- return null;
- // void readPhylogeniesFromURL() {
- // URL url = null;
- // Phylogeny[] phys = null;
- // final String message = "Please enter a complete URL, for example
- // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
- // final String url_string = JOptionPane
- // .showInputDialog( this,
- // message,
- // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
- // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
- // boolean nhx_or_nexus = false;
- // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
- // try {
- // url = new URL( url_string );
- // PhylogenyParser parser = null;
- // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
- // parser = new TolParser();
- // }
- // else {
- // parser = ParserUtils
- // .createParserDependingOnUrlContents( url,
- // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
- // }
- // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
- // nhx_or_nexus = true;
- // }
- // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
- // nhx_or_nexus = true;
- // }
- // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
- // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
- // }
- // else {
- // _mainpanel.setWaitCursor();
- // }
- // final PhylogenyFactory factory =
- // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
- // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
- // }
- // catch ( final MalformedURLException e ) {
- // JOptionPane.showMessageDialog( this,
- // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
- // "Malformed URL",
- // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
- // }
- // catch ( final IOException e ) {
- // JOptionPane.showMessageDialog( this,
- // "Could not read from " + url + "\n"
- // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
- // "Failed to read URL",
- // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
- // }
- // catch ( final Exception e ) {
- // JOptionPane.showMessageDialog( this,
- // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
- // "Unexpected Exception",
- // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
- // }
- // finally {
- // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
- // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
- // }
- // else {
- // _mainpanel.setArrowCursor();
- // }
- // }
- // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
- // if ( nhx_or_nexus &&
- // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
- // for( final Phylogeny phy : phys ) {
- // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
- // }
- // }
- // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
- // new File( url.getFile() ).getName(),
- // new File( url.getFile() ).toString(),
- // getConfiguration(),
- // getMainPanel() );
- // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
- // }
- // }
- // activateSaveAllIfNeeded();
- // System.gc();
- // }