JAL-3446 from JAL-3253 ApplicationSingletonProvider missing for
authorBobHanson <hansonr@stolaf.edu>
Wed, 3 Jun 2020 14:24:06 +0000 (09:24 -0500)
committerBobHanson <hansonr@stolaf.edu>
Wed, 3 Jun 2020 14:24:06 +0000 (09:24 -0500)
RestClient; others are just cosmetic

src/jalview/datamodel/features/FeatureAttributes.java
src/jalview/fts/service/uniprot/UniProtFTSRestClient.java
src/jalview/httpserver/HttpServer.java
src/jalview/io/FileFormats.java
src/jalview/io/cache/AppCache.java
src/jalview/io/gff/SequenceOntologyFactory.java
src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
src/jalview/urls/IdOrgSettings.java
src/jalview/ws/rest/RestClient.java

index 01f04d5..1a125c2 100644 (file)
@@ -48,6 +48,11 @@ public class FeatureAttributes implements ApplicationSingletonI
             .getInstance(FeatureAttributes.class);
   }
 
+  private FeatureAttributes()
+  {
+    attributes = new HashMap<>();
+  }
+
   /*
    * map, by feature type, of a map, by attribute name, of
    * attribute description and min-max range (if known)
@@ -199,11 +204,6 @@ public class FeatureAttributes implements ApplicationSingletonI
     }
   }
 
-  private FeatureAttributes()
-  {
-    attributes = new HashMap<>();
-  }
-
   /**
    * Answers the attribute names known for the given feature type, in
    * alphabetical order (not case sensitive), or an empty set if no attributes
index f227d58..0d860c4 100644 (file)
@@ -64,7 +64,7 @@ return (FTSRestClientI) ApplicationSingletonProvider
 
   public final String uniprotSearchEndpoint;
 
-  public UniProtFTSRestClient()
+  private UniProtFTSRestClient()
   {
     super();
     uniprotSearchEndpoint = Cache.getDefault("UNIPROT_DOMAIN",
index 9a59bda..7021fae 100644 (file)
@@ -66,6 +66,24 @@ public class HttpServer implements ApplicationSingletonI
       return (HttpServer) ApplicationSingletonProvider.getInstance(HttpServer.class);
     }
   }
+  
+  /**
+   * Private constructor to enforce use of singleton
+   * 
+   * @throws BindException
+   *           if no free port can be assigned
+   */
+  private HttpServer() throws BindException
+  {
+    startServer();
+
+    /*
+     * Provides a REST server by default; add more programmatically as required
+     */
+    registerHandler(RestHandler.getInstance());
+  }
+
+
   /*
    * 'context root' - actually just prefixed to the path for each handler for
    * now - see registerHandler
@@ -94,22 +112,6 @@ public class HttpServer implements ApplicationSingletonI
 
 
   /**
-   * Private constructor to enforce use of singleton
-   * 
-   * @throws BindException
-   *           if no free port can be assigned
-   */
-  private HttpServer() throws BindException
-  {
-    startServer();
-
-    /*
-     * Provides a REST server by default; add more programmatically as required
-     */
-    registerHandler(RestHandler.getInstance());
-  }
-
-  /**
    * Start the http server
    * 
    * @throws BindException
index 7743e17..fca29bd 100644 (file)
@@ -46,6 +46,13 @@ public class FileFormats implements ApplicationSingletonI
     return (FileFormats) ApplicationSingletonProvider.getInstance(FileFormats.class);
   }
 
+  /**
+   * Private constructor registers Jalview's built-in file formats
+   */
+  private FileFormats()
+  {
+    reset();
+  }
 
   /*
    * A lookup map of file formats by upper-cased name
@@ -57,13 +64,6 @@ public class FileFormats implements ApplicationSingletonI
    */
   private Set<FileFormatI> identifiable;
 
-  /**
-   * Private constructor registers Jalview's built-in file formats
-   */
-  private FileFormats()
-  {
-    reset();
-  }
 
   /**
    * Reset to just the built-in file formats packaged with Jalview. These are
index 76827f9..fdcad08 100644 (file)
@@ -41,6 +41,11 @@ public class AppCache implements ApplicationSingletonI
     return (AppCache) ApplicationSingletonProvider.getInstance(AppCache.class);
   }
 
+  private AppCache()
+  {
+    cacheItems = new Hashtable<String, LinkedHashSet<String>>();
+  }
+
   public static final String DEFAULT_LIMIT = "99";
 
   public static final String CACHE_DELIMITER = ";";
@@ -49,10 +54,6 @@ public class AppCache implements ApplicationSingletonI
 
   private Hashtable<String, LinkedHashSet<String>> cacheItems;
 
-  private AppCache()
-  {
-    cacheItems = new Hashtable<String, LinkedHashSet<String>>();
-  }
 
   /**
    * Method to obtain all the cache items for a given cache key
index ee362b4..08a2c6a 100644 (file)
@@ -48,6 +48,12 @@ public class SequenceOntologyFactory implements ApplicationSingletonI
             .getInstance(SequenceOntologyFactory.class);
   }
 
+  private SequenceOntologyFactory()
+  {
+    // private singleton
+  }
+
+
   /**
    * Answers the configured model of the Sequence Ontology.
    * 
@@ -74,9 +80,4 @@ public class SequenceOntologyFactory implements ApplicationSingletonI
 
   private SequenceOntologyI sequenceOntology;
 
-  private SequenceOntologyFactory()
-  {
-    // private singleton
-  }
-
 }
index 5b432f5..bb1bb94 100644 (file)
@@ -103,6 +103,15 @@ public class StructureSelectionManager implements ApplicationSingletonI
   }
 
   /**
+   * Private constructor as all 'singleton' instances are managed here or by
+   * ApplicationSingletonProvider
+   */
+  private StructureSelectionManager()
+  {
+    selectionManagers = new IdentityHashMap<>();
+  }
+
+  /**
    * Answers an instance of this class for the current application (Java or JS
    * 'applet') scope, and scoped to the specified context
    * 
@@ -136,14 +145,6 @@ public class StructureSelectionManager implements ApplicationSingletonI
     return instance;
   }
 
-  /**
-   * Private constructor as all 'singleton' instances are managed here or by
-   * ApplicationSingletonProvider
-   */
-  private StructureSelectionManager()
-  {
-    selectionManagers = new IdentityHashMap<>();
-  }
 
   /**
    * @return true if will try to use external services for processing secondary
index cd7e98e..7c38ab6 100644 (file)
@@ -39,6 +39,11 @@ public class IdOrgSettings implements ApplicationSingletonI
             .getInstance(IdOrgSettings.class);
   }
 
+  private IdOrgSettings()
+  {
+    // private singleton
+  }
+
   public static void setUrl(String seturl)
   {
     getInstance().url = seturl;
@@ -58,9 +63,4 @@ public class IdOrgSettings implements ApplicationSingletonI
   {
     return getInstance().location;
   }
-
-  private IdOrgSettings()
-  {
-    // private singleton
-  }
 }
index eea6474..41c5716 100644 (file)
@@ -54,6 +54,13 @@ public class RestClient extends WSClient
 implements WSClientI, WSMenuEntryProviderI, ApplicationSingletonI
 {
 
+  @SuppressWarnings("unused")
+  private RestClient()
+  {
+    // accessed by ApplicationSingletonProvider
+  }
+
+  
 private static RestClient getInstance()
 {
 return (RestClient) ApplicationSingletonProvider.getInstance(RestClient.class);