documentation and proxy call to util.MapList.getToWord(mpos)
authorjprocter <Jim Procter>
Wed, 2 May 2007 14:27:25 +0000 (14:27 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Wed, 2 May 2007 14:27:25 +0000 (14:27 +0000)
src/jalview/datamodel/Mapping.java

index b9874a4..0063faa 100644 (file)
@@ -99,12 +99,14 @@ public class Mapping {
     }
     return mpos;
   }
+  /**
+   * gets boundary in direction of mapping 
+   * @param position in mapped reference frame
+   * @return int{start, end} positions in associated sequence (in direction of mapped word)
+   */
   public int[] getWord(int mpos) {
     if (map!=null) {
-      int[] mp=map.shiftTo(mpos);
-      if (mp!=null) {
-        return new int[] {mp[0], mp[0]+mp[2]*(map.getFromRatio()-1)};
-      }
+      return map.getToWord(mpos);
     }
     return null;
   }