JAL-2418 occupancy row in What’s New
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 16 Aug 2017 22:23:53 +0000 (23:23 +0100)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 16 Aug 2017 22:23:53 +0000 (23:23 +0100)
help/html/whatsNew.html

index 2b792e0..847b1fe 100755 (executable)
       This makes it easy to filter insertions from the alignment view
       (just select the region containing insertions to remove) without
       affecting the rest of the hidden columns.</li>
+    <li><strong>Gap count - a.k.a. the Occupancy
+        Annotation Row</strong><br /> Another way to filter columns according to
+      the presence of gaps is to enable the <strong>Occupancy
+        Annotation</strong> row via Jalview's Preferences. This annotation row
+      shows a histogram of the number of aligned residues at each
+      column. The <a href="features/columnFilterByAnnotation.html">Select
+        By Annotation</a> dialog now also includes a percentage threshold
+      mode, to make it easy to filter alignments to show only those
+      columns with a particular fraction of aligned sequences.</li>
     <li><strong>Recent search history for Find, PDBe and
         Uniprot</strong><br />Easily repeat a previous search for <a
       href="features/search.html#queryhistory">Find</a> and the free