+ public final static String extractTaxonomyDataFromNodeName( final PhylogenyNode node,
+ final NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction )
+ throws PhyloXmlDataFormatException {
+ final String id = extractUniprotTaxonomyIdFromNodeName( node.getName(), taxonomy_extraction );
+ if ( !ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
+ if ( !node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
+ node.getNodeData().setTaxonomy( new Taxonomy() );
+ }
+ if ( ( node.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() == null )
+ || ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue() ) ) {
+ node.getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( id, "uniprot" ) );
+ return id;
+ }
+ }
+ else {
+ final String code = extractTaxonomyCodeFromNodeName( node.getName(), taxonomy_extraction );
+ if ( !ForesterUtil.isEmpty( code ) ) {
+ if ( !node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
+ node.getNodeData().setTaxonomy( new Taxonomy() );
+ }
+ if ( ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
+ node.getNodeData().getTaxonomy().setTaxonomyCode( code );
+ return code;
+ }
+ }
+ }
+ return null;
+ }
+