Revert "Revert "needed for linkedapplets_ng.html (JAL-859,JAL-469)""

This reverts commit 37b210ecad3c132b87c525f84e3b754a4edf12a6.

diff --git a/examples/plantfdx.annotations b/examples/plantfdx.annotations
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b4ed4a4
--- /dev/null
+++ b/examples/plantfdx.annotations
@@ -0,0 +1,7 @@
+JALVIEW_ANNOTATION
+# Created: Mon Dec 11 10:43:00 GMT 2006
+
+NO_GRAPH       Secondary Structure     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||1,E|E|E|||||2,E|E|E|E|E|E|E|E|||||3,H|H|H|H|H|||||||||||Fe|||||Fe|||Fe||4,E|E||||||5,E|E|||||||||||6,H|H|H|H||7,E||||Fe|||E|E||||9,E|E|E|E|E||||||||||
+NO_GRAPH       Iron Sulphur Contacts   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Fe|||||Fe|||Fe||||||||||||||||||||||||||||||Fe||||||||||||||||||||||
+COLOUR Conservation    5d1500
+COLOUR Quality 560c00

diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
index 8387089..80b01d0 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
@@ -144,7 +144,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
-    alignPanel.validate();\r
+\r
+    validate();\r
     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
     alignPanel.paintAlignment(true);\r
   }\r