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authorcmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
Tue, 1 Mar 2011 03:35:14 +0000 (03:35 +0000)
committercmzmasek@gmail.com <cmzmasek@gmail.com@ca865154-3058-d1c3-3e42-d8f55a55bdbd>
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wiki/PhyloBioRuby.wiki

index e881406..3839645 100644 (file)
@@ -101,10 +101,10 @@ require 'bio'
 # 'seqs' is either an array of sequences or a multiple sequence 
 # alignment. In general this is read in from a file as described in ?.
 # For the purpose of this tutorial, it is generated in code.
-seqs = ["KMLFGVVFFFGG",
-        "LMGGHHF",
-        "GKKKKGHHHGHRRRGR",
-        "KKKKGHHHGHRRRGR"] 
+seqs = ['MFQIPEFEPSEQEDSSSAER',
+        'MGTPKQPSLAPAHALGLRKS',
+        'PKQPSLAPAHALGLRKS',
+        'MCSTSGCDLE'] 
 
 
 # Calculates the alignment using the MAFFT program on the local
@@ -139,10 +139,10 @@ require 'bio'
 # 'seqs' is either an array of sequences or a multiple sequence 
 # alignment. In general this is read in from a file as described in ?.
 # For the purpose of this tutorial, it is generated in code.
-seqs = ["KMLFGVVFFFGG",
-        "LMGGHHF",
-        "GKKKKGHHHGHRRRGR",
-        "KKKKGHHHGHRRRGR"] 
+seqs = ['MFQIPEFEPSEQEDSSSAER',
+        'MGTPKQPSLAPAHALGLRKS',
+        'PKQPSLAPAHALGLRKS',
+        'MCSTSGCDLE']  
 
 # Calculates the alignment using the Muscle program on the local
 # machine with options '-quiet -maxiters 64'