JAL-4090 release notes for JAL-244 JAL-901 JAL-4260 JAL-4189 JAL-2910 merge/JAL-244+JAL-629+JAL-3416+JAL-3421+JAL-3820+JAL-3830+JAL-4001+JAL-4160+JAL-4189+JAL-4214+JAL-4242+JAL-4255_Updates_to_these_issues_branches_with_merge_conflicts_resolved-bens_stuff
authorJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Thu, 7 Sep 2023 17:00:54 +0000 (18:00 +0100)
committerJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Thu, 7 Sep 2023 17:00:54 +0000 (18:00 +0100)
help/markdown/releases/release-2_11_3_0.md

index 087993c..0fa114d 100644 (file)
@@ -22,6 +22,7 @@ channel: "release"
 
 - <!-- JAL-4221 --> sequence descriptions are updated from database reference sources if not already defined
 - <!-- JAL-4273 --> Visible adjuster marks to grab and adjust annotation panel height and id width
+- <!-- JAL-4260 --> Adjustable ID margin when alignment is wrapped
 
 - <!-- JAL-4274 --> Command line options and configurable bitmap export preferences for height, width and scale factor
 
@@ -47,6 +48,8 @@ channel: "release"
 
 - <!-- JAL-4160,JAL-629 --> New command line argument framework allowing flexible batch processing, figure generation, and import of structures, pae matrices and other sequence associated data
 - <!-- JAL-4121 --> Assume --headless when jalview is run with a command line argument that generates output
+- <!-- JAL-244 --> Automatically adjust Left margin on import to avoid cropping of annotation labels & sequence IDs
+- <!-- JAL-901 --> Specify alignment title on import via --title argument
 
 ### Other improvements
 
@@ -74,6 +77,7 @@ known issue ? <!-- JAL-4127   --> 'Reload' for a jalview project results in all wi
 - <!-- JAL-4206 --> Improved file chooser's 'recent files' view and added filter for 'All known alignment files'
 - <!-- JAL-4206 --> Relative files added to recent files list via import from command line are selected when Jalview opened from same location
 
+       
 ## Still in progress (delete on release)
 
 - <!-- JAL-2382 --> Import and display sequence-associated contact predictions in CASP-RR format
@@ -108,7 +112,9 @@ known issue ? <!-- JAL-4127 --> 'Reload' for a jalview project results in all wi
 - <!-- JAL-2528, JAL-1713 --> Overview window is saved in project file, and state of 'show hidden regions' is preserved.
 - <!-- JAL-4153 --> JvCacheableInputBoxTest flaky on build server
 - <!-- JAL-4255 --> SLF4J produces an error to STDERR at Jalview startup due to missing class
-- <!-- 
+- <!-- JAL-4189 --> macOS Dock and KDE taskbar names Jalview icon "java" when running
+- <!-- JAL-2910 --> HeadlessException in console in headless mode (actually fixed in 2.11.{0,1,2))
+
 
 ## New Known defects
 - <!-- JAL-4178 --> Cannot cancel structure view open action once it has been started via the structure chooser dialog