JAL-3035 more das bits removed
authorgmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Wed, 6 Mar 2019 15:49:46 +0000 (15:49 +0000)
committergmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Wed, 6 Mar 2019 15:49:46 +0000 (15:49 +0000)
help/html/features/das.gif [deleted file]
help/html/features/exportannot.gif [deleted file]
help/html/features/search.gif [deleted file]
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/bin/Jalview.java
src/jalview/ws/DBRefFetcher.java

diff --git a/help/html/features/das.gif b/help/html/features/das.gif
deleted file mode 100644 (file)
index 1f884cb..0000000
Binary files a/help/html/features/das.gif and /dev/null differ
diff --git a/help/html/features/exportannot.gif b/help/html/features/exportannot.gif
deleted file mode 100644 (file)
index 2133cc1..0000000
Binary files a/help/html/features/exportannot.gif and /dev/null differ
diff --git a/help/html/features/search.gif b/help/html/features/search.gif
deleted file mode 100755 (executable)
index 1c0ffb0..0000000
Binary files a/help/html/features/search.gif and /dev/null differ
index ae5b0e7..a23bc00 100644 (file)
@@ -118,10 +118,8 @@ action.select = Select
 action.new_view = New View
 action.close = Close
 action.add = Add
-action.save_as_default = Save as default
 action.save_as = Save as...
 action.save = Save
-action.cancel_fetch = Cancel Fetch
 action.change_font = Change Font
 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
 action.colour = Colour
@@ -140,7 +138,6 @@ action.fetch_db_references = Fetch DB References
 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
 label.structures_manager = Structures Manager
-label.nickname = Nickname:
 label.url = URL
 label.url\: = URL:
 label.input_file_url = Enter URL or Input File
@@ -162,7 +159,6 @@ label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
 label.service_action = Service Action:
 label.post_url = POST URL:
 label.url_suffix = URL Suffix
-label.sequence_source = Sequence Source
 label.per_seq = per Sequence
 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
 label.amend = Amend
@@ -353,7 +349,6 @@ label.status = Status
 label.channels = Channels
 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
-label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
 label.session_update = Session Update
 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
@@ -371,7 +366,6 @@ label.load_colours = Load Colours
 label.save_colours = Save Colours
 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
-label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
 label.database_param = Database: {0}
 label.example = Example
@@ -409,9 +403,6 @@ label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied.
 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
 label.error_parsing_text = Error parsing text
-label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
-label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
-label.public_das_source = Public DAS source - not editable
 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
 label.input_alignment = Input Alignment
 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
@@ -428,8 +419,6 @@ label.invalid_url = Invalid URL !
 label.error_loading_file = Error loading file
 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
 label.file_open_error = File open error
-label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
-label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
@@ -622,7 +611,6 @@ label.visual = Visual
 label.connections = Connections
 label.output = Output
 label.editing = Editing
-label.das_settings = DAS Settings
 label.web_services = Web Services
 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
@@ -638,10 +626,6 @@ label.delete_service_url = Delete Service URL
 label.details = Details
 label.options = Options
 label.parameters = Parameters
-label.available_das_sources = Available DAS Sources
-label.full_details = Full Details
-label.authority = Authority
-label.type = Type
 label.proxy_server = Proxy Server
 label.file_output = File Output
 label.select_input_type = Select input type
@@ -710,9 +694,6 @@ label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
 label.add_sequences = Add Sequences
 label.new_window = New Window
 label.split_window = Split Window
-label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
-label.use_registry = Use Registry
-label.add_local_source = Add Local Source
 label.set_as_default = Set as Default
 label.show_labels = Show labels
 action.background_colour = Background Colour...
@@ -853,7 +834,6 @@ label.multiharmony = Multi-Harmony
 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
 label.prompt_each_time = Prompt each time
-label.use_source = Use Source
 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
@@ -879,7 +859,6 @@ label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User C
 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
 label.save_features_to_file = Save Features to File
 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
-label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
 label.save_pdb_file = Save PDB File
 label.save_text_to_file = Save Text to File
 label.save_state = Save State
@@ -1079,8 +1058,6 @@ exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config
 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
-exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
-exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
@@ -1135,10 +1112,6 @@ status.parsing_results = Parsing results.
 status.processing = Processing...
 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
 status.collecting_job_results = Collecting job results.
-status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
-status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
-status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
-status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
@@ -1161,8 +1134,6 @@ warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
 label.test_server = Test Server?
-info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
-label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
@@ -1299,7 +1270,6 @@ label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
 label.urllinks = Links
-label.default_cache_size = Default Cache Size
 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
 label.togglehidden = Show hidden regions
 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
index 555977d..f04a139 100644 (file)
@@ -115,10 +115,8 @@ action.select = Seleccionar
 action.new_view = Nueva vista
 action.close = Cerrar
 action.add = Añadir
-action.save_as_default = Guardar como por defecto
 action.save_as = Guardar como
 action.save = Guardar
-action.cancel_fetch = Cancelar búsqueda
 action.change_font = Cambiar Fuente
 action.change_font_tree_panel = Cambiar fuente (panel del árbol)
 action.colour = Color
@@ -137,7 +135,6 @@ action.fetch_db_references = Recuperar referencias a base de datos
 action.view_flanking_regions = Mostrar flancos
 label.view_flanking_regions = Mostrar los datos de la secuencia a ambos lados de las subsecuencias implicadas en este alineamiento
 label.structures_manager = Administrar estructuras
-label.nickname = Sobrenombre:
 label.url\: = URL:
 label.url = URL 
 label.input_file_url = Introducir URL en el fichero de entrada
@@ -159,7 +156,6 @@ label.current_parameter_set_name = Nombre actual del conjunto de par
 label.service_action = Acción de servicio:
 label.post_url = POST URL: 
 label.url_suffix = URL Sufijo
-label.sequence_source = Fuente de la secuencia
 label.per_seq = por secuencia
 label.result_vertically_separable = Los resultados son separables verticalmente
 label.amend = Modificar
@@ -322,7 +318,6 @@ label.status =  [Estado]
 label.channels = Canales
 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
-label.select_das_service_from_table = Seleccionar servicio DAS de la tabla para leer una descripción completa aquí.
 label.session_update = Actualizar sesión
 label.new_vamsas_session = Nueva sesión Vamsas
 action.save_vamsas_session = Guardar Sesión Vamsas
@@ -339,7 +334,6 @@ label.load_colours = Cargar colores
 label.save_colours = Guardar colores
 label.load_colours_tooltip = Cargar colores y filtros desde fichero
 label.save_colours_tooltip = Guardar colores y filtros en fichero
-label.fetch_das_features = Recuperar funciones DAS
 label.selected_database_to_fetch_from = Seleccionada {0} Base de datos {1} para buscar de {2} 
 label.database_param = Base de datos: {0}
 label.example = Ejemplo
@@ -376,9 +370,6 @@ label.couldnt_find_pdb_id_in_file = No se pudo encontrar un Id PDB en el fichero
 label.no_pdb_id_in_file = No hay un Id PDB en el fichero
 label.couldnt_read_pasted_text = No se pudo leer el texto pegado {0}
 label.error_parsing_text = Error analizando el texto
-label.enter_local_das_source = Intruduzca el Nickname & URL de la fuente DAS local
-label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = Sólo puedes editar o eliminar fuentes DAS locales!
-label.public_das_source = Fuente pública DAS - no editable
 label.input_alignment_from_url = Alineamiento de entrada desde URL
 label.input_alignment = Alineamiento de entrada
 label.couldnt_import_as_vamsas_session = No se pudo importar {0} como una nueva sesión Vamsas.
@@ -395,8 +386,6 @@ label.invalid_url = URL Invalido!
 label.error_loading_file = Error al cargar el fichero
 label.problems_opening_file = Encontrados problemas al abrir el fichero {0}!!
 label.file_open_error = Error al abrir el fichero
-label.no_das_sources_selected_warn = No han sido seleccionadas fuentes DAS.\nPor favor, seleccione algunas fuentes y\npruebe de nuevo.
-label.no_das_sources_selected_title = No han sido seleccionadas fuentes DAS
 label.colour_scheme_exists_overwrite = El esquema de colores {0} ya existe.\nContinuar guardando el esquema de colores como {1}?
 label.duplicate_scheme_name = Duplicar nombre de esquema
 label.jalview_new_questionnaire = Hay un nuevo cuestionario disponible. Querr\u00EDa completarlo ahora ?\n
@@ -577,7 +566,6 @@ label.visual = Visual
 label.connections = Conexiones
 label.output = Salida
 label.editing = Edición
-label.das_settings = Configuración DAS
 label.web_services = Servicios web
 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Haga clic en el botón derecho para editar el parámetro seleccionado actualmente.
 label.let_jmol_manage_structure_colours = Permitir que Jmol gestione la estructuras cromáticas
@@ -590,10 +578,6 @@ label.delete_service_url = Borrar la URL del servicio
 label.details = Detalles
 label.options = Opciones
 label.parameters = Paramétros
-label.available_das_sources = Fuentes DAS disponibles
-label.full_details = Detalles completos
-label.authority = Autoridad
-label.type = Tipo
 label.proxy_server = Servidor proxy
 label.file_output = Fichero de salida
 label.select_input_type = Seleccionar el tipo de entrada
@@ -656,10 +640,6 @@ label.get_cross_refs = Obtener referencias cruzadas
 label.sort_alignment_new_tree = Alinear el alineamiento con el nuevo árbol
 label.add_sequences = Añadir secuencias
 label.new_window = Nueva ventana
-label.refresh_available_sources = Refrescar las fuentes disponibles
-label.use_registry = Utilizar el registro
-label.add_local_source = Añadir fuente local
-label.set_as_default = Establecer por defecto
 label.show_labels = Mostrar etiquetas
 label.associate_nodes_with = Asociar nodos con
 label.link_name = Nombre del enalce
@@ -778,7 +758,6 @@ label.multiharmony = Multi-Harmony
 label.unable_start_web_service_analysis = No es posible iniciar el servicio web de análisis
 label.job_couldnt_be_started_check_input = El trabajo no puede arrancarse. Por favor, compruebe los parámetros de entrada y los mensajes de advertencia de la consola de Jalview.
 label.prompt_each_time = Preguntar siempre
-label.use_source = Fuente
 label.couldnt_save_project = No es posible guardar el proyecto
 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error mientras se guardaba el estado a {0}
 label.error_whilst_loading_project_from = Error cargando el proyecto desde  {0}
@@ -804,7 +783,6 @@ label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Propietario no soportado par
 label.save_alignment_to_file = Guardar Alineamiento en fichero
 label.save_features_to_file = Guardar Características en un fichero
 label.save_annotation_to_file = Guardar Anotación en un fichero
-label.no_features_on_alignment = No se han encontrado características en el alineamiento
 label.save_pdb_file = Guardar fichero PDB 
 label.save_text_to_file = Guardar Texto en un fichero
 label.save_state = Guardar estado
@@ -1004,8 +982,6 @@ exception.unable_to_create_internet_config = Imposible crear una instancia de co
 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException mientras se invocaba openURL: {0}
 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException mientras se invocaba openURL: {0}
 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException mientras se lanzaba el navegador: {0}
-exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = La fuente {0} no soporta el comando sequence.
-exception.invalid_das_source = Fuente DAS no válida: {0}
 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = La recuperación de datos EBI EMBL XML ha fallado en {0}:{1}
 exception.no_pdb_records_for_chain = No se han encontrado registros {0} para la cadena {1}
 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Excepcion inesperada cuando se traducían a RNAML los datos PDB
@@ -1057,10 +1033,6 @@ status.parsing_results = Parseando resultados.
 status.processing = Procesando...
 status.refreshing_web_service_menus = Refrescando los menús de servicios web
 status.collecting_job_results = Recolectando los resultados de los trabajos.
-status.fetching_das_sequence_features = Recuperando las características DAS de las secuencias
-status.no_das_sources_active = No existe ninguna fuente DAS activa
-status.das_feature_fetching_cancelled = Recuperación de características DAS cancelada
-status.das_feature_fetching_complete = Recuperación de características DAS completada
 status.fetching_db_refs = Recuperando db refs
 label.font_doesnt_have_letters_defined = La fuente no tiene letras definidas\npor lo que no puede emplease\ncon datos de alineamientos
 label.font_too_small = Tamaño de la letra es demasiado pequeña
@@ -1077,8 +1049,6 @@ warn.server_didnt_pass_validation = El servicio no ha pasado la validaci\u00F3n.
 warn.url_must_contain = La URL de la secuencia debe contener $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$ o un regex
 info.validate_jabaws_server = \u00BFValidar el servidor JabaWS?\n(Consulte la consola de salida para obtener los resultados)
 label.test_server = ¿Probar servidor?
-info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = \u00BFDesea que Jalview encuentre\nUniprot Accession ids para los nombres de secuencias dados?
-label.find_uniprot_accession_ids = Buscar Uniprot Accession Ids
 label.new_sequence_fetcher = Añadir recuperador de secuencias
 label.additional_sequence_fetcher = Recuperador de secuencia adicional
 label.select_database_retrieval_source = Seleccionar fuente de recuperación de bases de datos
@@ -1300,7 +1270,6 @@ label.edit_sequence_url_link = Editar link de secuencia URL
 warn.name_cannot_be_duplicate = Los nombres URL definidos por el usuario deben ser únicos y no pueden ser ids de MIRIAM
 label.output_seq_details = Seleccionar Detalles de la secuencia para ver todas
 label.urllinks = Enlaces
-label.default_cache_size = Tamaño del caché por defecto
 action.clear_cached_items = Borrar elementos en caché
 label.quality_descr = Calidad de alineamiento basándose en puntuación Blosum62
 label.conservation_descr = Conservación del alineamiento total menos de {0}% huecos
index cd7d1af..c7738da 100755 (executable)
@@ -828,9 +828,6 @@ public class Jalview
                     // (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are
                     // passed in correctly)"
                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
-                    + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
-                    + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
-                    + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
                     // +
                     // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new
index 061e70c..5dbb6c4 100644 (file)
@@ -754,8 +754,6 @@ public class DBRefFetcher implements Runnable
         // and remove it from the rest
         // TODO: decide if we should remove annotated sequence from set
         sdataset.remove(sequence);
-        // TODO: should we make a note of sequences that have received new DB
-        // ids, so we can query all enabled DAS servers for them ?
       }
     }
     return modified;