JAL-4119 TRACE level console message reporting download URL for sifts. Also more...
authorJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Mon, 17 Jul 2023 10:15:07 +0000 (11:15 +0100)
committerJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Mon, 17 Jul 2023 10:15:07 +0000 (11:15 +0100)
src/jalview/ws/sifts/SiftsClient.java

index 037854b..24526cf 100644 (file)
@@ -57,6 +57,7 @@ import jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix;
 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
 import jalview.api.DBRefEntryI;
 import jalview.api.SiftsClientI;
+import jalview.bin.Console;
 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
 import jalview.datamodel.DBRefSource;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
@@ -350,7 +351,10 @@ public class SiftsClient implements SiftsClientI
 
   public static String getDownloadUrlFor(String siftFile)
   {
-    return SIFTS_SPLIT_FTP_BASE_URL +siftFile.substring(1, 3)+"/"+siftFile;
+    String durl = SIFTS_SPLIT_FTP_BASE_URL+siftFile.substring(1, 3)+"/"+siftFile;
+    Console.trace("SIFTS URL for "+siftFile+" is "+durl);
+    return durl;
+    
   }
 
   /**
@@ -540,7 +544,7 @@ public class SiftsClient implements SiftsClientI
 
     if (mapping.isEmpty())
     {
-      throw new SiftsException("SIFTS mapping failed");
+      throw new SiftsException("SIFTS mapping failed for "+entityId+" and "+seq.getName());
     }
     // also construct a mapping object between the seq-coord sys and the PDB
     // seq's coord sys