JAL-1693 split frame opened for get xrefs, translate as cDNA
authorgmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Tue, 1 Sep 2015 15:39:16 +0000 (16:39 +0100)
committergmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Tue, 1 Sep 2015 15:39:16 +0000 (16:39 +0100)
help/html/menus/alwcalculate.html

index 50bb37b..10b5611 100755 (executable)
                                annotation which can then be used to sort the alignment via the Sort
                                by&#8594;Score menu.</em> <br></li>
                <li><strong>Translate as cDNA</strong> (not applet)<br><em>This option is visible for nucleotide alignments. 
-                       Selecting this option shows the DNA's calculated protein product in a new window. Note that the 
+                       Selecting this option shows the DNA's calculated protein product in a new <a href="../features/splitView.html">split frame</a> window. Note that the 
                        translation is not frame- or intron-aware; it simply translates all codons in each sequence, using the
                        standard <a href="../misc/geneticCode.html">genetic code</a> (any incomplete final codon is discarded). 
                        You can perform this action on the whole alignment, 
                        or selected rows, columns, or regions.</em> <br></li>
                <li><strong>Get Cross-References</strong> (not applet)<br><em>This option is visible where sequences have cross-references to
                        other standard databases; for example, an EMBL entry may have cross-references to one or more UNIPROT entries.
-                       Select the database to view all cross-referenced sequences in a new window.</em> <br></li>
+                       Select the database to view all cross-referenced sequences in a new <a href="../features/splitView.html">split frame</a> window.</em> <br></li>
                <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
                                large alignments it can be useful to deselect &quot;Autocalculate
                                Consensus&quot; when editing. This prevents the sometimes lengthy