+ if(av.hasHiddenColumns)\r
+ {\r
+ for(int c=0; c<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); c++)\r
+ {\r
+ int [] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(c);\r
+ HiddenColumns hc = new HiddenColumns();\r
+ hc.setStart(region[0]);\r
+ hc.setEnd(region[1]);\r
+ view.addHiddenColumns(hc);\r
+ }\r
+ }\r
+\r
+ if(av.hasHiddenRows)\r
+ {\r
+ // av.alignment.getHiddenSequences().get\r
+ // HiddenSequences hs = new HiddenSequences();\r
+ // hs.ad\r
+ // view.addHiddenSequences();\r
+ // av.showAllHiddenSeqs();.alignment.getHiddenSequences().\r
+ }\r
+\r