Merge branch 'merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064' into bug/JAL-4125_f...
authorBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Mon, 13 Feb 2023 20:18:00 +0000 (20:18 +0000)
committerBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Mon, 13 Feb 2023 20:18:00 +0000 (20:18 +0000)
13 files changed:
j11lib/VAqua5-patch.jar [deleted file]
j11lib/quaqua-filechooser-only-8.0.jar [deleted file]
j8lib/VAqua5-patch.jar [deleted file]
j8lib/quaqua-filechooser-only-8.0.jar [deleted file]
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/bin/Jalview.java
src/jalview/gui/AquaInternalFrameManager.java [deleted file]
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/QuitHandler.java
src/jalview/io/DataSourceType.java
src/jalview/io/FileLoader.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

diff --git a/j11lib/VAqua5-patch.jar b/j11lib/VAqua5-patch.jar
deleted file mode 100644 (file)
index 7b5c27b..0000000
Binary files a/j11lib/VAqua5-patch.jar and /dev/null differ
diff --git a/j11lib/quaqua-filechooser-only-8.0.jar b/j11lib/quaqua-filechooser-only-8.0.jar
deleted file mode 100644 (file)
index 182e0da..0000000
Binary files a/j11lib/quaqua-filechooser-only-8.0.jar and /dev/null differ
diff --git a/j8lib/VAqua5-patch.jar b/j8lib/VAqua5-patch.jar
deleted file mode 100644 (file)
index 7b5c27b..0000000
Binary files a/j8lib/VAqua5-patch.jar and /dev/null differ
diff --git a/j8lib/quaqua-filechooser-only-8.0.jar b/j8lib/quaqua-filechooser-only-8.0.jar
deleted file mode 100644 (file)
index 182e0da..0000000
Binary files a/j8lib/quaqua-filechooser-only-8.0.jar and /dev/null differ
index 1ad60be..60b19e6 100644 (file)
@@ -36,6 +36,7 @@ action.force_quit = Force quit
 label.quit_jalview = Are you sure you want to quit Jalview?
 label.wait_for_save = Wait for save
 label.unsaved_changes = There are unsaved changes.
+label.unsaved_alignments = There are unsaved alignments.
 label.save_in_progress = Some files are still saving:
 label.confirm_quit_viewer = An external viewer is still open.  Close the external window as well?
 label.confirm_quit_viewers = External viewers are still open.  Close these external windows as well?
index 0902192..816329c 100644 (file)
@@ -36,6 +36,7 @@ action.force_quit = Forzar la salida
 label.quit_jalview = ¿Estás seguro de que quieres salir de Jalview?
 label.wait_for_save = Esperar a guardar
 label.unsaved_changes = Hay cambios sin guardar.
+label.unsaved_alignments = Hay alineamientos sin guardar.
 label.save_in_progress = Algunos archivos aún se están guardando:
 label.unknown = desconocido
 label.quit_after_saving = Jalview se cerrará después de guardar.
index 0ec9889..cb078b8 100755 (executable)
@@ -45,6 +45,8 @@ import java.util.logging.ConsoleHandler;
 import java.util.logging.Level;
 import java.util.logging.Logger;
 
+import javax.swing.JDialog;
+import javax.swing.JFrame;
 import javax.swing.JOptionPane;
 import javax.swing.SwingUtilities;
 import javax.swing.UIManager;
@@ -52,6 +54,7 @@ import javax.swing.UIManager.LookAndFeelInfo;
 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
 
 import com.formdev.flatlaf.FlatLightLaf;
+import com.formdev.flatlaf.themes.FlatMacLightLaf;
 import com.formdev.flatlaf.util.SystemInfo;
 import com.threerings.getdown.util.LaunchUtil;
 
@@ -911,6 +914,10 @@ public class Jalview
 
       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
               format);
+      // don't ask to save when quitting if only the startup file has been
+      // opened
+      Console.debug("Resetting up-to-date flag for startup file");
+      startUpAlframe.getViewport().setSavedUpToDate(true);
       // extract groovy arguments before anything else.
     }
 
@@ -1002,20 +1009,6 @@ public class Jalview
         Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
       }
       break;
-    case "quaqua":
-      lafSet = setQuaquaLookAndFeel();
-      if (!lafSet)
-      {
-        Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
-      }
-      break;
-    case "vaqua":
-      lafSet = setVaquaLookAndFeel();
-      if (!lafSet)
-      {
-        Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
-      }
-      break;
     case "mac":
       lafSet = setMacLookAndFeel();
       if (!lafSet)
@@ -1125,54 +1118,103 @@ public class Jalview
   private static boolean setFlatLookAndFeel()
   {
     boolean set = false;
-    if (Platform.isMac()) {
+    if (SystemInfo.isMacOS)
+    {
       try
       {
-        UIManager.setLookAndFeel("com.formdev.flatlaf.themes.FlatMacLightLaf");
+        UIManager.setLookAndFeel(
+                "com.formdev.flatlaf.themes.FlatMacLightLaf");
         set = true;
+        Console.debug("Using FlatMacLightLaf");
       } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException
               | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException e)
       {
-        Console.debug("Exception loading FlatMacLightLaf", e);
+        Console.debug("Exception loading FlatLightLaf", e);
+      }
+      System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
+      System.setProperty("apple.awt.application.name",
+              ChannelProperties.getProperty("app_name"));
+      System.setProperty("apple.awt.application.appearance", "system");
+      if (SystemInfo.isMacFullWindowContentSupported
+              && Desktop.desktop != null)
+      {
+        Console.debug("Setting transparent title bar");
+        Desktop.desktop.getRootPane()
+                .putClientProperty("apple.awt.fullWindowContent", true);
+        Desktop.desktop.getRootPane()
+                .putClientProperty("apple.awt.transparentTitleBar", true);
+        Desktop.desktop.getRootPane()
+                .putClientProperty("apple.awt.fullscreenable", true);
       }
+      SwingUtilities.invokeLater(() -> {
+        FlatMacLightLaf.setup();
+      });
+      Console.debug("Using FlatMacLightLaf");
+      set = true;
     }
-    if (!set) {
+    if (!set)
+    {
       try
       {
         UIManager.setLookAndFeel("com.formdev.flatlaf.FlatLightLaf");
         set = true;
+        Console.debug("Using FlatLightLaf");
       } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException
               | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException e)
       {
         Console.debug("Exception loading FlatLightLaf", e);
       }
+      // Windows specific properties here
+      SwingUtilities.invokeLater(() -> {
+        FlatLightLaf.setup();
+      });
+      Console.debug("Using FlatLightLaf");
+      set = true;
     }
-    if (set)
+    else if (SystemInfo.isLinux)
     {
-      if (Platform.isMac())
+      try
       {
-        System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
-        System.setProperty("apple.awt.application.name",
-                ChannelProperties.getProperty("app_name"));
-        System.setProperty("apple.awt.application.appearance", "system");
-        if (SystemInfo.isMacFullWindowContentSupported
-                && Desktop.desktop != null)
-        {
-          Desktop.desktop.getRootPane()
-                  .putClientProperty("apple.awt.fullWindowContent", true);
-          Desktop.desktop.getRootPane()
-                  .putClientProperty("apple.awt.transparentTitleBar", true);
-        }
+        UIManager.setLookAndFeel("com.formdev.flatlaf.FlatLightLaf");
+        set = true;
+        Console.debug("Using FlatLightLaf");
+      } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException
+              | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException e)
+      {
+        Console.debug("Exception loading FlatLightLaf", e);
+      }
+      // enable custom window decorations
+      JFrame.setDefaultLookAndFeelDecorated(true);
+      JDialog.setDefaultLookAndFeelDecorated(true);
+      SwingUtilities.invokeLater(() -> {
+        FlatLightLaf.setup();
+      });
+      Console.debug("Using FlatLightLaf");
+      set = true;
+    }
 
-        SwingUtilities.invokeLater(() -> {
-          FlatLightLaf.setup();
-        });
+    if (!set)
+    {
+      try
+      {
+        UIManager.setLookAndFeel("com.formdev.flatlaf.FlatLightLaf");
+        set = true;
+        Console.debug("Using FlatLightLaf");
+      } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException
+              | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException e)
+      {
+        Console.debug("Exception loading FlatLightLaf", e);
       }
+    }
 
+    if (set)
+    {
+      UIManager.put("TabbedPane.tabType", "card");
       UIManager.put("TabbedPane.showTabSeparators", true);
+      UIManager.put("TabbedPane.showContentSeparator", true);
       UIManager.put("TabbedPane.tabSeparatorsFullHeight", true);
       UIManager.put("TabbedPane.tabsOverlapBorder", true);
-      // UIManager.put("TabbedPane.hasFullBorder", true);
+      UIManager.put("TabbedPane.hasFullBorder", true);
       UIManager.put("TabbedPane.tabLayoutPolicy", "scroll");
       UIManager.put("TabbedPane.scrollButtonsPolicy", "asNeeded");
       UIManager.put("TabbedPane.smoothScrolling", true);
@@ -1184,20 +1226,6 @@ public class Jalview
     return set;
   }
 
-  private static boolean setQuaquaLookAndFeel()
-  {
-    return setSpecificLookAndFeel("quaqua",
-            ch.randelshofer.quaqua.QuaquaManager.getLookAndFeel().getClass()
-                    .getName(),
-            false);
-  }
-
-  private static boolean setVaquaLookAndFeel()
-  {
-    return setSpecificLookAndFeel("vaqua",
-            "org.violetlib.aqua.AquaLookAndFeel", false);
-  }
-
   private static boolean setMacLookAndFeel()
   {
     boolean set = false;
diff --git a/src/jalview/gui/AquaInternalFrameManager.java b/src/jalview/gui/AquaInternalFrameManager.java
deleted file mode 100644 (file)
index 8ef204c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,258 +0,0 @@
-/*
- * Copyright (c) 2011, 2012, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
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- * by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
- *
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- * accompanied this code).
- *
- * You should have received a copy of the GNU General Public License version
- * 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
- * Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
- *
- * Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
- * or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
- * questions.
- */
-
-package jalview.gui;
-
-import java.awt.Container;
-import java.beans.PropertyVetoException;
-import java.util.Vector;
-
-import javax.swing.DefaultDesktopManager;
-import javax.swing.DesktopManager;
-import javax.swing.JInternalFrame;
-
-/**
- * Based on AquaInternalFrameManager
- *
- * DesktopManager implementation for Aqua
- *
- * Mac is more like Windows than it's like Motif/Basic
- *
- * From WindowsDesktopManager:
- *
- * This class implements a DesktopManager which more closely follows the MDI
- * model than the DefaultDesktopManager. Unlike the DefaultDesktopManager
- * policy, MDI requires that the selected and activated child frames are the
- * same, and that that frame always be the top-most window.
- * <p>
- * The maximized state is managed by the DesktopManager with MDI, instead of
- * just being a property of the individual child frame. This means that if the
- * currently selected window is maximized and another window is selected, that
- * new window will be maximized.
- *
- * Downloaded from
- * https://raw.githubusercontent.com/frohoff/jdk8u-jdk/master/src/macosx/classes/com/apple/laf/AquaInternalFrameManager.java
- * 
- * Patch from Jim Procter - when the most recently opened frame is closed,
- * correct behaviour is to go to the next most recent frame, rather than wrap
- * around to the bottom of the window stack (as the original implementation
- * does)
- * 
- * see com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsDesktopManager
- */
-public class AquaInternalFrameManager extends DefaultDesktopManager
-{
-  // Variables
-
-  /* The frame which is currently selected/activated.
-   * We store this value to enforce Mac's single-selection model.
-   */
-  JInternalFrame fCurrentFrame;
-
-  JInternalFrame fInitialFrame;
-
-  /* The list of frames, sorted by order of creation.
-   * This list is necessary because by default the order of
-   * child frames in the JDesktopPane changes during frame
-   * activation (the activated frame is moved to index 0).
-   * We preserve the creation order so that "next" and "previous"
-   * frame actions make sense.
-   */
-  Vector<JInternalFrame> fChildFrames = new Vector<>(1);
-
-  /**
-   * keep a reference to the original LAF manager so we can iconise/de-iconise
-   * correctly
-   */
-  private DesktopManager ourManager;
-
-  public AquaInternalFrameManager(DesktopManager desktopManager)
-  {
-    ourManager = desktopManager;
-  }
-
-  @Override
-  public void closeFrame(final JInternalFrame f)
-  {
-    if (f == fCurrentFrame)
-    {
-      boolean mostRecentFrame = fChildFrames
-              .indexOf(f) == fChildFrames.size() - 1;
-      if (!mostRecentFrame)
-      {
-        activateNextFrame();
-      }
-      else
-      {
-        activatePreviousFrame();
-      }
-    }
-    fChildFrames.removeElement(f);
-    super.closeFrame(f);
-  }
-
-  @Override
-  public void deiconifyFrame(final JInternalFrame f)
-  {
-    JInternalFrame.JDesktopIcon desktopIcon;
-
-    desktopIcon = f.getDesktopIcon();
-    // If the icon moved, move the frame to that spot before expanding it
-    // reshape does delta checks for us
-    f.reshape(desktopIcon.getX(), desktopIcon.getY(), f.getWidth(),
-            f.getHeight());
-    ourManager.deiconifyFrame(f);
-  }
-
-  void addIcon(final Container c,
-          final JInternalFrame.JDesktopIcon desktopIcon)
-  {
-    c.add(desktopIcon);
-  }
-
-  /**
-   * Removes the frame from its parent and adds its desktopIcon to the parent.
-   */
-  @Override
-  public void iconifyFrame(final JInternalFrame f)
-  {
-    ourManager.iconifyFrame(f);
-  }
-
-  // WindowsDesktopManager code
-  @Override
-  public void activateFrame(final JInternalFrame f)
-  {
-    try
-    {
-      if (f != null)
-      {
-        super.activateFrame(f);
-      }
-
-      // add or relocate to top of stack
-      if (fChildFrames.indexOf(f) != -1)
-      {
-        fChildFrames.remove(f);
-      }
-      fChildFrames.addElement(f);
-
-      if (fCurrentFrame != null && f != fCurrentFrame)
-      {
-        if (fCurrentFrame.isSelected())
-        {
-          fCurrentFrame.setSelected(false);
-        }
-      }
-
-      if (f != null && !f.isSelected())
-      {
-        f.setSelected(true);
-      }
-
-      fCurrentFrame = f;
-    } catch (final PropertyVetoException e)
-    {
-    }
-  }
-
-  private void switchFrame(final boolean next)
-  {
-    if (fCurrentFrame == null)
-    {
-      // initialize first frame we find
-      if (fInitialFrame != null)
-      {
-        activateFrame(fInitialFrame);
-      }
-      return;
-    }
-
-    final int count = fChildFrames.size();
-    if (count <= 1)
-    {
-      // No other child frames.
-      return;
-    }
-
-    final int currentIndex = fChildFrames.indexOf(fCurrentFrame);
-    if (currentIndex == -1)
-    {
-      // the "current frame" is no longer in the list
-      fCurrentFrame = null;
-      return;
-    }
-
-    int nextIndex;
-    if (next)
-    {
-      nextIndex = currentIndex + 1;
-      if (nextIndex == count)
-      {
-        nextIndex = 0;
-      }
-    }
-    else
-    {
-      nextIndex = currentIndex - 1;
-      if (nextIndex == -1)
-      {
-        nextIndex = count - 1;
-      }
-    }
-    final JInternalFrame f = fChildFrames.elementAt(nextIndex);
-    activateFrame(f);
-    fCurrentFrame = f;
-  }
-
-  /**
-   * Activate the next child JInternalFrame, as determined by the frames'
-   * Z-order. If there is only one child frame, it remains activated. If there
-   * are no child frames, nothing happens.
-   */
-  public void activateNextFrame()
-  {
-    switchFrame(true);
-  }
-
-  /**
-   * same as above but will activate a frame if none have been selected
-   */
-  public void activateNextFrame(final JInternalFrame f)
-  {
-    fInitialFrame = f;
-    switchFrame(true);
-  }
-
-  /**
-   * Activate the previous child JInternalFrame, as determined by the frames'
-   * Z-order. If there is only one child frame, it remains activated. If there
-   * are no child frames, nothing happens.
-   */
-  public void activatePreviousFrame()
-  {
-    switchFrame(false);
-  }
-}
index dbc99c0..7b4af59 100644 (file)
@@ -503,11 +503,15 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
     // if previous window was maximised
     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
-            (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
-                    : Platform.isAMacAndNotJS()
-                            ? new AquaInternalFrameManager(
-                                    desktop.getDesktopManager())
-                            : desktop.getDesktopManager())));
+            Platform.isJS() ? desktop.getDesktopManager()
+                    : new DefaultDesktopManager()));
+    /*
+    (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
+            : Platform.isAMacAndNotJS()
+                    ? new AquaInternalFrameManager(
+                            desktop.getDesktopManager())
+                    : desktop.getDesktopManager())));
+                    */
 
     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
     if (dims != null)
index f9110eb..9a44306 100644 (file)
@@ -41,6 +41,18 @@ public class QuitHandler
     NULL, QUIT, CANCEL_QUIT, FORCE_QUIT
   };
 
+  public static enum Message
+  {
+    UNSAVED_CHANGES, UNSAVED_ALIGNMENTS
+  };
+
+  protected static Message message = Message.UNSAVED_CHANGES;
+
+  public static void setMessage(Message m)
+  {
+    message = m;
+  }
+
   private static ExecutorService executor = Executors.newFixedThreadPool(3);
 
   public static QResponse setQuitHandler()
@@ -146,6 +158,10 @@ public class QuitHandler
 
     if (confirmQuit)
     {
+      String messageString = MessageManager
+              .getString(message == Message.UNSAVED_ALIGNMENTS
+                      ? "label.unsaved_alignments"
+                      : "label.unsaved_changes");
       setQuitDialog(JvOptionPane.newOptionDialog()
               .setResponseHandler(JOptionPane.YES_OPTION, defaultOkQuit)
               .setResponseHandler(JOptionPane.NO_OPTION, cancelQuit));
@@ -153,10 +169,7 @@ public class QuitHandler
       qd.showDialogOnTopAsync(
               new StringBuilder(
                       MessageManager.getString("label.quit_jalview"))
-                      .append("\n")
-                      .append(MessageManager
-                              .getString("label.unsaved_changes"))
-                      .toString(),
+                      .append("\n").append(messageString).toString(),
               MessageManager.getString("action.quit"),
               JOptionPane.YES_NO_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null,
               new Object[]
@@ -482,4 +495,4 @@ public class QuitHandler
     return QuitHandler.gotQuitResponse() == QResponse.QUIT
             || QuitHandler.gotQuitResponse() == QResponse.FORCE_QUIT;
   }
-}
\ No newline at end of file
+}
index 7e2aeab..6d00a7d 100644 (file)
@@ -23,4 +23,9 @@ package jalview.io;
 public enum DataSourceType
 {
   FILE, URL, PASTE, CLASSLOADER, RELATIVE_URL;
+
+  public boolean isDynamic()
+  {
+    return this != FILE;
+  }
 }
index ffeb53d..5d290b6 100755 (executable)
@@ -41,6 +41,7 @@ import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.gui.AlignViewport;
 import jalview.gui.Desktop;
 import jalview.gui.JvOptionPane;
+import jalview.gui.QuitHandler;
 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
 import jalview.project.Jalview2XML;
 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
@@ -311,6 +312,7 @@ public class FileLoader implements Runnable
                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
         }
+        this.setShouldBeSaved();
         return;
       }
       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
@@ -465,7 +467,6 @@ public class FileLoader implements Runnable
             {
               alignFrame.setFileName(file, format);
               alignFrame.setFileObject(selectedFile); // BH 2018 SwingJS
-              alignFrame.getViewport().setSavedUpToDate(true);
             }
             if (proxyColourScheme != null)
             {
@@ -613,6 +614,7 @@ public class FileLoader implements Runnable
       Desktop.instance.stopLoading();
     }
 
+    this.setShouldBeSaved();
   }
 
   /**
@@ -638,4 +640,21 @@ public class FileLoader implements Runnable
     return tempStructFile.toString();
   }
 
+  /*
+   * set whether quit should ask to save when just loaded this source
+   */
+  private void setShouldBeSaved()
+  {
+    if (protocol == null)
+      return;
+    AlignFrame af = this.alignFrame;
+    if (af == null)
+      return;
+    AlignViewport avp = af.getViewport();
+    if (avp == null)
+      return;
+    avp.setSavedUpToDate(!protocol.isDynamic(),
+            QuitHandler.Message.UNSAVED_ALIGNMENTS);
+  }
+
 }
index a648b34..a42a2a4 100644 (file)
@@ -59,6 +59,7 @@ import jalview.datamodel.Sequence;
 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
+import jalview.gui.QuitHandler;
 import jalview.project.Jalview2XML;
 import jalview.renderer.ResidueShader;
 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
@@ -3115,9 +3116,15 @@ public abstract class AlignmentViewport
 
   public void setSavedUpToDate(boolean s)
   {
+    setSavedUpToDate(s, QuitHandler.Message.UNSAVED_CHANGES);
+  }
+
+  public void setSavedUpToDate(boolean s, QuitHandler.Message m)
+  {
     Console.debug(
             "Setting " + this.getViewId() + " setSavedUpToDate to " + s);
     savedUpToDate = s;
+    QuitHandler.setMessage(m);
   }
 
   public boolean savedUpToDate()