Edited wiki page PhyloBioRuby through web user interface.
authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Thu, 24 Feb 2011 08:57:14 +0000 (08:57 +0000)
committercmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
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wiki/PhyloBioRuby.wiki

index dfb8ed2..bebd29b 100644 (file)
@@ -50,14 +50,14 @@ require 'bio'
 # and stores the result in 'report'.
 options = ['--maxiterate', '1000', '--localpair']
 mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options)
-report = mafft.query_align( seqs)
+report = mafft.query_align(seqs)
 
 # Accesses the actual alignment
 align = report.alignment
 
 # Prints each sequence to the console.
-report.align.each { |s| puts s.to_s }
-#
+align.each { |s| puts s.to_s }
+
 }}}
 
 References:
@@ -79,14 +79,14 @@ require 'bio'
 # and stores the result in 'report'.
 options = ['-quiet', '-maxiters', '64']
 muscle = Bio::Muscle.new('path/to/muscle', options)
-report = muscle.query_align( seqs)
+report = muscle.query_align(seqs)
 
 # Accesses the actual alignment
 align = report.alignment
 
 # Prints each sequence to the console.
-report.align.each { |s| puts s.to_s }
-#
+align.each { |s| puts s.to_s }
+
 }}}
 
 References: