<clade>\r
<name>Unikonta</name>\r
<clade>\r
- <name>Opisthokonta & Apusozoa</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">33154</id>\r
+ <scientific_name>Opisthokonta</scientific_name>\r
+ <common_name>Fungi/Metazoa group</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33154</id>\r
- <scientific_name>Opisthokonta</scientific_name>\r
- <common_name>Fungi/Metazoa group</common_name>\r
+ <scientific_name>Holozoa</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Holozoa</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Choanoflagellatea & Metazoa</name>\r
<clade>\r
- <name>Choanoflagellatea & Metazoa</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">33208</id>\r
+ <scientific_name>Metazoa</scientific_name>\r
+ <rank>kingdom</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33208</id>\r
- <scientific_name>Metazoa</scientific_name>\r
- <rank>kingdom</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Eumetazoa</name>\r
+ <reference doi="10.1038/nature06614">\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <name>Eumetazoa</name>\r
- <reference doi="10.1038/nature06614">\r
- </reference>\r
+ <name>Bilateria & Cnidaria</name>\r
<clade>\r
- <name>Bilateria & Cnidaria</name>\r
+ <name>Bilateria</name>\r
<clade>\r
- <name>Bilateria</name>\r
+ <name>Deuterostomia</name>\r
+ <reference doi="10.1038/nature04336">\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <name>Deuterostomia</name>\r
- <reference doi="10.1038/nature04336">\r
- </reference>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7711</id>\r
+ <scientific_name>Chordata</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7711</id>\r
- <scientific_name>Chordata</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Urochordata & Vertebrata</name>\r
<clade>\r
- <name>Urochordata & Vertebrata</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7742</id>\r
+ <scientific_name>Vertebrata</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7742</id>\r
- <scientific_name>Vertebrata</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">7776</id>\r
+ <scientific_name>Gnathostomata</scientific_name>\r
+ <common_name>jawed vertebrates</common_name>\r
+ <rank>superclass</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7776</id>\r
- <scientific_name>Gnathostomata</scientific_name>\r
- <common_name>jawed vertebrates</common_name>\r
- <rank>superclass</rank>\r
+ <id provider="uniprot">117571</id>\r
+ <scientific_name>Euteleostomi</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">117571</id>\r
- <scientific_name>Euteleostomi</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Tetrapoda</name>\r
<clade>\r
- <name>Tetrapoda</name>\r
+ <name>Amniota</name>\r
<clade>\r
- <name>Amniota</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">40674</id>\r
+ <scientific_name>Mammalia</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">40674</id>\r
- <scientific_name>Mammalia</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Theria</name>\r
<clade>\r
- <name>Theria</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9347</id>\r
+ <scientific_name>Eutheria</scientific_name>\r
+ <common_name>Placental mammals</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1002/bies.200900053">\r
+ <desc>The new framework for understanding placental mammal evolution</desc>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9347</id>\r
- <scientific_name>Eutheria</scientific_name>\r
- <common_name>Placental mammals</common_name>\r
+ <scientific_name>Boreoeutheria</scientific_name>\r
+ <synonym>Boreotheria</synonym>\r
</taxonomy>\r
- <reference doi="10.1002/bies.200900053">\r
- <desc>The new framework for understanding placental mammal evolution</desc>\r
- </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Boreoeutheria</scientific_name>\r
- <synonym>Boreotheria</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">314146</id>\r
+ <scientific_name>Euarchontoglires</scientific_name>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314146</id>\r
- <scientific_name>Euarchontoglires</scientific_name>\r
- <rank>superorder</rank>\r
+ <scientific_name>Euarchonta</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Euarchonta</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">9443</id>\r
+ <scientific_name>Primates</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9443</id>\r
- <scientific_name>Primates</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">376913</id>\r
+ <scientific_name>Haplorrhini</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">376913</id>\r
- <scientific_name>Haplorrhini</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">314293</id>\r
+ <scientific_name>Simiiformes</scientific_name>\r
+ <rank>infraorder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314293</id>\r
- <scientific_name>Simiiformes</scientific_name>\r
- <rank>infraorder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9526</id>\r
+ <scientific_name>Catarrhini</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9526</id>\r
- <scientific_name>Catarrhini</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">314295</id>\r
+ <scientific_name>Hominoidea</scientific_name>\r
+ <common_name>Apes</common_name>\r
+ <rank>superfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314295</id>\r
- <scientific_name>Hominoidea</scientific_name>\r
- <common_name>Apes</common_name>\r
- <rank>superfamily</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9604</id>\r
+ <scientific_name>Hominidae</scientific_name>\r
+ <common_name>Great apes</common_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9604</id>\r
- <scientific_name>Hominidae</scientific_name>\r
- <common_name>Great apes</common_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">207598</id>\r
+ <scientific_name>Homininae</scientific_name>\r
+ <rank>subfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">207598</id>\r
- <scientific_name>Homininae</scientific_name>\r
- <rank>subfamily</rank>\r
+ <scientific_name>Hominini</scientific_name>\r
+ <rank>tribe</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Hominini</scientific_name>\r
- <rank>tribe</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9606</id>\r
+ <code>HUMAN</code>\r
+ <scientific_name>Homo sapiens</scientific_name>\r
+ <common_name>Human</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.thehindu.com/multimedia/dynamic/00029/IN05_DARWIN_29896f.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9606</id>\r
- <code>HUMAN</code>\r
- <scientific_name>Homo sapiens</scientific_name>\r
- <common_name>Human</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.thehindu.com/multimedia/dynamic/00029/IN05_DARWIN_29896f.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9598</id>\r
- <code>PANTR</code>\r
- <scientific_name>Pan troglodytes</scientific_name>\r
- <common_name>Chimpanzee</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8b/Schimpanse_zoo-leipig.jpg/800px-Schimpanse_zoo-leipig.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9595</id>\r
- <code>GORGO</code>\r
- <scientific_name>Gorilla gorilla gorilla</scientific_name>\r
- <common_name>Western lowland gorilla</common_name>\r
- <rank>subspecies</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c7/Stavenn_Gorilla_gorilla_00.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9598</id>\r
+ <code>PANTR</code>\r
+ <scientific_name>Pan troglodytes</scientific_name>\r
+ <common_name>Chimpanzee</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8b/Schimpanse_zoo-leipig.jpg/800px-Schimpanse_zoo-leipig.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9601</id>\r
- <code>PONAB</code>\r
- <scientific_name>Pongo abelii</scientific_name>\r
- <common_name>Sumatran orangutan</common_name>\r
- <synonym>Pongo pygmaeus abelii</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.ism.ac.jp/~hasegawa/photos/animal3b.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9595</id>\r
+ <code>GORGO</code>\r
+ <scientific_name>Gorilla gorilla gorilla</scientific_name>\r
+ <common_name>Western lowland gorilla</common_name>\r
+ <rank>subspecies</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c7/Stavenn_Gorilla_gorilla_00.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">61853</id>\r
- <code>NOMLE</code>\r
- <scientific_name>Nomascus leucogenys</scientific_name>\r
- <common_name>Northern white-cheeked gibbon</common_name>\r
- <synonym>Hylobates leucogenys</synonym>\r
- <synonym>Hylobates concolor leucogenys</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9601</id>\r
+ <code>PONAB</code>\r
+ <scientific_name>Pongo abelii</scientific_name>\r
+ <common_name>Sumatran orangutan</common_name>\r
+ <synonym>Pongo pygmaeus abelii</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://uswest.ensembl.org/img/species/pic_Nomascus_leucogenys.png</uri>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1b/Hylobates_concolor2.jpg/450px-Hylobates_concolor2.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.ism.ac.jp/~hasegawa/photos/animal3b.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9528</id>\r
- <scientific_name>Cercopithecinae</scientific_name>\r
- <rank>subfamily</rank>\r
+ <id provider="uniprot">61853</id>\r
+ <code>NOMLE</code>\r
+ <scientific_name>Nomascus leucogenys</scientific_name>\r
+ <common_name>Northern white-cheeked gibbon</common_name>\r
+ <synonym>Hylobates leucogenys</synonym>\r
+ <synonym>Hylobates concolor leucogenys</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://uswest.ensembl.org/img/species/pic_Nomascus_leucogenys.png</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1b/Hylobates_concolor2.jpg/450px-Hylobates_concolor2.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9544</id>\r
- <code>MACMU</code>\r
- <scientific_name>Macaca mulatta</scientific_name>\r
- <common_name>Rhesus macaque</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.our-pets.net/images/rhesus1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9557</id>\r
- <code>PAPHA</code>\r
- <scientific_name>Papio hamadryas</scientific_name>\r
- <common_name>Hamadryas baboon</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://pin.primate.wisc.edu/fs/sheets/images/227lg.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9483</id>\r
- <code>CALJA</code>\r
- <scientific_name>Callithrix jacchus</scientific_name>\r
- <common_name>White-tufted-ear marmoset</common_name>\r
- <synonym>Callithrix jacchus jacchus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.arthurgrosset.com/mammals/photos/caljac28086.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9528</id>\r
+ <scientific_name>Cercopithecinae</scientific_name>\r
+ <rank>subfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9544</id>\r
+ <code>MACMU</code>\r
+ <scientific_name>Macaca mulatta</scientific_name>\r
+ <common_name>Rhesus macaque</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.our-pets.net/images/rhesus1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9557</id>\r
+ <code>PAPHA</code>\r
+ <scientific_name>Papio hamadryas</scientific_name>\r
+ <common_name>Hamadryas baboon</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://pin.primate.wisc.edu/fs/sheets/images/227lg.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9478</id>\r
- <code>TARSY</code>\r
- <scientific_name>Tarsius syrichta</scientific_name>\r
- <common_name>Philippine tarsier</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">9483</id>\r
+ <code>CALJA</code>\r
+ <scientific_name>Callithrix jacchus</scientific_name>\r
+ <common_name>White-tufted-ear marmoset</common_name>\r
+ <synonym>Callithrix jacchus jacchus</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0408/1425.jpeg</uri>\r
+ <uri>http://www.arthurgrosset.com/mammals/photos/caljac28086.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">376911</id>\r
- <scientific_name>Strepsirrhini</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9478</id>\r
+ <code>TARSY</code>\r
+ <scientific_name>Tarsius syrichta</scientific_name>\r
+ <common_name>Philippine tarsier</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0408/1425.jpeg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">30608</id>\r
- <code>MICMU</code>\r
- <scientific_name>Microcebus murinus</scientific_name>\r
- <common_name>Lesser mouse lemur</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://daniel.montagnon.pagesperso-orange.fr/images/MicrocbusMurinus.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">30611</id>\r
- <code>OTOGA</code>\r
- <scientific_name>Otolemur garnettii</scientific_name>\r
- <common_name>Garnett's greater bushbaby</common_name>\r
- <synonym>Galago garnetti</synonym>\r
- <synonym>Small-eared galago</synonym>\r
- <synonym>Garnett's greater bushbaby</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.mbweni.com/images/Mbweni%20Images/naturetrail/small-earedgalago.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">37347</id>\r
- <code>TUPBE</code>\r
- <scientific_name>Tupaia belangeri</scientific_name>\r
- <common_name>Common tree shrew</common_name>\r
- <synonym>Tupaia glis belangeri</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/44/Tupaia_belangeri.JPG/800px-Tupaia_belangeri.JPG</uri>\r
+ <id provider="uniprot">376911</id>\r
+ <scientific_name>Strepsirrhini</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">30608</id>\r
+ <code>MICMU</code>\r
+ <scientific_name>Microcebus murinus</scientific_name>\r
+ <common_name>Lesser mouse lemur</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://daniel.montagnon.pagesperso-orange.fr/images/MicrocbusMurinus.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">30611</id>\r
+ <code>OTOGA</code>\r
+ <scientific_name>Otolemur garnettii</scientific_name>\r
+ <common_name>Garnett's greater bushbaby</common_name>\r
+ <synonym>Galago garnetti</synonym>\r
+ <synonym>Small-eared galago</synonym>\r
+ <synonym>Garnett's greater bushbaby</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.mbweni.com/images/Mbweni%20Images/naturetrail/small-earedgalago.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314147</id>\r
- <scientific_name>Glires</scientific_name>\r
- <common_name>Rodents and rabbits</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">37347</id>\r
+ <code>TUPBE</code>\r
+ <scientific_name>Tupaia belangeri</scientific_name>\r
+ <common_name>Common tree shrew</common_name>\r
+ <synonym>Tupaia glis belangeri</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/44/Tupaia_belangeri.JPG/800px-Tupaia_belangeri.JPG</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">314147</id>\r
+ <scientific_name>Glires</scientific_name>\r
+ <common_name>Rodents and rabbits</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9989</id>\r
+ <scientific_name>Rodentia</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9989</id>\r
- <scientific_name>Rodentia</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Ctenohystrica & Mouse-related clade</name>\r
+ <reference doi="10.1186/1471-2148-9-71">\r
+ <desc>Rodent phylogeny revised: analysis of six nuclear genes from all major rodent clades.</desc>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <name>Ctenohystrica & Mouse-related clade</name>\r
- <reference doi="10.1186/1471-2148-9-71">\r
- <desc>Rodent phylogeny revised: analysis of six nuclear genes from all major rodent clades.</desc>\r
- </reference>\r
+ <taxonomy>\r
+ <common_name>Mouse-related clade</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <common_name>Mouse-related clade</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">337687</id>\r
+ <scientific_name>Muroidea</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">337687</id>\r
- <scientific_name>Muroidea</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">39107</id>\r
+ <scientific_name>Murinae</scientific_name>\r
+ <rank>subfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">39107</id>\r
- <scientific_name>Murinae</scientific_name>\r
- <rank>subfamily</rank>\r
+ <id provider="uniprot">10090</id>\r
+ <code>MOUSE</code>\r
+ <scientific_name>Mus musculus</scientific_name>\r
+ <common_name>Mouse</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/mus_musc.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10090</id>\r
- <code>MOUSE</code>\r
- <scientific_name>Mus musculus</scientific_name>\r
- <common_name>Mouse</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/mus_musc.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10116</id>\r
- <code>RAT</code>\r
- <scientific_name>Rattus norvegicus</scientific_name>\r
- <common_name>Rat</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/01/Rattus_norvegicus_1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10036</id>\r
- <code>MESAU</code>\r
- <scientific_name>Mesocricetus auratus</scientific_name>\r
- <common_name>Golden hamster</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">10116</id>\r
+ <code>RAT</code>\r
+ <scientific_name>Rattus norvegicus</scientific_name>\r
+ <common_name>Rat</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.dicts.info/img/ud/syrian_hamster.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/01/Rattus_norvegicus_1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10020</id>\r
- <code>DIPOR</code>\r
- <scientific_name>Dipodomys ordii</scientific_name>\r
- <common_name>Ord's kangaroo rat</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">10036</id>\r
+ <code>MESAU</code>\r
+ <scientific_name>Mesocricetus auratus</scientific_name>\r
+ <common_name>Golden hamster</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/dipoordi.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.dicts.info/img/ud/syrian_hamster.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10141</id>\r
- <code>CAVPO</code>\r
- <scientific_name>Cavia porcellus</scientific_name>\r
- <common_name>Guinea pig</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">10020</id>\r
+ <code>DIPOR</code>\r
+ <scientific_name>Dipodomys ordii</scientific_name>\r
+ <common_name>Ord's kangaroo rat</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://archive.vetknowledge.com/files/images/guinea-pig---tan.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/dipoordi.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">43179</id>\r
- <code>SPETR</code>\r
- <scientific_name>Spermophilus tridecemlineatus</scientific_name>\r
- <common_name>Thirteen-lined ground squirrel</common_name>\r
- <synonym>Ictidomys tridecemlineatus</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">10141</id>\r
+ <code>CAVPO</code>\r
+ <scientific_name>Cavia porcellus</scientific_name>\r
+ <common_name>Guinea pig</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/ADW_mammals/Rodentia/Spermophilus4345.jpg/medium.jpg</uri>\r
+ <uri>http://archive.vetknowledge.com/files/images/guinea-pig---tan.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9975</id>\r
- <scientific_name>Lagomorpha</scientific_name>\r
- <common_name>Rabbits, hares, pikas</common_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">43179</id>\r
+ <code>SPETR</code>\r
+ <scientific_name>Spermophilus tridecemlineatus</scientific_name>\r
+ <common_name>Thirteen-lined ground squirrel</common_name>\r
+ <synonym>Ictidomys tridecemlineatus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/ADW_mammals/Rodentia/Spermophilus4345.jpg/medium.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9975</id>\r
+ <scientific_name>Lagomorpha</scientific_name>\r
+ <common_name>Rabbits, hares, pikas</common_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9978</id>\r
+ <code>OCHPR</code>\r
+ <scientific_name>Ochotona princeps</scientific_name>\r
+ <common_name>Southern American pika</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3b/Ochotona_princeps.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9986</id>\r
+ <code>RABIT</code>\r
+ <scientific_name>Oryctolagus cuniculus</scientific_name>\r
+ <common_name>Rabbit</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://greennature.com/gallery/farm-animal-pictures/albino_rabbit.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9978</id>\r
- <code>OCHPR</code>\r
- <scientific_name>Ochotona princeps</scientific_name>\r
- <common_name>Southern American pika</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3b/Ochotona_princeps.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9986</id>\r
- <code>RABIT</code>\r
- <scientific_name>Oryctolagus cuniculus</scientific_name>\r
- <common_name>Rabbit</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://greennature.com/gallery/farm-animal-pictures/albino_rabbit.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">314145</id>\r
+ <scientific_name>Laurasiatheria</scientific_name>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314145</id>\r
- <scientific_name>Laurasiatheria</scientific_name>\r
- <rank>superorder</rank>\r
+ <scientific_name>Scrotifera</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Scrotifera</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Perissodactyla & Cetartiodactyla & Chiroptera</name>\r
<clade>\r
- <name>Perissodactyla & Cetartiodactyla & Chiroptera</name>\r
+ <name>Perissodactyla & Cetartiodactyla</name>\r
<clade>\r
- <name>Perissodactyla & Cetartiodactyla</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">91561</id>\r
+ <scientific_name>Cetartiodactyla</scientific_name>\r
+ <common_name>Even-toed ungulates</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">91561</id>\r
- <scientific_name>Cetartiodactyla</scientific_name>\r
- <common_name>Even-toed ungulates</common_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Cetruminantia & Suina</name>\r
<clade>\r
- <name>Cetruminantia & Suina</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <scientific_name>Cetruminantia</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Cetruminantia</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">9895</id>\r
+ <scientific_name>Bovidae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9895</id>\r
- <scientific_name>Bovidae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9913</id>\r
+ <code>BOVIN</code>\r
+ <scientific_name>Bos taurus</scientific_name>\r
+ <common_name>Bovine</common_name>\r
+ <synonym>Bos bovis</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.biopix.eu/photos/jcs-bos-taurus-(dansk-rodbroget-kvaeg)-22141.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9913</id>\r
- <code>BOVIN</code>\r
- <scientific_name>Bos taurus</scientific_name>\r
- <common_name>Bovine</common_name>\r
- <synonym>Bos bovis</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.biopix.eu/photos/jcs-bos-taurus-(dansk-rodbroget-kvaeg)-22141.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9940</id>\r
- <code>SHEEP</code>\r
- <scientific_name>Ovis aries</scientific_name>\r
- <common_name>Sheep</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/james_dowlinghealey/blacksheep.jpg/medium.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9721</id>\r
- <scientific_name>Cetacea</scientific_name>\r
- <common_name>Whales</common_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9940</id>\r
+ <code>SHEEP</code>\r
+ <scientific_name>Ovis aries</scientific_name>\r
+ <common_name>Sheep</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/james_dowlinghealey/blacksheep.jpg/medium.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9771</id>\r
- <code>BALMU</code>\r
- <scientific_name>Balaenoptera musculus</scientific_name>\r
- <common_name>Blue whale</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://2.bp.blogspot.com/_W90V87w3sr8/TT63uRT_U9I/AAAAAAAAAo8/to9O8zEeo7k/s1600/bluewhale.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9739</id>\r
- <code>TURTR</code>\r
- <scientific_name>Tursiops truncatus</scientific_name>\r
- <common_name>Atlantic bottle-nosed dolphin</common_name>\r
- <synonym>Delphinus truncatus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a6/Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg/800px-Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9823</id>\r
- <code>PIG</code>\r
- <scientific_name>Sus scrofa</scientific_name>\r
- <common_name>Pig</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/sus%20scrofa2.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9721</id>\r
+ <scientific_name>Cetacea</scientific_name>\r
+ <common_name>Whales</common_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9771</id>\r
+ <code>BALMU</code>\r
+ <scientific_name>Balaenoptera musculus</scientific_name>\r
+ <common_name>Blue whale</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://2.bp.blogspot.com/_W90V87w3sr8/TT63uRT_U9I/AAAAAAAAAo8/to9O8zEeo7k/s1600/bluewhale.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9739</id>\r
+ <code>TURTR</code>\r
+ <scientific_name>Tursiops truncatus</scientific_name>\r
+ <common_name>Atlantic bottle-nosed dolphin</common_name>\r
+ <synonym>Delphinus truncatus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a6/Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg/800px-Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">30538</id>\r
- <code>LAMPA</code>\r
- <scientific_name>Lama guanicoe pacos</scientific_name>\r
- <common_name>Alpaca</common_name>\r
- <synonym>Lama pacos</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9823</id>\r
+ <code>PIG</code>\r
+ <scientific_name>Sus scrofa</scientific_name>\r
+ <common_name>Pig</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0658.jpeg</uri>\r
+ <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/sus%20scrofa2.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9796</id>\r
- <code>HORSE</code>\r
- <scientific_name>Equus caballus</scientific_name>\r
- <common_name>Horse</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">30538</id>\r
+ <code>LAMPA</code>\r
+ <scientific_name>Lama guanicoe pacos</scientific_name>\r
+ <common_name>Alpaca</common_name>\r
+ <synonym>Lama pacos</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0801/0088.jpeg</uri>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0658.jpeg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9397</id>\r
- <scientific_name>Chiroptera</scientific_name>\r
- <common_name>Bats</common_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9796</id>\r
+ <code>HORSE</code>\r
+ <scientific_name>Equus caballus</scientific_name>\r
+ <common_name>Horse</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0801/0088.jpeg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">59463</id>\r
- <code>MYOLU</code>\r
- <scientific_name>Myotis lucifugus</scientific_name>\r
- <common_name>Little brown bat</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://biology.lakeheadu.ca/uploads/Nature_photography/brown_bat.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">132908</id>\r
- <code>PTEVA</code>\r
- <scientific_name>Pteropus vampyrus</scientific_name>\r
- <common_name>Large flying fox</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5e/Pteropus_vampyrus1.jpg/412px-Pteropus_vampyrus1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Carnivora</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33554</id>\r
- <scientific_name>Carnivora</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">9397</id>\r
+ <scientific_name>Chiroptera</scientific_name>\r
+ <common_name>Bats</common_name>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">379584</id>\r
- <scientific_name>Caniformia</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">59463</id>\r
+ <code>MYOLU</code>\r
+ <scientific_name>Myotis lucifugus</scientific_name>\r
+ <common_name>Little brown bat</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://biology.lakeheadu.ca/uploads/Nature_photography/brown_bat.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9646</id>\r
- <code>AILME</code>\r
- <scientific_name>Ailuropoda melanoleuca</scientific_name>\r
- <common_name>Giant panda</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3c/Giant_Panda_2004-03-2.jpg/800px-Giant_Panda_2004-03-2.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>CANFA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9615</id>\r
- <code>CANFA</code>\r
- <scientific_name>Canis familiaris</scientific_name>\r
- <common_name>Dog</common_name>\r
- <synonym>Canis lupus familiaris</synonym>\r
- <rank>subspecies</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/ab/Wikilabrador_jardin.JPG</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>FELCA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9685</id>\r
- <code>FELCA</code>\r
- <scientific_name>Felis catus</scientific_name>\r
- <common_name>Cat</common_name>\r
- <synonym>Felis silvestris catus</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">132908</id>\r
+ <code>PTEVA</code>\r
+ <scientific_name>Pteropus vampyrus</scientific_name>\r
+ <common_name>Large flying fox</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9b/Domestic_cat_cropped.jpg/755px-Domestic_cat_cropped.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5e/Pteropus_vampyrus1.jpg/412px-Pteropus_vampyrus1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>Carnivora</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9362</id>\r
- <scientific_name>Insectivora</scientific_name>\r
- <common_name>hedgehogs, shrews, moles and others</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">33554</id>\r
+ <scientific_name>Carnivora</scientific_name>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9365</id>\r
- <code>ERIEU</code>\r
- <scientific_name>Erinaceus europaeus</scientific_name>\r
- <common_name>Western European hedgehog</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d4/Igel01.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">379584</id>\r
+ <scientific_name>Caniformia</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9646</id>\r
+ <code>AILME</code>\r
+ <scientific_name>Ailuropoda melanoleuca</scientific_name>\r
+ <common_name>Giant panda</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3c/Giant_Panda_2004-03-2.jpg/800px-Giant_Panda_2004-03-2.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>CANFA</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9615</id>\r
+ <code>CANFA</code>\r
+ <scientific_name>Canis familiaris</scientific_name>\r
+ <common_name>Dog</common_name>\r
+ <synonym>Canis lupus familiaris</synonym>\r
+ <rank>subspecies</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/ab/Wikilabrador_jardin.JPG</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>FELCA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">42254</id>\r
- <code>SORAR</code>\r
- <scientific_name>Sorex araneus</scientific_name>\r
- <common_name>Eurasian common shrew</common_name>\r
- <synonym>European shrew</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9685</id>\r
+ <code>FELCA</code>\r
+ <scientific_name>Felis catus</scientific_name>\r
+ <common_name>Cat</common_name>\r
+ <synonym>Felis silvestris catus</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/musaraigne2.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9b/Domestic_cat_cropped.jpg/755px-Domestic_cat_cropped.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Atlantogenata</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">311790</id>\r
- <scientific_name>Afrotheria</scientific_name>\r
- <rank>superorder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9362</id>\r
+ <scientific_name>Insectivora</scientific_name>\r
+ <common_name>hedgehogs, shrews, moles and others</common_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Paenungulata</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">9365</id>\r
+ <code>ERIEU</code>\r
+ <scientific_name>Erinaceus europaeus</scientific_name>\r
+ <common_name>Western European hedgehog</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d4/Igel01.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9785</id>\r
- <code>LOXAF</code>\r
- <scientific_name>Loxodonta africana</scientific_name>\r
- <common_name>African savanna elephant</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/susan_hoffman/elephants.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9813</id>\r
- <code>PROCA</code>\r
- <scientific_name>Procavia capensis</scientific_name>\r
- <common_name>Cape hyrax</common_name>\r
- <synonym>Rock dassie</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0460.jpeg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9371</id>\r
- <code>ECHTE</code>\r
- <scientific_name>Echinops telfairi</scientific_name>\r
- <common_name>Lesser hedgehog tenrec</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">42254</id>\r
+ <code>SORAR</code>\r
+ <scientific_name>Sorex araneus</scientific_name>\r
+ <common_name>Eurasian common shrew</common_name>\r
+ <synonym>European shrew</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/david_kupitz/etelfairi.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/musaraigne2.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <scientific_name>Atlantogenata</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">311790</id>\r
+ <scientific_name>Afrotheria</scientific_name>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9348</id>\r
- <scientific_name>Xenarthra</scientific_name>\r
- <synonym>Edentata</synonym>\r
- <rank>superorder</rank>\r
+ <scientific_name>Paenungulata</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9358</id>\r
- <code>CHOHO</code>\r
- <scientific_name>Choloepus hoffmanni</scientific_name>\r
- <common_name>Hoffmann's two-fingered sloth</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">9785</id>\r
+ <code>LOXAF</code>\r
+ <scientific_name>Loxodonta africana</scientific_name>\r
+ <common_name>African savanna elephant</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Sloth8.jpg/800px-Sloth8.jpg</uri>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/susan_hoffman/elephants.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9361</id>\r
- <code>DASNO</code>\r
- <scientific_name>Dasypus novemcinctus</scientific_name>\r
- <common_name>Nine-banded armadillo</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">9813</id>\r
+ <code>PROCA</code>\r
+ <scientific_name>Procavia capensis</scientific_name>\r
+ <common_name>Cape hyrax</common_name>\r
+ <synonym>Rock dassie</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://anthropometaphors.files.wordpress.com/2008/11/nine-banded-armadillo41.jpg</uri>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0460.jpeg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9371</id>\r
+ <code>ECHTE</code>\r
+ <scientific_name>Echinops telfairi</scientific_name>\r
+ <common_name>Lesser hedgehog tenrec</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/david_kupitz/etelfairi.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9263</id>\r
- <scientific_name>Metatheria</scientific_name>\r
- <common_name>Marsupials</common_name>\r
- </taxonomy>\r
- <reference doi="10.1016/j.ympev.2004.05.004">\r
- <desc>First combined cladistic analysis of marsupial mammal interrelationships</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Eometatheria</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">9348</id>\r
+ <scientific_name>Xenarthra</scientific_name>\r
+ <synonym>Edentata</synonym>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9315</id>\r
- <code>MACEU</code>\r
- <scientific_name>Macropus eugenii</scientific_name>\r
- <common_name>Tammar wallaby</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">9358</id>\r
+ <code>CHOHO</code>\r
+ <scientific_name>Choloepus hoffmanni</scientific_name>\r
+ <common_name>Hoffmann's two-fingered sloth</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/de/Macropus_eugenii.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Sloth8.jpg/800px-Sloth8.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9305</id>\r
- <code>SARHA</code>\r
- <scientific_name>Sarcophilus harrisii</scientific_name>\r
- <common_name>Tasmanian devil</common_name>\r
- <synonym>Sarcophilus laniarius</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9361</id>\r
+ <code>DASNO</code>\r
+ <scientific_name>Dasypus novemcinctus</scientific_name>\r
+ <common_name>Nine-banded armadillo</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg/727px-Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg</uri>\r
+ <uri>http://anthropometaphors.files.wordpress.com/2008/11/nine-banded-armadillo41.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- <clade>\r
- <name>MONDO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">13616</id>\r
- <code>MONDO</code>\r
- <scientific_name>Monodelphis domestica</scientific_name>\r
- <common_name>Short-tailed gray opossum</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/classic/monodelphis.jpg/medium.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ORNAN</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9258</id>\r
- <code>ORNAN</code>\r
- <scientific_name>Ornithorhynchus anatinus</scientific_name>\r
- <common_name>Duckbill platypus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/12/Platypus_BrokenRiver_QLD_Australia2.png</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9263</id>\r
+ <scientific_name>Metatheria</scientific_name>\r
+ <common_name>Marsupials</common_name>\r
</taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8457</id>\r
- <scientific_name>Sauropsida</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>Archosauria & Testudines</name>\r
- <reference doi="10.1038/ng.2615">\r
- <desc>The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
+ <reference doi="10.1016/j.ympev.2004.05.004">\r
+ <desc>First combined cladistic analysis of marsupial mammal interrelationships</desc>\r
</reference>\r
<reference>\r
</reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8492</id>\r
- <scientific_name>Archosauria</scientific_name>\r
+ <scientific_name>Eometatheria</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Neognathae</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8825</id>\r
- <scientific_name>Neognathae</scientific_name>\r
- <rank>superorder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9315</id>\r
+ <code>MACEU</code>\r
+ <scientific_name>Macropus eugenii</scientific_name>\r
+ <common_name>Tammar wallaby</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/de/Macropus_eugenii.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>Phasianidae & Anatidae (waterfowl)</name>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9005</id>\r
- <scientific_name>Phasianidae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>CHICK</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9031</id>\r
- <code>CHICK</code>\r
- <scientific_name>Gallus gallus</scientific_name>\r
- <common_name>Chicken</common_name>\r
- <synonym>Gallus domesticus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f8/Rooster04_adjusted.jpg/800px-Rooster04_adjusted.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9103</id>\r
- <code>MELGA</code>\r
- <scientific_name>Meleagris gallopavo</scientific_name>\r
- <common_name>Common turkey</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0205/0858.jpeg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9305</id>\r
+ <code>SARHA</code>\r
+ <scientific_name>Sarcophilus harrisii</scientific_name>\r
+ <common_name>Tasmanian devil</common_name>\r
+ <synonym>Sarcophilus laniarius</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg/727px-Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>MONDO</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">13616</id>\r
+ <code>MONDO</code>\r
+ <scientific_name>Monodelphis domestica</scientific_name>\r
+ <common_name>Short-tailed gray opossum</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/classic/monodelphis.jpg/medium.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>ORNAN</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9258</id>\r
+ <code>ORNAN</code>\r
+ <scientific_name>Ornithorhynchus anatinus</scientific_name>\r
+ <common_name>Duckbill platypus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/12/Platypus_BrokenRiver_QLD_Australia2.png</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8457</id>\r
+ <scientific_name>Sauropsida</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>Archosauria & Testudines</name>\r
+ <reference doi="10.1038/ng.2615">\r
+ <desc>The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8492</id>\r
+ <scientific_name>Archosauria</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>Neognathae</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8825</id>\r
+ <scientific_name>Neognathae</scientific_name>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>Phasianidae & Anatidae (waterfowl)</name>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9005</id>\r
+ <scientific_name>Phasianidae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>CHICK</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9031</id>\r
+ <code>CHICK</code>\r
+ <scientific_name>Gallus gallus</scientific_name>\r
+ <common_name>Chicken</common_name>\r
+ <synonym>Gallus domesticus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f8/Rooster04_adjusted.jpg/800px-Rooster04_adjusted.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8839</id>\r
- <code>ANAPL</code>\r
- <scientific_name>Anas platyrhynchos</scientific_name>\r
- <common_name>Domestic duck</common_name>\r
- <synonym>Anas boschas</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9103</id>\r
+ <code>MELGA</code>\r
+ <scientific_name>Meleagris gallopavo</scientific_name>\r
+ <common_name>Common turkey</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://content.ornith.cornell.edu/UEWebApp/images/MPR_070302_100009_L.jpg</uri>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0205/0858.jpeg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">59729</id>\r
- <code>TAEGU</code>\r
- <scientific_name>Taeniopygia guttata</scientific_name>\r
- <common_name>Zebra finch</common_name>\r
- <synonym>Poephila guttata</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">8839</id>\r
+ <code>ANAPL</code>\r
+ <scientific_name>Anas platyrhynchos</scientific_name>\r
+ <common_name>Domestic duck</common_name>\r
+ <synonym>Anas boschas</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/84/Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg/355px-Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg</uri>\r
+ <uri>http://content.ornith.cornell.edu/UEWebApp/images/MPR_070302_100009_L.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8496</id>\r
- <code>ALLMI</code>\r
- <scientific_name>Alligator mississippiensis</scientific_name>\r
- <common_name>American alligator</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">59729</id>\r
+ <code>TAEGU</code>\r
+ <scientific_name>Taeniopygia guttata</scientific_name>\r
+ <common_name>Zebra finch</common_name>\r
+ <synonym>Poephila guttata</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/cd/Two_american_alligators.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/84/Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg/355px-Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">13735</id>\r
- <code>PELSI</code>\r
- <scientific_name>Pelodiscus sinensis</scientific_name>\r
- <authority>(Wiegmann, 1835) Cox et al. 1998</authority>\r
- <common_name>Chinese softshell turtle</common_name>\r
- <synonym>Trionyx sinensis</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">8496</id>\r
+ <code>ALLMI</code>\r
+ <scientific_name>Alligator mississippiensis</scientific_name>\r
+ <common_name>American alligator</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.chelonia.org/PsinensisTR1.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/cd/Two_american_alligators.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">28377</id>\r
- <code>ANOCA</code>\r
- <scientific_name>Anolis carolinensis</scientific_name>\r
- <authority>Voigt, 1832</authority>\r
- <common_name>Green anole</common_name>\r
- <synonym>American chameleon</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">13735</id>\r
+ <code>PELSI</code>\r
+ <scientific_name>Pelodiscus sinensis</scientific_name>\r
+ <authority>(Wiegmann, 1835) Cox et al. 1998</authority>\r
+ <common_name>Chinese softshell turtle</common_name>\r
+ <synonym>Trionyx sinensis</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://content61.eol.org/content/2009/09/20/01/05528_580_360.jpg</uri>\r
- <uri>http://content61.eol.org/content/2008/10/08/13/66818_580_360.jpg</uri>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5a/Anolis_carolinensis.jpg/800px-Anolis_carolinensis.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.chelonia.org/PsinensisTR1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8353</id>\r
- <scientific_name>Xenopus</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8364</id>\r
- <code>XENTR</code>\r
- <scientific_name>Xenopus tropicalis</scientific_name>\r
- <common_name>Western clawed frog</common_name>\r
- <synonym>Silurana tropicalis</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genoweb.univ-rennes1.fr/OGP/xenopus%20tropicalis.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8355</id>\r
- <code>XENLA</code>\r
- <scientific_name>Xenopus laevis</scientific_name>\r
- <authority>Daudin, 1802</authority>\r
- <common_name>African clawed frog</common_name>\r
- <synonym>Bufo laevis</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">28377</id>\r
+ <code>ANOCA</code>\r
+ <scientific_name>Anolis carolinensis</scientific_name>\r
+ <authority>Voigt, 1832</authority>\r
+ <common_name>Green anole</common_name>\r
+ <synonym>American chameleon</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Xenopus_laevis.jpg</uri>\r
+ <uri>http://content61.eol.org/content/2009/09/20/01/05528_580_360.jpg</uri>\r
+ <uri>http://content61.eol.org/content/2008/10/08/13/66818_580_360.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5a/Anolis_carolinensis.jpg/800px-Anolis_carolinensis.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Teleostei</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">32443</id>\r
- <scientific_name>Teleostei</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">8353</id>\r
+ <scientific_name>Xenopus</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8355</id>\r
+ <code>XENLA</code>\r
+ <scientific_name>Xenopus laevis</scientific_name>\r
+ <authority>Daudin, 1802</authority>\r
+ <common_name>African clawed frog</common_name>\r
+ <synonym>Bufo laevis</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Xenopus_laevis.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8364</id>\r
+ <code>XENTR</code>\r
+ <scientific_name>Xenopus tropicalis</scientific_name>\r
+ <common_name>Western clawed frog</common_name>\r
+ <synonym>Silurana tropicalis</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genoweb.univ-rennes1.fr/OGP/xenopus%20tropicalis.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>Teleostei</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">32443</id>\r
+ <scientific_name>Teleostei</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">123368</id>\r
+ <scientific_name>Acanthomorpha</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">123368</id>\r
- <scientific_name>Acanthomorpha</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">32485</id>\r
+ <scientific_name>Percomorpha</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">32485</id>\r
- <scientific_name>Percomorpha</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">129949</id>\r
+ <scientific_name>Smegmamorpha</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">129949</id>\r
- <scientific_name>Smegmamorpha</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">32456</id>\r
+ <scientific_name>Atherinomorpha</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>ORYLA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">32456</id>\r
- <scientific_name>Atherinomorpha</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">8090</id>\r
+ <code>ORYLA</code>\r
+ <scientific_name>Oryzias latipes</scientific_name>\r
+ <common_name>Medaka fish</common_name>\r
+ <synonym>Japanese ricefish</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/49/Nihonmedaka.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>ORYLA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8090</id>\r
- <code>ORYLA</code>\r
- <scientific_name>Oryzias latipes</scientific_name>\r
- <common_name>Medaka fish</common_name>\r
- <synonym>Japanese ricefish</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/49/Nihonmedaka.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8083</id>\r
- <code>XIPMA</code>\r
- <scientific_name>Xiphophorus maculatus</scientific_name>\r
- <authority>Guenther, 1866</authority>\r
- <common_name>Southern platyfish</common_name>\r
- <synonym>Platypoecilus maculatus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/6b/Poissons_06.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GASAC</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">69293</id>\r
- <code>GASAC</code>\r
- <scientific_name>Gasterosteus aculeatus</scientific_name>\r
- <common_name>Three-spined stickleback</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">8083</id>\r
+ <code>XIPMA</code>\r
+ <scientific_name>Xiphophorus maculatus</scientific_name>\r
+ <authority>Guenther, 1866</authority>\r
+ <common_name>Southern platyfish</common_name>\r
+ <synonym>Platypoecilus maculatus</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.fiskbasen.se/images/gasterosteus_aculeatus.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/6b/Poissons_06.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>GASAC</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">31031</id>\r
- <scientific_name>Tetraodontidae</scientific_name>\r
- <common_name>puffers</common_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">69293</id>\r
+ <code>GASAC</code>\r
+ <scientific_name>Gasterosteus aculeatus</scientific_name>\r
+ <common_name>Three-spined stickleback</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.fiskbasen.se/images/gasterosteus_aculeatus.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>FUGRU</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">31033</id>\r
- <code>FUGRU</code>\r
- <scientific_name>Takifugu rubripes</scientific_name>\r
- <common_name>Japanese pufferfish</common_name>\r
- <synonym>Fugu rubripes</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/25/Fugu_in_Tank.jpg/800px-Fugu_in_Tank.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>TETNG</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">99883</id>\r
- <code>TETNG</code>\r
- <scientific_name>Tetraodon nigroviridis</scientific_name>\r
- <common_name>Green puffer</common_name>\r
- <synonym>Chelonodon nigroviridis</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b6/Tetraodon_nigroviridis_1.jpg/800px-Tetraodon_nigroviridis_1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">31031</id>\r
+ <scientific_name>Tetraodontidae</scientific_name>\r
+ <common_name>puffers</common_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8128</id>\r
- <code>ORENI</code>\r
- <scientific_name>Tilapia nilotica</scientific_name>\r
- <authority>Linnaeus, 1758</authority>\r
- <common_name>Nile tilapia</common_name>\r
- <synonym>Tilapia nilotica</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">31033</id>\r
+ <code>TAKRU</code>\r
+ <scientific_name>Takifugu rubripes</scientific_name>\r
+ <common_name>Japanese pufferfish</common_name>\r
+ <synonym>Fugu rubripes</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/25/Fugu_in_Tank.jpg/800px-Fugu_in_Tank.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>TETNG</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">99883</id>\r
+ <code>TETNG</code>\r
+ <scientific_name>Tetraodon nigroviridis</scientific_name>\r
+ <common_name>Green puffer</common_name>\r
+ <synonym>Chelonodon nigroviridis</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.jjphoto.dk/fish_archive/warm_freshwater/oreochromis_niloticus_niloticus.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b6/Tetraodon_nigroviridis_1.jpg/800px-Tetraodon_nigroviridis_1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8049</id>\r
- <code>GADMO</code>\r
- <scientific_name>Gadus morhua</scientific_name>\r
- <common_name>Atlantic cod</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">8128</id>\r
+ <code>ORENI</code>\r
+ <scientific_name>Tilapia nilotica</scientific_name>\r
+ <authority>Linnaeus, 1758</authority>\r
+ <common_name>Nile tilapia</common_name>\r
+ <synonym>Tilapia nilotica</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.marinbi.com/g-morhua.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.jjphoto.dk/fish_archive/warm_freshwater/oreochromis_niloticus_niloticus.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DANRE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7955</id>\r
- <code>DANRE</code>\r
- <scientific_name>Danio rerio</scientific_name>\r
- <common_name>Zebrafish</common_name>\r
- <synonym>Brachydanio rerio</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">8049</id>\r
+ <code>GADMO</code>\r
+ <scientific_name>Gadus morhua</scientific_name>\r
+ <common_name>Atlantic cod</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://fishbase.org.cn/images/species/Darer_m0.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.marinbi.com/g-morhua.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7868</id>\r
- <code>CALMI</code>\r
- <scientific_name>Callorhynchus milii</scientific_name>\r
- <common_name>Australian ghost shark</common_name>\r
- <synonym>Australian ghost shark</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.tudiscovery.com/tiburones/que_es/popup_que/asset/07914907646434433_elephant_shark_380x290.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>DANRE</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7955</id>\r
+ <code>DANRE</code>\r
+ <scientific_name>Danio rerio</scientific_name>\r
+ <common_name>Zebrafish</common_name>\r
+ <synonym>Brachydanio rerio</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://fishbase.org.cn/images/species/Darer_m0.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7757</id>\r
- <code>PETMA</code>\r
- <scientific_name>Petromyzon marinus</scientific_name>\r
- <common_name>Sea lamprey</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">7868</id>\r
+ <code>CALMI</code>\r
+ <scientific_name>Callorhynchus milii</scientific_name>\r
+ <common_name>Australian ghost shark</common_name>\r
+ <synonym>Australian ghost shark</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.uk-fish.info/pics/sealampray01.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.tudiscovery.com/tiburones/que_es/popup_que/asset/07914907646434433_elephant_shark_380x290.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Urochordata</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7712</id>\r
- <scientific_name>Urochordata</scientific_name>\r
- <rank>subphylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">7757</id>\r
+ <code>PETMA</code>\r
+ <scientific_name>Petromyzon marinus</scientific_name>\r
+ <common_name>Sea lamprey</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.uk-fish.info/pics/sealampray01.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>Urochordata</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7712</id>\r
+ <scientific_name>Urochordata</scientific_name>\r
+ <rank>subphylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7718</id>\r
+ <scientific_name>Ciona</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>CIOIN</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7718</id>\r
- <scientific_name>Ciona</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">7719</id>\r
+ <code>CIOIN</code>\r
+ <scientific_name>Ciona intestinalis</scientific_name>\r
+ <common_name>Transparent sea squirt</common_name>\r
+ <synonym>Ascidia intestinalis</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://adl.brs.gov.au/marinepests/images/Ciona_intestinalis2.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>CIOIN</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7719</id>\r
- <code>CIOIN</code>\r
- <scientific_name>Ciona intestinalis</scientific_name>\r
- <common_name>Transparent sea squirt</common_name>\r
- <synonym>Ascidia intestinalis</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://adl.brs.gov.au/marinepests/images/Ciona_intestinalis2.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>CIOSA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">51511</id>\r
- <code>CIOSA</code>\r
- <scientific_name>Ciona savignyi</scientific_name>\r
- <common_name>Pacific transparent sea squirt</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.pnwscuba.com/invasives/photos/ciona4.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>OIKDI</name>\r
+ <name>CIOSA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="ncbi">34765</id>\r
- <code>OIKDI</code>\r
- <scientific_name>Oikopleura dioica</scientific_name>\r
- <common_name>Tunicate</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">51511</id>\r
+ <code>CIOSA</code>\r
+ <scientific_name>Ciona savignyi</scientific_name>\r
+ <common_name>Pacific transparent sea squirt</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://jellieszone.com/images/oikopleura.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.pnwscuba.com/invasives/photos/ciona4.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>BRAFL</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7739</id>\r
- <code>BRAFL</code>\r
- <scientific_name>Branchiostoma floridae</scientific_name>\r
- <common_name>Florida lancelet</common_name>\r
- <synonym>Amphioxus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.nicerweb.com/sketches/video/PBS-ShapeOfLife/4.8_BonesBrawnBrains/Branchiostoma_floridae.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>OIKDI</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="ncbi">34765</id>\r
+ <code>OIKDI</code>\r
+ <scientific_name>Oikopleura dioica</scientific_name>\r
+ <common_name>Tunicate</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://jellieszone.com/images/oikopleura.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Hemichordata & Echinodermata</name>\r
- <clade>\r
- <name>SACKO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10224</id>\r
- <code>SACKO</code>\r
- <scientific_name>Saccoglossus kowalevskii</scientific_name>\r
- <authority>Agassiz, 1873</authority>\r
- <common_name>Acorn worm</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://faculty.washington.edu/bjswalla/Hemichordata/Enteropneusta/SkowAK.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>STRPU</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7668</id>\r
- <code>STRPU</code>\r
- <scientific_name>Strongylocentrotus purpuratus</scientific_name>\r
- <common_name>Purple sea urchin</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f4/Strongylocentrotus_purpuratus_1.jpg/724px-Strongylocentrotus_purpuratus_1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
+ <name>BRAFL</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7739</id>\r
+ <code>BRAFL</code>\r
+ <scientific_name>Branchiostoma floridae</scientific_name>\r
+ <common_name>Florida lancelet</common_name>\r
+ <synonym>Amphioxus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.nicerweb.com/sketches/video/PBS-ShapeOfLife/4.8_BonesBrawnBrains/Branchiostoma_floridae.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>Hemichordata & Echinodermata</name>\r
+ <clade>\r
+ <name>SACKO</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">10224</id>\r
+ <code>SACKO</code>\r
+ <scientific_name>Saccoglossus kowalevskii</scientific_name>\r
+ <authority>Agassiz, 1873</authority>\r
+ <common_name>Acorn worm</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://faculty.washington.edu/bjswalla/Hemichordata/Enteropneusta/SkowAK.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>STRPU</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7668</id>\r
+ <code>STRPU</code>\r
+ <scientific_name>Strongylocentrotus purpuratus</scientific_name>\r
+ <common_name>Purple sea urchin</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f4/Strongylocentrotus_purpuratus_1.jpg/724px-Strongylocentrotus_purpuratus_1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>Protostomia</name>\r
<clade>\r
- <name>Protostomia</name>\r
+ <name>Ecdysozoa</name>\r
<clade>\r
- <name>Ecdysozoa</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6656</id>\r
+ <scientific_name>Arthropoda</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6656</id>\r
- <scientific_name>Arthropoda</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">197563</id>\r
+ <scientific_name>Mandibulata</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">197563</id>\r
- <scientific_name>Mandibulata</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Pancrustacea</name>\r
<clade>\r
- <name>Pancrustacea</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">33340</id>\r
+ <scientific_name>Neoptera</scientific_name>\r
+ <rank>subclass</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33340</id>\r
- <scientific_name>Neoptera</scientific_name>\r
- <rank>subclass</rank>\r
+ <id provider="uniprot">33392</id>\r
+ <scientific_name>Endopterygota</scientific_name>\r
+ <rank>infraclass</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33392</id>\r
- <scientific_name>Endopterygota</scientific_name>\r
- <rank>infraclass</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Hymenoptera & Lepidoptera & Diptera</name>\r
<clade>\r
- <name>Hymenoptera & Lepidoptera & Diptera</name>\r
+ <name>Lepidoptera & Diptera</name>\r
<clade>\r
- <name>Lepidoptera & Diptera</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7147</id>\r
+ <scientific_name>Diptera</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7147</id>\r
- <scientific_name>Diptera</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">7215</id>\r
+ <scientific_name>Drosophila</scientific_name>\r
+ <common_name>fruit flies</common_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1534/genetics.111.126540">\r
+ <desc>The 19 Genomes of Drosophila: A BAC Library Resource for Genus-Wide and Genome-Scale Comparative Evolutionary Research</desc>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7215</id>\r
- <scientific_name>Drosophila</scientific_name>\r
- <common_name>fruit flies</common_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">32341</id>\r
+ <scientific_name>Sophophora</scientific_name>\r
+ <rank>subgenus</rank>\r
</taxonomy>\r
- <reference doi="10.1534/genetics.111.126540">\r
- <desc>The 19 Genomes of Drosophila: A BAC Library Resource for Genus-Wide and Genome-Scale Comparative Evolutionary Research</desc>\r
- </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">32341</id>\r
- <scientific_name>Sophophora</scientific_name>\r
- <rank>subgenus</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>melanogaster & pseudoobscura subgroups</name>\r
<clade>\r
- <name>melanogaster & pseudoobscura subgroups</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">32346</id>\r
+ <scientific_name>melanogaster group</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">32346</id>\r
- <scientific_name>melanogaster group</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">32351</id>\r
+ <scientific_name>melanogaster subgroup</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">32351</id>\r
- <scientific_name>melanogaster subgroup</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>DROSE & DROSI & DROME & DROYA</name>\r
<clade>\r
- <name>DROSE & DROSI & DROME & DROYA</name>\r
+ <name>DROSE & DROSI & DROME</name>\r
<clade>\r
- <name>DROSE & DROSI & DROME</name>\r
+ <name>DROSE & DROSI</name>\r
<clade>\r
- <name>DROSE & DROSI</name>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7238</id>\r
- <code>DROSE</code>\r
- <scientific_name>Drosophila sechellia</scientific_name>\r
- <common_name>Fruit fly</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7240</id>\r
- <code>DROSI</code>\r
- <scientific_name>Drosophila simulans</scientific_name>\r
- <common_name>Fruit fly</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7238</id>\r
+ <code>DROSE</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila sechellia</scientific_name>\r
+ <common_name>Fruit fly</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7227</id>\r
- <code>DROME</code>\r
- <scientific_name>Drosophila melanogaster</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">7240</id>\r
+ <code>DROSI</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila simulans</scientific_name>\r
<common_name>Fruit fly</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/ATP/images/dro-mal1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7245</id>\r
- <code>DROYA</code>\r
- <scientific_name>Drosophila yakuba</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">7227</id>\r
+ <code>DROME</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila melanogaster</scientific_name>\r
<common_name>Fruit fly</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/ATP/images/dro-mal1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7220</id>\r
- <code>DROER</code>\r
- <scientific_name>Drosophila erecta</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">7245</id>\r
+ <code>DROYA</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila yakuba</scientific_name>\r
<common_name>Fruit fly</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7217</id>\r
- <code>DROAN</code>\r
- <scientific_name>Drosophila ananassae</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">7220</id>\r
+ <code>DROER</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila erecta</scientific_name>\r
<common_name>Fruit fly</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">32358</id>\r
- <scientific_name>pseudoobscura subgroup</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">7217</id>\r
+ <code>DROAN</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila ananassae</scientific_name>\r
+ <common_name>Fruit fly</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7234</id>\r
- <code>DROPE</code>\r
- <scientific_name>Drosophila persimilis</scientific_name>\r
- <common_name>Fruit fly</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">46245</id>\r
- <code>DROPS</code>\r
- <scientific_name>Drosophila pseudoobscura pseudoobscura</scientific_name>\r
- <common_name>Fruit fly</common_name>\r
- <rank>subspecies</rank>\r
- <uri>http://www.naylorgallery.com/wp-content/uploads/fly4stack01small.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7260</id>\r
- <code>DROWI</code>\r
- <scientific_name>Drosophila willistoni</scientific_name>\r
- <common_name>Fruit fly</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>Drosophila subgenus & Hawaiian Drosophila</name>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Drosophila</scientific_name>\r
- <rank>subgenus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">32358</id>\r
+ <scientific_name>pseudoobscura subgroup</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7230</id>\r
- <code>DROMO</code>\r
- <scientific_name>Drosophila mojavensis</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">7234</id>\r
+ <code>DROPE</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila persimilis</scientific_name>\r
<common_name>Fruit fly</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7244</id>\r
- <code>DROVI</code>\r
- <scientific_name>Drosophila virilis</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">46245</id>\r
+ <code>DROPS</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila pseudoobscura pseudoobscura</scientific_name>\r
<common_name>Fruit fly</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <rank>subspecies</rank>\r
+ <uri>http://www.naylorgallery.com/wp-content/uploads/fly4stack01small.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7222</id>\r
- <code>DROGR</code>\r
- <scientific_name>Drosophila grimshawi</scientific_name>\r
- <common_name>Fruit fly</common_name>\r
- <synonym>Idiomyia grimshawi</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.pacificislandbooks.com/fruitf~1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7157</id>\r
- <scientific_name>Culicidae</scientific_name>\r
- <common_name>mosquitos</common_name>\r
- <rank>family</rank>\r
- </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>AEDAE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7159</id>\r
- <code>AEDAE</code>\r
- <scientific_name>Aedes aegypti</scientific_name>\r
- <common_name>Yellowfever mosquito</common_name>\r
- <synonym>Culex aegypti</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">7260</id>\r
+ <code>DROWI</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila willistoni</scientific_name>\r
+ <common_name>Fruit fly</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/48/Aedes_aegypti_biting_human.jpg/757px-Aedes_aegypti_biting_human.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>Drosophila subgenus & Hawaiian Drosophila</name>\r
<clade>\r
- <name>ANOGA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7165</id>\r
- <code>ANOGA</code>\r
- <scientific_name>Anopheles gambiae</scientific_name>\r
- <common_name>African malaria mosquito</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Anopheles_gambiae_Mosquito.jpg</uri>\r
+ <scientific_name>Drosophila</scientific_name>\r
+ <rank>subgenus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7230</id>\r
+ <code>DROMO</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila mojavensis</scientific_name>\r
+ <common_name>Fruit fly</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7244</id>\r
+ <code>DROVI</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila virilis</scientific_name>\r
+ <common_name>Fruit fly</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CULPI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7175</id>\r
- <code>CULPI</code>\r
- <scientific_name>Culex pipiens</scientific_name>\r
- <common_name>House mosquito</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">7222</id>\r
+ <code>DROGR</code>\r
+ <scientific_name>Drosophila grimshawi</scientific_name>\r
+ <common_name>Fruit fly</common_name>\r
+ <synonym>Idiomyia grimshawi</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/35/Culex_pipiens_2007-1.jpg/628px-Culex_pipiens_2007-1.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.pacificislandbooks.com/fruitf~1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BOMMO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7091</id>\r
- <code>BOMMO</code>\r
- <scientific_name>Bombyx mori</scientific_name>\r
- <common_name>Silk moth</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://lepidoptera.butterflyhouse.com.au/bomb/mori5.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7400</id>\r
- <scientific_name>Apocrita</scientific_name>\r
- <common_name>wasps, ants and bees</common_name>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7434</id>\r
- <scientific_name>Aculeata</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">7157</id>\r
+ <scientific_name>Culicidae</scientific_name>\r
+ <common_name>mosquitos</common_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>APIME</name>\r
+ <name>AEDAE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7460</id>\r
- <code>APIME</code>\r
- <scientific_name>Apis mellifera</scientific_name>\r
- <common_name>Honeybee</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">7159</id>\r
+ <code>AEDAE</code>\r
+ <scientific_name>Aedes aegypti</scientific_name>\r
+ <common_name>Yellowfever mosquito</common_name>\r
+ <synonym>Culex aegypti</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.floridanature.org/photos/Apis_mellifera_6b_&_Trifolium_sp.,_TBP,_Tallahassee,_20030323.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/48/Aedes_aegypti_biting_human.jpg/757px-Aedes_aegypti_biting_human.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>ANOGA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">12957</id>\r
- <code>ATTCE</code>\r
- <scientific_name>Atta cephalotes</scientific_name>\r
- <authority>Linnaeus, 1758</authority>\r
- <common_name>Leafcutter ant</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">7165</id>\r
+ <code>ANOGA</code>\r
+ <scientific_name>Anopheles gambiae</scientific_name>\r
+ <common_name>African malaria mosquito</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4e/Leaf-cutting_ant.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Anopheles_gambiae_Mosquito.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>CULPI</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7175</id>\r
+ <code>CULPI</code>\r
+ <scientific_name>Culex pipiens</scientific_name>\r
+ <common_name>House mosquito</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/35/Culex_pipiens_2007-1.jpg/628px-Culex_pipiens_2007-1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>NASVI</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7425</id>\r
- <code>NASVI</code>\r
- <scientific_name>Nasonia vitripennis</scientific_name>\r
- <common_name>Parasitic wasp</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.freshpond.org/nasonia.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>BOMMO</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7091</id>\r
+ <code>BOMMO</code>\r
+ <scientific_name>Bombyx mori</scientific_name>\r
+ <common_name>Silk moth</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://lepidoptera.butterflyhouse.com.au/bomb/mori5.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TRICA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7070</id>\r
- <code>TRICA</code>\r
- <scientific_name>Tribolium castaneum</scientific_name>\r
- <common_name>Red flour beetle</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.ars.usda.gov/sp2UserFiles/Place/54300530/proj/tribolium/rfb.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33342</id>\r
- <scientific_name>Paraneoptera</scientific_name>\r
- <rank>infraclass</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7524</id>\r
- <scientific_name>Hemiptera</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">7400</id>\r
+ <scientific_name>Apocrita</scientific_name>\r
+ <common_name>wasps, ants and bees</common_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ACYPI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7029</id>\r
- <code>ACYPI</code>\r
- <scientific_name>Acyrthosiphon pisum</scientific_name>\r
- <common_name>Pea aphid</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.agroatlas.ru/content/pests/Acyrthosiphon_pisum/Acyrthosiphon_pisum.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">7434</id>\r
+ <scientific_name>Aculeata</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>APIME</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7460</id>\r
+ <code>APIME</code>\r
+ <scientific_name>Apis mellifera</scientific_name>\r
+ <common_name>Honeybee</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.floridanature.org/photos/Apis_mellifera_6b_&_Trifolium_sp.,_TBP,_Tallahassee,_20030323.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">12957</id>\r
+ <code>ATTCE</code>\r
+ <scientific_name>Atta cephalotes</scientific_name>\r
+ <authority>Linnaeus, 1758</authority>\r
+ <common_name>Leafcutter ant</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4e/Leaf-cutting_ant.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RHOPR</name>\r
+ <name>NASVI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">13249</id>\r
- <code>RHOPR</code>\r
- <scientific_name>Rhodnius prolixus</scientific_name>\r
- <common_name>Triatomid bug</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">7425</id>\r
+ <code>NASVI</code>\r
+ <scientific_name>Nasonia vitripennis</scientific_name>\r
+ <common_name>Parasitic wasp</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b9/Rhodnius_prolixus.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.freshpond.org/nasonia.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">121224</id>\r
- <code>PEDHC</code>\r
- <scientific_name>Pediculus humanus subsp. corporis</scientific_name>\r
- <common_name>Body louse</common_name>\r
- <rank>subspecies</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/92/Body_lice.jpg/436px-Body_lice.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6658</id>\r
- <scientific_name>Branchiopoda</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6661</id>\r
- <code>ARTSF</code>\r
- <scientific_name>Artemia franciscana</scientific_name>\r
- <common_name>Brine shrimp</common_name>\r
- <synonym>Artemia sanfranciscana</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.alireza-asem.ir/images/Artemia.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DAPPU</name>\r
+ <name>TRICA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6669</id>\r
- <code>DAPPU</code>\r
- <scientific_name>Daphnia pulex</scientific_name>\r
- <common_name>Water flea</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">7070</id>\r
+ <code>TRICA</code>\r
+ <scientific_name>Tribolium castaneum</scientific_name>\r
+ <common_name>Red flour beetle</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.microscopy-uk.org.uk/mag/imgjun99/daphni.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.ars.usda.gov/sp2UserFiles/Place/54300530/proj/tribolium/rfb.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">61985</id>\r
- <scientific_name>Myriapoda</scientific_name>\r
- <rank>subphylum</rank>\r
- </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7553</id>\r
- <scientific_name>Diplopoda</scientific_name>\r
- <common_name>millipedes</common_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">33342</id>\r
+ <scientific_name>Paraneoptera</scientific_name>\r
+ <rank>infraclass</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">118561</id>\r
- <scientific_name>Helminthomorpha</scientific_name>\r
- <rank>subclass</rank>\r
+ <id provider="uniprot">7524</id>\r
+ <scientific_name>Hemiptera</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>ACYPI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">364406</id>\r
- <scientific_name>Antrokoreana gracilipes</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">7029</id>\r
+ <code>ACYPI</code>\r
+ <scientific_name>Acyrthosiphon pisum</scientific_name>\r
+ <common_name>Pea aphid</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.gwbaekdu.com/data/2d/%EA%B3%A1%EC%84%9D%EA%B5%B4_4(%EB%93%B1%EC%A4%84%EA%B5%B4%EB%85%B8%EB%9E%98%EA%B8%B0).jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.agroatlas.ru/content/pests/Acyrthosiphon_pisum/Acyrthosiphon_pisum.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>RHOPR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">174156</id>\r
- <code>NARAN</code>\r
- <scientific_name>Narceus annularis</scientific_name>\r
- <common_name>Millipede</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">13249</id>\r
+ <code>RHOPR</code>\r
+ <scientific_name>Rhodnius prolixus</scientific_name>\r
+ <common_name>Triatomid bug</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://i.pbase.com/g4/59/68959/2/59864073.narceus0705062large.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b9/Rhodnius_prolixus.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">52428</id>\r
- <scientific_name>Polyxenus lagurus</scientific_name>\r
- <common_name>bristly millipede</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/54/Polyxenus.lagurus.1.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">121224</id>\r
+ <code>PEDHC</code>\r
+ <scientific_name>Pediculus humanus subsp. corporis</scientific_name>\r
+ <common_name>Body louse</common_name>\r
+ <rank>subspecies</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/92/Body_lice.jpg/436px-Body_lice.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6658</id>\r
+ <scientific_name>Branchiopoda</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">7540</id>\r
- <scientific_name>Chilopoda</scientific_name>\r
- <common_name>centipedes</common_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">6661</id>\r
+ <code>ARTSF</code>\r
+ <scientific_name>Artemia franciscana</scientific_name>\r
+ <common_name>Brine shrimp</common_name>\r
+ <synonym>Artemia sanfranciscana</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.alireza-asem.ir/images/Artemia.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>DAPPU</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6669</id>\r
+ <code>DAPPU</code>\r
+ <scientific_name>Daphnia pulex</scientific_name>\r
+ <common_name>Water flea</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.microscopy-uk.org.uk/mag/imgjun99/daphni.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">61985</id>\r
+ <scientific_name>Myriapoda</scientific_name>\r
+ <rank>subphylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7553</id>\r
+ <scientific_name>Diplopoda</scientific_name>\r
+ <common_name>millipedes</common_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">118561</id>\r
+ <scientific_name>Helminthomorpha</scientific_name>\r
+ <rank>subclass</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">29022</id>\r
- <code>SCUCO</code>\r
- <scientific_name>Scutigera coleoptrata</scientific_name>\r
- <common_name>House centipede</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">364406</id>\r
+ <scientific_name>Antrokoreana gracilipes</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/14/Scutigera_coleoptrata.JPG</uri>\r
+ <uri>http://www.gwbaekdu.com/data/2d/%EA%B3%A1%EC%84%9D%EA%B5%B4_4(%EB%93%B1%EC%A4%84%EA%B5%B4%EB%85%B8%EB%9E%98%EA%B8%B0).jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">126957</id>\r
- <scientific_name>Strigamia maritima</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">174156</id>\r
+ <code>NARAN</code>\r
+ <scientific_name>Narceus annularis</scientific_name>\r
+ <common_name>Millipede</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://images.marinespecies.org/resized/22703_strigamia-maritima-male-loch-linnhe-scotland.jpg</uri>\r
+ <uri>http://i.pbase.com/g4/59/68959/2/59864073.narceus0705062large.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">52428</id>\r
+ <scientific_name>Polyxenus lagurus</scientific_name>\r
+ <common_name>bristly millipede</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/54/Polyxenus.lagurus.1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">7540</id>\r
+ <scientific_name>Chilopoda</scientific_name>\r
+ <common_name>centipedes</common_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">29022</id>\r
+ <code>SCUCO</code>\r
+ <scientific_name>Scutigera coleoptrata</scientific_name>\r
+ <common_name>House centipede</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/14/Scutigera_coleoptrata.JPG</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">126957</id>\r
+ <scientific_name>Strigamia maritima</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://images.marinespecies.org/resized/22703_strigamia-maritima-male-loch-linnhe-scotland.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>IXOSC</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6945</id>\r
- <code>IXOSC</code>\r
- <scientific_name>Ixodes scapularis</scientific_name>\r
- <common_name>Black-legged tick</common_name>\r
- <synonym>Deer tick</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8c/Deertick.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>IXOSC</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">119089</id>\r
- <scientific_name>Chromadorea</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">6945</id>\r
+ <code>IXOSC</code>\r
+ <scientific_name>Ixodes scapularis</scientific_name>\r
+ <common_name>Black-legged tick</common_name>\r
+ <synonym>Deer tick</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8c/Deertick.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <reference doi="10.1038/32160">\r
- </reference>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">119089</id>\r
+ <scientific_name>Chromadorea</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1038/32160">\r
+ </reference>\r
+ <clade>\r
+ <name>nematode Clade V</name>\r
<clade>\r
- <name>nematode Clade V</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6237</id>\r
+ <scientific_name>Caenorhabditis</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1073/pnas.0403094101">\r
+ <desc>Caenorhabditis phylogeny predicts convergence of hermaphroditism and extensive intron loss</desc>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6237</id>\r
- <scientific_name>Caenorhabditis</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <reference doi="10.1073/pnas.0403094101">\r
- <desc>Caenorhabditis phylogeny predicts convergence of hermaphroditism and extensive intron loss</desc>\r
- </reference>\r
+ <name>CAEBR & CAERE & CAEBE & CAEEL</name>\r
<clade>\r
- <name>CAEBR & CAERE & CAEBE & CAEEL</name>\r
+ <name>CAEBR & CAERE & CAEBE</name>\r
<clade>\r
- <name>CAEBR & CAERE & CAEBE</name>\r
+ <name>CAEBR & CAERE</name>\r
<clade>\r
- <name>CAEBR & CAERE</name>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6238</id>\r
- <code>CAEBR</code>\r
- <scientific_name>Caenorhabditis briggsae</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.life.umd.edu/biology/haag/briggsae_herm.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">31234</id>\r
- <code>CAERE</code>\r
- <scientific_name>Caenorhabditis remanei</scientific_name>\r
- <synonym>Caenorhabditis vulgaris</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://lemur.amu.edu.pl/share/php/mirnest/species_images/Caenorhabditis_remanei.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6238</id>\r
+ <code>CAEBR</code>\r
+ <scientific_name>Caenorhabditis briggsae</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.life.umd.edu/biology/haag/briggsae_herm.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">135651</id>\r
- <code>CAEBE</code>\r
- <scientific_name>Caenorhabditis brenneri</scientific_name>\r
- <common_name>Nematode worm</common_name>\r
- <synonym>Caenorhabditis CB5161</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">31234</id>\r
+ <code>CAERE</code>\r
+ <scientific_name>Caenorhabditis remanei</scientific_name>\r
+ <synonym>Caenorhabditis vulgaris</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://lemur.amu.edu.pl/share/php/mirnest/species_images/Caenorhabditis_remanei.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6239</id>\r
- <code>CAEEL</code>\r
- <scientific_name>Caenorhabditis elegans</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">135651</id>\r
+ <code>CAEBE</code>\r
+ <scientific_name>Caenorhabditis brenneri</scientific_name>\r
+ <common_name>Nematode worm</common_name>\r
+ <synonym>Caenorhabditis CB5161</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://homepages.ed.ac.uk/mbx/C_elegans/N2_picture.gif</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">281687</id>\r
- <code>CAEJA</code>\r
- <scientific_name>Caenorhabditis japonica</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">6239</id>\r
+ <code>CAEEL</code>\r
+ <scientific_name>Caenorhabditis elegans</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://homepages.ed.ac.uk/mbx/C_elegans/N2_picture.gif</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PRIPA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">54126</id>\r
- <code>PRIPA</code>\r
- <scientific_name>Pristionchus pacificus</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">281687</id>\r
+ <code>CAEJA</code>\r
+ <scientific_name>Caenorhabditis japonica</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://smithlabdb.usc.edu/images/Pristionchus_pacificus.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BRUMA</name>\r
+ <name>PRIPA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6279</id>\r
- <code>BRUMA</code>\r
- <scientific_name>Brugia malayi</scientific_name>\r
- <common_name>Filarial nematode worm</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">54126</id>\r
+ <code>PRIPA</code>\r
+ <scientific_name>Pristionchus pacificus</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4a/Brugia_malayi.JPG</uri>\r
+ <uri>http://smithlabdb.usc.edu/images/Pristionchus_pacificus.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>BRUMA</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6279</id>\r
+ <code>BRUMA</code>\r
+ <scientific_name>Brugia malayi</scientific_name>\r
+ <common_name>Filarial nematode worm</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4a/Brugia_malayi.JPG</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>Lophotrochozoa</name>\r
<clade>\r
- <name>Lophotrochozoa</name>\r
+ <name>Annelida & Mollusca</name>\r
<clade>\r
- <name>Annelida & Mollusca</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6447</id>\r
+ <scientific_name>Mollusca</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6340</id>\r
- <scientific_name>Annelida</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">6448</id>\r
+ <scientific_name>Gastropoda</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">283909</id>\r
- <code>CTEXX</code>\r
- <scientific_name>Capitella teleta</scientific_name>\r
- <authority>Blake, Grassle & Eckelbarger, 2009</authority>\r
- <synonym>Capitella sp. I</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">6500</id>\r
+ <code>APLCA</code>\r
+ <scientific_name>Aplysia californica</scientific_name>\r
+ <common_name>California sea hare</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/Capca1/capitella.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/ef/Aplysia_californica.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6412</id>\r
- <code>HELRO</code>\r
- <scientific_name>Helobdella robusta</scientific_name>\r
- <common_name>Californian leech</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">225164</id>\r
+ <code>LOTGI</code>\r
+ <scientific_name>Lottia gigantea</scientific_name>\r
+ <common_name>Owl limpet</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/Helro1/Helro_leech.jpg</uri>\r
+ <uri>http://nathistoc.bio.uci.edu/Molluscs/OwlLimpet1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6447</id>\r
- <scientific_name>Mollusca</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">6545</id>\r
+ <scientific_name>Pteriomorphia</scientific_name>\r
+ <synonym>Pteriomorpha</synonym>\r
+ <rank>subclass</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6448</id>\r
- <scientific_name>Gastropoda</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">29159</id>\r
+ <code>CRAGI</code>\r
+ <scientific_name>Crassostrea gigas</scientific_name>\r
+ <authority>Thunberg, 1793</authority>\r
+ <common_name>Pacific oyster</common_name>\r
+ <synonym>Crassotrea gigas</synonym>\r
+ <synonym>Crassostrea angulata</synonym>\r
+ <synonym>Ostrea gigas</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.marlin.ac.uk/imgs/o_cragig.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">225164</id>\r
- <code>LOTGI</code>\r
- <scientific_name>Lottia gigantea</scientific_name>\r
- <common_name>Owl limpet</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://nathistoc.bio.uci.edu/Molluscs/OwlLimpet1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6500</id>\r
- <code>APLCA</code>\r
- <scientific_name>Aplysia californica</scientific_name>\r
- <common_name>California sea hare</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/ef/Aplysia_californica.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6545</id>\r
- <scientific_name>Pteriomorphia</scientific_name>\r
- <synonym>Pteriomorpha</synonym>\r
- <rank>subclass</rank>\r
+ <id provider="uniprot">50426</id>\r
+ <code>PINFU</code>\r
+ <scientific_name>Pinctada fucata</scientific_name>\r
+ <common_name>Pearl oyster</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1e/Pinctada_margaritifera_MHNT.CON.2002.893.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">29159</id>\r
- <code>CRAGI</code>\r
- <scientific_name>Crassostrea gigas</scientific_name>\r
- <authority>Thunberg, 1793</authority>\r
- <common_name>Pacific oyster</common_name>\r
- <synonym>Crassotrea gigas</synonym>\r
- <synonym>Crassostrea angulata</synonym>\r
- <synonym>Ostrea gigas</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.marlin.ac.uk/imgs/o_cragig.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">50426</id>\r
- <code>PINFU</code>\r
- <scientific_name>Pinctada fucata</scientific_name>\r
- <common_name>Pearl oyster</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1e/Pinctada_margaritifera_MHNT.CON.2002.893.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6157</id>\r
- <scientific_name>Platyhelminthes</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">6340</id>\r
+ <scientific_name>Annelida</scientific_name>\r
<rank>phylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6183</id>\r
- <code>SCHMA</code>\r
- <scientific_name>Schistosoma mansoni</scientific_name>\r
- <common_name>Blood fluke</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">283909</id>\r
+ <code>CTEXX</code>\r
+ <scientific_name>Capitella teleta</scientific_name>\r
+ <authority>Blake, Grassle & Eckelbarger, 2009</authority>\r
+ <synonym>Capitella sp. I</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/Grzimek_inverts/Trematoda/Schistosoma_mansoni.jpg/medium.jpg</uri>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Capca1/capitella.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SCHMD</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">79327</id>\r
- <code>SCHMD</code>\r
- <scientific_name>Schmidtea mediterranea</scientific_name>\r
- <common_name>Freshwater planarian flatworm</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">6412</id>\r
+ <code>HELRO</code>\r
+ <scientific_name>Helobdella robusta</scientific_name>\r
+ <common_name>Californian leech</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.astrobio.net/images/galleryimages_images/Gallery_Image_8136.jpg</uri>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Helro1/Helro_leech.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6157</id>\r
+ <scientific_name>Platyhelminthes</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6183</id>\r
+ <code>SCHMA</code>\r
+ <scientific_name>Schistosoma mansoni</scientific_name>\r
+ <common_name>Blood fluke</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/Grzimek_inverts/Trematoda/Schistosoma_mansoni.jpg/medium.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>SCHMD</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">79327</id>\r
+ <code>SCHMD</code>\r
+ <scientific_name>Schmidtea mediterranea</scientific_name>\r
+ <common_name>Freshwater planarian flatworm</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.astrobio.net/images/galleryimages_images/Gallery_Image_8136.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>Cnidaria</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6073</id>\r
+ <scientific_name>Cnidaria</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Cnidaria</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6073</id>\r
- <scientific_name>Cnidaria</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">6102</id>\r
+ <scientific_name>Hexacorallia</scientific_name>\r
+ <synonym>Ceriantipatharia</synonym>\r
+ <synonym>Zoantharia</synonym>\r
+ <rank>subclass</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6102</id>\r
- <scientific_name>Hexacorallia</scientific_name>\r
- <synonym>Ceriantipatharia</synonym>\r
- <synonym>Zoantharia</synonym>\r
- <rank>subclass</rank>\r
+ <id provider="uniprot">70779</id>\r
+ <code>ACRDI</code>\r
+ <scientific_name>Acropora digitifera</scientific_name>\r
+ <common_name>Staghorn coral</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.botany.hawaii.edu/basch/uhnpscesu/htms/NPSAcorl/images/acropori/acrdigitif7.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">45351</id>\r
- <code>NEMVE</code>\r
- <scientific_name>Nematostella vectensis</scientific_name>\r
- <common_name>Starlet sea anemone</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/Nemve1/Nematostellapolyp.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">70779</id>\r
- <code>ACRDI</code>\r
- <scientific_name>Acropora digitifera</scientific_name>\r
- <common_name>Staghorn coral</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.botany.hawaii.edu/basch/uhnpscesu/htms/NPSAcorl/images/acropori/acrdigitif7.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6085</id>\r
- <code>HMAXX</code>\r
- <scientific_name>Hydra magnipapillata</scientific_name>\r
- <authority>Ito, 1947</authority>\r
+ <id provider="uniprot">45351</id>\r
+ <code>NEMVE</code>\r
+ <scientific_name>Nematostella vectensis</scientific_name>\r
+ <common_name>Starlet sea anemone</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/IMG/6085.gif</uri>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Nemve1/Nematostellapolyp.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>TRIAD</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10228</id>\r
- <code>TRIAD</code>\r
- <scientific_name>Trichoplax adhaerens</scientific_name>\r
- <synonym>Trichoplax reptans</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://ncse.com/files/images/trichoplax_ana_signorovitch.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- <reference doi="10.1073/pnas.0602076103">\r
- </reference>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6085</id>\r
+ <code>HMAXX</code>\r
+ <scientific_name>Hydra magnipapillata</scientific_name>\r
+ <authority>Ito, 1947</authority>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/IMG/6085.gif</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>TRIAD</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">400682</id>\r
- <code>AMPQE</code>\r
- <scientific_name>Amphimedon queenslandica</scientific_name>\r
- <authority>Hooper & Van Soest, 2006</authority>\r
- <common_name>Sponge</common_name>\r
- <synonym>Reniera sp. JGI-2005</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">10228</id>\r
+ <code>TRIAD</code>\r
+ <scientific_name>Trichoplax adhaerens</scientific_name>\r
+ <synonym>Trichoplax reptans</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://images.marinespecies.org/resized/46694_amphimedon-queenslandica.jpg</uri>\r
+ <uri>http://ncse.com/files/images/trichoplax_ana_signorovitch.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1073/pnas.0602076103">\r
+ </reference>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">81524</id>\r
- <scientific_name>Codonosigidae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">400682</id>\r
+ <code>AMPQE</code>\r
+ <scientific_name>Amphimedon queenslandica</scientific_name>\r
+ <authority>Hooper & Van Soest, 2006</authority>\r
+ <common_name>Sponge</common_name>\r
+ <synonym>Reniera sp. JGI-2005</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://images.marinespecies.org/resized/46694_amphimedon-queenslandica.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>MONBE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">81824</id>\r
- <code>MONBE</code>\r
- <scientific_name>Monosiga brevicollis</scientific_name>\r
- <common_name>Choanoflagellate</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/Monbr1/Monosiga_1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">946362</id>\r
- <code>SALS5</code>\r
- <scientific_name>Salpingoeca rosetta</scientific_name>\r
- <synonym>Proterospongia sp. ATCC 50818</synonym>\r
- <synonym>Salpingoeca sp. ATCC 50818</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://cfb.unh.edu/phycokey/Choices/Amoebae_Flagellates_Ciliates/Choanoflagellates/SALPINGOECA/salpingoeca_02_300x240_Kalle%20Olli_botany.ut.ee.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>Ichthyophonida & Filasterea</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">198625</id>\r
- <scientific_name>Ichthyophonida</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">400682</id>\r
+ <code>AMPQE</code>\r
+ <scientific_name>Amphimedon queenslandica</scientific_name>\r
+ <authority>Hooper & Van Soest, 2006</authority>\r
+ <common_name>Sponge</common_name>\r
+ <synonym>Reniera sp. JGI-2005</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://images.marinespecies.org/resized/46694_amphimedon-queenslandica.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4881</id>\r
- <code>AMOPA</code>\r
- <scientific_name>Amoebidium parasiticum</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.nhm.ku.edu/~fungi/Ilustgenera/amoebi.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>SPHARC</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">72019</id>\r
- <scientific_name>Sphaeroforma arctica</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.sciencedirect.com/cache/MiamiImageURL/1-s2.0-S0168952507000236-gr2.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">81524</id>\r
+ <scientific_name>Codonosigidae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>MONBE</name>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Filasterea</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">81824</id>\r
+ <code>MONBE</code>\r
+ <scientific_name>Monosiga brevicollis</scientific_name>\r
+ <common_name>Choanoflagellate</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Monbr1/Monosiga_1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">946362</id>\r
+ <code>SALS5</code>\r
+ <scientific_name>Salpingoeca rosetta</scientific_name>\r
+ <synonym>Proterospongia sp. ATCC 50818</synonym>\r
+ <synonym>Salpingoeca sp. ATCC 50818</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://cfb.unh.edu/phycokey/Choices/Amoebae_Flagellates_Ciliates/Choanoflagellates/SALPINGOECA/salpingoeca_02_300x240_Kalle%20Olli_botany.ut.ee.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <reference doi="10.1371/journal.pone.0002098">\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
- <clade>\r
- <name>CAPOWC</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">192875</id>\r
- <scientific_name>Capsaspora owczarzaki</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.berfrois.com/wp-content/uploads/2011/03/Capsaspora_owczarzaki.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>MINVIB</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">134558</id>\r
- <scientific_name>Ministeria vibrans</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0959437X03001382-gr2.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Holomycota</scientific_name>\r
- <synonym>Nucletmycea</synonym>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Ichthyophonida & Filasterea</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4751</id>\r
- <scientific_name>Fungi</scientific_name>\r
- <rank>kingdom</rank>\r
+ <id provider="uniprot">198625</id>\r
+ <scientific_name>Ichthyophonida</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota & Chytridiomycota & Neocallimastigomycota</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4881</id>\r
+ <code>AMOPA</code>\r
+ <scientific_name>Amoebidium parasiticum</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.nhm.ku.edu/~fungi/Ilustgenera/amoebi.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">72019</id>\r
+ <code>SARXX</code>\r
+ <scientific_name>Sphaeroforma arctica</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.sciencedirect.com/cache/MiamiImageURL/1-s2.0-S0168952507000236-gr2.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <scientific_name>Filasterea</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1371/journal.pone.0002098">\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">595528</id>\r
+ <code>CAPO3</code>\r
+ <scientific_name>Capsaspora owczarzaki (strain ATCC 30864)</scientific_name>\r
+ <uri>http://www.berfrois.com/wp-content/uploads/2011/03/Capsaspora_owczarzaki.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">134558</id>\r
+ <scientific_name>Ministeria vibrans</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0959437X03001382-gr2.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <scientific_name>Holomycota</scientific_name>\r
+ <synonym>Nucletmycea</synonym>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4751</id>\r
+ <scientific_name>Fungi</scientific_name>\r
+ <rank>kingdom</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota & Chytridiomycota & Neocallimastigomycota</name>\r
+ <clade>\r
+ <name>Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota & Chytridiomycota</name>\r
<clade>\r
- <name>Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota & Chytridiomycota</name>\r
+ <name>Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota</name>\r
<clade>\r
- <name>Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina & Blastocladiomycota</name>\r
+ <name>Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina</name>\r
<clade>\r
- <name>Dikarya & Mucoromycotina & Kickxellomycotina</name>\r
+ <name>Dikarya & Mucoromycotina</name>\r
<clade>\r
- <name>Dikarya & Mucoromycotina</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">451864</id>\r
+ <scientific_name>Dikarya</scientific_name>\r
+ <rank>subkingdom</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1038/nature05110">\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">451864</id>\r
- <scientific_name>Dikarya</scientific_name>\r
- <rank>subkingdom</rank>\r
+ <id provider="uniprot">4890</id>\r
+ <scientific_name>Ascomycota</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
</taxonomy>\r
- <reference doi="10.1038/nature05110">\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4890</id>\r
- <scientific_name>Ascomycota</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Pezizomycotina & Saccharomycetales</name>\r
<clade>\r
- <name>Pezizomycotina & Saccharomycetales</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">147538</id>\r
+ <scientific_name>Pezizomycotina</scientific_name>\r
+ <synonym>Euascomycota</synonym>\r
+ <rank>subphylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="0.3852/mycologia.98.6.1018">\r
+ <desc>A five-gene phylogeny of Pezizomycotina</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">147538</id>\r
- <scientific_name>Pezizomycotina</scientific_name>\r
- <synonym>Euascomycota</synonym>\r
- <rank>subphylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">716546</id>\r
+ <scientific_name>Leotiomyceta</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
- <reference doi="0.3852/mycologia.98.6.1018">\r
- <desc>A five-gene phylogeny of Pezizomycotina</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">716546</id>\r
- <scientific_name>Leotiomyceta</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Sordariomyceta & Dothideomycetes & Trichocomaceae & Lecanoromycetes</name>\r
<clade>\r
- <name>Sordariomyceta & Dothideomycetes & Trichocomaceae & Lecanoromycetes</name>\r
+ <name>Sordariomyceta & Dothideomycetes & Lecanoromycetes</name>\r
<clade>\r
- <name>Sordariomyceta & Dothideomycetes & Lecanoromycetes</name>\r
+ <name>Sordariomyceta & Lecanoromycetes</name>\r
<clade>\r
- <name>Sordariomyceta & Lecanoromycetes</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">715989</id>\r
+ <scientific_name>Sordariomyceta</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">715989</id>\r
- <scientific_name>Sordariomyceta</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">147550</id>\r
+ <scientific_name>Sordariomycetes</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">147550</id>\r
- <scientific_name>Sordariomycetes</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Magnaporthales & Hypocreales</name>\r
<clade>\r
- <name>Magnaporthales & Hypocreales</name>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5125</id>\r
- <scientific_name>Hypocreales</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>ACRALC</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">398408</id>\r
- <scientific_name>Acremonium alcalophilum</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Acral1_c3a/Acral1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>GIBZE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5518</id>\r
- <code>GIBZE</code>\r
- <scientific_name>Gibberella zeae</scientific_name>\r
- <common_name>Wheat head blight fungus</common_name>\r
- <synonym>Fusarium graminearum</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.apsnet.org/publications/apsnetfeatures/PublishingImages/1999%20Features/Fusarium02sm.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">29875</id>\r
- <code>HYPVI</code>\r
- <scientific_name>Hypocrea virens</scientific_name>\r
- <common_name>Gliocladium virens</common_name>\r
- <synonym>Trichoderma virens</synonym>\r
- <synonym>Gliocladium flavofuscum</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.ars.usda.gov/images/docs/10920_11114/Stroma1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5125</id>\r
+ <scientific_name>Hypocreales</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MAGGR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">148305</id>\r
- <code>MAGGR</code>\r
- <scientific_name>Magnaporthe grisea</scientific_name>\r
- <common_name>Rice blast fungus</common_name>\r
- <synonym>Pyricularia grisea</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">398408</id>\r
+ <code>AALXX</code>\r
+ <scientific_name>Acremonium alcalophilum</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.forestryimages.org/images/768x512/5369002.jpg</uri>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Acral1_c3a/Acral1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5139</id>\r
- <scientific_name>Sordariales</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
- </taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>GIBZE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">35718</id>\r
- <scientific_name>Chaetomiaceae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5518</id>\r
+ <code>GIBZE</code>\r
+ <scientific_name>Gibberella zeae</scientific_name>\r
+ <common_name>Wheat head blight fungus</common_name>\r
+ <synonym>Fusarium graminearum</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.apsnet.org/publications/apsnetfeatures/PublishingImages/1999%20Features/Fusarium02sm.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">35719</id>\r
- <scientific_name>Thielavia</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>MYCTHE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">573728</id>\r
- <scientific_name>Myceliophthora thermophila</scientific_name>\r
- <authority>(Apinis) Oorschot 1977</authority>\r
- <synonym>Sporotrichum thermophilum</synonym>\r
- <synonym>anamorph of Thielavia heterothallica</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Spoth2/Spoth0.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>THITER</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="eol">193532</id>\r
- <scientific_name>Thielavia terrestris</scientific_name>\r
- <authority>Malloch & Cain 1972</authority>\r
- <synonym>Acremonium alabamense</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Thite2/Thite1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>CHAGB</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="eol">1029505</id>\r
- <code>CHAGB</code>\r
- <scientific_name>Chaetomium globosum</scientific_name>\r
- <authority>Kunze 1817</authority>\r
- <common_name>Soil fungus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NEUCR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5141</id>\r
- <code>NEUCR</code>\r
- <scientific_name>Neurospora crassa</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">29875</id>\r
+ <code>HYPVI</code>\r
+ <scientific_name>Hypocrea virens</scientific_name>\r
+ <common_name>Gliocladium virens</common_name>\r
+ <synonym>Trichoderma virens</synonym>\r
+ <synonym>Gliocladium flavofuscum</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.ars.usda.gov/images/docs/10920_11114/Stroma1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>MAGGR</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">148305</id>\r
+ <code>MAGGR</code>\r
+ <scientific_name>Magnaporthe grisea</scientific_name>\r
+ <common_name>Rice blast fungus</common_name>\r
+ <synonym>Pyricularia grisea</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.forestryimages.org/images/768x512/5369002.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">147548</id>\r
- <scientific_name>Leotiomycetes</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5139</id>\r
+ <scientific_name>Sordariales</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">28983</id>\r
- <scientific_name>Sclerotiniaceae</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">35718</id>\r
+ <scientific_name>Chaetomiaceae</scientific_name>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">40559</id>\r
- <code>BOTFU</code>\r
- <scientific_name>Botryotinia fuckeliana</scientific_name>\r
- <common_name>Noble rot fungus</common_name>\r
- <synonym>Botrytis cinerea</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">35719</id>\r
+ <scientific_name>Thielavia</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">573729</id>\r
+ <code>THIHA</code>\r
+ <scientific_name>Thielavia heterothallica (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799)</scientific_name>\r
+ <authority>(Apinis) Oorschot 1977</authority>\r
+ <synonym>Sporotrichum thermophilum</synonym>\r
+ <synonym>Myceliophthora thermophila</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Spoth2/Spoth0.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">578455</id>\r
+ <code>THITE</code>\r
+ <scientific_name>Thielavia terrestris (strain ATCC 38088 / NRRL 8126)</scientific_name>\r
+ <synonym>Acremonium alabamense</synonym>\r
+ <synonym>Thielavia terrestris NRRL 8126</synonym>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Thite2/Thite1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>CHAGB</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5180</id>\r
- <code>SCLSC</code>\r
- <scientific_name>Sclerotinia sclerotiorum</scientific_name>\r
- <common_name>White mold</common_name>\r
- <synonym>Whetzelinia sclerotiorum</synonym>\r
+ <id provider="eol">1029505</id>\r
+ <code>CHAGB</code>\r
+ <scientific_name>Chaetomium globosum</scientific_name>\r
+ <authority>Kunze 1817</authority>\r
+ <common_name>Soil fungus</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>OIDMAI</name>\r
+ <name>NEUCR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">78148</id>\r
- <scientific_name>Oidiodendron maius</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">5141</id>\r
+ <code>NEUCR</code>\r
+ <scientific_name>Neurospora crassa</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">388435</id>\r
- <scientific_name>Lecanoromycetidae</scientific_name>\r
- <rank>subclass</rank>\r
+ <id provider="uniprot">147548</id>\r
+ <scientific_name>Leotiomycetes</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CLAGRA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">27339</id>\r
- <scientific_name>Cladonia grayi</scientific_name>\r
- <synonym>Cladonia grayi Merr</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b6/Cladonia_grayi-11.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">28983</id>\r
+ <scientific_name>Sclerotiniaceae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">40559</id>\r
+ <code>BOTFU</code>\r
+ <scientific_name>Botryotinia fuckeliana</scientific_name>\r
+ <common_name>Noble rot fungus</common_name>\r
+ <synonym>Botrytis cinerea</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5180</id>\r
+ <code>SCLSC</code>\r
+ <scientific_name>Sclerotinia sclerotiorum</scientific_name>\r
+ <common_name>White mold</common_name>\r
+ <synonym>Whetzelinia sclerotiorum</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>XANPAR</name>\r
+ <name>OIDMAI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">107463</id>\r
- <scientific_name>Xanthoria parietina</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">78148</id>\r
+ <scientific_name>Oidiodendron maius</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/70/Xanthoria_parietina_%2806_03_31%29.jpg/800px-Xanthoria_parietina_%2806_03_31%29.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">147541</id>\r
- <scientific_name>Dothideomycetes</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">388435</id>\r
+ <scientific_name>Lecanoromycetidae</scientific_name>\r
+ <rank>subclass</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>CLAGRA</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">27339</id>\r
+ <scientific_name>Cladonia grayi</scientific_name>\r
+ <synonym>Cladonia grayi Merr</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b6/Cladonia_grayi-11.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>XANPAR</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">107463</id>\r
+ <scientific_name>Xanthoria parietina</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/70/Xanthoria_parietina_%2806_03_31%29.jpg/800px-Xanthoria_parietina_%2806_03_31%29.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">147541</id>\r
+ <scientific_name>Dothideomycetes</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="10.3114/sim.2009.64.01">\r
+ <desc>A class-wide phylogenetic assessment of Dothideomycetes</desc>\r
+ </reference>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">134362</id>\r
+ <scientific_name>Capnodiales</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
- <reference doi="10.3114/sim.2009.64.01">\r
- <desc>A class-wide phylogenetic assessment of Dothideomycetes</desc>\r
- </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">134362</id>\r
- <scientific_name>Capnodiales</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">41254</id>\r
+ <scientific_name>Mycosphaerella</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>MYCFI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">41254</id>\r
- <scientific_name>Mycosphaerella</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">83344</id>\r
+ <scientific_name>Mycosphaerella fijiensis</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>MYCFI</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">83344</id>\r
- <scientific_name>Mycosphaerella fijiensis</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>MYCGR</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">54734</id>\r
- <code>MYCGR</code>\r
- <scientific_name>Mycosphaerella graminicola</scientific_name>\r
- <common_name>Speckled leaf blotch fungus</common_name>\r
- <synonym>Septoria tritici</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>MYCPJ</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">64363</id>\r
- <code>MYCPJ</code>\r
- <scientific_name>Mycosphaerella pini</scientific_name>\r
- <common_name>Red band needle blight disease fungus</common_name>\r
- <synonym>Dothistroma septosporum</synonym>\r
- <synonym>Dothistroma pini</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>MYCPOP</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">85929</id>\r
- <scientific_name>Mycosphaerella populorum</scientific_name>\r
- <synonym>Septoria musiva</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BAUCOM</name>\r
+ <name>MYCGR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">430998</id>\r
- <scientific_name>Baudoinia compniacensis</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">54734</id>\r
+ <code>MYCGR</code>\r
+ <scientific_name>Mycosphaerella graminicola</scientific_name>\r
+ <common_name>Speckled leaf blotch fungus</common_name>\r
+ <synonym>Septoria tritici</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.diark.org/img/species_pict/Baudoinia_compniacensis</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>MYCPJ</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">64363</id>\r
+ <code>MYCPJ</code>\r
+ <scientific_name>Mycosphaerella pini</scientific_name>\r
+ <common_name>Red band needle blight disease fungus</common_name>\r
+ <synonym>Dothistroma septosporum</synonym>\r
+ <synonym>Dothistroma pini</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">692275</id>\r
+ <code>MPSXX</code>\r
+ <scientific_name>Mycosphaerella populorum SO2202</scientific_name>\r
+ <synonym>Septoria musiva SO2202</synonym>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Sepmu1/Septoria-musiva-colony-abundantly-sporulating-2.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">715340</id>\r
- <scientific_name>Pleosporineae</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">430998</id>\r
+ <code>BCOXX</code>\r
+ <scientific_name>Baudoinia compniacensis</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.botanicalgarden.ubc.ca/potd/images/2011/baudoinia-compniacensis2.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">715340</id>\r
+ <scientific_name>Pleosporineae</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">28556</id>\r
+ <scientific_name>Pleosporaceae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">28556</id>\r
- <scientific_name>Pleosporaceae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Cochliobolus & Setosphaeria</name>\r
<clade>\r
- <name>Cochliobolus & Setosphaeria</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5015</id>\r
+ <scientific_name>Cochliobolus</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>COCHE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5015</id>\r
- <scientific_name>Cochliobolus</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5016</id>\r
+ <code>COCHE</code>\r
+ <scientific_name>Cochliobolus heterostrophus</scientific_name>\r
+ <synonym>Drechslera maydis</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>COCHE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5016</id>\r
- <code>COCHE</code>\r
- <scientific_name>Cochliobolus heterostrophus</scientific_name>\r
- <synonym>Drechslera maydis</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">45130</id>\r
- <code>COCSA</code>\r
- <scientific_name>Cochliobolus sativus</scientific_name>\r
- <synonym>Bipolaris sorokiniana</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.plantmanagementnetwork.org/pub/php/diagnosticguide/2003/rootrot/image/mathre6sm.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">93612</id>\r
- <code>SETTU</code>\r
- <scientific_name>Setosphaeria turcica</scientific_name>\r
- <authority>(Luttr.) K.J. Leonard & Suggs, (1974)</authority>\r
- <common_name>Northern corn leaf blight disease fungus</common_name>\r
- <synonym>Exserohilum turcicum</synonym>\r
- <synonym>Helminthosporium turcicum</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">45130</id>\r
+ <code>COCSA</code>\r
+ <scientific_name>Cochliobolus sativus</scientific_name>\r
+ <synonym>Bipolaris sorokiniana</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://openi.nlm.nih.gov/imgs/rescaled512/3017769_1471-2229-10-103-3.png</uri>\r
+ <uri>http://www.plantmanagementnetwork.org/pub/php/diagnosticguide/2003/rootrot/image/mathre6sm.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PYRTR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">426418</id>\r
- <code>PYRTR</code>\r
- <scientific_name>Pyrenophora tritici-repentis (strain Pt-1C-BFP)</scientific_name>\r
- <common_name>Wheat tan spot fungus</common_name>\r
- <synonym>Drechslera tritici-repentis</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">93612</id>\r
+ <code>SETTU</code>\r
+ <scientific_name>Setosphaeria turcica</scientific_name>\r
+ <authority>(Luttr.) K.J. Leonard & Suggs, (1974)</authority>\r
+ <common_name>Northern corn leaf blight disease fungus</common_name>\r
+ <synonym>Exserohilum turcicum</synonym>\r
+ <synonym>Helminthosporium turcicum</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://openi.nlm.nih.gov/imgs/rescaled512/3017769_1471-2229-10-103-3.png</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PHANO</name>\r
+ <name>PYRTR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">13684</id>\r
- <code>PHANO</code>\r
- <scientific_name>Phaeosphaeria nodorum</scientific_name>\r
- <common_name>Glume blotch fungus</common_name>\r
- <synonym>Septoria nodorum</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">426418</id>\r
+ <code>PYRTR</code>\r
+ <scientific_name>Pyrenophora tritici-repentis (strain Pt-1C-BFP)</scientific_name>\r
+ <common_name>Wheat tan spot fungus</common_name>\r
+ <synonym>Drechslera tritici-repentis</synonym>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>PHANO</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">13684</id>\r
+ <code>PHANO</code>\r
+ <scientific_name>Phaeosphaeria nodorum</scientific_name>\r
+ <common_name>Glume blotch fungus</common_name>\r
+ <synonym>Septoria nodorum</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">28568</id>\r
+ <scientific_name>Trichocomaceae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">28568</id>\r
- <scientific_name>Trichocomaceae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5052</id>\r
+ <scientific_name>Aspergillus</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Neosartorya_Emericella</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <scientific_name>Aspergillus flavus</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>EMENI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="eol">195546</id>\r
- <code>EMENI</code>\r
- <scientific_name>Emericella nidulans</scientific_name>\r
- <authority>Vuill. 1927</authority>\r
- <synonym>Aspergillus nidulans</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">5059</id>\r
+ <code>ASPFL</code>\r
+ <scientific_name>Aspergillus flavus</scientific_name>\r
+ <authority>Link 1809</authority>\r
+ <synonym>Petromyces flavus</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.schoolproject2.ewebsite.com/img/original/21/aspergillus-flavus.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NEOFI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">331117</id>\r
- <code>NEOFI</code>\r
- <scientific_name>Neosartorya fischeri (strain ATCC 1020 / DSM 3700 / FGSC A1164 / NRRL 181)</scientific_name>\r
- <synonym>Aspergillus fischerianus</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">332952</id>\r
+ <code>ASPFN</code>\r
+ <scientific_name>Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167)</scientific_name>\r
+ <synonym>Aspergillus flavus NRRL3357</synonym>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>ASPNG</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5052</id>\r
- <scientific_name>Aspergillus</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5061</id>\r
+ <code>ASPNG</code>\r
+ <scientific_name>Aspergillus niger</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Aspergillus flavus</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5059</id>\r
- <code>ASPFL</code>\r
- <scientific_name>Aspergillus flavus</scientific_name>\r
- <authority>Link 1809</authority>\r
- <synonym>Petromyces flavus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.schoolproject2.ewebsite.com/img/original/21/aspergillus-flavus.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">332952</id>\r
- <code>ASPFN</code>\r
- <scientific_name>Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167)</scientific_name>\r
- <synonym>Aspergillus flavus NRRL3357</synonym>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>ASPNG</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5061</id>\r
- <code>ASPNG</code>\r
- <scientific_name>Aspergillus niger</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33183</id>\r
- <scientific_name>Onygenales</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>COCIM</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5501</id>\r
- <code>COCIM</code>\r
- <scientific_name>Coccidioides immitis</scientific_name>\r
- <common_name>Valley fever fungus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
<clade>\r
- <name>UNCRE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">336963</id>\r
- <code>UNCRE</code>\r
- <scientific_name>Uncinocarpus reesii (strain UAMH 1704)</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Neosartorya_Emericella</name>\r
+ <clade>\r
+ <name>EMENI</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="eol">195546</id>\r
+ <code>EMENI</code>\r
+ <scientific_name>Emericella nidulans</scientific_name>\r
+ <authority>Vuill. 1927</authority>\r
+ <synonym>Aspergillus nidulans</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>NEOFI</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">331117</id>\r
+ <code>NEOFI</code>\r
+ <scientific_name>Neosartorya fischeri (strain ATCC 1020 / DSM 3700 / FGSC A1164 / NRRL 181)</scientific_name>\r
+ <synonym>Aspergillus fischerianus</synonym>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">656061</id>\r
- <code>TUBMM</code>\r
- <scientific_name>Tuber melanosporum (strain Mel28)</scientific_name>\r
- <common_name>Perigord black truffle</common_name>\r
- <synonym>Tuber melanosporum Mel28</synonym>\r
- <uri>http://www.trufamania.com/trufas/Tuber%20melanosporum02.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">33183</id>\r
+ <scientific_name>Onygenales</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>COCIM</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5501</id>\r
+ <code>COCIM</code>\r
+ <scientific_name>Coccidioides immitis</scientific_name>\r
+ <common_name>Valley fever fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>UNCRE</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">336963</id>\r
+ <code>UNCRE</code>\r
+ <scientific_name>Uncinocarpus reesii (strain UAMH 1704)</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4892</id>\r
- <scientific_name>Saccharomycetales</scientific_name>\r
- <common_name>budding yeasts</common_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">656061</id>\r
+ <code>TUBMM</code>\r
+ <scientific_name>Tuber melanosporum (strain Mel28)</scientific_name>\r
+ <common_name>Perigord black truffle</common_name>\r
+ <synonym>Tuber melanosporum Mel28</synonym>\r
+ <uri>http://www.trufamania.com/trufas/Tuber%20melanosporum02.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4892</id>\r
+ <scientific_name>Saccharomycetales</scientific_name>\r
+ <common_name>budding yeasts</common_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>Candida & Debaryomyces & Saccharomycetacea</name>\r
<clade>\r
- <name>Candida & Debaryomyces & Saccharomycetacea</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4893</id>\r
+ <scientific_name>Saccharomycetaceae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4893</id>\r
- <scientific_name>Saccharomycetaceae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Saccharomyces_Pichia</name>\r
<clade>\r
- <name>Saccharomyces_Pichia</name>\r
+ <name>Saccharomyces</name>\r
<clade>\r
- <name>Saccharomyces</name>\r
- <clade>\r
- <name>SACCA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">27288</id>\r
- <code>SACCA</code>\r
- <scientific_name>Saccharomyces castellii</scientific_name>\r
- <common_name>Yeast</common_name>\r
- <synonym>Saccharomyces castellii</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>YEAST</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4932</id>\r
- <code>YEAST</code>\r
- <scientific_name>Saccharomyces cerevisiae</scientific_name>\r
- <common_name>Baker's yeast</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>PICAN</name>\r
+ <name>SACCA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4905</id>\r
- <code>PICAN</code>\r
- <scientific_name>Pichia angusta</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">27288</id>\r
+ <code>SACCA</code>\r
+ <scientific_name>Saccharomyces castellii</scientific_name>\r
<common_name>Yeast</common_name>\r
- <synonym>Hansenula polymorpha</synonym>\r
+ <synonym>Saccharomyces castellii</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>Kluyveromyces & Ashbya</name>\r
- <clade>\r
- <name>Kluyveromyces</name>\r
- <clade>\r
- <name>KLULA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">28985</id>\r
- <code>KLULA</code>\r
- <scientific_name>Kluyveromyces lactis</scientific_name>\r
- <common_name>Yeast</common_name>\r
- <synonym>Candida sphaerica</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>KLUWA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4914</id>\r
- <code>KLUWA</code>\r
- <scientific_name>Kluyveromyces waltii</scientific_name>\r
- <common_name>Yeast</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
<clade>\r
- <name>ASHGO</name>\r
+ <name>YEAST</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33169</id>\r
- <code>ASHGO</code>\r
- <scientific_name>Ashbya gossypii</scientific_name>\r
- <common_name>Yeast</common_name>\r
- <synonym>Eremothecium gossypii</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">4932</id>\r
+ <code>YEAST</code>\r
+ <scientific_name>Saccharomyces cerevisiae</scientific_name>\r
+ <common_name>Baker's yeast</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>Candida & Debaryomyces</name>\r
<clade>\r
+ <name>PICAN</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5475</id>\r
- <scientific_name>Candida</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">4905</id>\r
+ <code>PICAN</code>\r
+ <scientific_name>Pichia angusta</scientific_name>\r
+ <common_name>Yeast</common_name>\r
+ <synonym>Hansenula polymorpha</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>Kluyveromyces & Ashbya</name>\r
+ <clade>\r
+ <name>Kluyveromyces</name>\r
<clade>\r
- <name>CANAL</name>\r
+ <name>KLULA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5476</id>\r
- <code>CANAL</code>\r
- <scientific_name>Candida albicans</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">28985</id>\r
+ <code>KLULA</code>\r
+ <scientific_name>Kluyveromyces lactis</scientific_name>\r
<common_name>Yeast</common_name>\r
+ <synonym>Candida sphaerica</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CANTR</name>\r
+ <name>KLUWA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5482</id>\r
- <code>CANTR</code>\r
- <scientific_name>Candida tropicalis</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">4914</id>\r
+ <code>KLUWA</code>\r
+ <scientific_name>Kluyveromyces waltii</scientific_name>\r
<common_name>Yeast</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DEBHA</name>\r
+ <name>ASHGO</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4959</id>\r
- <code>DEBHA</code>\r
- <scientific_name>Debaryomyces hansenii</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">33169</id>\r
+ <code>ASHGO</code>\r
+ <scientific_name>Ashbya gossypii</scientific_name>\r
<common_name>Yeast</common_name>\r
- <synonym>Torulaspora hansenii</synonym>\r
+ <synonym>Eremothecium gossypii</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>YARLI</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4952</id>\r
- <code>YARLI</code>\r
- <scientific_name>Yarrowia lipolytica</scientific_name>\r
- <synonym>Candida lipolytica</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">451866</id>\r
- <scientific_name>Taphrinomycotina</scientific_name>\r
- <rank>subphylum</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>Pneumocystidomycetes & Schizosaccharomycetes</name>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4895</id>\r
- <scientific_name>Schizosaccharomyces</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Candida & Debaryomyces</name>\r
<clade>\r
- <name>SCHJP</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4897</id>\r
- <code>SCHJP</code>\r
- <scientific_name>Schizosaccharomyces japonicus</scientific_name>\r
- <common_name>Fission yeast</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4899</id>\r
- <code>SCHOT</code>\r
- <scientific_name>Schizosaccharomyces octosporus</scientific_name>\r
- <common_name>Fission yeast</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.dipbot.unict.it/sistematica/Immagini/12002.JPG</uri>\r
+ <id provider="uniprot">5475</id>\r
+ <scientific_name>Candida</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>CANAL</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5476</id>\r
+ <code>CANAL</code>\r
+ <scientific_name>Candida albicans</scientific_name>\r
+ <common_name>Yeast</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>CANTR</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5482</id>\r
+ <code>CANTR</code>\r
+ <scientific_name>Candida tropicalis</scientific_name>\r
+ <common_name>Yeast</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SCHPO</name>\r
+ <name>DEBHA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4896</id>\r
- <code>SCHPO</code>\r
- <scientific_name>Schizosaccharomyces pombe</scientific_name>\r
- <common_name>Fission yeast</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">4959</id>\r
+ <code>DEBHA</code>\r
+ <scientific_name>Debaryomyces hansenii</scientific_name>\r
+ <common_name>Yeast</common_name>\r
+ <synonym>Torulaspora hansenii</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>YARLI</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4952</id>\r
+ <code>YARLI</code>\r
+ <scientific_name>Yarrowia lipolytica</scientific_name>\r
+ <synonym>Candida lipolytica</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">451866</id>\r
+ <scientific_name>Taphrinomycotina</scientific_name>\r
+ <rank>subphylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>Pneumocystidomycetes & Schizosaccharomycetes</name>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4895</id>\r
+ <scientific_name>Schizosaccharomyces</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>SCHJP</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4897</id>\r
+ <code>SCHJP</code>\r
+ <scientific_name>Schizosaccharomyces japonicus</scientific_name>\r
+ <common_name>Fission yeast</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
<clade>\r
- <name>PNECA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4754</id>\r
- <code>PNECA</code>\r
- <scientific_name>Pneumocystis carinii</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">4899</id>\r
+ <code>SCHOT</code>\r
+ <scientific_name>Schizosaccharomyces octosporus</scientific_name>\r
+ <common_name>Fission yeast</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.dipbot.unict.it/sistematica/Immagini/12002.JPG</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>SCHPO</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4896</id>\r
+ <code>SCHPO</code>\r
+ <scientific_name>Schizosaccharomyces pombe</scientific_name>\r
+ <common_name>Fission yeast</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SAICOM</name>\r
+ <name>PNECA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5606</id>\r
- <scientific_name>Saitoella complicata</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">4754</id>\r
+ <code>PNECA</code>\r
+ <scientific_name>Pneumocystis carinii</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5606</id>\r
+ <scientific_name>Saitoella complicata</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5204</id>\r
+ <scientific_name>Basidiomycota</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5204</id>\r
- <scientific_name>Basidiomycota</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Agaricomycotina & Ustilaginomycotina & Pucciniomycotina</name>\r
<clade>\r
- <name>Agaricomycotina & Ustilaginomycotina & Pucciniomycotina</name>\r
+ <name>Agaricomycotina & Ustilaginomycotina</name>\r
<clade>\r
- <name>Agaricomycotina & Ustilaginomycotina</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5302</id>\r
+ <scientific_name>Agaricomycotina</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5302</id>\r
- <scientific_name>Agaricomycotina</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">155619</id>\r
+ <scientific_name>Homobasidiomycetes</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1098/rspb.2002.2123">\r
+ <desc>Evolution of complex fruiting–body morphologies in homobasidiomycetes</desc>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">155619</id>\r
- <scientific_name>Homobasidiomycetes</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <reference doi="10.1098/rspb.2002.2123">\r
- <desc>Evolution of complex fruiting–body morphologies in homobasidiomycetes</desc>\r
- </reference>\r
+ <name>Agaricomycetidae & Gloeophyllum & Aphyllophorales</name>\r
<clade>\r
- <name>Agaricomycetidae & Gloeophyllum & Aphyllophorales</name>\r
+ <name>Agaricomycetidae & Gloeophyllum</name>\r
<clade>\r
- <name>Agaricomycetidae & Gloeophyllum</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">452333</id>\r
+ <scientific_name>Agaricomycetidae</scientific_name>\r
+ <rank>subclass</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">452333</id>\r
- <scientific_name>Agaricomycetidae</scientific_name>\r
- <rank>subclass</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Agaricales & Boletales</name>\r
<clade>\r
- <name>Agaricales & Boletales</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5338</id>\r
+ <scientific_name>Agaricales</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5338</id>\r
- <scientific_name>Agaricales</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Agaricus & Coprinopsis & Laccaria & Pleurotus</name>\r
<clade>\r
- <name>Agaricus & Coprinopsis & Laccaria & Pleurotus</name>\r
+ <name>Agaricus & Coprinopsis & Laccaria</name>\r
<clade>\r
- <name>Agaricus & Coprinopsis & Laccaria</name>\r
+ <name>Agaricus & Coprinopsis</name>\r
<clade>\r
- <name>Agaricus & Coprinopsis</name>\r
- <clade>\r
- <name>AGABB</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">192524</id>\r
- <scientific_name>Agaricus bisporus var. burnettii</scientific_name>\r
- <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Agaricus_bisporus(fs-03).jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>COPCI</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5346</id>\r
- <code>COPCI</code>\r
- <scientific_name>Coprinopsis cinerea</scientific_name>\r
- <common_name>Inky cap fungus</common_name>\r
- <synonym>Hormographiella aspergillata</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Coprinopsis.cinerea.-.lindsey.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">597362</id>\r
+ <code>AGABU</code>\r
+ <scientific_name>Agaricus bisporus var. burnettii (strain JB137-S8 / ATCC MYA-4627 / FGSC 10392)</scientific_name>\r
+ <common_name>White button mushroom</common_name>\r
+ <synonym>Agaricus bisporus var. burnettii JB137-S8</synonym>\r
+ <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Agaricus_bisporus(fs-03).jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>COPCI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">29883</id>\r
- <code>LACBI</code>\r
- <scientific_name>Laccaria bicolor</scientific_name>\r
- <common_name>Bicoloured deceiver</common_name>\r
- <synonym>Laccaria laccata var. bicolor</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">5346</id>\r
+ <code>COPCI</code>\r
+ <scientific_name>Coprinopsis cinerea</scientific_name>\r
+ <common_name>Inky cap fungus</common_name>\r
+ <synonym>Hormographiella aspergillata</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/images/L_bicolor_NM.JPG</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Coprinopsis.cinerea.-.lindsey.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GYMLUX</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">206324</id>\r
- <scientific_name>Gymnopus luxurians</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">29883</id>\r
+ <code>LACBI</code>\r
+ <scientific_name>Laccaria bicolor</scientific_name>\r
+ <common_name>Bicoloured deceiver</common_name>\r
+ <synonym>Laccaria laccata var. bicolor</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.mushroomexpert.com/images/kuo3/gymnopus_luxurians_02.jpg</uri>\r
+ <uri>http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/images/L_bicolor_NM.JPG</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PLEOS</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5322</id>\r
- <code>PLEOS</code>\r
- <scientific_name>Pleurotus ostreatus</scientific_name>\r
- <common_name>Oyster mushroom</common_name>\r
- <synonym>White-rot fungus</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">206324</id>\r
+ <scientific_name>Gymnopus luxurians</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/images/post1.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.mushroomexpert.com/images/kuo3/gymnopus_luxurians_02.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>PLEOS</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">68889</id>\r
- <scientific_name>Boletales</scientific_name>\r
- <synonym>Melanogastrales</synonym>\r
- <synonym>Sclerodermatales</synonym>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5322</id>\r
+ <code>PLEOS</code>\r
+ <scientific_name>Pleurotus ostreatus</scientific_name>\r
+ <common_name>Oyster mushroom</common_name>\r
+ <synonym>White-rot fungus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/images/post1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">68889</id>\r
+ <scientific_name>Boletales</scientific_name>\r
+ <synonym>Melanogastrales</synonym>\r
+ <synonym>Sclerodermatales</synonym>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">227334</id>\r
+ <scientific_name>Coniophorineae</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">227334</id>\r
- <scientific_name>Coniophorineae</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">80637</id>\r
+ <code>CPUXX</code>\r
+ <scientific_name>Coniophora puteana</scientific_name>\r
+ <authority>Schum. ex Fries</authority>\r
+ <common_name>cellar fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Conpu1/P1240066_dp.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>CONPUT</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">80637</id>\r
- <scientific_name>Coniophora puteana</scientific_name>\r
- <authority>Schum. ex Fries</authority>\r
- <common_name>cellar fungus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Conpu1/P1240066_dp.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>SERLAC</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">85982</id>\r
- <scientific_name>Serpula lacrymans</scientific_name>\r
- <common_name>dry rot fungus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.anbg.gov.au/fungi/images/0160.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>HYDPIN</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">388859</id>\r
- <scientific_name>Hydnomerulius pinastri</scientific_name>\r
- <common_name>Spiny dry rot fungus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://mycoweb-stv.narod.ru/fungi/Submitted/STV1/Hydnomerulius_pinastri_1_STV_20100913.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">578457</id>\r
+ <code>SERL9</code>\r
+ <scientific_name>Serpula lacrymans var. lacrymans (strain S7.9)</scientific_name>\r
+ <common_name>Dry rot fungus</common_name>\r
+ <uri>http://www.anbg.gov.au/fungi/images/0160.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>JAAARG</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">202697</id>\r
- <scientific_name>Jaapia argillacea</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://mycor.nancy.inra.fr/blogGenomes/wp-content/uploads/2012/08/IMG_21261.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">388859</id>\r
+ <scientific_name>Hydnomerulius pinastri</scientific_name>\r
+ <common_name>Spiny dry rot fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://mycoweb-stv.narod.ru/fungi/Submitted/STV1/Hydnomerulius_pinastri_1_STV_20100913.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GLOTR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">104355</id>\r
- <code>GLOTR</code>\r
- <scientific_name>Gloeophyllum trabeum</scientific_name>\r
- <common_name>Brown rot fungus</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">202697</id>\r
+ <scientific_name>Jaapia argillacea</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.commanster.eu/commanster/Mushrooms/Basidio/SpBasidio/Gloeophyllum.trabeum.jpg</uri>\r
+ <uri>http://mycor.nancy.inra.fr/blogGenomes/wp-content/uploads/2012/08/IMG_21261.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>GLOTR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5303</id>\r
- <scientific_name>Aphyllophorales</scientific_name>\r
- <authority>Gäum. (1926)</authority>\r
- <common_name>Shelf Fungi</common_name>\r
- <synonym>Polyporales</synonym>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">104355</id>\r
+ <code>GLOTR</code>\r
+ <scientific_name>Gloeophyllum trabeum</scientific_name>\r
+ <common_name>Brown rot fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.commanster.eu/commanster/Mushrooms/Basidio/SpBasidio/Gloeophyllum.trabeum.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5303</id>\r
+ <scientific_name>Aphyllophorales</scientific_name>\r
+ <authority>Gäum. (1926)</authority>\r
+ <common_name>Shelf Fungi</common_name>\r
+ <synonym>Polyporales</synonym>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">83233</id>\r
+ <scientific_name>Coriolaceae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1017/S1477200005001623">\r
+ <desc>The phylogenetic distribution of resupinate forms across the major clades of mushroom-forming fungi (Homobasidiomycetes)</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">83233</id>\r
- <scientific_name>Coriolaceae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <reference doi="10.1017/S1477200005001623">\r
- <desc>The phylogenetic distribution of resupinate forms across the major clades of mushroom-forming fungi (Homobasidiomycetes)</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
+ <name>Postia & Fomitopsis & Wolfiporia & Trametes</name>\r
<clade>\r
- <name>Postia & Fomitopsis & Wolfiporia & Trametes</name>\r
+ <name>Antrodia clade</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <common_name>Antrodia clade</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Antrodia clade</name>\r
<taxonomy>\r
- <common_name>Antrodia clade</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">40483</id>\r
+ <code>FPIXX</code>\r
+ <scientific_name>Fomitopsis pinicola</scientific_name>\r
+ <authority>(Swartz) P. Karsten</authority>\r
+ <common_name>Red banded polypore</common_name>\r
+ <synonym>Fomes pinicola</synonym>\r
+ <synonym>Boletus pinicola</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Fomitopsis_pinicola(mgw-02).jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>FOMPIN</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">40483</id>\r
- <scientific_name>Fomitopsis pinicola</scientific_name>\r
- <authority>P. Karst. 1881</authority>\r
- <common_name>Red banded polypore</common_name>\r
- <synonym>Fomes pinicola</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://content6.eol.org/content/2009/06/07/01/48471_large.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>POSPL</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">104341</id>\r
- <scientific_name>Postia placenta</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.commanster.eu/commanster/Mushrooms/Polypore/SuPolypore/Postia.placenta.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>core polyporoid clade</name>\r
<taxonomy>\r
- <common_name>core polyporoid clade</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">104341</id>\r
+ <code>PPLXX</code>\r
+ <scientific_name>Postia placenta</scientific_name>\r
+ <synonym>Rhodonia placenta</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.commanster.eu/commanster/Mushrooms/Polypore/SuPolypore/Postia.placenta.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>TRAVE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5325</id>\r
- <code>TRAVE</code>\r
- <scientific_name>Trametes versicolor</scientific_name>\r
- <authority>(L.) Lloyd 1921</authority>\r
- <common_name>White-rot fungus</common_name>\r
- <synonym>Coriolus versicolor</synonym>\r
- <synonym>Bjerkandera versicolor</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(bab-1).jpg</uri>\r
- <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(bab-2).jpg</uri>\r
- <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(mgw-01).jpg</uri>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Trave1/Trametes_versicolor.JPG</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>WOLCOC</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">81056</id>\r
- <scientific_name>Wolfiporia cocos</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://toolate.s7.coreserver.jp/kinoko/fungi/wolfiporia_cocos/w_cocos_002.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CERSU</name>\r
+ <name>core polyporoid clade</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">42742</id>\r
- <code>CERSU</code>\r
- <scientific_name>Ceriporiopsis subvermispora</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <common_name>core polyporoid clade</common_name>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5325</id>\r
+ <code>TRAVE</code>\r
+ <scientific_name>Trametes versicolor</scientific_name>\r
+ <authority>(L.) Lloyd 1921</authority>\r
+ <common_name>White-rot fungus</common_name>\r
+ <synonym>Coriolus versicolor</synonym>\r
+ <synonym>Bjerkandera versicolor</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(bab-1).jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(bab-2).jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Trametes_versicolor(mgw-01).jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">742152</id>\r
+ <code>WOLCO</code>\r
+ <scientific_name>Wolfiporia cocos (strain MD-104)</scientific_name>\r
+ <common_name>Brown rot fungus</common_name>\r
+ <synonym>Wolfiporia cocos MD-104 SS10</synonym>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Wolco1/W_cocos_CA-b1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DICSQU</name>\r
+ <name>CERSU</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">114155</id>\r
- <scientific_name>Dichomitus squalens</scientific_name>\r
- <authority>(P. Karst.) D. A. Reid 1965</authority>\r
- <common_name>Red rot</common_name>\r
- <synonym>Polyporus anceps</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">42742</id>\r
+ <code>CERSU</code>\r
+ <scientific_name>Ceriporiopsis subvermispora</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.fs.fed.us/r3/resources/health/field-guide/images/large/sds-f199-large.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>HETAN</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">13563</id>\r
- <code>HETAN</code>\r
- <scientific_name>Heterobasidion annosum</scientific_name>\r
- <common_name>Root rot fungus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">732165</id>\r
+ <code>DICSQ</code>\r
+ <scientific_name>Dichomitus squalens (strain LYAD-421)</scientific_name>\r
+ <common_name>Western red white-rot fungus</common_name>\r
+ <synonym>Dichomitus squalens LYAD-421 SS1</synonym>\r
+ <uri>http://www.fs.fed.us/r3/resources/health/field-guide/images/large/sds-f199-large.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>HETAN</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5215</id>\r
- <scientific_name>Tremellaceae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">13563</id>\r
+ <code>HETAN</code>\r
+ <scientific_name>Heterobasidion annosum</scientific_name>\r
+ <common_name>Root rot fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>CRYNE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5207</id>\r
- <code>CRYNE</code>\r
- <scientific_name>Cryptococcus neoformans</scientific_name>\r
- <synonym>Filobasidiella neoformans</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>TREME</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="eol">1029985</id>\r
- <code>TREME</code>\r
- <scientific_name>Tremella mesenterica</scientific_name>\r
- <authority>Pers. 1800</authority>\r
- <common_name>Jelly fungus</common_name>\r
- <synonym>Yellow Brain</synonym>\r
- <synonym>Tremella lutescens</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">452284</id>\r
- <scientific_name>Ustilaginomycotina</scientific_name>\r
- <rank>subphylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5215</id>\r
+ <scientific_name>Tremellaceae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>CRYNE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">425265</id>\r
- <code>MALGO</code>\r
- <scientific_name>Malassezia globosa (strain ATCC MYA-4612 / CBS 7966)</scientific_name>\r
- <common_name>Dandruff-associated fungus</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">5207</id>\r
+ <code>CRYNE</code>\r
+ <scientific_name>Cryptococcus neoformans</scientific_name>\r
+ <synonym>Filobasidiella neoformans</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>USTMA</name>\r
+ <name>TREME</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5270</id>\r
- <code>USTMA</code>\r
- <scientific_name>Ustilago maydis</scientific_name>\r
- <common_name>Smut fungus</common_name>\r
+ <id provider="eol">1029985</id>\r
+ <code>TREME</code>\r
+ <scientific_name>Tremella mesenterica</scientific_name>\r
+ <authority>Pers. 1800</authority>\r
+ <common_name>Jelly fungus</common_name>\r
+ <synonym>Yellow Brain</synonym>\r
+ <synonym>Tremella lutescens</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">29000</id>\r
- <scientific_name>Pucciniomycotina</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">452284</id>\r
+ <scientific_name>Ustilaginomycotina</scientific_name>\r
<rank>subphylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5258</id>\r
- <scientific_name>Pucciniales</scientific_name>\r
- <common_name>rusts</common_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">425265</id>\r
+ <code>MALGO</code>\r
+ <scientific_name>Malassezia globosa (strain ATCC MYA-4612 / CBS 7966)</scientific_name>\r
+ <common_name>Dandruff-associated fungus</common_name>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>MELLP</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="eol">156696</id>\r
- <code>MELLP</code>\r
- <scientific_name>Melampsora laricis-populina</scientific_name>\r
- <authority>Kleb. 1902</authority>\r
- <synonym>Melampsora larici-populina</synonym>\r
- <synonym>Melampsora laricipopulina</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>PUCGR</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="eol">1029947</id>\r
- <code>PUCGR</code>\r
- <scientific_name>Puccinia graminis</scientific_name>\r
- <authority>Pers. 1794</authority>\r
- <common_name>Black stem rust fungus</common_name>\r
- <synonym>Wheat rust</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>USTMA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">89013</id>\r
- <scientific_name>mitosporic Sporidiobolales</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">5270</id>\r
+ <code>USTMA</code>\r
+ <scientific_name>Ustilago maydis</scientific_name>\r
+ <common_name>Smut fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>RHOGR</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">29898</id>\r
- <code>RHOGR</code>\r
- <scientific_name>Rhodotorula graminis</scientific_name>\r
- <common_name>Yeast</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>SPORO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="eol">1013696</id>\r
- <scientific_name>Sporobolomyces roseus</scientific_name>\r
- <authority>Kluyver & C. B. Niel 1924</authority>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>WALSE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">148960</id>\r
- <code>WALSE</code>\r
- <scientific_name>Wallemia sebi</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">29000</id>\r
+ <scientific_name>Pucciniomycotina</scientific_name>\r
+ <rank>subphylum</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5258</id>\r
+ <scientific_name>Pucciniales</scientific_name>\r
+ <common_name>rusts</common_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>MELLP</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="eol">156696</id>\r
+ <code>MELLP</code>\r
+ <scientific_name>Melampsora laricis-populina</scientific_name>\r
+ <authority>Kleb. 1902</authority>\r
+ <synonym>Melampsora larici-populina</synonym>\r
+ <synonym>Melampsora laricipopulina</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>PUCGR</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="eol">1029947</id>\r
+ <code>PUCGR</code>\r
+ <scientific_name>Puccinia graminis</scientific_name>\r
+ <authority>Pers. 1794</authority>\r
+ <common_name>Black stem rust fungus</common_name>\r
+ <synonym>Wheat rust</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">89013</id>\r
+ <scientific_name>mitosporic Sporidiobolales</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>RHOGR</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">29898</id>\r
+ <code>RHOGR</code>\r
+ <scientific_name>Rhodotorula graminis</scientific_name>\r
+ <common_name>Yeast</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">40563</id>\r
+ <code>SPORO</code>\r
+ <scientific_name>Sporobolomyces roseus</scientific_name>\r
+ <authority>Kluyver & C. B. Niel 1924</authority>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>WALSE</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">148960</id>\r
+ <code>WALSE</code>\r
+ <scientific_name>Wallemia sebi</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">451507</id>\r
+ <scientific_name>Mucoromycotina</scientific_name>\r
+ <rank>subphylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">451507</id>\r
- <scientific_name>Mucoromycotina</scientific_name>\r
- <rank>subphylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">34489</id>\r
+ <scientific_name>Mucoraceae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
+ <name>MUCCI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">34489</id>\r
- <scientific_name>Mucoraceae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">36080</id>\r
+ <code>MUCCI</code>\r
+ <scientific_name>Mucor circinelloides</scientific_name>\r
+ <synonym>Mucor griseo-roseus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>PHYBL</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4837</id>\r
+ <code>PHYBL</code>\r
+ <scientific_name>Phycomyces blakesleeanus</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>MUCCI</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">36080</id>\r
- <code>MUCCI</code>\r
- <scientific_name>Mucor circinelloides</scientific_name>\r
- <synonym>Mucor griseo-roseus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>PHYBL</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4837</id>\r
- <code>PHYBL</code>\r
- <scientific_name>Phycomyces blakesleeanus</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>RHIOR</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">64495</id>\r
- <code>RHIOR</code>\r
- <scientific_name>Rhizopus oryzae</scientific_name>\r
- <synonym>Rhizopus delemar</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>RHIOR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">1069443</id>\r
- <code>MVNXX</code>\r
- <scientific_name>Mortierella verticillata NRRL 6337</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">64495</id>\r
+ <code>RHIOR</code>\r
+ <scientific_name>Rhizopus oryzae</scientific_name>\r
+ <synonym>Rhizopus delemar</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.ual.es/GruposInv/myco-ual/galeria17/mortierella.jpg</uri>\r
- <uri>http://www.diark.org/img/species_pict/Mortierella_verticillata</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>COEREV</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">61392</id>\r
- <scientific_name>Coemansia reversa</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">1069443</id>\r
+ <code>MVNXX</code>\r
+ <scientific_name>Mortierella verticillata NRRL 6337</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.ual.es/GruposInv/myco-ual/galeria17/mortierella.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.diark.org/img/species_pict/Mortierella_verticillata</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">28583</id>\r
- <code>ALLMA</code>\r
- <scientific_name>Allomyces macrogynus</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">61392</id>\r
+ <scientific_name>Coemansia reversa</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4761</id>\r
- <scientific_name>Chytridiomycota</scientific_name>\r
- <common_name>chytrids</common_name>\r
- <synonym>Mastigomycotina</synonym>\r
- <rank>phylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">28583</id>\r
+ <code>ALLMA</code>\r
+ <scientific_name>Allomyces macrogynus</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">451435</id>\r
- <scientific_name>Chytridiomycetes</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">109871</id>\r
- <code>BATDE</code>\r
- <scientific_name>Batrachochytrium dendrobatidis</scientific_name>\r
- <common_name>Frog chytrid fungus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">109760</id>\r
- <code>SPIPN</code>\r
- <scientific_name>Spizellomyces punctatus</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4761</id>\r
+ <scientific_name>Chytridiomycota</scientific_name>\r
+ <common_name>chytrids</common_name>\r
+ <synonym>Mastigomycotina</synonym>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">451435</id>\r
+ <scientific_name>Chytridiomycetes</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">109871</id>\r
+ <code>BATDE</code>\r
+ <scientific_name>Batrachochytrium dendrobatidis</scientific_name>\r
+ <common_name>Frog chytrid fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GONPRO</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="eol">157984</id>\r
- <scientific_name>Gonapodya prolifera</scientific_name>\r
- <authority>A. Fisch. 1892</authority>\r
+ <id provider="uniprot">109760</id>\r
+ <code>SPIPN</code>\r
+ <scientific_name>Spizellomyces punctatus</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Ganpr1/Picture5.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>PIRSPE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">73868</id>\r
- <scientific_name>Piromyces sp. E2</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.bsu.edu/classes/ruch/msa/barr/4-17.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">1123529</id>\r
+ <code>GONPR</code>\r
+ <scientific_name>Gonapodya prolifera</scientific_name>\r
+ <authority>A. Fisch. 1892</authority>\r
+ <common_name>Aquatic fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Ganpr1/Picture5.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ENCCU</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6035</id>\r
- <code>ENCCU</code>\r
- <scientific_name>Encephalitozoon cuniculi</scientific_name>\r
- <common_name>Microsporidian parasite</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">73868</id>\r
+ <code>PIRSE</code>\r
+ <scientific_name>Piromyces sp. (strain E2)</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.bsu.edu/classes/ruch/msa/barr/4-17.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Fonticula & Nucleariidae</name>\r
- <reference doi="10.1093/molbev/msp185">\r
- </reference>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">6033</id>\r
+ <scientific_name>Encephalitozoon</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>FONALB</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">691883</id>\r
- <scientific_name>Fonticula alba</scientific_name>\r
- <synonym>Fonticula alba Worley, Raper & Hohl. 1979</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">6035</id>\r
+ <code>ENCCU</code>\r
+ <scientific_name>Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1)</scientific_name>\r
+ <common_name>Microsporidian parasite</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.nature.com/modpathol/journal/v15/n5/images/3880566f7.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NUCSIM</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">154970</id>\r
- <scientific_name>Nuclearia simplex</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">907965</id>\r
+ <code>ENCHA</code>\r
+ <scientific_name>Encephalitozoon hellem (strain ATCC 50504)</scientific_name>\r
+ <common_name>Microsporidian parasite</common_name>\r
+ <uri>http://ruby.fgcu.edu/courses/davidb/50249/web/Encephalitozoonhellem91.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>THETRA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">529818</id>\r
- <scientific_name>Thecamonas trahens</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>Fonticula & Nucleariidae</name>\r
+ <reference doi="10.1093/molbev/msp185">\r
+ </reference>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">691883</id>\r
+ <scientific_name>Fonticula alba</scientific_name>\r
+ <synonym>Fonticula alba Worley, Raper & Hohl. 1979</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">154970</id>\r
+ <scientific_name>Nuclearia simplex</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<reference doi="10.1099/ijs.0.63216-0">\r
</reference>\r
<clade>\r
- <name>Corticata</name>\r
+ <name>Plants+HC+SAR megagroup</name>\r
<clade>\r
<name>Plants+HC</name>\r
<clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4479</id>\r
- <scientific_name>Poaceae</scientific_name>\r
- <common_name>grass family</common_name>\r
- <synonym>Gramineae</synonym>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">4447</id>\r
+ <scientific_name>Liliopsida</scientific_name>\r
+ <common_name>monocots</common_name>\r
+ <synonym>Monocotyledoneae</synonym>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">147369</id>\r
- <scientific_name>Panicoideae</scientific_name>\r
- <authority>Link, 1827</authority>\r
- <synonym>Centothecoideae</synonym>\r
- <rank>subfamily</rank>\r
+ <id provider="uniprot">4479</id>\r
+ <scientific_name>Poaceae</scientific_name>\r
+ <common_name>grass family</common_name>\r
+ <synonym>Gramineae</synonym>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">147429</id>\r
- <scientific_name>Andropogoneae</scientific_name>\r
- <authority>Dumort., 1824</authority>\r
- <rank>tribe</rank>\r
+ <id provider="uniprot">147369</id>\r
+ <scientific_name>Panicoideae</scientific_name>\r
+ <authority>Link, 1827</authority>\r
+ <synonym>Centothecoideae</synonym>\r
+ <rank>subfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>SORBI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4558</id>\r
- <code>SORBI</code>\r
- <scientific_name>Sorghum bicolor</scientific_name>\r
- <common_name>Sorghum</common_name>\r
- <synonym>Sorghum vulgare</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">147429</id>\r
+ <scientific_name>Andropogoneae</scientific_name>\r
+ <authority>Dumort., 1824</authority>\r
+ <rank>tribe</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>SORBI</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4558</id>\r
+ <code>SORBI</code>\r
+ <scientific_name>Sorghum bicolor</scientific_name>\r
+ <common_name>Sorghum</common_name>\r
+ <synonym>Sorghum vulgare</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>MAIZE</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4577</id>\r
+ <code>MAIZE</code>\r
+ <scientific_name>Zea mays</scientific_name>\r
+ <common_name>Maize</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MAIZE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4577</id>\r
- <code>MAIZE</code>\r
- <scientific_name>Zea mays</scientific_name>\r
- <common_name>Maize</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">147428</id>\r
+ <scientific_name>Paniceae</scientific_name>\r
+ <rank>tribe</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>PANVIR</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">38727</id>\r
+ <scientific_name>Panicum virgatum</scientific_name>\r
+ <common_name>switchgrass</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/29/PanicumVirgatum.jpg/220px-PanicumVirgatum.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>SETIT</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4555</id>\r
+ <code>SETIT</code>\r
+ <scientific_name>Setaria italica</scientific_name>\r
+ <common_name>Foxtail millet</common_name>\r
+ <synonym>Panicum italicum</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://en.academic.ru/pictures/enwiki/83/Setaria_italica0.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">147428</id>\r
- <scientific_name>Paniceae</scientific_name>\r
- <rank>tribe</rank>\r
+ <id provider="uniprot">359160</id>\r
+ <scientific_name>BEP clade</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>PANVIR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">38727</id>\r
- <scientific_name>Panicum virgatum</scientific_name>\r
- <common_name>switchgrass</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/29/PanicumVirgatum.jpg/220px-PanicumVirgatum.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">4527</id>\r
+ <scientific_name>Oryza</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>ORYSA</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4530</id>\r
+ <code>ORYSA</code>\r
+ <scientific_name>Oryza sativa</scientific_name>\r
+ <common_name>Rice</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>ORYSJ</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">39947</id>\r
+ <code>ORYSJ</code>\r
+ <scientific_name>Oryza sativa subsp. japonica</scientific_name>\r
+ <common_name>Rice</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SETIT</name>\r
+ <name>BRADI</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4555</id>\r
- <code>SETIT</code>\r
- <scientific_name>Setaria italica</scientific_name>\r
- <common_name>Foxtail millet</common_name>\r
- <synonym>Panicum italicum</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">15368</id>\r
+ <code>BRADI</code>\r
+ <scientific_name>Brachypodium distachyon</scientific_name>\r
+ <common_name>Purple false brome</common_name>\r
+ <synonym>Trachynia distachya</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://en.academic.ru/pictures/enwiki/83/Setaria_italica0.jpg</uri>\r
+ <uri>http://content5.eol.org/content/2011/01/15/20/16311_large.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">359160</id>\r
- <scientific_name>BEP clade</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">4641</id>\r
+ <code>MUSAC</code>\r
+ <scientific_name>Musa acuminata</scientific_name>\r
+ <common_name>Banana</common_name>\r
+ <synonym>Musa cavendishii</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/fd/Musa_acuminata1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4527</id>\r
- <scientific_name>Oryza</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>ORYSA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4530</id>\r
- <code>ORYSA</code>\r
- <scientific_name>Oryza sativa</scientific_name>\r
- <common_name>Rice</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>ORYSJ</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">39947</id>\r
- <code>ORYSJ</code>\r
- <scientific_name>Oryza sativa subsp. japonica</scientific_name>\r
- <common_name>Rice</common_name>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>BRADI</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">15368</id>\r
- <code>BRADI</code>\r
- <scientific_name>Brachypodium distachyon</scientific_name>\r
- <common_name>Purple false brome</common_name>\r
- <synonym>Trachynia distachya</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://content5.eol.org/content/2011/01/15/20/16311_large.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>VOLCA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3067</id>\r
<code>VOLCA</code>\r
<scientific_name>Volvox carteri</scientific_name>\r
<common_name>Green alga</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Volca1/Volvox.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CYAME</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">45157</id>\r
- <code>CYAME</code>\r
- <scientific_name>Cyanidioschyzon merolae</scientific_name>\r
- <common_name>Red alga</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp/</uri>\r
+ <id provider="uniprot">2763</id>\r
+ <scientific_name>Rhodophyta</scientific_name>\r
+ <common_name>red algae</common_name>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">265316</id>\r
+ <scientific_name>Cyanidiaceae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">45157</id>\r
+ <code>CYAME</code>\r
+ <scientific_name>Cyanidioschyzon merolae</scientific_name>\r
+ <common_name>Red alga</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.shigen.nig.ac.jp/algae_tree/CyanidiophyceaeIMG.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">130081</id>\r
+ <code>GALSU</code>\r
+ <scientific_name>Galdieria sulphuraria</scientific_name>\r
+ <common_name>Red alga</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://phenomena.nationalgeographic.com/files/2013/03/Alga.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">2769</id>\r
+ <code>CHOCR</code>\r
+ <scientific_name>Chondrus crispus</scientific_name>\r
+ <common_name>Carragheen moss</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.seaweed.ie/_images/MG3_0485.png</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">2762</id>\r
- <code>CYAPA</code>\r
- <scientific_name>Cyanophora paradoxa</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.people.vcu.edu/~rfisher/paradoxa.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">38254</id>\r
+ <scientific_name>Glaucocystophyceae</scientific_name>\r
+ <synonym>Glaucophyta</synonym>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">2762</id>\r
+ <code>CYAPA</code>\r
+ <scientific_name>Cyanophora paradoxa</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.people.vcu.edu/~rfisher/paradoxa.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">38271</id>\r
+ <scientific_name>Glaucocystis nostochinearum</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://protist.i.hosei.ac.jp/pdb/images/Others/Glaucocystis/sp_02.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>Hacrobia (Cryptophyta & Haptophyceae & Centroheliozoa)</name>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">2903</id>\r
+ <code>EMIHU</code>\r
+ <scientific_name>Emiliania huxleyi</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://research.kahaku.go.jp/zoology/kaisei/hp-2/images/hapto.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">55529</id>\r
<reference>\r
</reference>\r
</clade>\r
- <clade>\r
- <name>EMIHU</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">2903</id>\r
- <code>EMIHU</code>\r
- <scientific_name>Emiliania huxleyi</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Heterokonta & Alveolata</name>\r
+ <name>Stramenopiles & Alveolata & Rhizaria</name>\r
+ <reference doi="10.1186/1471-2148-10-377">\r
+ <desc>Evolution of Rhizaria: new insights from phylogenomic analysis of uncultivated protists</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33630</id>\r
- <scientific_name>Alveolata</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Stramenopiles & Alveolata</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5794</id>\r
- <scientific_name>Apicomplexa</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">33630</id>\r
+ <scientific_name>Alveolata</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">422676</id>\r
- <scientific_name>Aconoidasida</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5794</id>\r
+ <scientific_name>Apicomplexa</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5820</id>\r
- <scientific_name>Plasmodium</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">422676</id>\r
+ <scientific_name>Aconoidasida</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>PLACH</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5825</id>\r
- <code>PLACH</code>\r
- <scientific_name>Plasmodium chabaudi</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>PLAFA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5833</id>\r
- <code>PLAFA</code>\r
- <scientific_name>Plasmodium falciparum</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5820</id>\r
+ <scientific_name>Plasmodium</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>PLACH</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5825</id>\r
+ <code>PLACH</code>\r
+ <scientific_name>Plasmodium chabaudi</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>PLAFA</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5833</id>\r
+ <code>PLAFA</code>\r
+ <scientific_name>Plasmodium falciparum</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>PLAYO</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">73239</id>\r
+ <code>PLAYO</code>\r
+ <scientific_name>Plasmodium yoelii yoelii</scientific_name>\r
+ <rank>subspecies</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PLAYO</name>\r
+ <name>Theileria</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">73239</id>\r
- <code>PLAYO</code>\r
- <scientific_name>Plasmodium yoelii yoelii</scientific_name>\r
- <rank>subspecies</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5873</id>\r
+ <scientific_name>Theileria</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>THEAN</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5874</id>\r
+ <code>THEAN</code>\r
+ <scientific_name>Theileria annulata</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>THEPA</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5875</id>\r
+ <code>THEPA</code>\r
+ <scientific_name>Theileria parva</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Theileria</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5873</id>\r
- <scientific_name>Theileria</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">423054</id>\r
+ <scientific_name>Eimeriorina</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>THEAN</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5874</id>\r
- <code>THEAN</code>\r
- <scientific_name>Theileria annulata</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5806</id>\r
+ <scientific_name>Cryptosporidium</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>CRYHO</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">237895</id>\r
+ <code>CRYHO</code>\r
+ <scientific_name>Cryptosporidium hominis</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>CRYPV</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5807</id>\r
+ <code>CRYPV</code>\r
+ <scientific_name>Cryptosporidium parvum</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THEPA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5875</id>\r
- <code>THEPA</code>\r
- <scientific_name>Theileria parva</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Eimeria & Toxoplasma</name>\r
+ <reference doi="10.1093/molbev/msn213">\r
+ <desc>The Apicomplexan Whole-Genome Phylogeny: An Analysis of Incongruence among Gene Trees</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5802</id>\r
+ <code>EIMTE</code>\r
+ <scientific_name>Eimeria tenella</scientific_name>\r
+ <common_name>Coccidian parasite</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.k-state.edu/parasitology/625tutorials/FIGtenella.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>TOXGO</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5811</id>\r
+ <code>TOXGO</code>\r
+ <scientific_name>Toxoplasma gondii</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">423054</id>\r
- <scientific_name>Eimeriorina</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">431838</id>\r
+ <scientific_name>Intramacronucleata</scientific_name>\r
+ <rank>subphylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5806</id>\r
- <scientific_name>Cryptosporidium</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">6020</id>\r
+ <scientific_name>Oligohymenophorea</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CRYHO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">237895</id>\r
- <code>CRYHO</code>\r
- <scientific_name>Cryptosporidium hominis</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>CRYPV</name>\r
+ <name>PARTE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5807</id>\r
- <code>CRYPV</code>\r
- <scientific_name>Cryptosporidium parvum</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">5888</id>\r
+ <code>PARTE</code>\r
+ <scientific_name>Paramecium tetraurelia</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>Eimeria & Toxoplasma</name>\r
- <reference doi="10.1093/molbev/msn213">\r
- <desc>The Apicomplexan Whole-Genome Phylogeny: An Analysis of Incongruence among Gene Trees</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5802</id>\r
- <code>EIMTE</code>\r
- <scientific_name>Eimeria tenella</scientific_name>\r
- <common_name>Coccidian parasite</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.k-state.edu/parasitology/625tutorials/FIGtenella.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>TOXGO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5811</id>\r
- <code>TOXGO</code>\r
- <scientific_name>Toxoplasma gondii</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6020</id>\r
- <scientific_name>Oligohymenophorea</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>PARTE</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5888</id>\r
- <code>PARTE</code>\r
- <scientific_name>Paramecium tetraurelia</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>TETTH</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5911</id>\r
- <code>TETTH</code>\r
- <scientific_name>Tetrahymena thermophila</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>TETTH</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5911</id>\r
+ <code>TETTH</code>\r
+ <scientific_name>Tetrahymena thermophila</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">1172189</id>\r
+ <scientific_name>Oxytricha trifallax</scientific_name>\r
+ <authority>Stein, 1859</authority>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://centexnaturalist.com/foldermainmenus/sfprotists/folderprotozoans/oxytricha04.gif</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33634</id>\r
- <scientific_name>Stramenopiles</scientific_name>\r
- <authority>Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005</authority>\r
- <synonym>Chromophyta</synonym>\r
- <synonym>heterokonts</synonym>\r
- </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Pelagophyceae & Bacillariophyta & Oomycetes</name>\r
<taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">33634</id>\r
+ <scientific_name>Stramenopiles</scientific_name>\r
+ <authority>Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005</authority>\r
+ <synonym>Chromophyta</synonym>\r
+ <synonym>heterokonts</synonym>\r
</taxonomy>\r
- <reference doi="10.1016/j.protis.2008.11.004">\r
- <desc>Seven Gene Phylogeny of Heterokonts</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
<clade>\r
- <name>Pelagophyceae & Bacillariophyta</name>\r
+ <name>Pelagophyceae & Bacillariophyta & Oomycetes</name>\r
+ <reference doi="10.1016/j.protis.2008.11.004">\r
+ <desc>Seven Gene Phylogeny of Heterokonts</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">2836</id>\r
- <scientific_name>Bacillariophyta</scientific_name>\r
- <common_name>diatoms</common_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Pelagophyceae & Bacillariophyta</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33850</id>\r
- <scientific_name>Bacillariophycidae</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">2836</id>\r
+ <scientific_name>Bacillariophyta</scientific_name>\r
+ <common_name>diatoms</common_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>FRACY</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">186039</id>\r
- <code>FRACY</code>\r
- <scientific_name>Fragilariopsis cylindrus</scientific_name>\r
- <authority>Krieger</authority>\r
- <synonym>Nitzschia cylindrus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.awi.de/fileadmin/user_upload/News/Press_Releases/2012/1._Quartal/000_Fragilariposis_Chloroplasten_GDieckmann_w.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">33850</id>\r
+ <scientific_name>Bacillariophycidae</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>FRACY</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">186039</id>\r
+ <code>FRACY</code>\r
+ <scientific_name>Fragilariopsis cylindrus</scientific_name>\r
+ <authority>Krieger</authority>\r
+ <synonym>Nitzschia cylindrus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.awi.de/fileadmin/user_upload/News/Press_Releases/2012/1._Quartal/000_Fragilariposis_Chloroplasten_GDieckmann_w.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>PHATR</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="eol">912693</id>\r
+ <code>PHATR</code>\r
+ <scientific_name>Phaeodactylum tricornutum</scientific_name>\r
+ <authority>Bohlin</authority>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PHATR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="eol">912693</id>\r
- <code>PHATR</code>\r
- <scientific_name>Phaeodactylum tricornutum</scientific_name>\r
- <authority>Bohlin</authority>\r
+ <id provider="uniprot">35128</id>\r
+ <code>THAPS</code>\r
+ <scientific_name>Thalassiosira pseudonana</scientific_name>\r
+ <authority>Hasle & Heimdal</authority>\r
+ <common_name>Marine diatom</common_name>\r
+ <synonym>Cyclotella nana</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.genomenewsnetwork.org/gnn_images/sequenced_genomes/thalassiosira_pseudonana.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">35128</id>\r
- <code>THAPS</code>\r
- <scientific_name>Thalassiosira pseudonana</scientific_name>\r
- <authority>Hasle & Heimdal</authority>\r
- <common_name>Marine diatom</common_name>\r
- <synonym>Cyclotella nana</synonym>\r
+ <id provider="eol">912461</id>\r
+ <code>AURAN</code>\r
+ <scientific_name>Aureococcus anophagefferens</scientific_name>\r
+ <authority>Hargraves & Sieburth</authority>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.genomenewsnetwork.org/gnn_images/sequenced_genomes/thalassiosira_pseudonana.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="eol">912461</id>\r
- <code>AURAN</code>\r
- <scientific_name>Aureococcus anophagefferens</scientific_name>\r
- <authority>Hargraves & Sieburth</authority>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">4783</id>\r
+ <scientific_name>Phytophthora</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4787</id>\r
+ <code>PHYIN</code>\r
+ <scientific_name>Phytophthora infestans</scientific_name>\r
+ <authority>(Mont.) de Bary 1876</authority>\r
+ <common_name>Potato late blight fungus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://bioweb.uwlax.edu/bio203/s2007/benrud_jaco/index_files/image4901.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">164328</id>\r
+ <code>PHYRM</code>\r
+ <scientific_name>Phytophthora ramorum</scientific_name>\r
+ <common_name>Sudden oak death agent</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">67593</id>\r
+ <code>PHYSO</code>\r
+ <scientific_name>Phytophthora sojae</scientific_name>\r
+ <common_name>Soybean stem and root rot agent</common_name>\r
+ <synonym>Phytophthora megasperma f. sp. glycines</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Physo1_1/pramorum.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4783</id>\r
- <scientific_name>Phytophthora</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">33674</id>\r
+ <scientific_name>Thraustochytriaceae</scientific_name>\r
+ <synonym>Thraustochytriales</synonym>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">4787</id>\r
- <code>PHYIN</code>\r
- <scientific_name>Phytophthora infestans</scientific_name>\r
- <authority>(Mont.) de Bary 1876</authority>\r
- <common_name>Potato late blight fungus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://bioweb.uwlax.edu/bio203/s2007/benrud_jaco/index_files/image4901.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">164328</id>\r
- <code>PHYRM</code>\r
- <scientific_name>Phytophthora ramorum</scientific_name>\r
- <common_name>Sudden oak death agent</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">702273</id>\r
+ <code>AKEXX</code>\r
+ <scientific_name>Aplanochytrium kerguelense PBS07</scientific_name>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/91/Aplanolm.jpg/120px-Aplanolm.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">67593</id>\r
- <code>PHYSO</code>\r
- <scientific_name>Phytophthora sojae</scientific_name>\r
- <common_name>Soybean stem and root rot agent</common_name>\r
- <synonym>Phytophthora megasperma f. sp. glycines</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/Physo1_1/pramorum.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">876976</id>\r
+ <code>SAGXX</code>\r
+ <scientific_name>Schizochytrium aggregatum ATCC 28209</scientific_name>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Schag1/120124-ATCC28209-22.JPG</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">543769</id>\r
+ <scientific_name>Rhizaria</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33674</id>\r
- <scientific_name>Thraustochytriaceae</scientific_name>\r
- <synonym>Thraustochytriales</synonym>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">71427</id>\r
+ <scientific_name>Allogromia laticollaris</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://forambarcoding.unige.ch/system/pictures/424/s600/A.laticollaris1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">227086</id>\r
+ <code>BIGNA</code>\r
+ <scientific_name>Bigelowiella natans</scientific_name>\r
+ <synonym>Chlorarachnion sp. (strain CCMP621)</synonym>\r
+ <synonym>Pedinomonas minutissima</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi.doe.gov/Bigna1/Bigna1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">702273</id>\r
- <code>AKEXX</code>\r
- <scientific_name>Aplanochytrium kerguelense PBS07</scientific_name>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/91/Aplanolm.jpg/120px-Aplanolm.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">876976</id>\r
- <code>SAGXX</code>\r
- <scientific_name>Schizochytrium aggregatum ATCC 28209</scientific_name>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Schag1/120124-ATCC28209-22.JPG</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<reference doi="10.1038/nature04546">\r
</reference>\r
<clade>\r
- <name>Kinetoplastida_Heterolobosea</name>\r
+ <name>Kinetoplastida & Heterolobosea</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5654</id>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">554296</id>\r
+ <scientific_name>Apusozoa</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1016/j.protis.2008.06.002">\r
+ <desc>Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov</desc>\r
+ </reference>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">554453</id>\r
+ <scientific_name>Planomonas micra</scientific_name>\r
+ <authority>(Cavalier-Smith, 2008) Heiss, Walker & Simpson 2010</authority>\r
+ <synonym>Apusomonadidae sp. micra</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">529818</id>\r
+ <code>TTRXX</code>\r
+ <scientific_name>Thecamonas trahens</scientific_name>\r
+ <authority>Larsen & Patterson 1990</authority>\r
+ <synonym>Amastigomonas trahens</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://bioinformatica.upf.edu/2011/projectes11/Cx/images/pro_t_tra.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<name>Chloroflexi & Actinobacteria</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">200795</id>\r
- <scientific_name>Chloroflexi</scientific_name>\r
- <common_name>GNS bacteria</common_name>\r
- <synonym>Thermomicrobia</synonym>\r
- <rank>phylum</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">32061</id>\r
- <scientific_name>Chloroflexi (class)</scientific_name>\r
- <synonym>Chloroflecales</synonym>\r
- <synonym>Chloroflexus/Deinococcus group</synonym>\r
- <rank>class</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>b_122</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">1106</id>\r
- <scientific_name>Chloroflexaceae</scientific_name>\r
- <common_name>filamentous anoxygenic phototrophic bacteria</common_name>\r
- <rank>family</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>CHLAU</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">1108</id>\r
- <code>CHLAU</code>\r
- <scientific_name>Chloroflexus aurantiacus</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">383372</id>\r
- <code>ROSCS</code>\r
- <scientific_name>Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8)</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>HERAU</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">65</id>\r
- <code>HERAU</code>\r
- <scientific_name>Herpetosiphon aurantiacus</scientific_name>\r
- <synonym>Herpetosiphon giganteus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">479434</id>\r
- <code>SPHTD</code>\r
- <scientific_name>Sphaerobacter thermophilus (strain DSM 20745 / S 6022)</scientific_name>\r
- <rank>strain</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
<id provider="uniprot">201174</id>\r
<scientific_name>Actinobacteria</scientific_name>\r
<rank>phylum</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">1032480</id>\r
+ <code>MICPN</code>\r
+ <scientific_name>Microlunatus phosphovorus (strain ATCC 700054 / DSM 10555 / JCM 9379 / NBRC 101784 / NCIMB 13414 / VKM Ac-1990 / NM-1)</scientific_name>\r
+ <common_name>Microlunatus phosphovorus NM-1</common_name>\r
+ <rank>strain</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
<name>STRCO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1902</id>\r
<scientific_name>Thermobifida fusca (strain YX)</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">1032480</id>\r
- <code>MICPN</code>\r
- <scientific_name>Microlunatus phosphovorus (strain ATCC 700054 / DSM 10555 / JCM 9379 / NBRC 101784 / NCIMB 13414 / VKM Ac-1990 / NM-1)</scientific_name>\r
- <common_name>Microlunatus phosphovorus NM-1</common_name>\r
- <rank>strain</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">200795</id>\r
+ <scientific_name>Chloroflexi</scientific_name>\r
+ <common_name>GNS bacteria</common_name>\r
+ <synonym>Thermomicrobia</synonym>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">32061</id>\r
+ <scientific_name>Chloroflexi (class)</scientific_name>\r
+ <synonym>Chloroflecales</synonym>\r
+ <synonym>Chloroflexus/Deinococcus group</synonym>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>b_122</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">1106</id>\r
+ <scientific_name>Chloroflexaceae</scientific_name>\r
+ <common_name>filamentous anoxygenic phototrophic bacteria</common_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <name>CHLAU</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">1108</id>\r
+ <code>CHLAU</code>\r
+ <scientific_name>Chloroflexus aurantiacus</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">383372</id>\r
+ <code>ROSCS</code>\r
+ <scientific_name>Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8)</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <name>HERAU</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">65</id>\r
+ <code>HERAU</code>\r
+ <scientific_name>Herpetosiphon aurantiacus</scientific_name>\r
+ <synonym>Herpetosiphon giganteus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">479434</id>\r
+ <code>SPHTD</code>\r
+ <scientific_name>Sphaerobacter thermophilus (strain DSM 20745 / S 6022)</scientific_name>\r
+ <rank>strain</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<name>b_132</name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">452659</id>\r
- <code>RICRO</code>\r
- <scientific_name>Rickettsia rickettsii (strain Iowa)</scientific_name>\r
- <rank>strain</rank>\r
+ <id provider="uniprot">391896</id>\r
+ <code>RICB8</code>\r
+ <scientific_name>Rickettsia bellii (strain OSU 85-389)</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">391896</id>\r
- <code>RICB8</code>\r
- <scientific_name>Rickettsia bellii (strain OSU 85-389)</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">452659</id>\r
+ <code>RICRO</code>\r
+ <scientific_name>Rickettsia rickettsii (strain Iowa)</scientific_name>\r
+ <rank>strain</rank>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r