != null\r
-              && ((MsaResult) result).getMsa().getSeqs() != null)\r
-      {\r
-        return true;\r
-      }\r
-      return false;\r
-    }\r
-\r
-    public Object[] getAlignment()\r
-    {\r
-\r
-      if (result != null && result.isFinished())\r
-      {\r
-        SequenceI[] alseqs = null;\r
-        char alseq_gapchar = '-';\r
-        int alseq_l = 0;\r
-        if (((MsaResult) result).getMsa() != null)\r
-        {\r
-          alseqs = getVamsasAlignment(((MsaResult) result).getMsa());\r
-          alseq_gapchar = ((MsaResult) result).getMsa().getGapchar()\r
-                  .charAt(0);\r
-          alseq_l = alseqs.length;\r
-        }\r
-        if (emptySeqs.size() > 0)\r
-        {\r
-          SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l + emptySeqs.size()];\r
-          // get width\r
-          int i, w = 0;\r
-          if (alseq_l > 0)\r
-          {\r
-            for (i = 0, w = alseqs[0].getLength(); i < alseq_l; i++)\r
-            {\r
-              if (w < alseqs[i].getLength())\r
-              {\r
-                w = alseqs[i].getLength();\r
-              }\r
-              t_alseqs[i] = alseqs[i];\r
-              alseqs[i] = null;\r
-            }\r
-          }\r
-          // check that aligned width is at least as wide as emptySeqs width.\r
-          int ow = w, nw = w;\r
-          for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)\r
-          {\r
-            String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);\r
-            if (es != null && es[1] != null)\r
-            {\r
-              int sw = es[1].length();\r
-              if (nw < sw)\r
-              {\r
-                nw = sw;\r
-              }\r
-            }\r
-          }\r
-          // make a gapped string.\r
-          StringBuffer insbuff = new StringBuffer(w);\r
-          for (i = 0; i < nw; i++)\r
-          {\r
-            insbuff.append(alseq_gapchar);\r
-          }\r
-          if (ow < nw)\r
-          {\r
-            for (i = 0; i < alseq_l; i++)\r
-            {\r
-              int sw = t_alseqs[i].getLength();\r
-              if (nw > sw)\r
-              {\r
-                // pad at end\r
-                alseqs[i].setSequence(t_alseqs[i].getSequenceAsString()\r
-                        + insbuff.substring(0, sw - nw));\r
-              }\r
-            }\r
-          }\r
-          for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)\r
-          {\r
-            String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);\r
-            if (es[1] == null)\r
-            {\r
-              t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],\r
-                      insbuff.toString(), 1, 0);\r
-            }\r
-            else\r
-            {\r
-              if (es[1].length() < nw)\r
-              {\r
-                t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(\r
-                        es[0],\r
-                        es[1] + insbuff.substring(0, nw - es[1].length()),\r
-                        1, 1 + es[1].length());\r
-              }\r
-              else\r
-              {\r
-                t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(\r
-                        es[0], es[1]);\r
-              }\r
-            }\r
-          }\r
-          alseqs = t_alseqs;\r
-        }\r
-        AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);\r
-        // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.\r
-        jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);\r
-        // account for any missing sequences\r
-        jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);\r
-        return new Object[]\r
-        { alseqs, msaorder };\r
-      }\r
-      return null;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly\r
-     */\r
-    void cancel()\r
-    {\r
-      cancelled = true;\r
-      subjobComplete = true;\r
-      result = null;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * @return boolean true if job can be submitted.\r
-     */\r
-    public boolean hasValidInput()\r
-    {\r
-      if (seqs.getSeqs() != null)\r
-      {\r
-        return true;\r
-      }\r
-      return false;\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.\r
-\r
-  Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be\r
-\r
-  // associated.\r
-\r
-  ext.vamsas.MuscleWS server = null;\r
-\r
-  /**\r
-   * set basic options for this (group) of Msa jobs\r
-   * \r
-   * @param subgaps\r
-   *          boolean\r
-   * @param presorder\r
-   *          boolean\r
-   */\r
-  MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,\r
-          WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
-          AlignmentView alview, String wsname, boolean subgaps,\r
-          boolean presorder)\r
-  {\r
-    super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);\r
-    this.server = server;\r
-    this.submitGaps = subgaps;\r
-    this.preserveOrder = presorder;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa\r
-   * \r
-   * @param title\r
-   *          String\r
-   * @param _msa\r
-   *          AlignmentView\r
-   * @param subgaps\r
-   *          boolean\r
-   * @param presorder\r
-   *          boolean\r
-   * @param seqset\r
-   *          Alignment\r
-   */\r
-  MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,\r
-          WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
-          String wsname, String title, AlignmentView _msa, boolean subgaps,\r
-          boolean presorder, Alignment seqset)\r
-  {\r
-    this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);\r
-    OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
-    alTitle = title;\r
-    dataset = seqset;\r
-\r
-    SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');\r
-    if (conmsa != null)\r
-    {\r
-      int njobs = conmsa.length;\r
-      jobs = new MsaWSJob[njobs];\r
-      for (int j = 0; j < njobs; j++)\r
-      {\r
-        if (j != 0)\r
-        {\r
-          jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          jobs[j] = new MsaWSJob(0, conmsa[j]);\r
-        }\r
-        if (njobs > 0)\r
-        {\r
-          wsinfo\r
-                  .setProgressName("region " + jobs[j].jobnum,\r
-                          jobs[j].jobnum);\r
-        }\r
-        wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);\r
-      }\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public boolean isCancellable()\r
-  {\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  public void cancelJob()\r
-  {\r
-    if (!jobComplete && jobs != null)\r
-    {\r
-      boolean cancelled = true;\r
-      for (int job = 0; job < jobs.length; job++)\r
-      {\r
-        if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)\r
-        {\r
-          String cancelledMessage = "";\r
-          try\r
-          {\r
-            vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server\r
-                    .cancel(jobs[job].jobId);\r
-            if (cancelledJob.getStatus() == 2)\r
-            {\r
-              // CANCELLED_JOB\r
-              cancelledMessage = "Job cancelled.";\r
-              ((MsaWSJob) jobs[job]).cancel();\r
-              wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
-                      WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
-            }\r
-            else if (cancelledJob.getStatus() == 3)\r
-            {\r
-              // VALID UNSTOPPABLE JOB\r
-              cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";\r
-              cancelled = false;\r
-              // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
-              // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
-            }\r
-\r
-            if (cancelledJob.getJobId() != null)\r
-            {\r
-              cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");\r
-            }\r
-\r
-            cancelledMessage += "\n";\r
-          } catch (Exception exc)\r
-          {\r
-            cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"\r
-                    + exc + "\n");\r
-            Cache.log.warn(\r
-                    "Exception whilst cancelling " + jobs[job].jobId, exc);\r
-          }\r
-          wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader\r
-                  + cancelledMessage + "\n");\r
-        }\r
-      }\r
-      if (cancelled)\r
-      {\r
-        wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
-        jobComplete = true;\r
-      }\r
-      this.interrupt(); // kick thread to update job states.\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      if (!jobComplete)\r
-      {\r
-        wsInfo\r
-                .setProgressText(OutputHeader\r
-                        + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");\r
-      }\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void pollJob(AWsJob job) throws Exception\r
-  {\r
-    ((MsaWSJob) job).result = server.getResult(((MsaWSJob) job).jobId);\r
-  }\r
-\r
-  public void StartJob(AWsJob job)\r
-  {\r
-    if (!(job instanceof MsaWSJob))\r
-    {\r
-      throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "\r
-              + job.getClass());\r
-    }\r
-    MsaWSJob j = (MsaWSJob) job;\r
-    if (j.submitted)\r
-    {\r
-      if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
-      {\r
-        Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "\r
-                + j.jobId);\r
-      }\r
-      return;\r
-    }\r
-    if (j.seqs.getSeqs() == null)\r
-    {\r
-      // special case - selection consisted entirely of empty sequences...\r
-      j.submitted = true;\r
-      j.result = new MsaResult();\r
-      j.result.setFinished(true);\r
-      j.result.setStatus("Empty Alignment Job");\r
-      ((MsaResult) j.result).setMsa(null);\r
-    }\r
-    try\r
-    {\r
-      vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.align(j.seqs);\r
-\r
-      if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))\r
-      {\r
-        j.jobId = jobsubmit.getJobId();\r
-        j.submitted = true;\r
-        j.subjobComplete = false;\r
-        // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        if (jobsubmit == null)\r
-        {\r
-          throw new Exception(\r
-                  "Server at "\r
-                          + WsUrl\r
-                          + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");\r
-        }\r
-\r
-        throw new Exception(jobsubmit.getJobId());\r
-      }\r
-    } catch (Exception e)\r
-    {\r
-      // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly\r
-      // For unexpected errors\r
-      System.err\r
-              .println(WebServiceName\r
-                      + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"\r
-                      + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"\r
-                      + e.toString() + "\n");\r
-      j.allowedServerExceptions = 0;\r
-      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
-      wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
-      wsInfo\r
-              .appendProgressText(\r
-                      j.jobnum,\r
-                      "Failed to submit sequences for alignment.\n"\r
-                              + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"\r
-                              + "Just close the window\n");\r
-\r
-      // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(\r
-          vamsas.objects.simple.Alignment valign)\r
-  {\r
-    // TODO: refactor to helper class for vamsas.objects.simple objects\r
-    vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();\r
-    jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];\r
-\r
-    for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)\r
-    {\r
-      msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]\r
-              .getSeq());\r
-    }\r
-\r
-    return msa;\r
-  }\r
-\r
-  public void parseResult()\r
-  {\r
-    int results = 0; // number of result sets received\r
-    JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
-    try\r
-    {\r
-      for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
-      {\r
-        finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
-        if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete\r
-                && jobs[j].hasResults())\r
-        {\r
-          results++;\r
-          vamsas.objects.simple.Alignment valign =  ((MsaResult)((MsaWSJob) jobs[j]).result)\r
-                  .getMsa();\r
-          if (valign != null)\r
-          {\r
-            wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,\r
-                    "\nAlignment Object Method Notes\n");\r
-            String[] lines = valign.getMethod();\r
-            for (int line = 0; line < lines.length; line++)\r
-            {\r
-              wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");\r
-            }\r
-            // JBPNote The returned files from a webservice could be\r
-            // hidden behind icons in the monitor window that,\r
-            // when clicked, pop up their corresponding data\r
-          }\r
-        }\r
-      }\r
-    } catch (Exception ex)\r
-    {\r
-\r
-      Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "\r
-              + alTitle, ex);\r
-      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
-    }\r
-    if (results > 0)\r
-    {\r
-      wsInfo.showResultsNewFrame\r
-              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
-              {\r
-                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
-                {\r
-                  displayResults(true);\r
-                }\r
-              });\r
-      wsInfo.mergeResults\r
-              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
-              {\r
-                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
-                {\r
-                  displayResults(false);\r
-                }\r
-              });\r
-      wsInfo.setResultsReady();\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      wsInfo.setFinishedNoResults();\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  void displayResults(boolean newFrame)\r
-  {\r
-    // view input or result data for each block\r
-    Vector alorders = new Vector();\r
-    SequenceI[][] results = new SequenceI[jobs.length][];\r
-    AlignmentOrder[] orders = new AlignmentOrder[jobs.length];\r
-    for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
-    {\r
-      if (jobs[j].hasResults())\r
-      {\r
-        Object[] res = ((MsaWSJob) jobs[j]).getAlignment();\r
-        alorders.add(res[1]);\r
-        results[j] = (SequenceI[]) res[0];\r
-        orders[j] = (AlignmentOrder) res[1];\r
-\r
-        // SequenceI[] alignment = input.getUpdated\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        results[j] = null;\r
-      }\r
-    }\r
-    Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());\r
-    // trash references to original result data\r
-    for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
-    {\r
-      results[j] = null;\r
-      orders[j] = null;\r
-    }\r
-    SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newview[0];\r
-    ColumnSelection columnselection = (ColumnSelection) newview[1];\r
-    Alignment al = new Alignment(alignment);\r
-    // TODO: add 'provenance' property to alignment from the method notes\r
-    // accompanying each subjob\r
-    if (dataset != null)\r
-    {\r
-      al.setDataset(dataset);\r
-    }\r
-\r
-    propagateDatasetMappings(al);\r
-    // JBNote- TODO: warn user if a block is input rather than aligned data ?\r
-\r
-    if (newFrame)\r
-    {\r
-      AlignFrame af = new AlignFrame(al, columnselection,\r
-              AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
-\r
-      // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.\r
-      af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);\r
-      // update orders\r
-      if (alorders.size() > 0)\r
-      {\r
-        if (alorders.size() == 1)\r
-        {\r
-          af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",\r
-                  (AlignmentOrder) alorders.get(0));\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          // construct a non-redundant ordering set\r
-          Vector names = new Vector();\r
-          for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)\r
-          {\r
-            String orderName = new String(" Region " + i);\r
-            int j = i + 1;\r
-\r
-            while (j < l)\r
-            {\r
-              if (((AlignmentOrder) alorders.get(i))\r
-                      .equals(((AlignmentOrder) alorders.get(j))))\r
-              {\r
-                alorders.remove(j);\r
-                l--;\r
-                orderName += "," + j;\r
-              }\r
-              else\r
-              {\r
-                j++;\r
-              }\r
-            }\r
-\r
-            if (i == 0 && j == 1)\r
-            {\r
-              names.add(new String(""));\r
-            }\r
-            else\r
-            {\r
-              names.add(orderName);\r
-            }\r
-          }\r
-          for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)\r
-          {\r
-            af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName\r
-                    + ((String) names.get(i)) + " Ordering",\r
-                    (AlignmentOrder) alorders.get(i));\r
-          }\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
-              AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
-\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");\r
-      // TODO: modify alignment in original frame, replacing old for new\r
-      // alignment using the commands.EditCommand model to ensure the update can\r
-      // be undone\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public boolean canMergeResults()\r
-  {\r
-    return false;\r
-  }\r
-}\r
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ */
+package jalview.ws.jws1;
+
+import java.util.*;
+
+import jalview.analysis.*;
+import jalview.bin.*;
+import jalview.datamodel.*;
+import jalview.gui.*;
+import jalview.ws.AWsJob;
+import jalview.ws.JobStateSummary;
+import jalview.ws.WSClientI;
+import vamsas.objects.simple.MsaResult;
+
+/**
+ * <p>
+ * Title:
+ * </p>
+ * 
+ * <p>
+ * Description:
+ * </p>
+ * 
+ * <p>
+ * Copyright: Copyright (c) 2004
+ * </p>
+ * 
+ * <p>
+ * Company: Dundee University
+ * </p>
+ * 
+ * @author not attributable
+ * @version 1.0
+ */
+class MsaWSThread extends JWS1Thread implements WSClientI
+{
+  boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment
+
+  // service
+
+  boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence
+
+  // order
+
+  class MsaWSJob extends WSJob
+  {
+    // hold special input for this
+    vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
+
+    /**
+     * MsaWSJob
+     * 
+     * @param jobNum
+     *          int
+     * @param jobId
+     *          String
+     */
+    public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)
+    {
+      this.jobnum = jobNum;
+      if (!prepareInput(inSeqs, 2))
+      {
+        submitted = true;
+        subjobComplete = true;
+        result = new MsaResult();
+        result.setFinished(true);
+        result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");
+      }
+
+    }
+
+    Hashtable SeqNames = new Hashtable();
+
+    Vector emptySeqs = new Vector();
+
+    /**
+     * prepare input sequences for MsaWS service
+     * 
+     * @param seqs
+     *          jalview sequences to be prepared
+     * @param minlen
+     *          minimum number of residues required for this MsaWS service
+     * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.
+     */
+    private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)
+    {
+      int nseqs = 0;
+      if (minlen < 0)
+      {
+        throw new Error(
+                "Implementation error: minlen must be zero or more.");
+      }
+      for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
+      {
+        if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
+        {
+          nseqs++;
+        }
+      }
+      boolean valid = nseqs > 1; // need at least two seqs
+      vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]
+              : null;
+      for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)
+      {
+
+        String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same
+        // for
+        // any
+        // subjob
+        SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils
+                .SeqCharacterHash(seqs[i]));
+        if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
+        {
+          seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();
+          seqarray[n].setId(newname);
+          seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()
+                  : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,
+                          seqs[i].getSequenceAsString()));
+        }
+        else
+        {
+          String empty = null;
+          if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())
+          {
+            empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq
+                    .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]
+                            .getSequenceAsString());
+          }
+          emptySeqs.add(new String[]
+          { newname, empty });
+        }
+      }
+      this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
+      this.seqs.setSeqs(seqarray);
+      return valid;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.
+     */
+    public boolean hasResults()
+    {
+      if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()
+              && ((MsaResult) result).getMsa() != null
+              && ((MsaResult) result).getMsa().getSeqs() != null)
+      {
+        return true;
+      }
+      return false;
+    }
+
+    public Object[] getAlignment()
+    {
+
+      if (result != null && result.isFinished())
+      {
+        SequenceI[] alseqs = null;
+        char alseq_gapchar = '-';
+        int alseq_l = 0;
+        if (((MsaResult) result).getMsa() != null)
+        {
+          alseqs = getVamsasAlignment(((MsaResult) result).getMsa());
+          alseq_gapchar = ((MsaResult) result).getMsa().getGapchar()
+                  .charAt(0);
+          alseq_l = alseqs.length;
+        }
+        if (emptySeqs.size() > 0)
+        {
+          SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l + emptySeqs.size()];
+          // get width
+          int i, w = 0;
+          if (alseq_l > 0)
+          {
+            for (i = 0, w = alseqs[0].getLength(); i < alseq_l; i++)
+            {
+              if (w < alseqs[i].getLength())
+              {
+                w = alseqs[i].getLength();
+              }
+              t_alseqs[i] = alseqs[i];
+              alseqs[i] = null;
+            }
+          }
+          // check that aligned width is at least as wide as emptySeqs width.
+          int ow = w, nw = w;
+          for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
+          {
+            String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
+            if (es != null && es[1] != null)
+            {
+              int sw = es[1].length();
+              if (nw < sw)
+              {
+                nw = sw;
+              }
+            }
+          }
+          // make a gapped string.
+          StringBuffer insbuff = new StringBuffer(w);
+          for (i = 0; i < nw; i++)
+          {
+            insbuff.append(alseq_gapchar);
+          }
+          if (ow < nw)
+          {
+            for (i = 0; i < alseq_l; i++)
+            {
+              int sw = t_alseqs[i].getLength();
+              if (nw > sw)
+              {
+                // pad at end
+                alseqs[i].setSequence(t_alseqs[i].getSequenceAsString()
+                        + insbuff.substring(0, sw - nw));
+              }
+            }
+          }
+          for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
+          {
+            String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
+            if (es[1] == null)
+            {
+              t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],
+                      insbuff.toString(), 1, 0);
+            }
+            else
+            {
+              if (es[1].length() < nw)
+              {
+                t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(
+                        es[0],
+                        es[1] + insbuff.substring(0, nw - es[1].length()),
+                        1, 1 + es[1].length());
+              }
+              else
+              {
+                t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(
+                        es[0], es[1]);
+              }
+            }
+          }
+          alseqs = t_alseqs;
+        }
+        AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);
+        // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.
+        jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);
+        // account for any missing sequences
+        jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);
+        return new Object[]
+        { alseqs, msaorder };
+      }
+      return null;
+    }
+
+    /**
+     * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly
+     */
+    void cancel()
+    {
+      cancelled = true;
+      subjobComplete = true;
+      result = null;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * @return boolean true if job can be submitted.
+     */
+    public boolean hasValidInput()
+    {
+      if (seqs.getSeqs() != null)
+      {
+        return true;
+      }
+      return false;
+    }
+  }
+
+  String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.
+
+  Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be
+
+  // associated.
+
+  ext.vamsas.MuscleWS server = null;
+
+  /**
+   * set basic options for this (group) of Msa jobs
+   * 
+   * @param subgaps
+   *          boolean
+   * @param presorder
+   *          boolean
+   */
+  MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,
+          WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
+          AlignmentView alview, String wsname, boolean subgaps,
+          boolean presorder)
+  {
+    super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);
+    this.server = server;
+    this.submitGaps = subgaps;
+    this.preserveOrder = presorder;
+  }
+
+  /**
+   * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa
+   * 
+   * @param title
+   *          String
+   * @param _msa
+   *          AlignmentView
+   * @param subgaps
+   *          boolean
+   * @param presorder
+   *          boolean
+   * @param seqset
+   *          Alignment
+   */
+  MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,
+          WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
+          String wsname, String title, AlignmentView _msa, boolean subgaps,
+          boolean presorder, Alignment seqset)
+  {
+    this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);
+    OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
+    alTitle = title;
+    dataset = seqset;
+
+    SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');
+    if (conmsa != null)
+    {
+      int njobs = conmsa.length;
+      jobs = new MsaWSJob[njobs];
+      for (int j = 0; j < njobs; j++)
+      {
+        if (j != 0)
+        {
+          jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);
+        }
+        else
+        {
+          jobs[j] = new MsaWSJob(0, conmsa[j]);
+        }
+        if (njobs > 0)
+        {
+          wsinfo
+                  .setProgressName("region " + jobs[j].getJobnum(),
+                          jobs[j].getJobnum());
+        }
+        wsinfo.setProgressText(jobs[j].getJobnum(), OutputHeader);
+      }
+    }
+  }
+
+  public boolean isCancellable()
+  {
+    return true;
+  }
+
+  public void cancelJob()
+  {
+    if (!jobComplete && jobs != null)
+    {
+      boolean cancelled = true;
+      for (int job = 0; job < jobs.length; job++)
+      {
+        if (jobs[job].isSubmitted() && !jobs[job].isSubjobComplete())
+        {
+          String cancelledMessage = "";
+          try
+          {
+            vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server
+                    .cancel(jobs[job].getJobId());
+            if (cancelledJob.getStatus() == 2)
+            {
+              // CANCELLED_JOB
+              cancelledMessage = "Job cancelled.";
+              ((MsaWSJob) jobs[job]).cancel();
+              wsInfo.setStatus(jobs[job].getJobnum(),
+                      WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
+            }
+            else if (cancelledJob.getStatus() == 3)
+            {
+              // VALID UNSTOPPABLE JOB
+              cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";
+              cancelled = false;
+              // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,
+              // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
+            }
+
+            if (cancelledJob.getJobId() != null)
+            {
+              cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");
+            }
+
+            cancelledMessage += "\n";
+          } catch (Exception exc)
+          {
+            cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"
+                    + exc + "\n");
+            Cache.log.warn(
+                    "Exception whilst cancelling " + jobs[job].getJobId(), exc);
+          }
+          wsInfo.setProgressText(jobs[job].getJobnum(), OutputHeader
+                  + cancelledMessage + "\n");
+        }
+      }
+      if (cancelled)
+      {
+        wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
+        jobComplete = true;
+      }
+      this.interrupt(); // kick thread to update job states.
+    }
+    else
+    {
+      if (!jobComplete)
+      {
+        wsInfo
+                .setProgressText(OutputHeader
+                        + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");
+      }
+    }
+  }
+
+  public void pollJob(AWsJob job) throws Exception
+  {
+    ((MsaWSJob) job).result = server.getResult(((MsaWSJob) job).getJobId());
+  }
+
+  public void StartJob(AWsJob job)
+  {
+    if (!(job instanceof MsaWSJob))
+    {
+      throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "
+              + job.getClass());
+    }
+    MsaWSJob j = (MsaWSJob) job;
+    if (j.isSubmitted())
+    {
+      if (Cache.log.isDebugEnabled())
+      {
+        Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "
+                + j.getJobId());
+      }
+      return;
+    }
+    if (j.seqs.getSeqs() == null)
+    {
+      // special case - selection consisted entirely of empty sequences...
+      j.setSubmitted(true);
+      j.result = new MsaResult();
+      j.result.setFinished(true);
+      j.result.setStatus("Empty Alignment Job");
+      ((MsaResult) j.result).setMsa(null);
+    }
+    try
+    {
+      vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.align(j.seqs);
+
+      if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))
+      {
+        j.setJobId(jobsubmit.getJobId());
+        j.setSubmitted(true);
+        j.setSubjobComplete(false);
+        // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");
+      }
+      else
+      {
+        if (jobsubmit == null)
+        {
+          throw new Exception(
+                  "Server at "
+                          + WsUrl
+                          + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");
+        }
+
+        throw new Exception(jobsubmit.getJobId());
+      }
+    } catch (Exception e)
+    {
+      // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly
+      // For unexpected errors
+      System.err
+              .println(WebServiceName
+                      + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
+                      + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"
+                      + e.toString() + "\n");
+      j.setAllowedServerExceptions(0);
+      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
+      wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
+      wsInfo
+              .appendProgressText(
+                      j.getJobnum(),
+                      "Failed to submit sequences for alignment.\n"
+                              + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"
+                              + "Just close the window\n");
+
+      // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG
+    }
+  }
+
+  private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(
+          vamsas.objects.simple.Alignment valign)
+  {
+    // TODO: refactor to helper class for vamsas.objects.simple objects
+    vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();
+    jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];
+
+    for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)
+    {
+      msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]
+              .getSeq());
+    }
+
+    return msa;
+  }
+
+  public void parseResult()
+  {
+    int results = 0; // number of result sets received
+    JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();
+    try
+    {
+      for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
+      {
+        finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
+        if (jobs[j].isSubmitted() && jobs[j].isSubjobComplete()
+                && jobs[j].hasResults())
+        {
+          results++;
+          vamsas.objects.simple.Alignment valign =  ((MsaResult)((MsaWSJob) jobs[j]).result)
+                  .getMsa();
+          if (valign != null)
+          {
+            wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(),
+                    "\nAlignment Object Method Notes\n");
+            String[] lines = valign.getMethod();
+            for (int line = 0; line < lines.length; line++)
+            {
+              wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(), lines[line] + "\n");
+            }
+            // JBPNote The returned files from a webservice could be
+            // hidden behind icons in the monitor window that,
+            // when clicked, pop up their corresponding data
+          }
+        }
+      }
+    } catch (Exception ex)
+    {
+
+      Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "
+              + alTitle, ex);
+      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
+    }
+    if (results > 0)
+    {
+      wsInfo.showResultsNewFrame
+              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
+              {
+                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
+                {
+                  displayResults(true);
+                }
+              });
+      wsInfo.mergeResults
+              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
+              {
+                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
+                {
+                  displayResults(false);
+                }
+              });
+      wsInfo.setResultsReady();
+    }
+    else
+    {
+      wsInfo.setFinishedNoResults();
+    }
+  }
+
+  void displayResults(boolean newFrame)
+  {
+    // view input or result data for each block
+    Vector alorders = new Vector();
+    SequenceI[][] results = new SequenceI[jobs.length][];
+    AlignmentOrder[] orders = new AlignmentOrder[jobs.length];
+    for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
+    {
+      if (jobs[j].hasResults())
+      {
+        Object[] res = ((MsaWSJob) jobs[j]).getAlignment();
+        alorders.add(res[1]);
+        results[j] = (SequenceI[]) res[0];
+        orders[j] = (AlignmentOrder) res[1];
+
+        // SequenceI[] alignment = input.getUpdated
+      }
+      else
+      {
+        results[j] = null;
+      }
+    }
+    Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());
+    // trash references to original result data
+    for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
+    {
+      results[j] = null;
+      orders[j] = null;
+    }
+    SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newview[0];
+    ColumnSelection columnselection = (ColumnSelection) newview[1];
+    Alignment al = new Alignment(alignment);
+    // TODO: add 'provenance' property to alignment from the method notes
+    // accompanying each subjob
+    if (dataset != null)
+    {
+      al.setDataset(dataset);
+    }
+
+    propagateDatasetMappings(al);
+    // JBNote- TODO: warn user if a block is input rather than aligned data ?
+
+    if (newFrame)
+    {
+      AlignFrame af = new AlignFrame(al, columnselection,
+              AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
+
+      // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.
+      af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);
+      // update orders
+      if (alorders.size() > 0)
+      {
+        if (alorders.size() == 1)
+        {
+          af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",
+                  (AlignmentOrder) alorders.get(0));
+        }
+        else
+        {
+          // construct a non-redundant ordering set
+          Vector names = new Vector();
+          for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
+          {
+            String orderName = new String(" Region " + i);
+            int j = i + 1;
+
+            while (j < l)
+            {
+              if (((AlignmentOrder) alorders.get(i))
+                      .equals(((AlignmentOrder) alorders.get(j))))
+              {
+                alorders.remove(j);
+                l--;
+                orderName += "," + j;
+              }
+              else
+              {
+                j++;
+              }
+            }
+
+            if (i == 0 && j == 1)
+            {
+              names.add(new String(""));
+            }
+            else
+            {
+              names.add(orderName);
+            }
+          }
+          for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
+          {
+            af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName
+                    + ((String) names.get(i)) + " Ordering",
+                    (AlignmentOrder) alorders.get(i));
+          }
+        }
+      }
+
+      Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
+              AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
+
+    }
+    else
+    {
+      System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");
+      // TODO: modify alignment in original frame, replacing old for new
+      // alignment using the commands.EditCommand model to ensure the update can
+      // be undone
+    }
+  }
+
+  public boolean canMergeResults()
+  {
+    return false;
+  }
+}
similarity index 94%
rename from src/jalview/ws/SeqSearchWSClient.java
rename to src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java
index fd45209..fe279cf 100644 (file)
-/*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
- */\r
-package jalview.ws;\r
-\r
-import java.awt.Component;\r
-import java.awt.event.ActionEvent;\r
-import java.awt.event.ActionListener;\r
-import java.util.Enumeration;\r
-import java.util.Hashtable;\r
-import java.util.StringTokenizer;\r
-import java.util.Vector;\r
-\r
-import javax.swing.*;\r
-\r
-import ext.vamsas.*;\r
-import jalview.datamodel.*;\r
-import jalview.gui.*;\r
-\r
-/**\r
- * DOCUMENT ME!\r
- * \r
- * @author $author$\r
- * @version $Revision$\r
- */\r
-public class SeqSearchWSClient extends WS1Client\r
-{\r
-  /**\r
-   * server is a WSDL2Java generated stub for an archetypal MsaWSI service.\r
-   */\r
-  ext.vamsas.SeqSearchI server;\r
-\r
-  AlignFrame alignFrame;\r
-\r
-  /**\r
-   * Creates a new MsaWSClient object that uses a service given by an externally\r
-   * retrieved ServiceHandle\r
-   * \r
-   * @param sh\r
-   *          service handle of type AbstractName(MsaWS)\r
-   * @param altitle\r
-   *          DOCUMENT ME!\r
-   * @param msa\r
-   *          DOCUMENT ME!\r
-   * @param submitGaps\r
-   *          DOCUMENT ME!\r
-   * @param preserveOrder\r
-   *          DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-\r
-  public SeqSearchWSClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String altitle,\r
-          jalview.datamodel.AlignmentView msa, String db,\r
-          Alignment seqdataset, AlignFrame _alignFrame)\r
-  {\r
-    super();\r
-    alignFrame = _alignFrame;\r
-    // can generalise the two errors below for metadata mapping from interface\r
-    // name to service client name\r
-    if (!sh.getAbstractName().equals(this.getServiceActionKey()))\r
-    {\r
-      JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
-              "The Service called \n" + sh.getName()\r
-                      + "\nis not a \nSequence Search Service !",\r
-              "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
-\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    if ((wsInfo = setWebService(sh)) == null)\r
-    {\r
-      JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
-              "The Sequence Search Service named " + sh.getName()\r
-                      + " is unknown", "Internal Jalview Error",\r
-              JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
-\r
-      return;\r
-    }\r
-    startSeqSearchClient(altitle, msa, db, seqdataset);\r
-\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * non-process web service interaction - use this for calling HEADLESS\r
-   * synchronous service methods\r
-   * \r
-   * @param sh\r
-   */\r
-  public SeqSearchWSClient(ServiceHandle sh)\r
-  {\r
-    setWebService(sh, true);\r
-  }\r
-\r
-  public SeqSearchWSClient()\r
-  {\r
-\r
-    super();\r
-    // add a class reference to the list\r
-  }\r
-\r
-  private void startSeqSearchClient(String altitle, AlignmentView msa,\r
-          String db, Alignment seqdataset)\r
-  {\r
-    if (!locateWebService())\r
-    {\r
-      return;\r
-    }\r
-    String visdb = (db == null || db == "") ? "default" : db; // need a visible\r
-    // name for a\r
-    // sequence db\r
-    boolean profileSearch = msa.getSequences().length > 2 ? true : false;\r
-    // single sequence or profile from alignment view\r
-    wsInfo.setProgressText("Searching "\r
-            + visdb\r
-            + (!profileSearch ? " with sequence "\r
-                    + msa.getSequences()[0].getRefSeq().getName()\r
-                    : " with profile") + " from " + altitle\r
-            + "\nJob details\n");\r
-\r
-    String jobtitle = WebServiceName\r
-            + ((WebServiceName.indexOf("earch") > -1) ? " " : " search ")\r
-            + " of "\r
-            + visdb\r
-            + (!profileSearch ? " with sequence "\r
-                    + msa.getSequences()[0].getRefSeq().getName()\r
-                    : " with profile") + " from " + altitle;\r
-    SeqSearchWSThread ssthread = new SeqSearchWSThread(server, WsURL,\r
-            wsInfo, alignFrame, WebServiceName, jobtitle, msa, db,\r
-            seqdataset);\r
-    wsInfo.setthisService(ssthread);\r
-    ssthread.start();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Initializes the server field with a valid service implementation.\r
-   * \r
-   * @return true if service was located.\r
-   */\r
-  private boolean locateWebService()\r
-  {\r
-    // this can be abstracted using reflection\r
-    // TODO: MuscleWS transmuted to generic MsaWS client\r
-    SeqSearchServiceLocator loc = new SeqSearchServiceLocator(); // Default\r
-\r
-    try\r
-    {\r
-      this.server = (SeqSearchI) loc.getSeqSearchService(new java.net.URL(\r
-              WsURL));\r
-      ((SeqSearchServiceSoapBindingStub) this.server).setTimeout(60000); // One\r
-      // minute\r
-      // timeout\r
-    } catch (Exception ex)\r
-    {\r
-      wsInfo.setProgressText("Serious! " + WebServiceName\r
-              + " Service location failed\nfor URL :" + WsURL + "\n"\r
-              + ex.getMessage());\r
-      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.ERROR);\r
-      ex.printStackTrace();\r
-\r
-      return false;\r
-    }\r
-\r
-    loc.getEngine().setOption("axis", "1");\r
-\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  protected String getServiceActionKey()\r
-  {\r
-    return "SeqSearch";\r
-  }\r
-\r
-  protected String getServiceActionDescription()\r
-  {\r
-    return "Sequence Database Search";\r
-  }\r
-\r
-  // simple caching of db parameters for each service endpoint\r
-  private static Hashtable dbParamsForEndpoint;\r
-  static\r
-  {\r
-    dbParamsForEndpoint = new Hashtable();\r
-  }\r
-\r
-  public String[] getSupportedDatabases() throws Exception\r
-  {\r
-\r
-    // check that we haven't already been to this service endpoint\r
-    if (dbParamsForEndpoint.containsKey(WsURL))\r
-    {\r
-      return (String[]) dbParamsForEndpoint.get(WsURL);\r
-    }\r
-    if (!locateWebService())\r
-    {\r
-      throw new Exception("Cannot contact service endpoint at " + WsURL);\r
-    }\r
-    String database = server.getDatabase();\r
-    if (database == null)\r
-    {\r
-      dbParamsForEndpoint.put(WsURL, new String[]\r
-      {});\r
-      return null;\r
-    }\r
-    StringTokenizer en = new StringTokenizer(database.trim(), ",| ");\r
-    String[] dbs = new String[en.countTokens()];\r
-    for (int i = 0; i < dbs.length; i++)\r
-    {\r
-      dbs[i++] = en.nextToken().trim();\r
-    }\r
-    dbParamsForEndpoint.put(WsURL, dbs);\r
-    return dbs;\r
-  }\r
-\r
-  public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final ServiceHandle sh,\r
-          final AlignFrame af)\r
-  {\r
-    // look for existing database service submenus on wsmenu\r
-    Hashtable dbsrchs = new Hashtable();\r
-    Vector newdbsrch = new Vector();\r
-    Component entries[] = wsmenu.getComponents();\r
-    for (int i = 0; entries != null && i < entries.length; i++)\r
-    {\r
-      if (entries[i] instanceof JMenu)\r
-      {\r
-        dbsrchs.put(entries[i].getName(), entries[i]);\r
-      }\r
-    }\r
-    JMenu defmenu = (JMenu) dbsrchs.get("Default Database");\r
-    if (defmenu == null)\r
-    {\r
-      dbsrchs.put("Default Database", defmenu = new JMenu(\r
-              "Default Database"));\r
-      newdbsrch.addElement(defmenu);\r
-    }\r
-\r
-    String dbs[] = null;\r
-    try\r
-    {\r
-      dbs = new jalview.ws.SeqSearchWSClient(sh).getSupportedDatabases();\r
-    } catch (Exception e)\r
-    {\r
-      jalview.bin.Cache.log.warn(\r
-              "Database list request failed, so disabling SeqSearch Service client "\r
-                      + sh.getName() + " at " + sh.getEndpointURL(), e);\r
-      return;\r
-    }\r
-    JMenuItem method;\r
-    // do default entry\r
-    defmenu.add(method = new JMenuItem(sh.getName()));\r
-    method.setToolTipText(sh.getEndpointURL());\r
-    method.addActionListener(new ActionListener()\r
-    {\r
-      public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
-      {\r
-        // use same input gatherer as for secondary structure prediction\r
-        // we could actually parameterise the gatherer method here...\r
-        AlignmentView msa = af.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
-        new jalview.ws.SeqSearchWSClient(sh, af.getTitle(), msa, null, af\r
-                .getViewport().getAlignment().getDataset(), af);\r
-      }\r
-    });\r
-    // add entry for each database the service supports\r
-    for (int db = 0; dbs != null && db < dbs.length; db++)\r
-    {\r
-      JMenu dbmenu = (JMenu) dbsrchs.get(dbs[db]);\r
-      if (dbmenu == null)\r
-      {\r
-        dbsrchs.put(dbs[db], dbmenu = new JMenu(dbs[db]));\r
-        newdbsrch.addElement(dbmenu);\r
-      }\r
-      // add the client handler code for this service\r
-      dbmenu.add(method = new JMenuItem(sh.getName()));\r
-      method.setToolTipText(sh.getEndpointURL());\r
-      final String searchdb = dbs[db];\r
-      method.addActionListener(new ActionListener()\r
-      {\r
-        public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
-        {\r
-          AlignmentView msa = af.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
-          new jalview.ws.SeqSearchWSClient(sh, af.getTitle(), msa,\r
-                  searchdb, af.getViewport().getAlignment().getDataset(),\r
-                  af);\r
-        }\r
-      });\r
-    }\r
-    // add the databases onto the seqsearch menu\r
-    Enumeration e = newdbsrch.elements();\r
-    while (e.hasMoreElements())\r
-    {\r
-      Object el = e.nextElement();\r
-      if (el instanceof JMenu)\r
-      {\r
-        wsmenu.add((JMenu) el);\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        wsmenu.add((JMenuItem) el);\r
-      }\r
-    }\r
-\r
-  }\r
-}\r
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ */
+package jalview.ws.jws1;
+
+import java.awt.Component;
+import java.awt.event.ActionEvent;
+import java.awt.event.ActionListener;
+import java.util.Enumeration;
+import java.util.Hashtable;
+import java.util.StringTokenizer;
+import java.util.Vector;
+
+import javax.swing.*;
+
+import ext.vamsas.*;
+import jalview.datamodel.*;
+import jalview.gui.*;
+
+/**
+ * DOCUMENT ME!
+ * 
+ * @author $author$
+ * @version $Revision$
+ */
+public class SeqSearchWSClient extends WS1Client
+{
+  /**
+   * server is a WSDL2Java generated stub for an archetypal MsaWSI service.
+   */
+  ext.vamsas.SeqSearchI server;
+
+  AlignFrame alignFrame;
+
+  /**
+   * Creates a new MsaWSClient object that uses a service given by an externally
+   * retrieved ServiceHandle
+   * 
+   * @param sh
+   *          service handle of type AbstractName(MsaWS)
+   * @param altitle
+   *          DOCUMENT ME!
+   * @param msa
+   *          DOCUMENT ME!
+   * @param submitGaps
+   *          DOCUMENT ME!
+   * @param preserveOrder
+   *          DOCUMENT ME!
+   */
+
+  public SeqSearchWSClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String altitle,
+          jalview.datamodel.AlignmentView msa, String db,
+          Alignment seqdataset, AlignFrame _alignFrame)
+  {
+    super();
+    alignFrame = _alignFrame;
+    // can generalise the two errors below for metadata mapping from interface
+    // name to service client name
+    if (!sh.getAbstractName().equals(this.getServiceActionKey()))
+    {
+      JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
+              "The Service called \n" + sh.getName()
+                      + "\nis not a \nSequence Search Service !",
+              "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+
+      return;
+    }
+
+    if ((wsInfo = setWebService(sh)) == null)
+    {
+      JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
+              "The Sequence Search Service named " + sh.getName()
+                      + " is unknown", "Internal Jalview Error",
+              JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+
+      return;
+    }
+    startSeqSearchClient(altitle, msa, db, seqdataset);
+
+  }
+
+  /**
+   * non-process web service interaction - use this for calling HEADLESS
+   * synchronous service methods
+   * 
+   * @param sh
+   */
+  public SeqSearchWSClient(ServiceHandle sh)
+  {
+    setWebService(sh, true);
+  }
+
+  public SeqSearchWSClient()
+  {
+
+    super();
+    // add a class reference to the list
+  }
+
+  private void startSeqSearchClient(String altitle, AlignmentView msa,
+          String db, Alignment seqdataset)
+  {
+    if (!locateWebService())
+    {
+      return;
+    }
+    String visdb = (db == null || db == "") ? "default" : db; // need a visible
+    // name for a
+    // sequence db
+    boolean profileSearch = msa.getSequences().length > 2 ? true : false;
+    // single sequence or profile from alignment view
+    wsInfo.setProgressText("Searching "
+            + visdb
+            + (!profileSearch ? " with sequence "
+                    + msa.getSequences()[0].getRefSeq().getName()
+                    : " with profile") + " from " + altitle
+            + "\nJob details\n");
+
+    String jobtitle = WebServiceName
+            + ((WebServiceName.indexOf("earch") > -1) ? " " : " search ")
+            + " of "
+            + visdb
+            + (!profileSearch ? " with sequence "
+                    + msa.getSequences()[0].getRefSeq().getName()
+                    : " with profile") + " from " + altitle;
+    SeqSearchWSThread ssthread = new SeqSearchWSThread(server, WsURL,
+            wsInfo, alignFrame, WebServiceName, jobtitle, msa, db,
+            seqdataset);
+    wsInfo.setthisService(ssthread);
+    ssthread.start();
+  }
+
+  /**
+   * Initializes the server field with a valid service implementation.
+   * 
+   * @return true if service was located.
+   */
+  private boolean locateWebService()
+  {
+    // this can be abstracted using reflection
+    // TODO: MuscleWS transmuted to generic MsaWS client
+    SeqSearchServiceLocator loc = new SeqSearchServiceLocator(); // Default
+
+    try
+    {
+      this.server = (SeqSearchI) loc.getSeqSearchService(new java.net.URL(
+              WsURL));
+      ((SeqSearchServiceSoapBindingStub) this.server).setTimeout(60000); // One
+      // minute
+      // timeout
+    } catch (Exception ex)
+    {
+      wsInfo.setProgressText("Serious! " + WebServiceName
+              + " Service location failed\nfor URL :" + WsURL + "\n"
+              + ex.getMessage());
+      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.ERROR);
+      ex.printStackTrace();
+
+      return false;
+    }
+
+    loc.getEngine().setOption("axis", "1");
+
+    return true;
+  }
+
+  protected String getServiceActionKey()
+  {
+    return "SeqSearch";
+  }
+
+  protected String getServiceActionDescription()
+  {
+    return "Sequence Database Search";
+  }
+
+  // simple caching of db parameters for each service endpoint
+  private static Hashtable dbParamsForEndpoint;
+  static
+  {
+    dbParamsForEndpoint = new Hashtable();
+  }
+
+  public String[] getSupportedDatabases() throws Exception
+  {
+
+    // check that we haven't already been to this service endpoint
+    if (dbParamsForEndpoint.containsKey(WsURL))
+    {
+      return (String[]) dbParamsForEndpoint.get(WsURL);
+    }
+    if (!locateWebService())
+    {
+      throw new Exception("Cannot contact service endpoint at " + WsURL);
+    }
+    String database = server.getDatabase();
+    if (database == null)
+    {
+      dbParamsForEndpoint.put(WsURL, new String[]
+      {});
+      return null;
+    }
+    StringTokenizer en = new StringTokenizer(database.trim(), ",| ");
+    String[] dbs = new String[en.countTokens()];
+    for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
+    {
+      dbs[i++] = en.nextToken().trim();
+    }
+    dbParamsForEndpoint.put(WsURL, dbs);
+    return dbs;
+  }
+
+  public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final ServiceHandle sh,
+          final AlignFrame af)
+  {
+    // look for existing database service submenus on wsmenu
+    Hashtable dbsrchs = new Hashtable();
+    Vector newdbsrch = new Vector();
+    Component entries[] = wsmenu.getComponents();
+    for (int i = 0; entries != null && i < entries.length; i++)
+    {
+      if (entries[i] instanceof JMenu)
+      {
+        dbsrchs.put(entries[i].getName(), entries[i]);
+      }
+    }
+    JMenu defmenu = (JMenu) dbsrchs.get("Default Database");
+    if (defmenu == null)
+    {
+      dbsrchs.put("Default Database", defmenu = new JMenu(
+              "Default Database"));
+      newdbsrch.addElement(defmenu);
+    }
+
+    String dbs[] = null;
+    try
+    {
+      dbs = new jalview.ws.jws1.SeqSearchWSClient(sh).getSupportedDatabases();
+    } catch (Exception e)
+    {
+      jalview.bin.Cache.log.warn(
+              "Database list request failed, so disabling SeqSearch Service client "
+                      + sh.getName() + " at " + sh.getEndpointURL(), e);
+      return;
+    }
+    JMenuItem method;
+    // do default entry
+    defmenu.add(method = new JMenuItem(sh.getName()));
+    method.setToolTipText(sh.getEndpointURL());
+    method.addActionListener(new ActionListener()
+    {
+      public void actionPerformed(ActionEvent e)
+      {
+        // use same input gatherer as for secondary structure prediction
+        // we could actually parameterise the gatherer method here...
+        AlignmentView msa = af.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();
+        new jalview.ws.jws1.SeqSearchWSClient(sh, af.getTitle(), msa, null, af
+                .getViewport().getAlignment().getDataset(), af);
+      }
+    });
+    // add entry for each database the service supports
+    for (int db = 0; dbs != null && db < dbs.length; db++)
+    {
+      JMenu dbmenu = (JMenu) dbsrchs.get(dbs[db]);
+      if (dbmenu == null)
+      {
+        dbsrchs.put(dbs[db], dbmenu = new JMenu(dbs[db]));
+        newdbsrch.addElement(dbmenu);
+      }
+      // add the client handler code for this service
+      dbmenu.add(method = new JMenuItem(sh.getName()));
+      method.setToolTipText(sh.getEndpointURL());
+      final String searchdb = dbs[db];
+      method.addActionListener(new ActionListener()
+      {
+        public void actionPerformed(ActionEvent e)
+        {
+          AlignmentView msa = af.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();
+          new jalview.ws.jws1.SeqSearchWSClient(sh, af.getTitle(), msa,
+                  searchdb, af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
+                  af);
+        }
+      });
+    }
+    // add the databases onto the seqsearch menu
+    Enumeration e = newdbsrch.elements();
+    while (e.hasMoreElements())
+    {
+      Object el = e.nextElement();
+      if (el instanceof JMenu)
+      {
+        wsmenu.add((JMenu) el);
+      }
+      else
+      {
+        wsmenu.add((JMenuItem) el);
+      }
+    }
+
+  }
+}
similarity index 92%
rename from src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java
rename to src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java
index 550ae43..259a0b9 100644 (file)
-/*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
- */\r
-package jalview.ws;\r
-\r
-import java.util.*;\r
-\r
-import jalview.analysis.*;\r
-import jalview.bin.*;\r
-import jalview.datamodel.*;\r
-import jalview.gui.*;\r
-import jalview.io.NewickFile;\r
-import vamsas.objects.simple.MsaResult;\r
-import vamsas.objects.simple.SeqSearchResult;\r
-\r
-/**\r
- * <p>\r
- * Title:\r
- * </p>\r
- * \r
- * <p>\r
- * Description:\r
- * </p>\r
- * \r
- * <p>\r
- * Copyright: Copyright (c) 2004\r
- * </p>\r
- * \r
- * <p>\r
- * Company: Dundee University\r
- * </p>\r
- * \r
- * @author not attributable\r
- * @version 1.0\r
- */\r
-class SeqSearchWSThread extends JWS1Thread implements WSClientI\r
-{\r
-  String dbs = null;\r
-\r
-  boolean profile = false;\r
-\r
-  class SeqSearchWSJob extends WSJob\r
-  {\r
-    // hold special input for this\r
-    vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
-\r
-    /**\r
-     * MsaWSJob\r
-     * \r
-     * @param jobNum\r
-     *          int\r
-     * @param jobId\r
-     *          String\r
-     */\r
-    public SeqSearchWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)\r
-    {\r
-      this.jobnum = jobNum;\r
-      if (!prepareInput(inSeqs, 2))\r
-      {\r
-        submitted = true;\r
-        subjobComplete = true;\r
-        result = new MsaResult();\r
-        result.setFinished(true);\r
-        result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");\r
-      }\r
-\r
-    }\r
-\r
-    Hashtable SeqNames = new Hashtable();\r
-\r
-    Vector emptySeqs = new Vector();\r
-\r
-    /**\r
-     * prepare input sequences for service\r
-     * \r
-     * @param seqs\r
-     *          jalview sequences to be prepared\r
-     * @param minlen\r
-     *          minimum number of residues required for this MsaWS service\r
-     * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.\r
-     */\r
-    private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)\r
-    {\r
-      int nseqs = 0;\r
-      if (minlen < 0)\r
-      {\r
-        throw new Error(\r
-                "Implementation error: minlen must be zero or more.");\r
-      }\r
-      for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
-      {\r
-        if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
-        {\r
-          nseqs++;\r
-        }\r
-      }\r
-      boolean valid = nseqs >= 1; // need at least one sequence for valid input\r
-      // TODO: generalise\r
-      vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]\r
-              : null;\r
-      boolean submitGaps = (nseqs == 1) ? false : true; // profile is submitted\r
-      // with gaps\r
-      for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)\r
-      {\r
-\r
-        String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same\r
-        // for\r
-        // any\r
-        // subjob\r
-        SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils\r
-                .SeqCharacterHash(seqs[i]));\r
-        if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
-        {\r
-          seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
-          seqarray[n].setId(newname);\r
-          seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()\r
-                  : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,\r
-                          seqs[i].getSequenceAsString()));\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          String empty = null;\r
-          if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())\r
-          {\r
-            empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq\r
-                    .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]\r
-                            .getSequenceAsString());\r
-          }\r
-          emptySeqs.add(new String[]\r
-          { newname, empty });\r
-        }\r
-      }\r
-      if (submitGaps)\r
-      {\r
-        // almost certainly have to remove gapped columns here\r
-      }\r
-      this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
-      this.seqs.setSeqs(seqarray);\r
-      return valid;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.\r
-     */\r
-    public boolean hasResults()\r
-    {\r
-      if (subjobComplete\r
-              && result != null\r
-              && result.isFinished()\r
-              && ((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null\r
-              && ((SeqSearchResult) result).getAlignment().getSeqs() != null)\r
-      {\r
-        return true;\r
-      }\r
-      return false;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * return sequence search results for display\r
-     * \r
-     * @return null or { Alignment(+features and annotation), NewickFile)}\r
-     */\r
-    public Object[] getAlignment(Alignment dataset, Hashtable featureColours)\r
-    {\r
-\r
-      if (result != null && result.isFinished())\r
-      {\r
-        SequenceI[] alseqs = null;\r
-        // char alseq_gapchar = '-';\r
-        // int alseq_l = 0;\r
-        if (((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null)\r
-        {\r
-          alseqs = getVamsasAlignment(((SeqSearchResult) result)\r
-                  .getAlignment());\r
-          // alseq_gapchar = ( (SeqSearchResult)\r
-          // result).getAlignment().getGapchar().charAt(0);\r
-          // alseq_l = alseqs.length;\r
-        }\r
-        /**\r
-         * what has to be done. 1 - annotate returned alignment with annotation\r
-         * file and sequence features file, and associate any tree-nodes. 2.\r
-         * connect alignment back to any associated dataset: 2.a. deuniquify\r
-         * recovers sequence information - but additionally, relocations must be\r
-         * made from the returned aligned sequence back to the dataset.\r
-         */\r
-        // construct annotated alignment as it would be done by the jalview\r
-        // applet\r
-        jalview.datamodel.Alignment al = new Alignment(alseqs);\r
-        // al.setDataset(dataset);\r
-        // make dataset\r
-        String inFile = null;\r
-        try\r
-        {\r
-          inFile = ((SeqSearchResult) result).getAnnotation();\r
-          if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
-          {\r
-            new jalview.io.AnnotationFile().readAnnotationFile(al, inFile,\r
-                    jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
-          }\r
-        } catch (Exception e)\r
-        {\r
-          System.err\r
-                  .println("Failed to parse the annotation file associated with the alignment.");\r
-          System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
-          e.printStackTrace(System.err);\r
-        }\r
-\r
-        try\r
-        {\r
-          inFile = ((SeqSearchResult) result).getFeatures();\r
-          if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
-          {\r
-            jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(\r
-                    inFile, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
-            ff.parse(al, featureColours, false);\r
-          }\r
-        } catch (Exception e)\r
-        {\r
-          System.err\r
-                  .println("Failed to parse the Features file associated with the alignment.");\r
-          System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
-          e.printStackTrace(System.err);\r
-        }\r
-        jalview.io.NewickFile nf = null;\r
-        try\r
-        {\r
-          inFile = ((SeqSearchResult) result).getNewickTree();\r
-          if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
-          {\r
-            nf = new jalview.io.NewickFile(inFile,\r
-                    jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
-            if (!nf.isValid())\r
-            {\r
-              nf.close();\r
-              nf = null;\r
-            }\r
-          }\r
-        } catch (Exception e)\r
-        {\r
-          System.err\r
-                  .println("Failed to parse the treeFile associated with the alignment.");\r
-          System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
-          e.printStackTrace(System.err);\r
-        }\r
-\r
-        /*\r
-         * TODO: housekeeping w.r.t. recovery of dataset and annotation\r
-         * references for input sequences, and then dataset sequence creation\r
-         * for new sequences retrieved from service // finally, attempt to\r
-         * de-uniquify to recover input sequence identity, and try to map back\r
-         * onto dataset Note: this\r
-         * jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs, true); will\r
-         * NOT WORK - the returned alignment may contain multiple versions of\r
-         * the input sequence, each being a subsequence of the original.\r
-         * deuniquify also removes existing annotation and features added in the\r
-         * previous step... al.setDataset(dataset); // add in new sequences\r
-         * retrieved from sequence search which are not already in dataset. //\r
-         * trigger a 'fetchDBids' to annotate sequences with database ids...\r
-         */\r
-\r
-        return new Object[]\r
-        { al, nf };\r
-      }\r
-      return null;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly\r
-     */\r
-    void cancel()\r
-    {\r
-      cancelled = true;\r
-      subjobComplete = true;\r
-      result = null;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * @return boolean true if job can be submitted.\r
-     */\r
-    public boolean hasValidInput()\r
-    {\r
-      if (seqs.getSeqs() != null)\r
-      {\r
-        return true;\r
-      }\r
-      return false;\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.\r
-\r
-  Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be\r
-\r
-  // associated.\r
-\r
-  ext.vamsas.SeqSearchI server = null;\r
-\r
-  private String dbArg;\r
-\r
-  /**\r
-   * set basic options for this (group) of Msa jobs\r
-   * \r
-   * @param subgaps\r
-   *          boolean\r
-   * @param presorder\r
-   *          boolean\r
-   */\r
-  SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,\r
-          WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
-          AlignmentView alview, String wsname, String db)\r
-  {\r
-    super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);\r
-    this.server = server;\r
-    this.dbArg = db;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa\r
-   * \r
-   * @param title\r
-   *          String\r
-   * @param _msa\r
-   *          AlignmentView\r
-   * @param subgaps\r
-   *          boolean\r
-   * @param presorder\r
-   *          boolean\r
-   * @param seqset\r
-   *          Alignment\r
-   */\r
-  SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,\r
-          WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
-          String wsname, String title, AlignmentView _msa, String db,\r
-          Alignment seqset)\r
-  {\r
-    this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, db);\r
-    OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
-    alTitle = title;\r
-    dataset = seqset;\r
-\r
-    SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');\r
-    if (conmsa != null)\r
-    {\r
-      int njobs = conmsa.length;\r
-      jobs = new SeqSearchWSJob[njobs];\r
-      for (int j = 0; j < njobs; j++)\r
-      {\r
-        if (j != 0)\r
-        {\r
-          jobs[j] = new SeqSearchWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          jobs[j] = new SeqSearchWSJob(0, conmsa[j]);\r
-        }\r
-        if (njobs > 0)\r
-        {\r
-          wsinfo\r
-                  .setProgressName("region " + jobs[j].jobnum,\r
-                          jobs[j].jobnum);\r
-        }\r
-        wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);\r
-      }\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public boolean isCancellable()\r
-  {\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  public void cancelJob()\r
-  {\r
-    if (!jobComplete && jobs != null)\r
-    {\r
-      boolean cancelled = true;\r
-      for (int job = 0; job < jobs.length; job++)\r
-      {\r
-        if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)\r
-        {\r
-          String cancelledMessage = "";\r
-          try\r
-          {\r
-            vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server\r
-                    .cancel(jobs[job].jobId);\r
-            if (cancelledJob.getStatus() == 2)\r
-            {\r
-              // CANCELLED_JOB\r
-              cancelledMessage = "Job cancelled.";\r
-              ((SeqSearchWSJob) jobs[job]).cancel();\r
-              wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
-                      WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
-            }\r
-            else if (cancelledJob.getStatus() == 3)\r
-            {\r
-              // VALID UNSTOPPABLE JOB\r
-              cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";\r
-              cancelled = false;\r
-              // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
-              // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
-            }\r
-\r
-            if (cancelledJob.getJobId() != null)\r
-            {\r
-              cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");\r
-            }\r
-\r
-            cancelledMessage += "\n";\r
-          } catch (Exception exc)\r
-          {\r
-            cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"\r
-                    + exc + "\n");\r
-            Cache.log.warn(\r
-                    "Exception whilst cancelling " + jobs[job].jobId, exc);\r
-          }\r
-          wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader\r
-                  + cancelledMessage + "\n");\r
-        }\r
-      }\r
-      if (cancelled)\r
-      {\r
-        wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
-        jobComplete = true;\r
-      }\r
-      this.interrupt(); // kick thread to update job states.\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      if (!jobComplete)\r
-      {\r
-        wsInfo\r
-                .setProgressText(OutputHeader\r
-                        + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");\r
-      }\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void pollJob(AWsJob job) throws Exception\r
-  {\r
-    ((SeqSearchWSJob) job).result = server\r
-            .getResult(((SeqSearchWSJob) job).jobId);\r
-  }\r
-\r
-  public void StartJob(AWsJob job)\r
-  {\r
-    if (!(job instanceof SeqSearchWSJob))\r
-    {\r
-      throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "\r
-              + job.getClass());\r
-    }\r
-    SeqSearchWSJob j = (SeqSearchWSJob) job;\r
-    if (j.submitted)\r
-    {\r
-      if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
-      {\r
-        Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "\r
-                + j.jobId);\r
-      }\r
-      return;\r
-    }\r
-    if (j.seqs.getSeqs() == null)\r
-    {\r
-      // special case - selection consisted entirely of empty sequences...\r
-      j.submitted = true;\r
-      j.result = new MsaResult();\r
-      j.result.setFinished(true);\r
-      j.result.setStatus("Empty Alignment Job");\r
-      ((MsaResult) j.result).setMsa(null);\r
-    }\r
-    try\r
-    {\r
-      vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.search(j.seqs\r
-              .getSeqs()[0], dbArg);\r
-\r
-      if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))\r
-      {\r
-        j.jobId = jobsubmit.getJobId();\r
-        j.submitted = true;\r
-        j.subjobComplete = false;\r
-        // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        if (jobsubmit == null)\r
-        {\r
-          throw new Exception(\r
-                  "Server at "\r
-                          + WsUrl\r
-                          + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");\r
-        }\r
-\r
-        throw new Exception(jobsubmit.getJobId());\r
-      }\r
-    } catch (Exception e)\r
-    {\r
-      // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly\r
-      // For unexpected errors\r
-      System.err\r
-              .println(WebServiceName\r
-                      + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"\r
-                      + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"\r
-                      + e.toString() + "\n");\r
-      j.allowedServerExceptions = 0;\r
-      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
-      wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
-      wsInfo\r
-              .appendProgressText(\r
-                      j.jobnum,\r
-                      "Failed to submit sequences for alignment.\n"\r
-                              + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"\r
-                              + "Just close the window\n");\r
-\r
-      // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(\r
-          vamsas.objects.simple.Alignment valign)\r
-  {\r
-    vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();\r
-    jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];\r
-\r
-    for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)\r
-    {\r
-      msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]\r
-              .getSeq());\r
-    }\r
-\r
-    return msa;\r
-  }\r
-\r
-  public void parseResult()\r
-  {\r
-    int results = 0; // number of result sets received\r
-    JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
-    try\r
-    {\r
-      for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
-      {\r
-        finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
-        if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete\r
-                && jobs[j].hasResults())\r
-        {\r
-          results++;\r
-          vamsas.objects.simple.Alignment valign = ((SeqSearchResult) ((SeqSearchWSJob)jobs[j]).result)\r
-                  .getAlignment();\r
-          if (valign != null)\r
-          {\r
-            wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,\r
-                    "\nAlignment Object Method Notes\n");\r
-            String[] lines = valign.getMethod();\r
-            for (int line = 0; line < lines.length; line++)\r
-            {\r
-              wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");\r
-            }\r
-            // JBPNote The returned files from a webservice could be\r
-            // hidden behind icons in the monitor window that,\r
-            // when clicked, pop up their corresponding data\r
-          }\r
-        }\r
-      }\r
-    } catch (Exception ex)\r
-    {\r
-\r
-      Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "\r
-              + alTitle, ex);\r
-      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
-    }\r
-    if (results > 0)\r
-    {\r
-      wsInfo.showResultsNewFrame\r
-              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
-              {\r
-                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
-                {\r
-                  displayResults(true);\r
-                }\r
-              });\r
-      wsInfo.mergeResults\r
-              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
-              {\r
-                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
-                {\r
-                  displayResults(false);\r
-                }\r
-              });\r
-      wsInfo.setResultsReady();\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      wsInfo.setFinishedNoResults();\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  void displayResults(boolean newFrame)\r
-  {\r
-    if (!newFrame)\r
-    {\r
-      System.err.println("MERGE WITH OLD FRAME NOT IMPLEMENTED");\r
-      return;\r
-    }\r
-    // each subjob is an independent alignment for the moment\r
-    // Alignment al[] = new Alignment[jobs.length];\r
-    // NewickFile nf[] = new NewickFile[jobs.length];\r
-    for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
-    {\r
-      Hashtable featureColours = new Hashtable();\r
-      Alignment al = null;\r
-      NewickFile nf = null;\r
-      if (jobs[j].hasResults())\r
-      {\r
-        Object[] res = ((SeqSearchWSJob) jobs[j]).getAlignment(dataset,\r
-                featureColours);\r
-        if (res == null)\r
-        {\r
-          continue;\r
-        }\r
-        ;\r
-        al = (Alignment) res[0];\r
-        nf = (NewickFile) res[1];\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        al = null;\r
-        nf = null;\r
-        continue;\r
-      }\r
-      /*\r
-       * We can't map new alignment back with insertions from input's hidden\r
-       * regions until dataset mapping is sorted out... but basically it goes\r
-       * like this: 1. Merge each domain hit back onto the visible segments in\r
-       * the same way as a Jnet prediction is mapped back\r
-       * \r
-       * Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());\r
-       * // trash references to original result data for (int j = 0; j <\r
-       * jobs.length; j++) { results[j] = null; orders[j] = null; } SequenceI[]\r
-       * alignment = (SequenceI[]) newview[0]; ColumnSelection columnselection =\r
-       * (ColumnSelection) newview[1]; Alignment al = new Alignment(alignment);\r
-       * \r
-       * if (dataset != null) { al.setDataset(dataset); }\r
-       * \r
-       * propagateDatasetMappings(al); }\r
-       */\r
-\r
-      AlignFrame af = new AlignFrame(al,// columnselection,\r
-              AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
-      if (nf != null)\r
-      {\r
-        af.ShowNewickTree(nf, "Tree from " + this.alTitle);\r
-      }\r
-      // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.\r
-      af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);\r
-      Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
-              AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public boolean canMergeResults()\r
-  {\r
-    return false;\r
-  }\r
-}\r
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ */
+package jalview.ws.jws1;
+
+import java.util.*;
+
+import jalview.analysis.*;
+import jalview.bin.*;
+import jalview.datamodel.*;
+import jalview.gui.*;
+import jalview.io.NewickFile;
+import jalview.ws.AWsJob;
+import jalview.ws.JobStateSummary;
+import jalview.ws.WSClientI;
+import vamsas.objects.simple.MsaResult;
+import vamsas.objects.simple.SeqSearchResult;
+
+/**
+ * <p>
+ * Title:
+ * </p>
+ * 
+ * <p>
+ * Description:
+ * </p>
+ * 
+ * <p>
+ * Copyright: Copyright (c) 2004
+ * </p>
+ * 
+ * <p>
+ * Company: Dundee University
+ * </p>
+ * 
+ * @author not attributable
+ * @version 1.0
+ */
+class SeqSearchWSThread extends JWS1Thread implements WSClientI
+{
+  String dbs = null;
+
+  boolean profile = false;
+
+  class SeqSearchWSJob extends WSJob
+  {
+    // hold special input for this
+    vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
+
+    /**
+     * MsaWSJob
+     * 
+     * @param jobNum
+     *          int
+     * @param jobId
+     *          String
+     */
+    public SeqSearchWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)
+    {
+      this.jobnum = jobNum;
+      if (!prepareInput(inSeqs, 2))
+      {
+        submitted = true;
+        subjobComplete = true;
+        result = new MsaResult();
+        result.setFinished(true);
+        result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");
+      }
+
+    }
+
+    Hashtable SeqNames = new Hashtable();
+
+    Vector emptySeqs = new Vector();
+
+    /**
+     * prepare input sequences for service
+     * 
+     * @param seqs
+     *          jalview sequences to be prepared
+     * @param minlen
+     *          minimum number of residues required for this MsaWS service
+     * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.
+     */
+    private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)
+    {
+      int nseqs = 0;
+      if (minlen < 0)
+      {
+        throw new Error(
+                "Implementation error: minlen must be zero or more.");
+      }
+      for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
+      {
+        if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
+        {
+          nseqs++;
+        }
+      }
+      boolean valid = nseqs >= 1; // need at least one sequence for valid input
+      // TODO: generalise
+      vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]
+              : null;
+      boolean submitGaps = (nseqs == 1) ? false : true; // profile is submitted
+      // with gaps
+      for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)
+      {
+
+        String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same
+        // for
+        // any
+        // subjob
+        SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils
+                .SeqCharacterHash(seqs[i]));
+        if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
+        {
+          seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();
+          seqarray[n].setId(newname);
+          seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()
+                  : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,
+                          seqs[i].getSequenceAsString()));
+        }
+        else
+        {
+          String empty = null;
+          if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())
+          {
+            empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq
+                    .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]
+                            .getSequenceAsString());
+          }
+          emptySeqs.add(new String[]
+          { newname, empty });
+        }
+      }
+      if (submitGaps)
+      {
+        // almost certainly have to remove gapped columns here
+      }
+      this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
+      this.seqs.setSeqs(seqarray);
+      return valid;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.
+     */
+    public boolean hasResults()
+    {
+      if (subjobComplete
+              && result != null
+              && result.isFinished()
+              && ((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null
+              && ((SeqSearchResult) result).getAlignment().getSeqs() != null)
+      {
+        return true;
+      }
+      return false;
+    }
+
+    /**
+     * return sequence search results for display
+     * 
+     * @return null or { Alignment(+features and annotation), NewickFile)}
+     */
+    public Object[] getAlignment(Alignment dataset, Hashtable featureColours)
+    {
+
+      if (result != null && result.isFinished())
+      {
+        SequenceI[] alseqs = null;
+        // char alseq_gapchar = '-';
+        // int alseq_l = 0;
+        if (((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null)
+        {
+          alseqs = getVamsasAlignment(((SeqSearchResult) result)
+                  .getAlignment());
+          // alseq_gapchar = ( (SeqSearchResult)
+          // result).getAlignment().getGapchar().charAt(0);
+          // alseq_l = alseqs.length;
+        }
+        /**
+         * what has to be done. 1 - annotate returned alignment with annotation
+         * file and sequence features file, and associate any tree-nodes. 2.
+         * connect alignment back to any associated dataset: 2.a. deuniquify
+         * recovers sequence information - but additionally, relocations must be
+         * made from the returned aligned sequence back to the dataset.
+         */
+        // construct annotated alignment as it would be done by the jalview
+        // applet
+        jalview.datamodel.Alignment al = new Alignment(alseqs);
+        // al.setDataset(dataset);
+        // make dataset
+        String inFile = null;
+        try
+        {
+          inFile = ((SeqSearchResult) result).getAnnotation();
+          if (inFile != null && inFile.length() > 0)
+          {
+            new jalview.io.AnnotationFile().readAnnotationFile(al, inFile,
+                    jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
+          }
+        } catch (Exception e)
+        {
+          System.err
+                  .println("Failed to parse the annotation file associated with the alignment.");
+          System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");
+          e.printStackTrace(System.err);
+        }
+
+        try
+        {
+          inFile = ((SeqSearchResult) result).getFeatures();
+          if (inFile != null && inFile.length() > 0)
+          {
+            jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(
+                    inFile, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
+            ff.parse(al, featureColours, false);
+          }
+        } catch (Exception e)
+        {
+          System.err
+                  .println("Failed to parse the Features file associated with the alignment.");
+          System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");
+          e.printStackTrace(System.err);
+        }
+        jalview.io.NewickFile nf = null;
+        try
+        {
+          inFile = ((SeqSearchResult) result).getNewickTree();
+          if (inFile != null && inFile.length() > 0)
+          {
+            nf = new jalview.io.NewickFile(inFile,
+                    jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
+            if (!nf.isValid())
+            {
+              nf.close();
+              nf = null;
+            }
+          }
+        } catch (Exception e)
+        {
+          System.err
+                  .println("Failed to parse the treeFile associated with the alignment.");
+          System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");
+          e.printStackTrace(System.err);
+        }
+
+        /*
+         * TODO: housekeeping w.r.t. recovery of dataset and annotation
+         * references for input sequences, and then dataset sequence creation
+         * for new sequences retrieved from service // finally, attempt to
+         * de-uniquify to recover input sequence identity, and try to map back
+         * onto dataset Note: this
+         * jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs, true); will
+         * NOT WORK - the returned alignment may contain multiple versions of
+         * the input sequence, each being a subsequence of the original.
+         * deuniquify also removes existing annotation and features added in the
+         * previous step... al.setDataset(dataset); // add in new sequences
+         * retrieved from sequence search which are not already in dataset. //
+         * trigger a 'fetchDBids' to annotate sequences with database ids...
+         */
+
+        return new Object[]
+        { al, nf };
+      }
+      return null;
+    }
+
+    /**
+     * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly
+     */
+    void cancel()
+    {
+      cancelled = true;
+      subjobComplete = true;
+      result = null;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * @return boolean true if job can be submitted.
+     */
+    public boolean hasValidInput()
+    {
+      if (seqs.getSeqs() != null)
+      {
+        return true;
+      }
+      return false;
+    }
+  }
+
+  String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.
+
+  Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be
+
+  // associated.
+
+  ext.vamsas.SeqSearchI server = null;
+
+  private String dbArg;
+
+  /**
+   * set basic options for this (group) of Msa jobs
+   * 
+   * @param subgaps
+   *          boolean
+   * @param presorder
+   *          boolean
+   */
+  SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,
+          WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
+          AlignmentView alview, String wsname, String db)
+  {
+    super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);
+    this.server = server;
+    this.dbArg = db;
+  }
+
+  /**
+   * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa
+   * 
+   * @param title
+   *          String
+   * @param _msa
+   *          AlignmentView
+   * @param subgaps
+   *          boolean
+   * @param presorder
+   *          boolean
+   * @param seqset
+   *          Alignment
+   */
+  SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,
+          WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
+          String wsname, String title, AlignmentView _msa, String db,
+          Alignment seqset)
+  {
+    this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, db);
+    OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
+    alTitle = title;
+    dataset = seqset;
+
+    SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');
+    if (conmsa != null)
+    {
+      int njobs = conmsa.length;
+      jobs = new SeqSearchWSJob[njobs];
+      for (int j = 0; j < njobs; j++)
+      {
+        if (j != 0)
+        {
+          jobs[j] = new SeqSearchWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);
+        }
+        else
+        {
+          jobs[j] = new SeqSearchWSJob(0, conmsa[j]);
+        }
+        if (njobs > 0)
+        {
+          wsinfo
+                  .setProgressName("region " + jobs[j].getJobnum(),
+                          jobs[j].getJobnum());
+        }
+        wsinfo.setProgressText(jobs[j].getJobnum(), OutputHeader);
+      }
+    }
+  }
+
+  public boolean isCancellable()
+  {
+    return true;
+  }
+
+  public void cancelJob()
+  {
+    if (!jobComplete && jobs != null)
+    {
+      boolean cancelled = true;
+      for (int job = 0; job < jobs.length; job++)
+      {
+        if (jobs[job].isSubmitted() && !jobs[job].isSubjobComplete())
+        {
+          String cancelledMessage = "";
+          try
+          {
+            vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server
+                    .cancel(jobs[job].getJobId());
+            if (cancelledJob.getStatus() == 2)
+            {
+              // CANCELLED_JOB
+              cancelledMessage = "Job cancelled.";
+              ((SeqSearchWSJob) jobs[job]).cancel();
+              wsInfo.setStatus(jobs[job].getJobnum(),
+                      WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
+            }
+            else if (cancelledJob.getStatus() == 3)
+            {
+              // VALID UNSTOPPABLE JOB
+              cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";
+              cancelled = false;
+              // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,
+              // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
+            }
+
+            if (cancelledJob.getJobId() != null)
+            {
+              cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");
+            }
+
+            cancelledMessage += "\n";
+          } catch (Exception exc)
+          {
+            cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"
+                    + exc + "\n");
+            Cache.log.warn(
+                    "Exception whilst cancelling " + jobs[job].getJobId(), exc);
+          }
+          wsInfo.setProgressText(jobs[job].getJobnum(), OutputHeader
+                  + cancelledMessage + "\n");
+        }
+      }
+      if (cancelled)
+      {
+        wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
+        jobComplete = true;
+      }
+      this.interrupt(); // kick thread to update job states.
+    }
+    else
+    {
+      if (!jobComplete)
+      {
+        wsInfo
+                .setProgressText(OutputHeader
+                        + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");
+      }
+    }
+  }
+
+  public void pollJob(AWsJob job) throws Exception
+  {
+    ((SeqSearchWSJob) job).result = server
+            .getResult(((SeqSearchWSJob) job).getJobId());
+  }
+
+  public void StartJob(AWsJob job)
+  {
+    if (!(job instanceof SeqSearchWSJob))
+    {
+      throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "
+              + job.getClass());
+    }
+    SeqSearchWSJob j = (SeqSearchWSJob) job;
+    if (j.isSubmitted())
+    {
+      if (Cache.log.isDebugEnabled())
+      {
+        Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "
+                + j.getJobId());
+      }
+      return;
+    }
+    if (j.seqs.getSeqs() == null)
+    {
+      // special case - selection consisted entirely of empty sequences...
+      j.setSubmitted(true);
+      j.result = new MsaResult();
+      j.result.setFinished(true);
+      j.result.setStatus("Empty Alignment Job");
+      ((MsaResult) j.result).setMsa(null);
+    }
+    try
+    {
+      vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.search(j.seqs
+              .getSeqs()[0], dbArg);
+
+      if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))
+      {
+        j.setJobId(jobsubmit.getJobId());
+        j.setSubmitted(true);
+        j.setSubjobComplete(false);
+        // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");
+      }
+      else
+      {
+        if (jobsubmit == null)
+        {
+          throw new Exception(
+                  "Server at "
+                          + WsUrl
+                          + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");
+        }
+
+        throw new Exception(jobsubmit.getJobId());
+      }
+    } catch (Exception e)
+    {
+      // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly
+      // For unexpected errors
+      System.err
+              .println(WebServiceName
+                      + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
+                      + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"
+                      + e.toString() + "\n");
+      j.setAllowedServerExceptions(0);
+      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
+      wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
+      wsInfo
+              .appendProgressText(
+                      j.getJobnum(),
+                      "Failed to submit sequences for alignment.\n"
+                              + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"
+                              + "Just close the window\n");
+
+      // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG
+    }
+  }
+
+  private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(
+          vamsas.objects.simple.Alignment valign)
+  {
+    vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();
+    jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];
+
+    for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)
+    {
+      msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]
+              .getSeq());
+    }
+
+    return msa;
+  }
+
+  public void parseResult()
+  {
+    int results = 0; // number of result sets received
+    JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();
+    try
+    {
+      for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
+      {
+        finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
+        if (jobs[j].isSubmitted() && jobs[j].isSubjobComplete()
+                && jobs[j].hasResults())
+        {
+          results++;
+          vamsas.objects.simple.Alignment valign = ((SeqSearchResult) ((SeqSearchWSJob)jobs[j]).result)
+                  .getAlignment();
+          if (valign != null)
+          {
+            wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(),
+                    "\nAlignment Object Method Notes\n");
+            String[] lines = valign.getMethod();
+            for (int line = 0; line < lines.length; line++)
+            {
+              wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(), lines[line] + "\n");
+            }
+            // JBPNote The returned files from a webservice could be
+            // hidden behind icons in the monitor window that,
+            // when clicked, pop up their corresponding data
+          }
+        }
+      }
+    } catch (Exception ex)
+    {
+
+      Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "
+              + alTitle, ex);
+      wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
+    }
+    if (results > 0)
+    {
+      wsInfo.showResultsNewFrame
+              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
+              {
+                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
+                {
+                  displayResults(true);
+                }
+              });
+      wsInfo.mergeResults
+              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
+              {
+                public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
+                {
+                  displayResults(false);
+                }
+              });
+      wsInfo.setResultsReady();
+    }
+    else
+    {
+      wsInfo.setFinishedNoResults();
+    }
+  }
+
+  void displayResults(boolean newFrame)
+  {
+    if (!newFrame)
+    {
+      System.err.println("MERGE WITH OLD FRAME NOT IMPLEMENTED");
+      return;
+    }
+    // each subjob is an independent alignment for the moment
+    // Alignment al[] = new Alignment[jobs.length];
+    // NewickFile nf[] = new NewickFile[jobs.length];
+    for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
+    {
+      Hashtable featureColours = new Hashtable();
+      Alignment al = null;
+      NewickFile nf = null;
+      if (jobs[j].hasResults())
+      {
+        Object[] res = ((SeqSearchWSJob) jobs[j]).getAlignment(dataset,
+                featureColours);
+        if (res == null)
+        {
+          continue;
+        }
+        ;
+        al = (Alignment) res[0];
+        nf = (NewickFile) res[1];
+      }
+      else
+      {
+        al = null;
+        nf = null;
+        continue;
+      }
+      /*
+       * We can't map new alignment back with insertions from input's hidden
+       * regions until dataset mapping is sorted out... but basically it goes
+       * like this: 1. Merge each domain hit back onto the visible segments in
+       * the same way as a Jnet prediction is mapped back
+       * 
+       * Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());
+       * // trash references to original result data for (int j = 0; j <
+       * jobs.length; j++) { results[j] = null; orders[j] = null; } SequenceI[]
+       * alignment = (SequenceI[]) newview[0]; ColumnSelection columnselection =
+       * (ColumnSelection) newview[1]; Alignment al = new Alignment(alignment);
+       * 
+       * if (dataset != null) { al.setDataset(dataset); }
+       * 
+       * propagateDatasetMappings(al); }
+       */
+
+      AlignFrame af = new AlignFrame(al,// columnselection,
+              AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
+      if (nf != null)
+      {
+        af.ShowNewickTree(nf, "Tree from " + this.alTitle);
+      }
+      // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.
+      af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);
+      Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
+              AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
+    }
+  }
+
+  public boolean canMergeResults()
+  {
+    return false;
+  }
+}
similarity index 96%
rename from src/jalview/ws/WS1Client.java
rename to src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java
index a05bf7f..83ea028 100644 (file)
@@ -1,10 +1,12 @@
 /**
  * 
  */
 /**
  * 
  */
-package jalview.ws;
+package jalview.ws.jws1;
 
 import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.gui.WebserviceInfo;
 
 import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.gui.WebserviceInfo;
+import jalview.ws.WSClient;
+import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
 
 import javax.swing.JMenu;
 
 
 import javax.swing.JMenu;
 
similarity index 97%
rename from src/jalview/ws/WSJob.java
rename to src/jalview/ws/jws1/WSJob.java
index 2a2e315..c2e1bf9 100644 (file)
@@ -1,7 +1,9 @@
 /**
  * 
  */
 /**
  * 
  */
-package jalview.ws;
+package jalview.ws.jws1;
+
+import jalview.ws.AWsJob;
 
 abstract class WSJob extends AWsJob
 {
 
 abstract class WSJob extends AWsJob
 {