- if ( (start != -1) && (end != -1))\r
- {\r
- newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
- seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
- .toString(), start, end);\r
- seqs.addElement(newSeq);\r
- }\r
- else\r
- {\r
- newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
- seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
- .toString(), 1,\r
- seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
- .toString().length());\r
- seqs.addElement(newSeq);\r
- }\r
+ newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
+ seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
+ .toString(), start, end);\r
+ seqs.addElement(newSeq);\r
+\r