JAL-3609 formatting save after cherry-picks
authorBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Fri, 6 Nov 2020 17:05:48 +0000 (17:05 +0000)
committerBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Fri, 6 Nov 2020 17:05:48 +0000 (17:05 +0000)
getdown/src/getdown/core/src/main/java/jalview/bin/MemorySetting.java
src/jalview/bin/MemorySetting.java

index 159374a..5d7f14c 100644 (file)
@@ -41,9 +41,9 @@ public class MemorySetting
 
   private static final long GIGABYTE = 1073741824; // 1GB
 
-  public static final long LEAVE_FREE_MIN_MEMORY = GIGABYTE/2;
+  public static final long LEAVE_FREE_MIN_MEMORY = GIGABYTE / 2;
 
-  public static final long APPLICATION_MIN_MEMORY = GIGABYTE/2;
+  public static final long APPLICATION_MIN_MEMORY = GIGABYTE / 2;
 
   private static final long MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT = 32;
 
@@ -61,28 +61,27 @@ public class MemorySetting
    * values: jvmmempc - the maximum percentage of total physical memory to
    * allocate, and jvmmemmax - the maximum absolute amount of physical memory to
    * allocate. These can be provided as arguments. If not provided as arguments
-   * (or set as null) system properties will be used instead (if set). The memory
-   * setting returned will be the lower of the two values. If either of the values
-   * are not provided then defaults will be used (jvmmempc=90, jvmmemmax=32GB). If
-   * total physical memory can't be ascertained when jvmmempc was set or neither
-   * jvmmempc nor jvmmemmax were set, then jvmmemmax defaults to a much safer 8GB.
-   * In this case explicitly setting jvmmemmax and not setting jvmmempc can set a
-   * higher memory for Jalview. The calculation also tries to ensure 0.5GB memory
-   * for the OS, but also tries to ensure at least 0.5GB memory for Jalview (which
-   * takes priority over the OS) If there is less then 0.5GB of physical memory
-   * then the total physical memory is used for Jalview.
+   * (or set as null) system properties will be used instead (if set). The
+   * memory setting returned will be the lower of the two values. If either of
+   * the values are not provided then defaults will be used (jvmmempc=90,
+   * jvmmemmax=32GB). If total physical memory can't be ascertained when
+   * jvmmempc was set or neither jvmmempc nor jvmmemmax were set, then jvmmemmax
+   * defaults to a much safer 8GB. In this case explicitly setting jvmmemmax and
+   * not setting jvmmempc can set a higher memory for Jalview. The calculation
+   * also tries to ensure 0.5GB memory for the OS, but also tries to ensure at
+   * least 0.5GB memory for Jalview (which takes priority over the OS) If there
+   * is less then 0.5GB of physical memory then the total physical memory is
+   * used for Jalview.
    * 
    * @param jvmmemmaxarg
-   *                       Maximum value of memory to set. This can be a numeric
-   *                       string optionally followed by "b", "k", "m", "g", "t"
-   *                       (case insensitive) to indicate bytes, kilobytes,
-   *                       megabytes, gigabytes, terabytes respectively. If null a
-   *                       default value of 32G will be used. If null and either
-   *                       physical memory can't be determined then the default is
-   *                       8GB.
+   *          Maximum value of memory to set. This can be a numeric string
+   *          optionally followed by "b", "k", "m", "g", "t" (case insensitive)
+   *          to indicate bytes, kilobytes, megabytes, gigabytes, terabytes
+   *          respectively. If null a default value of 32G will be used. If null
+   *          and either physical memory can't be determined then the default is
+   *          8GB.
    * @param jvmmempcarg
-   *                       Max percentage of physical memory to use. Defaults to
-   *                       "90".
+   *          Max percentage of physical memory to use. Defaults to "90".
    * 
    * @return The amount of memory (in bytes) to allocate to Jalview
    */
@@ -136,9 +135,8 @@ public class MemorySetting
       {
         memmax = MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT * GIGABYTE;
         System.out.println("MemorySetting Property '"
-                + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME
-                + "' ("
-                + jvmmemmaxarg + "') badly formatted, using default ("
+                + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmemmaxarg
+                + "') badly formatted, using default ("
                 + MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT + "g).");
       }
 
@@ -146,11 +144,10 @@ public class MemorySetting
       if (Long.MAX_VALUE / memmax < multiplier)
       {
         memmax = MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT * GIGABYTE;
-        System.out.println(
-                "MemorySetting Property '" + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' ("
-                        + jvmmemmaxarg
-                        + ") too big, using default ("
-                        + MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT + "g).");
+        System.out.println("MemorySetting Property '"
+                + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmemmaxarg
+                + ") too big, using default (" + MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT
+                + "g).");
       }
       else
       {
@@ -161,11 +158,10 @@ public class MemorySetting
       if (memmax < APPLICATION_MIN_MEMORY)
       {
         memmax = APPLICATION_MIN_MEMORY;
-        System.out.println(
-                "MemorySetting Property '" + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' ("
-                        + jvmmemmaxarg
-                        + ") too small, using minimum ("
-                        + APPLICATION_MIN_MEMORY + ").");
+        System.out.println("MemorySetting Property '"
+                + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmemmaxarg
+                + ") too small, using minimum (" + APPLICATION_MIN_MEMORY
+                + ").");
       }
 
     }
@@ -196,18 +192,17 @@ public class MemorySetting
         }
         else
         {
-          System.out.println(
-                  "MemorySetting Property '"
-                          + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME
-                          + "' should be in range 1..100. Using default "
-                          + percent + "%");
+          System.out.println("MemorySetting Property '"
+                  + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME
+                  + "' should be in range 1..100. Using default " + percent
+                  + "%");
         }
       }
     } catch (NumberFormatException e)
     {
-      System.out.println(
-              "MemorySetting property '" + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME
-                      + "' (" + jvmmempcarg + ") badly formatted");
+      System.out.println("MemorySetting property '"
+              + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmempcarg
+              + ") badly formatted");
     }
 
     // catch everything in case of no com.sun.management.OperatingSystemMXBean
@@ -246,9 +241,9 @@ public class MemorySetting
           else
           {
             System.out.println("MemorySetting Property '"
-                    + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmempcarg
-                    + ") too small. Using minimum (" + APPLICATION_MIN_MEMORY
-                    + ").");
+                    + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME + "' ("
+                    + jvmmempcarg + ") too small. Using minimum ("
+                    + APPLICATION_MIN_MEMORY + ").");
           }
           mempc = APPLICATION_MIN_MEMORY;
         }
@@ -277,7 +272,12 @@ public class MemorySetting
     // jvmmempc was set OR neither jvmmempc nor jvmmemmax were set), let's cap
     // maxMemLong to 8GB
     if (memoryPercentError && mempc == -1
-            && !(jvmmempcarg == null && jvmmemmaxarg != null) // the same as (jvmmempcarg != null || (jvmmempcarg == null && jvmmemmaxarg
+            && !(jvmmempcarg == null && jvmmemmaxarg != null) // the same as
+                                                              // (jvmmempcarg !=
+                                                              // null ||
+                                                              // (jvmmempcarg ==
+                                                              // null &&
+                                                              // jvmmemmaxarg
                                                               // == null))
             && memmax > NOMEM_MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT * GIGABYTE)
     {
index 159374a..5d7f14c 100644 (file)
@@ -41,9 +41,9 @@ public class MemorySetting
 
   private static final long GIGABYTE = 1073741824; // 1GB
 
-  public static final long LEAVE_FREE_MIN_MEMORY = GIGABYTE/2;
+  public static final long LEAVE_FREE_MIN_MEMORY = GIGABYTE / 2;
 
-  public static final long APPLICATION_MIN_MEMORY = GIGABYTE/2;
+  public static final long APPLICATION_MIN_MEMORY = GIGABYTE / 2;
 
   private static final long MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT = 32;
 
@@ -61,28 +61,27 @@ public class MemorySetting
    * values: jvmmempc - the maximum percentage of total physical memory to
    * allocate, and jvmmemmax - the maximum absolute amount of physical memory to
    * allocate. These can be provided as arguments. If not provided as arguments
-   * (or set as null) system properties will be used instead (if set). The memory
-   * setting returned will be the lower of the two values. If either of the values
-   * are not provided then defaults will be used (jvmmempc=90, jvmmemmax=32GB). If
-   * total physical memory can't be ascertained when jvmmempc was set or neither
-   * jvmmempc nor jvmmemmax were set, then jvmmemmax defaults to a much safer 8GB.
-   * In this case explicitly setting jvmmemmax and not setting jvmmempc can set a
-   * higher memory for Jalview. The calculation also tries to ensure 0.5GB memory
-   * for the OS, but also tries to ensure at least 0.5GB memory for Jalview (which
-   * takes priority over the OS) If there is less then 0.5GB of physical memory
-   * then the total physical memory is used for Jalview.
+   * (or set as null) system properties will be used instead (if set). The
+   * memory setting returned will be the lower of the two values. If either of
+   * the values are not provided then defaults will be used (jvmmempc=90,
+   * jvmmemmax=32GB). If total physical memory can't be ascertained when
+   * jvmmempc was set or neither jvmmempc nor jvmmemmax were set, then jvmmemmax
+   * defaults to a much safer 8GB. In this case explicitly setting jvmmemmax and
+   * not setting jvmmempc can set a higher memory for Jalview. The calculation
+   * also tries to ensure 0.5GB memory for the OS, but also tries to ensure at
+   * least 0.5GB memory for Jalview (which takes priority over the OS) If there
+   * is less then 0.5GB of physical memory then the total physical memory is
+   * used for Jalview.
    * 
    * @param jvmmemmaxarg
-   *                       Maximum value of memory to set. This can be a numeric
-   *                       string optionally followed by "b", "k", "m", "g", "t"
-   *                       (case insensitive) to indicate bytes, kilobytes,
-   *                       megabytes, gigabytes, terabytes respectively. If null a
-   *                       default value of 32G will be used. If null and either
-   *                       physical memory can't be determined then the default is
-   *                       8GB.
+   *          Maximum value of memory to set. This can be a numeric string
+   *          optionally followed by "b", "k", "m", "g", "t" (case insensitive)
+   *          to indicate bytes, kilobytes, megabytes, gigabytes, terabytes
+   *          respectively. If null a default value of 32G will be used. If null
+   *          and either physical memory can't be determined then the default is
+   *          8GB.
    * @param jvmmempcarg
-   *                       Max percentage of physical memory to use. Defaults to
-   *                       "90".
+   *          Max percentage of physical memory to use. Defaults to "90".
    * 
    * @return The amount of memory (in bytes) to allocate to Jalview
    */
@@ -136,9 +135,8 @@ public class MemorySetting
       {
         memmax = MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT * GIGABYTE;
         System.out.println("MemorySetting Property '"
-                + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME
-                + "' ("
-                + jvmmemmaxarg + "') badly formatted, using default ("
+                + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmemmaxarg
+                + "') badly formatted, using default ("
                 + MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT + "g).");
       }
 
@@ -146,11 +144,10 @@ public class MemorySetting
       if (Long.MAX_VALUE / memmax < multiplier)
       {
         memmax = MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT * GIGABYTE;
-        System.out.println(
-                "MemorySetting Property '" + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' ("
-                        + jvmmemmaxarg
-                        + ") too big, using default ("
-                        + MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT + "g).");
+        System.out.println("MemorySetting Property '"
+                + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmemmaxarg
+                + ") too big, using default (" + MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT
+                + "g).");
       }
       else
       {
@@ -161,11 +158,10 @@ public class MemorySetting
       if (memmax < APPLICATION_MIN_MEMORY)
       {
         memmax = APPLICATION_MIN_MEMORY;
-        System.out.println(
-                "MemorySetting Property '" + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' ("
-                        + jvmmemmaxarg
-                        + ") too small, using minimum ("
-                        + APPLICATION_MIN_MEMORY + ").");
+        System.out.println("MemorySetting Property '"
+                + MAX_HEAPSIZE_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmemmaxarg
+                + ") too small, using minimum (" + APPLICATION_MIN_MEMORY
+                + ").");
       }
 
     }
@@ -196,18 +192,17 @@ public class MemorySetting
         }
         else
         {
-          System.out.println(
-                  "MemorySetting Property '"
-                          + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME
-                          + "' should be in range 1..100. Using default "
-                          + percent + "%");
+          System.out.println("MemorySetting Property '"
+                  + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME
+                  + "' should be in range 1..100. Using default " + percent
+                  + "%");
         }
       }
     } catch (NumberFormatException e)
     {
-      System.out.println(
-              "MemorySetting property '" + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME
-                      + "' (" + jvmmempcarg + ") badly formatted");
+      System.out.println("MemorySetting property '"
+              + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmempcarg
+              + ") badly formatted");
     }
 
     // catch everything in case of no com.sun.management.OperatingSystemMXBean
@@ -246,9 +241,9 @@ public class MemorySetting
           else
           {
             System.out.println("MemorySetting Property '"
-                    + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME + "' (" + jvmmempcarg
-                    + ") too small. Using minimum (" + APPLICATION_MIN_MEMORY
-                    + ").");
+                    + MAX_HEAPSIZE_PERCENT_PROPERTY_NAME + "' ("
+                    + jvmmempcarg + ") too small. Using minimum ("
+                    + APPLICATION_MIN_MEMORY + ").");
           }
           mempc = APPLICATION_MIN_MEMORY;
         }
@@ -277,7 +272,12 @@ public class MemorySetting
     // jvmmempc was set OR neither jvmmempc nor jvmmemmax were set), let's cap
     // maxMemLong to 8GB
     if (memoryPercentError && mempc == -1
-            && !(jvmmempcarg == null && jvmmemmaxarg != null) // the same as (jvmmempcarg != null || (jvmmempcarg == null && jvmmemmaxarg
+            && !(jvmmempcarg == null && jvmmemmaxarg != null) // the same as
+                                                              // (jvmmempcarg !=
+                                                              // null ||
+                                                              // (jvmmempcarg ==
+                                                              // null &&
+                                                              // jvmmemmaxarg
                                                               // == null))
             && memmax > NOMEM_MAX_HEAPSIZE_GB_DEFAULT * GIGABYTE)
     {