JAL-1711 and JAL-1714 documentation updated
authortcofoegbu <tcnofoegbu@dundee.ac.uk>
Tue, 28 Apr 2015 10:45:42 +0000 (11:45 +0100)
committertcofoegbu <tcnofoegbu@dundee.ac.uk>
Tue, 28 Apr 2015 10:45:42 +0000 (11:45 +0100)
help/html/features/pdbsequencefetcher.html

index 98c0dd6..3d0eedb 100644 (file)
                query to the PDB database and display the results on-the-fly as seen
                in the screen-shot above. Use the drop-down menu to select a specific
                field to search by in the PDB database, the default option is <strong>'ALL'</strong>.
-       <br>
+               Furthermore, the PDB search interface also provides the following
+               functionalities:
        
-       <br>Wild card searching: The PDB sequence fetcher also provides support for wild card querying of the PDB database.
-       <br>Single character (matches a single character) - ?
- The search string te?t would match both test and text.
-
-<br>Multiple characters (matches zero or more sequential characters) - *
-
-The wildcard search:
-tes*  - would match test, testing, and tester.
+       <ul>
+               <li>Retrieving a unique chain for a PDB entry: <br>To retrieve a
+                       specific chain for a PDB entry, append the PDB ID with a colon
+                       followed by the chain code in the search box. eg: 1xyz:A
+                        </li>
 
+               <li>Querying multiple PDB Id's in one operation:<br>The PDB search 
+               interface supports querying of multiple PDB Ids in one operation by
+               separating the list of PDB Ids with a semi-colon i.e: 1xyz;2xyz;3xyz </li>
 
-You can also use wildcard characters in the middle of a term. For
-example:
-te*t - would match test and text.
-*est  - would match pest and test.
- </p>
+               <li>Wild card searching: <br>The PDB sequence fetcher also provides
+                       support for wild card querying of the PDB database. <br>Single
+                       character (matches a single character) - ? The search string te?t
+                       would match both test and text. <br>Multiple characters (matches
+                       zero or more sequential characters) - * The wildcard search: tes* -
+                       would match test, testing, and tester. You can also use wildcard
+                       characters in the middle of a term. For example: te*t - would match
+                       test and text. *est - would match pest and test.
+               </li>
+       </ul>
        <p>
                <strong>Customising displayed meta-data</strong> <br>To change the
                displayed meta-data in the search result, click the <strong>'Configure