Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3
authorJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Mon, 13 Nov 2023 17:19:45 +0000 (17:19 +0000)
committerJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Mon, 13 Nov 2023 17:19:45 +0000 (17:19 +0000)
101 files changed:
build.gradle
gradle.properties
j11lib/Jmol-NO_LOG4J-16.1.43.jar [moved from j8lib/Jmol-NO_LOG4J-14.31.53.jar with 59% similarity]
j8lib/Jmol-NO_LOG4J-16.1.43.jar [moved from j11lib/Jmol-NO_LOG4J-14.31.53.jar with 59% similarity]
src/jalview/bin/Commands.java
src/jalview/bin/Jalview.java
src/jalview/bin/JalviewJS2.java
src/jalview/bin/argparser/ArgParser.java
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
src/jalview/gui/CrossRefAction.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
src/jalview/gui/PCAPanel.java
src/jalview/gui/SeqPanel.java
src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
src/jalview/gui/StructureChooser.java
src/jalview/gui/StructureViewerBase.java
src/jalview/gui/WsPreferences.java
src/jalview/io/HTMLOutput.java
src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
src/jalview/util/IdUtils.java [new file with mode: 0644]
src/jalview/util/Platform.java
src/jalview/util/StringUtils.java
src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
src/jalview/ws/jws2/AbstractJabaCalcWorker.java
src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
swingjs/SwingJS-site.zip
swingjs/differences.txt
swingjs/net.sf.j2s.core-j11.jar
swingjs/net.sf.j2s.core.jar
swingjs/timestamp
swingjs/ver/3.2.10-j11/DEV_NOTES.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10-j11/SwingJS-site.zip [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10-j11/_j2sclasslist.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10-j11/differences.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10-j11/timestamp [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10/DEV_NOTES.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10/SwingJS-site.zip [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10/_j2sclasslist.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10/differences.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10/net.sf.j2s.core.jar [deleted file]
swingjs/ver/3.2.10/timestamp [deleted file]
swingjs/ver/3.2.5/DEV_NOTES.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.5/SwingJS-site.zip [deleted file]
swingjs/ver/3.2.5/_j2sclasslist.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.5/differences.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.5/net.sf.j2s.core.jar [deleted file]
swingjs/ver/3.2.5/timestamp [deleted file]
swingjs/ver/3.2.7/DEV_NOTES.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.7/SwingJS-site.zip [deleted file]
swingjs/ver/3.2.7/_j2sclasslist.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.7/net.sf.j2s.core.jar [deleted file]
swingjs/ver/3.2.7/timestamp [deleted file]
swingjs/ver/3.2.8/DEV_NOTES.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.8/SwingJS-site.zip [deleted file]
swingjs/ver/3.2.8/_j2sclasslist.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.8/net.sf.j2s.core.jar [deleted file]
swingjs/ver/3.2.8/timestamp [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9-j11/DEV_NOTES.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9-j11/SwingJS-site.zip [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9-j11/_j2sclasslist.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9-j11/differences.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9-j11/timestamp [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9/DEV_NOTES.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9/SwingJS-site.zip [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9/_j2sclasslist.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9/differences.txt [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9/net.sf.j2s.core.jar [deleted file]
swingjs/ver/3.2.9/timestamp [deleted file]
swingjs/ver/3.3.1-j11/SwingJS-site.zip
swingjs/ver/3.3.1-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar
swingjs/ver/3.3.1-j11/timestamp
swingjs/ver/3.3.1/SwingJS-site.zip
swingjs/ver/3.3.1/differences.txt
swingjs/ver/3.3.1/net.sf.j2s.core.jar
swingjs/ver/3.3.1/timestamp
swingjs/ver/pre-long/DEV_NOTES.txt [deleted file]
swingjs/ver/pre-long/README-pre-long.txt [deleted file]
swingjs/ver/pre-long/SwingJS-site.zip [deleted file]
swingjs/ver/pre-long/_j2sclasslist.txt [deleted file]
swingjs/ver/pre-long/differences.txt [deleted file]
swingjs/ver/pre-long/net.sf.j2s.core.jar [deleted file]
swingjs/ver/pre-long/timestamp [deleted file]
test/jalview/util/StringUtilsTest.java
tools/closure-compiler-v20230802.jar [new file with mode: 0644]
tools/closure_compiler.jar [deleted file]
utils/jalviewjs/_j2sclasslist.txt
utils/jalviewjs/chromium_test/jalview_bin_Jalview-stderr.html
utils/jalviewjs/classlists/jalview.txt [deleted file]
utils/jalviewjs/classlists/jvexamplefile.txt [deleted file]
utils/jalviewjs/coretemplate.html
utils/jalviewjs/libjs/Jmol-SwingJS.zip [new file with mode: 0644]
utils/jalviewjs/libjs/jmol-app.zip [deleted file]
utils/jalviewjs/site-resources/examples/exampleFile_2_7.jar [new file with mode: 0644]
utils/jalviewjs/site-resources/images/jv.gif [new file with mode: 0644]
utils/jalviewjs/site-resources/jalview_bin_Jalview-namespace.html [new file with mode: 0644]
utils/jalviewjs/site-resources/jalview_bin_JalviewJS_core.html
utils/jalviewjs/some_commands.txt [new file with mode: 0644]
utils/jalviewjs/template.html

index 011be67..fb1a83b 100644 (file)
@@ -563,6 +563,7 @@ ext {
   }
   jalviewjsTransferSiteLibDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib")
   jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs")
+  jalviewjsTransferSiteMergeDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_merge")
   jalviewjsTransferSiteCoreDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core")
   jalviewjsJalviewCoreHtmlFile = string("")
   jalviewjsJalviewCoreName = string(jalviewjs_core_name)
@@ -3409,13 +3410,27 @@ task jalviewjsTransferUnzipSwingJs {
 
 
 task jalviewjsTransferUnzipLib {
-  def zipFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_libjs_dir}", include: "*.zip")
+  def zipFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_libjs_dir}", include: "*.zip").sort()
 
   doLast {
     zipFiles.each { file_zip -> 
       copy {
         from zipTree(file_zip)
         into "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
+
+        // The following replace() is needed due to a mismatch in Jmol calls to
+        // colorPtToFFRGB$javajs_util_T3d when only colorPtToFFRGB$javajs_util_T3 is defined
+        // in the SwingJS.zip (github or the one distributed with JSmol)
+        if (file_zip.getName().equals("Jmol-SwingJS.zip")) {
+          filter { line ->
+            def l = ""
+            while(!line.equals(l)) {
+              line = line.replace('colorPtToFFRGB$javajs_util_T3d', 'colorPtToFFRGB$javajs_util_T3')
+              l = line
+            }
+            return line
+          }
+        }
       }
     }
   }
@@ -3426,8 +3441,8 @@ task jalviewjsTransferUnzipLib {
 
 
 task jalviewjsTransferUnzipAllLibs {
-  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
   dependsOn jalviewjsTransferUnzipLib
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
 }
 
 
@@ -3485,7 +3500,7 @@ task jalviewjsSyncAllLibs (type: Sync) {
     include "**"
   }
 
-  // should this be exclude really ?
+  // should this be exclude really ? No, swingjs dir should be transferred last (and overwrite)
   duplicatesStrategy "INCLUDE"
 
   outputs.files outputFiles
@@ -3677,6 +3692,71 @@ DEBUG: ${eclipseDebug}
 }
 
 
+task jalviewjsTranserSiteMergeLibDirs (type: Sync) {
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipAllLibs
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
+  dependsOn jalviewjsTranspile
+
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}")
+  // merge swingjs lib last
+  inputFiles += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}")
+
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteMergeDir}"
+
+  from inputFiles
+  into outputDir
+  def outputFiles = []
+  rename { filename ->
+    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
+    null
+  }
+
+  exclude "**/*.html"
+  exclude "**/*.htm"
+
+  // should this be exclude really ? No, swingjs dir should be transferred last (and overwrite)
+  duplicatesStrategy "INCLUDE"
+
+  outputs.files outputFiles
+  inputs.files inputFiles
+}
+
+
+task jalviewjsTranserSiteMergeSwingDir (type: Sync) {
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipAllLibs
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
+  dependsOn jalviewjsTranspile
+
+  // merge jalview files very last
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}")
+
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteMergeDir}"
+
+  from inputFiles
+  into outputDir
+  def outputFiles = []
+  rename { filename ->
+    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
+    null
+  }
+  preserve {
+    include "**"
+  }
+
+  // should this be exclude really ? No, jalview dir should be transferred last (and overwrite)
+  duplicatesStrategy "INCLUDE"
+
+  outputs.files outputFiles
+  inputs.files inputFiles
+}
+
+
+task jalviewjsTranserSiteMergeDirs {
+  dependsOn jalviewjsTranserSiteMergeLibDirs
+  dependsOn jalviewjsTranserSiteMergeSwingDir
+}
+
+
 def jalviewjsCallCore(String name, FileCollection list, String prefixFile, String suffixFile, String jsfile, String zjsfile, File logOutFile, Boolean logOutConsole) {
 
   def stdout = new ByteArrayOutputStream()
@@ -3691,6 +3771,7 @@ def jalviewjsCallCore(String name, FileCollection list, String prefixFile, Strin
 
   def coreTop = file(prefixFile)
   def coreBottom = file(suffixFile)
+  def missingFiles = []
   coreFile.getParentFile().mkdirs()
   coreFile.createNewFile()
   coreFile.write( coreTop.getText("UTF-8") )
@@ -3704,6 +3785,7 @@ def jalviewjsCallCore(String name, FileCollection list, String prefixFile, Strin
       msg = "...file '"+f.getPath()+"' does not exist, skipping"
       println(msg)
       logOutFile.append(msg+"\n")
+      missingFiles += f
     }
   }
   coreFile.append( coreBottom.getText("UTF-8") )
@@ -3718,7 +3800,7 @@ def jalviewjsCallCore(String name, FileCollection list, String prefixFile, Strin
     classpath = files(["${jalviewDir}/${jalviewjs_closure_compiler}"])
     main = "com.google.javascript.jscomp.CommandLineRunner"
     jvmArgs = [ "-Dfile.encoding=UTF-8" ]
-    args = [ "--compilation_level", "SIMPLE_OPTIMIZATIONS", "--warning_level", "QUIET", "--charset", "UTF-8", "--js", jsfile, "--js_output_file", zjsfile ]
+    args = [ "--compilation_level", jalviewjs_closure_compiler_optimization_level, "--warning_level", "QUIET", "--charset", "UTF-8", "--js", jsfile, "--js_output_file", zjsfile ]
     maxHeapSize = "2g"
 
     msg = "\nRunning '"+commandLine.join(' ')+"'\n"
@@ -3746,6 +3828,11 @@ def jalviewjsCallCore(String name, FileCollection list, String prefixFile, Strin
     }
   }
   msg = "--"
+  if (missingFiles.size() > 0) {
+    msg += "\n!!! These files were listed but missing:\n"
+    missingFiles.each { file -> msg += "!!!  " + file.getPath() + "\n" }
+    msg = "--"
+  }
   println(msg)
   logOutFile.append(msg+"\n")
 }
@@ -3754,13 +3841,12 @@ def jalviewjsCallCore(String name, FileCollection list, String prefixFile, Strin
 task jalviewjsBuildAllCores {
   group "JalviewJS"
   description "Build the core js lib closures listed in the classlists dir"
-  dependsOn jalviewjsTranspile
-  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
+  dependsOn jalviewjsTranserSiteMergeDirs
 
-  def j2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
-  def swingJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
-  def libJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
-  def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
+  def j2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteMergeDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
+  def swingJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteMergeDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
+  def libJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteMergeDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
+  def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteMergeDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
   def prefixFile = "${jsDir}/core/coretop2.js"
   def suffixFile = "${jsDir}/core/corebottom2.js"
@@ -3821,19 +3907,6 @@ task jalviewjsBuildAllCores {
     outputs.file(zjsfile)
   }
   
-  // _stevesoft core. add any cores without a classlist here (and the inputs and outputs)
-  def stevesoftClasslistName = "_stevesoft"
-  def stevesoftClasslist = [
-    'jsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.js",
-    'zjsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.z.js",
-    'list': fileTree(dir: j2sDir, include: "com/stevesoft/pat/**/*.js"),
-    'name': stevesoftClasslistName
-  ]
-  jalviewjsCoreClasslists += stevesoftClasslist
-  inputs.files(stevesoftClasslist['list'])
-  outputs.file(stevesoftClasslist['jsfile'])
-  outputs.file(stevesoftClasslist['zjsfile'])
-
   // _all core
   def allClasslistName = "_all"
   def allJsFiles = fileTree(dir: j2sDir, include: "**/*.js")
@@ -3910,6 +3983,7 @@ def jalviewjsPublishCoreTemplate(String coreName, String templateName, File inpu
 
 task jalviewjsPublishCoreTemplates {
   dependsOn jalviewjsBuildAllCores
+
   def inputFileName = "${jalviewDir}/${j2s_coretemplate_html}"
   def inputFile = file(inputFileName)
   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
@@ -3934,6 +4008,7 @@ task jalviewjsPublishCoreTemplates {
 task jalviewjsSyncCore (type: Sync) {
   dependsOn jalviewjsBuildAllCores
   dependsOn jalviewjsPublishCoreTemplates
+
   def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}")
   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 
@@ -3953,8 +4028,18 @@ task jalviewjsSyncCore (type: Sync) {
 
 
 // this Copy version of TransferSiteJs will delete anything else in the target dir
+task jalviewjsCopyTransferSiteMergeDir(type: Copy) {
+  dependsOn jalviewjsTranserSiteMergeDirs
+
+  from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteMergeDir}"
+  into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
+}
+
+
+// this Copy version of TransferSiteJs will delete anything else in the target dir
 task jalviewjsCopyTransferSiteJs(type: Copy) {
   dependsOn jalviewjsTranspile
+
   from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
   into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 }
@@ -3985,7 +4070,7 @@ jalviewjsSyncBuildProperties.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
 task jalviewjsPrepareSite {
   group "JalviewJS"
   description "Prepares the website folder including unzipping files and copying resources"
-  dependsOn jalviewjsSyncAllLibs
+  //dependsOn jalviewjsSyncAllLibs // now using jalviewjsCopyTransferSiteMergeDir
   dependsOn jalviewjsSyncResources
   dependsOn jalviewjsSyncSiteResources
   dependsOn jalviewjsSyncBuildProperties
@@ -3996,7 +4081,7 @@ task jalviewjsPrepareSite {
 task jalviewjsBuildSite {
   group "JalviewJS"
   description "Builds the whole website including transpiled code"
-  dependsOn jalviewjsCopyTransferSiteJs
+  dependsOn jalviewjsCopyTransferSiteMergeDir
   dependsOn jalviewjsPrepareSite
 }
 
@@ -4326,12 +4411,14 @@ task jalviewjsLaunchTest {
       execStdout = stdout
       execStderr = stderr
     }
-    def execArgs = [
+    // macOS not running properly with timeout arguments
+    def execArgs = macOS ? [] : [
+      "--virtual-time-budget=${timeoutms}",
+    ]
+    execArgs += [
       "--no-sandbox", // --no-sandbox IS USED BY THE THORIUM APPIMAGE ON THE BUILDSERVER
       "--headless=new",
       "--disable-gpu",
-      "--timeout=${timeoutms}",
-      "--virtual-time-budget=${timeoutms}",
       "--user-data-dir=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_chromium_user_dir}",
       "--profile-directory=${jalviewjs_chromium_profile_name}",
       "--allow-file-access-from-files",
index 79fb11d..d9d7427 100644 (file)
@@ -259,15 +259,16 @@ j2s_coretemplate_html = utils/jalviewjs/coretemplate.html
 jalviewjs_j2s_transpile_stdout = j2s-transpile.out
 #jalviewjs_j2s_stderr = j2s-transpile.err # all going into out
 jalviewjs_j2s_to_console = true
-jalviewjs_closure_compiler = tools/closure_compiler.jar
+jalviewjs_closure_compiler = tools/closure-compiler-v20230802.jar
+jalviewjs_closure_compiler_optimization_level = SIMPLE_OPTIMIZATIONS
 jalviewjs_j2s_closure_stdout = j2s-closure.out
 
 # for checking jalviewjs launches okay
 jalviewjs_chromium_binary = ~/buildtools/chromium/chrome
-jalviewjs_macos_chromium_binary = /Applications/Chromium.app/Contents/MacOS/Chromium
+jalviewjs_macos_chromium_binary = ~/buildtools/chromium/Google Chrome for Testing.app/Contents/MacOS/Google Chrome for Testing
 jalviewjs_chromium_user_dir = chromium
-jalviewjs_chromium_idle_timeout = 10
-jalviewjs_chromium_overall_timeout = 40
+jalviewjs_chromium_idle_timeout = 8
+jalviewjs_chromium_overall_timeout = 15
 jalviewjs_chromium_profile_name = BUILD
 jalviewjs_stderr_launch = utils/jalviewjs/chromium_test/jalview_bin_Jalview-stderr.html
 jalviewjs_desktop_init_string = JALVIEWJS: CREATED DESKTOP
similarity index 59%
rename from j8lib/Jmol-NO_LOG4J-14.31.53.jar
rename to j11lib/Jmol-NO_LOG4J-16.1.43.jar
index ff69d31..b3770af 100644 (file)
Binary files a/j8lib/Jmol-NO_LOG4J-14.31.53.jar and b/j11lib/Jmol-NO_LOG4J-16.1.43.jar differ
similarity index 59%
rename from j11lib/Jmol-NO_LOG4J-14.31.53.jar
rename to j8lib/Jmol-NO_LOG4J-16.1.43.jar
index bc3c77f..b3770af 100644 (file)
Binary files a/j11lib/Jmol-NO_LOG4J-14.31.53.jar and b/j8lib/Jmol-NO_LOG4J-16.1.43.jar differ
index 2794b02..e352fd8 100644 (file)
@@ -55,6 +55,8 @@ import jalview.structure.StructureSelectionManager;
 import jalview.util.ColorUtils;
 import jalview.util.FileUtils;
 import jalview.util.HttpUtils;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.ImageMaker;
 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
 import jalview.util.MessageManager;
@@ -196,7 +198,7 @@ public class Commands
     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
     {
       commandArgsProvided = true;
-      final long progress = System.currentTimeMillis();
+      final long progress = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
 
       boolean first = true;
       boolean progressBarSet = false;
@@ -469,8 +471,9 @@ public class Commands
         }
       }
       if (progressBarSet && desktop != null)
+      {
         desktop.setProgressBar(null, progress);
-
+      }
     }
 
     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
index e343b0f..65ffcab 100755 (executable)
@@ -100,6 +100,8 @@ import jalview.schemes.ColourSchemeI;
 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
 import jalview.util.ChannelProperties;
 import jalview.util.HttpUtils;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.LaunchUtils;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.Platform;
@@ -206,7 +208,7 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
     public void addFetcher(final AlignFrame af,
             final Vector<String> dasSources)
     {
-      final long id = System.currentTimeMillis();
+      final long id = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
       queued++;
       final FeatureFetcher us = this;
       new Thread(new Runnable()
@@ -307,6 +309,10 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
     {
       System.setSecurityManager(null);
     }
+    else
+    {
+      setJSNamespace();
+    }
 
     if (args == null || args.length == 0 || (args.length == 1
             && (args[0] == null || args[0].length() == 0)))
@@ -553,9 +559,8 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
       if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
       {
         /*
-         * Now using new usage statement.
-        showUsage();
-        */
+         * Now using new usage statement. showUsage();
+         */
         Console.outPrintln(Arg.usage());
         Jalview.exit(null, ExitCode.OK);
       }
@@ -657,8 +662,8 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
       setLookAndFeel();
 
     /*
-     * configure 'full' SO model if preferences say to, else use the default (full SO)
-     * - as JS currently doesn't have OBO parsing, it must use 'Lite' version
+     * configure 'full' SO model if preferences say to, else use the default (full
+     * SO) - as JS currently doesn't have OBO parsing, it must use 'Lite' version
      */
     boolean soDefault = !Platform.isJS();
     if (Cache.getDefault("USE_FULL_SO", soDefault))
@@ -837,36 +842,40 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
     }
 
     // Run Commands from cli
-    cmds = new Commands(argparser, headlessArg);
-    cmds.processArgs();
-    boolean commandsSuccess = cmds.argsWereParsed();
-
-    if (commandsSuccess)
+    boolean commandsSuccess = false;
+    if (!(argparser.isMixedStyle() || argparser.isOldStyle()))
     {
-      if (headlessArg)
+      cmds = new Commands(argparser, headlessArg);
+      cmds.processArgs();
+      commandsSuccess = cmds.argsWereParsed();
+
+      if (commandsSuccess)
       {
-        if (argparser.getBoolean(Arg.NOQUIT))
+        if (headlessArg)
         {
-          Console.warn(
-                  "Completed " + Arg.HEADLESS.getName() + " commands, but "
-                          + Arg.NOQUIT + " is set so not quitting!");
-        }
-        else
-        {
-          Jalview.exit("Successfully completed commands in headless mode",
-                  ExitCode.OK);
+          if (argparser.getBoolean(Arg.NOQUIT))
+          {
+            Console.warn("Completed " + Arg.HEADLESS.getName()
+                    + " commands, but " + Arg.NOQUIT
+                    + " is set so not quitting!");
+          }
+          else
+          {
+            Jalview.exit("Successfully completed commands in headless mode",
+                    ExitCode.OK);
+          }
         }
+        Console.info("Successfully completed commands");
       }
-      Console.info("Successfully completed commands");
-    }
-    else
-    {
-      if (headlessArg)
+      else
       {
-        Jalview.exit("Error when running Commands in headless mode",
-                ExitCode.ERROR_RUNNING_COMMANDS);
+        if (headlessArg)
+        {
+          Jalview.exit("Error when running Commands in headless mode",
+                  ExitCode.ERROR_RUNNING_COMMANDS);
+        }
+        Console.warn("Error when running commands");
       }
-      Console.warn("Error when running commands");
     }
 
     // Check if JVM and compile version might cause problems and log if it
@@ -907,7 +916,7 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
         desktop.setProgressBar(
                 MessageManager
                         .getString("status.processing_commandline_args"),
-                progress = System.currentTimeMillis());
+                progress = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS));
       }
       Console.outPrintln("CMD [-open " + file + "] executed successfully!");
 
@@ -1556,13 +1565,10 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
             ChannelProperties.getProperty("app_name"));
     System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
     /*
-     * broken native LAFs on (ARM?) macbooks
-    set = setQuaquaLookAndFeel();
-    if ((!set) || !UIManager.getLookAndFeel().getClass().toString()
-            .toLowerCase(Locale.ROOT).contains("quaqua"))
-    {
-      set = setVaquaLookAndFeel();
-    }
+     * broken native LAFs on (ARM?) macbooks set = setQuaquaLookAndFeel(); if
+     * ((!set) || !UIManager.getLookAndFeel().getClass().toString()
+     * .toLowerCase(Locale.ROOT).contains("quaqua")) { set = setVaquaLookAndFeel();
+     * }
      */
     set = setFlatLookAndFeel();
     return set;
@@ -1581,49 +1587,50 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
   }
 
   /*
-  private static void showUsage()
-  {
-    jalview.bin.Console.outPrintln(
-            "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
-                    + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
-                    + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
-                    + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
-                    + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
-                    + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
-                    + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
-                    + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
-                    + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
-                    + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
-                    + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
-                    + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
-                    + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
-                    + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
-                    + "-json FILE\tCreate alignment file FILE in JSON format.\n"
-                    + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
-                    + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
-                    + "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n"
-                    + "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n"
-                    + "-biojsMSA FILE\tCreate BioJS MSA Viewer HTML file from alignment.\n"
-                    + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
-                    + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
-                    + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
-                    + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
-                    + "-nonews\tTurn off check for Jalview news.\n"
-                    + "-nousagestats\tTurn off analytics tracking for this session.\n"
-                    + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
-                    // +
-                    // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property,
-                    // after all other properties files have been read\n\t
-                    // (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are
-                    // passed in correctly)"
-                    + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
-                    + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
-                    + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
-                    + "-jvmmempc=PERCENT\tOnly available with standalone executable jar or jalview.bin.Launcher. Limit maximum heap size (memory) to PERCENT% of total physical memory detected. This defaults to 90 if total physical memory can be detected. See https://www.jalview.org/help/html/memory.html for more details.\n"
-                    + "-jvmmemmax=MAXMEMORY\tOnly available with standalone executable jar or jalview.bin.Launcher. Limit maximum heap size (memory) to MAXMEMORY. MAXMEMORY can be specified in bytes, kilobytes(k), megabytes(m), gigabytes(g) or if you're lucky enough, terabytes(t). This defaults to 32g if total physical memory can be detected, or to 8g if total physical memory cannot be detected. See https://www.jalview.org/help/html/memory.html for more details.\n"
-                    + "\n~Read documentation in Application or visit https://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
-  }
-  */
+   * private static void showUsage() { jalview.bin.Console.outPrintln(
+   * "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n" +
+   * "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n" +
+   * "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
+   * + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n" +
+   * "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n" +
+   * "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n" +
+   * "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n" +
+   * "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n" +
+   * "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n" +
+   * "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n" +
+   * "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n" +
+   * "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n" +
+   * "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n" +
+   * "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n" +
+   * "-json FILE\tCreate alignment file FILE in JSON format.\n" +
+   * "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n" +
+   * "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n" +
+   * "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n" +
+   * "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n" +
+   * "-biojsMSA FILE\tCreate BioJS MSA Viewer HTML file from alignment.\n" +
+   * "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n" +
+   * "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n" +
+   * "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
+   * + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n" +
+   * "-nonews\tTurn off check for Jalview news.\n" +
+   * "-nousagestats\tTurn off analytics tracking for this session.\n" +
+   * "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
+   * // + // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, // after
+   * all other properties files have been read\n\t // (quote the 'PROPERTY=VALUE'
+   * pair to ensure spaces are // passed in correctly)" +
+   * "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
+   * +
+   * "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
+   * +
+   * "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
+   * +
+   * "-jvmmempc=PERCENT\tOnly available with standalone executable jar or jalview.bin.Launcher. Limit maximum heap size (memory) to PERCENT% of total physical memory detected. This defaults to 90 if total physical memory can be detected. See https://www.jalview.org/help/html/memory.html for more details.\n"
+   * +
+   * "-jvmmemmax=MAXMEMORY\tOnly available with standalone executable jar or jalview.bin.Launcher. Limit maximum heap size (memory) to MAXMEMORY. MAXMEMORY can be specified in bytes, kilobytes(k), megabytes(m), gigabytes(g) or if you're lucky enough, terabytes(t). This defaults to 32g if total physical memory can be detected, or to 8g if total physical memory cannot be detected. See https://www.jalview.org/help/html/memory.html for more details.\n"
+   * +
+   * "\n~Read documentation in Application or visit https://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n"
+   * ); }
+   */
 
   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
   {
@@ -2091,4 +2098,53 @@ public class Jalview implements JalviewObjectI
     }
   }
 
+  /**
+   * Namespace (if set) by JalviewJS
+   */
+  private String JSNamespace = null;
+
+  private void setJSNamespace(String ns)
+  {
+    if (!Platform.isJS())
+    {
+      return;
+    }
+    Console.outPrintln("JSNamespace set to '" + ns + "'");
+    JSNamespace = ns;
+  }
+
+  public String getJSNamespace()
+  {
+    return JSNamespace;
+  }
+
+  public void setJSNamespace()
+  {
+    if (!Platform.isJS())
+    {
+      return;
+    }
+    String ns = null;
+    /**
+     * @j2sNative var namespace = J2S.thisApplet.__Info.namespace;
+     * 
+     *            if (namespace === undefined)
+     * 
+     *            {
+     * 
+     *            System.out.println("No namespace given");
+     * 
+     *            }
+     * 
+     *            else
+     * 
+     *            {
+     * 
+     *            ns = namespace;
+     * 
+     *            }
+     */
+    setJSNamespace(ns);
+  }
+
 }
index b0a9ba0..579cfbb 100644 (file)
  */
 package jalview.bin;
 
-import jalview.util.Platform;
-
 import java.awt.event.ActionEvent;
 import java.awt.event.ActionListener;
 
 import javax.swing.Timer;
 
+import jalview.util.Platform;
+
 /**
  * Entry point for JalviewJS development.
  * 
@@ -44,8 +44,7 @@ public class JalviewJS2
      * @j2sNative
      * 
      *            J2S.thisApplet.__Info.args =
-     *            ["open","examples/uniref50.fa","features",
-     *            "examples/exampleFeatures.txt"];
+     *            ["--open","examples/exampleFile_2_7.jar"];
      */
   }
 
index 155f69e..43082e3 100644 (file)
@@ -194,6 +194,15 @@ public class ArgParser
    */
   private boolean allStructures = false;
 
+  /**
+   * flag to say whether to ignore or reject non-string values args with a value
+   * e.g., --wrap=hello
+   * 
+   * Default is false (i.e. reject non-string args that have a value. It is set
+   * to true for JalviewJS in Platform.getURLCommandArguments().
+   */
+  private static boolean ignoreNonStringValues = false;
+
   protected static final Map<String, Arg> argMap;
 
   protected Map<String, ArgValuesMap> linkedArgs = new HashMap<>();
@@ -469,11 +478,20 @@ public class ArgParser
         }
         if (!a.hasOption(Opt.STRING) && equalPos > -1)
         {
-          // set --argname=value when arg does not accept values
-          Console.error("Argument '" + a.argString()
-                  + "' does not expect a value (given as '" + arg
-                  + "').  Ignoring.");
-          continue;
+          if (getIgnoreNonStringValues())
+          {
+            // delete equals sign and value
+            val = null;
+            arg = arg.substring(0, equalPos);
+          }
+          else
+          {
+            // set --argname=value when arg does not accept values
+            Console.error("Argument '" + a.argString()
+                    + "' does not expect a value (given as '" + arg
+                    + "').  Ignoring.");
+            continue;
+          }
         }
         if (!a.hasOption(Opt.LINKED) && linkedId != null)
         {
@@ -1290,4 +1308,13 @@ public class ArgParser
     this.currentStructureFilename = s;
   }
 
+  public static boolean getIgnoreNonStringValues()
+  {
+    return ignoreNonStringValues;
+  }
+
+  public static void setIgnoreNonStringValues(boolean b)
+  {
+    ignoreNonStringValues = b;
+  }
 }
\ No newline at end of file
index 6b98944..1c1602c 100755 (executable)
@@ -65,6 +65,8 @@ import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.io.FileFormat;
 import jalview.io.FormatAdapter;
 import jalview.util.Comparison;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.Platform;
 
@@ -565,7 +567,7 @@ public class AnnotationLabels extends JPanel
                         MessageManager.formatMessage(
                                 "action.clustering_matrix_for",
                                 cm.getAnnotDescr(), 5f),
-                        progBar = System.currentTimeMillis());
+                        progBar = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS));
                 cm.setGroupSet(GroupSet.makeGroups(cm, true));
                 cm.randomlyReColourGroups();
                 cm.transferGroupColorsTo(alignmentAnnotation);
index 93a4006..9580ef8 100644 (file)
  */
 package jalview.gui;
 
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.HashMap;
+import java.util.List;
+import java.util.Map;
+import java.util.Set;
+
 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
 import jalview.analysis.CrossRef;
 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
@@ -37,18 +43,14 @@ import jalview.ext.ensembl.EnsemblMap;
 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
 import jalview.util.DBRefUtils;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MapList;
 import jalview.util.MappingUtils;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
 import jalview.ws.SequenceFetcher;
 
-import java.util.ArrayList;
-import java.util.HashMap;
-import java.util.List;
-import java.util.Map;
-import java.util.Set;
-
 /**
  * Factory constructor and runnable for discovering and displaying
  * cross-references for a set of aligned sequences
@@ -76,10 +78,10 @@ public class CrossRefAction implements Runnable
   @Override
   public void run()
   {
-    final long sttime = System.currentTimeMillis();
+    final long id = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
     alignFrame.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
             "status.searching_for_sequences_from", new Object[]
-            { source }), sttime);
+            { source }), id);
     try
     {
       AlignmentI alignment = alignFrame.getViewport().getAlignment();
@@ -237,7 +239,7 @@ public class CrossRefAction implements Runnable
     {
       alignFrame.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
               "status.finished_searching_for_sequences_from", new Object[]
-              { source }), sttime);
+              { source }), id);
     }
   }
 
index a2a344c..5a8c048 100644 (file)
@@ -141,6 +141,8 @@ import jalview.structure.StructureSelectionManager;
 import jalview.urls.IdOrgSettings;
 import jalview.util.BrowserLauncher;
 import jalview.util.ChannelProperties;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
 import jalview.util.LaunchUtils;
 import jalview.util.MessageManager;
@@ -448,8 +450,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
       if (LaunchUtils.getJavaVersion() >= 11)
       {
         /*
-         * Send this message to stderr as the warning that follows (due to
-         * reflection) also goes to stderr.
+         * Send this message to stderr as the warning that follows (due to reflection)
+         * also goes to stderr.
          */
         jalview.bin.Console.errPrintln(
                 "Linux platform only! You may have the following warning next: \"WARNING: An illegal reflective access operation has occurred\"\nThis is expected and cannot be avoided, sorry about that.");
@@ -549,12 +551,10 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
             Platform.isJS() ? desktop.getDesktopManager()
                     : new DefaultDesktopManager()));
     /*
-    (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
-            : Platform.isAMacAndNotJS()
-                    ? new AquaInternalFrameManager(
-                            desktop.getDesktopManager())
-                    : desktop.getDesktopManager())));
-                    */
+     * (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager() :
+     * Platform.isAMacAndNotJS() ? new AquaInternalFrameManager(
+     * desktop.getDesktopManager()) : desktop.getDesktopManager())));
+     */
 
     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
     if (dims != null)
@@ -656,6 +656,22 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 
     if (Platform.isJS())
     {
+      String ns = Jalview.getInstance().getJSNamespace();
+      if (ns != null)
+      {
+
+        String nsc = ns + (ns.length() > 0 ? ":" : "");
+        String splashId = nsc + "jalviewSplash";
+        /**
+         * @j2sNative let splash = document.getElementById(splashId);
+         * 
+         *            if (splash != null) {
+         * 
+         *            splash.style.display = "none";
+         * 
+         *            }
+         */
+      }
       // used for jalviewjsTest
       jalview.bin.Console.info("JALVIEWJS: CREATED DESKTOP");
     }
@@ -759,11 +775,12 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
         @Override
         public void run()
         {
-          long now = System.currentTimeMillis();
+          long progressId = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
           Desktop.instance.setProgressBar(
-                  MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
+                  MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
+                  progressId);
           jvnews.refreshNews();
-          Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
+          Desktop.instance.setProgressBar(null, progressId);
           jvnews.showNews();
         }
       }).start();
@@ -1285,7 +1302,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
       }
     }
     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
-                               // transfered to any new windows created
+    // transfered to any new windows created
   }
 
   /**
@@ -1956,7 +1973,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
-                  { chosenFile.getName() }), chosenFile.hashCode());
+                  { chosenFile.getName() }),
+                  IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, chosenFile));
           Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chosenFile.getParent());
           // TODO catch and handle errors for savestate
           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
@@ -1990,7 +2008,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
           }
-          setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
+          setProgressBar(null, IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, chosenFile));
         }
       }).start();
     }
@@ -2025,8 +2043,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
             "Jalview Project", true, BackupFiles.getEnabled()); // last two
-                                                                // booleans:
-                                                                // allFiles,
+    // booleans:
+    // allFiles,
     // allowBackupFiles
     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
@@ -3108,7 +3126,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
           {
             progress.setProgressBar(MessageManager
                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
-                    { url }), this.hashCode());
+                    { url }), IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, this));
           }
           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
         } catch (Exception ex)
@@ -3123,7 +3141,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
         }
         if (progress != null)
         {
-          progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
+          progress.setProgressBar(null,
+                  IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, this));
         }
       }
     }).start();
index e7f992d..c00be98 100644 (file)
@@ -73,20 +73,36 @@ public final class JvSwingUtils
     ttext = ttext.trim();
     boolean maxLengthExceeded = false;
 
-    if (ttext.contains("<br>"))
+    boolean hasBr = false;
+    for (String br : new String[] { "<br>", "<br/>" })
     {
-      String[] htmllines = ttext.split("<br>");
-      for (String line : htmllines)
+      hasBr = true;
+      if (ttext.contains(br))
       {
-        maxLengthExceeded = line.length() > 60;
-        if (maxLengthExceeded)
+        String[] htmllines = ttext.split(br);
+        StringBuilder sb = new StringBuilder();
+        for (String line : htmllines)
         {
-          break;
+          line = line.replaceAll("\\s+", " ");
+          line = line.trim();
+          if (line.length() == 0 || line.equals(" "))
+          {
+            continue;
+          }
+          maxLengthExceeded = line.length() > 60;
+          if (sb.length() > 0)
+          {
+            sb.append(br);
+          }
+          sb.append(line);
         }
+        ttext = sb.toString();
       }
     }
-    else
+    if (!hasBr)
     {
+      ttext = ttext.replaceAll("\\s+", " ");
+      ttext = ttext.trim();
       maxLengthExceeded = ttext.length() > 60;
     }
 
@@ -101,7 +117,7 @@ public final class JvSwingUtils
             // + "<style> p.ttip {width:350px;margin:-14px 0px -14px
             // 0px;padding:2px;overflow-wrap:break-word;}"
             // + "</style><p class=\"ttip\">"
-            + ttext + " </div>"
+            + ttext + "</div>"
             // + "</p>"
             + ((enclose ? "</html>" : ""));
   }
index 576f3b2..44a65ba 100644 (file)
@@ -52,6 +52,8 @@ import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.ImageMaker;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
@@ -174,7 +176,7 @@ public class PCAPanel extends GPCAPanel
   public void run()
   {
     working = true;
-    long progId = System.currentTimeMillis();
+    long progId = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
     IProgressIndicator progress = this;
     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
     if (getParent() == null)
@@ -419,6 +421,7 @@ public class PCAPanel extends GPCAPanel
     }
   }
 
+  @Override
   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
   {
     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
index 2caea17..bf36325 100644 (file)
@@ -1188,7 +1188,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       }
       if (unshownFeatures > 0)
       {
-        tooltipText.append("<br/>").append("... ").append("<i>")
+        tooltipText.append("<br/>... <i>")
                 .append(MessageManager.formatMessage(
                         "label.features_not_shown", unshownFeatures))
                 .append("</i>");
index 137655f..77bac76 100755 (executable)
@@ -55,6 +55,8 @@ import jalview.fts.service.uniprot.UniprotFTSPanel;
 import jalview.io.FileFormatI;
 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
 import jalview.util.DBRefUtils;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.Platform;
 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
@@ -571,7 +573,7 @@ public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
                 "status.fetching_sequence_queries_from", new String[]
                 { Integer.valueOf(nqueries).toString(),
                     proxy.getDbName() }),
-                Thread.currentThread().hashCode());
+                IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, Thread.currentThread()));
         if (proxy.getMaximumQueryCount() == 1)
         {
           /*
@@ -667,7 +669,7 @@ public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
       }
       guiWindow.setProgressBar(
               MessageManager.getString("status.finshed_querying"),
-              Thread.currentThread().hashCode());
+              IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, Thread.currentThread()));
     }
     guiWindow
             .setProgressBar(
@@ -675,7 +677,7 @@ public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
                             ? MessageManager
                                     .getString("status.parsing_results")
                             : MessageManager.getString("status.processing"),
-                    Thread.currentThread().hashCode());
+                    IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, Thread.currentThread()));
     // process results
     while (presult.size() > 0)
     {
@@ -683,7 +685,8 @@ public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
               preferredFeatureColours);
     }
     // only remove visual delay after we finished parsing.
-    guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
+    guiWindow.setProgressBar(null,
+            IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, Thread.currentThread()));
     if (nextFetch.size() > 0)
     {
       StringBuffer sb = new StringBuffer();
index 666ff74..21b380d 100644 (file)
@@ -78,6 +78,8 @@ import jalview.jbgui.GStructureChooser;
 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
 import jalview.structure.StructureMapping;
 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.Platform;
 import jalview.util.StringUtils;
@@ -308,7 +310,7 @@ public class StructureChooser extends GStructureChooser
    */
   public void promptForTDBFetch(boolean ignoreGui)
   {
-    final long progressId = System.currentTimeMillis();
+    final long progressId = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
 
     // final action after prompting and discovering db refs
     final Runnable strucDiscovery = new Runnable()
@@ -1249,7 +1251,7 @@ public class StructureChooser extends GStructureChooser
 
     final String progress = MessageManager
             .getString("label.working_ellipsis");
-    setProgressBar(progress, progress.hashCode());
+    setProgressBar(progress, IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, progress));
     Runnable viewStruc = new Runnable()
     {
       @Override
@@ -1354,7 +1356,8 @@ public class StructureChooser extends GStructureChooser
           @Override
           public void run()
           {
-            setProgressBar("Complete.", progress.hashCode());
+            setProgressBar("Complete.",
+                    IdUtils.newId(IdType.PROGRESS, progress));
             closeAction(preferredHeight);
             mainFrame.dispose();
           }
index bd757e8..1f39b54 100644 (file)
@@ -66,6 +66,8 @@ import jalview.schemes.ColourSchemes;
 import jalview.structure.StructureMapping;
 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
 import jalview.util.BrowserLauncher;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.ws.dbsources.EBIAlfaFold;
 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
@@ -226,11 +228,13 @@ public abstract class StructureViewerBase extends GStructureViewer
    * 
    * @return TRUE if the view is NOT being coloured by the alignment colours.
    */
+  @Override
   public boolean isColouredByViewer()
   {
     return !getBinding().isColourBySequence();
   }
 
+  @Override
   public String getViewId()
   {
     if (viewId == null)
@@ -393,6 +397,7 @@ public abstract class StructureViewerBase extends GStructureViewer
     }
   }
 
+  @Override
   public abstract ViewerType getViewerType();
 
   /**
@@ -1185,7 +1190,7 @@ public abstract class StructureViewerBase extends GStructureViewer
   {
     // TODO would rather have startProgress/stopProgress as the
     // IProgressIndicator interface
-    long tm = random.nextLong();
+    long tm = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
     if (progressBar != null)
     {
       progressBar.setProgressBar(msg, tm);
@@ -1280,8 +1285,7 @@ public abstract class StructureViewerBase extends GStructureViewer
     EBIAlfaFold afclient = new EBIAlfaFold();
     AlignmentI pdbseq = null;
     String pdbid = processingEntry.getId();
-    long handle = System.currentTimeMillis()
-            + Thread.currentThread().hashCode();
+    long handle = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
 
     /*
      * Write 'fetching PDB' progress on AlignFrame as we are not yet visible
@@ -1358,6 +1362,7 @@ public abstract class StructureViewerBase extends GStructureViewer
    * 
    * @return
    */
+  @Override
   public File saveSession()
   {
     if (getBinding() == null)
index e37f77c..ea3dd0d 100644 (file)
@@ -39,6 +39,8 @@ import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 
 import jalview.bin.Cache;
 import jalview.jbgui.GWsPreferences;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
 import jalview.ws.rest.RestServiceDescription;
@@ -614,7 +616,7 @@ public class WsPreferences extends GWsPreferences
         @Override
         public void run()
         {
-          long ct = System.currentTimeMillis();
+          long ct = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
           Desktop.instance.setProgressBar(MessageManager
                   .getString("status.refreshing_web_service_menus"), ct);
           if (lastrefresh != update)
index 0b541e2..711c465 100644 (file)
@@ -35,6 +35,8 @@ import jalview.datamodel.AlignmentExportData;
 import jalview.gui.AlignmentPanel;
 import jalview.gui.IProgressIndicator;
 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MessageManager;
 
 public abstract class HTMLOutput implements Runnable
@@ -68,7 +70,7 @@ public abstract class HTMLOutput implements Runnable
     this.ap = ap;
     this.pIndicator = ap.alignFrame;
     this.description = desc;
-    this.pSessionId = System.currentTimeMillis();
+    this.pSessionId = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
   }
 
   /**
index ec3e0a0..0356828 100644 (file)
@@ -54,6 +54,8 @@ import jalview.io.AppletFormatAdapter;
 import jalview.io.DataSourceType;
 import jalview.io.StructureFile;
 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MappingUtils;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.Platform;
@@ -437,7 +439,7 @@ public class StructureSelectionManager
           IProgressIndicator progress, TFType tft, String paeFilename,
           boolean doXferSettings)
   {
-    long progressSessionId = System.currentTimeMillis() * 3;
+    long progressSessionId = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
 
     /**
      * do we extract and transfer annotation from 3D data ?
diff --git a/src/jalview/util/IdUtils.java b/src/jalview/util/IdUtils.java
new file mode 100644 (file)
index 0000000..38ea260
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,95 @@
+package jalview.util;
+
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
+import java.util.Map;
+import java.util.Set;
+
+import jalview.bin.Console;
+
+public class IdUtils
+{
+  /**
+   * id generating tools avoiding Random.nextLong() for JalviewJS. Avoids
+   * collisions.
+   */
+
+  public static enum IdType
+  {
+    GENERAL, PROGRESS;
+  }
+
+  private static int count = 0;
+
+  private static Map<IdType, Set<Long>> typeMap = new HashMap<>();
+
+  static
+  {
+    for (IdType t : IdType.values())
+    {
+      typeMap.put(t, new HashSet<>());
+    }
+  }
+
+  public static long newId()
+  {
+    return newId(IdType.GENERAL, null);
+  }
+
+  public static long newId(IdType t)
+  {
+    return newId(t, null);
+  }
+
+  public static long newId(IdType t, Object o)
+  {
+    Set<Long> idSet = typeMap.get(t);
+    long newId = 0;
+    if (o == null)
+    {
+      // get a new hashCode -- not tied to an object.
+      // Adding Integer.MAX_VALUE should avoid collisions with object generated
+      // Ids.
+      newId = Integer.MAX_VALUE + t.hashCode() + System.currentTimeMillis()
+              + count;
+      while (idSet.contains(newId))
+      {
+        newId += count;
+      }
+    }
+    else
+    {
+      // generate the hashcode tied to this object for this type
+      newId = t.hashCode() + o.hashCode();
+      if (idSet.contains(newId))
+      {
+        Console.debug("Using an existing id for Type " + t.name()
+                + " and object " + o.toString() + ": '" + newId + "'");
+      }
+      else
+      {
+        idSet.add(newId);
+      }
+    }
+    count++;
+    return newId;
+  }
+
+  public static void NOTremoveId(IdType t, Object o)
+  {
+    if (o == null)
+    {
+      return;
+    }
+    Set<Long> idSet = typeMap.get(t);
+    long id = t.hashCode() + o.hashCode();
+    idSet.remove(id);
+  }
+
+  public static void NOTremoveId(IdType t, long id)
+  {
+    Set<Long> idSet = typeMap.get(t);
+    idSet.remove(id);
+  }
+
+}
index 7998ec8..a5c004f 100644 (file)
@@ -38,6 +38,7 @@ import javax.swing.SwingUtilities;
 import org.json.simple.parser.JSONParser;
 import org.json.simple.parser.ParseException;
 
+import jalview.bin.argparser.ArgParser;
 import jalview.javascript.json.JSON;
 
 /**
@@ -624,38 +625,133 @@ public class Platform
     {
       jalview.bin.Console.outPrintln(
               "Platform adding known access-control-allow-origin * for domain "
-                      + domain);
-      /**
-       * @j2sNative
-       * 
-       *            J2S.addDirectDatabaseCall(domain);
-       */
+                      + domain);/**
+                                 * @j2sNative
+                                 * 
+                                 *            J2S.addDirectDatabaseCall(domain);
+                                 */
     }
 
   }
 
   public static void getURLCommandArguments()
   {
-    try
-    {
-      /**
-       * Retrieve the first query field as command arguments to Jalview. Include
-       * only if prior to "?j2s" or "&j2s" or "#". Assign the applet's
-       * __Info.args element to this value.
-       * 
-       * @j2sNative var a =
-       *            decodeURI((document.location.href.replace("&","?").split("?j2s")[0]
-       *            + "?").split("?")[1].split("#")[0]); a &&
-       *            (jalview.bin.Console.outPrintln("URL arguments detected were
-       *            "+a)) && (J2S.thisApplet.__Info.urlargs = a.split(" "));
-       *            (!J2S.thisApplet.__Info.args || J2S.thisApplet.__Info.args
-       *            == "" || J2S.thisApplet.__Info.args == "??") &&
-       *            (J2S.thisApplet.__Info.args = a) &&
-       *            (jalview.bin.Console.outPrintln("URL arguments were passed
-       *            to J2S main."));
-       */
-    } catch (Throwable t)
+
+    // setting ArgParser.ignoreNonStringValues allows non-string args to be
+    // set with, e.g., --wrap=hello
+    // which might be necessary for a querystring, plus we don't have access
+    // to Arg.hasOption(Opt.STRING)
+    if (Platform.isJS())
     {
+      ArgParser.setIgnoreNonStringValues(true);
+      try
+      {
+
+        String ns = null;
+
+        // extra spaces between lines of javascript to avoid eclipse comment
+        // munging into one line
+
+        /**
+         * Retrieve the first query field as command arguments to Jalview.
+         * Include only if prior to "?j2s" or "&j2s" or "#". Assign the applet's
+         * __Info.args element to this value.
+         * 
+         * if a namespace has been given in Info={...}. Use this namespace to
+         * find arguments and values in the querystring parameters. Arguments
+         * that do not take a value do not need to have a value in the
+         * querystring. If they do they will be ignored. Note, this means you
+         * cannot do 'debug=false' instead of 'nodebug'. If querystringnamepsace
+         * is an empty string ("") then no colon (":") will be expected.
+         * 
+         * if namespace is not defined then use the old style single first
+         * parameter for arguments
+         *
+         * @j2sNative var namespace = J2S.thisApplet.__Info.namespace;
+         * 
+         *            if (namespace === undefined)
+         * 
+         *            {
+         * 
+         *            System.out.println("No namespace given");
+         * 
+         *            var a =
+         *            decodeURI((document.location.href.replace("&","?").split("?j2s")[0]
+         *            + "?").split("?")[1].split("#")[0]);
+         * 
+         *            a && (System.out.println("URL arguments detected were
+         *            "+a)) && (J2S.thisApplet.__Info.urlargs = a.split(" "));
+         * 
+         *            (!J2S.thisApplet.__Info.args || J2S.thisApplet.__Info.args
+         *            == "" || J2S.thisApplet.__Info.args == "??") &&
+         *            (J2S.thisApplet.__Info.args = a) &&
+         *            (System.out.println("URL arguments were passed to J2S
+         *            main."));
+         * 
+         *            }
+         * 
+         *            else // namespace is defined
+         * 
+         *            {
+         * 
+         *            ns = "";
+         * 
+         *            var nsc = "";
+         * 
+         *            if (J2S.thisApplet.__Info.namespace) {
+         * 
+         *            ns = J2S.thisApplet.__Info.namespace;
+         * 
+         *            nsc = ns + ":";
+         * 
+         *            }
+         * 
+         *            System.out.println("Querystring namespace is '" + nsc +
+         *            "'");
+         * 
+         *            var qsParams = new
+         *            URLSearchParams(window.location.search);
+         * 
+         *            var qsargs = [];
+         * 
+         *            for (var param of qsParams) {
+         * 
+         *            var key = param[0];
+         * 
+         *            var val = param[1];
+         * 
+         *            if (key.startsWith(nsc)) {
+         * 
+         *            var arg = key.substring(nsc.length);
+         * 
+         *            qsargs.push("--" + arg + "=" + val);
+         * 
+         *            System.out.println("Setting arg '"+arg+"' to '"+val+"'");
+         * 
+         *            }
+         * 
+         *            }
+         * 
+         *            qsargs && (System.out.println("URL parameters detected
+         *            were "+qsargs.join(" "))) &&
+         *            (J2S.thisApplet.__Info.urlargs = qsargs);
+         * 
+         *            (!J2S.thisApplet.__Info.args || J2S.thisApplet.__Info.args
+         *            == "" || J2S.thisApplet.__Info.args == "??") &&
+         *            (J2S.thisApplet.__Info.args = qsargs.join(" ")) &&
+         *            (System.out.println("URL parameters were passed to J2S
+         *            main."));
+         * 
+         *            }
+         */
+      } catch (Throwable t)
+      {
+        /**
+         * @j2sNative System.err.println("Problem looking for arguments");
+         *            console.log("Problem looking for arguments");
+         *            console.log(t);
+         */
+      }
     }
   }
 
@@ -689,4 +785,5 @@ public class Platform
   {
     return CONSOLEWIDTH;
   }
-}
+
+}
\ No newline at end of file
index 89bc36d..cc51d07 100644 (file)
@@ -25,14 +25,9 @@ import java.net.URLEncoder;
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.List;
 import java.util.Locale;
-import java.util.regex.Matcher;
-import java.util.regex.Pattern;
 
 public class StringUtils
 {
-  private static final Pattern DELIMITERS_PATTERN = Pattern
-          .compile(".*='[^']*(?!')");
-
   private static final char PERCENT = '%';
 
   private static final boolean DEBUG = false;
@@ -145,6 +140,7 @@ public class StringUtils
    * Parses the input string into components separated by the delimiter. Unlike
    * String.split(), this method will ignore occurrences of the delimiter which
    * are nested within single quotes in name-value pair values, e.g. a='b,c'.
+   * New implementation to avoid Pattern for jalviewjs.
    * 
    * @param input
    * @param delimiter
@@ -153,70 +149,54 @@ public class StringUtils
   public static String[] separatorListToArray(String input,
           String delimiter)
   {
-    int seplen = delimiter.length();
-    if (input == null || input.equals("") || input.equals(delimiter))
+    if (input == null
+            // these two shouldn't return null (one or two "" respectively)
+            || input.equals("") || input.equals(delimiter))
     {
       return null;
     }
-    List<String> jv = new ArrayList<>();
-    int cp = 0, pos, escape;
-    boolean wasescaped = false, wasquoted = false;
-    String lstitem = null;
-    while ((pos = input.indexOf(delimiter, cp)) >= cp)
+
+    final char escapeChar = '\\';
+    final char quoteChar = '\'';
+    int ilength = input.length();
+    int dlength = delimiter.length();
+    List<String> values = new ArrayList<>();
+
+    boolean escape = false;
+    boolean inquote = false;
+
+    int start = 0;
+    for (int i = 0; i < ilength; i++)
     {
-      escape = (pos > 0 && input.charAt(pos - 1) == '\\') ? -1 : 0;
-      if (wasescaped || wasquoted)
+      if (!escape && !inquote && ilength >= i + dlength
+              && input.substring(i, i + dlength).equals(delimiter))
       {
-        // append to previous pos
-        jv.set(jv.size() - 1, lstitem = lstitem + delimiter
-                + input.substring(cp, pos + escape));
+        // found a delimiter
+        values.add(input.substring(start, i));
+        i += dlength;
+        start = i;
+        continue;
       }
-      else
+      char c = input.charAt(i);
+      if (c == escapeChar)
       {
-        jv.add(lstitem = input.substring(cp, pos + escape));
+        escape = !escape;
+        continue;
       }
-      cp = pos + seplen;
-      wasescaped = escape == -1;
-      // last separator may be in an unmatched quote
-      wasquoted = DELIMITERS_PATTERN.matcher(lstitem).matches();
-    }
-    if (cp < input.length())
-    {
-      String c = input.substring(cp);
-      if (wasescaped || wasquoted)
+      if (escape)
       {
-        // append final separator
-        jv.set(jv.size() - 1, lstitem + delimiter + c);
+        escape = false;
+        continue;
       }
-      else
+      if (c == quoteChar)
       {
-        if (!c.equals(delimiter))
-        {
-          jv.add(c);
-        }
+        inquote = !inquote;
       }
     }
-    if (jv.size() > 0)
-    {
-      String[] v = jv.toArray(new String[jv.size()]);
-      jv.clear();
-      if (DEBUG)
-      {
-        jalview.bin.Console.errPrintln("Array from '" + delimiter
-                + "' separated List:\n" + v.length);
-        for (int i = 0; i < v.length; i++)
-        {
-          jalview.bin.Console.errPrintln("item " + i + " '" + v[i] + "'");
-        }
-      }
-      return v;
-    }
-    if (DEBUG)
-    {
-      jalview.bin.Console.errPrintln(
-              "Empty Array from '" + delimiter + "' separated List");
-    }
-    return null;
+    // add the last value
+    values.add(input.substring(start, ilength));
+
+    return values.toArray(new String[values.size()]);
   }
 
   /**
@@ -597,14 +577,20 @@ public class StringUtils
 
   public static int indexOfFirstWhitespace(String text)
   {
-    int index = -1;
-    Pattern pat = Pattern.compile("\\s");
-    Matcher m = pat.matcher(text);
-    if (m.find())
+    // Rewritten to not use regex for Jalviewjs. Probably more efficient this
+    // way anyway.
+    if (text == null)
     {
-      index = m.start();
+      return -1;
+    }
+    for (int i = 0; i < text.length(); i++)
+    {
+      if (Character.isWhitespace(text.charAt(i)))
+      {
+        return i;
+      }
     }
-    return index;
+    return -1;
   }
 
   /*
index d108d4d..d4e34e7 100644 (file)
  */
 package jalview.ws;
 
-import java.util.Locale;
-
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.Arrays;
 import java.util.Enumeration;
 import java.util.HashMap;
 import java.util.Hashtable;
 import java.util.List;
+import java.util.Locale;
 import java.util.Map;
-import java.util.StringTokenizer;
 import java.util.Vector;
 import java.util.regex.Matcher;
 import java.util.regex.Pattern;
@@ -49,6 +47,8 @@ import jalview.gui.FeatureSettings;
 import jalview.gui.IProgressIndicator;
 import jalview.gui.OOMWarning;
 import jalview.util.DBRefUtils;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
 import uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry;
@@ -286,12 +286,12 @@ public class DBRefFetcher implements Runnable
       throw new Error(MessageManager
               .getString("error.implementation_error_must_init_dbsources"));
     }
-    long startTime = System.currentTimeMillis();
+    long progressId = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
     if (progressWindow != null)
     {
       progressWindow.setProgressBar(
               MessageManager.getString("status.fetching_db_refs"),
-              startTime);
+              progressId);
     }
     try
     {
@@ -484,7 +484,7 @@ public class DBRefFetcher implements Runnable
     {
       progressWindow.setProgressBar(
               MessageManager.getString("label.dbref_search_completed"),
-              startTime);
+              progressId);
     }
 
     for (FetchFinishedListenerI listener : listeners)
index 2da8dd3..d1a226e 100644 (file)
  */
 package jalview.ws.jws2;
 
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.HashMap;
+import java.util.List;
+import java.util.Map;
+
+import compbio.data.sequence.FastaSequence;
+import compbio.metadata.Argument;
+import compbio.metadata.ChunkHolder;
+import compbio.metadata.JobStatus;
+import compbio.metadata.JobSubmissionException;
+import compbio.metadata.Option;
+import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;
 import jalview.analysis.AlignSeq;
 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
 import jalview.api.AlignViewportI;
@@ -33,25 +45,14 @@ import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.gui.IProgressIndicator;
 import jalview.gui.IProgressIndicatorHandler;
 import jalview.schemes.ResidueProperties;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.workers.AlignCalcWorker;
 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
 
-import java.util.ArrayList;
-import java.util.HashMap;
-import java.util.List;
-import java.util.Map;
-
-import compbio.data.sequence.FastaSequence;
-import compbio.metadata.Argument;
-import compbio.metadata.ChunkHolder;
-import compbio.metadata.JobStatus;
-import compbio.metadata.JobSubmissionException;
-import compbio.metadata.Option;
-import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;
-
 public abstract class AbstractJabaCalcWorker extends AlignCalcWorker
 {
 
@@ -219,7 +220,7 @@ public abstract class AbstractJabaCalcWorker extends AlignCalcWorker
       if (guiProgress != null)
       {
         guiProgress.setProgressBar("JABA " + getServiceActionText(),
-                progressId = System.currentTimeMillis());
+                progressId = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS));
       }
       rslt = submitToService(seqs);
       if (guiProgress != null)
index 611aa79..f6e3104 100644 (file)
  */
 package jalview.ws.jws2;
 
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.Hashtable;
+import java.util.List;
+import java.util.Map;
+import java.util.Vector;
+
+import javax.swing.JInternalFrame;
+
+import compbio.data.msa.MsaWS;
+import compbio.metadata.Argument;
+import compbio.metadata.ChunkHolder;
+import compbio.metadata.JobStatus;
+import compbio.metadata.Preset;
 import jalview.analysis.AlignSeq;
 import jalview.bin.Console;
 import jalview.datamodel.Alignment;
@@ -33,6 +46,8 @@ import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.gui.Desktop;
 import jalview.gui.SplitFrame;
 import jalview.gui.WebserviceInfo;
+import jalview.util.IdUtils;
+import jalview.util.IdUtils.IdType;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.ws.AWsJob;
 import jalview.ws.JobStateSummary;
@@ -40,20 +55,6 @@ import jalview.ws.WSClientI;
 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
 
-import java.util.ArrayList;
-import java.util.Hashtable;
-import java.util.List;
-import java.util.Map;
-import java.util.Vector;
-
-import javax.swing.JInternalFrame;
-
-import compbio.data.msa.MsaWS;
-import compbio.metadata.Argument;
-import compbio.metadata.ChunkHolder;
-import compbio.metadata.JobStatus;
-import compbio.metadata.Preset;
-
 class MsaWSThread extends AWS2Thread implements WSClientI
 {
   boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment
@@ -783,7 +784,7 @@ class MsaWSThread extends AWS2Thread implements WSClientI
   @Override
   public void parseResult()
   {
-    long progbar = System.currentTimeMillis();
+    long progbar = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
     wsInfo.setProgressBar(
             MessageManager.getString("status.collecting_job_results"),
             progbar);
index f6fdabe..08b1c33 100644 (file)
Binary files a/swingjs/SwingJS-site.zip and b/swingjs/SwingJS-site.zip differ
index c9ec027..773c193 100644 (file)
@@ -1,6 +1,7 @@
 java2script/SwingJS Notes
 =========================
 
+updated 3/11/2023 -- adds support for Java Regex Matcher.start/end(groupID) and .start/end(groupName)
 updated 12/31/2020 -- full support for 64-bit long
 updated 12/6/2020 -- note about restrictions on long, including BitSet and Scanner
 updated 3/21/2020 -- adds note about HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
@@ -1468,7 +1469,8 @@ Formatter/Regex limitations
 Some browsers cannot process Regex "look-behind" process such as (?<=\W)
 java.util.regex.Matcher and Pattern use JavaScript's RegExp object rather than
 the native Java object. These are not identical. Only flags /igm are supported.
-Matcher.start(groupID) is not supported.
+Matcher.start(groupID)/.end(groupID) is supported.
+(x*)? failure returns null, not empty string.
 
 java.util.Formatter will function correctly for all standard %... patterns.
 
index 53e50c6..5f2af74 100644 (file)
Binary files a/swingjs/net.sf.j2s.core-j11.jar and b/swingjs/net.sf.j2s.core-j11.jar differ
index ced2ae7..dd10a49 100644 (file)
Binary files a/swingjs/net.sf.j2s.core.jar and b/swingjs/net.sf.j2s.core.jar differ
index 204bf8d..a15f0c4 100644 (file)
@@ -1 +1 @@
-20210728172208 
+20230831104534 
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10-j11/DEV_NOTES.txt b/swingjs/ver/3.2.10-j11/DEV_NOTES.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 751d81c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-This is sources/net.sf.j2s.java.core/dist/DEV_NOTES.txt
-
-_j2sclasslist.txt 
-
-the list of .js files concatenated into coreswingjs.js and minified to coreswingjs.z.js
-
-
-SwingJS-site.zip
-
-the full site directory for SwingJS including all files not in the test/ directory.
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10-j11/SwingJS-site.zip b/swingjs/ver/3.2.10-j11/SwingJS-site.zip
deleted file mode 100644 (file)
index f12fcb1..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.10-j11/SwingJS-site.zip and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10-j11/_j2sclasslist.txt b/swingjs/ver/3.2.10-j11/_j2sclasslist.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 076f300..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,412 +0,0 @@
-java/applet/Applet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-sun/util/locale/BaseLocale.js
-sun/util/locale/LocaleUtils.js
-sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10-j11/differences.txt b/swingjs/ver/3.2.10-j11/differences.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 60f5fcc..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1541 +0,0 @@
-Notes
-=====
-
----IMPORTANT CHARACTER SET NOTE---
-
-It is critical that all development work in Java2Script 
-be done in UTF-8. This means:
-
-- making sure your Eclipse project is set up for UTF-8 (not the Eclipse default?)
-- making sure your server can serve up UTF-8 by default for any browser-loaded files
-- making sure you don't edit a Java2Script class file or one of the site .js files
-    using a non-UTF-8 editor. It may replace non-Latin characters with "?" or garbage.
-- making sure that your web pages are delivered with proper headings indicating HTML5 and UTF-8
-
-<!DOCTYPE html>
-<html>
-<head>
-<meta charset="utf-8">
-
-Note that the DOCTYPE tag is critical for some browsers to switch into HTML5 mode. (MSIE?)
-
-
-
-  
-In particular, the Mandarin character ç§˜ (mi; "secret") is used extensively throughout
-the SwingJS class files to distinguish j2s-specific fields and methods that must not 
-ever be shadowed or overridden by subclasses. For example, we see in java.lang.Thread.java:
-
-               public static JSThread ç§˜thisThread;
-
-----------------------------------
-
-
-updated 12/6/2020 -- note about restrictions on long, including BitSet and Scanner
-updated 3/21/2020 -- adds note about HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-updated 3/20/2020 -- adds note about interning, new String("xxx"), and "xxx"
-updated 2/26/2020 -- adds Graphics.setClip issue
-updated 12/22/19 -- additional issues
-updated 11/03/19 -- adds information about File.exists() and points to src/javajs/async
-updated 10/26/19 -- adds information about File.createTempFile()
-updated 8/16/19 -- minor typos and added summary paragraph
-updated 7/19/19 -- clarification that AWT and Swing classes are supported directly
-updated 5/13/19 -- Mandarin U+79D8 reserved character; Missing Math methods; int and long
-updated 5/10/19 -- adds a section on static issues in multi-(duplicate)-applet pages
-updated 1/4/19 -- nio
-updated 9/15/18 -- adds integer 1/0 == Infinity
-updated 7/24/18 -- most classes replaced with https://github.com/frohoff/jdk8u-jdk
-updated 6/5/17 -- reserved package name "window"
-updated 3/11/17 -- myClass.getField
-updated 3/7/17 -- overloading of JSplitPane.setDividerLocation
-updated 3/2/17 -- more indication of classes not implemented (KeyListener)
-
-=============================================================================
-SwingJS and OpenJDK 8+
-=============================================================================
-
-SwingJS implements a wide range of the Java language in JavaScript. The base
-version for this implementation is OpenJDK8. some classes are implemented using 
-older source code, and there are some missing methods. For the most part, this is 
-no real problem. You can add or modify any java class just be adding it as source
-in your project. Or (preferably) you can contact me, and I can get it into the 
-distribution. Or (even more preferably) you can do that via a patch submission. 
-
-=================
-DESIGN PHILOSOPHY
-=================
-
-The java2script/SwingJS design goal is to recreate a recognizable, easily debuggable
-equivalent in JavaScript for as much of Java as practical. This means, for example, 
-that one can call in JavaScript 
-
-  new java.util.Hashtable()
-  
-and for all practical purposes it will appear that Java is running.
-
-
-Method and Field Disambiguation
--------------------------------
-
-SwingJS has no problem with the overloading of methods, for example:
-
-  public void print(int b);
-  public void print(float b);
-
-JavaScript does not allow overloading of methods, and the common practice in
-Java of naming a field the same as a method -- isAllowed and isAllowed() -- is
-not possible in JavaScript. As a result, SwingJS implements "fully-qualified" 
-method names using "$" parameter type separation. Thus, these methods in SwingJS
-will be referred to as print$I and print$F. The rules for this encoding are
-relatively simple: 
-
-1. The seven primitive types in Java are encoded $I (int), $L (long), $F (float), 
-$D (double), $B (byte) $Z (boolean), and $H (short). 
-
-2. String and Object are encoded as $S and $O, respectively.
-
-3. "java_lang_" is dropped for all other classes in the java.lang package (as in Java).
-   For example:  $StringBuffer, not $java_lang_StringBuffer
-
-4. All other classes are encoded as 
-
- "$" + Class.getName().replace(".","_")
-
-For example, in Java we see:
-
-  public void equals(Object o) {...}
-
-Whereas in SwingJS we have:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'equals$O', function (o) {...}
-
-And 
-
- this.getContentPane().add(bar, "North");
-
-becomes
-
- this.getContentPane$().add$java_awt_Component$O(bar, "North");
-
-5. Arrays are indicated with appended "A" for each level. So
-
-  setDataVector(Object[][] dataVector, Object[] columnIdentifiers)
-  
-becomes
-
-  setDataVector$OAA$OA(dataVector, columnIdentifiers)
-
-(It is recognized that this design does introduce a bit of ambiguity, in that
- in principal there could be user class named XA and X in the same package,
- and methods a(X[]) and a(XA) in the same class that cannot be distinguished.
- The benefit of this simple system, however, triumphed over the unlikelyhood
- of that scenario.) The transpiler could be set to flag this possibility.
-
-6. Constructors are prepended with "c$". So 
-
-  public JLabel(String text) {...}
-  
-becomes:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'c$$S', function (text) {...});
-
-Field disambiguation involves prepending. In Java, a class and its subclass 
-can both have the same field name, such as 
-
- boolean visible;
-When this happens, it is called "shadowing", and though not recommended, Java allows
-it. The Java2Script transpiler will prepend such shadowing fields with "$" so that the
-subclass instance has both "visible" (for use in its methods inherited from its
-superclass) and "$visible" (for its own methods). Thus, we might see in Java:
-
-  this.visible = super.visible;
-  
-while in SwingJS we will see:
-
-  this.$visible=this.visible;
-
-since JavaScript does not have the "super" keyword.
-
-
-
-Parameterless methods such as toString() are appended with "$" to become toString$().
-The one exception to this rule is private methods, which are saved in (truly) private 
-array in the class (and are not accessible by reflection). Private parameterless 
-methods retain their simple Java name, since they cannot conflict with field names.
-
-This renaming of methods has a few consequences, which are discussed more fully below.
-See particularly the section on "qualified field and method names", where it is described
-how you can use packages or classes or interfaces with ".api.js" in them to represent JavaScript
-objects for which all method names are to be left unqualified. Note that it is not 
-possible to cherry-pick methods to be unqualified; only full packages, classes or 
-interfaces can hold this status.
-
-The swingjs.api.js package in particular contains a number of useful interfaces that
-you can import into your project for JavaScript-specific capabilities.
-
-
-Applet vs. Application
-----------------------
-
-One of the very cool aspects of SwingJS is that it doesn't particularly matter if a browser-based
-Java app is an "applet" or an "application". We don't need JNLP (Java Network Launch Protocol) 
-because now we can just start up any Java application in a browser just as easily as any applet.
-The associative array that passes information to the SwingJS applet (information that formerly
-might have been part of the APPLET tag, such as width, height, and codebase, always referred to 
-in our writing as "the Info array") allows the option to specify the JApplet/Applet "code" 
-class or the application "main" class. Either one will run just fine.
-
-
-Performance
------------
-
-Obviously, there are limitations. One is performance, but we have seen reproducible 
-performance at 1/6 - 1/3 the speed of Java. Achieving this performance may require
-some refactoring of the Java to make it more efficient in both Java and JavaScript. 
-"for" loops need to be more carefully crafted; use of "new" and "instanceof" need to be
-minimized in critical areas. Note that method overloading -- that is, the same method name
-with different parameters, such as read(int) and read(byte) -- is no longer any problem. 
-  
-
-Threads
--------
-
-Although there is only a single thread in JavaScript, meaning Thread.wait(), Thread.sleep(int) and 
-Thread.notify() cannot be reproduced, we have found that this is not a serious limitation. 
-For example, javax.swing.Timer() works perfectly in JavaScript. All it means is that threads 
-that use sleep(int) or notify() must be refactored to allow Timer-like callbacks. That is, 
-they must allow full exit and re-entry of Thread.run(), not the typical while/sleep motif. 
-
-The key is to create a state-based run() that can be exited and re-entered in JavaScript.
-
-
-Static fields
--------------
-
-Final static primitive "constant" fields (String, boolean, int, etc.) such as 
-
-static final int TEST = 3;
-static final String MY_STRING = "my " + "string";
-
-are converted to their primitive form automatically by the Eclipse Java compiler 
-and do not appear in the JavaScript by their names. 
-
-Other static fields are properties of their class and can be used as expected.
-
-Note, however, that SwingJS runs all "Java" code on a page in a common "jvm" 
-(like older versions of Java). So, like the older Java schema, the JavaScript 
-equivalents of both applets and applications will share all of their static 
-fields and methods. This includes java.lang.System. 
-
-Basically, SwingJS implementations of Java run in a browser page-based sandbox 
-instead of an applet-specific one.
-
-In general, this is no problem. But if we are to implement pages with 
-multiple applets present, we must be sure to only have static references 
-that are "final" or specifically meant to be shared in a JavaScript 
-environment only (since they will not be shared in Java).
-
-A simple solution, if static non-constant references are needed, is to attach the 
-field to Thread.currentThread.threadGroup(), which is an applet-specific reference.
-Be sure, if you do this, that you use explicit setters and getters:
-
-For example, 
-
-private static String myvar;
-
-...
-
-public void setMyVar(String x) {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative g._myvar = x;
-   * 
-   */
-   {
-     myvar = x;
-   }
-}
-
-public String getMyVar() {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative return g._myvar || null;
-   * 
-   */
-   {
-     return myvar;
-   }
-}
- in Java will get and set x the same in JavaScript and in Java. 
-A convenient way to do this in general is to supply a singleton class with
-explicitly private-only constructors and then refer to it in Java and in JavaScript
-instead of using static field, referring to myclass.getIntance().xxx instead of 
-myclass.xxx in Java (and JavaScript). 
-
-This was done extensively in the Jalview project. See jalview.bin.Instance.
-
-
-Helper Packages -- swingjs/ and javajs/
----------------------------------------
-
-The SwingJS library is the swingjs/ package. There are interfaces that may be of assistance
-in swingjs/api, but other than that, it is not recommended that developers access classes in 
-this package. The "public" nature of their methods is really an internal necessity.
-
-In addition to swingjs/, though, there are several useful classes in the javajs/ package
-that could be very useful. This package is a stand-alone package that can be 
-cloned in any Java project that also would be great to have in any JavaScript project
--- SwingJS-related or not. Functionality ranges from reading and writing various file 
-formats, including PDF, BMP, PNG, GIF, JPG, JSON, ZIP, and CompoundDocument formats.
-
-A variety of highly efficient three- and four-dimensional point, vector, matrix, and 
-quaternion classes are included, as they were developed for JSmol and inherited from that
-project. 
-
-Of particular interest should be javajs/async/, which includes
-
-javajs.async.Async
-javajs.async.AsyncColorChooser
-javajs.async.AsyncDialog
-javajs.async.AsyncFileChooser
-
-See javajs.async.Async JavaDoc comments for a full description of 
-these useful classes.
-
-
-Modal Dialogs
--------------
-
-Although true modal dialogs are not possible with only one thread, a functional equivalent -- 
-asynchronous modal dialogs -- is relatively easy to set up. All the JOptionPane dialogs will
-return PropertyChangeEvents to signal that they have been disposed of and containing the results. 
-See below and classes in the javajs.async package.
-
-
-Native calls
-------------
-
-Native calls in Java are calls to operating system methods that are not in Java. JavaScript
-has no access to these, of course, and they must all be replaced by JavaScript equivalents.
-Fortunately, they are not common, and those that are present in Java (for example, in calculating
-checksums in ZIP file creation) are at a low enough level that most developers do not utilize them
-or do not even have access to them. All native calls in Java classes have been replaced by 
-Java equivalents.
-
-
-Swing GUI Peers and UIClasses
------------------------------
-
-One of the biggest adaptations introduced in SwingJS is in the area of the graphical 
-user interface. The issue here is complex but workable. In Java there are two background 
-concepts -- the Component "peer" (one per "heavy-weight" component, such as a Frame) and the 
-component "uiClass" (one per component, such as JButton or JTextField).
-
-Peers are native objects of the operating system. These are the virtual buttons and text areas
-that the user is interacting with at a very base level. Their events are being passed on to 
-Java or the browser by the operating system. UI classes provide a consistent "look and feel" 
-for these native objects, rendering them onto the native window canvas and handling all 
-user-generated events. They paint the borders, the backgrounds, the highlights, of every 
-control you see in Java. There is one-to-one correspondence of Swing classes and UI classes. 
-Setting the Look and Feel for a project amounts to selecting the directory from which to draw 
-these UI classes. The UI classes can be found in the javax.swing.plaf ("platform look and feel") 
-package.
-
-Early on in the development of SwingJS, we decided not to fully reproduce the painfully detailed 
-bit-by-bit painting of controls as is done in Java. Instead, we felt it was wiser to utilize the standard
-HTML5 UI capabilities as much as possible, using DIV, and INPUT especially, with extensive use
-of CSS and sometimes jQuery (menus, and sliders, for example). Thus, we have created a new 
-set of UIs -- the "HTML5 Look and Feel". These classes can be found in swingjs.plaf. Besides being
-more adaptable, this approach allows far more versatility to SwingJS developers, allowing them
-to modify the GUI to suit their needs if desired.
-
-In SwingJS, since we have no access to native peers except through the browser DOM,
-it seemed logical to merge the peer and UI idea. So instead of having one peer per heavy-weight control and
-one UI class instance for each control type, we just have one UI class instance per control, and
-that UI class instance is what is being referred to when a "peer" is notified. 
-
-In some ways this is a throw back to when all of Swing's components were subclasses of
-specific AWT components such as Button and List. These "heavy-weight components" all had their 
-own individual native peers and thus automatically took on the look and feel provided by the OS. 
-Later Swing versions implemented full look and feel for all peers, leaving only JDialog, JFrame,
-and a few other classes to have native peers. But in SwingJS we have again a 1:1 map of component
-and UI class/peer instance.
-
-The origin of most issues (read "bugs") in relation to the GUI will probably be found in the
-swingjs.plaf JSxxxxUI.java code.
-
-  
-Swing-only Components -- no longer an issue
--------------------------------------------
-
-Swing was introduced into Java well after the Java Abstract Window Toolkit (AWT) was well
-established. As such, its designers chose to allow AWT controls such as Button and List to be used 
-alongside their Swing counterparts JButton and JList. Reading the code, it is clear that this 
-design choice posed a huge headache for Swing class developers. 
-
-For SwingJS, we decided from the beginning NOT to allow this mixed-mode programming and 
-instead to require that all components be Swing components. 
-
-However, this is no longer an issue. All AWT components in SwingJS are now subclasses of 
-javax.swing.JComponent. So far, we have found no problem with this.
-
-The a2s Adapter Package
------------------------
-
-Originally, we thought that we would restrict ourselves to JApplets only. That is, only
-Swing-based applets. But as we worked, we discovered that there are a lot of great 
-applets out there that are pre-Swing pure-AWT java.applet.Applet applets. Our problem was 
-that we also wanted it to be possible to quickly adapt these applets to JavaScript as well.
-The solution turned out to be simple: Write a package (a2s) that recreates the interface for 
-non-Swing components as subclasses of Swing components. Thus, a2s.Button subclasses javax.swing.JButton
-but also accepts all of the methods of java.awt.Button. This works amazingly well, with a few
-special adaptations to the core javax.swing to be "AWT-aware." All AWT components now subclass 
-a2s components, which in turn subclass JComponents. So no changes in code are necessary. We have
-successfully transpiled over 500 applets using this strategy. (Kind of surprising, actually, that
-the original Java developers did not see that option. But we have a hindsight advantage here.)
-
-
-Working with Files
-==================
-
-Simple String file names are not optimal for passing information about
-read files within SwingJS applications. 
-All work with files should either use Path or File objects exclusively. 
-These objects, after a file is read or checked for existence, will already 
-contain the file byte[] data. Doing something like this:
-
-File f = File("./test.dat");
-boolean isOK = f.exists();
-
-will load f with its byte[] data, if the file exists. 
-
-But if after that, we use:
-
-File f2 = new File(f.getAbsolutePath());
-
-f2 will not contain that data. Such copying should be done as:
-
-File f2 = new File(f);
-
-in which case, the byte[] data will be transferred.
-
-
-SwingJS uses the following criteria to determine if File.exists() returns true:
-
-(1) if this File object has been used directly to read data, or 
-(2) if reading data using this File object is successful.
-
-Note that you cannot check to see if a file exists before input or if it 
-was actually written or if it already exists prior to writing in SwingJS.  
-
-Thus, you should check each use of file.exists() carefully, and if necessary, provide a J2sNative 
-block that gives an appropriate "OK" message, for example:
-
-(/** @j2sNative 1 ? false : */ outputfile.exits())
-
-or 
-
-(/** @j2sNative 1 ? true : */ inputfile.exits())
-
-Temporary files can be created in SwingJS. SwingJS will maintain a pseudo-filesystem for files 
-created with File.createTempFile(). This is useful in that closure of writing to a temporary file 
-does not generate a pseudo-download to the user's machine.
-
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES BY DESIGN
-===============================
-
-The SwingJS implementation of the following classes are present 
-in a way that gracefully bypasses their functionality:
-
-accessibility
-security
-serialization
-
-
-
-TODO LIST FOR UNIMPLEMENTED CLASSES
-===================================
-
-JEditorPane (minimal implementation) - DONE 12/2018; some issues still
-JSplitPane - DONE 8/2018
-JTabbedPane - DONE 10/2018
-JTree - done 12/2019
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-See below for a full discussion.
-
-Restrictions on long
-Restriction on BitSet and Scanner
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
-Names with "$" and "_"
-positive integers do not add to give negative numbers
-ArrayIndexOutOfBounds
-java.awt.Color
-native methods
-javax.swing.JFileDialog
-key focus
-LookAndFeel and UI Classes
-System.exit(0) does not stop all processes
-list cell renderers must be JComponents
-myClass.getField not implemented
-"window" and other reserved JavaScript names
-reserved field and method names
-qualified field and method names
-missing Math methods
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
-Graphics.setClip()
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
-OS-dependent classes
-AWT component peers
-some aspects of reflection
-
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
-threads
-modal dialogs
-image loading
-BigDecimal not fully implemented 
-no format internationalization
-no winding rules
-text-related field implementation
-Formatter/Regex limitations
-integer 1/0 == Infinity
-
-======================================================================== 
-
-DISCUSS
-=======
-
-Table row/col sorter needs checking after removal of java.text.Collator references
-
-I had to move all of SunHints class to RenderingHints, or the 
-two classes could not be loaded. Shouldn't be a problem, I think. The sun classes are
-not accessible to developers in Java anyway, since they are generally package private.
-
-========================================================================== 
-
-//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES
-=====================
-
-accessibility
--------------
-
-All Accessibility handling has been commented out to save the download footprint.
-This removes the need for sun.misc.SharedSecrets as well. 
-Nothing says we could not implement accessibility. We just didn't.
-
-
-security
---------
-
-All JavaScript security is handled by the browser natively. 
-Thus, Java security checking is no longer necessary, and 
-java.security.AccessController has been simplified to work without
-native security checking.
-
-Note that private methods in a class are REALLY private. 
-
-
-serialization
--------------
-
-All serialization has been removed. It was never very useful for Swing anyway, 
-because one needs exactly the same Java version to save and restore serialized objects.
-
-
-keyboard accelerators and mnemonics
------------------------------------
-
-This work was completed in the spring of 2019. Note that in a browser, some 
-key strokes, particularly CTRL-keys, are not available. Bummer.
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-----------------------------------------
-
-changed to JSToolkit.isDispatchThread()
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-restrictions on long
---------------------
-
-Java's 64-bit long type is not supported in JavaScript. There is no Int64Array in JavaScript,
-and 0x20000000000000 + 1 evaluates to 0x20000000000000, not 0x20000000000001. 
-(Likewise, -0x20000000000000 - 1 is left unchanged.) 
-
-The largest "integer" value in JavaScript is 9007199254740991 (9.007199254740991E13, or 0x1FFFFFFFFFFFFFF).
-Effectively, you get to use only 53 bits of the long, not 64. Trying to set a long larger than
-0x1FFFFFFFFFFFFFF or smaller than -0x1FFFFFFFFFFFFFF will result in a NumberFormatException.
-
-The transpiler handles conversion to long the same as Java for all cases other than from double. 
-
-For small double values, there is no problem, and, in fact, this is a known trick used to round 
-doubles and floats toward zero:
-
-double d;
-d = (long) 3.8;
-assert(d == 3);
-d = (long) -3.8;
-assert(d == -3);
-
-SwingJS will evaluate (long) d as 0 for d > 9007199254740991 
-or d < -9007199254740991, same as Java returns for Double.NaN.
-So, in Java we have:
-
-               assert(((long) Double.NaN) == 0);
-               assert(((int) Double.NaN) == 0);
-               assert(((long) Float.NaN) == 0);
-               assert(((int) Float.NaN) == 0);
-
-and also, in JavaScript only, we also have:
-
-               double d = 0x2000000000000L;
-               assert(((long) d) == 0);
-
-
-restrictions on BitSet and Scanner
-----------------------------------
-
-Because of the issue of long being only 53 bits, any time a method returns a long value, considerations must
-be made as to whether this will work in JavaScript. In particular, BitSet and Scanner have issues. 
-
-In SwingJS, java.util.BitSet has been implemented as a 32-bit integer-based bitset. This was no problem in
-Java 6, but starting with Java 7, a method was added to BitSet that allows for the extraction of the 
-underlying long[] word data. This is not work in JavaScript. Instead, SwingJS java.util.Bitset.toLongArray() will deliver 
-32-bit int[] data.
-
-SwingJS Scanner has hasNextLong() and nextLong(), and although it will scan through long numbers,
-Scanner will choke on long numbers greater than the JavaScript 53-bit limit. hasNextLong() will 
-return false, and nextLong() will throw an InputMismatchException triggered by the NumberFormatException
-thrown by Long.parseLong(). 
-
-
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
--------------------------------------------------
-
-In Java, iterators for HashMap, Hashtable, and HashSet do not guarantee any particular order. 
-From the HashMap documentation for Java 8:
-
-       This class makes no guarantees as to the order of the map; in particular, it does not 
-       guarantee that the order will remain constant over time.
-Likewise, for HashSet (because it is simply a convenience method for HashMap<Object,PRESENT>:
-
-       [HashSet] makes no guarantees as to the iteration order of the set.
-
-JavaScript's Map object is different. It is basically a LinkedHashMap, so it guarantees iteration
-in order of object addition.
-
-Starting with java2script 3.2.9.v1, these classes use the JavaScript Map object rather than hash codes
-whenever all keys are strictly of JavaScript typeof "string". If any key is introduced that is not a string, the
-implementation falls back to using hash codes, the same as Java. 
-
-Note strings created using new String("xxxx") are NOT typeof "string"; they are typeof "object".
-
-The result is significantly faster performance (3-12 x faster) than originally, and up to 3 x faster
-performance in JavaScript than in Java itself. Right. Faster than Java. 
-
-The JavaScript Map implementation is implemented UNLESS the constructor used is the one that
-specifies both initial capacity and load factor in their constructor. Thus, 
-
-new Hashtable()
-new HashMap()
-new HashMap(16)
-new HashSet()
-
-all use the JavaScript Map. But
-
-new Hashtable(11, 0.75f)
-new HashMap(16, 0.75f)
-new HashSet(16, 0.75f)
-
-do not. 
-
-This design allows for opting out of the JavaScript Map use in order to retain the exact behavior of 
-iterators in JavaScript as in Java.
-
-
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
--------------------------------------
-
-Note that the following are true in JavaScript:
-
-typeof new String("xxxx") == "object"
-typeof "xxxx" == "string"
-var s = "x";typeof ("xxx" + s) == "string"
-
-There is no equivalence to this behavior in Java, where a String is a String is a String.
-
-Be aware that SwingJS does not always create a JavaScript String object using JavaScript's 
-new String(...) constructor. It only does this for Java new String("xxxx") or new String(new String()). 
-
-In all other cases, new String(...) (in Java) results in a simple "xxxx" string in JavaScript. 
-That is, it will be JavaScript typeof "string", not typeof "object". 
-
-The reason for this design is that several classes in the Java core use toString() 
-methods that return new String(), and those classes that do that would cause a JavaScript error
-if implicitly stringified if new String() returned a JavaScript String object. 
-
-This is fine in JavaScript
-
-test1 = function() { return { toString:function(){ return "OK" } } }
-"testing" + new test1()
->> "testingOK"
-
-But for whatever reason in JavaScript:
-
-test2 = function() { return { toString:function(){ return new String("OK") } } }
-"testing" + new test2()
->> Uncaught TypeError: Cannot convert object to primitive value
-
-The lesson here is never to use 
-
-  return new String("...");
-
-in a Java toString() method. In Java it will be fine; in JavaScript it will also be fine as long as
-that method is never called in JavaScript implicitly in the context of string concatenation.
-
-A note about interning. Consider the following six Java constructions, where we have a == "x";
-
-"xxx"
-"xx" + "x"
-new String("xxx").intern()
-
-new String("xxx")
-"xx" + a.toString()
-"xx" + a
-
-All six of these will return java.lang.String for .getClass().getName().
-However, the first three are String literals, while the last three are String objects. 
-Thus:
-        "xxx" == "xxx"
-        "xxx" == "xx" + "x"
-        "xxx" == new String("xxx").intern()
-
-but none of the other three are equivalent to "xxx" or each other:
-
-              "xxx" != new String("xxx")
-              "xxx" != "xx" + a.toString()
-              "xxx" != "xx" + a
-  new String("xxx") != new String("xxx") 
-           "xx" + a != new String("xxx") 
-
-etc.
-
-As in Java, in SwingJS, all of the following Java assertions pass as true:
-
-               assert("xxx" == "xx" + "x"); 
-               assert("xxx" == ("xx" + a).intern()); 
-               assert("xxx" === new String("xxx").intern()); 
-               
-and both of these do as well:
-
-               assert(new String("xxx") != "xxx"); 
-               assert(new String("xxx") != new String("xxx")); 
-
-But the following two fail to assert true:
-
-        assert("xxx" != "xx" + a);
-        assert("xxx" != "xx" + a.toString());
-
-because in JavaScript, both of these right-side expressions evaluate to a simple "interned" string.
-
-In Java, however, these assertions are true because Java implicitly "boxes" String 
-concatentaion as a String object, not a literal. 
-
-Most of us know not to generally use == with Strings unless they are explicitly interned. 
-Where this problem may arise, though, is in IdentityHashMap, which compares objects using 
-System.identityHashCode(), which is not the same for different objects or their string literal equivalents.
-
-My recommendation, if you need to use IdentityHashMap with strings is to always use an explicit String.intern()
-for any keys -- unless you really want to keep every string as separate keys even if they are the same sequence, 
-in which case, use new String(). This will work in Java and in  JavaScript.
-
-Be aware when working with strings that come from SwingJS and are being used by other JavaScript modules
-that those that are String objects will return "object" for the JavaScript typeof operator, not "string".
-
-The easy way to ensure this is no problem is to concatenate strings with "" to force immediate interning:
-
-  var x = aJavaObject.getString() + "";
-
-unless you are certain that the string is being returned is a raw JavaScript string.   
-
-Names with "$" and "_"
-----------------------
-
-For the most part, this should be no problem. 
-
-Note that the use of $ and _ in Java field names has always been discouraged:
-[https://docs.oracle.com/javase/tutorial/java/nutsandbolts/variables.html]
-
-       You may find some situations where auto-generated names will contain the dollar sign, 
-       but your variable names should always avoid using it. A similar convention 
-       exists for the underscore character; while it's technically legal to begin your 
-       variable's name with "_", this practice is discouraged.
-
-Some impacts of transpiling method names with full qualification:
-
-1) SwingJS will introduce fields that start with $ or _. These will not conflict
-   if the above convention is followed.
-   
-2) Fields that have the same Java name as a method are not an issue. 
-
-3) Fields that have a Java name with $ that matches a transpiled method name, 
-   such as toString$, will need to be refactored in Java to not have that name collision.
-   
-4) Fields in a subclass that have the same name as private fields in a superclass
-   represent a name collision, because the superclass method needs to call its private
-   field even if invoked from a subclass. The solution was to modify the subclass field
-   name using one or more prepended $.
-   
-5) Use of Class.getDeclaredMethods() reflection will return Method objects having the transpiled 
-   name, not the Java name. This could require some j2sNative adjustment 
-   to strip the $... parameters from the name if that is needed. 
-
-6) Use of Method.getParameterTypes() should work fine, provided class names
-   do not contain "_". This is because the transpiler converts "." to "_" when
-   creating the fully qualified JavaScript name.
-
-
-positive integers do not add to give negative numbers
------------------------------------------------------
-
-In Java, the following is true:
-
-  2000000000 + 2000000000 == -294967296
-
-But in SwingJS, that will be 4000000000. So, for example, the following
-strategy will fail in SwingJS:
-
-               int newLength = lineBuf.length * 2;
-               if (newLength < 0) {
-                       newLength = Integer.MAX_VALUE;
-               }
-
-"-1" in JavaScript is not 0xFFFFFFFF.
-
-And one must take care to not compare a negative number with a 32-bit mask. So
-
-(b & 0xFF000000) == 0xFF000000
-
-is true in Java for (int) b = -1, but is false in JavaScript, because 0xFF000000 is 4278190080, 
-while (-1 & 0xFF000000) is, strangely enough, -16777216, and, in fact, 
-
-(0xFF000000 & 0xFF000000) != 0xFF000000
-
-because -16777216 is not 4278190080.
-
-The fix is that one must compare similar operations:
-
-if ((b & 0xFF000000) == (0xFF000000 & 0xFF000000)) .....
-
-Importantly, the JavaScript Int32Array does behave properly. From 
-the Firefox developer console:
-
->> x = new Int32Array(1)
-<- Int32Array(1) [ 0 ]
->> x[0] = 4000000000
-<- 4000000000
->> x[0]
-<- -294967296
-
-Notice that, perhaps unexpectedly, the following two constructs produce 
-different results in JavaScript:
-
-x = new Int32Array(1);
-b = x[0] = 4000000000;
-
-(b will be 4000000000)
-
-and
-
-x = new Int32Array(1);
-x[0] = 4000000000;
-b = x[0];
-
-(b will be -294967296)
-
-
-SwingJS leverages array typing to handle all byte and short arithmetic so as
-to ensure that any byte or short operation in JavaScript does give the same 
-result in Java. The design decision to not also do this with integer math was
-a trade-off between performance and handling edge cases.
-
-
-ArrayIndexOutOfBounds
----------------------
-
-You cannot implicitly throw an ArrayIndexOutOfBoundsException in JavaScript.
-JavaScript will simply return "undefined", not throw an Exception. So:
-
-boolean notAGoodIdeaIsOutOfBounds(String[] sa, int i) {
-  try {
-     return (sa[i] == sa[i]);
-  } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e) {
-       return false;
-  }
-}
-
-will work in Java but not in JavaScript. Code should not depend upon this sort 
-of trap anyway, if you ask me. 
-
-Throwable vs Error vs Exception
--------------------------------
-
-True JavaScript errors are trapped as Throwable, whereas you can still trap
-Error and Exception as well. So if you want to be sure to catch any JavaScript
-error, use try{}catch (Throwable t){}, not try{}catch (Exception e){}. 
-
-j
-ava.awt.Color
---------------
-
-ColorSpace: only "support" CS_sRGB.
-
- TODO -- any volunteers??
-
-javax.swing.JFileDialog
------------------------
-
-HTML5 cannot expose a file reading directory structure. But you certainly 
-can still do file reading and writing. It just works a little differently.
-It's a simple modification:
-
-               b = new JButton("FileOpenDialog");
-               b.addActionListener(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                               JFileChooser fc = new JFileChooser();
-                               Test_Dialog.this.onDialogReturn(fc.showOpenDialog(Test_Dialog.this));
-                               // Java will wait until the dialog is closed, then enter the onDialogReturn method.
-                               // JavaScript will exit with NaN immediately, and then call back with its actual value
-                               // asynchronously.
-                       }
-
-               });
-       
-               public void onDialogReturn(int value) {
-                       if (value != Math.floor(value))
-                               return; // in JavaScript, this will be NaN, indicating the dialog has been opened
-                       // If we are here, the dialog has closed, in both Java and JavaScript.
-                       System.out.println("int value is " + value);
-               }
-
-
-       @Override
-       public void propertyChange(PropertyChangeEvent event) {
-               Object val = event.getNewValue();
-               String name = event.getPropertyName();
-               System.out.println(name);
-               switch (event.getSource().getClass().getName()) {
-               case "javax.swing.JOptionPane":
-                       switch (name) {
-                       case "inputValue":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       case "value":
-                               if (val instanceof Integer)
-                                       onDialogReturn(((Integer) val).intValue());
-                               else
-                                       onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.ColorChooserDialog":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedColor":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.JFileChooser":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedFile":
-                               File file = (File) val;
-                               byte[] array = (val == null ? null : /** @j2sNative file.秘bytes || */
-                                               null);
-                               onDialogReturn("fileName is '" + file.getName() + "'\n\n" + new String(array));
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               }
-               System.out.println(
-                               event.getSource().getClass().getName() + " " + event.getPropertyName() + ": " + event.getNewValue());
-       }
-
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls to JFileDialog. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as 
-
-/sources/net.sf.j2s.java.core/src/javajs/async/AsyncFileChooser.java.
-
-
-javax.swing.JOptionPane dialogs
--------------------------------
-
-For this action to work, the parentComponent must implement
-propertyChangeListener, and any call to JOptionPanel should allow for
-an asynchronous response, meaning that there is no actionable code following the
-call to the dialog opening. 
-
-In addition, for compatibility with the Java version, implementation should
-wrap the call to getConfirmDialog or getOptionDialog in a method call to
-handle the Java:
-
-onDialogReturn(JOptionPane.showConfirmDialog(parentFrame,
-messageOrMessagePanel, "title", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));
-
-Then parentFrame.propertyChange(event) should also call onDialogReturn.
-
-This will then work in both Java and JavaScript.
-
-Note that there is an int and an Object version of onDialogReturn().
-
-
-In JavaScript:
-
-The initial return from JOptionPane.showConfirmDialog and showMessageDialog
-will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_INTEGER (NaN), testable as an impossible 
-Java int value using ret != -(-ret) if the parent implements PropertyChangeListener, or -1
-(CLOSE_OPTION) if not.
-
-For showOptionDialog (which returns Object) or showInputDialog (which returns
-String), the initial return will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_OBJECT, testable as
-((Object) ret) instanceof javax.swing.plaf.UIResource if the parent implements
-PropertyChangeListeneer, or null if not.
-
-The second return will be the desired return.
-
-In Java:
-
-The initial return will be the one and only modal final return.
-
-
-
-For full compatibility, The calling method must not continue beyond this
-call.
-
-All of the standard Java events associated with Components are also
-available.
-
-Certain fall back mechanisms are possible, where onReturn does not exist, but
-only for the following cases:
-
-
-For showMessageDialog, for WARNING_MESSAGE and ERROR_MESSAGE, a simple
-JavaScript alert() is used, returning 0 (OK_OPTION) or -1 (CLOSED_OPTION).
-
-For showInputDialog, if the message is a string, a simple JavaScript prompt()
-with input box is used, returning the entered string or null.
-
-For showConfirmDialog, a simple JavaScript confirm() is used, in which case:
-
-for YES_NO_OPTION: YES_OPTION or NO_OPTION
-
-for YES_NO_CANCEL_OPTION: YES_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-for OK_CANCEL_OPTION or any other: OK_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-Note that you should implement a response for CLOSED_OPTION for
-showConfirmDialog. For other dialogs, a null return indicates the dialog was
-closed, just as for Java.
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as src/javajs/async/AsyncDialog.java.
-Very simple modifications to the Java allows asynchronous operation using AsyncDialog. Here
-is a simple "do you want to close this frame" example, where you can see that what we have
-done is to set the reply into an ActionListener that is defined in the constructor of 
-the AsyncDisplay object:
-
-// Original:
-//
-//     private void promptQuit() {
-//             int sel = JOptionPane.showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-//             switch (sel) {
-//             case JOptionPane.YES_OPTION:
-//                     resultsTab.clean();
-//                     seqs.dispose();
-//                     if (fromMain) {
-//                             System.exit(0);
-//                     }
-//                     break;
-//             }
-//     }
-
-       private void promptQuitAsync() {
-               new AsyncDialog(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                           int sel = ((AsyncDialog)e.getSource()).getOption();
-                               switch (sel) {
-                               case JOptionPane.YES_OPTION:
-                                       resultsTab.clean();
-                                       seqs.dispose();
-                                       if (fromMain) {
-                                               System.exit(0);
-                                       }
-                                       break;
-                               }
-                       }}).showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-       }
-
-Very simple! 
-
-
-native methods
---------------
-
-The J2S compiler ignores all static native method declarations.
-Anything of this nature needs to be implemented in JavaScript if it is needed,
-using j2sNative blocks:
-
-/**
- * @j2sNative
- *
- *    var putYourJavaScriptCodeHere
- *
- */
- Note that if you follow that directly with a {...} block, then 
- the javadoc code will run in JavaScript, and the {...} code will run in Java.
-key Focus
----------
-
-As of June, 2019, the keyboard focus manager is fully implemented. 
-The one catch is that JTextPane and JTextArea, which already consume
-VK_TAB in Java, cannot use CTRL-TAB to continue a tabbing cycle around
-the components in a window. Instead, CTRL-TAB is absorbed by the browser. 
-
-
-LookAndFeel and UI Classes
---------------------------
-
-SwingJS implements the native browser look and feel as swingjs.plaf.HTML5LookAndFeel. 
-There are small differences between all look and feels -- MacOS, Windows, SwingJS.
-
-Expert developers know how to coerce changes in the UI by subclassing the UI for a 
-component. This probably will not work in SwingJS. 
-
-Note that LookAndFeel in Java usually determines canvas size in a Frame because 
-different operating systems (Mac OS vs Windows vs HTML5) will have 
-different edge sizes on their frames. If you want to ensure a component size, 
-use getContentPane().setPreferredSize().
-
-
-System.exit(0) does not stop all processes
-------------------------------------------
-
-Although System.ext(int) has been implemented in JavaScript, it just closes the 
-frames, stops all pending javax.swing.Timer objects in the queue, and runs any 
-threads added using Runtime.getRuntime().addShutdownHook(Thread).
-It may not stop all "threads." So don't rely on that.
-Applications are responsible for shutting down prior to executing System.exit(0). 
-
-
-myClass.getField not implemented
---------------------------------
-
-java.lang.reflect.Field is implemented minimally. It is not
-certain that Field.getDeclaringClass() will work. If you just want a 
-value of a field, you can do this:
-
-/**
- *@j2sNative
- *
- * return myClass[name]
- */   
-
-But that is not a java.lang.reflection.Field object.
-
-
-"window" and other reserved JavaScript names
---------------------------------------------
-
-No reserved top-level JavaScript name is allowed for a package name. So, for example, 
-one must rename packages such as "window" or "document" to names such as "win" or "doc".
-
-reserved field and method names
--------------------------------
-
-In order to minimize the chance of added SwingJS field and method names colliding with ones 
-developers might use in subclassing Java classes, we have added U+79D8 (first character of Mandarin 
-"secret") to the characters already disrecommended by Java documentation ("$" and "_"). The only problem
-would be if you use that character followed by certain English words in certain classes. For example
-\u79D8canvas for JComponents (in java.awt.JSComponent) and \u79D8byte (in java.io.File).
-
-qualified field and method names
---------------------------------
-
-Method names in SwingJS are fully qualified, meaning two methods with the same Java name but different
-parameters, such as write(int) and write(double), must not have the same name in JavaScript. (In this
-case, we will have write$I and write$D.) However, in certain cases it may be desirable to leave the
-method names unqualified. In particular, when an interface actually represents a JavaScript object, 
-the transpiler can leave a method name unqualified. The default situation for this is a class name 
-includes ".api.js" (case-sensitive). This means that any method in any class in a package js within 
-a package api, or any private interface js that has an outer interface api, will have all-unqualified
-methods. An example of this is swingjs.plaf.JSComboPopupList, which needs to communicate with a jQuery 
-object directly using the following interface:
-
-       private interface api {
-
-               interface js extends JQueryObject {
-
-                       abstract js j2sCB(Object options);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, Object o);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, int i);
-
-                       abstract int j2sCB(String OPTION, String name);
-
-               }
-       }
-
-Notice that all these variants of j2sCB() will call the same method in JavaScript by design.
-
-
-missing Math methods
---------------------
-
-java.lang.Math is worked out, but some methods are missing, either because they
-involve long integer value that are inaccessible in JavaScript, or because I just
-didn't implement them. This is a result of continued Java development. 
-It is easy enough to add these methods if you have the source. They go into j2sClazz.js, 
-which is combined with other initial libraries into swingjs2.js by build_site.xml
-
-
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
--------------------------------------------
-
-Use of component.getGraphics() is discouraged in Java and in SwingJS. 
-Specifically in SwingJS, any call to component.getGraphics() or 
-BufferedImage.createGraphics() or Graphics.create(...) should be matched with graphics.dispose(), 
-particularly when it is called outside the context of a paint(Graphics)
-call from the system. 
-
-If you see your graphics scrolling down the page with each repaint, 
-look for where you have used Component.getGraphics() and not Graphics.dispose().
-For example, this will definitely NOT work in SwingJS:
-
-  this.paint(getGraphics())
-  
-and really should not work in Java, either, as it is technically a resource memory leak.
-
-Instead, if you really do not want to use repaint(), use this:
-
-  Graphics g = getGraphics();
-  paint(g);
-  g.dispose();
-
-
-
-Graphics.setClip()
-------------------
-
-The HTML5 canvas.clip() method is permanent. You can only reset the clip using
-save/restore. This is different from Java, where you can temporarily change it using
-
-  Shape oldClip = Graphics.getClip();
-  Graphics.setClip(newClip);
-   ...
-  Graphics.setClip(oldClip); 
-
-If you need to do something like this, you must schedule the paints
-to not have overlapping clip needs.
-
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
------
-
-Fonts and FontMetrics will all be handled in JavaScript. Font matching will 
-not be exact, and composite (drawn) fonts will not be supported. 
-
-SwingJS handles calls such as font.getFontMetrics(g).stringWidth("xxx") by 
-creating a <div> containing that text, placing it in an obscure location on 
-the page, and reading div.getBoundingClientRect(). This is a VERY precise
-value, but can be a pixel or two off from what Java reports for the same font.
-OS-dependent classes
---------------------
-
-Static classes such as:
-
-   java.awt.Toolkit
-   java.awt.GraphicsEnvironment
-   
-   
-which are created using Class.forName are implemented using classes in the swingjs package.
-
-AWTAccessor is not implemented. 
-
-   
-AWT component peers and component "ui" user interfaces
-------------------------------------------------------
-
-ComponentPeer is a class that represents a native AWT component.
-Components with such peers are called "heavy-weight" components.
-They are expected to do the dirty work of graphics drawing. 
-
-Java Swing implements peers only for JApplet, JDialog, JFrame, and JWindow. 
-References to such objects have been removed, but clearly there must be 
-some connection to similar DOM objects, even for "light-weight" components. 
-
-
-  
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
------
-
-Glyph/composite/outline fonts are not supported.
-   
-
-
-threads
--------
-
-Thread locking and synchronization are not relevant to JavaScript.
-Thus, anything requiring "notify.." or "waitFor.." could be a serious issue.
-All threading must be "faked" in JavaScript. Specifically not available is:
-
-  Thread.sleep()
-  
-javax.swing.AbstractButton#doClick(pressTime) will not work, as it requires Thread.sleep();
-    
-However, java.lang.Thread itself is implemented and used extensively. 
-
-Methods thread.start() and thread.run() both work fine. 
-
-For simple applications that use Thread.sleep() just to have a delay, as in a frame rate, for 
-example, one can use javax.swing.Timer instead. That is fully implemented. 
-
-Likewise, java.util.Timer can be replaced with no loss of performance with javax.Swing.Timer.
-Note that java.util.TimerTask is implemented, but it can also be replaced by an implementation of Runnable.
-
-task = new TimerTask(){....};
-t = new java.util.Timer();
-t.schedule(task, 0, 1);
-
-becomes
-
-task = new TimerTask(){....}; // or task = new Runnable() {...}
-t = new javax.swing.Timer(1, new ActionListener() {
-       @Override
-       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-               task.run();
-       }
-};
-t.setInitialDelay(0); // not particularly necessary
-t.start();
-
-In addition, SwingJS provides swingjs.JSThread, which can be subclassed
-if desired. This class allows simple 
-
-  while(!interrupted()){
-       wait()
-       ...
-  }  
-
-action through an asynchronous function run1(mode). For example:
-
-       protected void run1(int mode) {
-               try {
-                       while (true)
-                               switch (mode) {
-                               case INIT:
-                                       // once-through stuff here
-                                       mode = LOOP;
-                                       break;
-                               case LOOP:
-                                       if (!doDispatch || isInterrupted()) {
-                                               mode = DONE;
-                                       } else {
-                                               Runnable r = new Runnable() {
-                                                       public void run() {
-                                                               // put the loop code here
-                                                       }
-                                               };
-                                               dispatchAndReturn(r);
-                                               if (isJS)
-                                                       return;
-                                       }
-                                       break;
-                               // add more cases as needed
-                               case DONE:
-                                       // finish up here
-                                       if (isInterrupted())
-                                               return;
-                                       // or here
-                                       break;
-                               }
-               } finally {
-                       // stuff here to be executed after each loop in JS or at the end in Java
-               }
-       }
-
-image loading
--------------
-- All image loading in SwingJS is synchronous. A MediaTracker call will immediately return "complete".
-  However, it still may take one system clock tick to fully load images. Thus, it is recommended that
-  images be preloaded in the static block of the applet if it is necessary that they be available in init().
-  This is only an issue if you are trying to access the pixel buffer of the image in JavaScript. 
-  
-- Applet.getImage(path, name) will return null if the image does not exist. 
-
-- BufferedImage: only "support" imageType RGB and ARGB
-
-  -BH: This is a temporary edit, just to get us started. Certainly GRAY will be needed
-
-
-BigInteger and BigDecimal
--------------------------
-
-java.math.BigInteger is fully supported; java.math.BigDecimal is roughed 
-in and not fully tested (07/2019). 
-
-Both classes present significant issues for JavaScript, as they are based in 
-Java's 64-bit long for all their operations. Here is the JavaDoc note I added
-to BigInteger:
-
- * SwingJS note: Because of the limitations of JavaScript with regard
- * to long-integer bit storage as a double, this implementation drops
- * the integer storage bit length to 24, giving 48 for long and leaving
- * the last 16 bits clear for the exponent of the double number. This should
- * not affect performance significantly. It does increase the storage 
- * size by about 33%. By bringing an "int" to 3 bytes, we can easily construct
- * and use byte[] data intended for the original BitSet.  
-
-"Easily" may be a bit strong there. This was a serious challenge.
-
-BigDecimal seems to run normally, but in order to do that, my hack involves
-reducing the size of an integer that is allowed to be stored as such and not
-in byte[] as a BigInteger. I'm sure there is a performance hit, but it does work.
-
-no format internationalization
-------------------------------
-
-For now, just en for number and date formatters
-
-no winding rules
-----------------
-
-  When filling a graphic, only nonzero winding rule is implemented in HTML5 Canvas2D.
-
-
-
-text-related field implementation
----------------------------------
-
-Text fields are:
-
-JTextField   (JavaScript <input type="text">)
-JTextArea    (JavaScript <textarea>)
-JTextPane    (JavaScript <div>)
-JEditorPane  (JavaScript <div>)
-
-For the initial implementation, we don't implement infinite undo/redo, and the abstract 
-document model is much less elaborate. Only PlainDocument (in the form of JSPlainDocument)
-is implemented. The Document returned by JTextField.getDocument() is a javax.swing.text.Document.
-
-All scrolling is handled by HTML5. javax.swing.AutoScroller is not implemented.
-public static methods .stop, .isRunning, .processMouseDragged require true Java threading
-and so are not implmented. javax.swing.text.View and its subclasses are not implemented. 
-
-The JS document model does not allow two text fields to address the same underlying document. 
-
-JavaScript is slightly different from Java in that the field value is changed asynchronously after
-the keypressed event, so Java actions that are keyed to KEY_PRESSED may not pick up the new 
-key value even after SwingUtilities.invokeLater() is called. Thus, key pressed actions may need
-to be recorded after a key released event instead. 
-
-Formatter/Regex limitations
----------------------------
-
-Some browsers cannot process Regex "look-behind" process such as (?<=\W)
-java.util.regex.Matcher and Pattern use JavaScript's RegExp object rather than
-the native Java object. These are not identical. Only flags /igm are supported.
-Matcher.start(groupID) is not supported.
-
-java.util.Formatter will function correctly for all standard %... patterns.
-
-integer 1/0 == Infinity
------------------------
-
-1/0 in Java throws "java.lang.ArithmeticException: / by zero", but in JavaScript is just Infinity. 
-
-
-Summary
--------
-
-These are all the known limitations of SwingJS. We have not found any of these limitations
-to be show-stoppers. The primary issue for newcomers to SwingJS is having the source code.
-You must check that source code for all your library jar files is available or, if you
-choose, you will need to decompile those classes. We have used decompilation on some projects,
-and it works just fine. So, technically, all we really need are JAR/class files. But the 
-source is by far superior. It's generally prettier, and it has the license information that
-may or may not be present with the JAR or class files. Use class files at your own risk.
-
-Bob Hanson
-2019.08.16
-
-
-Additional Issues
------------------
-
-Annotation is working for classes, methods, and fields (12/22/19). Method reflection, however,
-is limited. Interfaces do not expose their methods, as the transpiler does not actually transpile
-the interfaces themselves. And method reflection only includes annotated methods.
-
-java.util.concurrent is not fully elaborated. This package is rewritten to not actually use the
-memory handling capabilities of concurrency, which JavaScript does not have access to.
-
-System.getProperties() just returns a minimal set of properties.
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar b/swingjs/ver/3.2.10-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar
deleted file mode 100644 (file)
index a999edf..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.10-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10-j11/timestamp b/swingjs/ver/3.2.10-j11/timestamp
deleted file mode 100644 (file)
index 39964d7..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-20201222130550 
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10/DEV_NOTES.txt b/swingjs/ver/3.2.10/DEV_NOTES.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 751d81c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-This is sources/net.sf.j2s.java.core/dist/DEV_NOTES.txt
-
-_j2sclasslist.txt 
-
-the list of .js files concatenated into coreswingjs.js and minified to coreswingjs.z.js
-
-
-SwingJS-site.zip
-
-the full site directory for SwingJS including all files not in the test/ directory.
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10/SwingJS-site.zip b/swingjs/ver/3.2.10/SwingJS-site.zip
deleted file mode 100644 (file)
index f12fcb1..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.10/SwingJS-site.zip and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10/_j2sclasslist.txt b/swingjs/ver/3.2.10/_j2sclasslist.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 076f300..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,412 +0,0 @@
-java/applet/Applet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-sun/util/locale/BaseLocale.js
-sun/util/locale/LocaleUtils.js
-sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10/differences.txt b/swingjs/ver/3.2.10/differences.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 60f5fcc..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1541 +0,0 @@
-Notes
-=====
-
----IMPORTANT CHARACTER SET NOTE---
-
-It is critical that all development work in Java2Script 
-be done in UTF-8. This means:
-
-- making sure your Eclipse project is set up for UTF-8 (not the Eclipse default?)
-- making sure your server can serve up UTF-8 by default for any browser-loaded files
-- making sure you don't edit a Java2Script class file or one of the site .js files
-    using a non-UTF-8 editor. It may replace non-Latin characters with "?" or garbage.
-- making sure that your web pages are delivered with proper headings indicating HTML5 and UTF-8
-
-<!DOCTYPE html>
-<html>
-<head>
-<meta charset="utf-8">
-
-Note that the DOCTYPE tag is critical for some browsers to switch into HTML5 mode. (MSIE?)
-
-
-
-  
-In particular, the Mandarin character ç§˜ (mi; "secret") is used extensively throughout
-the SwingJS class files to distinguish j2s-specific fields and methods that must not 
-ever be shadowed or overridden by subclasses. For example, we see in java.lang.Thread.java:
-
-               public static JSThread ç§˜thisThread;
-
-----------------------------------
-
-
-updated 12/6/2020 -- note about restrictions on long, including BitSet and Scanner
-updated 3/21/2020 -- adds note about HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-updated 3/20/2020 -- adds note about interning, new String("xxx"), and "xxx"
-updated 2/26/2020 -- adds Graphics.setClip issue
-updated 12/22/19 -- additional issues
-updated 11/03/19 -- adds information about File.exists() and points to src/javajs/async
-updated 10/26/19 -- adds information about File.createTempFile()
-updated 8/16/19 -- minor typos and added summary paragraph
-updated 7/19/19 -- clarification that AWT and Swing classes are supported directly
-updated 5/13/19 -- Mandarin U+79D8 reserved character; Missing Math methods; int and long
-updated 5/10/19 -- adds a section on static issues in multi-(duplicate)-applet pages
-updated 1/4/19 -- nio
-updated 9/15/18 -- adds integer 1/0 == Infinity
-updated 7/24/18 -- most classes replaced with https://github.com/frohoff/jdk8u-jdk
-updated 6/5/17 -- reserved package name "window"
-updated 3/11/17 -- myClass.getField
-updated 3/7/17 -- overloading of JSplitPane.setDividerLocation
-updated 3/2/17 -- more indication of classes not implemented (KeyListener)
-
-=============================================================================
-SwingJS and OpenJDK 8+
-=============================================================================
-
-SwingJS implements a wide range of the Java language in JavaScript. The base
-version for this implementation is OpenJDK8. some classes are implemented using 
-older source code, and there are some missing methods. For the most part, this is 
-no real problem. You can add or modify any java class just be adding it as source
-in your project. Or (preferably) you can contact me, and I can get it into the 
-distribution. Or (even more preferably) you can do that via a patch submission. 
-
-=================
-DESIGN PHILOSOPHY
-=================
-
-The java2script/SwingJS design goal is to recreate a recognizable, easily debuggable
-equivalent in JavaScript for as much of Java as practical. This means, for example, 
-that one can call in JavaScript 
-
-  new java.util.Hashtable()
-  
-and for all practical purposes it will appear that Java is running.
-
-
-Method and Field Disambiguation
--------------------------------
-
-SwingJS has no problem with the overloading of methods, for example:
-
-  public void print(int b);
-  public void print(float b);
-
-JavaScript does not allow overloading of methods, and the common practice in
-Java of naming a field the same as a method -- isAllowed and isAllowed() -- is
-not possible in JavaScript. As a result, SwingJS implements "fully-qualified" 
-method names using "$" parameter type separation. Thus, these methods in SwingJS
-will be referred to as print$I and print$F. The rules for this encoding are
-relatively simple: 
-
-1. The seven primitive types in Java are encoded $I (int), $L (long), $F (float), 
-$D (double), $B (byte) $Z (boolean), and $H (short). 
-
-2. String and Object are encoded as $S and $O, respectively.
-
-3. "java_lang_" is dropped for all other classes in the java.lang package (as in Java).
-   For example:  $StringBuffer, not $java_lang_StringBuffer
-
-4. All other classes are encoded as 
-
- "$" + Class.getName().replace(".","_")
-
-For example, in Java we see:
-
-  public void equals(Object o) {...}
-
-Whereas in SwingJS we have:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'equals$O', function (o) {...}
-
-And 
-
- this.getContentPane().add(bar, "North");
-
-becomes
-
- this.getContentPane$().add$java_awt_Component$O(bar, "North");
-
-5. Arrays are indicated with appended "A" for each level. So
-
-  setDataVector(Object[][] dataVector, Object[] columnIdentifiers)
-  
-becomes
-
-  setDataVector$OAA$OA(dataVector, columnIdentifiers)
-
-(It is recognized that this design does introduce a bit of ambiguity, in that
- in principal there could be user class named XA and X in the same package,
- and methods a(X[]) and a(XA) in the same class that cannot be distinguished.
- The benefit of this simple system, however, triumphed over the unlikelyhood
- of that scenario.) The transpiler could be set to flag this possibility.
-
-6. Constructors are prepended with "c$". So 
-
-  public JLabel(String text) {...}
-  
-becomes:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'c$$S', function (text) {...});
-
-Field disambiguation involves prepending. In Java, a class and its subclass 
-can both have the same field name, such as 
-
- boolean visible;
-When this happens, it is called "shadowing", and though not recommended, Java allows
-it. The Java2Script transpiler will prepend such shadowing fields with "$" so that the
-subclass instance has both "visible" (for use in its methods inherited from its
-superclass) and "$visible" (for its own methods). Thus, we might see in Java:
-
-  this.visible = super.visible;
-  
-while in SwingJS we will see:
-
-  this.$visible=this.visible;
-
-since JavaScript does not have the "super" keyword.
-
-
-
-Parameterless methods such as toString() are appended with "$" to become toString$().
-The one exception to this rule is private methods, which are saved in (truly) private 
-array in the class (and are not accessible by reflection). Private parameterless 
-methods retain their simple Java name, since they cannot conflict with field names.
-
-This renaming of methods has a few consequences, which are discussed more fully below.
-See particularly the section on "qualified field and method names", where it is described
-how you can use packages or classes or interfaces with ".api.js" in them to represent JavaScript
-objects for which all method names are to be left unqualified. Note that it is not 
-possible to cherry-pick methods to be unqualified; only full packages, classes or 
-interfaces can hold this status.
-
-The swingjs.api.js package in particular contains a number of useful interfaces that
-you can import into your project for JavaScript-specific capabilities.
-
-
-Applet vs. Application
-----------------------
-
-One of the very cool aspects of SwingJS is that it doesn't particularly matter if a browser-based
-Java app is an "applet" or an "application". We don't need JNLP (Java Network Launch Protocol) 
-because now we can just start up any Java application in a browser just as easily as any applet.
-The associative array that passes information to the SwingJS applet (information that formerly
-might have been part of the APPLET tag, such as width, height, and codebase, always referred to 
-in our writing as "the Info array") allows the option to specify the JApplet/Applet "code" 
-class or the application "main" class. Either one will run just fine.
-
-
-Performance
------------
-
-Obviously, there are limitations. One is performance, but we have seen reproducible 
-performance at 1/6 - 1/3 the speed of Java. Achieving this performance may require
-some refactoring of the Java to make it more efficient in both Java and JavaScript. 
-"for" loops need to be more carefully crafted; use of "new" and "instanceof" need to be
-minimized in critical areas. Note that method overloading -- that is, the same method name
-with different parameters, such as read(int) and read(byte) -- is no longer any problem. 
-  
-
-Threads
--------
-
-Although there is only a single thread in JavaScript, meaning Thread.wait(), Thread.sleep(int) and 
-Thread.notify() cannot be reproduced, we have found that this is not a serious limitation. 
-For example, javax.swing.Timer() works perfectly in JavaScript. All it means is that threads 
-that use sleep(int) or notify() must be refactored to allow Timer-like callbacks. That is, 
-they must allow full exit and re-entry of Thread.run(), not the typical while/sleep motif. 
-
-The key is to create a state-based run() that can be exited and re-entered in JavaScript.
-
-
-Static fields
--------------
-
-Final static primitive "constant" fields (String, boolean, int, etc.) such as 
-
-static final int TEST = 3;
-static final String MY_STRING = "my " + "string";
-
-are converted to their primitive form automatically by the Eclipse Java compiler 
-and do not appear in the JavaScript by their names. 
-
-Other static fields are properties of their class and can be used as expected.
-
-Note, however, that SwingJS runs all "Java" code on a page in a common "jvm" 
-(like older versions of Java). So, like the older Java schema, the JavaScript 
-equivalents of both applets and applications will share all of their static 
-fields and methods. This includes java.lang.System. 
-
-Basically, SwingJS implementations of Java run in a browser page-based sandbox 
-instead of an applet-specific one.
-
-In general, this is no problem. But if we are to implement pages with 
-multiple applets present, we must be sure to only have static references 
-that are "final" or specifically meant to be shared in a JavaScript 
-environment only (since they will not be shared in Java).
-
-A simple solution, if static non-constant references are needed, is to attach the 
-field to Thread.currentThread.threadGroup(), which is an applet-specific reference.
-Be sure, if you do this, that you use explicit setters and getters:
-
-For example, 
-
-private static String myvar;
-
-...
-
-public void setMyVar(String x) {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative g._myvar = x;
-   * 
-   */
-   {
-     myvar = x;
-   }
-}
-
-public String getMyVar() {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative return g._myvar || null;
-   * 
-   */
-   {
-     return myvar;
-   }
-}
- in Java will get and set x the same in JavaScript and in Java. 
-A convenient way to do this in general is to supply a singleton class with
-explicitly private-only constructors and then refer to it in Java and in JavaScript
-instead of using static field, referring to myclass.getIntance().xxx instead of 
-myclass.xxx in Java (and JavaScript). 
-
-This was done extensively in the Jalview project. See jalview.bin.Instance.
-
-
-Helper Packages -- swingjs/ and javajs/
----------------------------------------
-
-The SwingJS library is the swingjs/ package. There are interfaces that may be of assistance
-in swingjs/api, but other than that, it is not recommended that developers access classes in 
-this package. The "public" nature of their methods is really an internal necessity.
-
-In addition to swingjs/, though, there are several useful classes in the javajs/ package
-that could be very useful. This package is a stand-alone package that can be 
-cloned in any Java project that also would be great to have in any JavaScript project
--- SwingJS-related or not. Functionality ranges from reading and writing various file 
-formats, including PDF, BMP, PNG, GIF, JPG, JSON, ZIP, and CompoundDocument formats.
-
-A variety of highly efficient three- and four-dimensional point, vector, matrix, and 
-quaternion classes are included, as they were developed for JSmol and inherited from that
-project. 
-
-Of particular interest should be javajs/async/, which includes
-
-javajs.async.Async
-javajs.async.AsyncColorChooser
-javajs.async.AsyncDialog
-javajs.async.AsyncFileChooser
-
-See javajs.async.Async JavaDoc comments for a full description of 
-these useful classes.
-
-
-Modal Dialogs
--------------
-
-Although true modal dialogs are not possible with only one thread, a functional equivalent -- 
-asynchronous modal dialogs -- is relatively easy to set up. All the JOptionPane dialogs will
-return PropertyChangeEvents to signal that they have been disposed of and containing the results. 
-See below and classes in the javajs.async package.
-
-
-Native calls
-------------
-
-Native calls in Java are calls to operating system methods that are not in Java. JavaScript
-has no access to these, of course, and they must all be replaced by JavaScript equivalents.
-Fortunately, they are not common, and those that are present in Java (for example, in calculating
-checksums in ZIP file creation) are at a low enough level that most developers do not utilize them
-or do not even have access to them. All native calls in Java classes have been replaced by 
-Java equivalents.
-
-
-Swing GUI Peers and UIClasses
------------------------------
-
-One of the biggest adaptations introduced in SwingJS is in the area of the graphical 
-user interface. The issue here is complex but workable. In Java there are two background 
-concepts -- the Component "peer" (one per "heavy-weight" component, such as a Frame) and the 
-component "uiClass" (one per component, such as JButton or JTextField).
-
-Peers are native objects of the operating system. These are the virtual buttons and text areas
-that the user is interacting with at a very base level. Their events are being passed on to 
-Java or the browser by the operating system. UI classes provide a consistent "look and feel" 
-for these native objects, rendering them onto the native window canvas and handling all 
-user-generated events. They paint the borders, the backgrounds, the highlights, of every 
-control you see in Java. There is one-to-one correspondence of Swing classes and UI classes. 
-Setting the Look and Feel for a project amounts to selecting the directory from which to draw 
-these UI classes. The UI classes can be found in the javax.swing.plaf ("platform look and feel") 
-package.
-
-Early on in the development of SwingJS, we decided not to fully reproduce the painfully detailed 
-bit-by-bit painting of controls as is done in Java. Instead, we felt it was wiser to utilize the standard
-HTML5 UI capabilities as much as possible, using DIV, and INPUT especially, with extensive use
-of CSS and sometimes jQuery (menus, and sliders, for example). Thus, we have created a new 
-set of UIs -- the "HTML5 Look and Feel". These classes can be found in swingjs.plaf. Besides being
-more adaptable, this approach allows far more versatility to SwingJS developers, allowing them
-to modify the GUI to suit their needs if desired.
-
-In SwingJS, since we have no access to native peers except through the browser DOM,
-it seemed logical to merge the peer and UI idea. So instead of having one peer per heavy-weight control and
-one UI class instance for each control type, we just have one UI class instance per control, and
-that UI class instance is what is being referred to when a "peer" is notified. 
-
-In some ways this is a throw back to when all of Swing's components were subclasses of
-specific AWT components such as Button and List. These "heavy-weight components" all had their 
-own individual native peers and thus automatically took on the look and feel provided by the OS. 
-Later Swing versions implemented full look and feel for all peers, leaving only JDialog, JFrame,
-and a few other classes to have native peers. But in SwingJS we have again a 1:1 map of component
-and UI class/peer instance.
-
-The origin of most issues (read "bugs") in relation to the GUI will probably be found in the
-swingjs.plaf JSxxxxUI.java code.
-
-  
-Swing-only Components -- no longer an issue
--------------------------------------------
-
-Swing was introduced into Java well after the Java Abstract Window Toolkit (AWT) was well
-established. As such, its designers chose to allow AWT controls such as Button and List to be used 
-alongside their Swing counterparts JButton and JList. Reading the code, it is clear that this 
-design choice posed a huge headache for Swing class developers. 
-
-For SwingJS, we decided from the beginning NOT to allow this mixed-mode programming and 
-instead to require that all components be Swing components. 
-
-However, this is no longer an issue. All AWT components in SwingJS are now subclasses of 
-javax.swing.JComponent. So far, we have found no problem with this.
-
-The a2s Adapter Package
------------------------
-
-Originally, we thought that we would restrict ourselves to JApplets only. That is, only
-Swing-based applets. But as we worked, we discovered that there are a lot of great 
-applets out there that are pre-Swing pure-AWT java.applet.Applet applets. Our problem was 
-that we also wanted it to be possible to quickly adapt these applets to JavaScript as well.
-The solution turned out to be simple: Write a package (a2s) that recreates the interface for 
-non-Swing components as subclasses of Swing components. Thus, a2s.Button subclasses javax.swing.JButton
-but also accepts all of the methods of java.awt.Button. This works amazingly well, with a few
-special adaptations to the core javax.swing to be "AWT-aware." All AWT components now subclass 
-a2s components, which in turn subclass JComponents. So no changes in code are necessary. We have
-successfully transpiled over 500 applets using this strategy. (Kind of surprising, actually, that
-the original Java developers did not see that option. But we have a hindsight advantage here.)
-
-
-Working with Files
-==================
-
-Simple String file names are not optimal for passing information about
-read files within SwingJS applications. 
-All work with files should either use Path or File objects exclusively. 
-These objects, after a file is read or checked for existence, will already 
-contain the file byte[] data. Doing something like this:
-
-File f = File("./test.dat");
-boolean isOK = f.exists();
-
-will load f with its byte[] data, if the file exists. 
-
-But if after that, we use:
-
-File f2 = new File(f.getAbsolutePath());
-
-f2 will not contain that data. Such copying should be done as:
-
-File f2 = new File(f);
-
-in which case, the byte[] data will be transferred.
-
-
-SwingJS uses the following criteria to determine if File.exists() returns true:
-
-(1) if this File object has been used directly to read data, or 
-(2) if reading data using this File object is successful.
-
-Note that you cannot check to see if a file exists before input or if it 
-was actually written or if it already exists prior to writing in SwingJS.  
-
-Thus, you should check each use of file.exists() carefully, and if necessary, provide a J2sNative 
-block that gives an appropriate "OK" message, for example:
-
-(/** @j2sNative 1 ? false : */ outputfile.exits())
-
-or 
-
-(/** @j2sNative 1 ? true : */ inputfile.exits())
-
-Temporary files can be created in SwingJS. SwingJS will maintain a pseudo-filesystem for files 
-created with File.createTempFile(). This is useful in that closure of writing to a temporary file 
-does not generate a pseudo-download to the user's machine.
-
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES BY DESIGN
-===============================
-
-The SwingJS implementation of the following classes are present 
-in a way that gracefully bypasses their functionality:
-
-accessibility
-security
-serialization
-
-
-
-TODO LIST FOR UNIMPLEMENTED CLASSES
-===================================
-
-JEditorPane (minimal implementation) - DONE 12/2018; some issues still
-JSplitPane - DONE 8/2018
-JTabbedPane - DONE 10/2018
-JTree - done 12/2019
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-See below for a full discussion.
-
-Restrictions on long
-Restriction on BitSet and Scanner
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
-Names with "$" and "_"
-positive integers do not add to give negative numbers
-ArrayIndexOutOfBounds
-java.awt.Color
-native methods
-javax.swing.JFileDialog
-key focus
-LookAndFeel and UI Classes
-System.exit(0) does not stop all processes
-list cell renderers must be JComponents
-myClass.getField not implemented
-"window" and other reserved JavaScript names
-reserved field and method names
-qualified field and method names
-missing Math methods
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
-Graphics.setClip()
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
-OS-dependent classes
-AWT component peers
-some aspects of reflection
-
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
-threads
-modal dialogs
-image loading
-BigDecimal not fully implemented 
-no format internationalization
-no winding rules
-text-related field implementation
-Formatter/Regex limitations
-integer 1/0 == Infinity
-
-======================================================================== 
-
-DISCUSS
-=======
-
-Table row/col sorter needs checking after removal of java.text.Collator references
-
-I had to move all of SunHints class to RenderingHints, or the 
-two classes could not be loaded. Shouldn't be a problem, I think. The sun classes are
-not accessible to developers in Java anyway, since they are generally package private.
-
-========================================================================== 
-
-//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES
-=====================
-
-accessibility
--------------
-
-All Accessibility handling has been commented out to save the download footprint.
-This removes the need for sun.misc.SharedSecrets as well. 
-Nothing says we could not implement accessibility. We just didn't.
-
-
-security
---------
-
-All JavaScript security is handled by the browser natively. 
-Thus, Java security checking is no longer necessary, and 
-java.security.AccessController has been simplified to work without
-native security checking.
-
-Note that private methods in a class are REALLY private. 
-
-
-serialization
--------------
-
-All serialization has been removed. It was never very useful for Swing anyway, 
-because one needs exactly the same Java version to save and restore serialized objects.
-
-
-keyboard accelerators and mnemonics
------------------------------------
-
-This work was completed in the spring of 2019. Note that in a browser, some 
-key strokes, particularly CTRL-keys, are not available. Bummer.
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-----------------------------------------
-
-changed to JSToolkit.isDispatchThread()
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-restrictions on long
---------------------
-
-Java's 64-bit long type is not supported in JavaScript. There is no Int64Array in JavaScript,
-and 0x20000000000000 + 1 evaluates to 0x20000000000000, not 0x20000000000001. 
-(Likewise, -0x20000000000000 - 1 is left unchanged.) 
-
-The largest "integer" value in JavaScript is 9007199254740991 (9.007199254740991E13, or 0x1FFFFFFFFFFFFFF).
-Effectively, you get to use only 53 bits of the long, not 64. Trying to set a long larger than
-0x1FFFFFFFFFFFFFF or smaller than -0x1FFFFFFFFFFFFFF will result in a NumberFormatException.
-
-The transpiler handles conversion to long the same as Java for all cases other than from double. 
-
-For small double values, there is no problem, and, in fact, this is a known trick used to round 
-doubles and floats toward zero:
-
-double d;
-d = (long) 3.8;
-assert(d == 3);
-d = (long) -3.8;
-assert(d == -3);
-
-SwingJS will evaluate (long) d as 0 for d > 9007199254740991 
-or d < -9007199254740991, same as Java returns for Double.NaN.
-So, in Java we have:
-
-               assert(((long) Double.NaN) == 0);
-               assert(((int) Double.NaN) == 0);
-               assert(((long) Float.NaN) == 0);
-               assert(((int) Float.NaN) == 0);
-
-and also, in JavaScript only, we also have:
-
-               double d = 0x2000000000000L;
-               assert(((long) d) == 0);
-
-
-restrictions on BitSet and Scanner
-----------------------------------
-
-Because of the issue of long being only 53 bits, any time a method returns a long value, considerations must
-be made as to whether this will work in JavaScript. In particular, BitSet and Scanner have issues. 
-
-In SwingJS, java.util.BitSet has been implemented as a 32-bit integer-based bitset. This was no problem in
-Java 6, but starting with Java 7, a method was added to BitSet that allows for the extraction of the 
-underlying long[] word data. This is not work in JavaScript. Instead, SwingJS java.util.Bitset.toLongArray() will deliver 
-32-bit int[] data.
-
-SwingJS Scanner has hasNextLong() and nextLong(), and although it will scan through long numbers,
-Scanner will choke on long numbers greater than the JavaScript 53-bit limit. hasNextLong() will 
-return false, and nextLong() will throw an InputMismatchException triggered by the NumberFormatException
-thrown by Long.parseLong(). 
-
-
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
--------------------------------------------------
-
-In Java, iterators for HashMap, Hashtable, and HashSet do not guarantee any particular order. 
-From the HashMap documentation for Java 8:
-
-       This class makes no guarantees as to the order of the map; in particular, it does not 
-       guarantee that the order will remain constant over time.
-Likewise, for HashSet (because it is simply a convenience method for HashMap<Object,PRESENT>:
-
-       [HashSet] makes no guarantees as to the iteration order of the set.
-
-JavaScript's Map object is different. It is basically a LinkedHashMap, so it guarantees iteration
-in order of object addition.
-
-Starting with java2script 3.2.9.v1, these classes use the JavaScript Map object rather than hash codes
-whenever all keys are strictly of JavaScript typeof "string". If any key is introduced that is not a string, the
-implementation falls back to using hash codes, the same as Java. 
-
-Note strings created using new String("xxxx") are NOT typeof "string"; they are typeof "object".
-
-The result is significantly faster performance (3-12 x faster) than originally, and up to 3 x faster
-performance in JavaScript than in Java itself. Right. Faster than Java. 
-
-The JavaScript Map implementation is implemented UNLESS the constructor used is the one that
-specifies both initial capacity and load factor in their constructor. Thus, 
-
-new Hashtable()
-new HashMap()
-new HashMap(16)
-new HashSet()
-
-all use the JavaScript Map. But
-
-new Hashtable(11, 0.75f)
-new HashMap(16, 0.75f)
-new HashSet(16, 0.75f)
-
-do not. 
-
-This design allows for opting out of the JavaScript Map use in order to retain the exact behavior of 
-iterators in JavaScript as in Java.
-
-
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
--------------------------------------
-
-Note that the following are true in JavaScript:
-
-typeof new String("xxxx") == "object"
-typeof "xxxx" == "string"
-var s = "x";typeof ("xxx" + s) == "string"
-
-There is no equivalence to this behavior in Java, where a String is a String is a String.
-
-Be aware that SwingJS does not always create a JavaScript String object using JavaScript's 
-new String(...) constructor. It only does this for Java new String("xxxx") or new String(new String()). 
-
-In all other cases, new String(...) (in Java) results in a simple "xxxx" string in JavaScript. 
-That is, it will be JavaScript typeof "string", not typeof "object". 
-
-The reason for this design is that several classes in the Java core use toString() 
-methods that return new String(), and those classes that do that would cause a JavaScript error
-if implicitly stringified if new String() returned a JavaScript String object. 
-
-This is fine in JavaScript
-
-test1 = function() { return { toString:function(){ return "OK" } } }
-"testing" + new test1()
->> "testingOK"
-
-But for whatever reason in JavaScript:
-
-test2 = function() { return { toString:function(){ return new String("OK") } } }
-"testing" + new test2()
->> Uncaught TypeError: Cannot convert object to primitive value
-
-The lesson here is never to use 
-
-  return new String("...");
-
-in a Java toString() method. In Java it will be fine; in JavaScript it will also be fine as long as
-that method is never called in JavaScript implicitly in the context of string concatenation.
-
-A note about interning. Consider the following six Java constructions, where we have a == "x";
-
-"xxx"
-"xx" + "x"
-new String("xxx").intern()
-
-new String("xxx")
-"xx" + a.toString()
-"xx" + a
-
-All six of these will return java.lang.String for .getClass().getName().
-However, the first three are String literals, while the last three are String objects. 
-Thus:
-        "xxx" == "xxx"
-        "xxx" == "xx" + "x"
-        "xxx" == new String("xxx").intern()
-
-but none of the other three are equivalent to "xxx" or each other:
-
-              "xxx" != new String("xxx")
-              "xxx" != "xx" + a.toString()
-              "xxx" != "xx" + a
-  new String("xxx") != new String("xxx") 
-           "xx" + a != new String("xxx") 
-
-etc.
-
-As in Java, in SwingJS, all of the following Java assertions pass as true:
-
-               assert("xxx" == "xx" + "x"); 
-               assert("xxx" == ("xx" + a).intern()); 
-               assert("xxx" === new String("xxx").intern()); 
-               
-and both of these do as well:
-
-               assert(new String("xxx") != "xxx"); 
-               assert(new String("xxx") != new String("xxx")); 
-
-But the following two fail to assert true:
-
-        assert("xxx" != "xx" + a);
-        assert("xxx" != "xx" + a.toString());
-
-because in JavaScript, both of these right-side expressions evaluate to a simple "interned" string.
-
-In Java, however, these assertions are true because Java implicitly "boxes" String 
-concatentaion as a String object, not a literal. 
-
-Most of us know not to generally use == with Strings unless they are explicitly interned. 
-Where this problem may arise, though, is in IdentityHashMap, which compares objects using 
-System.identityHashCode(), which is not the same for different objects or their string literal equivalents.
-
-My recommendation, if you need to use IdentityHashMap with strings is to always use an explicit String.intern()
-for any keys -- unless you really want to keep every string as separate keys even if they are the same sequence, 
-in which case, use new String(). This will work in Java and in  JavaScript.
-
-Be aware when working with strings that come from SwingJS and are being used by other JavaScript modules
-that those that are String objects will return "object" for the JavaScript typeof operator, not "string".
-
-The easy way to ensure this is no problem is to concatenate strings with "" to force immediate interning:
-
-  var x = aJavaObject.getString() + "";
-
-unless you are certain that the string is being returned is a raw JavaScript string.   
-
-Names with "$" and "_"
-----------------------
-
-For the most part, this should be no problem. 
-
-Note that the use of $ and _ in Java field names has always been discouraged:
-[https://docs.oracle.com/javase/tutorial/java/nutsandbolts/variables.html]
-
-       You may find some situations where auto-generated names will contain the dollar sign, 
-       but your variable names should always avoid using it. A similar convention 
-       exists for the underscore character; while it's technically legal to begin your 
-       variable's name with "_", this practice is discouraged.
-
-Some impacts of transpiling method names with full qualification:
-
-1) SwingJS will introduce fields that start with $ or _. These will not conflict
-   if the above convention is followed.
-   
-2) Fields that have the same Java name as a method are not an issue. 
-
-3) Fields that have a Java name with $ that matches a transpiled method name, 
-   such as toString$, will need to be refactored in Java to not have that name collision.
-   
-4) Fields in a subclass that have the same name as private fields in a superclass
-   represent a name collision, because the superclass method needs to call its private
-   field even if invoked from a subclass. The solution was to modify the subclass field
-   name using one or more prepended $.
-   
-5) Use of Class.getDeclaredMethods() reflection will return Method objects having the transpiled 
-   name, not the Java name. This could require some j2sNative adjustment 
-   to strip the $... parameters from the name if that is needed. 
-
-6) Use of Method.getParameterTypes() should work fine, provided class names
-   do not contain "_". This is because the transpiler converts "." to "_" when
-   creating the fully qualified JavaScript name.
-
-
-positive integers do not add to give negative numbers
------------------------------------------------------
-
-In Java, the following is true:
-
-  2000000000 + 2000000000 == -294967296
-
-But in SwingJS, that will be 4000000000. So, for example, the following
-strategy will fail in SwingJS:
-
-               int newLength = lineBuf.length * 2;
-               if (newLength < 0) {
-                       newLength = Integer.MAX_VALUE;
-               }
-
-"-1" in JavaScript is not 0xFFFFFFFF.
-
-And one must take care to not compare a negative number with a 32-bit mask. So
-
-(b & 0xFF000000) == 0xFF000000
-
-is true in Java for (int) b = -1, but is false in JavaScript, because 0xFF000000 is 4278190080, 
-while (-1 & 0xFF000000) is, strangely enough, -16777216, and, in fact, 
-
-(0xFF000000 & 0xFF000000) != 0xFF000000
-
-because -16777216 is not 4278190080.
-
-The fix is that one must compare similar operations:
-
-if ((b & 0xFF000000) == (0xFF000000 & 0xFF000000)) .....
-
-Importantly, the JavaScript Int32Array does behave properly. From 
-the Firefox developer console:
-
->> x = new Int32Array(1)
-<- Int32Array(1) [ 0 ]
->> x[0] = 4000000000
-<- 4000000000
->> x[0]
-<- -294967296
-
-Notice that, perhaps unexpectedly, the following two constructs produce 
-different results in JavaScript:
-
-x = new Int32Array(1);
-b = x[0] = 4000000000;
-
-(b will be 4000000000)
-
-and
-
-x = new Int32Array(1);
-x[0] = 4000000000;
-b = x[0];
-
-(b will be -294967296)
-
-
-SwingJS leverages array typing to handle all byte and short arithmetic so as
-to ensure that any byte or short operation in JavaScript does give the same 
-result in Java. The design decision to not also do this with integer math was
-a trade-off between performance and handling edge cases.
-
-
-ArrayIndexOutOfBounds
----------------------
-
-You cannot implicitly throw an ArrayIndexOutOfBoundsException in JavaScript.
-JavaScript will simply return "undefined", not throw an Exception. So:
-
-boolean notAGoodIdeaIsOutOfBounds(String[] sa, int i) {
-  try {
-     return (sa[i] == sa[i]);
-  } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e) {
-       return false;
-  }
-}
-
-will work in Java but not in JavaScript. Code should not depend upon this sort 
-of trap anyway, if you ask me. 
-
-Throwable vs Error vs Exception
--------------------------------
-
-True JavaScript errors are trapped as Throwable, whereas you can still trap
-Error and Exception as well. So if you want to be sure to catch any JavaScript
-error, use try{}catch (Throwable t){}, not try{}catch (Exception e){}. 
-
-j
-ava.awt.Color
---------------
-
-ColorSpace: only "support" CS_sRGB.
-
- TODO -- any volunteers??
-
-javax.swing.JFileDialog
------------------------
-
-HTML5 cannot expose a file reading directory structure. But you certainly 
-can still do file reading and writing. It just works a little differently.
-It's a simple modification:
-
-               b = new JButton("FileOpenDialog");
-               b.addActionListener(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                               JFileChooser fc = new JFileChooser();
-                               Test_Dialog.this.onDialogReturn(fc.showOpenDialog(Test_Dialog.this));
-                               // Java will wait until the dialog is closed, then enter the onDialogReturn method.
-                               // JavaScript will exit with NaN immediately, and then call back with its actual value
-                               // asynchronously.
-                       }
-
-               });
-       
-               public void onDialogReturn(int value) {
-                       if (value != Math.floor(value))
-                               return; // in JavaScript, this will be NaN, indicating the dialog has been opened
-                       // If we are here, the dialog has closed, in both Java and JavaScript.
-                       System.out.println("int value is " + value);
-               }
-
-
-       @Override
-       public void propertyChange(PropertyChangeEvent event) {
-               Object val = event.getNewValue();
-               String name = event.getPropertyName();
-               System.out.println(name);
-               switch (event.getSource().getClass().getName()) {
-               case "javax.swing.JOptionPane":
-                       switch (name) {
-                       case "inputValue":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       case "value":
-                               if (val instanceof Integer)
-                                       onDialogReturn(((Integer) val).intValue());
-                               else
-                                       onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.ColorChooserDialog":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedColor":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.JFileChooser":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedFile":
-                               File file = (File) val;
-                               byte[] array = (val == null ? null : /** @j2sNative file.秘bytes || */
-                                               null);
-                               onDialogReturn("fileName is '" + file.getName() + "'\n\n" + new String(array));
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               }
-               System.out.println(
-                               event.getSource().getClass().getName() + " " + event.getPropertyName() + ": " + event.getNewValue());
-       }
-
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls to JFileDialog. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as 
-
-/sources/net.sf.j2s.java.core/src/javajs/async/AsyncFileChooser.java.
-
-
-javax.swing.JOptionPane dialogs
--------------------------------
-
-For this action to work, the parentComponent must implement
-propertyChangeListener, and any call to JOptionPanel should allow for
-an asynchronous response, meaning that there is no actionable code following the
-call to the dialog opening. 
-
-In addition, for compatibility with the Java version, implementation should
-wrap the call to getConfirmDialog or getOptionDialog in a method call to
-handle the Java:
-
-onDialogReturn(JOptionPane.showConfirmDialog(parentFrame,
-messageOrMessagePanel, "title", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));
-
-Then parentFrame.propertyChange(event) should also call onDialogReturn.
-
-This will then work in both Java and JavaScript.
-
-Note that there is an int and an Object version of onDialogReturn().
-
-
-In JavaScript:
-
-The initial return from JOptionPane.showConfirmDialog and showMessageDialog
-will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_INTEGER (NaN), testable as an impossible 
-Java int value using ret != -(-ret) if the parent implements PropertyChangeListener, or -1
-(CLOSE_OPTION) if not.
-
-For showOptionDialog (which returns Object) or showInputDialog (which returns
-String), the initial return will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_OBJECT, testable as
-((Object) ret) instanceof javax.swing.plaf.UIResource if the parent implements
-PropertyChangeListeneer, or null if not.
-
-The second return will be the desired return.
-
-In Java:
-
-The initial return will be the one and only modal final return.
-
-
-
-For full compatibility, The calling method must not continue beyond this
-call.
-
-All of the standard Java events associated with Components are also
-available.
-
-Certain fall back mechanisms are possible, where onReturn does not exist, but
-only for the following cases:
-
-
-For showMessageDialog, for WARNING_MESSAGE and ERROR_MESSAGE, a simple
-JavaScript alert() is used, returning 0 (OK_OPTION) or -1 (CLOSED_OPTION).
-
-For showInputDialog, if the message is a string, a simple JavaScript prompt()
-with input box is used, returning the entered string or null.
-
-For showConfirmDialog, a simple JavaScript confirm() is used, in which case:
-
-for YES_NO_OPTION: YES_OPTION or NO_OPTION
-
-for YES_NO_CANCEL_OPTION: YES_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-for OK_CANCEL_OPTION or any other: OK_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-Note that you should implement a response for CLOSED_OPTION for
-showConfirmDialog. For other dialogs, a null return indicates the dialog was
-closed, just as for Java.
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as src/javajs/async/AsyncDialog.java.
-Very simple modifications to the Java allows asynchronous operation using AsyncDialog. Here
-is a simple "do you want to close this frame" example, where you can see that what we have
-done is to set the reply into an ActionListener that is defined in the constructor of 
-the AsyncDisplay object:
-
-// Original:
-//
-//     private void promptQuit() {
-//             int sel = JOptionPane.showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-//             switch (sel) {
-//             case JOptionPane.YES_OPTION:
-//                     resultsTab.clean();
-//                     seqs.dispose();
-//                     if (fromMain) {
-//                             System.exit(0);
-//                     }
-//                     break;
-//             }
-//     }
-
-       private void promptQuitAsync() {
-               new AsyncDialog(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                           int sel = ((AsyncDialog)e.getSource()).getOption();
-                               switch (sel) {
-                               case JOptionPane.YES_OPTION:
-                                       resultsTab.clean();
-                                       seqs.dispose();
-                                       if (fromMain) {
-                                               System.exit(0);
-                                       }
-                                       break;
-                               }
-                       }}).showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-       }
-
-Very simple! 
-
-
-native methods
---------------
-
-The J2S compiler ignores all static native method declarations.
-Anything of this nature needs to be implemented in JavaScript if it is needed,
-using j2sNative blocks:
-
-/**
- * @j2sNative
- *
- *    var putYourJavaScriptCodeHere
- *
- */
- Note that if you follow that directly with a {...} block, then 
- the javadoc code will run in JavaScript, and the {...} code will run in Java.
-key Focus
----------
-
-As of June, 2019, the keyboard focus manager is fully implemented. 
-The one catch is that JTextPane and JTextArea, which already consume
-VK_TAB in Java, cannot use CTRL-TAB to continue a tabbing cycle around
-the components in a window. Instead, CTRL-TAB is absorbed by the browser. 
-
-
-LookAndFeel and UI Classes
---------------------------
-
-SwingJS implements the native browser look and feel as swingjs.plaf.HTML5LookAndFeel. 
-There are small differences between all look and feels -- MacOS, Windows, SwingJS.
-
-Expert developers know how to coerce changes in the UI by subclassing the UI for a 
-component. This probably will not work in SwingJS. 
-
-Note that LookAndFeel in Java usually determines canvas size in a Frame because 
-different operating systems (Mac OS vs Windows vs HTML5) will have 
-different edge sizes on their frames. If you want to ensure a component size, 
-use getContentPane().setPreferredSize().
-
-
-System.exit(0) does not stop all processes
-------------------------------------------
-
-Although System.ext(int) has been implemented in JavaScript, it just closes the 
-frames, stops all pending javax.swing.Timer objects in the queue, and runs any 
-threads added using Runtime.getRuntime().addShutdownHook(Thread).
-It may not stop all "threads." So don't rely on that.
-Applications are responsible for shutting down prior to executing System.exit(0). 
-
-
-myClass.getField not implemented
---------------------------------
-
-java.lang.reflect.Field is implemented minimally. It is not
-certain that Field.getDeclaringClass() will work. If you just want a 
-value of a field, you can do this:
-
-/**
- *@j2sNative
- *
- * return myClass[name]
- */   
-
-But that is not a java.lang.reflection.Field object.
-
-
-"window" and other reserved JavaScript names
---------------------------------------------
-
-No reserved top-level JavaScript name is allowed for a package name. So, for example, 
-one must rename packages such as "window" or "document" to names such as "win" or "doc".
-
-reserved field and method names
--------------------------------
-
-In order to minimize the chance of added SwingJS field and method names colliding with ones 
-developers might use in subclassing Java classes, we have added U+79D8 (first character of Mandarin 
-"secret") to the characters already disrecommended by Java documentation ("$" and "_"). The only problem
-would be if you use that character followed by certain English words in certain classes. For example
-\u79D8canvas for JComponents (in java.awt.JSComponent) and \u79D8byte (in java.io.File).
-
-qualified field and method names
---------------------------------
-
-Method names in SwingJS are fully qualified, meaning two methods with the same Java name but different
-parameters, such as write(int) and write(double), must not have the same name in JavaScript. (In this
-case, we will have write$I and write$D.) However, in certain cases it may be desirable to leave the
-method names unqualified. In particular, when an interface actually represents a JavaScript object, 
-the transpiler can leave a method name unqualified. The default situation for this is a class name 
-includes ".api.js" (case-sensitive). This means that any method in any class in a package js within 
-a package api, or any private interface js that has an outer interface api, will have all-unqualified
-methods. An example of this is swingjs.plaf.JSComboPopupList, which needs to communicate with a jQuery 
-object directly using the following interface:
-
-       private interface api {
-
-               interface js extends JQueryObject {
-
-                       abstract js j2sCB(Object options);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, Object o);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, int i);
-
-                       abstract int j2sCB(String OPTION, String name);
-
-               }
-       }
-
-Notice that all these variants of j2sCB() will call the same method in JavaScript by design.
-
-
-missing Math methods
---------------------
-
-java.lang.Math is worked out, but some methods are missing, either because they
-involve long integer value that are inaccessible in JavaScript, or because I just
-didn't implement them. This is a result of continued Java development. 
-It is easy enough to add these methods if you have the source. They go into j2sClazz.js, 
-which is combined with other initial libraries into swingjs2.js by build_site.xml
-
-
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
--------------------------------------------
-
-Use of component.getGraphics() is discouraged in Java and in SwingJS. 
-Specifically in SwingJS, any call to component.getGraphics() or 
-BufferedImage.createGraphics() or Graphics.create(...) should be matched with graphics.dispose(), 
-particularly when it is called outside the context of a paint(Graphics)
-call from the system. 
-
-If you see your graphics scrolling down the page with each repaint, 
-look for where you have used Component.getGraphics() and not Graphics.dispose().
-For example, this will definitely NOT work in SwingJS:
-
-  this.paint(getGraphics())
-  
-and really should not work in Java, either, as it is technically a resource memory leak.
-
-Instead, if you really do not want to use repaint(), use this:
-
-  Graphics g = getGraphics();
-  paint(g);
-  g.dispose();
-
-
-
-Graphics.setClip()
-------------------
-
-The HTML5 canvas.clip() method is permanent. You can only reset the clip using
-save/restore. This is different from Java, where you can temporarily change it using
-
-  Shape oldClip = Graphics.getClip();
-  Graphics.setClip(newClip);
-   ...
-  Graphics.setClip(oldClip); 
-
-If you need to do something like this, you must schedule the paints
-to not have overlapping clip needs.
-
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
------
-
-Fonts and FontMetrics will all be handled in JavaScript. Font matching will 
-not be exact, and composite (drawn) fonts will not be supported. 
-
-SwingJS handles calls such as font.getFontMetrics(g).stringWidth("xxx") by 
-creating a <div> containing that text, placing it in an obscure location on 
-the page, and reading div.getBoundingClientRect(). This is a VERY precise
-value, but can be a pixel or two off from what Java reports for the same font.
-OS-dependent classes
---------------------
-
-Static classes such as:
-
-   java.awt.Toolkit
-   java.awt.GraphicsEnvironment
-   
-   
-which are created using Class.forName are implemented using classes in the swingjs package.
-
-AWTAccessor is not implemented. 
-
-   
-AWT component peers and component "ui" user interfaces
-------------------------------------------------------
-
-ComponentPeer is a class that represents a native AWT component.
-Components with such peers are called "heavy-weight" components.
-They are expected to do the dirty work of graphics drawing. 
-
-Java Swing implements peers only for JApplet, JDialog, JFrame, and JWindow. 
-References to such objects have been removed, but clearly there must be 
-some connection to similar DOM objects, even for "light-weight" components. 
-
-
-  
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
------
-
-Glyph/composite/outline fonts are not supported.
-   
-
-
-threads
--------
-
-Thread locking and synchronization are not relevant to JavaScript.
-Thus, anything requiring "notify.." or "waitFor.." could be a serious issue.
-All threading must be "faked" in JavaScript. Specifically not available is:
-
-  Thread.sleep()
-  
-javax.swing.AbstractButton#doClick(pressTime) will not work, as it requires Thread.sleep();
-    
-However, java.lang.Thread itself is implemented and used extensively. 
-
-Methods thread.start() and thread.run() both work fine. 
-
-For simple applications that use Thread.sleep() just to have a delay, as in a frame rate, for 
-example, one can use javax.swing.Timer instead. That is fully implemented. 
-
-Likewise, java.util.Timer can be replaced with no loss of performance with javax.Swing.Timer.
-Note that java.util.TimerTask is implemented, but it can also be replaced by an implementation of Runnable.
-
-task = new TimerTask(){....};
-t = new java.util.Timer();
-t.schedule(task, 0, 1);
-
-becomes
-
-task = new TimerTask(){....}; // or task = new Runnable() {...}
-t = new javax.swing.Timer(1, new ActionListener() {
-       @Override
-       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-               task.run();
-       }
-};
-t.setInitialDelay(0); // not particularly necessary
-t.start();
-
-In addition, SwingJS provides swingjs.JSThread, which can be subclassed
-if desired. This class allows simple 
-
-  while(!interrupted()){
-       wait()
-       ...
-  }  
-
-action through an asynchronous function run1(mode). For example:
-
-       protected void run1(int mode) {
-               try {
-                       while (true)
-                               switch (mode) {
-                               case INIT:
-                                       // once-through stuff here
-                                       mode = LOOP;
-                                       break;
-                               case LOOP:
-                                       if (!doDispatch || isInterrupted()) {
-                                               mode = DONE;
-                                       } else {
-                                               Runnable r = new Runnable() {
-                                                       public void run() {
-                                                               // put the loop code here
-                                                       }
-                                               };
-                                               dispatchAndReturn(r);
-                                               if (isJS)
-                                                       return;
-                                       }
-                                       break;
-                               // add more cases as needed
-                               case DONE:
-                                       // finish up here
-                                       if (isInterrupted())
-                                               return;
-                                       // or here
-                                       break;
-                               }
-               } finally {
-                       // stuff here to be executed after each loop in JS or at the end in Java
-               }
-       }
-
-image loading
--------------
-- All image loading in SwingJS is synchronous. A MediaTracker call will immediately return "complete".
-  However, it still may take one system clock tick to fully load images. Thus, it is recommended that
-  images be preloaded in the static block of the applet if it is necessary that they be available in init().
-  This is only an issue if you are trying to access the pixel buffer of the image in JavaScript. 
-  
-- Applet.getImage(path, name) will return null if the image does not exist. 
-
-- BufferedImage: only "support" imageType RGB and ARGB
-
-  -BH: This is a temporary edit, just to get us started. Certainly GRAY will be needed
-
-
-BigInteger and BigDecimal
--------------------------
-
-java.math.BigInteger is fully supported; java.math.BigDecimal is roughed 
-in and not fully tested (07/2019). 
-
-Both classes present significant issues for JavaScript, as they are based in 
-Java's 64-bit long for all their operations. Here is the JavaDoc note I added
-to BigInteger:
-
- * SwingJS note: Because of the limitations of JavaScript with regard
- * to long-integer bit storage as a double, this implementation drops
- * the integer storage bit length to 24, giving 48 for long and leaving
- * the last 16 bits clear for the exponent of the double number. This should
- * not affect performance significantly. It does increase the storage 
- * size by about 33%. By bringing an "int" to 3 bytes, we can easily construct
- * and use byte[] data intended for the original BitSet.  
-
-"Easily" may be a bit strong there. This was a serious challenge.
-
-BigDecimal seems to run normally, but in order to do that, my hack involves
-reducing the size of an integer that is allowed to be stored as such and not
-in byte[] as a BigInteger. I'm sure there is a performance hit, but it does work.
-
-no format internationalization
-------------------------------
-
-For now, just en for number and date formatters
-
-no winding rules
-----------------
-
-  When filling a graphic, only nonzero winding rule is implemented in HTML5 Canvas2D.
-
-
-
-text-related field implementation
----------------------------------
-
-Text fields are:
-
-JTextField   (JavaScript <input type="text">)
-JTextArea    (JavaScript <textarea>)
-JTextPane    (JavaScript <div>)
-JEditorPane  (JavaScript <div>)
-
-For the initial implementation, we don't implement infinite undo/redo, and the abstract 
-document model is much less elaborate. Only PlainDocument (in the form of JSPlainDocument)
-is implemented. The Document returned by JTextField.getDocument() is a javax.swing.text.Document.
-
-All scrolling is handled by HTML5. javax.swing.AutoScroller is not implemented.
-public static methods .stop, .isRunning, .processMouseDragged require true Java threading
-and so are not implmented. javax.swing.text.View and its subclasses are not implemented. 
-
-The JS document model does not allow two text fields to address the same underlying document. 
-
-JavaScript is slightly different from Java in that the field value is changed asynchronously after
-the keypressed event, so Java actions that are keyed to KEY_PRESSED may not pick up the new 
-key value even after SwingUtilities.invokeLater() is called. Thus, key pressed actions may need
-to be recorded after a key released event instead. 
-
-Formatter/Regex limitations
----------------------------
-
-Some browsers cannot process Regex "look-behind" process such as (?<=\W)
-java.util.regex.Matcher and Pattern use JavaScript's RegExp object rather than
-the native Java object. These are not identical. Only flags /igm are supported.
-Matcher.start(groupID) is not supported.
-
-java.util.Formatter will function correctly for all standard %... patterns.
-
-integer 1/0 == Infinity
------------------------
-
-1/0 in Java throws "java.lang.ArithmeticException: / by zero", but in JavaScript is just Infinity. 
-
-
-Summary
--------
-
-These are all the known limitations of SwingJS. We have not found any of these limitations
-to be show-stoppers. The primary issue for newcomers to SwingJS is having the source code.
-You must check that source code for all your library jar files is available or, if you
-choose, you will need to decompile those classes. We have used decompilation on some projects,
-and it works just fine. So, technically, all we really need are JAR/class files. But the 
-source is by far superior. It's generally prettier, and it has the license information that
-may or may not be present with the JAR or class files. Use class files at your own risk.
-
-Bob Hanson
-2019.08.16
-
-
-Additional Issues
------------------
-
-Annotation is working for classes, methods, and fields (12/22/19). Method reflection, however,
-is limited. Interfaces do not expose their methods, as the transpiler does not actually transpile
-the interfaces themselves. And method reflection only includes annotated methods.
-
-java.util.concurrent is not fully elaborated. This package is rewritten to not actually use the
-memory handling capabilities of concurrency, which JavaScript does not have access to.
-
-System.getProperties() just returns a minimal set of properties.
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10/net.sf.j2s.core.jar b/swingjs/ver/3.2.10/net.sf.j2s.core.jar
deleted file mode 100644 (file)
index 30390e0..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.10/net.sf.j2s.core.jar and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.10/timestamp b/swingjs/ver/3.2.10/timestamp
deleted file mode 100644 (file)
index bd4382b..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-20201222130056 
diff --git a/swingjs/ver/3.2.5/DEV_NOTES.txt b/swingjs/ver/3.2.5/DEV_NOTES.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 751d81c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-This is sources/net.sf.j2s.java.core/dist/DEV_NOTES.txt
-
-_j2sclasslist.txt 
-
-the list of .js files concatenated into coreswingjs.js and minified to coreswingjs.z.js
-
-
-SwingJS-site.zip
-
-the full site directory for SwingJS including all files not in the test/ directory.
diff --git a/swingjs/ver/3.2.5/SwingJS-site.zip b/swingjs/ver/3.2.5/SwingJS-site.zip
deleted file mode 100644 (file)
index 73853d4..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.5/SwingJS-site.zip and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.5/_j2sclasslist.txt b/swingjs/ver/3.2.5/_j2sclasslist.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 076f300..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,412 +0,0 @@
-java/applet/Applet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-sun/util/locale/BaseLocale.js
-sun/util/locale/LocaleUtils.js
-sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.5/differences.txt b/swingjs/ver/3.2.5/differences.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 60f5fcc..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1541 +0,0 @@
-Notes
-=====
-
----IMPORTANT CHARACTER SET NOTE---
-
-It is critical that all development work in Java2Script 
-be done in UTF-8. This means:
-
-- making sure your Eclipse project is set up for UTF-8 (not the Eclipse default?)
-- making sure your server can serve up UTF-8 by default for any browser-loaded files
-- making sure you don't edit a Java2Script class file or one of the site .js files
-    using a non-UTF-8 editor. It may replace non-Latin characters with "?" or garbage.
-- making sure that your web pages are delivered with proper headings indicating HTML5 and UTF-8
-
-<!DOCTYPE html>
-<html>
-<head>
-<meta charset="utf-8">
-
-Note that the DOCTYPE tag is critical for some browsers to switch into HTML5 mode. (MSIE?)
-
-
-
-  
-In particular, the Mandarin character ç§˜ (mi; "secret") is used extensively throughout
-the SwingJS class files to distinguish j2s-specific fields and methods that must not 
-ever be shadowed or overridden by subclasses. For example, we see in java.lang.Thread.java:
-
-               public static JSThread ç§˜thisThread;
-
-----------------------------------
-
-
-updated 12/6/2020 -- note about restrictions on long, including BitSet and Scanner
-updated 3/21/2020 -- adds note about HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-updated 3/20/2020 -- adds note about interning, new String("xxx"), and "xxx"
-updated 2/26/2020 -- adds Graphics.setClip issue
-updated 12/22/19 -- additional issues
-updated 11/03/19 -- adds information about File.exists() and points to src/javajs/async
-updated 10/26/19 -- adds information about File.createTempFile()
-updated 8/16/19 -- minor typos and added summary paragraph
-updated 7/19/19 -- clarification that AWT and Swing classes are supported directly
-updated 5/13/19 -- Mandarin U+79D8 reserved character; Missing Math methods; int and long
-updated 5/10/19 -- adds a section on static issues in multi-(duplicate)-applet pages
-updated 1/4/19 -- nio
-updated 9/15/18 -- adds integer 1/0 == Infinity
-updated 7/24/18 -- most classes replaced with https://github.com/frohoff/jdk8u-jdk
-updated 6/5/17 -- reserved package name "window"
-updated 3/11/17 -- myClass.getField
-updated 3/7/17 -- overloading of JSplitPane.setDividerLocation
-updated 3/2/17 -- more indication of classes not implemented (KeyListener)
-
-=============================================================================
-SwingJS and OpenJDK 8+
-=============================================================================
-
-SwingJS implements a wide range of the Java language in JavaScript. The base
-version for this implementation is OpenJDK8. some classes are implemented using 
-older source code, and there are some missing methods. For the most part, this is 
-no real problem. You can add or modify any java class just be adding it as source
-in your project. Or (preferably) you can contact me, and I can get it into the 
-distribution. Or (even more preferably) you can do that via a patch submission. 
-
-=================
-DESIGN PHILOSOPHY
-=================
-
-The java2script/SwingJS design goal is to recreate a recognizable, easily debuggable
-equivalent in JavaScript for as much of Java as practical. This means, for example, 
-that one can call in JavaScript 
-
-  new java.util.Hashtable()
-  
-and for all practical purposes it will appear that Java is running.
-
-
-Method and Field Disambiguation
--------------------------------
-
-SwingJS has no problem with the overloading of methods, for example:
-
-  public void print(int b);
-  public void print(float b);
-
-JavaScript does not allow overloading of methods, and the common practice in
-Java of naming a field the same as a method -- isAllowed and isAllowed() -- is
-not possible in JavaScript. As a result, SwingJS implements "fully-qualified" 
-method names using "$" parameter type separation. Thus, these methods in SwingJS
-will be referred to as print$I and print$F. The rules for this encoding are
-relatively simple: 
-
-1. The seven primitive types in Java are encoded $I (int), $L (long), $F (float), 
-$D (double), $B (byte) $Z (boolean), and $H (short). 
-
-2. String and Object are encoded as $S and $O, respectively.
-
-3. "java_lang_" is dropped for all other classes in the java.lang package (as in Java).
-   For example:  $StringBuffer, not $java_lang_StringBuffer
-
-4. All other classes are encoded as 
-
- "$" + Class.getName().replace(".","_")
-
-For example, in Java we see:
-
-  public void equals(Object o) {...}
-
-Whereas in SwingJS we have:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'equals$O', function (o) {...}
-
-And 
-
- this.getContentPane().add(bar, "North");
-
-becomes
-
- this.getContentPane$().add$java_awt_Component$O(bar, "North");
-
-5. Arrays are indicated with appended "A" for each level. So
-
-  setDataVector(Object[][] dataVector, Object[] columnIdentifiers)
-  
-becomes
-
-  setDataVector$OAA$OA(dataVector, columnIdentifiers)
-
-(It is recognized that this design does introduce a bit of ambiguity, in that
- in principal there could be user class named XA and X in the same package,
- and methods a(X[]) and a(XA) in the same class that cannot be distinguished.
- The benefit of this simple system, however, triumphed over the unlikelyhood
- of that scenario.) The transpiler could be set to flag this possibility.
-
-6. Constructors are prepended with "c$". So 
-
-  public JLabel(String text) {...}
-  
-becomes:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'c$$S', function (text) {...});
-
-Field disambiguation involves prepending. In Java, a class and its subclass 
-can both have the same field name, such as 
-
- boolean visible;
-When this happens, it is called "shadowing", and though not recommended, Java allows
-it. The Java2Script transpiler will prepend such shadowing fields with "$" so that the
-subclass instance has both "visible" (for use in its methods inherited from its
-superclass) and "$visible" (for its own methods). Thus, we might see in Java:
-
-  this.visible = super.visible;
-  
-while in SwingJS we will see:
-
-  this.$visible=this.visible;
-
-since JavaScript does not have the "super" keyword.
-
-
-
-Parameterless methods such as toString() are appended with "$" to become toString$().
-The one exception to this rule is private methods, which are saved in (truly) private 
-array in the class (and are not accessible by reflection). Private parameterless 
-methods retain their simple Java name, since they cannot conflict with field names.
-
-This renaming of methods has a few consequences, which are discussed more fully below.
-See particularly the section on "qualified field and method names", where it is described
-how you can use packages or classes or interfaces with ".api.js" in them to represent JavaScript
-objects for which all method names are to be left unqualified. Note that it is not 
-possible to cherry-pick methods to be unqualified; only full packages, classes or 
-interfaces can hold this status.
-
-The swingjs.api.js package in particular contains a number of useful interfaces that
-you can import into your project for JavaScript-specific capabilities.
-
-
-Applet vs. Application
-----------------------
-
-One of the very cool aspects of SwingJS is that it doesn't particularly matter if a browser-based
-Java app is an "applet" or an "application". We don't need JNLP (Java Network Launch Protocol) 
-because now we can just start up any Java application in a browser just as easily as any applet.
-The associative array that passes information to the SwingJS applet (information that formerly
-might have been part of the APPLET tag, such as width, height, and codebase, always referred to 
-in our writing as "the Info array") allows the option to specify the JApplet/Applet "code" 
-class or the application "main" class. Either one will run just fine.
-
-
-Performance
------------
-
-Obviously, there are limitations. One is performance, but we have seen reproducible 
-performance at 1/6 - 1/3 the speed of Java. Achieving this performance may require
-some refactoring of the Java to make it more efficient in both Java and JavaScript. 
-"for" loops need to be more carefully crafted; use of "new" and "instanceof" need to be
-minimized in critical areas. Note that method overloading -- that is, the same method name
-with different parameters, such as read(int) and read(byte) -- is no longer any problem. 
-  
-
-Threads
--------
-
-Although there is only a single thread in JavaScript, meaning Thread.wait(), Thread.sleep(int) and 
-Thread.notify() cannot be reproduced, we have found that this is not a serious limitation. 
-For example, javax.swing.Timer() works perfectly in JavaScript. All it means is that threads 
-that use sleep(int) or notify() must be refactored to allow Timer-like callbacks. That is, 
-they must allow full exit and re-entry of Thread.run(), not the typical while/sleep motif. 
-
-The key is to create a state-based run() that can be exited and re-entered in JavaScript.
-
-
-Static fields
--------------
-
-Final static primitive "constant" fields (String, boolean, int, etc.) such as 
-
-static final int TEST = 3;
-static final String MY_STRING = "my " + "string";
-
-are converted to their primitive form automatically by the Eclipse Java compiler 
-and do not appear in the JavaScript by their names. 
-
-Other static fields are properties of their class and can be used as expected.
-
-Note, however, that SwingJS runs all "Java" code on a page in a common "jvm" 
-(like older versions of Java). So, like the older Java schema, the JavaScript 
-equivalents of both applets and applications will share all of their static 
-fields and methods. This includes java.lang.System. 
-
-Basically, SwingJS implementations of Java run in a browser page-based sandbox 
-instead of an applet-specific one.
-
-In general, this is no problem. But if we are to implement pages with 
-multiple applets present, we must be sure to only have static references 
-that are "final" or specifically meant to be shared in a JavaScript 
-environment only (since they will not be shared in Java).
-
-A simple solution, if static non-constant references are needed, is to attach the 
-field to Thread.currentThread.threadGroup(), which is an applet-specific reference.
-Be sure, if you do this, that you use explicit setters and getters:
-
-For example, 
-
-private static String myvar;
-
-...
-
-public void setMyVar(String x) {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative g._myvar = x;
-   * 
-   */
-   {
-     myvar = x;
-   }
-}
-
-public String getMyVar() {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative return g._myvar || null;
-   * 
-   */
-   {
-     return myvar;
-   }
-}
- in Java will get and set x the same in JavaScript and in Java. 
-A convenient way to do this in general is to supply a singleton class with
-explicitly private-only constructors and then refer to it in Java and in JavaScript
-instead of using static field, referring to myclass.getIntance().xxx instead of 
-myclass.xxx in Java (and JavaScript). 
-
-This was done extensively in the Jalview project. See jalview.bin.Instance.
-
-
-Helper Packages -- swingjs/ and javajs/
----------------------------------------
-
-The SwingJS library is the swingjs/ package. There are interfaces that may be of assistance
-in swingjs/api, but other than that, it is not recommended that developers access classes in 
-this package. The "public" nature of their methods is really an internal necessity.
-
-In addition to swingjs/, though, there are several useful classes in the javajs/ package
-that could be very useful. This package is a stand-alone package that can be 
-cloned in any Java project that also would be great to have in any JavaScript project
--- SwingJS-related or not. Functionality ranges from reading and writing various file 
-formats, including PDF, BMP, PNG, GIF, JPG, JSON, ZIP, and CompoundDocument formats.
-
-A variety of highly efficient three- and four-dimensional point, vector, matrix, and 
-quaternion classes are included, as they were developed for JSmol and inherited from that
-project. 
-
-Of particular interest should be javajs/async/, which includes
-
-javajs.async.Async
-javajs.async.AsyncColorChooser
-javajs.async.AsyncDialog
-javajs.async.AsyncFileChooser
-
-See javajs.async.Async JavaDoc comments for a full description of 
-these useful classes.
-
-
-Modal Dialogs
--------------
-
-Although true modal dialogs are not possible with only one thread, a functional equivalent -- 
-asynchronous modal dialogs -- is relatively easy to set up. All the JOptionPane dialogs will
-return PropertyChangeEvents to signal that they have been disposed of and containing the results. 
-See below and classes in the javajs.async package.
-
-
-Native calls
-------------
-
-Native calls in Java are calls to operating system methods that are not in Java. JavaScript
-has no access to these, of course, and they must all be replaced by JavaScript equivalents.
-Fortunately, they are not common, and those that are present in Java (for example, in calculating
-checksums in ZIP file creation) are at a low enough level that most developers do not utilize them
-or do not even have access to them. All native calls in Java classes have been replaced by 
-Java equivalents.
-
-
-Swing GUI Peers and UIClasses
------------------------------
-
-One of the biggest adaptations introduced in SwingJS is in the area of the graphical 
-user interface. The issue here is complex but workable. In Java there are two background 
-concepts -- the Component "peer" (one per "heavy-weight" component, such as a Frame) and the 
-component "uiClass" (one per component, such as JButton or JTextField).
-
-Peers are native objects of the operating system. These are the virtual buttons and text areas
-that the user is interacting with at a very base level. Their events are being passed on to 
-Java or the browser by the operating system. UI classes provide a consistent "look and feel" 
-for these native objects, rendering them onto the native window canvas and handling all 
-user-generated events. They paint the borders, the backgrounds, the highlights, of every 
-control you see in Java. There is one-to-one correspondence of Swing classes and UI classes. 
-Setting the Look and Feel for a project amounts to selecting the directory from which to draw 
-these UI classes. The UI classes can be found in the javax.swing.plaf ("platform look and feel") 
-package.
-
-Early on in the development of SwingJS, we decided not to fully reproduce the painfully detailed 
-bit-by-bit painting of controls as is done in Java. Instead, we felt it was wiser to utilize the standard
-HTML5 UI capabilities as much as possible, using DIV, and INPUT especially, with extensive use
-of CSS and sometimes jQuery (menus, and sliders, for example). Thus, we have created a new 
-set of UIs -- the "HTML5 Look and Feel". These classes can be found in swingjs.plaf. Besides being
-more adaptable, this approach allows far more versatility to SwingJS developers, allowing them
-to modify the GUI to suit their needs if desired.
-
-In SwingJS, since we have no access to native peers except through the browser DOM,
-it seemed logical to merge the peer and UI idea. So instead of having one peer per heavy-weight control and
-one UI class instance for each control type, we just have one UI class instance per control, and
-that UI class instance is what is being referred to when a "peer" is notified. 
-
-In some ways this is a throw back to when all of Swing's components were subclasses of
-specific AWT components such as Button and List. These "heavy-weight components" all had their 
-own individual native peers and thus automatically took on the look and feel provided by the OS. 
-Later Swing versions implemented full look and feel for all peers, leaving only JDialog, JFrame,
-and a few other classes to have native peers. But in SwingJS we have again a 1:1 map of component
-and UI class/peer instance.
-
-The origin of most issues (read "bugs") in relation to the GUI will probably be found in the
-swingjs.plaf JSxxxxUI.java code.
-
-  
-Swing-only Components -- no longer an issue
--------------------------------------------
-
-Swing was introduced into Java well after the Java Abstract Window Toolkit (AWT) was well
-established. As such, its designers chose to allow AWT controls such as Button and List to be used 
-alongside their Swing counterparts JButton and JList. Reading the code, it is clear that this 
-design choice posed a huge headache for Swing class developers. 
-
-For SwingJS, we decided from the beginning NOT to allow this mixed-mode programming and 
-instead to require that all components be Swing components. 
-
-However, this is no longer an issue. All AWT components in SwingJS are now subclasses of 
-javax.swing.JComponent. So far, we have found no problem with this.
-
-The a2s Adapter Package
------------------------
-
-Originally, we thought that we would restrict ourselves to JApplets only. That is, only
-Swing-based applets. But as we worked, we discovered that there are a lot of great 
-applets out there that are pre-Swing pure-AWT java.applet.Applet applets. Our problem was 
-that we also wanted it to be possible to quickly adapt these applets to JavaScript as well.
-The solution turned out to be simple: Write a package (a2s) that recreates the interface for 
-non-Swing components as subclasses of Swing components. Thus, a2s.Button subclasses javax.swing.JButton
-but also accepts all of the methods of java.awt.Button. This works amazingly well, with a few
-special adaptations to the core javax.swing to be "AWT-aware." All AWT components now subclass 
-a2s components, which in turn subclass JComponents. So no changes in code are necessary. We have
-successfully transpiled over 500 applets using this strategy. (Kind of surprising, actually, that
-the original Java developers did not see that option. But we have a hindsight advantage here.)
-
-
-Working with Files
-==================
-
-Simple String file names are not optimal for passing information about
-read files within SwingJS applications. 
-All work with files should either use Path or File objects exclusively. 
-These objects, after a file is read or checked for existence, will already 
-contain the file byte[] data. Doing something like this:
-
-File f = File("./test.dat");
-boolean isOK = f.exists();
-
-will load f with its byte[] data, if the file exists. 
-
-But if after that, we use:
-
-File f2 = new File(f.getAbsolutePath());
-
-f2 will not contain that data. Such copying should be done as:
-
-File f2 = new File(f);
-
-in which case, the byte[] data will be transferred.
-
-
-SwingJS uses the following criteria to determine if File.exists() returns true:
-
-(1) if this File object has been used directly to read data, or 
-(2) if reading data using this File object is successful.
-
-Note that you cannot check to see if a file exists before input or if it 
-was actually written or if it already exists prior to writing in SwingJS.  
-
-Thus, you should check each use of file.exists() carefully, and if necessary, provide a J2sNative 
-block that gives an appropriate "OK" message, for example:
-
-(/** @j2sNative 1 ? false : */ outputfile.exits())
-
-or 
-
-(/** @j2sNative 1 ? true : */ inputfile.exits())
-
-Temporary files can be created in SwingJS. SwingJS will maintain a pseudo-filesystem for files 
-created with File.createTempFile(). This is useful in that closure of writing to a temporary file 
-does not generate a pseudo-download to the user's machine.
-
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES BY DESIGN
-===============================
-
-The SwingJS implementation of the following classes are present 
-in a way that gracefully bypasses their functionality:
-
-accessibility
-security
-serialization
-
-
-
-TODO LIST FOR UNIMPLEMENTED CLASSES
-===================================
-
-JEditorPane (minimal implementation) - DONE 12/2018; some issues still
-JSplitPane - DONE 8/2018
-JTabbedPane - DONE 10/2018
-JTree - done 12/2019
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-See below for a full discussion.
-
-Restrictions on long
-Restriction on BitSet and Scanner
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
-Names with "$" and "_"
-positive integers do not add to give negative numbers
-ArrayIndexOutOfBounds
-java.awt.Color
-native methods
-javax.swing.JFileDialog
-key focus
-LookAndFeel and UI Classes
-System.exit(0) does not stop all processes
-list cell renderers must be JComponents
-myClass.getField not implemented
-"window" and other reserved JavaScript names
-reserved field and method names
-qualified field and method names
-missing Math methods
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
-Graphics.setClip()
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
-OS-dependent classes
-AWT component peers
-some aspects of reflection
-
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
-threads
-modal dialogs
-image loading
-BigDecimal not fully implemented 
-no format internationalization
-no winding rules
-text-related field implementation
-Formatter/Regex limitations
-integer 1/0 == Infinity
-
-======================================================================== 
-
-DISCUSS
-=======
-
-Table row/col sorter needs checking after removal of java.text.Collator references
-
-I had to move all of SunHints class to RenderingHints, or the 
-two classes could not be loaded. Shouldn't be a problem, I think. The sun classes are
-not accessible to developers in Java anyway, since they are generally package private.
-
-========================================================================== 
-
-//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES
-=====================
-
-accessibility
--------------
-
-All Accessibility handling has been commented out to save the download footprint.
-This removes the need for sun.misc.SharedSecrets as well. 
-Nothing says we could not implement accessibility. We just didn't.
-
-
-security
---------
-
-All JavaScript security is handled by the browser natively. 
-Thus, Java security checking is no longer necessary, and 
-java.security.AccessController has been simplified to work without
-native security checking.
-
-Note that private methods in a class are REALLY private. 
-
-
-serialization
--------------
-
-All serialization has been removed. It was never very useful for Swing anyway, 
-because one needs exactly the same Java version to save and restore serialized objects.
-
-
-keyboard accelerators and mnemonics
------------------------------------
-
-This work was completed in the spring of 2019. Note that in a browser, some 
-key strokes, particularly CTRL-keys, are not available. Bummer.
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-----------------------------------------
-
-changed to JSToolkit.isDispatchThread()
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-restrictions on long
---------------------
-
-Java's 64-bit long type is not supported in JavaScript. There is no Int64Array in JavaScript,
-and 0x20000000000000 + 1 evaluates to 0x20000000000000, not 0x20000000000001. 
-(Likewise, -0x20000000000000 - 1 is left unchanged.) 
-
-The largest "integer" value in JavaScript is 9007199254740991 (9.007199254740991E13, or 0x1FFFFFFFFFFFFFF).
-Effectively, you get to use only 53 bits of the long, not 64. Trying to set a long larger than
-0x1FFFFFFFFFFFFFF or smaller than -0x1FFFFFFFFFFFFFF will result in a NumberFormatException.
-
-The transpiler handles conversion to long the same as Java for all cases other than from double. 
-
-For small double values, there is no problem, and, in fact, this is a known trick used to round 
-doubles and floats toward zero:
-
-double d;
-d = (long) 3.8;
-assert(d == 3);
-d = (long) -3.8;
-assert(d == -3);
-
-SwingJS will evaluate (long) d as 0 for d > 9007199254740991 
-or d < -9007199254740991, same as Java returns for Double.NaN.
-So, in Java we have:
-
-               assert(((long) Double.NaN) == 0);
-               assert(((int) Double.NaN) == 0);
-               assert(((long) Float.NaN) == 0);
-               assert(((int) Float.NaN) == 0);
-
-and also, in JavaScript only, we also have:
-
-               double d = 0x2000000000000L;
-               assert(((long) d) == 0);
-
-
-restrictions on BitSet and Scanner
-----------------------------------
-
-Because of the issue of long being only 53 bits, any time a method returns a long value, considerations must
-be made as to whether this will work in JavaScript. In particular, BitSet and Scanner have issues. 
-
-In SwingJS, java.util.BitSet has been implemented as a 32-bit integer-based bitset. This was no problem in
-Java 6, but starting with Java 7, a method was added to BitSet that allows for the extraction of the 
-underlying long[] word data. This is not work in JavaScript. Instead, SwingJS java.util.Bitset.toLongArray() will deliver 
-32-bit int[] data.
-
-SwingJS Scanner has hasNextLong() and nextLong(), and although it will scan through long numbers,
-Scanner will choke on long numbers greater than the JavaScript 53-bit limit. hasNextLong() will 
-return false, and nextLong() will throw an InputMismatchException triggered by the NumberFormatException
-thrown by Long.parseLong(). 
-
-
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
--------------------------------------------------
-
-In Java, iterators for HashMap, Hashtable, and HashSet do not guarantee any particular order. 
-From the HashMap documentation for Java 8:
-
-       This class makes no guarantees as to the order of the map; in particular, it does not 
-       guarantee that the order will remain constant over time.
-Likewise, for HashSet (because it is simply a convenience method for HashMap<Object,PRESENT>:
-
-       [HashSet] makes no guarantees as to the iteration order of the set.
-
-JavaScript's Map object is different. It is basically a LinkedHashMap, so it guarantees iteration
-in order of object addition.
-
-Starting with java2script 3.2.9.v1, these classes use the JavaScript Map object rather than hash codes
-whenever all keys are strictly of JavaScript typeof "string". If any key is introduced that is not a string, the
-implementation falls back to using hash codes, the same as Java. 
-
-Note strings created using new String("xxxx") are NOT typeof "string"; they are typeof "object".
-
-The result is significantly faster performance (3-12 x faster) than originally, and up to 3 x faster
-performance in JavaScript than in Java itself. Right. Faster than Java. 
-
-The JavaScript Map implementation is implemented UNLESS the constructor used is the one that
-specifies both initial capacity and load factor in their constructor. Thus, 
-
-new Hashtable()
-new HashMap()
-new HashMap(16)
-new HashSet()
-
-all use the JavaScript Map. But
-
-new Hashtable(11, 0.75f)
-new HashMap(16, 0.75f)
-new HashSet(16, 0.75f)
-
-do not. 
-
-This design allows for opting out of the JavaScript Map use in order to retain the exact behavior of 
-iterators in JavaScript as in Java.
-
-
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
--------------------------------------
-
-Note that the following are true in JavaScript:
-
-typeof new String("xxxx") == "object"
-typeof "xxxx" == "string"
-var s = "x";typeof ("xxx" + s) == "string"
-
-There is no equivalence to this behavior in Java, where a String is a String is a String.
-
-Be aware that SwingJS does not always create a JavaScript String object using JavaScript's 
-new String(...) constructor. It only does this for Java new String("xxxx") or new String(new String()). 
-
-In all other cases, new String(...) (in Java) results in a simple "xxxx" string in JavaScript. 
-That is, it will be JavaScript typeof "string", not typeof "object". 
-
-The reason for this design is that several classes in the Java core use toString() 
-methods that return new String(), and those classes that do that would cause a JavaScript error
-if implicitly stringified if new String() returned a JavaScript String object. 
-
-This is fine in JavaScript
-
-test1 = function() { return { toString:function(){ return "OK" } } }
-"testing" + new test1()
->> "testingOK"
-
-But for whatever reason in JavaScript:
-
-test2 = function() { return { toString:function(){ return new String("OK") } } }
-"testing" + new test2()
->> Uncaught TypeError: Cannot convert object to primitive value
-
-The lesson here is never to use 
-
-  return new String("...");
-
-in a Java toString() method. In Java it will be fine; in JavaScript it will also be fine as long as
-that method is never called in JavaScript implicitly in the context of string concatenation.
-
-A note about interning. Consider the following six Java constructions, where we have a == "x";
-
-"xxx"
-"xx" + "x"
-new String("xxx").intern()
-
-new String("xxx")
-"xx" + a.toString()
-"xx" + a
-
-All six of these will return java.lang.String for .getClass().getName().
-However, the first three are String literals, while the last three are String objects. 
-Thus:
-        "xxx" == "xxx"
-        "xxx" == "xx" + "x"
-        "xxx" == new String("xxx").intern()
-
-but none of the other three are equivalent to "xxx" or each other:
-
-              "xxx" != new String("xxx")
-              "xxx" != "xx" + a.toString()
-              "xxx" != "xx" + a
-  new String("xxx") != new String("xxx") 
-           "xx" + a != new String("xxx") 
-
-etc.
-
-As in Java, in SwingJS, all of the following Java assertions pass as true:
-
-               assert("xxx" == "xx" + "x"); 
-               assert("xxx" == ("xx" + a).intern()); 
-               assert("xxx" === new String("xxx").intern()); 
-               
-and both of these do as well:
-
-               assert(new String("xxx") != "xxx"); 
-               assert(new String("xxx") != new String("xxx")); 
-
-But the following two fail to assert true:
-
-        assert("xxx" != "xx" + a);
-        assert("xxx" != "xx" + a.toString());
-
-because in JavaScript, both of these right-side expressions evaluate to a simple "interned" string.
-
-In Java, however, these assertions are true because Java implicitly "boxes" String 
-concatentaion as a String object, not a literal. 
-
-Most of us know not to generally use == with Strings unless they are explicitly interned. 
-Where this problem may arise, though, is in IdentityHashMap, which compares objects using 
-System.identityHashCode(), which is not the same for different objects or their string literal equivalents.
-
-My recommendation, if you need to use IdentityHashMap with strings is to always use an explicit String.intern()
-for any keys -- unless you really want to keep every string as separate keys even if they are the same sequence, 
-in which case, use new String(). This will work in Java and in  JavaScript.
-
-Be aware when working with strings that come from SwingJS and are being used by other JavaScript modules
-that those that are String objects will return "object" for the JavaScript typeof operator, not "string".
-
-The easy way to ensure this is no problem is to concatenate strings with "" to force immediate interning:
-
-  var x = aJavaObject.getString() + "";
-
-unless you are certain that the string is being returned is a raw JavaScript string.   
-
-Names with "$" and "_"
-----------------------
-
-For the most part, this should be no problem. 
-
-Note that the use of $ and _ in Java field names has always been discouraged:
-[https://docs.oracle.com/javase/tutorial/java/nutsandbolts/variables.html]
-
-       You may find some situations where auto-generated names will contain the dollar sign, 
-       but your variable names should always avoid using it. A similar convention 
-       exists for the underscore character; while it's technically legal to begin your 
-       variable's name with "_", this practice is discouraged.
-
-Some impacts of transpiling method names with full qualification:
-
-1) SwingJS will introduce fields that start with $ or _. These will not conflict
-   if the above convention is followed.
-   
-2) Fields that have the same Java name as a method are not an issue. 
-
-3) Fields that have a Java name with $ that matches a transpiled method name, 
-   such as toString$, will need to be refactored in Java to not have that name collision.
-   
-4) Fields in a subclass that have the same name as private fields in a superclass
-   represent a name collision, because the superclass method needs to call its private
-   field even if invoked from a subclass. The solution was to modify the subclass field
-   name using one or more prepended $.
-   
-5) Use of Class.getDeclaredMethods() reflection will return Method objects having the transpiled 
-   name, not the Java name. This could require some j2sNative adjustment 
-   to strip the $... parameters from the name if that is needed. 
-
-6) Use of Method.getParameterTypes() should work fine, provided class names
-   do not contain "_". This is because the transpiler converts "." to "_" when
-   creating the fully qualified JavaScript name.
-
-
-positive integers do not add to give negative numbers
------------------------------------------------------
-
-In Java, the following is true:
-
-  2000000000 + 2000000000 == -294967296
-
-But in SwingJS, that will be 4000000000. So, for example, the following
-strategy will fail in SwingJS:
-
-               int newLength = lineBuf.length * 2;
-               if (newLength < 0) {
-                       newLength = Integer.MAX_VALUE;
-               }
-
-"-1" in JavaScript is not 0xFFFFFFFF.
-
-And one must take care to not compare a negative number with a 32-bit mask. So
-
-(b & 0xFF000000) == 0xFF000000
-
-is true in Java for (int) b = -1, but is false in JavaScript, because 0xFF000000 is 4278190080, 
-while (-1 & 0xFF000000) is, strangely enough, -16777216, and, in fact, 
-
-(0xFF000000 & 0xFF000000) != 0xFF000000
-
-because -16777216 is not 4278190080.
-
-The fix is that one must compare similar operations:
-
-if ((b & 0xFF000000) == (0xFF000000 & 0xFF000000)) .....
-
-Importantly, the JavaScript Int32Array does behave properly. From 
-the Firefox developer console:
-
->> x = new Int32Array(1)
-<- Int32Array(1) [ 0 ]
->> x[0] = 4000000000
-<- 4000000000
->> x[0]
-<- -294967296
-
-Notice that, perhaps unexpectedly, the following two constructs produce 
-different results in JavaScript:
-
-x = new Int32Array(1);
-b = x[0] = 4000000000;
-
-(b will be 4000000000)
-
-and
-
-x = new Int32Array(1);
-x[0] = 4000000000;
-b = x[0];
-
-(b will be -294967296)
-
-
-SwingJS leverages array typing to handle all byte and short arithmetic so as
-to ensure that any byte or short operation in JavaScript does give the same 
-result in Java. The design decision to not also do this with integer math was
-a trade-off between performance and handling edge cases.
-
-
-ArrayIndexOutOfBounds
----------------------
-
-You cannot implicitly throw an ArrayIndexOutOfBoundsException in JavaScript.
-JavaScript will simply return "undefined", not throw an Exception. So:
-
-boolean notAGoodIdeaIsOutOfBounds(String[] sa, int i) {
-  try {
-     return (sa[i] == sa[i]);
-  } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e) {
-       return false;
-  }
-}
-
-will work in Java but not in JavaScript. Code should not depend upon this sort 
-of trap anyway, if you ask me. 
-
-Throwable vs Error vs Exception
--------------------------------
-
-True JavaScript errors are trapped as Throwable, whereas you can still trap
-Error and Exception as well. So if you want to be sure to catch any JavaScript
-error, use try{}catch (Throwable t){}, not try{}catch (Exception e){}. 
-
-j
-ava.awt.Color
---------------
-
-ColorSpace: only "support" CS_sRGB.
-
- TODO -- any volunteers??
-
-javax.swing.JFileDialog
------------------------
-
-HTML5 cannot expose a file reading directory structure. But you certainly 
-can still do file reading and writing. It just works a little differently.
-It's a simple modification:
-
-               b = new JButton("FileOpenDialog");
-               b.addActionListener(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                               JFileChooser fc = new JFileChooser();
-                               Test_Dialog.this.onDialogReturn(fc.showOpenDialog(Test_Dialog.this));
-                               // Java will wait until the dialog is closed, then enter the onDialogReturn method.
-                               // JavaScript will exit with NaN immediately, and then call back with its actual value
-                               // asynchronously.
-                       }
-
-               });
-       
-               public void onDialogReturn(int value) {
-                       if (value != Math.floor(value))
-                               return; // in JavaScript, this will be NaN, indicating the dialog has been opened
-                       // If we are here, the dialog has closed, in both Java and JavaScript.
-                       System.out.println("int value is " + value);
-               }
-
-
-       @Override
-       public void propertyChange(PropertyChangeEvent event) {
-               Object val = event.getNewValue();
-               String name = event.getPropertyName();
-               System.out.println(name);
-               switch (event.getSource().getClass().getName()) {
-               case "javax.swing.JOptionPane":
-                       switch (name) {
-                       case "inputValue":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       case "value":
-                               if (val instanceof Integer)
-                                       onDialogReturn(((Integer) val).intValue());
-                               else
-                                       onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.ColorChooserDialog":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedColor":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.JFileChooser":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedFile":
-                               File file = (File) val;
-                               byte[] array = (val == null ? null : /** @j2sNative file.秘bytes || */
-                                               null);
-                               onDialogReturn("fileName is '" + file.getName() + "'\n\n" + new String(array));
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               }
-               System.out.println(
-                               event.getSource().getClass().getName() + " " + event.getPropertyName() + ": " + event.getNewValue());
-       }
-
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls to JFileDialog. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as 
-
-/sources/net.sf.j2s.java.core/src/javajs/async/AsyncFileChooser.java.
-
-
-javax.swing.JOptionPane dialogs
--------------------------------
-
-For this action to work, the parentComponent must implement
-propertyChangeListener, and any call to JOptionPanel should allow for
-an asynchronous response, meaning that there is no actionable code following the
-call to the dialog opening. 
-
-In addition, for compatibility with the Java version, implementation should
-wrap the call to getConfirmDialog or getOptionDialog in a method call to
-handle the Java:
-
-onDialogReturn(JOptionPane.showConfirmDialog(parentFrame,
-messageOrMessagePanel, "title", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));
-
-Then parentFrame.propertyChange(event) should also call onDialogReturn.
-
-This will then work in both Java and JavaScript.
-
-Note that there is an int and an Object version of onDialogReturn().
-
-
-In JavaScript:
-
-The initial return from JOptionPane.showConfirmDialog and showMessageDialog
-will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_INTEGER (NaN), testable as an impossible 
-Java int value using ret != -(-ret) if the parent implements PropertyChangeListener, or -1
-(CLOSE_OPTION) if not.
-
-For showOptionDialog (which returns Object) or showInputDialog (which returns
-String), the initial return will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_OBJECT, testable as
-((Object) ret) instanceof javax.swing.plaf.UIResource if the parent implements
-PropertyChangeListeneer, or null if not.
-
-The second return will be the desired return.
-
-In Java:
-
-The initial return will be the one and only modal final return.
-
-
-
-For full compatibility, The calling method must not continue beyond this
-call.
-
-All of the standard Java events associated with Components are also
-available.
-
-Certain fall back mechanisms are possible, where onReturn does not exist, but
-only for the following cases:
-
-
-For showMessageDialog, for WARNING_MESSAGE and ERROR_MESSAGE, a simple
-JavaScript alert() is used, returning 0 (OK_OPTION) or -1 (CLOSED_OPTION).
-
-For showInputDialog, if the message is a string, a simple JavaScript prompt()
-with input box is used, returning the entered string or null.
-
-For showConfirmDialog, a simple JavaScript confirm() is used, in which case:
-
-for YES_NO_OPTION: YES_OPTION or NO_OPTION
-
-for YES_NO_CANCEL_OPTION: YES_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-for OK_CANCEL_OPTION or any other: OK_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-Note that you should implement a response for CLOSED_OPTION for
-showConfirmDialog. For other dialogs, a null return indicates the dialog was
-closed, just as for Java.
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as src/javajs/async/AsyncDialog.java.
-Very simple modifications to the Java allows asynchronous operation using AsyncDialog. Here
-is a simple "do you want to close this frame" example, where you can see that what we have
-done is to set the reply into an ActionListener that is defined in the constructor of 
-the AsyncDisplay object:
-
-// Original:
-//
-//     private void promptQuit() {
-//             int sel = JOptionPane.showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-//             switch (sel) {
-//             case JOptionPane.YES_OPTION:
-//                     resultsTab.clean();
-//                     seqs.dispose();
-//                     if (fromMain) {
-//                             System.exit(0);
-//                     }
-//                     break;
-//             }
-//     }
-
-       private void promptQuitAsync() {
-               new AsyncDialog(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                           int sel = ((AsyncDialog)e.getSource()).getOption();
-                               switch (sel) {
-                               case JOptionPane.YES_OPTION:
-                                       resultsTab.clean();
-                                       seqs.dispose();
-                                       if (fromMain) {
-                                               System.exit(0);
-                                       }
-                                       break;
-                               }
-                       }}).showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-       }
-
-Very simple! 
-
-
-native methods
---------------
-
-The J2S compiler ignores all static native method declarations.
-Anything of this nature needs to be implemented in JavaScript if it is needed,
-using j2sNative blocks:
-
-/**
- * @j2sNative
- *
- *    var putYourJavaScriptCodeHere
- *
- */
- Note that if you follow that directly with a {...} block, then 
- the javadoc code will run in JavaScript, and the {...} code will run in Java.
-key Focus
----------
-
-As of June, 2019, the keyboard focus manager is fully implemented. 
-The one catch is that JTextPane and JTextArea, which already consume
-VK_TAB in Java, cannot use CTRL-TAB to continue a tabbing cycle around
-the components in a window. Instead, CTRL-TAB is absorbed by the browser. 
-
-
-LookAndFeel and UI Classes
---------------------------
-
-SwingJS implements the native browser look and feel as swingjs.plaf.HTML5LookAndFeel. 
-There are small differences between all look and feels -- MacOS, Windows, SwingJS.
-
-Expert developers know how to coerce changes in the UI by subclassing the UI for a 
-component. This probably will not work in SwingJS. 
-
-Note that LookAndFeel in Java usually determines canvas size in a Frame because 
-different operating systems (Mac OS vs Windows vs HTML5) will have 
-different edge sizes on their frames. If you want to ensure a component size, 
-use getContentPane().setPreferredSize().
-
-
-System.exit(0) does not stop all processes
-------------------------------------------
-
-Although System.ext(int) has been implemented in JavaScript, it just closes the 
-frames, stops all pending javax.swing.Timer objects in the queue, and runs any 
-threads added using Runtime.getRuntime().addShutdownHook(Thread).
-It may not stop all "threads." So don't rely on that.
-Applications are responsible for shutting down prior to executing System.exit(0). 
-
-
-myClass.getField not implemented
---------------------------------
-
-java.lang.reflect.Field is implemented minimally. It is not
-certain that Field.getDeclaringClass() will work. If you just want a 
-value of a field, you can do this:
-
-/**
- *@j2sNative
- *
- * return myClass[name]
- */   
-
-But that is not a java.lang.reflection.Field object.
-
-
-"window" and other reserved JavaScript names
---------------------------------------------
-
-No reserved top-level JavaScript name is allowed for a package name. So, for example, 
-one must rename packages such as "window" or "document" to names such as "win" or "doc".
-
-reserved field and method names
--------------------------------
-
-In order to minimize the chance of added SwingJS field and method names colliding with ones 
-developers might use in subclassing Java classes, we have added U+79D8 (first character of Mandarin 
-"secret") to the characters already disrecommended by Java documentation ("$" and "_"). The only problem
-would be if you use that character followed by certain English words in certain classes. For example
-\u79D8canvas for JComponents (in java.awt.JSComponent) and \u79D8byte (in java.io.File).
-
-qualified field and method names
---------------------------------
-
-Method names in SwingJS are fully qualified, meaning two methods with the same Java name but different
-parameters, such as write(int) and write(double), must not have the same name in JavaScript. (In this
-case, we will have write$I and write$D.) However, in certain cases it may be desirable to leave the
-method names unqualified. In particular, when an interface actually represents a JavaScript object, 
-the transpiler can leave a method name unqualified. The default situation for this is a class name 
-includes ".api.js" (case-sensitive). This means that any method in any class in a package js within 
-a package api, or any private interface js that has an outer interface api, will have all-unqualified
-methods. An example of this is swingjs.plaf.JSComboPopupList, which needs to communicate with a jQuery 
-object directly using the following interface:
-
-       private interface api {
-
-               interface js extends JQueryObject {
-
-                       abstract js j2sCB(Object options);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, Object o);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, int i);
-
-                       abstract int j2sCB(String OPTION, String name);
-
-               }
-       }
-
-Notice that all these variants of j2sCB() will call the same method in JavaScript by design.
-
-
-missing Math methods
---------------------
-
-java.lang.Math is worked out, but some methods are missing, either because they
-involve long integer value that are inaccessible in JavaScript, or because I just
-didn't implement them. This is a result of continued Java development. 
-It is easy enough to add these methods if you have the source. They go into j2sClazz.js, 
-which is combined with other initial libraries into swingjs2.js by build_site.xml
-
-
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
--------------------------------------------
-
-Use of component.getGraphics() is discouraged in Java and in SwingJS. 
-Specifically in SwingJS, any call to component.getGraphics() or 
-BufferedImage.createGraphics() or Graphics.create(...) should be matched with graphics.dispose(), 
-particularly when it is called outside the context of a paint(Graphics)
-call from the system. 
-
-If you see your graphics scrolling down the page with each repaint, 
-look for where you have used Component.getGraphics() and not Graphics.dispose().
-For example, this will definitely NOT work in SwingJS:
-
-  this.paint(getGraphics())
-  
-and really should not work in Java, either, as it is technically a resource memory leak.
-
-Instead, if you really do not want to use repaint(), use this:
-
-  Graphics g = getGraphics();
-  paint(g);
-  g.dispose();
-
-
-
-Graphics.setClip()
-------------------
-
-The HTML5 canvas.clip() method is permanent. You can only reset the clip using
-save/restore. This is different from Java, where you can temporarily change it using
-
-  Shape oldClip = Graphics.getClip();
-  Graphics.setClip(newClip);
-   ...
-  Graphics.setClip(oldClip); 
-
-If you need to do something like this, you must schedule the paints
-to not have overlapping clip needs.
-
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
------
-
-Fonts and FontMetrics will all be handled in JavaScript. Font matching will 
-not be exact, and composite (drawn) fonts will not be supported. 
-
-SwingJS handles calls such as font.getFontMetrics(g).stringWidth("xxx") by 
-creating a <div> containing that text, placing it in an obscure location on 
-the page, and reading div.getBoundingClientRect(). This is a VERY precise
-value, but can be a pixel or two off from what Java reports for the same font.
-OS-dependent classes
---------------------
-
-Static classes such as:
-
-   java.awt.Toolkit
-   java.awt.GraphicsEnvironment
-   
-   
-which are created using Class.forName are implemented using classes in the swingjs package.
-
-AWTAccessor is not implemented. 
-
-   
-AWT component peers and component "ui" user interfaces
-------------------------------------------------------
-
-ComponentPeer is a class that represents a native AWT component.
-Components with such peers are called "heavy-weight" components.
-They are expected to do the dirty work of graphics drawing. 
-
-Java Swing implements peers only for JApplet, JDialog, JFrame, and JWindow. 
-References to such objects have been removed, but clearly there must be 
-some connection to similar DOM objects, even for "light-weight" components. 
-
-
-  
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
------
-
-Glyph/composite/outline fonts are not supported.
-   
-
-
-threads
--------
-
-Thread locking and synchronization are not relevant to JavaScript.
-Thus, anything requiring "notify.." or "waitFor.." could be a serious issue.
-All threading must be "faked" in JavaScript. Specifically not available is:
-
-  Thread.sleep()
-  
-javax.swing.AbstractButton#doClick(pressTime) will not work, as it requires Thread.sleep();
-    
-However, java.lang.Thread itself is implemented and used extensively. 
-
-Methods thread.start() and thread.run() both work fine. 
-
-For simple applications that use Thread.sleep() just to have a delay, as in a frame rate, for 
-example, one can use javax.swing.Timer instead. That is fully implemented. 
-
-Likewise, java.util.Timer can be replaced with no loss of performance with javax.Swing.Timer.
-Note that java.util.TimerTask is implemented, but it can also be replaced by an implementation of Runnable.
-
-task = new TimerTask(){....};
-t = new java.util.Timer();
-t.schedule(task, 0, 1);
-
-becomes
-
-task = new TimerTask(){....}; // or task = new Runnable() {...}
-t = new javax.swing.Timer(1, new ActionListener() {
-       @Override
-       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-               task.run();
-       }
-};
-t.setInitialDelay(0); // not particularly necessary
-t.start();
-
-In addition, SwingJS provides swingjs.JSThread, which can be subclassed
-if desired. This class allows simple 
-
-  while(!interrupted()){
-       wait()
-       ...
-  }  
-
-action through an asynchronous function run1(mode). For example:
-
-       protected void run1(int mode) {
-               try {
-                       while (true)
-                               switch (mode) {
-                               case INIT:
-                                       // once-through stuff here
-                                       mode = LOOP;
-                                       break;
-                               case LOOP:
-                                       if (!doDispatch || isInterrupted()) {
-                                               mode = DONE;
-                                       } else {
-                                               Runnable r = new Runnable() {
-                                                       public void run() {
-                                                               // put the loop code here
-                                                       }
-                                               };
-                                               dispatchAndReturn(r);
-                                               if (isJS)
-                                                       return;
-                                       }
-                                       break;
-                               // add more cases as needed
-                               case DONE:
-                                       // finish up here
-                                       if (isInterrupted())
-                                               return;
-                                       // or here
-                                       break;
-                               }
-               } finally {
-                       // stuff here to be executed after each loop in JS or at the end in Java
-               }
-       }
-
-image loading
--------------
-- All image loading in SwingJS is synchronous. A MediaTracker call will immediately return "complete".
-  However, it still may take one system clock tick to fully load images. Thus, it is recommended that
-  images be preloaded in the static block of the applet if it is necessary that they be available in init().
-  This is only an issue if you are trying to access the pixel buffer of the image in JavaScript. 
-  
-- Applet.getImage(path, name) will return null if the image does not exist. 
-
-- BufferedImage: only "support" imageType RGB and ARGB
-
-  -BH: This is a temporary edit, just to get us started. Certainly GRAY will be needed
-
-
-BigInteger and BigDecimal
--------------------------
-
-java.math.BigInteger is fully supported; java.math.BigDecimal is roughed 
-in and not fully tested (07/2019). 
-
-Both classes present significant issues for JavaScript, as they are based in 
-Java's 64-bit long for all their operations. Here is the JavaDoc note I added
-to BigInteger:
-
- * SwingJS note: Because of the limitations of JavaScript with regard
- * to long-integer bit storage as a double, this implementation drops
- * the integer storage bit length to 24, giving 48 for long and leaving
- * the last 16 bits clear for the exponent of the double number. This should
- * not affect performance significantly. It does increase the storage 
- * size by about 33%. By bringing an "int" to 3 bytes, we can easily construct
- * and use byte[] data intended for the original BitSet.  
-
-"Easily" may be a bit strong there. This was a serious challenge.
-
-BigDecimal seems to run normally, but in order to do that, my hack involves
-reducing the size of an integer that is allowed to be stored as such and not
-in byte[] as a BigInteger. I'm sure there is a performance hit, but it does work.
-
-no format internationalization
-------------------------------
-
-For now, just en for number and date formatters
-
-no winding rules
-----------------
-
-  When filling a graphic, only nonzero winding rule is implemented in HTML5 Canvas2D.
-
-
-
-text-related field implementation
----------------------------------
-
-Text fields are:
-
-JTextField   (JavaScript <input type="text">)
-JTextArea    (JavaScript <textarea>)
-JTextPane    (JavaScript <div>)
-JEditorPane  (JavaScript <div>)
-
-For the initial implementation, we don't implement infinite undo/redo, and the abstract 
-document model is much less elaborate. Only PlainDocument (in the form of JSPlainDocument)
-is implemented. The Document returned by JTextField.getDocument() is a javax.swing.text.Document.
-
-All scrolling is handled by HTML5. javax.swing.AutoScroller is not implemented.
-public static methods .stop, .isRunning, .processMouseDragged require true Java threading
-and so are not implmented. javax.swing.text.View and its subclasses are not implemented. 
-
-The JS document model does not allow two text fields to address the same underlying document. 
-
-JavaScript is slightly different from Java in that the field value is changed asynchronously after
-the keypressed event, so Java actions that are keyed to KEY_PRESSED may not pick up the new 
-key value even after SwingUtilities.invokeLater() is called. Thus, key pressed actions may need
-to be recorded after a key released event instead. 
-
-Formatter/Regex limitations
----------------------------
-
-Some browsers cannot process Regex "look-behind" process such as (?<=\W)
-java.util.regex.Matcher and Pattern use JavaScript's RegExp object rather than
-the native Java object. These are not identical. Only flags /igm are supported.
-Matcher.start(groupID) is not supported.
-
-java.util.Formatter will function correctly for all standard %... patterns.
-
-integer 1/0 == Infinity
------------------------
-
-1/0 in Java throws "java.lang.ArithmeticException: / by zero", but in JavaScript is just Infinity. 
-
-
-Summary
--------
-
-These are all the known limitations of SwingJS. We have not found any of these limitations
-to be show-stoppers. The primary issue for newcomers to SwingJS is having the source code.
-You must check that source code for all your library jar files is available or, if you
-choose, you will need to decompile those classes. We have used decompilation on some projects,
-and it works just fine. So, technically, all we really need are JAR/class files. But the 
-source is by far superior. It's generally prettier, and it has the license information that
-may or may not be present with the JAR or class files. Use class files at your own risk.
-
-Bob Hanson
-2019.08.16
-
-
-Additional Issues
------------------
-
-Annotation is working for classes, methods, and fields (12/22/19). Method reflection, however,
-is limited. Interfaces do not expose their methods, as the transpiler does not actually transpile
-the interfaces themselves. And method reflection only includes annotated methods.
-
-java.util.concurrent is not fully elaborated. This package is rewritten to not actually use the
-memory handling capabilities of concurrency, which JavaScript does not have access to.
-
-System.getProperties() just returns a minimal set of properties.
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.5/net.sf.j2s.core.jar b/swingjs/ver/3.2.5/net.sf.j2s.core.jar
deleted file mode 100644 (file)
index 057eacd..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.5/net.sf.j2s.core.jar and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.5/timestamp b/swingjs/ver/3.2.5/timestamp
deleted file mode 100644 (file)
index 10cfe48..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-20201219175119 
diff --git a/swingjs/ver/3.2.7/DEV_NOTES.txt b/swingjs/ver/3.2.7/DEV_NOTES.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 751d81c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-This is sources/net.sf.j2s.java.core/dist/DEV_NOTES.txt
-
-_j2sclasslist.txt 
-
-the list of .js files concatenated into coreswingjs.js and minified to coreswingjs.z.js
-
-
-SwingJS-site.zip
-
-the full site directory for SwingJS including all files not in the test/ directory.
diff --git a/swingjs/ver/3.2.7/SwingJS-site.zip b/swingjs/ver/3.2.7/SwingJS-site.zip
deleted file mode 100644 (file)
index dd6765a..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-Unexpected error.  File contents could not be restored from local history during undo/redo.
\ No newline at end of file
diff --git a/swingjs/ver/3.2.7/_j2sclasslist.txt b/swingjs/ver/3.2.7/_j2sclasslist.txt
deleted file mode 100644 (file)
index e98f45d..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,408 +0,0 @@
-java/applet/Applet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.7/net.sf.j2s.core.jar b/swingjs/ver/3.2.7/net.sf.j2s.core.jar
deleted file mode 100644 (file)
index dd8bbf2..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.7/net.sf.j2s.core.jar and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.7/timestamp b/swingjs/ver/3.2.7/timestamp
deleted file mode 100644 (file)
index e49e2f5..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-20200205074936 
diff --git a/swingjs/ver/3.2.8/DEV_NOTES.txt b/swingjs/ver/3.2.8/DEV_NOTES.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 751d81c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-This is sources/net.sf.j2s.java.core/dist/DEV_NOTES.txt
-
-_j2sclasslist.txt 
-
-the list of .js files concatenated into coreswingjs.js and minified to coreswingjs.z.js
-
-
-SwingJS-site.zip
-
-the full site directory for SwingJS including all files not in the test/ directory.
diff --git a/swingjs/ver/3.2.8/SwingJS-site.zip b/swingjs/ver/3.2.8/SwingJS-site.zip
deleted file mode 100644 (file)
index dd6765a..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-Unexpected error.  File contents could not be restored from local history during undo/redo.
\ No newline at end of file
diff --git a/swingjs/ver/3.2.8/_j2sclasslist.txt b/swingjs/ver/3.2.8/_j2sclasslist.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 076f300..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,412 +0,0 @@
-java/applet/Applet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-sun/util/locale/BaseLocale.js
-sun/util/locale/LocaleUtils.js
-sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.8/net.sf.j2s.core.jar b/swingjs/ver/3.2.8/net.sf.j2s.core.jar
deleted file mode 100644 (file)
index feb8ed3..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.8/net.sf.j2s.core.jar and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.8/timestamp b/swingjs/ver/3.2.8/timestamp
deleted file mode 100644 (file)
index b833ece..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-20200220124544 
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9-j11/DEV_NOTES.txt b/swingjs/ver/3.2.9-j11/DEV_NOTES.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 751d81c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-This is sources/net.sf.j2s.java.core/dist/DEV_NOTES.txt
-
-_j2sclasslist.txt 
-
-the list of .js files concatenated into coreswingjs.js and minified to coreswingjs.z.js
-
-
-SwingJS-site.zip
-
-the full site directory for SwingJS including all files not in the test/ directory.
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9-j11/SwingJS-site.zip b/swingjs/ver/3.2.9-j11/SwingJS-site.zip
deleted file mode 100644 (file)
index dd6765a..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-Unexpected error.  File contents could not be restored from local history during undo/redo.
\ No newline at end of file
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9-j11/_j2sclasslist.txt b/swingjs/ver/3.2.9-j11/_j2sclasslist.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 076f300..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,412 +0,0 @@
-java/applet/Applet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-sun/util/locale/BaseLocale.js
-sun/util/locale/LocaleUtils.js
-sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9-j11/differences.txt b/swingjs/ver/3.2.9-j11/differences.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 46e49ec..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1484 +0,0 @@
-Notes
-=====
-
----IMPORTANT CHARACTER SET NOTE---
-
-It is critical that all development work in Java2Script 
-be done in UTF-8. This means:
-
-- making sure your Eclipse project is set up for UTF-8 (not the Eclipse default?)
-- making sure your server can serve up UTF-8 by default for any browser-loaded files
-- making sure you don't edit a Java2Script class file or one of the site .js files
-    using a non-UTF-8 editor. It may replace non-Latin characters with "?" or garbage.
-- making sure that your web pages are delivered with proper headings indicating HTML5 and UTF-8
-
-<!DOCTYPE html>
-<html>
-<head>
-<meta charset="utf-8">
-
-Note that the DOCTYPE tag is critical for some browsers to switch into HTML5 mode. (MSIE?)
-
-
-
-  
-In particular, the Mandarin character ç§˜ (mi; "secret") is used extensively throughout
-the SwingJS class files to distinguish j2s-specific fields and methods that must not 
-ever be shadowed or overridden by subclasses. For example, we see in java.lang.Thread.java:
-
-               public static JSThread ç§˜thisThread;
-
-----------------------------------
-
-
-updated 3/21/2020 -- adds note about HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-updated 3/20/2020 -- adds note about interning, new String("xxx"), and "xxx"
-updated 2/26/2020 -- adds Graphics.setClip issue
-updated 12/22/19 -- additional issues
-updated 11/03/19 -- adds information about File.exists() and points to src/javajs/async
-updated 10/26/19 -- adds information about File.createTempFile()
-updated 8/16/19 -- minor typos and added summary paragraph
-updated 7/19/19 -- clarification that AWT and Swing classes are supported directly
-updated 5/13/19 -- Mandarin U+79D8 reserved character; Missing Math methods; int and long
-updated 5/10/19 -- adds a section on static issues in multi-(duplicate)-applet pages
-updated 1/4/19 -- nio
-updated 9/15/18 -- adds integer 1/0 == Infinity
-updated 7/24/18 -- most classes replaced with https://github.com/frohoff/jdk8u-jdk
-updated 6/5/17 -- reserved package name "window"
-updated 3/11/17 -- myClass.getField
-updated 3/7/17 -- overloading of JSplitPane.setDividerLocation
-updated 3/2/17 -- more indication of classes not implemented (KeyListener)
-
-=============================================================================
-SwingJS and OpenJDK 8+
-=============================================================================
-
-SwingJS implements a wide range of the Java language in JavaScript. The base
-version for this implementation is OpenJDK8. some classes are implemented using 
-older source code, and there are some missing methods. For the most part, this is 
-no real problem. You can add or modify any java class just be adding it as source
-in your project. Or (preferably) you can contact me, and I can get it into the 
-distribution. Or (even more preferably) you can do that via a patch submission. 
-
-=================
-DESIGN PHILOSOPHY
-=================
-
-The java2script/SwingJS design goal is to recreate a recognizable, easily debuggable
-equivalent in JavaScript for as much of Java as practical. This means, for example, 
-that one can call in JavaScript 
-
-  new java.util.Hashtable()
-  
-and for all practical purposes it will appear that Java is running.
-
-
-Method and Field Disambiguation
--------------------------------
-
-SwingJS has no problem with the overloading of methods, for example:
-
-  public void print(int b);
-  public void print(float b);
-
-JavaScript does not allow overloading of methods, and the common practice in
-Java of naming a field the same as a method -- isAllowed and isAllowed() -- is
-not possible in JavaScript. As a result, SwingJS implements "fully-qualified" 
-method names using "$" parameter type separation. Thus, these methods in SwingJS
-will be referred to as print$I and print$F. The rules for this encoding are
-relatively simple: 
-
-1. The seven primitive types in Java are encoded $I (int), $L (long), $F (float), 
-$D (double), $B (byte) $Z (boolean), and $H (short). 
-
-2. String and Object are encoded as $S and $O, respectively.
-
-3. "java_lang_" is dropped for all other classes in the java.lang package (as in Java).
-   For example:  $StringBuffer, not $java_lang_StringBuffer
-
-4. All other classes are encoded as 
-
- "$" + Class.getName().replace(".","_")
-
-For example, in Java we see:
-
-  public void equals(Object o) {...}
-
-Whereas in SwingJS we have:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'equals$O', function (o) {...}
-
-And 
-
- this.getContentPane().add(bar, "North");
-
-becomes
-
- this.getContentPane$().add$java_awt_Component$O(bar, "North");
-
-5. Arrays are indicated with appended "A" for each level. So
-
-  setDataVector(Object[][] dataVector, Object[] columnIdentifiers)
-  
-becomes
-
-  setDataVector$OAA$OA(dataVector, columnIdentifiers)
-
-(It is recognized that this design does introduce a bit of ambiguity, in that
- in principal there could be user class named XA and X in the same package,
- and methods a(X[]) and a(XA) in the same class that cannot be distinguished.
- The benefit of this simple system, however, triumphed over the unlikelyhood
- of that scenario.) The transpiler could be set to flag this possibility.
-
-6. Constructors are prepended with "c$". So 
-
-  public JLabel(String text) {...}
-  
-becomes:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'c$$S', function (text) {...});
-
-Field disambiguation involves prepending. In Java, a class and its subclass 
-can both have the same field name, such as 
-
- boolean visible;
-When this happens, it is called "shadowing", and though not recommended, Java allows
-it. The Java2Script transpiler will prepend such shadowing fields with "$" so that the
-subclass instance has both "visible" (for use in its methods inherited from its
-superclass) and "$visible" (for its own methods). Thus, we might see in Java:
-
-  this.visible = super.visible;
-  
-while in SwingJS we will see:
-
-  this.$visible=this.visible;
-
-since JavaScript does not have the "super" keyword.
-
-
-
-Parameterless methods such as toString() are appended with "$" to become toString$().
-The one exception to this rule is private methods, which are saved in (truly) private 
-array in the class (and are not accessible by reflection). Private parameterless 
-methods retain their simple Java name, since they cannot conflict with field names.
-
-This renaming of methods has a few consequences, which are discussed more fully below.
-See particularly the section on "qualified field and method names", where it is described
-how you can use packages or classes or interfaces with ".api.js" in them to represent JavaScript
-objects for which all method names are to be left unqualified. Note that it is not 
-possible to cherry-pick methods to be unqualified; only full packages, classes or 
-interfaces can hold this status.
-
-The swingjs.api.js package in particular contains a number of useful interfaces that
-you can import into your project for JavaScript-specific capabilities.
-
-
-Applet vs. Application
-----------------------
-
-One of the very cool aspects of SwingJS is that it doesn't particularly matter if a browser-based
-Java app is an "applet" or an "application". We don't need JNLP (Java Network Launch Protocol) 
-because now we can just start up any Java application in a browser just as easily as any applet.
-The associative array that passes information to the SwingJS applet (information that formerly
-might have been part of the APPLET tag, such as width, height, and codebase, always referred to 
-in our writing as "the Info array") allows the option to specify the JApplet/Applet "code" 
-class or the application "main" class. Either one will run just fine.
-
-
-Performance
------------
-
-Obviously, there are limitations. One is performance, but we have seen reproducible 
-performance at 1/6 - 1/3 the speed of Java. Achieving this performance may require
-some refactoring of the Java to make it more efficient in both Java and JavaScript. 
-"for" loops need to be more carefully crafted; use of "new" and "instanceof" need to be
-minimized in critical areas. Note that method overloading -- that is, the same method name
-with different parameters, such as read(int) and read(byte) -- is no longer any problem. 
-  
-
-Threads
--------
-
-Although there is only a single thread in JavaScript, meaning Thread.wait(), Thread.sleep(int) and 
-Thread.notify() cannot be reproduced, we have found that this is not a serious limitation. 
-For example, javax.swing.Timer() works perfectly in JavaScript. All it means is that threads 
-that use sleep(int) or notify() must be refactored to allow Timer-like callbacks. That is, 
-they must allow full exit and re-entry of Thread.run(), not the typical while/sleep motif. 
-
-The key is to create a state-based run() that can be exited and re-entered in JavaScript.
-
-
-Static fields
--------------
-
-Final static primitive "constant" fields (String, boolean, int, etc.) such as 
-
-static final int TEST = 3;
-static final String MY_STRING = "my " + "string";
-
-are converted to their primitive form automatically by the Eclipse Java compiler 
-and do not appear in the JavaScript by their names. 
-
-Other static fields are properties of their class and can be used as expected.
-
-Note, however, that SwingJS runs all "Java" code on a page in a common "jvm" 
-(like older versions of Java). So, like the older Java schema, the JavaScript 
-equivalents of both applets and applications will share all of their static 
-fields and methods. This includes java.lang.System. 
-
-Basically, SwingJS implementations of Java run in a browser page-based sandbox 
-instead of an applet-specific one.
-
-In general, this is no problem. But if we are to implement pages with 
-multiple applets present, we must be sure to only have static references 
-that are "final" or specifically meant to be shared in a JavaScript 
-environment only (since they will not be shared in Java).
-
-A simple solution, if static non-constant references are needed, is to attach the 
-field to Thread.currentThread.threadGroup(), which is an applet-specific reference.
-Be sure, if you do this, that you use explicit setters and getters:
-
-For example, 
-
-private static String myvar;
-
-...
-
-public void setMyVar(String x) {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative g._myvar = x;
-   * 
-   */
-   {
-     myvar = x;
-   }
-}
-
-public String getMyVar() {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative return g._myvar || null;
-   * 
-   */
-   {
-     return myvar;
-   }
-}
- in Java will get and set x the same in JavaScript and in Java. 
-A convenient way to do this in general is to supply a singleton class with
-explicitly private-only constructors and then refer to it in Java and in JavaScript
-instead of using static field, referring to myclass.getIntance().xxx instead of 
-myclass.xxx in Java (and JavaScript). 
-
-This was done extensively in the Jalview project. See jalview.bin.Instance.
-
-
-Helper Packages -- swingjs/ and javajs/
----------------------------------------
-
-The SwingJS library is the swingjs/ package. There are interfaces that may be of assistance
-in swingjs/api, but other than that, it is not recommended that developers access classes in 
-this package. The "public" nature of their methods is really an internal necessity.
-
-In addition to swingjs/, though, there are several useful classes in the javajs/ package
-that could be very useful. This package is a stand-alone package that can be 
-cloned in any Java project that also would be great to have in any JavaScript project
--- SwingJS-related or not. Functionality ranges from reading and writing various file 
-formats, including PDF, BMP, PNG, GIF, JPG, JSON, ZIP, and CompoundDocument formats.
-
-A variety of highly efficient three- and four-dimensional point, vector, matrix, and 
-quaternion classes are included, as they were developed for JSmol and inherited from that
-project. 
-
-Of particular interest should be javajs/async/, which includes
-
-javajs.async.Async
-javajs.async.AsyncColorChooser
-javajs.async.AsyncDialog
-javajs.async.AsyncFileChooser
-
-See javajs.async.Async JavaDoc comments for a full description of 
-these useful classes.
-
-
-Modal Dialogs
--------------
-
-Although true modal dialogs are not possible with only one thread, a functional equivalent -- 
-asynchronous modal dialogs -- is relatively easy to set up. All the JOptionPane dialogs will
-return PropertyChangeEvents to signal that they have been disposed of and containing the results. 
-See below and classes in the javajs.async package.
-
-
-Native calls
-------------
-
-Native calls in Java are calls to operating system methods that are not in Java. JavaScript
-has no access to these, of course, and they must all be replaced by JavaScript equivalents.
-Fortunately, they are not common, and those that are present in Java (for example, in calculating
-checksums in ZIP file creation) are at a low enough level that most developers do not utilize them
-or do not even have access to them. All native calls in Java classes have been replaced by 
-Java equivalents.
-
-
-Swing GUI Peers and UIClasses
------------------------------
-
-One of the biggest adaptations introduced in SwingJS is in the area of the graphical 
-user interface. The issue here is complex but workable. In Java there are two background 
-concepts -- the Component "peer" (one per "heavy-weight" component, such as a Frame) and the 
-component "uiClass" (one per component, such as JButton or JTextField).
-
-Peers are native objects of the operating system. These are the virtual buttons and text areas
-that the user is interacting with at a very base level. Their events are being passed on to 
-Java or the browser by the operating system. UI classes provide a consistent "look and feel" 
-for these native objects, rendering them onto the native window canvas and handling all 
-user-generated events. They paint the borders, the backgrounds, the highlights, of every 
-control you see in Java. There is one-to-one correspondence of Swing classes and UI classes. 
-Setting the Look and Feel for a project amounts to selecting the directory from which to draw 
-these UI classes. The UI classes can be found in the javax.swing.plaf ("platform look and feel") 
-package.
-
-Early on in the development of SwingJS, we decided not to fully reproduce the painfully detailed 
-bit-by-bit painting of controls as is done in Java. Instead, we felt it was wiser to utilize the standard
-HTML5 UI capabilities as much as possible, using DIV, and INPUT especially, with extensive use
-of CSS and sometimes jQuery (menus, and sliders, for example). Thus, we have created a new 
-set of UIs -- the "HTML5 Look and Feel". These classes can be found in swingjs.plaf. Besides being
-more adaptable, this approach allows far more versatility to SwingJS developers, allowing them
-to modify the GUI to suit their needs if desired.
-
-In SwingJS, since we have no access to native peers except through the browser DOM,
-it seemed logical to merge the peer and UI idea. So instead of having one peer per heavy-weight control and
-one UI class instance for each control type, we just have one UI class instance per control, and
-that UI class instance is what is being referred to when a "peer" is notified. 
-
-In some ways this is a throw back to when all of Swing's components were subclasses of
-specific AWT components such as Button and List. These "heavy-weight components" all had their 
-own individual native peers and thus automatically took on the look and feel provided by the OS. 
-Later Swing versions implemented full look and feel for all peers, leaving only JDialog, JFrame,
-and a few other classes to have native peers. But in SwingJS we have again a 1:1 map of component
-and UI class/peer instance.
-
-The origin of most issues (read "bugs") in relation to the GUI will probably be found in the
-swingjs.plaf JSxxxxUI.java code.
-
-  
-Swing-only Components -- no longer an issue
--------------------------------------------
-
-Swing was introduced into Java well after the Java Abstract Window Toolkit (AWT) was well
-established. As such, its designers chose to allow AWT controls such as Button and List to be used 
-alongside their Swing counterparts JButton and JList. Reading the code, it is clear that this 
-design choice posed a huge headache for Swing class developers. 
-
-For SwingJS, we decided from the beginning NOT to allow this mixed-mode programming and 
-instead to require that all components be Swing components. 
-
-However, this is no longer an issue. All AWT components in SwingJS are now subclasses of 
-javax.swing.JComponent. So far, we have found no problem with this.
-
-The a2s Adapter Package
------------------------
-
-Originally, we thought that we would restrict ourselves to JApplets only. That is, only
-Swing-based applets. But as we worked, we discovered that there are a lot of great 
-applets out there that are pre-Swing pure-AWT java.applet.Applet applets. Our problem was 
-that we also wanted it to be possible to quickly adapt these applets to JavaScript as well.
-The solution turned out to be simple: Write a package (a2s) that recreates the interface for 
-non-Swing components as subclasses of Swing components. Thus, a2s.Button subclasses javax.swing.JButton
-but also accepts all of the methods of java.awt.Button. This works amazingly well, with a few
-special adaptations to the core javax.swing to be "AWT-aware." All AWT components now subclass 
-a2s components, which in turn subclass JComponents. So no changes in code are necessary. We have
-successfully transpiled over 500 applets using this strategy. (Kind of surprising, actually, that
-the original Java developers did not see that option. But we have a hindsight advantage here.)
-
-
-Working with Files
-==================
-
-Simple String file names are not optimal for passing information about
-read files within SwingJS applications. 
-All work with files should either use Path or File objects exclusively. 
-These objects, after a file is read or checked for existence, will already 
-contain the file byte[] data. Doing something like this:
-
-File f = File("./test.dat");
-boolean isOK = f.exists();
-
-will load f with its byte[] data, if the file exists. 
-
-But if after that, we use:
-
-File f2 = new File(f.getAbsolutePath());
-
-f2 will not contain that data. Such copying should be done as:
-
-File f2 = new File(f);
-
-in which case, the byte[] data will be transferred.
-
-
-SwingJS uses the following criteria to determine if File.exists() returns true:
-
-(1) if this File object has been used directly to read data, or 
-(2) if reading data using this File object is successful.
-
-Note that you cannot check to see if a file exists before input or if it 
-was actually written or if it already exists prior to writing in SwingJS.  
-
-Thus, you should check each use of file.exists() carefully, and if necessary, provide a J2sNative 
-block that gives an appropriate "OK" message, for example:
-
-(/** @j2sNative 1 ? false : */ outputfile.exits())
-
-or 
-
-(/** @j2sNative 1 ? true : */ inputfile.exits())
-
-Temporary files can be created in SwingJS. SwingJS will maintain a pseudo-filesystem for files 
-created with File.createTempFile(). This is useful in that closure of writing to a temporary file 
-does not generate a pseudo-download to the user's machine.
-
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES BY DESIGN
-===============================
-
-The SwingJS implementation of the following classes are present 
-in a way that gracefully bypasses their functionality:
-
-accessibility
-security
-serialization
-
-
-
-TODO LIST FOR UNIMPLEMENTED CLASSES
-===================================
-
-JEditorPane (minimal implementation) - DONE 12/2018; some issues still
-JSplitPane - DONE 8/2018
-JTabbedPane - DONE 10/2018
-JTree - done 12/2019
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-See below for a full discussion.
-
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
-Names with "$" and "_"
-positive integers do not add to give negative numbers
-ArrayIndexOutOfBounds
-java.awt.Color
-native methods
-javax.swing.JFileDialog
-key focus
-LookAndFeel and UI Classes
-System.exit(0) does not stop all processes
-list cell renderers must be JComponents
-myClass.getField not implemented
-"window" and other reserved JavaScript names
-reserved field and method names
-qualified field and method names
-missing Math methods
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
-Graphics.setClip()
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
-OS-dependent classes
-AWT component peers
-some aspects of reflection
-
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
-threads
-modal dialogs
-image loading
-BigDecimal not fully implemented 
-no format internationalization
-no winding rules
-text-related field implementation
-Formatter/Regex limitations
-integer 1/0 == Infinity
-
-======================================================================== 
-
-DISCUSS
-=======
-
-Table row/col sorter needs checking after removal of java.text.Collator references
-
-I had to move all of SunHints class to RenderingHints, or the 
-two classes could not be loaded. Shouldn't be a problem, I think. The sun classes are
-not accessible to developers in Java anyway, since they are generally package private.
-
-========================================================================== 
-
-//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES
-=====================
-
-accessibility
--------------
-
-All Accessibility handling has been commented out to save the download footprint.
-This removes the need for sun.misc.SharedSecrets as well. 
-Nothing says we could not implement accessibility. We just didn't.
-
-
-security
---------
-
-All JavaScript security is handled by the browser natively. 
-Thus, Java security checking is no longer necessary, and 
-java.security.AccessController has been simplified to work without
-native security checking.
-
-Note that private methods in a class are REALLY private. 
-
-
-serialization
--------------
-
-All serialization has been removed. It was never very useful for Swing anyway, 
-because one needs exactly the same Java version to save and restore serialized objects.
-
-
-keyboard accelerators and mnemonics
------------------------------------
-
-This work was completed in the spring of 2019. Note that in a browser, some 
-key strokes, particularly CTRL-keys, are not available. Bummer.
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-----------------------------------------
-
-changed to JSToolkit.isDispatchThread()
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
--------------------------------------------------
-
-In Java, iterators for HashMap, Hashtable, and HashSet do not guarantee any particular order. 
-From the HashMap documentation for Java 8:
-
-       This class makes no guarantees as to the order of the map; in particular, it does not 
-       guarantee that the order will remain constant over time.
-Likewise, for HashSet (because it is simply a convenience method for HashMap<Object,PRESENT>:
-
-       [HashSet] makes no guarantees as to the iteration order of the set.
-
-JavaScript's Map object is different. It is basically a LinkedHashMap, so it guarantees iteration
-in order of object addition.
-
-Starting with java2script 3.2.9.v1, these classes use the JavaScript Map object rather than hash codes
-whenever all keys are strictly of JavaScript typeof "string". If any key is introduced that is not a string, the
-implementation falls back to using hash codes, the same as Java. 
-
-Note strings created using new String("xxxx") are NOT typeof "string"; they are typeof "object".
-
-The result is significantly faster performance (3-12 x faster) than originally, and up to 3 x faster
-performance in JavaScript than in Java itself. Right. Faster than Java. 
-
-The JavaScript Map implementation is implemented UNLESS the constructor used is the one that
-specifies both initial capacity and load factor in their constructor. Thus, 
-
-new Hashtable()
-new HashMap()
-new HashMap(16)
-new HashSet()
-
-all use the JavaScript Map. But
-
-new Hashtable(11, 0.75f)
-new HashMap(16, 0.75f)
-new HashSet(16, 0.75f)
-
-do not. 
-
-This design allows for opting out of the JavaScript Map use in order to retain the exact behavior of 
-iterators in JavaScript as in Java.
-
-
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
--------------------------------------
-
-Note that the following are true in JavaScript:
-
-typeof new String("xxxx") == "object"
-typeof "xxxx" == "string"
-var s = "x";typeof ("xxx" + s) == "string"
-
-There is no equivalence to this behavior in Java, where a String is a String is a String.
-
-Be aware that SwingJS does not always create a JavaScript String object using JavaScript's 
-new String(...) constructor. It only does this for Java new String("xxxx") or new String(new String()). 
-
-In all other cases, new String(...) (in Java) results in a simple "xxxx" string in JavaScript. 
-That is, it will be JavaScript typeof "string", not typeof "object". 
-
-The reason for this design is that several classes in the Java core use toString() 
-methods that return new String(), and those classes that do that would cause a JavaScript error
-if implicitly stringified if new String() returned a JavaScript String object. 
-
-This is fine in JavaScript
-
-test1 = function() { return { toString:function(){ return "OK" } } }
-"testing" + new test1()
->> "testingOK"
-
-But for whatever reason in JavaScript:
-
-test2 = function() { return { toString:function(){ return new String("OK") } } }
-"testing" + new test2()
->> Uncaught TypeError: Cannot convert object to primitive value
-
-The lesson here is never to use 
-
-  return new String("...");
-
-in a Java toString() method. In Java it will be fine; in JavaScript it will also be fine as long as
-that method is never called in JavaScript implicitly in the context of string concatenation.
-
-A note about interning. Consider the following six Java constructions, where we have a == "x";
-
-"xxx"
-"xx" + "x"
-new String("xxx").intern()
-
-new String("xxx")
-"xx" + a.toString()
-"xx" + a
-
-All six of these will return java.lang.String for .getClass().getName().
-However, the first three are String literals, while the last three are String objects. 
-Thus:
-        "xxx" == "xxx"
-        "xxx" == "xx" + "x"
-        "xxx" == new String("xxx").intern()
-
-but none of the other three are equivalent to "xxx" or each other:
-
-              "xxx" != new String("xxx")
-              "xxx" != "xx" + a.toString()
-              "xxx" != "xx" + a
-  new String("xxx") != new String("xxx") 
-           "xx" + a != new String("xxx") 
-
-etc.
-
-As in Java, in SwingJS, all of the following Java assertions pass as true:
-
-               assert("xxx" == "xx" + "x"); 
-               assert("xxx" == ("xx" + a).intern()); 
-               assert("xxx" === new String("xxx").intern()); 
-               
-and both of these do as well:
-
-               assert(new String("xxx") != "xxx"); 
-               assert(new String("xxx") != new String("xxx")); 
-
-But the following two fail to assert true:
-
-        assert("xxx" != "xx" + a);
-        assert("xxx" != "xx" + a.toString());
-
-because in JavaScript, both of these right-side expressions evaluate to a simple "interned" string.
-
-In Java, however, these assertions are true because Java implicitly "boxes" String 
-concatentaion as a String object, not a literal. 
-
-Most of us know not to generally use == with Strings unless they are explicitly interned. 
-Where this problem may arise, though, is in IdentityHashMap, which compares objects using 
-System.identityHashCode(), which is not the same for different objects or their string literal equivalents.
-
-My recommendation, if you need to use IdentityHashMap with strings is to always use an explicit String.intern()
-for any keys -- unless you really want to keep every string as separate keys even if they are the same sequence, 
-in which case, use new String(). This will work in Java and in  JavaScript.
-
-Be aware when working with strings that come from SwingJS and are being used by other JavaScript modules
-that those that are String objects will return "object" for the JavaScript typeof operator, not "string".
-
-The easy way to ensure this is no problem is to concatenate strings with "" to force immediate interning:
-
-  var x = aJavaObject.getString() + "";
-
-unless you are certain that the string is being returned is a raw JavaScript string.   
-
-Names with "$" and "_"
-----------------------
-
-For the most part, this should be no problem. 
-
-Note that the use of $ and _ in Java field names has always been discouraged:
-[https://docs.oracle.com/javase/tutorial/java/nutsandbolts/variables.html]
-
-       You may find some situations where auto-generated names will contain the dollar sign, 
-       but your variable names should always avoid using it. A similar convention 
-       exists for the underscore character; while it's technically legal to begin your 
-       variable's name with "_", this practice is discouraged.
-
-Some impacts of transpiling method names with full qualification:
-
-1) SwingJS will introduce fields that start with $ or _. These will not conflict
-   if the above convention is followed.
-   
-2) Fields that have the same Java name as a method are not an issue. 
-
-3) Fields that have a Java name with $ that matches a transpiled method name, 
-   such as toString$, will need to be refactored in Java to not have that name collision.
-   
-4) Fields in a subclass that have the same name as private fields in a superclass
-   represent a name collision, because the superclass method needs to call its private
-   field even if invoked from a subclass. The solution was to modify the subclass field
-   name using one or more prepended $.
-   
-5) Use of Class.getDeclaredMethods() reflection will return Method objects having the transpiled 
-   name, not the Java name. This could require some j2sNative adjustment 
-   to strip the $... parameters from the name if that is needed. 
-
-6) Use of Method.getParameterTypes() should work fine, provided class names
-   do not contain "_". This is because the transpiler converts "." to "_" when
-   creating the fully qualified JavaScript name.
-
-
-positive integers do not add to give negative numbers
------------------------------------------------------
-
-In Java, the following is true:
-
-  2000000000 + 2000000000 == -294967296
-
-But in SwingJS, that will be 4000000000. So, for example, the following
-strategy will fail in SwingJS:
-
-               int newLength = lineBuf.length * 2;
-               if (newLength < 0) {
-                       newLength = Integer.MAX_VALUE;
-               }
-
-"-1" in JavaScript is not 0xFFFFFFFF.
-
-And one must take care to not compare a negative number with a 32-bit mask. So
-
-(b & 0xFF000000) == 0xFF000000
-
-is true in Java for (int) b = -1, but is false in JavaScript, because 0xFF000000 is 4278190080, 
-while (-1 & 0xFF000000) is, strangely enough, -16777216, and, in fact, 
-
-(0xFF000000 & 0xFF000000) != 0xFF000000
-
-because -16777216 is not 4278190080.
-
-The fix is that one must compare similar operations:
-
-if ((b & 0xFF000000) == (0xFF000000 & 0xFF000000)) .....
-
-Importantly, the JavaScript Int32Array does behave properly. From 
-the Firefox developer console:
-
->> x = new Int32Array(1)
-<- Int32Array(1) [ 0 ]
->> x[0] = 4000000000
-<- 4000000000
->> x[0]
-<- -294967296
-
-Notice that, perhaps unexpectedly, the following two constructs produce 
-different results in JavaScript:
-
-x = new Int32Array(1);
-b = x[0] = 4000000000;
-
-(b will be 4000000000)
-
-and
-
-x = new Int32Array(1);
-x[0] = 4000000000;
-b = x[0];
-
-(b will be -294967296)
-
-
-SwingJS leverages array typing to handle all byte and short arithmetic so as
-to ensure that any byte or short operation in JavaScript does give the same 
-result in Java. The design decision to not also do this with integer math was
-a trade-off between performance and handling edge cases.
-
-
-ArrayIndexOutOfBounds
----------------------
-
-You cannot implicitly throw an ArrayIndexOutOfBoundsException in JavaScript.
-JavaScript will simply return "undefined", not throw an Exception. So:
-
-boolean notAGoodIdeaIsOutOfBounds(String[] sa, int i) {
-  try {
-     return (sa[i] == sa[i]);
-  } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e) {
-       return false;
-  }
-}
-
-will work in Java but not in JavaScript. Code should not depend upon this sort 
-of trap anyway, if you ask me. 
-
-Throwable vs Error vs Exception
--------------------------------
-
-True JavaScript errors are trapped as Throwable, whereas you can still trap
-Error and Exception as well. So if you want to be sure to catch any JavaScript
-error, use try{}catch (Throwable t){}, not try{}catch (Exception e){}. 
-
-j
-ava.awt.Color
---------------
-
-ColorSpace: only "support" CS_sRGB.
-
- TODO -- any volunteers??
-
-javax.swing.JFileDialog
------------------------
-
-HTML5 cannot expose a file reading directory structure. But you certainly 
-can still do file reading and writing. It just works a little differently.
-It's a simple modification:
-
-               b = new JButton("FileOpenDialog");
-               b.addActionListener(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                               JFileChooser fc = new JFileChooser();
-                               Test_Dialog.this.onDialogReturn(fc.showOpenDialog(Test_Dialog.this));
-                               // Java will wait until the dialog is closed, then enter the onDialogReturn method.
-                               // JavaScript will exit with NaN immediately, and then call back with its actual value
-                               // asynchronously.
-                       }
-
-               });
-       
-               public void onDialogReturn(int value) {
-                       if (value != Math.floor(value))
-                               return; // in JavaScript, this will be NaN, indicating the dialog has been opened
-                       // If we are here, the dialog has closed, in both Java and JavaScript.
-                       System.out.println("int value is " + value);
-               }
-
-
-       @Override
-       public void propertyChange(PropertyChangeEvent event) {
-               Object val = event.getNewValue();
-               String name = event.getPropertyName();
-               System.out.println(name);
-               switch (event.getSource().getClass().getName()) {
-               case "javax.swing.JOptionPane":
-                       switch (name) {
-                       case "inputValue":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       case "value":
-                               if (val instanceof Integer)
-                                       onDialogReturn(((Integer) val).intValue());
-                               else
-                                       onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.ColorChooserDialog":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedColor":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.JFileChooser":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedFile":
-                               File file = (File) val;
-                               byte[] array = (val == null ? null : /** @j2sNative file.秘bytes || */
-                                               null);
-                               onDialogReturn("fileName is '" + file.getName() + "'\n\n" + new String(array));
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               }
-               System.out.println(
-                               event.getSource().getClass().getName() + " " + event.getPropertyName() + ": " + event.getNewValue());
-       }
-
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls to JFileDialog. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as 
-
-/sources/net.sf.j2s.java.core/src/javajs/async/AsyncFileChooser.java.
-
-
-javax.swing.JOptionPane dialogs
--------------------------------
-
-For this action to work, the parentComponent must implement
-propertyChangeListener, and any call to JOptionPanel should allow for
-an asynchronous response, meaning that there is no actionable code following the
-call to the dialog opening. 
-
-In addition, for compatibility with the Java version, implementation should
-wrap the call to getConfirmDialog or getOptionDialog in a method call to
-handle the Java:
-
-onDialogReturn(JOptionPane.showConfirmDialog(parentFrame,
-messageOrMessagePanel, "title", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));
-
-Then parentFrame.propertyChange(event) should also call onDialogReturn.
-
-This will then work in both Java and JavaScript.
-
-Note that there is an int and an Object version of onDialogReturn().
-
-
-In JavaScript:
-
-The initial return from JOptionPane.showConfirmDialog and showMessageDialog
-will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_INTEGER (NaN), testable as an impossible 
-Java int value using ret != -(-ret) if the parent implements PropertyChangeListener, or -1
-(CLOSE_OPTION) if not.
-
-For showOptionDialog (which returns Object) or showInputDialog (which returns
-String), the initial return will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_OBJECT, testable as
-((Object) ret) instanceof javax.swing.plaf.UIResource if the parent implements
-PropertyChangeListeneer, or null if not.
-
-The second return will be the desired return.
-
-In Java:
-
-The initial return will be the one and only modal final return.
-
-
-
-For full compatibility, The calling method must not continue beyond this
-call.
-
-All of the standard Java events associated with Components are also
-available.
-
-Certain fall back mechanisms are possible, where onReturn does not exist, but
-only for the following cases:
-
-
-For showMessageDialog, for WARNING_MESSAGE and ERROR_MESSAGE, a simple
-JavaScript alert() is used, returning 0 (OK_OPTION) or -1 (CLOSED_OPTION).
-
-For showInputDialog, if the message is a string, a simple JavaScript prompt()
-with input box is used, returning the entered string or null.
-
-For showConfirmDialog, a simple JavaScript confirm() is used, in which case:
-
-for YES_NO_OPTION: YES_OPTION or NO_OPTION
-
-for YES_NO_CANCEL_OPTION: YES_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-for OK_CANCEL_OPTION or any other: OK_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-Note that you should implement a response for CLOSED_OPTION for
-showConfirmDialog. For other dialogs, a null return indicates the dialog was
-closed, just as for Java.
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as src/javajs/async/AsyncDialog.java.
-Very simple modifications to the Java allows asynchronous operation using AsyncDialog. Here
-is a simple "do you want to close this frame" example, where you can see that what we have
-done is to set the reply into an ActionListener that is defined in the constructor of 
-the AsyncDisplay object:
-
-// Original:
-//
-//     private void promptQuit() {
-//             int sel = JOptionPane.showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-//             switch (sel) {
-//             case JOptionPane.YES_OPTION:
-//                     resultsTab.clean();
-//                     seqs.dispose();
-//                     if (fromMain) {
-//                             System.exit(0);
-//                     }
-//                     break;
-//             }
-//     }
-
-       private void promptQuitAsync() {
-               new AsyncDialog(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                           int sel = ((AsyncDialog)e.getSource()).getOption();
-                               switch (sel) {
-                               case JOptionPane.YES_OPTION:
-                                       resultsTab.clean();
-                                       seqs.dispose();
-                                       if (fromMain) {
-                                               System.exit(0);
-                                       }
-                                       break;
-                               }
-                       }}).showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-       }
-
-Very simple! 
-
-
-native methods
---------------
-
-The J2S compiler ignores all static native method declarations.
-Anything of this nature needs to be implemented in JavaScript if it is needed,
-using j2sNative blocks:
-
-/**
- * @j2sNative
- *
- *    var putYourJavaScriptCodeHere
- *
- */
- Note that if you follow that directly with a {...} block, then 
- the javadoc code will run in JavaScript, and the {...} code will run in Java.
-key Focus
----------
-
-As of June, 2019, the keyboard focus manager is fully implemented. 
-The one catch is that JTextPane and JTextArea, which already consume
-VK_TAB in Java, cannot use CTRL-TAB to continue a tabbing cycle around
-the components in a window. Instead, CTRL-TAB is absorbed by the browser. 
-
-
-LookAndFeel and UI Classes
---------------------------
-
-SwingJS implements the native browser look and feel as swingjs.plaf.HTML5LookAndFeel. 
-There are small differences between all look and feels -- MacOS, Windows, SwingJS.
-
-Expert developers know how to coerce changes in the UI by subclassing the UI for a 
-component. This probably will not work in SwingJS. 
-
-Note that LookAndFeel in Java usually determines canvas size in a Frame because 
-different operating systems (Mac OS vs Windows vs HTML5) will have 
-different edge sizes on their frames. If you want to ensure a component size, 
-use getContentPane().setPreferredSize().
-
-
-System.exit(0) does not stop all processes
-------------------------------------------
-
-Although System.ext(int) has been implemented in JavaScript, it just closes the 
-frames, stops all pending javax.swing.Timer objects in the queue, and runs any 
-threads added using Runtime.getRuntime().addShutdownHook(Thread).
-It may not stop all "threads." So don't rely on that.
-Applications are responsible for shutting down prior to executing System.exit(0). 
-
-
-myClass.getField not implemented
---------------------------------
-
-java.lang.reflect.Field is implemented minimally. It is not
-certain that Field.getDeclaringClass() will work. If you just want a 
-value of a field, you can do this:
-
-/**
- *@j2sNative
- *
- * return myClass[name]
- */   
-
-But that is not a java.lang.reflection.Field object.
-
-
-"window" and other reserved JavaScript names
---------------------------------------------
-
-No reserved top-level JavaScript name is allowed for a package name. So, for example, 
-one must rename packages such as "window" or "document" to names such as "win" or "doc".
-
-reserved field and method names
--------------------------------
-
-In order to minimize the chance of added SwingJS field and method names colliding with ones 
-developers might use in subclassing Java classes, we have added U+79D8 (first character of Mandarin 
-"secret") to the characters already disrecommended by Java documentation ("$" and "_"). The only problem
-would be if you use that character followed by certain English words in certain classes. For example
-\u79D8canvas for JComponents (in java.awt.JSComponent) and \u79D8byte (in java.io.File).
-
-qualified field and method names
---------------------------------
-
-Method names in SwingJS are fully qualified, meaning two methods with the same Java name but different
-parameters, such as write(int) and write(double), must not have the same name in JavaScript. (In this
-case, we will have write$I and write$D.) However, in certain cases it may be desirable to leave the
-method names unqualified. In particular, when an interface actually represents a JavaScript object, 
-the transpiler can leave a method name unqualified. The default situation for this is a class name 
-includes ".api.js" (case-sensitive). This means that any method in any class in a package js within 
-a package api, or any private interface js that has an outer interface api, will have all-unqualified
-methods. An example of this is swingjs.plaf.JSComboPopupList, which needs to communicate with a jQuery 
-object directly using the following interface:
-
-       private interface api {
-
-               interface js extends JQueryObject {
-
-                       abstract js j2sCB(Object options);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, Object o);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, int i);
-
-                       abstract int j2sCB(String OPTION, String name);
-
-               }
-       }
-
-Notice that all these variants of j2sCB() will call the same method in JavaScript by design.
-
-
-missing Math methods
---------------------
-
-java.lang.Math is worked out, but some methods are missing, either because they
-involve long integer value that are inaccessible in JavaScript, or because I just
-didn't implement them. This is a result of continued Java development. 
-It is easy enough to add these methods if you have the source. They go into j2sClazz.js, 
-which is combined with other initial libraries into swingjs2.js by build_site.xml
-
-
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
--------------------------------------------
-
-Use of component.getGraphics() is discouraged in Java and in SwingJS. 
-Specifically in SwingJS, any call to component.getGraphics() or 
-BufferedImage.createGraphics() or Graphics.create(...) should be matched with graphics.dispose(), 
-particularly when it is called outside the context of a paint(Graphics)
-call from the system. 
-
-If you see your graphics scrolling down the page with each repaint, 
-look for where you have used Component.getGraphics() and not Graphics.dispose().
-For example, this will definitely NOT work in SwingJS:
-
-  this.paint(getGraphics())
-  
-and really should not work in Java, either, as it is technically a resource memory leak.
-
-Instead, if you really do not want to use repaint(), use this:
-
-  Graphics g = getGraphics();
-  paint(g);
-  g.dispose();
-
-
-
-Graphics.setClip()
-------------------
-
-The HTML5 canvas.clip() method is permanent. You can only reset the clip using
-save/restore. This is different from Java, where you can temporarily change it using
-
-  Shape oldClip = Graphics.getClip();
-  Graphics.setClip(newClip);
-   ...
-  Graphics.setClip(oldClip); 
-
-If you need to do something like this, you must schedule the paints
-to not have overlapping clip needs.
-
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
------
-
-Fonts and FontMetrics will all be handled in JavaScript. Font matching will 
-not be exact, and composite (drawn) fonts will not be supported. 
-
-SwingJS handles calls such as font.getFontMetrics(g).stringWidth("xxx") by 
-creating a <div> containing that text, placing it in an obscure location on 
-the page, and reading div.getBoundingClientRect(). This is a VERY precise
-value, but can be a pixel or two off from what Java reports for the same font.
-OS-dependent classes
---------------------
-
-Static classes such as:
-
-   java.awt.Toolkit
-   java.awt.GraphicsEnvironment
-   
-   
-which are created using Class.forName are implemented using classes in the swingjs package.
-
-AWTAccessor is not implemented. 
-
-   
-AWT component peers and component "ui" user interfaces
-------------------------------------------------------
-
-ComponentPeer is a class that represents a native AWT component.
-Components with such peers are called "heavy-weight" components.
-They are expected to do the dirty work of graphics drawing. 
-
-Java Swing implements peers only for JApplet, JDialog, JFrame, and JWindow. 
-References to such objects have been removed, but clearly there must be 
-some connection to similar DOM objects, even for "light-weight" components. 
-
-
-  
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
------
-
-Glyph/composite/outline fonts are not supported.
-   
-
-
-threads
--------
-
-Thread locking and synchronization are not relevant to JavaScript.
-Thus, anything requiring "notify.." or "waitFor.." could be a serious issue.
-All threading must be "faked" in JavaScript. Specifically not available is:
-
-  Thread.sleep()
-  
-javax.swing.AbstractButton#doClick(pressTime) will not work, as it requires Thread.sleep();
-    
-However, java.lang.Thread itself is implemented and used extensively. 
-
-Methods thread.start() and thread.run() both work fine. 
-
-For simple applications that use Thread.sleep() just to have a delay, as in a frame rate, for 
-example, one can use javax.swing.Timer instead. That is fully implemented. 
-
-Likewise, java.util.Timer can be replaced with no loss of performance with javax.Swing.Timer.
-Note that java.util.TimerTask is implemented, but it can also be replaced by an implementation of Runnable.
-
-task = new TimerTask(){....};
-t = new java.util.Timer();
-t.schedule(task, 0, 1);
-
-becomes
-
-task = new TimerTask(){....}; // or task = new Runnable() {...}
-t = new javax.swing.Timer(1, new ActionListener() {
-       @Override
-       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-               task.run();
-       }
-};
-t.setInitialDelay(0); // not particularly necessary
-t.start();
-
-In addition, SwingJS provides swingjs.JSThread, which can be subclassed
-if desired. This class allows simple 
-
-  while(!interrupted()){
-       wait()
-       ...
-  }  
-
-action through an asynchronous function run1(mode). For example:
-
-       protected void run1(int mode) {
-               try {
-                       while (true)
-                               switch (mode) {
-                               case INIT:
-                                       // once-through stuff here
-                                       mode = LOOP;
-                                       break;
-                               case LOOP:
-                                       if (!doDispatch || isInterrupted()) {
-                                               mode = DONE;
-                                       } else {
-                                               Runnable r = new Runnable() {
-                                                       public void run() {
-                                                               // put the loop code here
-                                                       }
-                                               };
-                                               dispatchAndReturn(r);
-                                               if (isJS)
-                                                       return;
-                                       }
-                                       break;
-                               // add more cases as needed
-                               case DONE:
-                                       // finish up here
-                                       if (isInterrupted())
-                                               return;
-                                       // or here
-                                       break;
-                               }
-               } finally {
-                       // stuff here to be executed after each loop in JS or at the end in Java
-               }
-       }
-
-image loading
--------------
-- All image loading in SwingJS is synchronous. A MediaTracker call will immediately return "complete".
-  However, it still may take one system clock tick to fully load images. Thus, it is recommended that
-  images be preloaded in the static block of the applet if it is necessary that they be available in init().
-  This is only an issue if you are trying to access the pixel buffer of the image in JavaScript. 
-  
-- Applet.getImage(path, name) will return null if the image does not exist. 
-
-- BufferedImage: only "support" imageType RGB and ARGB
-
-  -BH: This is a temporary edit, just to get us started. Certainly GRAY will be needed
-
-
-BigInteger and BigDecimal
--------------------------
-
-java.math.BigInteger is fully supported; java.math.BigDecimal is roughed 
-in and not fully tested (07/2019). 
-
-Both classes present significant issues for JavaScript, as they are based in 
-Java's 64-bit long for all their operations. Here is the JavaDoc note I added
-to BigInteger:
-
- * SwingJS note: Because of the limitations of JavaScript with regard
- * to long-integer bit storage as a double, this implementation drops
- * the integer storage bit length to 24, giving 48 for long and leaving
- * the last 16 bits clear for the exponent of the double number. This should
- * not affect performance significantly. It does increase the storage 
- * size by about 33%. By bringing an "int" to 3 bytes, we can easily construct
- * and use byte[] data intended for the original BitSet.  
-
-"Easily" may be a bit strong there. This was a serious challenge.
-
-BigDecimal seems to run normally, but in order to do that, my hack involves
-reducing the size of an integer that is allowed to be stored as such and not
-in byte[] as a BigInteger. I'm sure there is a performance hit, but it does work.
-
-no format internationalization
-------------------------------
-
-For now, just en for number and date formatters
-
-no winding rules
-----------------
-
-  When filling a graphic, only nonzero winding rule is implemented in HTML5 Canvas2D.
-
-
-
-text-related field implementation
----------------------------------
-
-Text fields are:
-
-JTextField   (JavaScript <input type="text">)
-JTextArea    (JavaScript <textarea>)
-JTextPane    (JavaScript <div>)
-JEditorPane  (JavaScript <div>)
-
-For the initial implementation, we don't implement infinite undo/redo, and the abstract 
-document model is much less elaborate. Only PlainDocument (in the form of JSPlainDocument)
-is implemented. The Document returned by JTextField.getDocument() is a javax.swing.text.Document.
-
-All scrolling is handled by HTML5. javax.swing.AutoScroller is not implemented.
-public static methods .stop, .isRunning, .processMouseDragged require true Java threading
-and so are not implmented. javax.swing.text.View and its subclasses are not implemented. 
-
-The JS document model does not allow two text fields to address the same underlying document. 
-
-JavaScript is slightly different from Java in that the field value is changed asynchronously after
-the keypressed event, so Java actions that are keyed to KEY_PRESSED may not pick up the new 
-key value even after SwingUtilities.invokeLater() is called. Thus, key pressed actions may need
-to be recorded after a key released event instead. 
-
-Formatter/Regex limitations
----------------------------
-
-Some browsers cannot process Regex "look-behind" process such as (?<=\W)
-java.util.regex.Matcher and Pattern use JavaScript's RegExp object rather than
-the native Java object. These are not identical. Only flags /igm are supported.
-Matcher.start(groupID) is not supported.
-
-java.util.Formatter will function correctly for all standard %... patterns.
-
-integer 1/0 == Infinity
------------------------
-
-1/0 in Java throws "java.lang.ArithmeticException: / by zero", but in JavaScript is just Infinity. 
-
-
-Summary
--------
-
-These are all the known limitations of SwingJS. We have not found any of these limitations
-to be show-stoppers. The primary issue for newcomers to SwingJS is having the source code.
-You must check that source code for all your library jar files is available or, if you
-choose, you will need to decompile those classes. We have used decompilation on some projects,
-and it works just fine. So, technically, all we really need are JAR/class files. But the 
-source is by far superior. It's generally prettier, and it has the license information that
-may or may not be present with the JAR or class files. Use class files at your own risk.
-
-Bob Hanson
-2019.08.16
-
-
-Additional Issues
------------------
-
-Annotation is working for classes, methods, and fields (12/22/19). Method reflection, however,
-is limited. Interfaces do not expose their methods, as the transpiler does not actually transpile
-the interfaces themselves. And method reflection only includes annotated methods.
-
-java.util.concurrent is not fully elaborated. This package is rewritten to not actually use the
-memory handling capabilities of concurrency, which JavaScript does not have access to.
-
-System.getProperties() just returns a minimal set of properties.
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar b/swingjs/ver/3.2.9-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar
deleted file mode 100644 (file)
index 8cae046..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.9-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9-j11/timestamp b/swingjs/ver/3.2.9-j11/timestamp
deleted file mode 100644 (file)
index 7a0c426..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-20201127032339 
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9/DEV_NOTES.txt b/swingjs/ver/3.2.9/DEV_NOTES.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 751d81c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-This is sources/net.sf.j2s.java.core/dist/DEV_NOTES.txt
-
-_j2sclasslist.txt 
-
-the list of .js files concatenated into coreswingjs.js and minified to coreswingjs.z.js
-
-
-SwingJS-site.zip
-
-the full site directory for SwingJS including all files not in the test/ directory.
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9/SwingJS-site.zip b/swingjs/ver/3.2.9/SwingJS-site.zip
deleted file mode 100644 (file)
index 73853d4..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.9/SwingJS-site.zip and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9/_j2sclasslist.txt b/swingjs/ver/3.2.9/_j2sclasslist.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 076f300..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,412 +0,0 @@
-java/applet/Applet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-sun/util/locale/BaseLocale.js
-sun/util/locale/LocaleUtils.js
-sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9/differences.txt b/swingjs/ver/3.2.9/differences.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 60f5fcc..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1541 +0,0 @@
-Notes
-=====
-
----IMPORTANT CHARACTER SET NOTE---
-
-It is critical that all development work in Java2Script 
-be done in UTF-8. This means:
-
-- making sure your Eclipse project is set up for UTF-8 (not the Eclipse default?)
-- making sure your server can serve up UTF-8 by default for any browser-loaded files
-- making sure you don't edit a Java2Script class file or one of the site .js files
-    using a non-UTF-8 editor. It may replace non-Latin characters with "?" or garbage.
-- making sure that your web pages are delivered with proper headings indicating HTML5 and UTF-8
-
-<!DOCTYPE html>
-<html>
-<head>
-<meta charset="utf-8">
-
-Note that the DOCTYPE tag is critical for some browsers to switch into HTML5 mode. (MSIE?)
-
-
-
-  
-In particular, the Mandarin character ç§˜ (mi; "secret") is used extensively throughout
-the SwingJS class files to distinguish j2s-specific fields and methods that must not 
-ever be shadowed or overridden by subclasses. For example, we see in java.lang.Thread.java:
-
-               public static JSThread ç§˜thisThread;
-
-----------------------------------
-
-
-updated 12/6/2020 -- note about restrictions on long, including BitSet and Scanner
-updated 3/21/2020 -- adds note about HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-updated 3/20/2020 -- adds note about interning, new String("xxx"), and "xxx"
-updated 2/26/2020 -- adds Graphics.setClip issue
-updated 12/22/19 -- additional issues
-updated 11/03/19 -- adds information about File.exists() and points to src/javajs/async
-updated 10/26/19 -- adds information about File.createTempFile()
-updated 8/16/19 -- minor typos and added summary paragraph
-updated 7/19/19 -- clarification that AWT and Swing classes are supported directly
-updated 5/13/19 -- Mandarin U+79D8 reserved character; Missing Math methods; int and long
-updated 5/10/19 -- adds a section on static issues in multi-(duplicate)-applet pages
-updated 1/4/19 -- nio
-updated 9/15/18 -- adds integer 1/0 == Infinity
-updated 7/24/18 -- most classes replaced with https://github.com/frohoff/jdk8u-jdk
-updated 6/5/17 -- reserved package name "window"
-updated 3/11/17 -- myClass.getField
-updated 3/7/17 -- overloading of JSplitPane.setDividerLocation
-updated 3/2/17 -- more indication of classes not implemented (KeyListener)
-
-=============================================================================
-SwingJS and OpenJDK 8+
-=============================================================================
-
-SwingJS implements a wide range of the Java language in JavaScript. The base
-version for this implementation is OpenJDK8. some classes are implemented using 
-older source code, and there are some missing methods. For the most part, this is 
-no real problem. You can add or modify any java class just be adding it as source
-in your project. Or (preferably) you can contact me, and I can get it into the 
-distribution. Or (even more preferably) you can do that via a patch submission. 
-
-=================
-DESIGN PHILOSOPHY
-=================
-
-The java2script/SwingJS design goal is to recreate a recognizable, easily debuggable
-equivalent in JavaScript for as much of Java as practical. This means, for example, 
-that one can call in JavaScript 
-
-  new java.util.Hashtable()
-  
-and for all practical purposes it will appear that Java is running.
-
-
-Method and Field Disambiguation
--------------------------------
-
-SwingJS has no problem with the overloading of methods, for example:
-
-  public void print(int b);
-  public void print(float b);
-
-JavaScript does not allow overloading of methods, and the common practice in
-Java of naming a field the same as a method -- isAllowed and isAllowed() -- is
-not possible in JavaScript. As a result, SwingJS implements "fully-qualified" 
-method names using "$" parameter type separation. Thus, these methods in SwingJS
-will be referred to as print$I and print$F. The rules for this encoding are
-relatively simple: 
-
-1. The seven primitive types in Java are encoded $I (int), $L (long), $F (float), 
-$D (double), $B (byte) $Z (boolean), and $H (short). 
-
-2. String and Object are encoded as $S and $O, respectively.
-
-3. "java_lang_" is dropped for all other classes in the java.lang package (as in Java).
-   For example:  $StringBuffer, not $java_lang_StringBuffer
-
-4. All other classes are encoded as 
-
- "$" + Class.getName().replace(".","_")
-
-For example, in Java we see:
-
-  public void equals(Object o) {...}
-
-Whereas in SwingJS we have:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'equals$O', function (o) {...}
-
-And 
-
- this.getContentPane().add(bar, "North");
-
-becomes
-
- this.getContentPane$().add$java_awt_Component$O(bar, "North");
-
-5. Arrays are indicated with appended "A" for each level. So
-
-  setDataVector(Object[][] dataVector, Object[] columnIdentifiers)
-  
-becomes
-
-  setDataVector$OAA$OA(dataVector, columnIdentifiers)
-
-(It is recognized that this design does introduce a bit of ambiguity, in that
- in principal there could be user class named XA and X in the same package,
- and methods a(X[]) and a(XA) in the same class that cannot be distinguished.
- The benefit of this simple system, however, triumphed over the unlikelyhood
- of that scenario.) The transpiler could be set to flag this possibility.
-
-6. Constructors are prepended with "c$". So 
-
-  public JLabel(String text) {...}
-  
-becomes:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'c$$S', function (text) {...});
-
-Field disambiguation involves prepending. In Java, a class and its subclass 
-can both have the same field name, such as 
-
- boolean visible;
-When this happens, it is called "shadowing", and though not recommended, Java allows
-it. The Java2Script transpiler will prepend such shadowing fields with "$" so that the
-subclass instance has both "visible" (for use in its methods inherited from its
-superclass) and "$visible" (for its own methods). Thus, we might see in Java:
-
-  this.visible = super.visible;
-  
-while in SwingJS we will see:
-
-  this.$visible=this.visible;
-
-since JavaScript does not have the "super" keyword.
-
-
-
-Parameterless methods such as toString() are appended with "$" to become toString$().
-The one exception to this rule is private methods, which are saved in (truly) private 
-array in the class (and are not accessible by reflection). Private parameterless 
-methods retain their simple Java name, since they cannot conflict with field names.
-
-This renaming of methods has a few consequences, which are discussed more fully below.
-See particularly the section on "qualified field and method names", where it is described
-how you can use packages or classes or interfaces with ".api.js" in them to represent JavaScript
-objects for which all method names are to be left unqualified. Note that it is not 
-possible to cherry-pick methods to be unqualified; only full packages, classes or 
-interfaces can hold this status.
-
-The swingjs.api.js package in particular contains a number of useful interfaces that
-you can import into your project for JavaScript-specific capabilities.
-
-
-Applet vs. Application
-----------------------
-
-One of the very cool aspects of SwingJS is that it doesn't particularly matter if a browser-based
-Java app is an "applet" or an "application". We don't need JNLP (Java Network Launch Protocol) 
-because now we can just start up any Java application in a browser just as easily as any applet.
-The associative array that passes information to the SwingJS applet (information that formerly
-might have been part of the APPLET tag, such as width, height, and codebase, always referred to 
-in our writing as "the Info array") allows the option to specify the JApplet/Applet "code" 
-class or the application "main" class. Either one will run just fine.
-
-
-Performance
------------
-
-Obviously, there are limitations. One is performance, but we have seen reproducible 
-performance at 1/6 - 1/3 the speed of Java. Achieving this performance may require
-some refactoring of the Java to make it more efficient in both Java and JavaScript. 
-"for" loops need to be more carefully crafted; use of "new" and "instanceof" need to be
-minimized in critical areas. Note that method overloading -- that is, the same method name
-with different parameters, such as read(int) and read(byte) -- is no longer any problem. 
-  
-
-Threads
--------
-
-Although there is only a single thread in JavaScript, meaning Thread.wait(), Thread.sleep(int) and 
-Thread.notify() cannot be reproduced, we have found that this is not a serious limitation. 
-For example, javax.swing.Timer() works perfectly in JavaScript. All it means is that threads 
-that use sleep(int) or notify() must be refactored to allow Timer-like callbacks. That is, 
-they must allow full exit and re-entry of Thread.run(), not the typical while/sleep motif. 
-
-The key is to create a state-based run() that can be exited and re-entered in JavaScript.
-
-
-Static fields
--------------
-
-Final static primitive "constant" fields (String, boolean, int, etc.) such as 
-
-static final int TEST = 3;
-static final String MY_STRING = "my " + "string";
-
-are converted to their primitive form automatically by the Eclipse Java compiler 
-and do not appear in the JavaScript by their names. 
-
-Other static fields are properties of their class and can be used as expected.
-
-Note, however, that SwingJS runs all "Java" code on a page in a common "jvm" 
-(like older versions of Java). So, like the older Java schema, the JavaScript 
-equivalents of both applets and applications will share all of their static 
-fields and methods. This includes java.lang.System. 
-
-Basically, SwingJS implementations of Java run in a browser page-based sandbox 
-instead of an applet-specific one.
-
-In general, this is no problem. But if we are to implement pages with 
-multiple applets present, we must be sure to only have static references 
-that are "final" or specifically meant to be shared in a JavaScript 
-environment only (since they will not be shared in Java).
-
-A simple solution, if static non-constant references are needed, is to attach the 
-field to Thread.currentThread.threadGroup(), which is an applet-specific reference.
-Be sure, if you do this, that you use explicit setters and getters:
-
-For example, 
-
-private static String myvar;
-
-...
-
-public void setMyVar(String x) {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative g._myvar = x;
-   * 
-   */
-   {
-     myvar = x;
-   }
-}
-
-public String getMyVar() {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative return g._myvar || null;
-   * 
-   */
-   {
-     return myvar;
-   }
-}
- in Java will get and set x the same in JavaScript and in Java. 
-A convenient way to do this in general is to supply a singleton class with
-explicitly private-only constructors and then refer to it in Java and in JavaScript
-instead of using static field, referring to myclass.getIntance().xxx instead of 
-myclass.xxx in Java (and JavaScript). 
-
-This was done extensively in the Jalview project. See jalview.bin.Instance.
-
-
-Helper Packages -- swingjs/ and javajs/
----------------------------------------
-
-The SwingJS library is the swingjs/ package. There are interfaces that may be of assistance
-in swingjs/api, but other than that, it is not recommended that developers access classes in 
-this package. The "public" nature of their methods is really an internal necessity.
-
-In addition to swingjs/, though, there are several useful classes in the javajs/ package
-that could be very useful. This package is a stand-alone package that can be 
-cloned in any Java project that also would be great to have in any JavaScript project
--- SwingJS-related or not. Functionality ranges from reading and writing various file 
-formats, including PDF, BMP, PNG, GIF, JPG, JSON, ZIP, and CompoundDocument formats.
-
-A variety of highly efficient three- and four-dimensional point, vector, matrix, and 
-quaternion classes are included, as they were developed for JSmol and inherited from that
-project. 
-
-Of particular interest should be javajs/async/, which includes
-
-javajs.async.Async
-javajs.async.AsyncColorChooser
-javajs.async.AsyncDialog
-javajs.async.AsyncFileChooser
-
-See javajs.async.Async JavaDoc comments for a full description of 
-these useful classes.
-
-
-Modal Dialogs
--------------
-
-Although true modal dialogs are not possible with only one thread, a functional equivalent -- 
-asynchronous modal dialogs -- is relatively easy to set up. All the JOptionPane dialogs will
-return PropertyChangeEvents to signal that they have been disposed of and containing the results. 
-See below and classes in the javajs.async package.
-
-
-Native calls
-------------
-
-Native calls in Java are calls to operating system methods that are not in Java. JavaScript
-has no access to these, of course, and they must all be replaced by JavaScript equivalents.
-Fortunately, they are not common, and those that are present in Java (for example, in calculating
-checksums in ZIP file creation) are at a low enough level that most developers do not utilize them
-or do not even have access to them. All native calls in Java classes have been replaced by 
-Java equivalents.
-
-
-Swing GUI Peers and UIClasses
------------------------------
-
-One of the biggest adaptations introduced in SwingJS is in the area of the graphical 
-user interface. The issue here is complex but workable. In Java there are two background 
-concepts -- the Component "peer" (one per "heavy-weight" component, such as a Frame) and the 
-component "uiClass" (one per component, such as JButton or JTextField).
-
-Peers are native objects of the operating system. These are the virtual buttons and text areas
-that the user is interacting with at a very base level. Their events are being passed on to 
-Java or the browser by the operating system. UI classes provide a consistent "look and feel" 
-for these native objects, rendering them onto the native window canvas and handling all 
-user-generated events. They paint the borders, the backgrounds, the highlights, of every 
-control you see in Java. There is one-to-one correspondence of Swing classes and UI classes. 
-Setting the Look and Feel for a project amounts to selecting the directory from which to draw 
-these UI classes. The UI classes can be found in the javax.swing.plaf ("platform look and feel") 
-package.
-
-Early on in the development of SwingJS, we decided not to fully reproduce the painfully detailed 
-bit-by-bit painting of controls as is done in Java. Instead, we felt it was wiser to utilize the standard
-HTML5 UI capabilities as much as possible, using DIV, and INPUT especially, with extensive use
-of CSS and sometimes jQuery (menus, and sliders, for example). Thus, we have created a new 
-set of UIs -- the "HTML5 Look and Feel". These classes can be found in swingjs.plaf. Besides being
-more adaptable, this approach allows far more versatility to SwingJS developers, allowing them
-to modify the GUI to suit their needs if desired.
-
-In SwingJS, since we have no access to native peers except through the browser DOM,
-it seemed logical to merge the peer and UI idea. So instead of having one peer per heavy-weight control and
-one UI class instance for each control type, we just have one UI class instance per control, and
-that UI class instance is what is being referred to when a "peer" is notified. 
-
-In some ways this is a throw back to when all of Swing's components were subclasses of
-specific AWT components such as Button and List. These "heavy-weight components" all had their 
-own individual native peers and thus automatically took on the look and feel provided by the OS. 
-Later Swing versions implemented full look and feel for all peers, leaving only JDialog, JFrame,
-and a few other classes to have native peers. But in SwingJS we have again a 1:1 map of component
-and UI class/peer instance.
-
-The origin of most issues (read "bugs") in relation to the GUI will probably be found in the
-swingjs.plaf JSxxxxUI.java code.
-
-  
-Swing-only Components -- no longer an issue
--------------------------------------------
-
-Swing was introduced into Java well after the Java Abstract Window Toolkit (AWT) was well
-established. As such, its designers chose to allow AWT controls such as Button and List to be used 
-alongside their Swing counterparts JButton and JList. Reading the code, it is clear that this 
-design choice posed a huge headache for Swing class developers. 
-
-For SwingJS, we decided from the beginning NOT to allow this mixed-mode programming and 
-instead to require that all components be Swing components. 
-
-However, this is no longer an issue. All AWT components in SwingJS are now subclasses of 
-javax.swing.JComponent. So far, we have found no problem with this.
-
-The a2s Adapter Package
------------------------
-
-Originally, we thought that we would restrict ourselves to JApplets only. That is, only
-Swing-based applets. But as we worked, we discovered that there are a lot of great 
-applets out there that are pre-Swing pure-AWT java.applet.Applet applets. Our problem was 
-that we also wanted it to be possible to quickly adapt these applets to JavaScript as well.
-The solution turned out to be simple: Write a package (a2s) that recreates the interface for 
-non-Swing components as subclasses of Swing components. Thus, a2s.Button subclasses javax.swing.JButton
-but also accepts all of the methods of java.awt.Button. This works amazingly well, with a few
-special adaptations to the core javax.swing to be "AWT-aware." All AWT components now subclass 
-a2s components, which in turn subclass JComponents. So no changes in code are necessary. We have
-successfully transpiled over 500 applets using this strategy. (Kind of surprising, actually, that
-the original Java developers did not see that option. But we have a hindsight advantage here.)
-
-
-Working with Files
-==================
-
-Simple String file names are not optimal for passing information about
-read files within SwingJS applications. 
-All work with files should either use Path or File objects exclusively. 
-These objects, after a file is read or checked for existence, will already 
-contain the file byte[] data. Doing something like this:
-
-File f = File("./test.dat");
-boolean isOK = f.exists();
-
-will load f with its byte[] data, if the file exists. 
-
-But if after that, we use:
-
-File f2 = new File(f.getAbsolutePath());
-
-f2 will not contain that data. Such copying should be done as:
-
-File f2 = new File(f);
-
-in which case, the byte[] data will be transferred.
-
-
-SwingJS uses the following criteria to determine if File.exists() returns true:
-
-(1) if this File object has been used directly to read data, or 
-(2) if reading data using this File object is successful.
-
-Note that you cannot check to see if a file exists before input or if it 
-was actually written or if it already exists prior to writing in SwingJS.  
-
-Thus, you should check each use of file.exists() carefully, and if necessary, provide a J2sNative 
-block that gives an appropriate "OK" message, for example:
-
-(/** @j2sNative 1 ? false : */ outputfile.exits())
-
-or 
-
-(/** @j2sNative 1 ? true : */ inputfile.exits())
-
-Temporary files can be created in SwingJS. SwingJS will maintain a pseudo-filesystem for files 
-created with File.createTempFile(). This is useful in that closure of writing to a temporary file 
-does not generate a pseudo-download to the user's machine.
-
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES BY DESIGN
-===============================
-
-The SwingJS implementation of the following classes are present 
-in a way that gracefully bypasses their functionality:
-
-accessibility
-security
-serialization
-
-
-
-TODO LIST FOR UNIMPLEMENTED CLASSES
-===================================
-
-JEditorPane (minimal implementation) - DONE 12/2018; some issues still
-JSplitPane - DONE 8/2018
-JTabbedPane - DONE 10/2018
-JTree - done 12/2019
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-See below for a full discussion.
-
-Restrictions on long
-Restriction on BitSet and Scanner
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
-Names with "$" and "_"
-positive integers do not add to give negative numbers
-ArrayIndexOutOfBounds
-java.awt.Color
-native methods
-javax.swing.JFileDialog
-key focus
-LookAndFeel and UI Classes
-System.exit(0) does not stop all processes
-list cell renderers must be JComponents
-myClass.getField not implemented
-"window" and other reserved JavaScript names
-reserved field and method names
-qualified field and method names
-missing Math methods
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
-Graphics.setClip()
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
-OS-dependent classes
-AWT component peers
-some aspects of reflection
-
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
-threads
-modal dialogs
-image loading
-BigDecimal not fully implemented 
-no format internationalization
-no winding rules
-text-related field implementation
-Formatter/Regex limitations
-integer 1/0 == Infinity
-
-======================================================================== 
-
-DISCUSS
-=======
-
-Table row/col sorter needs checking after removal of java.text.Collator references
-
-I had to move all of SunHints class to RenderingHints, or the 
-two classes could not be loaded. Shouldn't be a problem, I think. The sun classes are
-not accessible to developers in Java anyway, since they are generally package private.
-
-========================================================================== 
-
-//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES
-=====================
-
-accessibility
--------------
-
-All Accessibility handling has been commented out to save the download footprint.
-This removes the need for sun.misc.SharedSecrets as well. 
-Nothing says we could not implement accessibility. We just didn't.
-
-
-security
---------
-
-All JavaScript security is handled by the browser natively. 
-Thus, Java security checking is no longer necessary, and 
-java.security.AccessController has been simplified to work without
-native security checking.
-
-Note that private methods in a class are REALLY private. 
-
-
-serialization
--------------
-
-All serialization has been removed. It was never very useful for Swing anyway, 
-because one needs exactly the same Java version to save and restore serialized objects.
-
-
-keyboard accelerators and mnemonics
------------------------------------
-
-This work was completed in the spring of 2019. Note that in a browser, some 
-key strokes, particularly CTRL-keys, are not available. Bummer.
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-----------------------------------------
-
-changed to JSToolkit.isDispatchThread()
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-restrictions on long
---------------------
-
-Java's 64-bit long type is not supported in JavaScript. There is no Int64Array in JavaScript,
-and 0x20000000000000 + 1 evaluates to 0x20000000000000, not 0x20000000000001. 
-(Likewise, -0x20000000000000 - 1 is left unchanged.) 
-
-The largest "integer" value in JavaScript is 9007199254740991 (9.007199254740991E13, or 0x1FFFFFFFFFFFFFF).
-Effectively, you get to use only 53 bits of the long, not 64. Trying to set a long larger than
-0x1FFFFFFFFFFFFFF or smaller than -0x1FFFFFFFFFFFFFF will result in a NumberFormatException.
-
-The transpiler handles conversion to long the same as Java for all cases other than from double. 
-
-For small double values, there is no problem, and, in fact, this is a known trick used to round 
-doubles and floats toward zero:
-
-double d;
-d = (long) 3.8;
-assert(d == 3);
-d = (long) -3.8;
-assert(d == -3);
-
-SwingJS will evaluate (long) d as 0 for d > 9007199254740991 
-or d < -9007199254740991, same as Java returns for Double.NaN.
-So, in Java we have:
-
-               assert(((long) Double.NaN) == 0);
-               assert(((int) Double.NaN) == 0);
-               assert(((long) Float.NaN) == 0);
-               assert(((int) Float.NaN) == 0);
-
-and also, in JavaScript only, we also have:
-
-               double d = 0x2000000000000L;
-               assert(((long) d) == 0);
-
-
-restrictions on BitSet and Scanner
-----------------------------------
-
-Because of the issue of long being only 53 bits, any time a method returns a long value, considerations must
-be made as to whether this will work in JavaScript. In particular, BitSet and Scanner have issues. 
-
-In SwingJS, java.util.BitSet has been implemented as a 32-bit integer-based bitset. This was no problem in
-Java 6, but starting with Java 7, a method was added to BitSet that allows for the extraction of the 
-underlying long[] word data. This is not work in JavaScript. Instead, SwingJS java.util.Bitset.toLongArray() will deliver 
-32-bit int[] data.
-
-SwingJS Scanner has hasNextLong() and nextLong(), and although it will scan through long numbers,
-Scanner will choke on long numbers greater than the JavaScript 53-bit limit. hasNextLong() will 
-return false, and nextLong() will throw an InputMismatchException triggered by the NumberFormatException
-thrown by Long.parseLong(). 
-
-
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
--------------------------------------------------
-
-In Java, iterators for HashMap, Hashtable, and HashSet do not guarantee any particular order. 
-From the HashMap documentation for Java 8:
-
-       This class makes no guarantees as to the order of the map; in particular, it does not 
-       guarantee that the order will remain constant over time.
-Likewise, for HashSet (because it is simply a convenience method for HashMap<Object,PRESENT>:
-
-       [HashSet] makes no guarantees as to the iteration order of the set.
-
-JavaScript's Map object is different. It is basically a LinkedHashMap, so it guarantees iteration
-in order of object addition.
-
-Starting with java2script 3.2.9.v1, these classes use the JavaScript Map object rather than hash codes
-whenever all keys are strictly of JavaScript typeof "string". If any key is introduced that is not a string, the
-implementation falls back to using hash codes, the same as Java. 
-
-Note strings created using new String("xxxx") are NOT typeof "string"; they are typeof "object".
-
-The result is significantly faster performance (3-12 x faster) than originally, and up to 3 x faster
-performance in JavaScript than in Java itself. Right. Faster than Java. 
-
-The JavaScript Map implementation is implemented UNLESS the constructor used is the one that
-specifies both initial capacity and load factor in their constructor. Thus, 
-
-new Hashtable()
-new HashMap()
-new HashMap(16)
-new HashSet()
-
-all use the JavaScript Map. But
-
-new Hashtable(11, 0.75f)
-new HashMap(16, 0.75f)
-new HashSet(16, 0.75f)
-
-do not. 
-
-This design allows for opting out of the JavaScript Map use in order to retain the exact behavior of 
-iterators in JavaScript as in Java.
-
-
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
--------------------------------------
-
-Note that the following are true in JavaScript:
-
-typeof new String("xxxx") == "object"
-typeof "xxxx" == "string"
-var s = "x";typeof ("xxx" + s) == "string"
-
-There is no equivalence to this behavior in Java, where a String is a String is a String.
-
-Be aware that SwingJS does not always create a JavaScript String object using JavaScript's 
-new String(...) constructor. It only does this for Java new String("xxxx") or new String(new String()). 
-
-In all other cases, new String(...) (in Java) results in a simple "xxxx" string in JavaScript. 
-That is, it will be JavaScript typeof "string", not typeof "object". 
-
-The reason for this design is that several classes in the Java core use toString() 
-methods that return new String(), and those classes that do that would cause a JavaScript error
-if implicitly stringified if new String() returned a JavaScript String object. 
-
-This is fine in JavaScript
-
-test1 = function() { return { toString:function(){ return "OK" } } }
-"testing" + new test1()
->> "testingOK"
-
-But for whatever reason in JavaScript:
-
-test2 = function() { return { toString:function(){ return new String("OK") } } }
-"testing" + new test2()
->> Uncaught TypeError: Cannot convert object to primitive value
-
-The lesson here is never to use 
-
-  return new String("...");
-
-in a Java toString() method. In Java it will be fine; in JavaScript it will also be fine as long as
-that method is never called in JavaScript implicitly in the context of string concatenation.
-
-A note about interning. Consider the following six Java constructions, where we have a == "x";
-
-"xxx"
-"xx" + "x"
-new String("xxx").intern()
-
-new String("xxx")
-"xx" + a.toString()
-"xx" + a
-
-All six of these will return java.lang.String for .getClass().getName().
-However, the first three are String literals, while the last three are String objects. 
-Thus:
-        "xxx" == "xxx"
-        "xxx" == "xx" + "x"
-        "xxx" == new String("xxx").intern()
-
-but none of the other three are equivalent to "xxx" or each other:
-
-              "xxx" != new String("xxx")
-              "xxx" != "xx" + a.toString()
-              "xxx" != "xx" + a
-  new String("xxx") != new String("xxx") 
-           "xx" + a != new String("xxx") 
-
-etc.
-
-As in Java, in SwingJS, all of the following Java assertions pass as true:
-
-               assert("xxx" == "xx" + "x"); 
-               assert("xxx" == ("xx" + a).intern()); 
-               assert("xxx" === new String("xxx").intern()); 
-               
-and both of these do as well:
-
-               assert(new String("xxx") != "xxx"); 
-               assert(new String("xxx") != new String("xxx")); 
-
-But the following two fail to assert true:
-
-        assert("xxx" != "xx" + a);
-        assert("xxx" != "xx" + a.toString());
-
-because in JavaScript, both of these right-side expressions evaluate to a simple "interned" string.
-
-In Java, however, these assertions are true because Java implicitly "boxes" String 
-concatentaion as a String object, not a literal. 
-
-Most of us know not to generally use == with Strings unless they are explicitly interned. 
-Where this problem may arise, though, is in IdentityHashMap, which compares objects using 
-System.identityHashCode(), which is not the same for different objects or their string literal equivalents.
-
-My recommendation, if you need to use IdentityHashMap with strings is to always use an explicit String.intern()
-for any keys -- unless you really want to keep every string as separate keys even if they are the same sequence, 
-in which case, use new String(). This will work in Java and in  JavaScript.
-
-Be aware when working with strings that come from SwingJS and are being used by other JavaScript modules
-that those that are String objects will return "object" for the JavaScript typeof operator, not "string".
-
-The easy way to ensure this is no problem is to concatenate strings with "" to force immediate interning:
-
-  var x = aJavaObject.getString() + "";
-
-unless you are certain that the string is being returned is a raw JavaScript string.   
-
-Names with "$" and "_"
-----------------------
-
-For the most part, this should be no problem. 
-
-Note that the use of $ and _ in Java field names has always been discouraged:
-[https://docs.oracle.com/javase/tutorial/java/nutsandbolts/variables.html]
-
-       You may find some situations where auto-generated names will contain the dollar sign, 
-       but your variable names should always avoid using it. A similar convention 
-       exists for the underscore character; while it's technically legal to begin your 
-       variable's name with "_", this practice is discouraged.
-
-Some impacts of transpiling method names with full qualification:
-
-1) SwingJS will introduce fields that start with $ or _. These will not conflict
-   if the above convention is followed.
-   
-2) Fields that have the same Java name as a method are not an issue. 
-
-3) Fields that have a Java name with $ that matches a transpiled method name, 
-   such as toString$, will need to be refactored in Java to not have that name collision.
-   
-4) Fields in a subclass that have the same name as private fields in a superclass
-   represent a name collision, because the superclass method needs to call its private
-   field even if invoked from a subclass. The solution was to modify the subclass field
-   name using one or more prepended $.
-   
-5) Use of Class.getDeclaredMethods() reflection will return Method objects having the transpiled 
-   name, not the Java name. This could require some j2sNative adjustment 
-   to strip the $... parameters from the name if that is needed. 
-
-6) Use of Method.getParameterTypes() should work fine, provided class names
-   do not contain "_". This is because the transpiler converts "." to "_" when
-   creating the fully qualified JavaScript name.
-
-
-positive integers do not add to give negative numbers
------------------------------------------------------
-
-In Java, the following is true:
-
-  2000000000 + 2000000000 == -294967296
-
-But in SwingJS, that will be 4000000000. So, for example, the following
-strategy will fail in SwingJS:
-
-               int newLength = lineBuf.length * 2;
-               if (newLength < 0) {
-                       newLength = Integer.MAX_VALUE;
-               }
-
-"-1" in JavaScript is not 0xFFFFFFFF.
-
-And one must take care to not compare a negative number with a 32-bit mask. So
-
-(b & 0xFF000000) == 0xFF000000
-
-is true in Java for (int) b = -1, but is false in JavaScript, because 0xFF000000 is 4278190080, 
-while (-1 & 0xFF000000) is, strangely enough, -16777216, and, in fact, 
-
-(0xFF000000 & 0xFF000000) != 0xFF000000
-
-because -16777216 is not 4278190080.
-
-The fix is that one must compare similar operations:
-
-if ((b & 0xFF000000) == (0xFF000000 & 0xFF000000)) .....
-
-Importantly, the JavaScript Int32Array does behave properly. From 
-the Firefox developer console:
-
->> x = new Int32Array(1)
-<- Int32Array(1) [ 0 ]
->> x[0] = 4000000000
-<- 4000000000
->> x[0]
-<- -294967296
-
-Notice that, perhaps unexpectedly, the following two constructs produce 
-different results in JavaScript:
-
-x = new Int32Array(1);
-b = x[0] = 4000000000;
-
-(b will be 4000000000)
-
-and
-
-x = new Int32Array(1);
-x[0] = 4000000000;
-b = x[0];
-
-(b will be -294967296)
-
-
-SwingJS leverages array typing to handle all byte and short arithmetic so as
-to ensure that any byte or short operation in JavaScript does give the same 
-result in Java. The design decision to not also do this with integer math was
-a trade-off between performance and handling edge cases.
-
-
-ArrayIndexOutOfBounds
----------------------
-
-You cannot implicitly throw an ArrayIndexOutOfBoundsException in JavaScript.
-JavaScript will simply return "undefined", not throw an Exception. So:
-
-boolean notAGoodIdeaIsOutOfBounds(String[] sa, int i) {
-  try {
-     return (sa[i] == sa[i]);
-  } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e) {
-       return false;
-  }
-}
-
-will work in Java but not in JavaScript. Code should not depend upon this sort 
-of trap anyway, if you ask me. 
-
-Throwable vs Error vs Exception
--------------------------------
-
-True JavaScript errors are trapped as Throwable, whereas you can still trap
-Error and Exception as well. So if you want to be sure to catch any JavaScript
-error, use try{}catch (Throwable t){}, not try{}catch (Exception e){}. 
-
-j
-ava.awt.Color
---------------
-
-ColorSpace: only "support" CS_sRGB.
-
- TODO -- any volunteers??
-
-javax.swing.JFileDialog
------------------------
-
-HTML5 cannot expose a file reading directory structure. But you certainly 
-can still do file reading and writing. It just works a little differently.
-It's a simple modification:
-
-               b = new JButton("FileOpenDialog");
-               b.addActionListener(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                               JFileChooser fc = new JFileChooser();
-                               Test_Dialog.this.onDialogReturn(fc.showOpenDialog(Test_Dialog.this));
-                               // Java will wait until the dialog is closed, then enter the onDialogReturn method.
-                               // JavaScript will exit with NaN immediately, and then call back with its actual value
-                               // asynchronously.
-                       }
-
-               });
-       
-               public void onDialogReturn(int value) {
-                       if (value != Math.floor(value))
-                               return; // in JavaScript, this will be NaN, indicating the dialog has been opened
-                       // If we are here, the dialog has closed, in both Java and JavaScript.
-                       System.out.println("int value is " + value);
-               }
-
-
-       @Override
-       public void propertyChange(PropertyChangeEvent event) {
-               Object val = event.getNewValue();
-               String name = event.getPropertyName();
-               System.out.println(name);
-               switch (event.getSource().getClass().getName()) {
-               case "javax.swing.JOptionPane":
-                       switch (name) {
-                       case "inputValue":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       case "value":
-                               if (val instanceof Integer)
-                                       onDialogReturn(((Integer) val).intValue());
-                               else
-                                       onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.ColorChooserDialog":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedColor":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.JFileChooser":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedFile":
-                               File file = (File) val;
-                               byte[] array = (val == null ? null : /** @j2sNative file.秘bytes || */
-                                               null);
-                               onDialogReturn("fileName is '" + file.getName() + "'\n\n" + new String(array));
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               }
-               System.out.println(
-                               event.getSource().getClass().getName() + " " + event.getPropertyName() + ": " + event.getNewValue());
-       }
-
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls to JFileDialog. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as 
-
-/sources/net.sf.j2s.java.core/src/javajs/async/AsyncFileChooser.java.
-
-
-javax.swing.JOptionPane dialogs
--------------------------------
-
-For this action to work, the parentComponent must implement
-propertyChangeListener, and any call to JOptionPanel should allow for
-an asynchronous response, meaning that there is no actionable code following the
-call to the dialog opening. 
-
-In addition, for compatibility with the Java version, implementation should
-wrap the call to getConfirmDialog or getOptionDialog in a method call to
-handle the Java:
-
-onDialogReturn(JOptionPane.showConfirmDialog(parentFrame,
-messageOrMessagePanel, "title", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));
-
-Then parentFrame.propertyChange(event) should also call onDialogReturn.
-
-This will then work in both Java and JavaScript.
-
-Note that there is an int and an Object version of onDialogReturn().
-
-
-In JavaScript:
-
-The initial return from JOptionPane.showConfirmDialog and showMessageDialog
-will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_INTEGER (NaN), testable as an impossible 
-Java int value using ret != -(-ret) if the parent implements PropertyChangeListener, or -1
-(CLOSE_OPTION) if not.
-
-For showOptionDialog (which returns Object) or showInputDialog (which returns
-String), the initial return will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_OBJECT, testable as
-((Object) ret) instanceof javax.swing.plaf.UIResource if the parent implements
-PropertyChangeListeneer, or null if not.
-
-The second return will be the desired return.
-
-In Java:
-
-The initial return will be the one and only modal final return.
-
-
-
-For full compatibility, The calling method must not continue beyond this
-call.
-
-All of the standard Java events associated with Components are also
-available.
-
-Certain fall back mechanisms are possible, where onReturn does not exist, but
-only for the following cases:
-
-
-For showMessageDialog, for WARNING_MESSAGE and ERROR_MESSAGE, a simple
-JavaScript alert() is used, returning 0 (OK_OPTION) or -1 (CLOSED_OPTION).
-
-For showInputDialog, if the message is a string, a simple JavaScript prompt()
-with input box is used, returning the entered string or null.
-
-For showConfirmDialog, a simple JavaScript confirm() is used, in which case:
-
-for YES_NO_OPTION: YES_OPTION or NO_OPTION
-
-for YES_NO_CANCEL_OPTION: YES_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-for OK_CANCEL_OPTION or any other: OK_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-Note that you should implement a response for CLOSED_OPTION for
-showConfirmDialog. For other dialogs, a null return indicates the dialog was
-closed, just as for Java.
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as src/javajs/async/AsyncDialog.java.
-Very simple modifications to the Java allows asynchronous operation using AsyncDialog. Here
-is a simple "do you want to close this frame" example, where you can see that what we have
-done is to set the reply into an ActionListener that is defined in the constructor of 
-the AsyncDisplay object:
-
-// Original:
-//
-//     private void promptQuit() {
-//             int sel = JOptionPane.showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-//             switch (sel) {
-//             case JOptionPane.YES_OPTION:
-//                     resultsTab.clean();
-//                     seqs.dispose();
-//                     if (fromMain) {
-//                             System.exit(0);
-//                     }
-//                     break;
-//             }
-//     }
-
-       private void promptQuitAsync() {
-               new AsyncDialog(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                           int sel = ((AsyncDialog)e.getSource()).getOption();
-                               switch (sel) {
-                               case JOptionPane.YES_OPTION:
-                                       resultsTab.clean();
-                                       seqs.dispose();
-                                       if (fromMain) {
-                                               System.exit(0);
-                                       }
-                                       break;
-                               }
-                       }}).showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-       }
-
-Very simple! 
-
-
-native methods
---------------
-
-The J2S compiler ignores all static native method declarations.
-Anything of this nature needs to be implemented in JavaScript if it is needed,
-using j2sNative blocks:
-
-/**
- * @j2sNative
- *
- *    var putYourJavaScriptCodeHere
- *
- */
- Note that if you follow that directly with a {...} block, then 
- the javadoc code will run in JavaScript, and the {...} code will run in Java.
-key Focus
----------
-
-As of June, 2019, the keyboard focus manager is fully implemented. 
-The one catch is that JTextPane and JTextArea, which already consume
-VK_TAB in Java, cannot use CTRL-TAB to continue a tabbing cycle around
-the components in a window. Instead, CTRL-TAB is absorbed by the browser. 
-
-
-LookAndFeel and UI Classes
---------------------------
-
-SwingJS implements the native browser look and feel as swingjs.plaf.HTML5LookAndFeel. 
-There are small differences between all look and feels -- MacOS, Windows, SwingJS.
-
-Expert developers know how to coerce changes in the UI by subclassing the UI for a 
-component. This probably will not work in SwingJS. 
-
-Note that LookAndFeel in Java usually determines canvas size in a Frame because 
-different operating systems (Mac OS vs Windows vs HTML5) will have 
-different edge sizes on their frames. If you want to ensure a component size, 
-use getContentPane().setPreferredSize().
-
-
-System.exit(0) does not stop all processes
-------------------------------------------
-
-Although System.ext(int) has been implemented in JavaScript, it just closes the 
-frames, stops all pending javax.swing.Timer objects in the queue, and runs any 
-threads added using Runtime.getRuntime().addShutdownHook(Thread).
-It may not stop all "threads." So don't rely on that.
-Applications are responsible for shutting down prior to executing System.exit(0). 
-
-
-myClass.getField not implemented
---------------------------------
-
-java.lang.reflect.Field is implemented minimally. It is not
-certain that Field.getDeclaringClass() will work. If you just want a 
-value of a field, you can do this:
-
-/**
- *@j2sNative
- *
- * return myClass[name]
- */   
-
-But that is not a java.lang.reflection.Field object.
-
-
-"window" and other reserved JavaScript names
---------------------------------------------
-
-No reserved top-level JavaScript name is allowed for a package name. So, for example, 
-one must rename packages such as "window" or "document" to names such as "win" or "doc".
-
-reserved field and method names
--------------------------------
-
-In order to minimize the chance of added SwingJS field and method names colliding with ones 
-developers might use in subclassing Java classes, we have added U+79D8 (first character of Mandarin 
-"secret") to the characters already disrecommended by Java documentation ("$" and "_"). The only problem
-would be if you use that character followed by certain English words in certain classes. For example
-\u79D8canvas for JComponents (in java.awt.JSComponent) and \u79D8byte (in java.io.File).
-
-qualified field and method names
---------------------------------
-
-Method names in SwingJS are fully qualified, meaning two methods with the same Java name but different
-parameters, such as write(int) and write(double), must not have the same name in JavaScript. (In this
-case, we will have write$I and write$D.) However, in certain cases it may be desirable to leave the
-method names unqualified. In particular, when an interface actually represents a JavaScript object, 
-the transpiler can leave a method name unqualified. The default situation for this is a class name 
-includes ".api.js" (case-sensitive). This means that any method in any class in a package js within 
-a package api, or any private interface js that has an outer interface api, will have all-unqualified
-methods. An example of this is swingjs.plaf.JSComboPopupList, which needs to communicate with a jQuery 
-object directly using the following interface:
-
-       private interface api {
-
-               interface js extends JQueryObject {
-
-                       abstract js j2sCB(Object options);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, Object o);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, int i);
-
-                       abstract int j2sCB(String OPTION, String name);
-
-               }
-       }
-
-Notice that all these variants of j2sCB() will call the same method in JavaScript by design.
-
-
-missing Math methods
---------------------
-
-java.lang.Math is worked out, but some methods are missing, either because they
-involve long integer value that are inaccessible in JavaScript, or because I just
-didn't implement them. This is a result of continued Java development. 
-It is easy enough to add these methods if you have the source. They go into j2sClazz.js, 
-which is combined with other initial libraries into swingjs2.js by build_site.xml
-
-
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
--------------------------------------------
-
-Use of component.getGraphics() is discouraged in Java and in SwingJS. 
-Specifically in SwingJS, any call to component.getGraphics() or 
-BufferedImage.createGraphics() or Graphics.create(...) should be matched with graphics.dispose(), 
-particularly when it is called outside the context of a paint(Graphics)
-call from the system. 
-
-If you see your graphics scrolling down the page with each repaint, 
-look for where you have used Component.getGraphics() and not Graphics.dispose().
-For example, this will definitely NOT work in SwingJS:
-
-  this.paint(getGraphics())
-  
-and really should not work in Java, either, as it is technically a resource memory leak.
-
-Instead, if you really do not want to use repaint(), use this:
-
-  Graphics g = getGraphics();
-  paint(g);
-  g.dispose();
-
-
-
-Graphics.setClip()
-------------------
-
-The HTML5 canvas.clip() method is permanent. You can only reset the clip using
-save/restore. This is different from Java, where you can temporarily change it using
-
-  Shape oldClip = Graphics.getClip();
-  Graphics.setClip(newClip);
-   ...
-  Graphics.setClip(oldClip); 
-
-If you need to do something like this, you must schedule the paints
-to not have overlapping clip needs.
-
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
------
-
-Fonts and FontMetrics will all be handled in JavaScript. Font matching will 
-not be exact, and composite (drawn) fonts will not be supported. 
-
-SwingJS handles calls such as font.getFontMetrics(g).stringWidth("xxx") by 
-creating a <div> containing that text, placing it in an obscure location on 
-the page, and reading div.getBoundingClientRect(). This is a VERY precise
-value, but can be a pixel or two off from what Java reports for the same font.
-OS-dependent classes
---------------------
-
-Static classes such as:
-
-   java.awt.Toolkit
-   java.awt.GraphicsEnvironment
-   
-   
-which are created using Class.forName are implemented using classes in the swingjs package.
-
-AWTAccessor is not implemented. 
-
-   
-AWT component peers and component "ui" user interfaces
-------------------------------------------------------
-
-ComponentPeer is a class that represents a native AWT component.
-Components with such peers are called "heavy-weight" components.
-They are expected to do the dirty work of graphics drawing. 
-
-Java Swing implements peers only for JApplet, JDialog, JFrame, and JWindow. 
-References to such objects have been removed, but clearly there must be 
-some connection to similar DOM objects, even for "light-weight" components. 
-
-
-  
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
------
-
-Glyph/composite/outline fonts are not supported.
-   
-
-
-threads
--------
-
-Thread locking and synchronization are not relevant to JavaScript.
-Thus, anything requiring "notify.." or "waitFor.." could be a serious issue.
-All threading must be "faked" in JavaScript. Specifically not available is:
-
-  Thread.sleep()
-  
-javax.swing.AbstractButton#doClick(pressTime) will not work, as it requires Thread.sleep();
-    
-However, java.lang.Thread itself is implemented and used extensively. 
-
-Methods thread.start() and thread.run() both work fine. 
-
-For simple applications that use Thread.sleep() just to have a delay, as in a frame rate, for 
-example, one can use javax.swing.Timer instead. That is fully implemented. 
-
-Likewise, java.util.Timer can be replaced with no loss of performance with javax.Swing.Timer.
-Note that java.util.TimerTask is implemented, but it can also be replaced by an implementation of Runnable.
-
-task = new TimerTask(){....};
-t = new java.util.Timer();
-t.schedule(task, 0, 1);
-
-becomes
-
-task = new TimerTask(){....}; // or task = new Runnable() {...}
-t = new javax.swing.Timer(1, new ActionListener() {
-       @Override
-       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-               task.run();
-       }
-};
-t.setInitialDelay(0); // not particularly necessary
-t.start();
-
-In addition, SwingJS provides swingjs.JSThread, which can be subclassed
-if desired. This class allows simple 
-
-  while(!interrupted()){
-       wait()
-       ...
-  }  
-
-action through an asynchronous function run1(mode). For example:
-
-       protected void run1(int mode) {
-               try {
-                       while (true)
-                               switch (mode) {
-                               case INIT:
-                                       // once-through stuff here
-                                       mode = LOOP;
-                                       break;
-                               case LOOP:
-                                       if (!doDispatch || isInterrupted()) {
-                                               mode = DONE;
-                                       } else {
-                                               Runnable r = new Runnable() {
-                                                       public void run() {
-                                                               // put the loop code here
-                                                       }
-                                               };
-                                               dispatchAndReturn(r);
-                                               if (isJS)
-                                                       return;
-                                       }
-                                       break;
-                               // add more cases as needed
-                               case DONE:
-                                       // finish up here
-                                       if (isInterrupted())
-                                               return;
-                                       // or here
-                                       break;
-                               }
-               } finally {
-                       // stuff here to be executed after each loop in JS or at the end in Java
-               }
-       }
-
-image loading
--------------
-- All image loading in SwingJS is synchronous. A MediaTracker call will immediately return "complete".
-  However, it still may take one system clock tick to fully load images. Thus, it is recommended that
-  images be preloaded in the static block of the applet if it is necessary that they be available in init().
-  This is only an issue if you are trying to access the pixel buffer of the image in JavaScript. 
-  
-- Applet.getImage(path, name) will return null if the image does not exist. 
-
-- BufferedImage: only "support" imageType RGB and ARGB
-
-  -BH: This is a temporary edit, just to get us started. Certainly GRAY will be needed
-
-
-BigInteger and BigDecimal
--------------------------
-
-java.math.BigInteger is fully supported; java.math.BigDecimal is roughed 
-in and not fully tested (07/2019). 
-
-Both classes present significant issues for JavaScript, as they are based in 
-Java's 64-bit long for all their operations. Here is the JavaDoc note I added
-to BigInteger:
-
- * SwingJS note: Because of the limitations of JavaScript with regard
- * to long-integer bit storage as a double, this implementation drops
- * the integer storage bit length to 24, giving 48 for long and leaving
- * the last 16 bits clear for the exponent of the double number. This should
- * not affect performance significantly. It does increase the storage 
- * size by about 33%. By bringing an "int" to 3 bytes, we can easily construct
- * and use byte[] data intended for the original BitSet.  
-
-"Easily" may be a bit strong there. This was a serious challenge.
-
-BigDecimal seems to run normally, but in order to do that, my hack involves
-reducing the size of an integer that is allowed to be stored as such and not
-in byte[] as a BigInteger. I'm sure there is a performance hit, but it does work.
-
-no format internationalization
-------------------------------
-
-For now, just en for number and date formatters
-
-no winding rules
-----------------
-
-  When filling a graphic, only nonzero winding rule is implemented in HTML5 Canvas2D.
-
-
-
-text-related field implementation
----------------------------------
-
-Text fields are:
-
-JTextField   (JavaScript <input type="text">)
-JTextArea    (JavaScript <textarea>)
-JTextPane    (JavaScript <div>)
-JEditorPane  (JavaScript <div>)
-
-For the initial implementation, we don't implement infinite undo/redo, and the abstract 
-document model is much less elaborate. Only PlainDocument (in the form of JSPlainDocument)
-is implemented. The Document returned by JTextField.getDocument() is a javax.swing.text.Document.
-
-All scrolling is handled by HTML5. javax.swing.AutoScroller is not implemented.
-public static methods .stop, .isRunning, .processMouseDragged require true Java threading
-and so are not implmented. javax.swing.text.View and its subclasses are not implemented. 
-
-The JS document model does not allow two text fields to address the same underlying document. 
-
-JavaScript is slightly different from Java in that the field value is changed asynchronously after
-the keypressed event, so Java actions that are keyed to KEY_PRESSED may not pick up the new 
-key value even after SwingUtilities.invokeLater() is called. Thus, key pressed actions may need
-to be recorded after a key released event instead. 
-
-Formatter/Regex limitations
----------------------------
-
-Some browsers cannot process Regex "look-behind" process such as (?<=\W)
-java.util.regex.Matcher and Pattern use JavaScript's RegExp object rather than
-the native Java object. These are not identical. Only flags /igm are supported.
-Matcher.start(groupID) is not supported.
-
-java.util.Formatter will function correctly for all standard %... patterns.
-
-integer 1/0 == Infinity
------------------------
-
-1/0 in Java throws "java.lang.ArithmeticException: / by zero", but in JavaScript is just Infinity. 
-
-
-Summary
--------
-
-These are all the known limitations of SwingJS. We have not found any of these limitations
-to be show-stoppers. The primary issue for newcomers to SwingJS is having the source code.
-You must check that source code for all your library jar files is available or, if you
-choose, you will need to decompile those classes. We have used decompilation on some projects,
-and it works just fine. So, technically, all we really need are JAR/class files. But the 
-source is by far superior. It's generally prettier, and it has the license information that
-may or may not be present with the JAR or class files. Use class files at your own risk.
-
-Bob Hanson
-2019.08.16
-
-
-Additional Issues
------------------
-
-Annotation is working for classes, methods, and fields (12/22/19). Method reflection, however,
-is limited. Interfaces do not expose their methods, as the transpiler does not actually transpile
-the interfaces themselves. And method reflection only includes annotated methods.
-
-java.util.concurrent is not fully elaborated. This package is rewritten to not actually use the
-memory handling capabilities of concurrency, which JavaScript does not have access to.
-
-System.getProperties() just returns a minimal set of properties.
-
-
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9/net.sf.j2s.core.jar b/swingjs/ver/3.2.9/net.sf.j2s.core.jar
deleted file mode 100644 (file)
index ce22a3e..0000000
Binary files a/swingjs/ver/3.2.9/net.sf.j2s.core.jar and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/3.2.9/timestamp b/swingjs/ver/3.2.9/timestamp
deleted file mode 100644 (file)
index 5232ef4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-20201219150605 
index dafdec9..18cd88a 100644 (file)
Binary files a/swingjs/ver/3.3.1-j11/SwingJS-site.zip and b/swingjs/ver/3.3.1-j11/SwingJS-site.zip differ
index 53e50c6..5f2af74 100644 (file)
Binary files a/swingjs/ver/3.3.1-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar and b/swingjs/ver/3.3.1-j11/net.sf.j2s.core-j11.jar differ
index f6fdabe..08b1c33 100644 (file)
Binary files a/swingjs/ver/3.3.1/SwingJS-site.zip and b/swingjs/ver/3.3.1/SwingJS-site.zip differ
index c9ec027..773c193 100644 (file)
@@ -1,6 +1,7 @@
 java2script/SwingJS Notes
 =========================
 
+updated 3/11/2023 -- adds support for Java Regex Matcher.start/end(groupID) and .start/end(groupName)
 updated 12/31/2020 -- full support for 64-bit long
 updated 12/6/2020 -- note about restrictions on long, including BitSet and Scanner
 updated 3/21/2020 -- adds note about HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
@@ -1468,7 +1469,8 @@ Formatter/Regex limitations
 Some browsers cannot process Regex "look-behind" process such as (?<=\W)
 java.util.regex.Matcher and Pattern use JavaScript's RegExp object rather than
 the native Java object. These are not identical. Only flags /igm are supported.
-Matcher.start(groupID) is not supported.
+Matcher.start(groupID)/.end(groupID) is supported.
+(x*)? failure returns null, not empty string.
 
 java.util.Formatter will function correctly for all standard %... patterns.
 
index ced2ae7..dd10a49 100644 (file)
Binary files a/swingjs/ver/3.3.1/net.sf.j2s.core.jar and b/swingjs/ver/3.3.1/net.sf.j2s.core.jar differ
index 204bf8d..a15f0c4 100644 (file)
@@ -1 +1 @@
-20210728172208 
+20230831104534 
diff --git a/swingjs/ver/pre-long/DEV_NOTES.txt b/swingjs/ver/pre-long/DEV_NOTES.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 751d81c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-This is sources/net.sf.j2s.java.core/dist/DEV_NOTES.txt
-
-_j2sclasslist.txt 
-
-the list of .js files concatenated into coreswingjs.js and minified to coreswingjs.z.js
-
-
-SwingJS-site.zip
-
-the full site directory for SwingJS including all files not in the test/ directory.
diff --git a/swingjs/ver/pre-long/README-pre-long.txt b/swingjs/ver/pre-long/README-pre-long.txt
deleted file mode 100644 (file)
index e0c6163..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,17 +0,0 @@
-This directory holds 3.2.9 transpiler and runtime tagged previous 
-to the transpiler fix for boxed number direct manipulation:
-
-Long L = Long.valueOf(3);
-L++;
-L /= 2;
-L += 10;
-L = L / 5;
-
-etc. 
-
-These assignments are not made properly and fail. 
-
-In addition, this runtime does not handle Long properly and also had an issue with Short.equals(Object)
-
-just saving this and will probably delete it. 
-
diff --git a/swingjs/ver/pre-long/SwingJS-site.zip b/swingjs/ver/pre-long/SwingJS-site.zip
deleted file mode 100644 (file)
index 73853d4..0000000
Binary files a/swingjs/ver/pre-long/SwingJS-site.zip and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/pre-long/_j2sclasslist.txt b/swingjs/ver/pre-long/_j2sclasslist.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 076f300..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,412 +0,0 @@
-java/applet/Applet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-sun/util/locale/BaseLocale.js
-sun/util/locale/LocaleUtils.js
-sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
diff --git a/swingjs/ver/pre-long/differences.txt b/swingjs/ver/pre-long/differences.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 60f5fcc..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1541 +0,0 @@
-Notes
-=====
-
----IMPORTANT CHARACTER SET NOTE---
-
-It is critical that all development work in Java2Script 
-be done in UTF-8. This means:
-
-- making sure your Eclipse project is set up for UTF-8 (not the Eclipse default?)
-- making sure your server can serve up UTF-8 by default for any browser-loaded files
-- making sure you don't edit a Java2Script class file or one of the site .js files
-    using a non-UTF-8 editor. It may replace non-Latin characters with "?" or garbage.
-- making sure that your web pages are delivered with proper headings indicating HTML5 and UTF-8
-
-<!DOCTYPE html>
-<html>
-<head>
-<meta charset="utf-8">
-
-Note that the DOCTYPE tag is critical for some browsers to switch into HTML5 mode. (MSIE?)
-
-
-
-  
-In particular, the Mandarin character ç§˜ (mi; "secret") is used extensively throughout
-the SwingJS class files to distinguish j2s-specific fields and methods that must not 
-ever be shadowed or overridden by subclasses. For example, we see in java.lang.Thread.java:
-
-               public static JSThread ç§˜thisThread;
-
-----------------------------------
-
-
-updated 12/6/2020 -- note about restrictions on long, including BitSet and Scanner
-updated 3/21/2020 -- adds note about HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-updated 3/20/2020 -- adds note about interning, new String("xxx"), and "xxx"
-updated 2/26/2020 -- adds Graphics.setClip issue
-updated 12/22/19 -- additional issues
-updated 11/03/19 -- adds information about File.exists() and points to src/javajs/async
-updated 10/26/19 -- adds information about File.createTempFile()
-updated 8/16/19 -- minor typos and added summary paragraph
-updated 7/19/19 -- clarification that AWT and Swing classes are supported directly
-updated 5/13/19 -- Mandarin U+79D8 reserved character; Missing Math methods; int and long
-updated 5/10/19 -- adds a section on static issues in multi-(duplicate)-applet pages
-updated 1/4/19 -- nio
-updated 9/15/18 -- adds integer 1/0 == Infinity
-updated 7/24/18 -- most classes replaced with https://github.com/frohoff/jdk8u-jdk
-updated 6/5/17 -- reserved package name "window"
-updated 3/11/17 -- myClass.getField
-updated 3/7/17 -- overloading of JSplitPane.setDividerLocation
-updated 3/2/17 -- more indication of classes not implemented (KeyListener)
-
-=============================================================================
-SwingJS and OpenJDK 8+
-=============================================================================
-
-SwingJS implements a wide range of the Java language in JavaScript. The base
-version for this implementation is OpenJDK8. some classes are implemented using 
-older source code, and there are some missing methods. For the most part, this is 
-no real problem. You can add or modify any java class just be adding it as source
-in your project. Or (preferably) you can contact me, and I can get it into the 
-distribution. Or (even more preferably) you can do that via a patch submission. 
-
-=================
-DESIGN PHILOSOPHY
-=================
-
-The java2script/SwingJS design goal is to recreate a recognizable, easily debuggable
-equivalent in JavaScript for as much of Java as practical. This means, for example, 
-that one can call in JavaScript 
-
-  new java.util.Hashtable()
-  
-and for all practical purposes it will appear that Java is running.
-
-
-Method and Field Disambiguation
--------------------------------
-
-SwingJS has no problem with the overloading of methods, for example:
-
-  public void print(int b);
-  public void print(float b);
-
-JavaScript does not allow overloading of methods, and the common practice in
-Java of naming a field the same as a method -- isAllowed and isAllowed() -- is
-not possible in JavaScript. As a result, SwingJS implements "fully-qualified" 
-method names using "$" parameter type separation. Thus, these methods in SwingJS
-will be referred to as print$I and print$F. The rules for this encoding are
-relatively simple: 
-
-1. The seven primitive types in Java are encoded $I (int), $L (long), $F (float), 
-$D (double), $B (byte) $Z (boolean), and $H (short). 
-
-2. String and Object are encoded as $S and $O, respectively.
-
-3. "java_lang_" is dropped for all other classes in the java.lang package (as in Java).
-   For example:  $StringBuffer, not $java_lang_StringBuffer
-
-4. All other classes are encoded as 
-
- "$" + Class.getName().replace(".","_")
-
-For example, in Java we see:
-
-  public void equals(Object o) {...}
-
-Whereas in SwingJS we have:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'equals$O', function (o) {...}
-
-And 
-
- this.getContentPane().add(bar, "North");
-
-becomes
-
- this.getContentPane$().add$java_awt_Component$O(bar, "North");
-
-5. Arrays are indicated with appended "A" for each level. So
-
-  setDataVector(Object[][] dataVector, Object[] columnIdentifiers)
-  
-becomes
-
-  setDataVector$OAA$OA(dataVector, columnIdentifiers)
-
-(It is recognized that this design does introduce a bit of ambiguity, in that
- in principal there could be user class named XA and X in the same package,
- and methods a(X[]) and a(XA) in the same class that cannot be distinguished.
- The benefit of this simple system, however, triumphed over the unlikelyhood
- of that scenario.) The transpiler could be set to flag this possibility.
-
-6. Constructors are prepended with "c$". So 
-
-  public JLabel(String text) {...}
-  
-becomes:
-
-  Clazz.newMeth(C$, 'c$$S', function (text) {...});
-
-Field disambiguation involves prepending. In Java, a class and its subclass 
-can both have the same field name, such as 
-
- boolean visible;
-When this happens, it is called "shadowing", and though not recommended, Java allows
-it. The Java2Script transpiler will prepend such shadowing fields with "$" so that the
-subclass instance has both "visible" (for use in its methods inherited from its
-superclass) and "$visible" (for its own methods). Thus, we might see in Java:
-
-  this.visible = super.visible;
-  
-while in SwingJS we will see:
-
-  this.$visible=this.visible;
-
-since JavaScript does not have the "super" keyword.
-
-
-
-Parameterless methods such as toString() are appended with "$" to become toString$().
-The one exception to this rule is private methods, which are saved in (truly) private 
-array in the class (and are not accessible by reflection). Private parameterless 
-methods retain their simple Java name, since they cannot conflict with field names.
-
-This renaming of methods has a few consequences, which are discussed more fully below.
-See particularly the section on "qualified field and method names", where it is described
-how you can use packages or classes or interfaces with ".api.js" in them to represent JavaScript
-objects for which all method names are to be left unqualified. Note that it is not 
-possible to cherry-pick methods to be unqualified; only full packages, classes or 
-interfaces can hold this status.
-
-The swingjs.api.js package in particular contains a number of useful interfaces that
-you can import into your project for JavaScript-specific capabilities.
-
-
-Applet vs. Application
-----------------------
-
-One of the very cool aspects of SwingJS is that it doesn't particularly matter if a browser-based
-Java app is an "applet" or an "application". We don't need JNLP (Java Network Launch Protocol) 
-because now we can just start up any Java application in a browser just as easily as any applet.
-The associative array that passes information to the SwingJS applet (information that formerly
-might have been part of the APPLET tag, such as width, height, and codebase, always referred to 
-in our writing as "the Info array") allows the option to specify the JApplet/Applet "code" 
-class or the application "main" class. Either one will run just fine.
-
-
-Performance
------------
-
-Obviously, there are limitations. One is performance, but we have seen reproducible 
-performance at 1/6 - 1/3 the speed of Java. Achieving this performance may require
-some refactoring of the Java to make it more efficient in both Java and JavaScript. 
-"for" loops need to be more carefully crafted; use of "new" and "instanceof" need to be
-minimized in critical areas. Note that method overloading -- that is, the same method name
-with different parameters, such as read(int) and read(byte) -- is no longer any problem. 
-  
-
-Threads
--------
-
-Although there is only a single thread in JavaScript, meaning Thread.wait(), Thread.sleep(int) and 
-Thread.notify() cannot be reproduced, we have found that this is not a serious limitation. 
-For example, javax.swing.Timer() works perfectly in JavaScript. All it means is that threads 
-that use sleep(int) or notify() must be refactored to allow Timer-like callbacks. That is, 
-they must allow full exit and re-entry of Thread.run(), not the typical while/sleep motif. 
-
-The key is to create a state-based run() that can be exited and re-entered in JavaScript.
-
-
-Static fields
--------------
-
-Final static primitive "constant" fields (String, boolean, int, etc.) such as 
-
-static final int TEST = 3;
-static final String MY_STRING = "my " + "string";
-
-are converted to their primitive form automatically by the Eclipse Java compiler 
-and do not appear in the JavaScript by their names. 
-
-Other static fields are properties of their class and can be used as expected.
-
-Note, however, that SwingJS runs all "Java" code on a page in a common "jvm" 
-(like older versions of Java). So, like the older Java schema, the JavaScript 
-equivalents of both applets and applications will share all of their static 
-fields and methods. This includes java.lang.System. 
-
-Basically, SwingJS implementations of Java run in a browser page-based sandbox 
-instead of an applet-specific one.
-
-In general, this is no problem. But if we are to implement pages with 
-multiple applets present, we must be sure to only have static references 
-that are "final" or specifically meant to be shared in a JavaScript 
-environment only (since they will not be shared in Java).
-
-A simple solution, if static non-constant references are needed, is to attach the 
-field to Thread.currentThread.threadGroup(), which is an applet-specific reference.
-Be sure, if you do this, that you use explicit setters and getters:
-
-For example, 
-
-private static String myvar;
-
-...
-
-public void setMyVar(String x) {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative g._myvar = x;
-   * 
-   */
-   {
-     myvar = x;
-   }
-}
-
-public String getMyVar() {
-  ThreadGroup g = Thread.currentThread().threadGroup();
-  /**
-   * @j2sNative return g._myvar || null;
-   * 
-   */
-   {
-     return myvar;
-   }
-}
- in Java will get and set x the same in JavaScript and in Java. 
-A convenient way to do this in general is to supply a singleton class with
-explicitly private-only constructors and then refer to it in Java and in JavaScript
-instead of using static field, referring to myclass.getIntance().xxx instead of 
-myclass.xxx in Java (and JavaScript). 
-
-This was done extensively in the Jalview project. See jalview.bin.Instance.
-
-
-Helper Packages -- swingjs/ and javajs/
----------------------------------------
-
-The SwingJS library is the swingjs/ package. There are interfaces that may be of assistance
-in swingjs/api, but other than that, it is not recommended that developers access classes in 
-this package. The "public" nature of their methods is really an internal necessity.
-
-In addition to swingjs/, though, there are several useful classes in the javajs/ package
-that could be very useful. This package is a stand-alone package that can be 
-cloned in any Java project that also would be great to have in any JavaScript project
--- SwingJS-related or not. Functionality ranges from reading and writing various file 
-formats, including PDF, BMP, PNG, GIF, JPG, JSON, ZIP, and CompoundDocument formats.
-
-A variety of highly efficient three- and four-dimensional point, vector, matrix, and 
-quaternion classes are included, as they were developed for JSmol and inherited from that
-project. 
-
-Of particular interest should be javajs/async/, which includes
-
-javajs.async.Async
-javajs.async.AsyncColorChooser
-javajs.async.AsyncDialog
-javajs.async.AsyncFileChooser
-
-See javajs.async.Async JavaDoc comments for a full description of 
-these useful classes.
-
-
-Modal Dialogs
--------------
-
-Although true modal dialogs are not possible with only one thread, a functional equivalent -- 
-asynchronous modal dialogs -- is relatively easy to set up. All the JOptionPane dialogs will
-return PropertyChangeEvents to signal that they have been disposed of and containing the results. 
-See below and classes in the javajs.async package.
-
-
-Native calls
-------------
-
-Native calls in Java are calls to operating system methods that are not in Java. JavaScript
-has no access to these, of course, and they must all be replaced by JavaScript equivalents.
-Fortunately, they are not common, and those that are present in Java (for example, in calculating
-checksums in ZIP file creation) are at a low enough level that most developers do not utilize them
-or do not even have access to them. All native calls in Java classes have been replaced by 
-Java equivalents.
-
-
-Swing GUI Peers and UIClasses
------------------------------
-
-One of the biggest adaptations introduced in SwingJS is in the area of the graphical 
-user interface. The issue here is complex but workable. In Java there are two background 
-concepts -- the Component "peer" (one per "heavy-weight" component, such as a Frame) and the 
-component "uiClass" (one per component, such as JButton or JTextField).
-
-Peers are native objects of the operating system. These are the virtual buttons and text areas
-that the user is interacting with at a very base level. Their events are being passed on to 
-Java or the browser by the operating system. UI classes provide a consistent "look and feel" 
-for these native objects, rendering them onto the native window canvas and handling all 
-user-generated events. They paint the borders, the backgrounds, the highlights, of every 
-control you see in Java. There is one-to-one correspondence of Swing classes and UI classes. 
-Setting the Look and Feel for a project amounts to selecting the directory from which to draw 
-these UI classes. The UI classes can be found in the javax.swing.plaf ("platform look and feel") 
-package.
-
-Early on in the development of SwingJS, we decided not to fully reproduce the painfully detailed 
-bit-by-bit painting of controls as is done in Java. Instead, we felt it was wiser to utilize the standard
-HTML5 UI capabilities as much as possible, using DIV, and INPUT especially, with extensive use
-of CSS and sometimes jQuery (menus, and sliders, for example). Thus, we have created a new 
-set of UIs -- the "HTML5 Look and Feel". These classes can be found in swingjs.plaf. Besides being
-more adaptable, this approach allows far more versatility to SwingJS developers, allowing them
-to modify the GUI to suit their needs if desired.
-
-In SwingJS, since we have no access to native peers except through the browser DOM,
-it seemed logical to merge the peer and UI idea. So instead of having one peer per heavy-weight control and
-one UI class instance for each control type, we just have one UI class instance per control, and
-that UI class instance is what is being referred to when a "peer" is notified. 
-
-In some ways this is a throw back to when all of Swing's components were subclasses of
-specific AWT components such as Button and List. These "heavy-weight components" all had their 
-own individual native peers and thus automatically took on the look and feel provided by the OS. 
-Later Swing versions implemented full look and feel for all peers, leaving only JDialog, JFrame,
-and a few other classes to have native peers. But in SwingJS we have again a 1:1 map of component
-and UI class/peer instance.
-
-The origin of most issues (read "bugs") in relation to the GUI will probably be found in the
-swingjs.plaf JSxxxxUI.java code.
-
-  
-Swing-only Components -- no longer an issue
--------------------------------------------
-
-Swing was introduced into Java well after the Java Abstract Window Toolkit (AWT) was well
-established. As such, its designers chose to allow AWT controls such as Button and List to be used 
-alongside their Swing counterparts JButton and JList. Reading the code, it is clear that this 
-design choice posed a huge headache for Swing class developers. 
-
-For SwingJS, we decided from the beginning NOT to allow this mixed-mode programming and 
-instead to require that all components be Swing components. 
-
-However, this is no longer an issue. All AWT components in SwingJS are now subclasses of 
-javax.swing.JComponent. So far, we have found no problem with this.
-
-The a2s Adapter Package
------------------------
-
-Originally, we thought that we would restrict ourselves to JApplets only. That is, only
-Swing-based applets. But as we worked, we discovered that there are a lot of great 
-applets out there that are pre-Swing pure-AWT java.applet.Applet applets. Our problem was 
-that we also wanted it to be possible to quickly adapt these applets to JavaScript as well.
-The solution turned out to be simple: Write a package (a2s) that recreates the interface for 
-non-Swing components as subclasses of Swing components. Thus, a2s.Button subclasses javax.swing.JButton
-but also accepts all of the methods of java.awt.Button. This works amazingly well, with a few
-special adaptations to the core javax.swing to be "AWT-aware." All AWT components now subclass 
-a2s components, which in turn subclass JComponents. So no changes in code are necessary. We have
-successfully transpiled over 500 applets using this strategy. (Kind of surprising, actually, that
-the original Java developers did not see that option. But we have a hindsight advantage here.)
-
-
-Working with Files
-==================
-
-Simple String file names are not optimal for passing information about
-read files within SwingJS applications. 
-All work with files should either use Path or File objects exclusively. 
-These objects, after a file is read or checked for existence, will already 
-contain the file byte[] data. Doing something like this:
-
-File f = File("./test.dat");
-boolean isOK = f.exists();
-
-will load f with its byte[] data, if the file exists. 
-
-But if after that, we use:
-
-File f2 = new File(f.getAbsolutePath());
-
-f2 will not contain that data. Such copying should be done as:
-
-File f2 = new File(f);
-
-in which case, the byte[] data will be transferred.
-
-
-SwingJS uses the following criteria to determine if File.exists() returns true:
-
-(1) if this File object has been used directly to read data, or 
-(2) if reading data using this File object is successful.
-
-Note that you cannot check to see if a file exists before input or if it 
-was actually written or if it already exists prior to writing in SwingJS.  
-
-Thus, you should check each use of file.exists() carefully, and if necessary, provide a J2sNative 
-block that gives an appropriate "OK" message, for example:
-
-(/** @j2sNative 1 ? false : */ outputfile.exits())
-
-or 
-
-(/** @j2sNative 1 ? true : */ inputfile.exits())
-
-Temporary files can be created in SwingJS. SwingJS will maintain a pseudo-filesystem for files 
-created with File.createTempFile(). This is useful in that closure of writing to a temporary file 
-does not generate a pseudo-download to the user's machine.
-
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES BY DESIGN
-===============================
-
-The SwingJS implementation of the following classes are present 
-in a way that gracefully bypasses their functionality:
-
-accessibility
-security
-serialization
-
-
-
-TODO LIST FOR UNIMPLEMENTED CLASSES
-===================================
-
-JEditorPane (minimal implementation) - DONE 12/2018; some issues still
-JSplitPane - DONE 8/2018
-JTabbedPane - DONE 10/2018
-JTree - done 12/2019
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-See below for a full discussion.
-
-Restrictions on long
-Restriction on BitSet and Scanner
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
-Names with "$" and "_"
-positive integers do not add to give negative numbers
-ArrayIndexOutOfBounds
-java.awt.Color
-native methods
-javax.swing.JFileDialog
-key focus
-LookAndFeel and UI Classes
-System.exit(0) does not stop all processes
-list cell renderers must be JComponents
-myClass.getField not implemented
-"window" and other reserved JavaScript names
-reserved field and method names
-qualified field and method names
-missing Math methods
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
-Graphics.setClip()
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
-OS-dependent classes
-AWT component peers
-some aspects of reflection
-
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
-threads
-modal dialogs
-image loading
-BigDecimal not fully implemented 
-no format internationalization
-no winding rules
-text-related field implementation
-Formatter/Regex limitations
-integer 1/0 == Infinity
-
-======================================================================== 
-
-DISCUSS
-=======
-
-Table row/col sorter needs checking after removal of java.text.Collator references
-
-I had to move all of SunHints class to RenderingHints, or the 
-two classes could not be loaded. Shouldn't be a problem, I think. The sun classes are
-not accessible to developers in Java anyway, since they are generally package private.
-
-========================================================================== 
-
-//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-UNIMPLEMENTED CLASSES
-=====================
-
-accessibility
--------------
-
-All Accessibility handling has been commented out to save the download footprint.
-This removes the need for sun.misc.SharedSecrets as well. 
-Nothing says we could not implement accessibility. We just didn't.
-
-
-security
---------
-
-All JavaScript security is handled by the browser natively. 
-Thus, Java security checking is no longer necessary, and 
-java.security.AccessController has been simplified to work without
-native security checking.
-
-Note that private methods in a class are REALLY private. 
-
-
-serialization
--------------
-
-All serialization has been removed. It was never very useful for Swing anyway, 
-because one needs exactly the same Java version to save and restore serialized objects.
-
-
-keyboard accelerators and mnemonics
------------------------------------
-
-This work was completed in the spring of 2019. Note that in a browser, some 
-key strokes, particularly CTRL-keys, are not available. Bummer.
-
-
-MINOR ISSUES--required some rewriting/refactoring by Bob and Udo  
-================================================================
-
-
-Thread.currentThread() == dispatchThread
-----------------------------------------
-
-changed to JSToolkit.isDispatchThread()
-
-
-MINOR ISSUES--requiring some rewriting/refactoring outside of SwingJS  
-=====================================================================
-
-restrictions on long
---------------------
-
-Java's 64-bit long type is not supported in JavaScript. There is no Int64Array in JavaScript,
-and 0x20000000000000 + 1 evaluates to 0x20000000000000, not 0x20000000000001. 
-(Likewise, -0x20000000000000 - 1 is left unchanged.) 
-
-The largest "integer" value in JavaScript is 9007199254740991 (9.007199254740991E13, or 0x1FFFFFFFFFFFFFF).
-Effectively, you get to use only 53 bits of the long, not 64. Trying to set a long larger than
-0x1FFFFFFFFFFFFFF or smaller than -0x1FFFFFFFFFFFFFF will result in a NumberFormatException.
-
-The transpiler handles conversion to long the same as Java for all cases other than from double. 
-
-For small double values, there is no problem, and, in fact, this is a known trick used to round 
-doubles and floats toward zero:
-
-double d;
-d = (long) 3.8;
-assert(d == 3);
-d = (long) -3.8;
-assert(d == -3);
-
-SwingJS will evaluate (long) d as 0 for d > 9007199254740991 
-or d < -9007199254740991, same as Java returns for Double.NaN.
-So, in Java we have:
-
-               assert(((long) Double.NaN) == 0);
-               assert(((int) Double.NaN) == 0);
-               assert(((long) Float.NaN) == 0);
-               assert(((int) Float.NaN) == 0);
-
-and also, in JavaScript only, we also have:
-
-               double d = 0x2000000000000L;
-               assert(((long) d) == 0);
-
-
-restrictions on BitSet and Scanner
-----------------------------------
-
-Because of the issue of long being only 53 bits, any time a method returns a long value, considerations must
-be made as to whether this will work in JavaScript. In particular, BitSet and Scanner have issues. 
-
-In SwingJS, java.util.BitSet has been implemented as a 32-bit integer-based bitset. This was no problem in
-Java 6, but starting with Java 7, a method was added to BitSet that allows for the extraction of the 
-underlying long[] word data. This is not work in JavaScript. Instead, SwingJS java.util.Bitset.toLongArray() will deliver 
-32-bit int[] data.
-
-SwingJS Scanner has hasNextLong() and nextLong(), and although it will scan through long numbers,
-Scanner will choke on long numbers greater than the JavaScript 53-bit limit. hasNextLong() will 
-return false, and nextLong() will throw an InputMismatchException triggered by the NumberFormatException
-thrown by Long.parseLong(). 
-
-
-HashMap, Hashtable, and HashSet iterator ordering
--------------------------------------------------
-
-In Java, iterators for HashMap, Hashtable, and HashSet do not guarantee any particular order. 
-From the HashMap documentation for Java 8:
-
-       This class makes no guarantees as to the order of the map; in particular, it does not 
-       guarantee that the order will remain constant over time.
-Likewise, for HashSet (because it is simply a convenience method for HashMap<Object,PRESENT>:
-
-       [HashSet] makes no guarantees as to the iteration order of the set.
-
-JavaScript's Map object is different. It is basically a LinkedHashMap, so it guarantees iteration
-in order of object addition.
-
-Starting with java2script 3.2.9.v1, these classes use the JavaScript Map object rather than hash codes
-whenever all keys are strictly of JavaScript typeof "string". If any key is introduced that is not a string, the
-implementation falls back to using hash codes, the same as Java. 
-
-Note strings created using new String("xxxx") are NOT typeof "string"; they are typeof "object".
-
-The result is significantly faster performance (3-12 x faster) than originally, and up to 3 x faster
-performance in JavaScript than in Java itself. Right. Faster than Java. 
-
-The JavaScript Map implementation is implemented UNLESS the constructor used is the one that
-specifies both initial capacity and load factor in their constructor. Thus, 
-
-new Hashtable()
-new HashMap()
-new HashMap(16)
-new HashSet()
-
-all use the JavaScript Map. But
-
-new Hashtable(11, 0.75f)
-new HashMap(16, 0.75f)
-new HashSet(16, 0.75f)
-
-do not. 
-
-This design allows for opting out of the JavaScript Map use in order to retain the exact behavior of 
-iterators in JavaScript as in Java.
-
-
-interning, new String("xxx") vs "xxx"
--------------------------------------
-
-Note that the following are true in JavaScript:
-
-typeof new String("xxxx") == "object"
-typeof "xxxx" == "string"
-var s = "x";typeof ("xxx" + s) == "string"
-
-There is no equivalence to this behavior in Java, where a String is a String is a String.
-
-Be aware that SwingJS does not always create a JavaScript String object using JavaScript's 
-new String(...) constructor. It only does this for Java new String("xxxx") or new String(new String()). 
-
-In all other cases, new String(...) (in Java) results in a simple "xxxx" string in JavaScript. 
-That is, it will be JavaScript typeof "string", not typeof "object". 
-
-The reason for this design is that several classes in the Java core use toString() 
-methods that return new String(), and those classes that do that would cause a JavaScript error
-if implicitly stringified if new String() returned a JavaScript String object. 
-
-This is fine in JavaScript
-
-test1 = function() { return { toString:function(){ return "OK" } } }
-"testing" + new test1()
->> "testingOK"
-
-But for whatever reason in JavaScript:
-
-test2 = function() { return { toString:function(){ return new String("OK") } } }
-"testing" + new test2()
->> Uncaught TypeError: Cannot convert object to primitive value
-
-The lesson here is never to use 
-
-  return new String("...");
-
-in a Java toString() method. In Java it will be fine; in JavaScript it will also be fine as long as
-that method is never called in JavaScript implicitly in the context of string concatenation.
-
-A note about interning. Consider the following six Java constructions, where we have a == "x";
-
-"xxx"
-"xx" + "x"
-new String("xxx").intern()
-
-new String("xxx")
-"xx" + a.toString()
-"xx" + a
-
-All six of these will return java.lang.String for .getClass().getName().
-However, the first three are String literals, while the last three are String objects. 
-Thus:
-        "xxx" == "xxx"
-        "xxx" == "xx" + "x"
-        "xxx" == new String("xxx").intern()
-
-but none of the other three are equivalent to "xxx" or each other:
-
-              "xxx" != new String("xxx")
-              "xxx" != "xx" + a.toString()
-              "xxx" != "xx" + a
-  new String("xxx") != new String("xxx") 
-           "xx" + a != new String("xxx") 
-
-etc.
-
-As in Java, in SwingJS, all of the following Java assertions pass as true:
-
-               assert("xxx" == "xx" + "x"); 
-               assert("xxx" == ("xx" + a).intern()); 
-               assert("xxx" === new String("xxx").intern()); 
-               
-and both of these do as well:
-
-               assert(new String("xxx") != "xxx"); 
-               assert(new String("xxx") != new String("xxx")); 
-
-But the following two fail to assert true:
-
-        assert("xxx" != "xx" + a);
-        assert("xxx" != "xx" + a.toString());
-
-because in JavaScript, both of these right-side expressions evaluate to a simple "interned" string.
-
-In Java, however, these assertions are true because Java implicitly "boxes" String 
-concatentaion as a String object, not a literal. 
-
-Most of us know not to generally use == with Strings unless they are explicitly interned. 
-Where this problem may arise, though, is in IdentityHashMap, which compares objects using 
-System.identityHashCode(), which is not the same for different objects or their string literal equivalents.
-
-My recommendation, if you need to use IdentityHashMap with strings is to always use an explicit String.intern()
-for any keys -- unless you really want to keep every string as separate keys even if they are the same sequence, 
-in which case, use new String(). This will work in Java and in  JavaScript.
-
-Be aware when working with strings that come from SwingJS and are being used by other JavaScript modules
-that those that are String objects will return "object" for the JavaScript typeof operator, not "string".
-
-The easy way to ensure this is no problem is to concatenate strings with "" to force immediate interning:
-
-  var x = aJavaObject.getString() + "";
-
-unless you are certain that the string is being returned is a raw JavaScript string.   
-
-Names with "$" and "_"
-----------------------
-
-For the most part, this should be no problem. 
-
-Note that the use of $ and _ in Java field names has always been discouraged:
-[https://docs.oracle.com/javase/tutorial/java/nutsandbolts/variables.html]
-
-       You may find some situations where auto-generated names will contain the dollar sign, 
-       but your variable names should always avoid using it. A similar convention 
-       exists for the underscore character; while it's technically legal to begin your 
-       variable's name with "_", this practice is discouraged.
-
-Some impacts of transpiling method names with full qualification:
-
-1) SwingJS will introduce fields that start with $ or _. These will not conflict
-   if the above convention is followed.
-   
-2) Fields that have the same Java name as a method are not an issue. 
-
-3) Fields that have a Java name with $ that matches a transpiled method name, 
-   such as toString$, will need to be refactored in Java to not have that name collision.
-   
-4) Fields in a subclass that have the same name as private fields in a superclass
-   represent a name collision, because the superclass method needs to call its private
-   field even if invoked from a subclass. The solution was to modify the subclass field
-   name using one or more prepended $.
-   
-5) Use of Class.getDeclaredMethods() reflection will return Method objects having the transpiled 
-   name, not the Java name. This could require some j2sNative adjustment 
-   to strip the $... parameters from the name if that is needed. 
-
-6) Use of Method.getParameterTypes() should work fine, provided class names
-   do not contain "_". This is because the transpiler converts "." to "_" when
-   creating the fully qualified JavaScript name.
-
-
-positive integers do not add to give negative numbers
------------------------------------------------------
-
-In Java, the following is true:
-
-  2000000000 + 2000000000 == -294967296
-
-But in SwingJS, that will be 4000000000. So, for example, the following
-strategy will fail in SwingJS:
-
-               int newLength = lineBuf.length * 2;
-               if (newLength < 0) {
-                       newLength = Integer.MAX_VALUE;
-               }
-
-"-1" in JavaScript is not 0xFFFFFFFF.
-
-And one must take care to not compare a negative number with a 32-bit mask. So
-
-(b & 0xFF000000) == 0xFF000000
-
-is true in Java for (int) b = -1, but is false in JavaScript, because 0xFF000000 is 4278190080, 
-while (-1 & 0xFF000000) is, strangely enough, -16777216, and, in fact, 
-
-(0xFF000000 & 0xFF000000) != 0xFF000000
-
-because -16777216 is not 4278190080.
-
-The fix is that one must compare similar operations:
-
-if ((b & 0xFF000000) == (0xFF000000 & 0xFF000000)) .....
-
-Importantly, the JavaScript Int32Array does behave properly. From 
-the Firefox developer console:
-
->> x = new Int32Array(1)
-<- Int32Array(1) [ 0 ]
->> x[0] = 4000000000
-<- 4000000000
->> x[0]
-<- -294967296
-
-Notice that, perhaps unexpectedly, the following two constructs produce 
-different results in JavaScript:
-
-x = new Int32Array(1);
-b = x[0] = 4000000000;
-
-(b will be 4000000000)
-
-and
-
-x = new Int32Array(1);
-x[0] = 4000000000;
-b = x[0];
-
-(b will be -294967296)
-
-
-SwingJS leverages array typing to handle all byte and short arithmetic so as
-to ensure that any byte or short operation in JavaScript does give the same 
-result in Java. The design decision to not also do this with integer math was
-a trade-off between performance and handling edge cases.
-
-
-ArrayIndexOutOfBounds
----------------------
-
-You cannot implicitly throw an ArrayIndexOutOfBoundsException in JavaScript.
-JavaScript will simply return "undefined", not throw an Exception. So:
-
-boolean notAGoodIdeaIsOutOfBounds(String[] sa, int i) {
-  try {
-     return (sa[i] == sa[i]);
-  } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e) {
-       return false;
-  }
-}
-
-will work in Java but not in JavaScript. Code should not depend upon this sort 
-of trap anyway, if you ask me. 
-
-Throwable vs Error vs Exception
--------------------------------
-
-True JavaScript errors are trapped as Throwable, whereas you can still trap
-Error and Exception as well. So if you want to be sure to catch any JavaScript
-error, use try{}catch (Throwable t){}, not try{}catch (Exception e){}. 
-
-j
-ava.awt.Color
---------------
-
-ColorSpace: only "support" CS_sRGB.
-
- TODO -- any volunteers??
-
-javax.swing.JFileDialog
------------------------
-
-HTML5 cannot expose a file reading directory structure. But you certainly 
-can still do file reading and writing. It just works a little differently.
-It's a simple modification:
-
-               b = new JButton("FileOpenDialog");
-               b.addActionListener(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                               JFileChooser fc = new JFileChooser();
-                               Test_Dialog.this.onDialogReturn(fc.showOpenDialog(Test_Dialog.this));
-                               // Java will wait until the dialog is closed, then enter the onDialogReturn method.
-                               // JavaScript will exit with NaN immediately, and then call back with its actual value
-                               // asynchronously.
-                       }
-
-               });
-       
-               public void onDialogReturn(int value) {
-                       if (value != Math.floor(value))
-                               return; // in JavaScript, this will be NaN, indicating the dialog has been opened
-                       // If we are here, the dialog has closed, in both Java and JavaScript.
-                       System.out.println("int value is " + value);
-               }
-
-
-       @Override
-       public void propertyChange(PropertyChangeEvent event) {
-               Object val = event.getNewValue();
-               String name = event.getPropertyName();
-               System.out.println(name);
-               switch (event.getSource().getClass().getName()) {
-               case "javax.swing.JOptionPane":
-                       switch (name) {
-                       case "inputValue":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       case "value":
-                               if (val instanceof Integer)
-                                       onDialogReturn(((Integer) val).intValue());
-                               else
-                                       onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.ColorChooserDialog":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedColor":
-                               onDialogReturn(val);
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               case "javax.swing.JFileChooser":
-                       switch (name) {
-                       case "SelectedFile":
-                               File file = (File) val;
-                               byte[] array = (val == null ? null : /** @j2sNative file.秘bytes || */
-                                               null);
-                               onDialogReturn("fileName is '" + file.getName() + "'\n\n" + new String(array));
-                               return;
-                       }
-                       break;
-               }
-               System.out.println(
-                               event.getSource().getClass().getName() + " " + event.getPropertyName() + ": " + event.getNewValue());
-       }
-
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls to JFileDialog. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as 
-
-/sources/net.sf.j2s.java.core/src/javajs/async/AsyncFileChooser.java.
-
-
-javax.swing.JOptionPane dialogs
--------------------------------
-
-For this action to work, the parentComponent must implement
-propertyChangeListener, and any call to JOptionPanel should allow for
-an asynchronous response, meaning that there is no actionable code following the
-call to the dialog opening. 
-
-In addition, for compatibility with the Java version, implementation should
-wrap the call to getConfirmDialog or getOptionDialog in a method call to
-handle the Java:
-
-onDialogReturn(JOptionPane.showConfirmDialog(parentFrame,
-messageOrMessagePanel, "title", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));
-
-Then parentFrame.propertyChange(event) should also call onDialogReturn.
-
-This will then work in both Java and JavaScript.
-
-Note that there is an int and an Object version of onDialogReturn().
-
-
-In JavaScript:
-
-The initial return from JOptionPane.showConfirmDialog and showMessageDialog
-will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_INTEGER (NaN), testable as an impossible 
-Java int value using ret != -(-ret) if the parent implements PropertyChangeListener, or -1
-(CLOSE_OPTION) if not.
-
-For showOptionDialog (which returns Object) or showInputDialog (which returns
-String), the initial return will be (SwingJS) JDialog.ASYNCHRONOUS_OBJECT, testable as
-((Object) ret) instanceof javax.swing.plaf.UIResource if the parent implements
-PropertyChangeListeneer, or null if not.
-
-The second return will be the desired return.
-
-In Java:
-
-The initial return will be the one and only modal final return.
-
-
-
-For full compatibility, The calling method must not continue beyond this
-call.
-
-All of the standard Java events associated with Components are also
-available.
-
-Certain fall back mechanisms are possible, where onReturn does not exist, but
-only for the following cases:
-
-
-For showMessageDialog, for WARNING_MESSAGE and ERROR_MESSAGE, a simple
-JavaScript alert() is used, returning 0 (OK_OPTION) or -1 (CLOSED_OPTION).
-
-For showInputDialog, if the message is a string, a simple JavaScript prompt()
-with input box is used, returning the entered string or null.
-
-For showConfirmDialog, a simple JavaScript confirm() is used, in which case:
-
-for YES_NO_OPTION: YES_OPTION or NO_OPTION
-
-for YES_NO_CANCEL_OPTION: YES_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-for OK_CANCEL_OPTION or any other: OK_OPTION or CANCEL_OPTION
-
-Note that you should implement a response for CLOSED_OPTION for
-showConfirmDialog. For other dialogs, a null return indicates the dialog was
-closed, just as for Java.
-
-Developers are encouraged to create a separate class that handles general calls. 
-An example class can be found in the SwingJS distribution as src/javajs/async/AsyncDialog.java.
-Very simple modifications to the Java allows asynchronous operation using AsyncDialog. Here
-is a simple "do you want to close this frame" example, where you can see that what we have
-done is to set the reply into an ActionListener that is defined in the constructor of 
-the AsyncDisplay object:
-
-// Original:
-//
-//     private void promptQuit() {
-//             int sel = JOptionPane.showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-//             switch (sel) {
-//             case JOptionPane.YES_OPTION:
-//                     resultsTab.clean();
-//                     seqs.dispose();
-//                     if (fromMain) {
-//                             System.exit(0);
-//                     }
-//                     break;
-//             }
-//     }
-
-       private void promptQuitAsync() {
-               new AsyncDialog(new ActionListener() {
-
-                       @Override
-                       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-                           int sel = ((AsyncDialog)e.getSource()).getOption();
-                               switch (sel) {
-                               case JOptionPane.YES_OPTION:
-                                       resultsTab.clean();
-                                       seqs.dispose();
-                                       if (fromMain) {
-                                               System.exit(0);
-                                       }
-                                       break;
-                               }
-                       }}).showConfirmDialog(null, PROMPT_EXIT, NAME, JOptionPane.YES_NO_OPTION);
-       }
-
-Very simple! 
-
-
-native methods
---------------
-
-The J2S compiler ignores all static native method declarations.
-Anything of this nature needs to be implemented in JavaScript if it is needed,
-using j2sNative blocks:
-
-/**
- * @j2sNative
- *
- *    var putYourJavaScriptCodeHere
- *
- */
- Note that if you follow that directly with a {...} block, then 
- the javadoc code will run in JavaScript, and the {...} code will run in Java.
-key Focus
----------
-
-As of June, 2019, the keyboard focus manager is fully implemented. 
-The one catch is that JTextPane and JTextArea, which already consume
-VK_TAB in Java, cannot use CTRL-TAB to continue a tabbing cycle around
-the components in a window. Instead, CTRL-TAB is absorbed by the browser. 
-
-
-LookAndFeel and UI Classes
---------------------------
-
-SwingJS implements the native browser look and feel as swingjs.plaf.HTML5LookAndFeel. 
-There are small differences between all look and feels -- MacOS, Windows, SwingJS.
-
-Expert developers know how to coerce changes in the UI by subclassing the UI for a 
-component. This probably will not work in SwingJS. 
-
-Note that LookAndFeel in Java usually determines canvas size in a Frame because 
-different operating systems (Mac OS vs Windows vs HTML5) will have 
-different edge sizes on their frames. If you want to ensure a component size, 
-use getContentPane().setPreferredSize().
-
-
-System.exit(0) does not stop all processes
-------------------------------------------
-
-Although System.ext(int) has been implemented in JavaScript, it just closes the 
-frames, stops all pending javax.swing.Timer objects in the queue, and runs any 
-threads added using Runtime.getRuntime().addShutdownHook(Thread).
-It may not stop all "threads." So don't rely on that.
-Applications are responsible for shutting down prior to executing System.exit(0). 
-
-
-myClass.getField not implemented
---------------------------------
-
-java.lang.reflect.Field is implemented minimally. It is not
-certain that Field.getDeclaringClass() will work. If you just want a 
-value of a field, you can do this:
-
-/**
- *@j2sNative
- *
- * return myClass[name]
- */   
-
-But that is not a java.lang.reflection.Field object.
-
-
-"window" and other reserved JavaScript names
---------------------------------------------
-
-No reserved top-level JavaScript name is allowed for a package name. So, for example, 
-one must rename packages such as "window" or "document" to names such as "win" or "doc".
-
-reserved field and method names
--------------------------------
-
-In order to minimize the chance of added SwingJS field and method names colliding with ones 
-developers might use in subclassing Java classes, we have added U+79D8 (first character of Mandarin 
-"secret") to the characters already disrecommended by Java documentation ("$" and "_"). The only problem
-would be if you use that character followed by certain English words in certain classes. For example
-\u79D8canvas for JComponents (in java.awt.JSComponent) and \u79D8byte (in java.io.File).
-
-qualified field and method names
---------------------------------
-
-Method names in SwingJS are fully qualified, meaning two methods with the same Java name but different
-parameters, such as write(int) and write(double), must not have the same name in JavaScript. (In this
-case, we will have write$I and write$D.) However, in certain cases it may be desirable to leave the
-method names unqualified. In particular, when an interface actually represents a JavaScript object, 
-the transpiler can leave a method name unqualified. The default situation for this is a class name 
-includes ".api.js" (case-sensitive). This means that any method in any class in a package js within 
-a package api, or any private interface js that has an outer interface api, will have all-unqualified
-methods. An example of this is swingjs.plaf.JSComboPopupList, which needs to communicate with a jQuery 
-object directly using the following interface:
-
-       private interface api {
-
-               interface js extends JQueryObject {
-
-                       abstract js j2sCB(Object options);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, Object o);
-
-                       abstract Object[] j2sCB(String method, int i);
-
-                       abstract int j2sCB(String OPTION, String name);
-
-               }
-       }
-
-Notice that all these variants of j2sCB() will call the same method in JavaScript by design.
-
-
-missing Math methods
---------------------
-
-java.lang.Math is worked out, but some methods are missing, either because they
-involve long integer value that are inaccessible in JavaScript, or because I just
-didn't implement them. This is a result of continued Java development. 
-It is easy enough to add these methods if you have the source. They go into j2sClazz.js, 
-which is combined with other initial libraries into swingjs2.js by build_site.xml
-
-
-Component.getGraphics(), Graphics.dispose()
--------------------------------------------
-
-Use of component.getGraphics() is discouraged in Java and in SwingJS. 
-Specifically in SwingJS, any call to component.getGraphics() or 
-BufferedImage.createGraphics() or Graphics.create(...) should be matched with graphics.dispose(), 
-particularly when it is called outside the context of a paint(Graphics)
-call from the system. 
-
-If you see your graphics scrolling down the page with each repaint, 
-look for where you have used Component.getGraphics() and not Graphics.dispose().
-For example, this will definitely NOT work in SwingJS:
-
-  this.paint(getGraphics())
-  
-and really should not work in Java, either, as it is technically a resource memory leak.
-
-Instead, if you really do not want to use repaint(), use this:
-
-  Graphics g = getGraphics();
-  paint(g);
-  g.dispose();
-
-
-
-Graphics.setClip()
-------------------
-
-The HTML5 canvas.clip() method is permanent. You can only reset the clip using
-save/restore. This is different from Java, where you can temporarily change it using
-
-  Shape oldClip = Graphics.getClip();
-  Graphics.setClip(newClip);
-   ...
-  Graphics.setClip(oldClip); 
-
-If you need to do something like this, you must schedule the paints
-to not have overlapping clip needs.
-
-
-MAJOR ISSUES--for Bob and Udo within SwingJS
-============================================
-
-fonts
------
-
-Fonts and FontMetrics will all be handled in JavaScript. Font matching will 
-not be exact, and composite (drawn) fonts will not be supported. 
-
-SwingJS handles calls such as font.getFontMetrics(g).stringWidth("xxx") by 
-creating a <div> containing that text, placing it in an obscure location on 
-the page, and reading div.getBoundingClientRect(). This is a VERY precise
-value, but can be a pixel or two off from what Java reports for the same font.
-OS-dependent classes
---------------------
-
-Static classes such as:
-
-   java.awt.Toolkit
-   java.awt.GraphicsEnvironment
-   
-   
-which are created using Class.forName are implemented using classes in the swingjs package.
-
-AWTAccessor is not implemented. 
-
-   
-AWT component peers and component "ui" user interfaces
-------------------------------------------------------
-
-ComponentPeer is a class that represents a native AWT component.
-Components with such peers are called "heavy-weight" components.
-They are expected to do the dirty work of graphics drawing. 
-
-Java Swing implements peers only for JApplet, JDialog, JFrame, and JWindow. 
-References to such objects have been removed, but clearly there must be 
-some connection to similar DOM objects, even for "light-weight" components. 
-
-
-  
-MAJOR ISSUES--to be resolved by implementers
-============================================
-
-fonts
------
-
-Glyph/composite/outline fonts are not supported.
-   
-
-
-threads
--------
-
-Thread locking and synchronization are not relevant to JavaScript.
-Thus, anything requiring "notify.." or "waitFor.." could be a serious issue.
-All threading must be "faked" in JavaScript. Specifically not available is:
-
-  Thread.sleep()
-  
-javax.swing.AbstractButton#doClick(pressTime) will not work, as it requires Thread.sleep();
-    
-However, java.lang.Thread itself is implemented and used extensively. 
-
-Methods thread.start() and thread.run() both work fine. 
-
-For simple applications that use Thread.sleep() just to have a delay, as in a frame rate, for 
-example, one can use javax.swing.Timer instead. That is fully implemented. 
-
-Likewise, java.util.Timer can be replaced with no loss of performance with javax.Swing.Timer.
-Note that java.util.TimerTask is implemented, but it can also be replaced by an implementation of Runnable.
-
-task = new TimerTask(){....};
-t = new java.util.Timer();
-t.schedule(task, 0, 1);
-
-becomes
-
-task = new TimerTask(){....}; // or task = new Runnable() {...}
-t = new javax.swing.Timer(1, new ActionListener() {
-       @Override
-       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
-               task.run();
-       }
-};
-t.setInitialDelay(0); // not particularly necessary
-t.start();
-
-In addition, SwingJS provides swingjs.JSThread, which can be subclassed
-if desired. This class allows simple 
-
-  while(!interrupted()){
-       wait()
-       ...
-  }  
-
-action through an asynchronous function run1(mode). For example:
-
-       protected void run1(int mode) {
-               try {
-                       while (true)
-                               switch (mode) {
-                               case INIT:
-                                       // once-through stuff here
-                                       mode = LOOP;
-                                       break;
-                               case LOOP:
-                                       if (!doDispatch || isInterrupted()) {
-                                               mode = DONE;
-                                       } else {
-                                               Runnable r = new Runnable() {
-                                                       public void run() {
-                                                               // put the loop code here
-                                                       }
-                                               };
-                                               dispatchAndReturn(r);
-                                               if (isJS)
-                                                       return;
-                                       }
-                                       break;
-                               // add more cases as needed
-                               case DONE:
-                                       // finish up here
-                                       if (isInterrupted())
-                                               return;
-                                       // or here
-                                       break;
-                               }
-               } finally {
-                       // stuff here to be executed after each loop in JS or at the end in Java
-               }
-       }
-
-image loading
--------------
-- All image loading in SwingJS is synchronous. A MediaTracker call will immediately return "complete".
-  However, it still may take one system clock tick to fully load images. Thus, it is recommended that
-  images be preloaded in the static block of the applet if it is necessary that they be available in init().
-  This is only an issue if you are trying to access the pixel buffer of the image in JavaScript. 
-  
-- Applet.getImage(path, name) will return null if the image does not exist. 
-
-- BufferedImage: only "support" imageType RGB and ARGB
-
-  -BH: This is a temporary edit, just to get us started. Certainly GRAY will be needed
-
-
-BigInteger and BigDecimal
--------------------------
-
-java.math.BigInteger is fully supported; java.math.BigDecimal is roughed 
-in and not fully tested (07/2019). 
-
-Both classes present significant issues for JavaScript, as they are based in 
-Java's 64-bit long for all their operations. Here is the JavaDoc note I added
-to BigInteger:
-
- * SwingJS note: Because of the limitations of JavaScript with regard
- * to long-integer bit storage as a double, this implementation drops
- * the integer storage bit length to 24, giving 48 for long and leaving
- * the last 16 bits clear for the exponent of the double number. This should
- * not affect performance significantly. It does increase the storage 
- * size by about 33%. By bringing an "int" to 3 bytes, we can easily construct
- * and use byte[] data intended for the original BitSet.  
-
-"Easily" may be a bit strong there. This was a serious challenge.
-
-BigDecimal seems to run normally, but in order to do that, my hack involves
-reducing the size of an integer that is allowed to be stored as such and not
-in byte[] as a BigInteger. I'm sure there is a performance hit, but it does work.
-
-no format internationalization
-------------------------------
-
-For now, just en for number and date formatters
-
-no winding rules
-----------------
-
-  When filling a graphic, only nonzero winding rule is implemented in HTML5 Canvas2D.
-
-
-
-text-related field implementation
----------------------------------
-
-Text fields are:
-
-JTextField   (JavaScript <input type="text">)
-JTextArea    (JavaScript <textarea>)
-JTextPane    (JavaScript <div>)
-JEditorPane  (JavaScript <div>)
-
-For the initial implementation, we don't implement infinite undo/redo, and the abstract 
-document model is much less elaborate. Only PlainDocument (in the form of JSPlainDocument)
-is implemented. The Document returned by JTextField.getDocument() is a javax.swing.text.Document.
-
-All scrolling is handled by HTML5. javax.swing.AutoScroller is not implemented.
-public static methods .stop, .isRunning, .processMouseDragged require true Java threading
-and so are not implmented. javax.swing.text.View and its subclasses are not implemented. 
-
-The JS document model does not allow two text fields to address the same underlying document. 
-
-JavaScript is slightly different from Java in that the field value is changed asynchronously after
-the keypressed event, so Java actions that are keyed to KEY_PRESSED may not pick up the new 
-key value even after SwingUtilities.invokeLater() is called. Thus, key pressed actions may need
-to be recorded after a key released event instead. 
-
-Formatter/Regex limitations
----------------------------
-
-Some browsers cannot process Regex "look-behind" process such as (?<=\W)
-java.util.regex.Matcher and Pattern use JavaScript's RegExp object rather than
-the native Java object. These are not identical. Only flags /igm are supported.
-Matcher.start(groupID) is not supported.
-
-java.util.Formatter will function correctly for all standard %... patterns.
-
-integer 1/0 == Infinity
------------------------
-
-1/0 in Java throws "java.lang.ArithmeticException: / by zero", but in JavaScript is just Infinity. 
-
-
-Summary
--------
-
-These are all the known limitations of SwingJS. We have not found any of these limitations
-to be show-stoppers. The primary issue for newcomers to SwingJS is having the source code.
-You must check that source code for all your library jar files is available or, if you
-choose, you will need to decompile those classes. We have used decompilation on some projects,
-and it works just fine. So, technically, all we really need are JAR/class files. But the 
-source is by far superior. It's generally prettier, and it has the license information that
-may or may not be present with the JAR or class files. Use class files at your own risk.
-
-Bob Hanson
-2019.08.16
-
-
-Additional Issues
------------------
-
-Annotation is working for classes, methods, and fields (12/22/19). Method reflection, however,
-is limited. Interfaces do not expose their methods, as the transpiler does not actually transpile
-the interfaces themselves. And method reflection only includes annotated methods.
-
-java.util.concurrent is not fully elaborated. This package is rewritten to not actually use the
-memory handling capabilities of concurrency, which JavaScript does not have access to.
-
-System.getProperties() just returns a minimal set of properties.
-
-
diff --git a/swingjs/ver/pre-long/net.sf.j2s.core.jar b/swingjs/ver/pre-long/net.sf.j2s.core.jar
deleted file mode 100644 (file)
index ce22a3e..0000000
Binary files a/swingjs/ver/pre-long/net.sf.j2s.core.jar and /dev/null differ
diff --git a/swingjs/ver/pre-long/timestamp b/swingjs/ver/pre-long/timestamp
deleted file mode 100644 (file)
index 5232ef4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-20201219150605 
index 22324fc..1f8e451 100644 (file)
@@ -24,8 +24,6 @@ import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
 
-import jalview.gui.JvOptionPane;
-
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.Arrays;
 import java.util.List;
@@ -33,6 +31,8 @@ import java.util.List;
 import org.testng.annotations.BeforeClass;
 import org.testng.annotations.Test;
 
+import jalview.gui.JvOptionPane;
+
 public class StringUtilsTest
 {
 
@@ -121,6 +121,25 @@ public class StringUtilsTest
      */
     assertEquals("[abc='|'d, ef, g]", Arrays.toString(
             StringUtils.separatorListToArray("abc='|'d|ef|g", "|")));
+
+    /*
+     * edge cases
+     */
+    assertEquals("[abc=';'d, ef, g, key='val;ue;key2=what]",
+            Arrays.toString(StringUtils.separatorListToArray(
+                    "abc=';'d;ef;g;key='val;ue;key2=what", ";")));
+    assertEquals("[hello\\world, jello'\\world', mello'wo\\'rld']",
+            Arrays.toString(StringUtils.separatorListToArray(
+                    "hello\\world;jello'\\world';mello'wo\\'rld'", ";")));
+    // this next one checks that an escaped single quote doesn't end a quoted
+    // section so the following separator is treated as part of the quoted text,
+    // not as a separator.
+    assertEquals("[hello\\world, jello'\\world', mello'wo\\'r;ld']",
+            Arrays.toString(StringUtils.separatorListToArray(
+                    "hello\\world;jello'\\world';mello'wo\\'r;ld'", ";")));
+    assertEquals("[hello\\;jello, mello\\;';'w, world]",
+            Arrays.toString(StringUtils.separatorListToArray(
+                    "hello\\;jello;mello\\;';'w;world", ";")));
   }
 
   @Test(groups = { "Functional" })
diff --git a/tools/closure-compiler-v20230802.jar b/tools/closure-compiler-v20230802.jar
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2a0cba4
Binary files /dev/null and b/tools/closure-compiler-v20230802.jar differ
diff --git a/tools/closure_compiler.jar b/tools/closure_compiler.jar
deleted file mode 100644 (file)
index 53037b0..0000000
Binary files a/tools/closure_compiler.jar and /dev/null differ
index e35111e..3471709 100644 (file)
-java/applet/Applet.js
+com/github/reinert/jjschema/Attributes.js
+com/stevesoft/pat/AmpersandRule.js
+com/stevesoft/pat/Any.js
+com/stevesoft/pat/BackG.js
+com/stevesoft/pat/BackMatch.js
+com/stevesoft/pat/BackRefRule.js
+com/stevesoft/pat/Backup.js
+com/stevesoft/pat/BasicStringBufferLike.js
+com/stevesoft/pat/Bits.js
+com/stevesoft/pat/Boundary.js
+com/stevesoft/pat/Bracket.js
+com/stevesoft/pat/Branch.js
+com/stevesoft/pat/CaseMgr.js
+com/stevesoft/pat/ChangeRule.js
+com/stevesoft/pat/CodeRule.js
+com/stevesoft/pat/Ctrl.js
+com/stevesoft/pat/Custom.js
+com/stevesoft/pat/CustomEndpoint.js
+com/stevesoft/pat/DirFileRegex.js
+com/stevesoft/pat/DotMulti.js
+com/stevesoft/pat/End.js
+com/stevesoft/pat/FastBracket.js
+com/stevesoft/pat/FastChar.js
+com/stevesoft/pat/FastMulti.js
+com/stevesoft/pat/FileRegex.js
+com/stevesoft/pat/Group.js
+com/stevesoft/pat/LeftRule.js
+com/stevesoft/pat/Multi.js
+com/stevesoft/pat/MultiMin.js
+com/stevesoft/pat/Multi_stage2.js
+com/stevesoft/pat/NUnicodeAlpha.js
+com/stevesoft/pat/NUnicodeCurrency.js
+com/stevesoft/pat/NUnicodeDigit.js
+com/stevesoft/pat/NUnicodeMath.js
+com/stevesoft/pat/NUnicodePunct.js
+com/stevesoft/pat/NUnicodeW.js
+com/stevesoft/pat/NUnicodeWhite.js
+com/stevesoft/pat/NoPattern.js
+com/stevesoft/pat/NonDirFileRegex.js
+com/stevesoft/pat/NotImplementedError.js
+com/stevesoft/pat/NullPattern.js
+com/stevesoft/pat/NullRule.js
+com/stevesoft/pat/Or.js
+com/stevesoft/pat/OrMark.js
+com/stevesoft/pat/PartialBuffer.js
+com/stevesoft/pat/Pattern.js
+com/stevesoft/pat/PatternSub.js
+com/stevesoft/pat/PopRule.js
+com/stevesoft/pat/Prop.js
+com/stevesoft/pat/Pthings.js
+com/stevesoft/pat/PushRule.js
+com/stevesoft/pat/RBuffer.js
+com/stevesoft/pat/Range.js
+com/stevesoft/pat/RegOpt.js
+com/stevesoft/pat/RegRes.js
+com/stevesoft/pat/RegSyntax.js
+com/stevesoft/pat/RegSyntaxError.js
+com/stevesoft/pat/Regex.js
+com/stevesoft/pat/RegexReader.js
+com/stevesoft/pat/RegexTokenizer.js
+com/stevesoft/pat/RegexWriter.js
+com/stevesoft/pat/ReplaceRule.js
+com/stevesoft/pat/Replacer.js
+com/stevesoft/pat/RightRule.js
+com/stevesoft/pat/Rthings.js
+com/stevesoft/pat/RuleHolder.js
+com/stevesoft/pat/Skip.js
+com/stevesoft/pat/Skip2.js
+com/stevesoft/pat/SkipBMH.js
+com/stevesoft/pat/Skipped.js
+com/stevesoft/pat/SpecialRule.js
+com/stevesoft/pat/Start.js
+com/stevesoft/pat/StrPos.js
+com/stevesoft/pat/StringBufferLike.js
+com/stevesoft/pat/StringLike.js
+com/stevesoft/pat/StringRule.js
+com/stevesoft/pat/SubMark.js
+com/stevesoft/pat/TransPat.js
+com/stevesoft/pat/Transformer.js
+com/stevesoft/pat/UniValidator.js
+com/stevesoft/pat/UnicodeAlpha.js
+com/stevesoft/pat/UnicodeCurrency.js
+com/stevesoft/pat/UnicodeDigit.js
+com/stevesoft/pat/UnicodeLower.js
+com/stevesoft/pat/UnicodeMath.js
+com/stevesoft/pat/UnicodePunct.js
+com/stevesoft/pat/UnicodeUpper.js
+com/stevesoft/pat/UnicodeW.js
+com/stevesoft/pat/UnicodeWhite.js
+com/stevesoft/pat/Validator.js
+com/stevesoft/pat/WantMoreTextReplaceRule.js
+com/stevesoft/pat/lookAhead.js
+com/stevesoft/pat/oneChar.js
+com/stevesoft/pat/parsePerl.js
+com/stevesoft/pat/patInf.js
+com/stevesoft/pat/patInt.js
+com/stevesoft/pat/wrap/CharArrayBufferWrap.js
+com/stevesoft/pat/wrap/CharArrayWrap.js
+com/stevesoft/pat/wrap/RandomAccessFileWrap.js
+com/stevesoft/pat/wrap/StringBufferWrap.js
+com/stevesoft/pat/wrap/StringWrap.js
+com/stevesoft/pat/wrap/WriterWrap.js
+core/package.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimUtils.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraChain.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraManager.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraModel.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraResidue.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraStructuralObject.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraTreeModel.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/StructureManager.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/StructureSettings.js
+ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/port/ListenerThreads.js
+ext/vamsas/IRegistry.js
+ext/vamsas/IRegistryService.js
+ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.js
+ext/vamsas/Jpred.js
+ext/vamsas/JpredService.js
+ext/vamsas/JpredServiceLocator.js
+ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.js
+ext/vamsas/MuscleWS.js
+ext/vamsas/MuscleWSService.js
+ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.js
+ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.js
+ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.js
+ext/vamsas/SeqSearchI.js
+ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.js
+ext/vamsas/SeqSearchServiceService.js
+ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.js
+ext/vamsas/ServiceHandle.js
+ext/vamsas/ServiceHandles.js
+intervalstore/api/IntervalI.js
+intervalstore/api/IntervalStoreI.js
+intervalstore/impl/BinarySearcher.js
+intervalstore/impl/IntervalStore.js
+intervalstore/impl/NCList.js
+intervalstore/impl/NCNode.js
+jalview/analysis/AAFrequency.js
+jalview/analysis/AlignSeq.js
+jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtils.js
+jalview/analysis/AlignmentSorter.js
+jalview/analysis/AlignmentUtils.js
+jalview/analysis/AnnotationSorter.js
+jalview/analysis/AverageDistanceEngine.js
+jalview/analysis/AverageDistanceTree.js
+jalview/analysis/CodingUtils.js
+jalview/analysis/CodonComparator.js
+jalview/analysis/Conservation.js
+jalview/analysis/CrossRef.js
+jalview/analysis/Dna.js
+jalview/analysis/Finder.js
+jalview/analysis/GeneticCodeI.js
+jalview/analysis/GeneticCodes.js
+jalview/analysis/Grouping.js
+jalview/analysis/NJTree.js
+jalview/analysis/PCA.js
+jalview/analysis/ParseProperties.js
+jalview/analysis/Rna.js
+jalview/analysis/SecStrConsensus.js
+jalview/analysis/SeqsetUtils.js
+jalview/analysis/SequenceIdMatcher.js
+jalview/analysis/StructureFrequency.js
+jalview/analysis/TreeBuilder.js
+jalview/analysis/TreeEngine.js
+jalview/analysis/TreeModel.js
+jalview/analysis/WUSSParseException.js
+jalview/analysis/scoremodels/DistanceScoreModel.js
+jalview/analysis/scoremodels/FeatureDistanceModel.js
+jalview/analysis/scoremodels/PIDModel.js
+jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrix.js
+jalview/analysis/scoremodels/ScoreModels.js
+jalview/analysis/scoremodels/SimilarityParams.js
+jalview/analysis/scoremodels/SimilarityScoreModel.js
+jalview/analysis/scoremodels/SmithWatermanModel.js
+jalview/analytics/Plausible.js
+jalview/api/AlignCalcManagerI.js
+jalview/api/AlignCalcWorkerI.js
+jalview/api/AlignExportSettingsI.js
+jalview/api/AlignViewControllerGuiI.js
+jalview/api/AlignViewControllerI.js
+jalview/api/AlignViewportI.js
+jalview/api/AlignmentColsCollectionI.js
+jalview/api/AlignmentRowsCollectionI.js
+jalview/api/AlignmentViewPanel.js
+jalview/api/BuildDetailsI.js
+jalview/api/ComplexAlignFile.js
+jalview/api/DBRefEntryI.js
+jalview/api/FeatureColourI.js
+jalview/api/FeatureRenderer.js
+jalview/api/FeatureSettingsControllerI.js
+jalview/api/FeatureSettingsModelI.js
+jalview/api/FeaturesDisplayedI.js
+jalview/api/FeaturesSourceI.js
+jalview/api/FinderI.js
+jalview/api/OOMHandlerI.js
+jalview/api/RendererListenerI.js
+jalview/api/RotatableCanvasI.js
+jalview/api/SequenceRenderer.js
+jalview/api/SequenceStructureBinding.js
+jalview/api/SiftsClientI.js
+jalview/api/SplitContainerI.js
+jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.js
+jalview/api/ViewStyleI.js
+jalview/api/analysis/PairwiseScoreModelI.js
+jalview/api/analysis/ScoreModelI.js
+jalview/api/analysis/SimilarityParamsI.js
+jalview/api/structures/JalviewStructureDisplayI.js
+jalview/appletgui/APopupMenu.js
+jalview/appletgui/AlignFrame.js
+jalview/appletgui/AlignViewport.js
+jalview/appletgui/AlignmentPanel.js
+jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.js
+jalview/appletgui/AnnotationColumnChooser.js
+jalview/appletgui/AnnotationLabels.js
+jalview/appletgui/AnnotationPanel.js
+jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.js
+jalview/appletgui/AppletJmol.js
+jalview/appletgui/AppletJmolBinding.js
+jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.js
+jalview/appletgui/EditNameDialog.js
+jalview/appletgui/EmbmenuFrame.js
+jalview/appletgui/ExtJmol.js
+jalview/appletgui/FeatureColourChooser.js
+jalview/appletgui/FeatureRenderer.js
+jalview/appletgui/FeatureSettings.js
+jalview/appletgui/Finder.js
+jalview/appletgui/FontChooser.js
+jalview/appletgui/IdCanvas.js
+jalview/appletgui/IdPanel.js
+jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.js
+jalview/appletgui/JVDialog.js
+jalview/appletgui/OverviewCanvas.js
+jalview/appletgui/OverviewPanel.js
+jalview/appletgui/PCAPanel.js
+jalview/appletgui/PaintRefresher.js
+jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.js
+jalview/appletgui/RedundancyPanel.js
+jalview/appletgui/RotatableCanvas.js
+jalview/appletgui/ScalePanel.js
+jalview/appletgui/SeqCanvas.js
+jalview/appletgui/SeqPanel.js
+jalview/appletgui/SequenceRenderer.js
+jalview/appletgui/SliderPanel.js
+jalview/appletgui/SplitFrame.js
+jalview/appletgui/TitledPanel.js
+jalview/appletgui/Tooltip.js
+jalview/appletgui/TreeCanvas.js
+jalview/appletgui/TreePanel.js
+jalview/appletgui/UserDefinedColours.js
+jalview/bin/ArgsParser.js
+jalview/bin/BuildDetails.js
+jalview/bin/Cache.js
+jalview/bin/Commands.js
+jalview/bin/Console.js
+jalview/bin/GetMemory.js
+jalview/bin/HiDPISetting.js
+jalview/bin/Jalview.js
+jalview/bin/JalviewJS2.js
+jalview/bin/JalviewLite.js
+jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.js
+jalview/bin/JalviewTaskbar.js
+jalview/bin/Launcher.js
+jalview/bin/MemorySetting.js
+jalview/bin/ScreenInfo.js
+jalview/bin/argparser/Arg.js
+jalview/bin/argparser/ArgParser.js
+jalview/bin/argparser/ArgValue.js
+jalview/bin/argparser/ArgValues.js
+jalview/bin/argparser/ArgValuesMap.js
+jalview/bin/argparser/BootstrapArgs.js
+jalview/bin/argparser/SubVals.js
+jalview/bin/groovy/JalviewObject.js
+jalview/bin/groovy/JalviewObjectI.js
+jalview/commands/ChangeCaseCommand.js
+jalview/commands/CommandI.js
+jalview/commands/EditCommand.js
+jalview/commands/OrderCommand.js
+jalview/commands/RemoveGapColCommand.js
+jalview/commands/RemoveGapsCommand.js
+jalview/commands/SlideSequencesCommand.js
+jalview/commands/TrimRegionCommand.js
+jalview/controller/AlignViewController.js
+jalview/controller/FeatureSettingsController.js
+jalview/controller/FeatureSettingsControllerGuiI.js
+jalview/datamodel/ASequence.js
+jalview/datamodel/ASequenceI.js
+jalview/datamodel/AlignExportSettingsAdapter.js
+jalview/datamodel/AlignedCodon.js
+jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.js
+jalview/datamodel/Alignment.js
+jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.js
+jalview/datamodel/AlignmentExportData.js
+jalview/datamodel/AlignmentI.js
+jalview/datamodel/AlignmentOrder.js
+jalview/datamodel/AlignmentView.js
+jalview/datamodel/AllColsCollection.js
+jalview/datamodel/AllColsIterator.js
+jalview/datamodel/AllRowsCollection.js
+jalview/datamodel/AllRowsIterator.js
+jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.js
+jalview/datamodel/Annotation.js
+jalview/datamodel/BinaryNode.js
+jalview/datamodel/BinarySequence.js
+jalview/datamodel/CigarArray.js
+jalview/datamodel/CigarBase.js
+jalview/datamodel/CigarCigar.js
+jalview/datamodel/CigarSimple.js
+jalview/datamodel/ColumnSelection.js
+jalview/datamodel/ContactListI.js
+jalview/datamodel/ContactListImpl.js
+jalview/datamodel/ContactListProviderI.js
+jalview/datamodel/ContactMapHolder.js
+jalview/datamodel/ContactMapHolderI.js
+jalview/datamodel/ContactMatrix.js
+jalview/datamodel/ContactMatrixI.js
+jalview/datamodel/ContactRange.js
+jalview/datamodel/ContiguousI.js
+jalview/datamodel/DBRefEntry.js
+jalview/datamodel/DBRefSource.js
+jalview/datamodel/FeatureProperties.js
+jalview/datamodel/FloatContactMatrix.js
+jalview/datamodel/GeneLociI.js
+jalview/datamodel/GeneLocus.js
+jalview/datamodel/GraphLine.js
+jalview/datamodel/GroupSet.js
+jalview/datamodel/GroupSetHolder.js
+jalview/datamodel/GroupSetI.js
+jalview/datamodel/HiddenColumns.js
+jalview/datamodel/HiddenColumnsCursor.js
+jalview/datamodel/HiddenCursorPosition.js
+jalview/datamodel/HiddenSequences.js
+jalview/datamodel/IncompleteCodonException.js
+jalview/datamodel/MappedFeatures.js
+jalview/datamodel/Mapping.js
+jalview/datamodel/MappingType.js
+jalview/datamodel/NodeTransformI.js
+jalview/datamodel/PDBEntry.js
+jalview/datamodel/Point.js
+jalview/datamodel/Profile.js
+jalview/datamodel/ProfileI.js
+jalview/datamodel/Profiles.js
+jalview/datamodel/ProfilesI.js
+jalview/datamodel/Provenance.js
+jalview/datamodel/ProvenanceEntry.js
+jalview/datamodel/Range.js
+jalview/datamodel/RangeElementsIterator.js
+jalview/datamodel/RangeIterator.js
+jalview/datamodel/ResidueCount.js
+jalview/datamodel/RnaViewerModel.js
+jalview/datamodel/SearchResultMatchI.js
+jalview/datamodel/SearchResults.js
+jalview/datamodel/SearchResultsI.js
+jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.js
+jalview/datamodel/SeqCigar.js
+jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.js
+jalview/datamodel/Sequence.js
+jalview/datamodel/SequenceCollectionI.js
+jalview/datamodel/SequenceCursor.js
+jalview/datamodel/SequenceDummy.js
+jalview/datamodel/SequenceFeature.js
+jalview/datamodel/SequenceGroup.js
+jalview/datamodel/SequenceI.js
+jalview/datamodel/SequenceNode.js
+jalview/datamodel/SequencePoint.js
+jalview/datamodel/StartRegionIterator.js
+jalview/datamodel/StructureViewerModel.js
+jalview/datamodel/VisibleColsCollection.js
+jalview/datamodel/VisibleContigsIterator.js
+jalview/datamodel/VisibleRowsCollection.js
+jalview/datamodel/VisibleRowsIterator.js
+jalview/datamodel/annotations/AlphaFoldAnnotationRowBuilder.js
+jalview/datamodel/annotations/AnnotationRowBuilder.js
+jalview/datamodel/features/FeatureAttributeType.js
+jalview/datamodel/features/FeatureAttributes.js
+jalview/datamodel/features/FeatureLocationI.js
+jalview/datamodel/features/FeatureMatcher.js
+jalview/datamodel/features/FeatureMatcherI.js
+jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSet.js
+jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSetI.js
+jalview/datamodel/features/FeatureSource.js
+jalview/datamodel/features/FeatureSourceI.js
+jalview/datamodel/features/FeatureSources.js
+jalview/datamodel/features/FeatureStore.js
+jalview/datamodel/features/SequenceFeatures.js
+jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesI.js
+jalview/exceptions/JalviewException.js
+jalview/ext/android/ContainerHelpers.js
+jalview/ext/android/SparseDoubleArray.js
+jalview/ext/android/SparseIntArray.js
+jalview/ext/android/SparseShortArray.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblCds.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblData.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblFeatures.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblGene.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblGenome.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblGenomes.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblInfo.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblLookup.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblMap.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblProtein.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblRestClient.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblSeqProxy.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblSequenceFetcher.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblSymbol.js
+jalview/ext/ensembl/EnsemblXref.js
+jalview/ext/ensembl/Species.js
+jalview/ext/htsjdk/HtsContigDb.js
+jalview/ext/htsjdk/VCFReader.js
+jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.js
+jalview/ext/jmol/JmolCommands.js
+jalview/ext/jmol/JmolParser.js
+jalview/ext/paradise/Annotate3D.js
+jalview/ext/pymol/PymolCommands.js
+jalview/ext/pymol/PymolManager.js
+jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommands.js
+jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraListener.js
+jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraXCommands.js
+jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraXManager.js
+jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.js
+jalview/ext/so/SequenceOntology.js
+jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.js
+jalview/ext/varna/RnaModel.js
+jalview/ext/varna/VarnaCommands.js
+jalview/fts/api/FTSData.js
+jalview/fts/api/FTSDataColumnI.js
+jalview/fts/api/FTSRestClientI.js
+jalview/fts/api/GFTSPanelI.js
+jalview/fts/api/StructureFTSRestClientI.js
+jalview/fts/core/DecimalFormatTableCellRenderer.js
+jalview/fts/core/FTSDataColumnPreferences.js
+jalview/fts/core/FTSRestClient.js
+jalview/fts/core/FTSRestRequest.js
+jalview/fts/core/FTSRestResponse.js
+jalview/fts/core/GFTSPanel.js
+jalview/fts/service/alphafold/AlphafoldRestClient.js
+jalview/fts/service/pdb/PDBFTSPanel.js
+jalview/fts/service/pdb/PDBFTSRestClient.js
+jalview/fts/service/threedbeacons/TDB_FTSData.js
+jalview/fts/service/threedbeacons/TDBeaconsFTSPanel.js
+jalview/fts/service/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClient.js
+jalview/fts/service/uniprot/UniProtFTSRestClient.js
+jalview/fts/service/uniprot/UniprotFTSPanel.js
+jalview/gui/APQHandlers.js
+jalview/gui/AlignExportOptions.js
+jalview/gui/AlignFrame.js
+jalview/gui/AlignViewport.js
+jalview/gui/AlignmentPanel.js
+jalview/gui/AnnotationChooser.js
+jalview/gui/AnnotationColourChooser.js
+jalview/gui/AnnotationColumnChooser.js
+jalview/gui/AnnotationExporter.js
+jalview/gui/AnnotationLabels.js
+jalview/gui/AnnotationPanel.js
+jalview/gui/AnnotationRowFilter.js
+jalview/gui/AppJmol.js
+jalview/gui/AppJmolBinding.js
+jalview/gui/AppVarna.js
+jalview/gui/AppVarnaBinding.js
+jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.js
+jalview/gui/BlogReader.js
+jalview/gui/CalculationChooser.js
+jalview/gui/ChimeraViewFrame.js
+jalview/gui/ChimeraXViewFrame.js
+jalview/gui/ColourMenuHelper.js
+jalview/gui/ComboBoxTooltipRenderer.js
+jalview/gui/Console.js
+jalview/gui/CrossRefAction.js
+jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.js
+jalview/gui/CutAndPasteTransfer.js
+jalview/gui/Desktop.js
+jalview/gui/EditNameDialog.js
+jalview/gui/FeatureEditor.js
+jalview/gui/FeatureRenderer.js
+jalview/gui/FeatureSettings.js
+jalview/gui/FeatureTypeSettings.js
+jalview/gui/Finder.js
+jalview/gui/FontChooser.js
+jalview/gui/Help.js
+jalview/gui/IProgressIndicator.js
+jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.js
+jalview/gui/IdCanvas.js
+jalview/gui/IdPanel.js
+jalview/gui/IdwidthAdjuster.js
+jalview/gui/ImageExporter.js
+jalview/gui/JDatabaseTree.js
+jalview/gui/JalviewBooleanRadioButtons.js
+jalview/gui/JalviewChangeSupport.js
+jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.js
+jalview/gui/JalviewChimeraXBindingModel.js
+jalview/gui/JalviewColourChooser.js
+jalview/gui/JalviewDialog.js
+jalview/gui/JvOptionPane.js
+jalview/gui/JvSwingUtils.js
+jalview/gui/LineartOptions.js
+jalview/gui/MenuChooser.js
+jalview/gui/OOMWarning.js
+jalview/gui/OptsAndParamsPage.js
+jalview/gui/OptsParametersContainerI.js
+jalview/gui/OverviewCanvas.js
+jalview/gui/OverviewPanel.js
+jalview/gui/PCAPanel.js
+jalview/gui/PaintRefresher.js
+jalview/gui/PairwiseAlignPanel.js
+jalview/gui/PopupMenu.js
+jalview/gui/Preferences.js
+jalview/gui/ProgressBar.js
+jalview/gui/ProgressPanel.js
+jalview/gui/PromptUserConfig.js
+jalview/gui/PymolBindingModel.js
+jalview/gui/PymolViewer.js
+jalview/gui/QuitHandler.js
+jalview/gui/RedundancyPanel.js
+jalview/gui/RestInputParamEditDialog.js
+jalview/gui/RestServiceEditorPane.js
+jalview/gui/RotatableCanvas.js
+jalview/gui/ScalePanel.js
+jalview/gui/SeqCanvas.js
+jalview/gui/SeqPanel.js
+jalview/gui/SequenceFetcher.js
+jalview/gui/SequenceRenderer.js
+jalview/gui/Slider.js
+jalview/gui/SliderPanel.js
+jalview/gui/SplashScreen.js
+jalview/gui/SplitFrame.js
+jalview/gui/StructureChooser.js
+jalview/gui/StructureViewer.js
+jalview/gui/StructureViewerBase.js
+jalview/gui/TextColourChooser.js
+jalview/gui/TreeCanvas.js
+jalview/gui/TreePanel.js
+jalview/gui/UserDefinedColours.js
+jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.js
+jalview/gui/VamsasApplication.js
+jalview/gui/ViewSelectionMenu.js
+jalview/gui/WebserviceInfo.js
+jalview/gui/WsJobParameters.js
+jalview/gui/WsParamSetManager.js
+jalview/gui/WsPreferences.js
+jalview/gui/structurechooser/PDBStructureChooserQuerySource.js
+jalview/gui/structurechooser/StructureChooserQuerySource.js
+jalview/gui/structurechooser/TDBResultAnalyser.js
+jalview/gui/structurechooser/ThreeDBStructureChooserQuerySource.js
+jalview/httpserver/AbstractRequestHandler.js
+jalview/httpserver/HttpServer.js
+jalview/io/AMSAFile.js
+jalview/io/AlignFile.js
+jalview/io/AlignmentFileReaderI.js
+jalview/io/AlignmentFileWriterI.js
+jalview/io/AlignmentProperties.js
+jalview/io/AnnotationFile.js
+jalview/io/AppletFormatAdapter.js
+jalview/io/BLCFile.js
+jalview/io/BackupFilenameFilter.js
+jalview/io/BackupFilenameParts.js
+jalview/io/BackupFiles.js
+jalview/io/BackupFilesPresetEntry.js
+jalview/io/BioJsHTMLOutput.js
+jalview/io/ClustalFile.js
+jalview/io/DBRefFile.js
+jalview/io/DataSourceType.js
+jalview/io/EMBLLikeFlatFile.js
+jalview/io/EmblFlatFile.js
+jalview/io/FastaFile.js
+jalview/io/FeaturesFile.js
+jalview/io/FileFormat.js
+jalview/io/FileFormatException.js
+jalview/io/FileFormatI.js
+jalview/io/FileFormats.js
+jalview/io/FileLoader.js
+jalview/io/FileParse.js
+jalview/io/FormatAdapter.js
+jalview/io/GenBankFile.js
+jalview/io/HTMLOutput.js
+jalview/io/HtmlFile.js
+jalview/io/HtmlSvgOutput.js
+jalview/io/IdentifyFile.js
+jalview/io/InputStreamParser.js
+jalview/io/IntKeyStringValueEntry.js
+jalview/io/JPredFile.js
+jalview/io/JSONFile.js
+jalview/io/JalviewFileChooser.js
+jalview/io/JalviewFileFilter.js
+jalview/io/JalviewFileView.js
+jalview/io/JnetAnnotationMaker.js
+jalview/io/MSFfile.js
+jalview/io/ModellerDescription.js
+jalview/io/NewickFile.js
+jalview/io/PContactPredictionFile.js
+jalview/io/PDBFeatureSettings.js
+jalview/io/PIRFile.js
+jalview/io/PfamFile.js
+jalview/io/PhylipFile.js
+jalview/io/PileUpfile.js
+jalview/io/RnamlFile.js
+jalview/io/ScoreMatrixFile.js
+jalview/io/SequenceAnnotationReport.js
+jalview/io/SimpleBlastFile.js
+jalview/io/StockholmFile.js
+jalview/io/StructureFile.js
+jalview/io/TCoffeeScoreFile.js
+jalview/io/VamsasAppDatastore.js
+jalview/io/WSWUBlastClient.js
+jalview/io/cache/AppCache.js
+jalview/io/cache/JvCacheableInputBox.js
+jalview/io/exceptions/ImageOutputException.js
+jalview/io/gff/ExonerateHelper.js
+jalview/io/gff/Gff2Helper.js
+jalview/io/gff/Gff3Helper.js
+jalview/io/gff/GffConstants.js
+jalview/io/gff/GffHelperBase.js
+jalview/io/gff/GffHelperFactory.js
+jalview/io/gff/GffHelperI.js
+jalview/io/gff/InterProScanHelper.js
+jalview/io/gff/SequenceOntologyFactory.js
+jalview/io/gff/SequenceOntologyI.js
+jalview/io/gff/SequenceOntologyLite.js
+jalview/io/packed/DataProvider.js
+jalview/io/packed/JalviewDataset.js
+jalview/io/packed/ParsePackedSet.js
+jalview/io/packed/SimpleDataProvider.js
+jalview/io/vamsas/Datasetsequence.js
+jalview/io/vamsas/DatastoreItem.js
+jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.js
+jalview/io/vamsas/Dbref.js
+jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.js
+jalview/io/vamsas/Rangetype.js
+jalview/io/vamsas/Sequencefeature.js
+jalview/io/vamsas/Sequencemapping.js
+jalview/io/vamsas/Tree.js
+jalview/io/vcf/VCFLoader.js
+jalview/javascript/JSFunctionExec.js
+jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.js
+jalview/javascript/JsCallBack.js
+jalview/javascript/JsSelectionSender.js
+jalview/javascript/MouseOverListener.js
+jalview/javascript/MouseOverStructureListener.js
+jalview/javascript/json/JSON.js
+jalview/javascript/web/Client.js
+jalview/javascript/web/ClientResponse.js
+jalview/javascript/web/WebResource.js
+jalview/jbgui/FilterOption.js
+jalview/jbgui/GAlignFrame.js
+jalview/jbgui/GAlignmentPanel.js
+jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.js
+jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.js
+jalview/jbgui/GDesktop.js
+jalview/jbgui/GFinder.js
+jalview/jbgui/GFontChooser.js
+jalview/jbgui/GPCAPanel.js
+jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.js
+jalview/jbgui/GPreferences.js
+jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.js
+jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.js
+jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.js
+jalview/jbgui/GSequenceLink.js
+jalview/jbgui/GSliderPanel.js
+jalview/jbgui/GSplitFrame.js
+jalview/jbgui/GStructureChooser.js
+jalview/jbgui/GStructureViewer.js
+jalview/jbgui/GTreePanel.js
+jalview/jbgui/GUserDefinedColours.js
+jalview/jbgui/GWebserviceInfo.js
+jalview/jbgui/GWsPreferences.js
+jalview/json/binding/biojs/BioJSReleasePojo.js
+jalview/json/binding/biojs/BioJSRepositoryPojo.js
+jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentAnnotationPojo.js
+jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentPojo.js
+jalview/json/binding/biojson/v1/AnnotationDisplaySettingPojo.js
+jalview/json/binding/biojson/v1/AnnotationPojo.js
+jalview/json/binding/biojson/v1/ColourSchemeMapper.js
+jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceFeaturesPojo.js
+jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceGrpPojo.js
+jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.js
+jalview/log/JLogger.js
+jalview/log/JLoggerI.js
+jalview/log/JLoggerLog4j.js
+jalview/log/JalviewAppender.js
+jalview/math/AlignmentDimension.js
+jalview/math/Matrix.js
+jalview/math/MatrixI.js
+jalview/math/RotatableMatrix.js
+jalview/math/SparseMatrix.js
+jalview/project/Jalview2XML.js
+jalview/renderer/AnnotationRenderer.js
+jalview/renderer/AnnotationRendererFactory.js
+jalview/renderer/AwtRenderPanelI.js
+jalview/renderer/ContactGeometry.js
+jalview/renderer/ContactMapRenderer.js
+jalview/renderer/OverviewRenderer.js
+jalview/renderer/OverviewResColourFinder.js
+jalview/renderer/ResidueColourFinder.js
+jalview/renderer/ResidueShader.js
+jalview/renderer/ResidueShaderI.js
+jalview/renderer/ScaleRenderer.js
+jalview/renderer/api/AnnotationRendererFactoryI.js
+jalview/renderer/api/AnnotationRowRendererI.js
+jalview/renderer/seqfeatures/FeatureColourFinder.js
+jalview/renderer/seqfeatures/FeatureRenderer.js
+jalview/rest/RestHandler.js
+jalview/schemes/AnnotationColourGradient.js
+jalview/schemes/BlossomColourScheme.js
+jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.js
+jalview/schemes/BuriedColourScheme.js
+jalview/schemes/ClustalxColourScheme.js
+jalview/schemes/ColourSchemeI.js
+jalview/schemes/ColourSchemeLoader.js
+jalview/schemes/ColourSchemeProperty.js
+jalview/schemes/ColourSchemes.js
+jalview/schemes/Consensus.js
+jalview/schemes/CovariationColourScheme.js
+jalview/schemes/FeatureColour.js
+jalview/schemes/FeatureSettingsAdapter.js
+jalview/schemes/FlowerColourScheme.js
+jalview/schemes/FollowerColourScheme.js
+jalview/schemes/HelixColourScheme.js
+jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.js
+jalview/schemes/IdColourScheme.js
+jalview/schemes/JalviewColourScheme.js
+jalview/schemes/NucleotideAmbiguityColourScheme.js
+jalview/schemes/NucleotideColourScheme.js
+jalview/schemes/OceanColourScheme.js
+jalview/schemes/PIDColourScheme.js
+jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.js
+jalview/schemes/RNAHelicesColour.js
+jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.js
+jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.js
+jalview/schemes/ResidueColourScheme.js
+jalview/schemes/ResidueProperties.js
+jalview/schemes/ScoreColourScheme.js
+jalview/schemes/StrandColourScheme.js
+jalview/schemes/SunsetColourScheme.js
+jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.js
+jalview/schemes/TaylorColourScheme.js
+jalview/schemes/TurnColourScheme.js
+jalview/schemes/UserColourScheme.js
+jalview/schemes/ZappoColourScheme.js
+jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.js
+jalview/structure/AtomSpec.js
+jalview/structure/AtomSpecModel.js
+jalview/structure/CommandListener.js
+jalview/structure/SecondaryStructureListener.js
+jalview/structure/SelectionListener.js
+jalview/structure/SelectionSource.js
+jalview/structure/SequenceListener.js
+jalview/structure/StructureCommand.js
+jalview/structure/StructureCommandI.js
+jalview/structure/StructureCommandsBase.js
+jalview/structure/StructureCommandsI.js
+jalview/structure/StructureImportSettings.js
+jalview/structure/StructureListener.js
+jalview/structure/StructureMapping.js
+jalview/structure/StructureMappingcommandSet.js
+jalview/structure/StructureSelectionManager.js
+jalview/structure/VamsasListener.js
+jalview/structure/VamsasSource.js
+jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.js
+jalview/structures/models/SequenceStructureBindingModel.js
+jalview/urls/CustomUrlProvider.js
+jalview/urls/IdOrgSettings.js
+jalview/urls/IdentifiersUrlProvider.js
+jalview/urls/UrlLinkDisplay.js
+jalview/urls/UrlLinkTableModel.js
+jalview/urls/UrlProvider.js
+jalview/urls/UrlProviderImpl.js
+jalview/urls/api/UrlProviderFactoryI.js
+jalview/urls/api/UrlProviderI.js
+jalview/urls/applet/AppletUrlProviderFactory.js
+jalview/urls/desktop/DesktopUrlProviderFactory.js
+jalview/util/AWTConsole.js
+jalview/util/ArrayUtils.js
+jalview/util/BrowserLauncher.js
+jalview/util/CaseInsensitiveString.js
+jalview/util/ChannelProperties.js
+jalview/util/ColorUtils.js
+jalview/util/Comparison.js
+jalview/util/DBRefUtils.js
+jalview/util/DnaUtils.js
+jalview/util/FileUtils.js
+jalview/util/Format.js
+jalview/util/GroupUrlLink.js
+jalview/util/HttpUtils.js
+jalview/util/IdUtils.js
+jalview/util/ImageMaker.js
+jalview/util/IntRangeComparator.js
+jalview/util/JSONUtils.js
+jalview/util/LaunchUtils.js
+jalview/util/LinkedIdentityHashSet.js
+jalview/util/Log4j.js
+jalview/util/MapList.js
+jalview/util/MapUtils.js
+jalview/util/MappingUtils.js
+jalview/util/MathUtils.js
+jalview/util/MessageManager.js
+jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.js
+jalview/util/Platform.js
+jalview/util/QuickSort.js
+jalview/util/ReverseListIterator.js
+jalview/util/SetUtils.js
+jalview/util/ShiftList.js
+jalview/util/ShortcutKeyMaskExWrapper.js
+jalview/util/ShortcutKeyMaskExWrapper11.js
+jalview/util/ShortcutKeyMaskExWrapper8.js
+jalview/util/ShortcutKeyMaskExWrapperI.js
+jalview/util/SparseCount.js
+jalview/util/StringUtils.js
+jalview/util/TableSorter.js
+jalview/util/UrlConstants.js
+jalview/util/UrlLink.js
+jalview/util/dialogrunner/DialogRunnerI.js
+jalview/util/imagemaker/BitmapImageSizing.js
+jalview/util/jarInputStreamProvider.js
+jalview/util/matcher/Condition.js
+jalview/util/matcher/Matcher.js
+jalview/util/matcher/MatcherI.js
+jalview/viewmodel/AlignmentViewport.js
+jalview/viewmodel/OverviewDimensions.js
+jalview/viewmodel/OverviewDimensionsHideHidden.js
+jalview/viewmodel/OverviewDimensionsShowHidden.js
+jalview/viewmodel/PCAModel.js
+jalview/viewmodel/ViewportListenerI.js
+jalview/viewmodel/ViewportProperties.js
+jalview/viewmodel/ViewportRanges.js
+jalview/viewmodel/annotationfilter/AnnotationFilterParameter.js
+jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.js
+jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererSettings.js
+jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureSettingsModel.js
+jalview/viewmodel/seqfeatures/FeaturesDisplayed.js
+jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.js
+jalview/workers/AlignCalcManager.js
+jalview/workers/AlignCalcWorker.js
+jalview/workers/AlignmentAnnotationFactory.js
+jalview/workers/AnnotationProviderI.js
+jalview/workers/AnnotationWorker.js
+jalview/workers/ColumnCounterSetWorker.js
+jalview/workers/ComplementConsensusThread.js
+jalview/workers/ConsensusThread.js
+jalview/workers/ConservationThread.js
+jalview/workers/FeatureSetCounterI.js
+jalview/workers/StrucConsensusThread.js
+jalview/ws/AWSThread.js
+jalview/ws/AWsJob.js
+jalview/ws/DBRefFetcher.js
+jalview/ws/HttpClientUtils.js
+jalview/ws/JobStateSummary.js
+jalview/ws/SequenceFetcher.js
+jalview/ws/SequenceFetcherFactory.js
+jalview/ws/WSClient.js
+jalview/ws/WSClientI.js
+jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.js
+jalview/ws/datamodel/MappableContactMatrixI.js
+jalview/ws/datamodel/alphafold/MappableContactMatrix.js
+jalview/ws/datamodel/alphafold/PAEContactMatrix.js
+jalview/ws/dbsources/EBIAlfaFold.js
+jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.js
+jalview/ws/dbsources/EmblCdsSource.js
+jalview/ws/dbsources/EmblFlatfileSource.js
+jalview/ws/dbsources/EmblSource.js
+jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.js
+jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.js
+jalview/ws/dbsources/Pdb.js
+jalview/ws/dbsources/Pfam.js
+jalview/ws/dbsources/PfamFull.js
+jalview/ws/dbsources/PfamSeed.js
+jalview/ws/dbsources/Rfam.js
+jalview/ws/dbsources/RfamFull.js
+jalview/ws/dbsources/RfamSeed.js
+jalview/ws/dbsources/TDBeacons.js
+jalview/ws/dbsources/Uniprot.js
+jalview/ws/dbsources/UniprotName.js
+jalview/ws/dbsources/Xfam.js
+jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.js
+jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.js
+jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.js
+jalview/ws/io/mime/MimeTypes.js
+jalview/ws/jws1/Annotate3D.js
+jalview/ws/jws1/Discoverer.js
+jalview/ws/jws1/JPredClient.js
+jalview/ws/jws1/JPredThread.js
+jalview/ws/jws1/JWS1Thread.js
+jalview/ws/jws1/MsaWSClient.js
+jalview/ws/jws1/MsaWSThread.js
+jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.js
+jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.js
+jalview/ws/jws1/WS1Client.js
+jalview/ws/jws1/WSJob.js
+jalview/ws/jws2/AAConClient.js
+jalview/ws/jws2/AADisorderClient.js
+jalview/ws/jws2/AWS2Thread.js
+jalview/ws/jws2/AbstractJabaCalcWorker.js
+jalview/ws/jws2/JWs2Job.js
+jalview/ws/jws2/JabaParamStore.js
+jalview/ws/jws2/JabaPreset.js
+jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.js
+jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.js
+jalview/ws/jws2/JabawsMsaInterfaceAlignCalcWorker.js
+jalview/ws/jws2/Jws2Client.js
+jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.js
+jalview/ws/jws2/MsaWSClient.js
+jalview/ws/jws2/MsaWSThread.js
+jalview/ws/jws2/ParameterUtils.js
+jalview/ws/jws2/RNAalifoldClient.js
+jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.js
+jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.js
+jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.js
+jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.js
+jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.js
+jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.js
+jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.js
+jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.js
+jalview/ws/params/ArgumentI.js
+jalview/ws/params/AutoCalcSetting.js
+jalview/ws/params/InvalidArgumentException.js
+jalview/ws/params/OptionI.js
+jalview/ws/params/ParamDatastoreI.js
+jalview/ws/params/ParamManager.js
+jalview/ws/params/ParameterI.js
+jalview/ws/params/ValueConstrainI.js
+jalview/ws/params/WsParamSetI.js
+jalview/ws/params/simple/BooleanOption.js
+jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.js
+jalview/ws/params/simple/Option.js
+jalview/ws/params/simple/Parameter.js
+jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.js
+jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.js
+jalview/ws/rest/HttpResultSet.js
+jalview/ws/rest/InputType.js
+jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.js
+jalview/ws/rest/RestClient.js
+jalview/ws/rest/RestJob.js
+jalview/ws/rest/RestJobThread.js
+jalview/ws/rest/RestServiceDescription.js
+jalview/ws/rest/params/Alignment.js
+jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.js
+jalview/ws/rest/params/JobConstant.js
+jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.js
+jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.js
+jalview/ws/rest/params/SeqVector.js
+jalview/ws/rest/params/Tree.js
+jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.js
+jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.js
+jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.js
+jalview/ws/sifts/MappingOutputPojo.js
+jalview/ws/sifts/SiftsClient.js
+jalview/ws/sifts/SiftsException.js
+jalview/ws/sifts/SiftsSettings.js
+jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.js
+jalview/ws/utils/UrlDownloadClient.js
+jalview/xml/binding/embl/EntrySetType.js
+jalview/xml/binding/embl/EntryType.js
+jalview/xml/binding/embl/ObjectFactory.js
+jalview/xml/binding/embl/ROOT.js
+jalview/xml/binding/embl/XrefType.js
+jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.js
+jalview/xml/binding/jalview/Annotation.js
+jalview/xml/binding/jalview/AnnotationColourScheme.js
+jalview/xml/binding/jalview/AnnotationElement.js
+jalview/xml/binding/jalview/DoubleMatrix.js
+jalview/xml/binding/jalview/DoubleVector.js
+jalview/xml/binding/jalview/Feature.js
+jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcher.js
+jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcherSet.js
+jalview/xml/binding/jalview/FilterBy.js
+jalview/xml/binding/jalview/JalviewModel.js
+jalview/xml/binding/jalview/JalviewUserColours.js
+jalview/xml/binding/jalview/MapListType.js
+jalview/xml/binding/jalview/MapOnAMatrixType.js
+jalview/xml/binding/jalview/Mapping.js
+jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.js
+jalview/xml/binding/jalview/NoValueColour.js
+jalview/xml/binding/jalview/ObjectFactory.js
+jalview/xml/binding/jalview/PcaDataType.js
+jalview/xml/binding/jalview/Pdbentry.js
+jalview/xml/binding/jalview/Property.js
+jalview/xml/binding/jalview/Sequence.js
+jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.js
+jalview/xml/binding/jalview/SequenceType.js
+jalview/xml/binding/jalview/ThresholdType.js
+jalview/xml/binding/jalview/VAMSAS.js
+jalview/xml/binding/jalview/WebServiceParameterSet.js
+jalview/xml/binding/jalview/package-info.js
+jalview/xml/binding/sifts/Alignment.js
+jalview/xml/binding/sifts/EntityType.js
+jalview/xml/binding/sifts/Entry.js
+jalview/xml/binding/sifts/ObjectFactory.js
+jalview/xml/binding/sifts/package-info.js
+jalview/xml/binding/uniprot/CitationType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/CofactorType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/CommentType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/ConsortiumType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/DbReferenceType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/Entry.js
+jalview/xml/binding/uniprot/EventType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/EvidenceType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/EvidencedStringType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/FeatureType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/GeneLocationType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/GeneNameType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/GeneType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/ImportedFromType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/InteractantType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/IsoformType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/KeywordType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/LocationType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/MoleculeType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/NameListType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/ObjectFactory.js
+jalview/xml/binding/uniprot/OrganismNameType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/OrganismType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/PersonType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/PhysiologicalReactionType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/PositionType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/PropertyType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/ProteinExistenceType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/ProteinType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/ReactionType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/ReferenceType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/SequenceType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/SourceDataType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/SourceType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/StatusType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/SubcellularLocationType.js
+jalview/xml/binding/uniprot/Uniprot.js
+jalview/xml/binding/uniprot/package-info.js
 java/applet/AppletContext.js
 java/applet/AppletStub.js
 java/applet/JSApplet.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
 java/awt/AWTEvent.js
 java/awt/AWTEventMulticaster.js
 java/awt/AWTKeyStroke.js
+java/awt/ActiveEvent.js
+java/awt/Adjustable.js
+java/awt/AlphaComposite.js
 java/awt/BasicStroke.js
 java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Button.js
+java/awt/CardLayout.js
 java/awt/Color.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
 java/awt/Component.js
 java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
+java/awt/Composite.js
 java/awt/Container.js
+java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
 java/awt/Cursor.js
 java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
 java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
 java/awt/Dimension.js
+java/awt/EventDispatchThread.js
+java/awt/EventFilter.js
+java/awt/EventQueue.js
+java/awt/EventQueueItem.js
+java/awt/FlowLayout.js
+java/awt/FocusTraversalPolicy.js
+java/awt/Font.js
+java/awt/FontMetrics.js
+java/awt/Graphics.js
+java/awt/Graphics2D.js
+java/awt/GraphicsCallback.js
+java/awt/GraphicsConfiguration.js
+java/awt/GraphicsDevice.js
+java/awt/GraphicsEnvironment.js
+java/awt/GridBagConstraints.js
+java/awt/GridBagLayout.js
+java/awt/GridBagLayoutInfo.js
+java/awt/GridLayout.js
+java/awt/Image.js
+java/awt/Insets.js
+java/awt/ItemSelectable.js
+java/awt/JSComponent.js
+java/awt/JSDialog.js
+java/awt/JSFrame.js
+java/awt/JSPanel.js
+java/awt/KeyEventDispatcher.js
+java/awt/KeyEventPostProcessor.js
+java/awt/KeyboardFocusManager.js
+java/awt/LayoutManager.js
+java/awt/LayoutManager2.js
+java/awt/LightweightDispatcher.js
+java/awt/Paint.js
+java/awt/Point.js
+java/awt/Queue.js
+java/awt/Rectangle.js
+java/awt/RenderingHints.js
+java/awt/SentEvent.js
+java/awt/Shape.js
+java/awt/Stroke.js
+java/awt/Taskbar.js
+java/awt/TextComponent.js
+java/awt/Toolkit.js
+java/awt/Transparency.js
+java/awt/VKCollection.js
+java/awt/Window.js
+java/awt/color/ColorSpace.js
+java/awt/datatransfer/ClipboardOwner.js
+java/awt/datatransfer/FlavorMap.js
+java/awt/datatransfer/FlavorTable.js
+java/awt/datatransfer/SystemFlavorMap.js
+java/awt/dnd/DropTarget.js
+java/awt/dnd/DropTargetContext.js
+java/awt/dnd/DropTargetListener.js
 java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
+java/awt/event/AWTEventListener.js
+java/awt/event/ActionEvent.js
 java/awt/event/ActionListener.js
 java/awt/event/AdjustmentEvent.js
 java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
 java/awt/event/ComponentAdapter.js
 java/awt/event/ComponentEvent.js
 java/awt/event/ComponentListener.js
+java/awt/event/ContainerEvent.js
 java/awt/event/ContainerListener.js
+java/awt/event/FocusAdapter.js
 java/awt/event/FocusEvent.js
 java/awt/event/FocusListener.js
 java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
@@ -39,10 +1118,15 @@ java/awt/event/InputMethodListener.js
 java/awt/event/InvocationEvent.js
 java/awt/event/ItemEvent.js
 java/awt/event/ItemListener.js
+java/awt/event/KeyAdapter.js
+java/awt/event/KeyEvent.js
 java/awt/event/KeyListener.js
+java/awt/event/MouseAdapter.js
 java/awt/event/MouseEvent.js
 java/awt/event/MouseListener.js
+java/awt/event/MouseMotionAdapter.js
 java/awt/event/MouseMotionListener.js
+java/awt/event/MouseWheelEvent.js
 java/awt/event/MouseWheelListener.js
 java/awt/event/TextListener.js
 java/awt/event/WindowAdapter.js
@@ -50,131 +1134,252 @@ java/awt/event/WindowEvent.js
 java/awt/event/WindowFocusListener.js
 java/awt/event/WindowListener.js
 java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
 java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/Frame.js
+java/awt/font/TextAttribute.js
 java/awt/geom/AffineTransform.js
 java/awt/geom/Dimension2D.js
 java/awt/geom/Path2D.js
 java/awt/geom/PathIterator.js
 java/awt/geom/Point2D.js
+java/awt/geom/RectIterator.js
 java/awt/geom/Rectangle2D.js
 java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
+java/awt/image/BufferedImage.js
+java/awt/image/ColorModel.js
+java/awt/image/DataBuffer.js
+java/awt/image/DataBufferInt.js
+java/awt/image/DirectColorModel.js
+java/awt/image/ImageConsumer.js
 java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/Label.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Panel.js
+java/awt/image/PackedColorModel.js
+java/awt/image/Raster.js
+java/awt/image/RenderedImage.js
+java/awt/image/SampleModel.js
+java/awt/image/SinglePixelPackedSampleModel.js
+java/awt/image/WritableRaster.js
 java/awt/peer/ComponentPeer.js
 java/awt/peer/ContainerPeer.js
 java/awt/peer/FramePeer.js
 java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
 java/awt/peer/LightweightPeer.js
 java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/Scrollbar.js
-java/awt/ScrollPane.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/TextArea.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/TextField.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/Window.js
+java/awt/print/Printable.js
 java/beans/ChangeListenerMap.js
 java/beans/PropertyChangeEvent.js
 java/beans/PropertyChangeListener.js
 java/beans/PropertyChangeSupport.js
+java/io/BufferedInputStream.js
+java/io/BufferedWriter.js
+java/io/DataInput.js
+java/io/DataInputStream.js
+java/io/File.js
+java/io/FileOutputStream.js
+java/io/FileReader.js
+java/io/FileSystem.js
+java/io/FilenameFilter.js
+java/io/FilterInputStream.js
+java/io/FilterOutputStream.js
+java/io/InputStream.js
+java/io/InputStreamReader.js
+java/io/ObjectStreamField.js
+java/io/OutputStreamWriter.js
+java/io/PrintStream.js
+java/io/StringWriter.js
+java/io/Writer.js
 java/lang/AbstractStringBuilder.js
+java/lang/ApplicationShutdownHooks.js
 java/lang/Class.js
 java/lang/Enum.js
 java/lang/Iterable.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
+java/lang/Runtime.js
+java/lang/Shutdown.js
 java/lang/StringBuffer.js
 java/lang/StringBuilder.js
 java/lang/Thread.js
 java/lang/ThreadGroup.js
-java/math/RoundingMode.js
+java/lang/ThreadLocal.js
+java/lang/ref/ReferenceQueue.js
+java/lang/reflect/AccessibleObject.js
+java/lang/reflect/AnnotatedElement.js
+java/lang/reflect/Constructor.js
+java/lang/reflect/Method.js
+java/math/BigDecimal.js
+java/math/BigInteger.js
+java/math/MathContext.js
+java/net/ContentHandler.js
+java/net/HttpURLConnection.js
+java/net/URI.js
 java/net/URL.js
+java/net/URLConnection.js
+java/net/URLEncoder.js
+java/net/URLStreamHandler.js
 java/net/URLStreamHandlerFactory.js
+java/net/UnknownHostException.js
+java/nio/file/FileSystem.js
+java/nio/file/FileSystems.js
+java/nio/file/Path.js
+java/nio/file/Watchable.js
+java/nio/file/spi/FileSystemProvider.js
+java/security/AccessController.js
+java/security/PrivilegedAction.js
+java/security/PrivilegedExceptionAction.js
 java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/NumberFormat.js
+java/text/DateFormat.js
+java/text/DateFormatSymbols.js
+java/text/MessageFormat.js
+java/text/SimpleDateFormat.js
+java/text/spi/BreakIteratorProvider.js
+java/text/spi/CollatorProvider.js
+java/text/spi/DateFormatProvider.js
+java/text/spi/DateFormatSymbolsProvider.js
+java/text/spi/DecimalFormatSymbolsProvider.js
+java/text/spi/NumberFormatProvider.js
 java/util/AbstractCollection.js
 java/util/AbstractList.js
 java/util/AbstractMap.js
+java/util/AbstractQueue.js
 java/util/AbstractSequentialList.js
 java/util/AbstractSet.js
+java/util/ArrayDeque.js
 java/util/ArrayList.js
 java/util/Arrays.js
+java/util/BitSet.js
+java/util/Calendar.js
 java/util/Collection.js
 java/util/Collections.js
 java/util/Comparator.js
 java/util/Deque.js
 java/util/Dictionary.js
+java/util/EnumMap.js
+java/util/EnumSet.js
 java/util/Enumeration.js
 java/util/EventListener.js
 java/util/EventObject.js
+java/util/Formatter.js
+java/util/GregorianCalendar.js
 java/util/HashMap.js
 java/util/HashSet.js
 java/util/Hashtable.js
 java/util/IdentityHashMap.js
 java/util/Iterator.js
+java/util/JumboEnumSet.js
 java/util/LinkedHashMap.js
+java/util/LinkedHashSet.js
 java/util/LinkedList.js
 java/util/List.js
-java/util/ListResourceBundle.js
+java/util/ListIterator.js
 java/util/Locale.js
 java/util/Map.js
+java/util/NavigableMap.js
+java/util/NavigableSet.js
 java/util/Objects.js
+java/util/Properties.js
+java/util/PropertyResourceBundle.js
 java/util/Queue.js
 java/util/Random.js
 java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
+java/util/RegularEnumSet.js
+java/util/ServiceLoader.js
 java/util/Set.js
+java/util/SortedMap.js
+java/util/SortedSet.js
+java/util/Spliterator.js
+java/util/StringTokenizer.js
 java/util/TimSort.js
+java/util/TimeZone.js
+java/util/TreeMap.js
+java/util/TreeSet.js
 java/util/Vector.js
-javajs/api/JSFunction.js
+java/util/WeakHashMap.js
+java/util/concurrent/AbstractExecutorService.js
+java/util/concurrent/BlockingQueue.js
+java/util/concurrent/Callable.js
+java/util/concurrent/Executor.js
+java/util/concurrent/ExecutorService.js
+java/util/concurrent/Executors.js
+java/util/concurrent/Future.js
+java/util/concurrent/FutureTask.js
+java/util/concurrent/LinkedBlockingQueue.js
+java/util/concurrent/RejectedExecutionHandler.js
+java/util/concurrent/RunnableFuture.js
+java/util/concurrent/Semaphore.js
+java/util/concurrent/ThreadFactory.js
+java/util/concurrent/ThreadPoolExecutor.js
+java/util/concurrent/TimeUnit.js
+java/util/concurrent/locks/AbstractOwnableSynchronizer.js
+java/util/concurrent/locks/AbstractQueuedSynchronizer.js
+java/util/concurrent/locks/Condition.js
+java/util/concurrent/locks/Lock.js
+java/util/concurrent/locks/ReadWriteLock.js
+java/util/concurrent/locks/ReentrantLock.js
+java/util/concurrent/locks/ReentrantReadWriteLock.js
+java/util/function/BiConsumer.js
+java/util/function/BiFunction.js
+java/util/function/BinaryOperator.js
+java/util/function/Consumer.js
+java/util/function/Function.js
+java/util/function/Supplier.js
+java/util/jar/JarEntry.js
+java/util/jar/JarInputStream.js
+java/util/regex/Pattern.js
+java/util/spi/CalendarDataProvider.js
+java/util/spi/CurrencyNameProvider.js
+java/util/spi/LocaleNameProvider.js
+java/util/spi/TimeZoneNameProvider.js
+java/util/stream/AbstractPipeline.js
+java/util/stream/BaseStream.js
+java/util/stream/Collector.js
+java/util/stream/Collectors.js
+java/util/stream/PipelineHelper.js
+java/util/stream/ReduceOps.js
+java/util/stream/ReferencePipeline.js
+java/util/stream/Sink.js
+java/util/stream/Stream.js
+java/util/stream/StreamOpFlag.js
+java/util/stream/StreamShape.js
+java/util/stream/StreamSupport.js
+java/util/stream/TerminalOp.js
+java/util/stream/TerminalSink.js
+java/util/zip/CRC32.js
+java/util/zip/Inflater.js
+java/util/zip/InflaterInputStream.js
+java/util/zip/ZipConstants.js
+java/util/zip/ZipEntry.js
+java/util/zip/ZipInputStream.js
+javajs/api/BytePoster.js
+javajs/api/GenericLineReader.js
+javajs/api/GenericOutputChannel.js
+javajs/api/JSONEncodable.js
+javajs/async/SwingJSUtils.js
+javajs/util/A4d.js
 javajs/util/AjaxURLConnection.js
+javajs/util/AjaxURLStreamHandler.js
 javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/AU.js
+javajs/util/BS.js
+javajs/util/Base64.js
+javajs/util/CU.js
+javajs/util/DF.js
+javajs/util/Encoding.js
 javajs/util/JSThread.js
+javajs/util/LimitedLineReader.js
 javajs/util/Lst.js
+javajs/util/M3.js
+javajs/util/M34.js
+javajs/util/M34d.js
+javajs/util/M3d.js
+javajs/util/M4d.js
+javajs/util/OC.js
+javajs/util/P3d.js
+javajs/util/P3i.js
+javajs/util/P4d.js
 javajs/util/PT.js
+javajs/util/Rdr.js
 javajs/util/SB.js
-javax/net/ssl/HttpsUrlConnection.js
+javajs/util/T3d.js
+javajs/util/T3i.js
+javajs/util/T4d.js
+javajs/util/V3d.js
+javax/net/ssl/HttpsURLConnection.js
 javax/swing/AbstractAction.js
 javax/swing/AbstractButton.js
 javax/swing/AbstractListModel.js
@@ -182,98 +1387,171 @@ javax/swing/Action.js
 javax/swing/ActionMap.js
 javax/swing/AncestorNotifier.js
 javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
+javax/swing/Autoscroller.js
 javax/swing/BorderFactory.js
 javax/swing/BoundedRangeModel.js
 javax/swing/BoxLayout.js
 javax/swing/ButtonGroup.js
 javax/swing/ButtonModel.js
+javax/swing/CellRendererPane.js
 javax/swing/ClientPropertyKey.js
+javax/swing/ComboBoxEditor.js
 javax/swing/ComboBoxModel.js
+javax/swing/ComponentInputMap.js
 javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
 javax/swing/DefaultButtonModel.js
 javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
+javax/swing/DefaultDesktopManager.js
+javax/swing/DefaultListCellRenderer.js
+javax/swing/DefaultListSelectionModel.js
+javax/swing/DefaultRowSorter.js
 javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
+javax/swing/DesktopManager.js
 javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
 javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
+javax/swing/Icon.js
+javax/swing/ImageIcon.js
 javax/swing/InputMap.js
+javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
 javax/swing/JApplet.js
 javax/swing/JButton.js
 javax/swing/JCheckBox.js
 javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
 javax/swing/JComboBox.js
 javax/swing/JComponent.js
+javax/swing/JDesktopPane.js
+javax/swing/JDialog.js
+javax/swing/JFileChooser.js
 javax/swing/JFrame.js
+javax/swing/JInternalFrame.js
 javax/swing/JLabel.js
 javax/swing/JLayeredPane.js
+javax/swing/JList.js
 javax/swing/JMenu.js
 javax/swing/JMenuBar.js
 javax/swing/JMenuItem.js
+javax/swing/JOptionPane.js
 javax/swing/JPanel.js
 javax/swing/JPopupMenu.js
+javax/swing/JProgressBar.js
 javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
 javax/swing/JRootPane.js
 javax/swing/JScrollBar.js
 javax/swing/JScrollPane.js
 javax/swing/JSeparator.js
+javax/swing/JTabbedPane.js
+javax/swing/JTable.js
 javax/swing/JTextArea.js
 javax/swing/JTextField.js
 javax/swing/JToggleButton.js
+javax/swing/JToolTip.js
 javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
+javax/swing/JWindow.js
 javax/swing/KeyStroke.js
+javax/swing/KeyboardManager.js
+javax/swing/LayoutComparator.js
+javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
+javax/swing/ListCellRenderer.js
 javax/swing/ListModel.js
+javax/swing/ListSelectionModel.js
 javax/swing/LookAndFeel.js
 javax/swing/MenuElement.js
+javax/swing/MenuSelectionManager.js
 javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
+javax/swing/Popup.js
+javax/swing/PopupFactory.js
 javax/swing/RepaintManager.js
 javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/Scrollable.js
+javax/swing/RowSorter.js
 javax/swing/ScrollPaneConstants.js
 javax/swing/ScrollPaneLayout.js
+javax/swing/Scrollable.js
 javax/swing/SingleSelectionModel.js
 javax/swing/SizeRequirements.js
+javax/swing/SortOrder.js
+javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
+javax/swing/Spring.js
+javax/swing/SpringLayout.js
 javax/swing/SwingConstants.js
+javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
+javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
 javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
 javax/swing/SwingUtilities.js
+javax/swing/Timer.js
+javax/swing/ToolTipManager.js
+javax/swing/TransferHandler.js
+javax/swing/UIDefaults.js
+javax/swing/UIManager.js
+javax/swing/ViewportLayout.js
+javax/swing/WindowConstants.js
+javax/swing/border/AbstractBorder.js
+javax/swing/border/BevelBorder.js
+javax/swing/border/Border.js
+javax/swing/border/CompoundBorder.js
+javax/swing/border/EmptyBorder.js
+javax/swing/border/EtchedBorder.js
+javax/swing/border/LineBorder.js
+javax/swing/border/TitledBorder.js
+javax/swing/event/AncestorEvent.js
+javax/swing/event/AncestorListener.js
+javax/swing/event/CaretEvent.js
+javax/swing/event/CaretListener.js
+javax/swing/event/CellEditorListener.js
+javax/swing/event/ChangeEvent.js
+javax/swing/event/ChangeListener.js
+javax/swing/event/DocumentEvent.js
+javax/swing/event/DocumentListener.js
+javax/swing/event/EventListenerList.js
+javax/swing/event/HyperlinkListener.js
+javax/swing/event/InternalFrameAdapter.js
+javax/swing/event/InternalFrameEvent.js
+javax/swing/event/InternalFrameListener.js
+javax/swing/event/ListDataEvent.js
+javax/swing/event/ListDataListener.js
+javax/swing/event/ListSelectionEvent.js
+javax/swing/event/ListSelectionListener.js
+javax/swing/event/MenuEvent.js
+javax/swing/event/MenuKeyListener.js
+javax/swing/event/MenuListener.js
+javax/swing/event/MouseInputListener.js
+javax/swing/event/RowSorterEvent.js
+javax/swing/event/RowSorterListener.js
+javax/swing/event/SwingPropertyChangeSupport.js
+javax/swing/event/TableColumnModelEvent.js
+javax/swing/event/TableColumnModelListener.js
+javax/swing/event/TableModelEvent.js
+javax/swing/event/TableModelListener.js
+javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
+javax/swing/event/UndoableEditListener.js
+javax/swing/filechooser/FileFilter.js
+javax/swing/filechooser/FileView.js
+javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
+javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
+javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
+javax/swing/plaf/ComponentInputMapUIResource.js
+javax/swing/plaf/ComponentUI.js
+javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
+javax/swing/plaf/FontUIResource.js
+javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
+javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
+javax/swing/plaf/UIResource.js
+javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
+javax/swing/plaf/basic/BasicGraphicsUtils.js
+javax/swing/table/AbstractTableModel.js
+javax/swing/table/DefaultTableCellRenderer.js
+javax/swing/table/DefaultTableColumnModel.js
+javax/swing/table/DefaultTableModel.js
+javax/swing/table/JTableHeader.js
+javax/swing/table/TableCellRenderer.js
+javax/swing/table/TableColumn.js
+javax/swing/table/TableColumnModel.js
+javax/swing/table/TableModel.js
+javax/swing/table/TableRowSorter.js
 javax/swing/text/AbstractDocument.js
 javax/swing/text/AttributeSet.js
+javax/swing/text/BoxView.js
 javax/swing/text/Caret.js
+javax/swing/text/CompositeView.js
 javax/swing/text/DefaultCaret.js
 javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
 javax/swing/text/Document.js
@@ -296,65 +1574,407 @@ javax/swing/text/TabExpander.js
 javax/swing/text/TextAction.js
 javax/swing/text/Utilities.js
 javax/swing/text/View.js
+javax/swing/text/WrappedPlainView.js
 javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
 javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
 javax/swing/undo/CompoundEdit.js
 javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-sun/awt/AppContext.js
+javax/xml/bind/ContextFinder.js
+javax/xml/bind/GetPropertyAction.js
+javax/xml/bind/JAXBContext.js
+javax/xml/bind/JAXBContextFactory.js
+javax/xml/bind/JAXBElement.js
+javax/xml/bind/ModuleUtil.js
+javax/xml/bind/ServiceLoaderUtil.js
+javax/xml/bind/Unmarshaller.js
+javax/xml/bind/ValidationEventHandler.js
+javax/xml/bind/annotation/adapters/CollapsedStringAdapter.js
+javax/xml/bind/annotation/adapters/XmlAdapter.js
+javax/xml/bind/helpers/AbstractUnmarshallerImpl.js
+javax/xml/bind/helpers/DefaultValidationEventHandler.js
+javax/xml/datatype/XMLGregorianCalendar.js
+javax/xml/namespace/QName.js
+javax/xml/stream/XMLInputFactory.js
+javax/xml/stream/XMLStreamConstants.js
+javax/xml/stream/XMLStreamReader.js
+mc_view/AppletPDBCanvas.js
+mc_view/AppletPDBViewer.js
+mc_view/Atom.js
+mc_view/Bond.js
+mc_view/MCMatrix.js
+mc_view/PDBCanvas.js
+mc_view/PDBChain.js
+mc_view/PDBfile.js
+mc_view/Residue.js
+mc_view/Zsort.js
+net/miginfocom/layout/AC.js
+net/miginfocom/layout/AnimSpec.js
+net/miginfocom/layout/BoundSize.js
+net/miginfocom/layout/CC.js
+net/miginfocom/layout/ComponentWrapper.js
+net/miginfocom/layout/ConstraintParser.js
+net/miginfocom/layout/ContainerWrapper.js
+net/miginfocom/layout/DimConstraint.js
+net/miginfocom/layout/Grid.js
+net/miginfocom/layout/LC.js
+net/miginfocom/layout/LayoutUtil.js
+net/miginfocom/layout/LinkHandler.js
+net/miginfocom/layout/PlatformDefaults.js
+net/miginfocom/layout/ResizeConstraint.js
+net/miginfocom/layout/UnitValue.js
+net/miginfocom/swing/MigLayout.js
+net/miginfocom/swing/SwingComponentWrapper.js
+net/miginfocom/swing/SwingContainerWrapper.js
+org/apache/xerces/jaxp/datatype/XMLGregorianCalendarImpl.js
+org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.js
+org/jibble/epsgraphics/EpsException.js
+org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.js
+org/jmol/adapter/readers/pdb/PdbReader.js
+org/jmol/adapter/smarter/Atom.js
+org/jmol/adapter/smarter/AtomIterator.js
+org/jmol/adapter/smarter/AtomSetCollection.js
+org/jmol/adapter/smarter/AtomSetCollectionReader.js
+org/jmol/adapter/smarter/AtomSetObject.js
+org/jmol/adapter/smarter/Bond.js
+org/jmol/adapter/smarter/Resolver.js
+org/jmol/adapter/smarter/SmarterJmolAdapter.js
+org/jmol/adapter/smarter/Structure.js
+org/jmol/adapter/smarter/StructureIterator.js
+org/jmol/api/AtomIndexIterator.js
+org/jmol/api/EventManager.js
+org/jmol/api/FontManager.js
+org/jmol/api/GenericFileInterface.js
+org/jmol/api/GenericMouseInterface.js
+org/jmol/api/GenericPlatform.js
+org/jmol/api/Interface.js
+org/jmol/api/JmolAdapter.js
+org/jmol/api/JmolAdapterAtomIterator.js
+org/jmol/api/JmolAdapterStructureIterator.js
+org/jmol/api/JmolCallbackListener.js
+org/jmol/api/JmolGraphicsInterface.js
+org/jmol/api/JmolMeasurementClient.js
+org/jmol/api/JmolRendererInterface.js
+org/jmol/api/JmolRepaintManager.js
+org/jmol/api/JmolScriptEvaluator.js
+org/jmol/api/JmolScriptFunction.js
+org/jmol/api/JmolScriptManager.js
+org/jmol/api/JmolSelectionListener.js
+org/jmol/api/JmolStatusListener.js
+org/jmol/api/JmolViewer.js
+org/jmol/api/PlatformViewer.js
+org/jmol/api/SymmetryInterface.js
+org/jmol/api/Translator.js
+org/jmol/atomdata/AtomDataServer.js
+org/jmol/atomdata/RadiusData.js
+org/jmol/awt/AwtFile.js
+org/jmol/awt/AwtFont.js
+org/jmol/awt/Display.js
+org/jmol/awt/Image.js
+org/jmol/awt/Mouse.js
+org/jmol/awt/Platform.js
+org/jmol/bspt/Bspf.js
+org/jmol/bspt/Bspt.js
+org/jmol/bspt/CubeIterator.js
+org/jmol/bspt/Element.js
+org/jmol/bspt/Leaf.js
+org/jmol/bspt/Node.js
+org/jmol/c/CBK.js
+org/jmol/c/FIL.js
+org/jmol/c/PAL.js
+org/jmol/c/STER.js
+org/jmol/c/STR.js
+org/jmol/c/VDW.js
+org/jmol/dssx/Bridge.js
+org/jmol/dssx/DSSP.js
+org/jmol/g3d/CylinderRenderer.js
+org/jmol/g3d/G3DRenderer.js
+org/jmol/g3d/Graphics3D.js
+org/jmol/g3d/HermiteRenderer.js
+org/jmol/g3d/LineRenderer.js
+org/jmol/g3d/Pixelator.js
+org/jmol/g3d/Platform3D.js
+org/jmol/g3d/PrecisionRenderer.js
+org/jmol/g3d/SphereRenderer.js
+org/jmol/g3d/TextRenderer.js
+org/jmol/g3d/TextString.js
+org/jmol/g3d/TriangleRenderer.js
+org/jmol/i18n/GT.js
+org/jmol/i18n/Language.js
+org/jmol/i18n/Resource.js
+org/jmol/io/FileReader.js
+org/jmol/modelset/Atom.js
+org/jmol/modelset/AtomCollection.js
+org/jmol/modelset/AtomIteratorWithinModel.js
+org/jmol/modelset/Bond.js
+org/jmol/modelset/BondCollection.js
+org/jmol/modelset/BondIterator.js
+org/jmol/modelset/BondIteratorSelected.js
+org/jmol/modelset/Chain.js
+org/jmol/modelset/Group.js
+org/jmol/modelset/HBond.js
+org/jmol/modelset/LabelToken.js
+org/jmol/modelset/Measurement.js
+org/jmol/modelset/MeasurementData.js
+org/jmol/modelset/MeasurementPending.js
+org/jmol/modelset/Model.js
+org/jmol/modelset/ModelLoader.js
+org/jmol/modelset/ModelSet.js
+org/jmol/modelset/Orientation.js
+org/jmol/modelset/Structure.js
+org/jmol/modelset/Text.js
+org/jmol/modelset/TickInfo.js
+org/jmol/modelsetbio/AlphaMonomer.js
+org/jmol/modelsetbio/AlphaPolymer.js
+org/jmol/modelsetbio/AminoMonomer.js
+org/jmol/modelsetbio/AminoPolymer.js
+org/jmol/modelsetbio/BioModel.js
+org/jmol/modelsetbio/BioModelSet.js
+org/jmol/modelsetbio/BioPolymer.js
+org/jmol/modelsetbio/BioResolver.js
+org/jmol/modelsetbio/Helix.js
+org/jmol/modelsetbio/Monomer.js
+org/jmol/modelsetbio/ProteinStructure.js
+org/jmol/modelsetbio/Sheet.js
+org/jmol/modelsetbio/Turn.js
+org/jmol/render/BallsRenderer.js
+org/jmol/render/BbcageRenderer.js
+org/jmol/render/CageRenderer.js
+org/jmol/render/FontLineShapeRenderer.js
+org/jmol/render/FrankRenderer.js
+org/jmol/render/HoverRenderer.js
+org/jmol/render/LabelsRenderer.js
+org/jmol/render/MeasuresRenderer.js
+org/jmol/render/RepaintManager.js
+org/jmol/render/ShapeRenderer.js
+org/jmol/render/SticksRenderer.js
+org/jmol/render/TextRenderer.js
+org/jmol/render/UccageRenderer.js
+org/jmol/renderbio/BioShapeRenderer.js
+org/jmol/renderbio/CartoonRenderer.js
+org/jmol/renderbio/RocketsRenderer.js
+org/jmol/renderbio/StrandsRenderer.js
+org/jmol/script/ContextToken.js
+org/jmol/script/SV.js
+org/jmol/script/ScriptCompiler.js
+org/jmol/script/ScriptContext.js
+org/jmol/script/ScriptError.js
+org/jmol/script/ScriptEval.js
+org/jmol/script/ScriptExpr.js
+org/jmol/script/ScriptFlowContext.js
+org/jmol/script/ScriptFunction.js
+org/jmol/script/ScriptManager.js
+org/jmol/script/ScriptMathProcessor.js
+org/jmol/script/ScriptParam.js
+org/jmol/script/ScriptQueueThread.js
+org/jmol/script/ScriptTokenParser.js
+org/jmol/script/T.js
+org/jmol/scriptext/CmdExt.js
+org/jmol/scriptext/MathExt.js
+org/jmol/scriptext/ScriptExt.js
+org/jmol/shape/AtomShape.js
+org/jmol/shape/Balls.js
+org/jmol/shape/Bbcage.js
+org/jmol/shape/Echo.js
+org/jmol/shape/FontLineShape.js
+org/jmol/shape/Frank.js
+org/jmol/shape/Hover.js
+org/jmol/shape/Labels.js
+org/jmol/shape/Measures.js
+org/jmol/shape/Mesh.js
+org/jmol/shape/Shape.js
+org/jmol/shape/Sticks.js
+org/jmol/shape/TextShape.js
+org/jmol/shape/Uccage.js
+org/jmol/shapebio/BioShape.js
+org/jmol/shapebio/BioShapeCollection.js
+org/jmol/shapebio/Cartoon.js
+org/jmol/shapebio/Rockets.js
+org/jmol/symmetry/Symmetry.js
+org/jmol/symmetry/SymmetryInfo.js
+org/jmol/symmetry/UnitCell.js
+org/jmol/thread/HoverWatcherThread.js
+org/jmol/thread/JmolThread.js
+org/jmol/thread/TimeoutThread.js
+org/jmol/util/BSUtil.js
+org/jmol/util/BoxInfo.js
+org/jmol/util/C.js
+org/jmol/util/ColorEncoder.js
+org/jmol/util/CommandHistory.js
+org/jmol/util/DefaultLogger.js
+org/jmol/util/Edge.js
+org/jmol/util/Elements.js
+org/jmol/util/Escape.js
+org/jmol/util/Font.js
+org/jmol/util/GData.js
+org/jmol/util/Geodesic.js
+org/jmol/util/Int2IntHash.js
+org/jmol/util/Int2IntHashEntry.js
+org/jmol/util/Logger.js
+org/jmol/util/LoggerInterface.js
+org/jmol/util/MeshSurface.js
+org/jmol/util/Node.js
+org/jmol/util/Normix.js
+org/jmol/util/Point3fi.js
+org/jmol/util/Rectangle.js
+org/jmol/util/Rgb16.js
+org/jmol/util/Shader.js
+org/jmol/util/SimpleEdge.js
+org/jmol/util/SimpleNode.js
+org/jmol/util/SimpleUnitCell.js
+org/jmol/util/TempArray.js
+org/jmol/viewer/ActionManager.js
+org/jmol/viewer/AnimationManager.js
+org/jmol/viewer/ColorManager.js
+org/jmol/viewer/FileManager.js
+org/jmol/viewer/Gesture.js
+org/jmol/viewer/GlobalSettings.js
+org/jmol/viewer/JC.js
+org/jmol/viewer/JmolStateCreator.js
+org/jmol/viewer/ModelManager.js
+org/jmol/viewer/MotionPoint.js
+org/jmol/viewer/MouseState.js
+org/jmol/viewer/SelectionManager.js
+org/jmol/viewer/ShapeManager.js
+org/jmol/viewer/StateCreator.js
+org/jmol/viewer/StateManager.js
+org/jmol/viewer/StatusManager.js
+org/jmol/viewer/TransformManager.js
+org/jmol/viewer/Viewer.js
+org/jmol/viewer/binding/Binding.js
+org/jmol/viewer/binding/JmolBinding.js
+org/json/CDL.js
+org/json/Cookie.js
+org/json/CookieList.js
+org/json/HTTP.js
+org/json/HTTPTokener.js
+org/json/JSONArray.js
+org/json/JSONException.js
+org/json/JSONML.js
+org/json/JSONObject.js
+org/json/JSONPointer.js
+org/json/JSONPointerException.js
+org/json/JSONPropertyIgnore.js
+org/json/JSONPropertyName.js
+org/json/JSONString.js
+org/json/JSONStringer.js
+org/json/JSONTokener.js
+org/json/JSONWriter.js
+org/json/Property.js
+org/json/XML.js
+org/json/XMLTokener.js
+org/json/simple/ItemList.js
+org/json/simple/JSONArray.js
+org/json/simple/JSONAware.js
+org/json/simple/JSONObject.js
+org/json/simple/JSONStreamAware.js
+org/json/simple/JSONValue.js
+org/json/simple/parser/ContainerFactory.js
+org/json/simple/parser/ContentHandler.js
+org/json/simple/parser/JSONParser.js
+org/json/simple/parser/ParseException.js
+org/json/simple/parser/Yylex.js
+org/json/simple/parser/Yytoken.js
+org/stackoverflowusers/file/WindowsShortcut.js
+org/xml/sax/AttributeList.js
+org/xml/sax/Attributes.js
+org/xml/sax/ContentHandler.js
+org/xml/sax/InputSource.js
+org/xml/sax/Parser.js
+org/xml/sax/XMLReader.js
+org/xml/sax/ext/Attributes2.js
 sun/awt/AWTAutoShutdown.js
+sun/awt/AppContext.js
 sun/awt/CausedFocusEvent.js
 sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
+sun/awt/EventQueueItem.js
 sun/awt/MostRecentKeyValue.js
 sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
 sun/awt/PaintEventDispatcher.js
 sun/awt/PostEventQueue.js
 sun/awt/RequestFocusController.js
+sun/awt/SunGraphicsCallback.js
 sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
+sun/awt/image/DataStealer.js
+sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
+sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
+sun/awt/image/SunWritableRaster.js
+sun/font/AttributeValues.js
+sun/font/EAttribute.js
 sun/font/FontDesignMetrics.js
+sun/java2d/StateTrackable.js
+sun/java2d/StateTrackableDelegate.js
 sun/swing/DefaultLookup.js
+sun/swing/StringUIClientPropertyKey.js
 sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/FormatData_en.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/A2SEvent.js
-swingjs/a2s/A2SListener.js
-swingjs/a2s/Applet.js
-swingjs/a2s/Button.js
-swingjs/a2s/Label.js
-swingjs/a2s/Panel.js
-swingjs/a2s/Scrollbar.js
-swingjs/a2s/ScrollPane.js
-swingjs/a2s/TextArea.js
-swingjs/a2s/TextField.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
+sun/swing/SwingUtilities2.js
+sun/swing/UIAction.js
+sun/swing/UIClientPropertyKey.js
+sun/swing/table/DefaultTableCellHeaderRenderer.js
+sun/text/resources/en/FormatData_en_GB.js
+sun/util/calendar/AbstractCalendar.js
+sun/util/calendar/BaseCalendar.js
+sun/util/calendar/CalendarDate.js
+sun/util/calendar/CalendarSystem.js
+sun/util/calendar/CalendarUtils.js
+sun/util/calendar/Gregorian.js
+sun/util/calendar/ZoneInfo.js
+sun/util/calendar/ZoneInfoFile.js
+sun/util/locale/BaseLocale.js
+sun/util/locale/LanguageTag.js
+sun/util/locale/LocaleUtils.js
+sun/util/locale/provider/AvailableLanguageTags.js
+sun/util/locale/provider/CalendarDataProviderImpl.js
+sun/util/locale/provider/CalendarDataUtility.js
+sun/util/locale/provider/CalendarProviderImpl.js
+sun/util/locale/provider/DateFormatProviderImpl.js
+sun/util/locale/provider/LocaleResources.js
+sun/util/locale/provider/LocaleServiceProviderPool.js
+sun/util/spi/CalendarProvider.js
 swingjs/JSApp.js
 swingjs/JSAppletThread.js
 swingjs/JSAppletViewer.js
+swingjs/JSDummyApplet.js
+swingjs/JSFileSystem.js
 swingjs/JSFocusPeer.js
 swingjs/JSFontMetrics.js
 swingjs/JSFrameViewer.js
 swingjs/JSGraphics2D.js
 swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
 swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
+swingjs/JSImage.js
+swingjs/JSImagekit.js
+swingjs/JSKeyEvent.js
+swingjs/JSMenuManager.js
 swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSNullComponentPeer.js
 swingjs/JSScreenDevice.js
 swingjs/JSThreadGroup.js
 swingjs/JSToolkit.js
 swingjs/JSUtil.js
+swingjs/api/Interface.js
+swingjs/api/JSUtilI.js
+swingjs/api/js/DOMNode.js
+swingjs/api/js/HTML5Applet.js
+swingjs/api/js/HTML5Canvas.js
+swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
+swingjs/api/js/JSFunction.js
+swingjs/api/js/JSInterface.js
+swingjs/jquery/JQueryUI.js
+swingjs/json/JSON.js
+swingjs/jzlib/Adler32.js
+swingjs/jzlib/CRC32.js
+swingjs/jzlib/Checksum.js
+swingjs/jzlib/InfBlocks.js
+swingjs/jzlib/InfCodes.js
+swingjs/jzlib/InfTree.js
+swingjs/jzlib/Inflate.js
+swingjs/jzlib/Inflater.js
+swingjs/jzlib/InflaterInputStream.js
+swingjs/jzlib/ZStream.js
+swingjs/plaf/BasicComboBoxEditor.js
+swingjs/plaf/BasicComboBoxRenderer.js
+swingjs/plaf/BasicHTML.js
 swingjs/plaf/ButtonListener.js
+swingjs/plaf/CellHolder.js
 swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
 swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
 swingjs/plaf/JSAppletUI.js
@@ -362,19 +1982,26 @@ swingjs/plaf/JSButtonUI.js
 swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
 swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
 swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
+swingjs/plaf/JSComboPopupList.js
 swingjs/plaf/JSComponentUI.js
+swingjs/plaf/JSDesktopIconUI.js
+swingjs/plaf/JSDesktopPaneUI.js
 swingjs/plaf/JSEventHandler.js
 swingjs/plaf/JSFrameUI.js
 swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
+swingjs/plaf/JSInternalFrameUI.js
 swingjs/plaf/JSLabelUI.js
 swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
 swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
+swingjs/plaf/JSListUI.js
 swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
 swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
 swingjs/plaf/JSMenuUI.js
 swingjs/plaf/JSPanelUI.js
 swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
 swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
+swingjs/plaf/JSPopupUI.js
+swingjs/plaf/JSProgressBarUI.js
 swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
 swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
 swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
@@ -382,14 +2009,64 @@ swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
 swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
 swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
 swingjs/plaf/JSSliderUI.js
+swingjs/plaf/JSTabbedPaneUI.js
+swingjs/plaf/JSTableHeaderUI.js
+swingjs/plaf/JSTableUI.js
 swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
 swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
 swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSTextViewUI.js
+swingjs/plaf/JSToolTipUI.js
 swingjs/plaf/JSViewportUI.js
 swingjs/plaf/JSWindowUI.js
 swingjs/plaf/LazyActionMap.js
 swingjs/plaf/Resizer.js
 swingjs/plaf/TextListener.js
-
-
+swingjs/xml/JSJAXBClass.js
+swingjs/xml/JSJAXBContext.js
+swingjs/xml/JSJAXBContextFactory.js
+swingjs/xml/JSJAXBField.js
+swingjs/xml/JSJAXBUnmarshaller.js
+swingjs/xml/JSSAXAttributes.js
+swingjs/xml/JSSAXParser.js
+swingjs/xml/JSXMLGregorianCalendarImpl.js
+swingjs/xml/JSXMLInputFactory.js
+swingjs/xml/JSXMLStreamReader.js
+swingjs/xml/JSXMLStreamReader.jscore/package.js
+uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.js
+uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.js
+uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.js
+uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.js
+uk/ac/ebi/www/Data.js
+uk/ac/ebi/www/InputParams.js
+uk/ac/ebi/www/WSFile.js
+uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.js
+uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.js
+uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.js
+uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.js
+uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.js
+uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.js
+uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.js
+uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.js
+vamsas/IMsaWS.js
+vamsas/objects/simple/Alignment.js
+vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.js
+vamsas/objects/simple/JpredResult.js
+vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.js
+vamsas/objects/simple/MsaResult.js
+vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.js
+vamsas/objects/simple/Msfalignment.js
+vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.js
+vamsas/objects/simple/Object.js
+vamsas/objects/simple/Object_Helper.js
+vamsas/objects/simple/Result.js
+vamsas/objects/simple/Result_Helper.js
+vamsas/objects/simple/Secstructpred.js
+vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.js
+vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.js
+vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.js
+vamsas/objects/simple/Sequence.js
+vamsas/objects/simple/SequenceSet.js
+vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.js
+vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.js
+vamsas/objects/simple/WsJobId.js
+vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.js
index bf7a678..dbe6ef4 100644 (file)
@@ -15,16 +15,13 @@ Info = {
        serverURL: 'https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/php/jsmol.php',
        j2sPath: 'swingjs/j2s',
        console: window.console,
-       allowjavascript: true
+       allowjavascript: true,
+  namespace: ""
 }
 </script>
 </head>
 <body>
 <script>
-// we define console.err because swingjs2.js calls it instead of console.error
-window.console.err = function() {
-       this.error.apply(this,arguments);
-}
 SwingJS.getApplet('testApplet', Info)
 getClassList = function(){J2S._saveFile('_j2sclasslist.txt', Clazz.ClassFilesLoaded.sort().join('\n'))}
 </script>
diff --git a/utils/jalviewjs/classlists/jalview.txt b/utils/jalviewjs/classlists/jalview.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 5d60006..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,791 +0,0 @@
-jalview/analysis/AAFrequency.js
-jalview/analysis/AlignSeq.js
-jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtils.js
-jalview/analysis/AlignmentUtils.js
-jalview/analysis/AnnotationSorter.js
-jalview/analysis/Conservation.js
-jalview/analysis/CrossRef.js
-jalview/analysis/NJTree.js
-jalview/analysis/SeqsetUtils.js
-jalview/analysis/TreeBuilder.js
-jalview/analysis/TreeModel.js
-jalview/analysis/scoremodels/DistanceScoreModel.js
-jalview/analysis/scoremodels/FeatureDistanceModel.js
-jalview/analysis/scoremodels/PIDModel.js
-jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrix.js
-jalview/analysis/scoremodels/ScoreModels.js
-jalview/analysis/scoremodels/SimilarityParams.js
-jalview/analysis/scoremodels/SimilarityScoreModel.js
-jalview/api/AlignCalcManagerI.js
-jalview/api/AlignCalcWorkerI.js
-jalview/api/AlignViewControllerGuiI.js
-jalview/api/AlignViewControllerI.js
-jalview/api/AlignViewportI.js
-jalview/api/AlignmentViewPanel.js
-jalview/api/BuildDetailsI.js
-jalview/api/FeatureColourI.js
-jalview/api/FeatureRenderer.js
-jalview/api/FeaturesDisplayedI.js
-jalview/api/OOMHandlerI.js
-jalview/api/SequenceRenderer.js
-jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.js
-jalview/api/ViewStyleI.js
-jalview/api/analysis/PairwiseScoreModelI.js
-jalview/api/analysis/ScoreModelI.js
-jalview/api/analysis/SimilarityParamsI.js
-jalview/bin/ArgsParser.js
-jalview/bin/BuildDetails.js
-jalview/bin/Cache.js
-jalview/bin/Jalview.js
-jalview/bin/JalviewJS2.js
-jalview/controller/AlignViewController.js
-jalview/datamodel/ASequence.js
-jalview/datamodel/ASequenceI.js
-jalview/datamodel/Alignment.js
-jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.js
-jalview/datamodel/AlignmentI.js
-jalview/datamodel/AlignmentView.js
-jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.js
-jalview/datamodel/Annotation.js
-jalview/datamodel/BinaryNode.js
-jalview/datamodel/CigarArray.js
-jalview/datamodel/CigarBase.js
-jalview/datamodel/CigarSimple.js
-jalview/datamodel/ColumnSelection.js
-jalview/datamodel/ContiguousI.js
-jalview/datamodel/DBRefSource.js
-jalview/datamodel/HiddenColumns.js
-jalview/datamodel/HiddenColumnsCursor.js
-jalview/datamodel/HiddenCursorPosition.js
-jalview/datamodel/HiddenSequences.js
-jalview/datamodel/PDBEntry.js
-jalview/datamodel/Profile.js
-jalview/datamodel/ProfileI.js
-jalview/datamodel/Profiles.js
-jalview/datamodel/ProfilesI.js
-jalview/datamodel/Range.js
-jalview/datamodel/RangeIterator.js
-jalview/datamodel/ResidueCount.js
-jalview/datamodel/SearchResults.js
-jalview/datamodel/SearchResultsI.js
-jalview/datamodel/SeqCigar.js
-jalview/datamodel/Sequence.js
-jalview/datamodel/SequenceCollectionI.js
-jalview/datamodel/SequenceCursor.js
-jalview/datamodel/SequenceFeature.js
-jalview/datamodel/SequenceGroup.js
-jalview/datamodel/SequenceI.js
-jalview/datamodel/SequenceNode.js
-jalview/datamodel/features/FeatureLocationI.js
-jalview/datamodel/features/FeatureMatcher.js
-jalview/datamodel/features/FeatureMatcherI.js
-jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSet.js
-jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSetI.js
-jalview/datamodel/features/FeatureStore.js
-jalview/datamodel/features/RangeComparator.js
-jalview/datamodel/features/SequenceFeatures.js
-jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesI.js
-jalview/gui/AlignFrame.js
-jalview/gui/AlignViewport.js
-jalview/gui/AlignmentPanel.js
-jalview/gui/AnnotationLabels.js
-jalview/gui/AnnotationPanel.js
-jalview/gui/CalculationChooser.js
-jalview/gui/ColourMenuHelper.js
-jalview/gui/ComboBoxTooltipRenderer.js
-jalview/gui/Desktop.js
-jalview/gui/FeatureRenderer.js
-jalview/gui/IProgressIndicator.js
-jalview/gui/IdCanvas.js
-jalview/gui/IdPanel.js
-jalview/gui/IdwidthAdjuster.js
-jalview/gui/JalviewChangeSupport.js
-jalview/gui/JvSwingUtils.js
-jalview/gui/PaintRefresher.js
-jalview/gui/PopupMenu.js
-jalview/gui/Preferences.js
-jalview/gui/ProgressBar.js
-jalview/gui/ScalePanel.js
-jalview/gui/SeqCanvas.js
-jalview/gui/SeqPanel.js
-jalview/gui/SequenceRenderer.js
-jalview/gui/TreeCanvas.js
-jalview/gui/TreePanel.js
-jalview/gui/ViewSelectionMenu.js
-jalview/io/AlignFile.js
-jalview/io/AlignmentFileReaderI.js
-jalview/io/AlignmentFileWriterI.js
-jalview/io/AppletFormatAdapter.js
-jalview/io/DataSourceType.js
-jalview/io/FileFormat.js
-jalview/io/FileFormatI.js
-jalview/io/FileFormats.js
-jalview/io/FileLoader.js
-jalview/io/FileParse.js
-jalview/io/IdentifyFile.js
-jalview/io/PIRFile.js
-jalview/io/ScoreMatrixFile.js
-jalview/io/SequenceAnnotationReport.js
-jalview/javascript/log4j/ConsoleAppender.js
-jalview/javascript/log4j/Layout.js
-jalview/javascript/log4j/Level.js
-jalview/javascript/log4j/Logger.js
-jalview/javascript/log4j/Priority.js
-jalview/javascript/log4j/SimpleLayout.js
-jalview/javascript/log4j/spi/OptionHandler.js
-jalview/jbgui/GAlignFrame.js
-jalview/jbgui/GAlignmentPanel.js
-jalview/jbgui/GDesktop.js
-jalview/jbgui/GPreferences.js
-jalview/jbgui/GTreePanel.js
-jalview/math/Matrix.js
-jalview/math/MatrixI.js
-jalview/project/Jalview2XML.js
-jalview/renderer/AnnotationRenderer.js
-jalview/renderer/AwtRenderPanelI.js
-jalview/renderer/ResidueColourFinder.js
-jalview/renderer/ResidueShader.js
-jalview/renderer/ResidueShaderI.js
-jalview/renderer/ScaleRenderer.js
-jalview/renderer/seqfeatures/FeatureRenderer.js
-jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.js
-jalview/schemes/BuriedColourScheme.js
-jalview/schemes/ClustalxColourScheme.js
-jalview/schemes/ColourSchemeI.js
-jalview/schemes/ColourSchemeProperty.js
-jalview/schemes/ColourSchemes.js
-jalview/schemes/Consensus.js
-jalview/schemes/FeatureColour.js
-jalview/schemes/HelixColourScheme.js
-jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.js
-jalview/schemes/JalviewColourScheme.js
-jalview/schemes/NucleotideColourScheme.js
-jalview/schemes/PIDColourScheme.js
-jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.js
-jalview/schemes/RNAHelicesColour.js
-jalview/schemes/ResidueColourScheme.js
-jalview/schemes/ResidueProperties.js
-jalview/schemes/ScoreColourScheme.js
-jalview/schemes/StrandColourScheme.js
-jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.js
-jalview/schemes/TaylorColourScheme.js
-jalview/schemes/TurnColourScheme.js
-jalview/schemes/ZappoColourScheme.js
-jalview/structure/CommandListener.js
-jalview/structure/SelectionListener.js
-jalview/structure/SelectionSource.js
-jalview/structure/SequenceListener.js
-jalview/structure/StructureImportSettings.js
-jalview/structure/StructureSelectionManager.js
-jalview/structure/VamsasSource.js
-jalview/urls/CustomUrlProvider.js
-jalview/urls/IdOrgSettings.js
-jalview/urls/IdentifiersUrlProvider.js
-jalview/urls/UrlLinkDisplay.js
-jalview/urls/UrlLinkTableModel.js
-jalview/urls/UrlProvider.js
-jalview/urls/UrlProviderImpl.js
-jalview/urls/api/UrlProviderFactoryI.js
-jalview/urls/api/UrlProviderI.js
-jalview/urls/desktop/DesktopUrlProviderFactory.js
-jalview/util/ColorUtils.js
-jalview/util/Comparison.js
-jalview/util/DBRefUtils.js
-jalview/util/Format.js
-jalview/util/MessageManager.js
-jalview/util/Platform.js
-jalview/util/QuickSort.js
-jalview/util/StringUtils.js
-jalview/util/UrlLink.js
-jalview/util/jarInputStreamProvider.js
-jalview/util/matcher/Condition.js
-jalview/util/matcher/Matcher.js
-jalview/util/matcher/MatcherI.js
-jalview/viewmodel/AlignmentViewport.js
-jalview/viewmodel/ViewportListenerI.js
-jalview/viewmodel/ViewportProperties.js
-jalview/viewmodel/ViewportRanges.js
-jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.js
-jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererSettings.js
-jalview/viewmodel/seqfeatures/FeaturesDisplayed.js
-jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.js
-jalview/workers/AlignCalcManager.js
-jalview/workers/AlignCalcWorker.js
-jalview/workers/ConsensusThread.js
-jalview/workers/ConservationThread.js
-jalview/ws/sifts/SiftsSettings.js
-jalview/xml/binding/jalview/Annotation.js
-jalview/xml/binding/jalview/AnnotationElement.js
-jalview/xml/binding/jalview/Feature.js
-jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcher.js
-jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcherSet.js
-jalview/xml/binding/jalview/FilterBy.js
-jalview/xml/binding/jalview/JalviewModel.js
-jalview/xml/binding/jalview/NoValueColour.js
-jalview/xml/binding/jalview/Pdbentry.js
-jalview/xml/binding/jalview/Sequence.js
-jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.js
-jalview/xml/binding/jalview/SequenceType.js
-jalview/xml/binding/jalview/VAMSAS.js
-jalview/xml/binding/jalview/WebServiceParameterSet.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AlphaComposite.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/Composite.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/GridLayout.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/SentEvent.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/VKCollection.js
-java/awt/Window.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/datatransfer/ClipboardOwner.js
-java/awt/datatransfer/FlavorMap.js
-java/awt/datatransfer/FlavorTable.js
-java/awt/datatransfer/SystemFlavorMap.js
-java/awt/dnd/DropTarget.js
-java/awt/dnd/DropTargetContext.js
-java/awt/dnd/DropTargetListener.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ActionEvent.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerEvent.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusAdapter.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyAdapter.js
-java/awt/event/KeyEvent.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseAdapter.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionAdapter.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/image/BufferedImage.js
-java/awt/image/ColorModel.js
-java/awt/image/DataBuffer.js
-java/awt/image/DataBufferInt.js
-java/awt/image/DirectColorModel.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/image/PackedColorModel.js
-java/awt/image/Raster.js
-java/awt/image/RenderedImage.js
-java/awt/image/SampleModel.js
-java/awt/image/SinglePixelPackedSampleModel.js
-java/awt/image/WritableRaster.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/print/Printable.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/io/BufferedInputStream.js
-java/io/BufferedReader.js
-java/io/ByteArrayInputStream.js
-java/io/Closeable.js
-java/io/File.js
-java/io/FileDescriptor.js
-java/io/FileInputStream.js
-java/io/FileReader.js
-java/io/FileSystem.js
-java/io/FilterInputStream.js
-java/io/InputStream.js
-java/io/InputStreamReader.js
-java/io/PushbackInputStream.js
-java/io/Reader.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/AutoCloseable.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/Readable.js
-java/lang/Runtime.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/math/BigDecimal.js
-java/math/BigInteger.js
-java/math/MathContext.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/MalformedURLException.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLConnection.js
-java/net/URLDecoder.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/nio/Bits.js
-java/nio/Buffer.js
-java/nio/ByteBuffer.js
-java/nio/ByteOrder.js
-java/nio/CharBuffer.js
-java/nio/HeapByteBuffer.js
-java/nio/HeapCharBuffer.js
-java/nio/charset/Charset.js
-java/nio/charset/CharsetDecoder.js
-java/nio/charset/CoderResult.js
-java/nio/charset/CodingErrorAction.js
-java/security/AccessControlContext.js
-java/security/AccessController.js
-java/security/PrivilegedAction.js
-java/security/PrivilegedExceptionAction.js
-java/text/AttributedCharacterIterator.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DateFormat.js
-java/text/DateFormatSymbols.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/MessageFormat.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/text/SimpleDateFormat.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractQueue.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayDeque.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/BitSet.js
-java/util/Calendar.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/DualPivotQuicksort.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/GregorianCalendar.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListIterator.js
-java/util/ListResourceBundle.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/NavigableMap.js
-java/util/NavigableSet.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Properties.js
-java/util/PropertyResourceBundle.js
-java/util/Queue.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/Set.js
-java/util/SortedMap.js
-java/util/SortedSet.js
-java/util/StringTokenizer.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/TimeZone.js
-java/util/TreeMap.js
-java/util/TreeSet.js
-java/util/Vector.js
-java/util/concurrent/AbstractExecutorService.js
-java/util/concurrent/BlockingQueue.js
-java/util/concurrent/ConcurrentHashMap.js
-java/util/concurrent/ConcurrentMap.js
-java/util/concurrent/Executor.js
-java/util/concurrent/ExecutorService.js
-java/util/concurrent/Executors.js
-java/util/concurrent/LinkedBlockingQueue.js
-java/util/concurrent/RejectedExecutionHandler.js
-java/util/concurrent/Semaphore.js
-java/util/concurrent/ThreadFactory.js
-java/util/concurrent/ThreadPoolExecutor.js
-java/util/concurrent/TimeUnit.js
-java/util/concurrent/atomic/AtomicBoolean.js
-java/util/concurrent/atomic/AtomicInteger.js
-java/util/concurrent/locks/AbstractOwnableSynchronizer.js
-java/util/concurrent/locks/AbstractQueuedSynchronizer.js
-java/util/concurrent/locks/Condition.js
-java/util/concurrent/locks/Lock.js
-java/util/concurrent/locks/ReadWriteLock.js
-java/util/concurrent/locks/ReentrantLock.js
-java/util/concurrent/locks/ReentrantReadWriteLock.js
-java/util/jar/JarEntry.js
-java/util/jar/JarInputStream.js
-java/util/logging/Level.js
-java/util/logging/Logger.js
-java/util/regex/MatchResult.js
-java/util/regex/Matcher.js
-java/util/regex/Pattern.js
-java/util/zip/CRC32.js
-java/util/zip/Inflater.js
-java/util/zip/InflaterInputStream.js
-java/util/zip/ZipConstants.js
-java/util/zip/ZipEntry.js
-java/util/zip/ZipInputStream.js
-javajs/api/GenericLineReader.js
-javajs/api/JSFunction.js
-javajs/api/JSONEncodable.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandler.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/Encoding.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/ComponentInputMap.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultDesktopManager.js
-javax/swing/DefaultListCellRenderer.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DesktopManager.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JDesktopPane.js
-javax/swing/JDialog.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JInternalFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JProgressBar.js
-javax/swing/JRadioButton.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTabbedPane.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JToolTip.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/JWindow.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/ListCellRenderer.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MenuSelectionManager.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/Popup.js
-javax/swing/PopupFactory.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/Timer.js
-javax/swing/ToolTipManager.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/border/TitledBorder.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/InternalFrameAdapter.js
-javax/swing/event/InternalFrameEvent.js
-javax/swing/event/InternalFrameListener.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/MenuKeyListener.js
-javax/swing/event/MenuListener.js
-javax/swing/event/TableModelListener.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentInputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/table/AbstractTableModel.js
-javax/swing/table/TableModel.js
-javax/xml/bind/ContextFinder.js
-javax/xml/bind/GetPropertyAction.js
-javax/xml/bind/JAXBContext.js
-javax/xml/bind/JAXBContextFactory.js
-javax/xml/bind/JAXBElement.js
-javax/xml/bind/ModuleUtil.js
-javax/xml/bind/ServiceLoaderUtil.js
-javax/xml/bind/Unmarshaller.js
-javax/xml/bind/ValidationEventHandler.js
-javax/xml/bind/annotation/adapters/CollapsedStringAdapter.js
-javax/xml/bind/annotation/adapters/XmlAdapter.js
-javax/xml/bind/helpers/AbstractUnmarshallerImpl.js
-javax/xml/bind/helpers/DefaultValidationEventHandler.js
-javax/xml/datatype/XMLGregorianCalendar.js
-javax/xml/namespace/QName.js
-javax/xml/stream/XMLInputFactory.js
-javax/xml/stream/XMLStreamReader.js
-org/apache/xerces/jaxp/datatype/XMLGregorianCalendarImpl.js
-org/json/simple/parser/JSONParser.js
-org/json/simple/parser/ParseException.js
-org/json/simple/parser/Yylex.js
-org/xml/sax/AttributeList.js
-org/xml/sax/Attributes.js
-org/xml/sax/ContentHandler.js
-org/xml/sax/InputSource.js
-org/xml/sax/Parser.js
-org/xml/sax/XMLReader.js
-org/xml/sax/ext/Attributes2.js
-sun/awt/AWTAccessor.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/EventQueueItem.js
-sun/awt/KeyboardFocusManagerPeerProvider.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunGraphicsCallback.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/WindowClosingListener.js
-sun/awt/WindowClosingSupport.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/java2d/StateTrackable.js
-sun/java2d/StateTrackableDelegate.js
-sun/nio/cs/ArrayDecoder.js
-sun/nio/cs/HistoricallyNamedCharset.js
-sun/nio/cs/StandardCharsets.js
-sun/nio/cs/ThreadLocalCoders.js
-sun/nio/cs/UTF_8.js
-sun/nio/cs/Unicode.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/swing/UIAction.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/FormatData_en.js
-sun/util/calendar/AbstractCalendar.js
-sun/util/calendar/BaseCalendar.js
-sun/util/calendar/CalendarDate.js
-sun/util/calendar/CalendarSystem.js
-sun/util/calendar/CalendarUtils.js
-sun/util/calendar/Gregorian.js
-sun/util/calendar/ZoneInfo.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSApplet.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSCharSet.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSKeyEvent.js
-swingjs/JSMenuManager.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/a2s/Dialog.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/jzlib/Adler32.js
-swingjs/jzlib/CRC32.js
-swingjs/jzlib/Checksum.js
-swingjs/jzlib/InfBlocks.js
-swingjs/jzlib/InfCodes.js
-swingjs/jzlib/InfTree.js
-swingjs/jzlib/Inflate.js
-swingjs/jzlib/Inflater.js
-swingjs/jzlib/InflaterInputStream.js
-swingjs/jzlib/ZStream.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSDesktopIconUI.js
-swingjs/plaf/JSDesktopPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSInternalFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupUI.js
-swingjs/plaf/JSProgressBarUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTabbedPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSToolTipUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/xml/JSJAXBClass.js
-swingjs/xml/JSJAXBContext.js
-swingjs/xml/JSJAXBContextFactory.js
-swingjs/xml/JSJAXBField.js
-swingjs/xml/JSJAXBUnmarshaller.js
-swingjs/xml/JSSAXAttributes.js
-swingjs/xml/JSSAXParser.js
-swingjs/xml/JSXMLGregorianCalendarImpl.js
-swingjs/xml/JSXMLInputFactory.js
-swingjs/xml/JSXMLStreamReader.js
diff --git a/utils/jalviewjs/classlists/jvexamplefile.txt b/utils/jalviewjs/classlists/jvexamplefile.txt
deleted file mode 100644 (file)
index fd38213..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1031 +0,0 @@
-com/stevesoft/pat/Boundary.js
-com/stevesoft/pat/Start.js
-intervalstore/api/IntervalI.js
-intervalstore/api/IntervalStoreI.js
-intervalstore/impl/BinarySearcher.js
-intervalstore/impl/IntervalStore.js
-intervalstore/impl/NCList.js
-intervalstore/impl/NCNode.js
-jalview/bin/JalviewTaskbar.js
-jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.js
-jalview/ext/ensembl/EnsemblFeatures.js
-jalview/ext/ensembl/EnsemblLookup.js
-jalview/ext/ensembl/EnsemblSymbol.js
-jalview/ext/ensembl/EnsemblXref.js
-jalview/ext/ensembl/Species.js
-jalview/fts/api/StructureFTSRestClientI.js
-jalview/fts/service/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClient.js
-jalview/gui/APQHandlers.js
-jalview/gui/CrossRefAction.js
-jalview/gui/CutAndPasteTransfer.js
-jalview/gui/JvOptionPane.js
-jalview/gui/SplashScreen.js
-jalview/gui/structurechooser/PDBStructureChooserQuerySource.js
-jalview/gui/structurechooser/StructureChooserQuerySource.js
-jalview/gui/structurechooser/TDBResultAnalyser.js
-jalview/gui/structurechooser/ThreeDBStructureChooserQuerySource.js
-jalview/io/gff/SequenceOntologyFactory.js
-jalview/io/gff/SequenceOntologyI.js
-jalview/io/gff/SequenceOntologyLite.js
-jalview/jbgui/FilterOption.js
-jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.js
-jalview/structure/AtomSpecModel.js
-jalview/structure/StructureCommand.js
-jalview/structure/StructureCommandI.js
-jalview/structure/StructureCommandsBase.js
-jalview/structure/StructureCommandsI.js
-jalview/util/ChannelProperties.js
-jalview/util/HttpUtils.js
-jalview/util/IntRangeComparator.js
-jalview/util/JSONUtils.js
-jalview/util/ShortcutKeyMaskExWrapper.js
-jalview/util/ShortcutKeyMaskExWrapper8.js
-jalview/util/ShortcutKeyMaskExWrapperI.js
-jalview/ws/SequenceFetcherFactory.js
-jalview/ws/dbsources/EBIAlfaFold.js
-jalview/ws/dbsources/EmblFlatfileSource.js
-jalview/ws/utils/UrlDownloadClient.js
-jalview/xml/binding/uniprot/InteractantType.js
-jalview/xml/binding/uniprot/MoleculeType.js
-jalview/xml/binding/uniprot/ReactionType.js
-java/applet/AppletContext.js
-java/applet/AppletStub.js
-java/applet/JSApplet.js
-java/awt/AWTEvent.js
-java/awt/AWTEventMulticaster.js
-java/awt/AWTKeyStroke.js
-java/awt/ActiveEvent.js
-java/awt/Adjustable.js
-java/awt/AlphaComposite.js
-java/awt/BasicStroke.js
-java/awt/BorderLayout.js
-java/awt/CardLayout.js
-java/awt/Color.js
-java/awt/Component.js
-java/awt/ComponentOrientation.js
-java/awt/Composite.js
-java/awt/Container.js
-java/awt/ContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Cursor.js
-java/awt/DefaultFocusTraversalPolicy.js
-java/awt/DefaultKeyboardFocusManager.js
-java/awt/Desktop.js
-java/awt/Dialog.js
-java/awt/Dimension.js
-java/awt/EventDispatchThread.js
-java/awt/EventFilter.js
-java/awt/EventQueue.js
-java/awt/EventQueueItem.js
-java/awt/FlowLayout.js
-java/awt/FocusTraversalPolicy.js
-java/awt/Font.js
-java/awt/FontMetrics.js
-java/awt/GraphicsCallback.js
-java/awt/GraphicsConfiguration.js
-java/awt/GraphicsDevice.js
-java/awt/GraphicsEnvironment.js
-java/awt/GridBagConstraints.js
-java/awt/GridBagLayout.js
-java/awt/GridBagLayoutInfo.js
-java/awt/GridLayout.js
-java/awt/Image.js
-java/awt/Insets.js
-java/awt/ItemSelectable.js
-java/awt/JSComponent.js
-java/awt/JSDialog.js
-java/awt/JSFrame.js
-java/awt/JSPanel.js
-java/awt/KeyEventDispatcher.js
-java/awt/KeyEventPostProcessor.js
-java/awt/KeyboardFocusManager.js
-java/awt/LayoutManager.js
-java/awt/LayoutManager2.js
-java/awt/LightweightDispatcher.js
-java/awt/Paint.js
-java/awt/Point.js
-java/awt/Queue.js
-java/awt/Rectangle.js
-java/awt/RenderingHints.js
-java/awt/SentEvent.js
-java/awt/Shape.js
-java/awt/Stroke.js
-java/awt/Taskbar.js
-java/awt/TextComponent.js
-java/awt/Toolkit.js
-java/awt/Transparency.js
-java/awt/VKCollection.js
-java/awt/Window.js
-java/awt/color/ColorSpace.js
-java/awt/datatransfer/ClipboardOwner.js
-java/awt/datatransfer/FlavorMap.js
-java/awt/datatransfer/FlavorTable.js
-java/awt/datatransfer/SystemFlavorMap.js
-java/awt/dnd/DropTarget.js
-java/awt/dnd/DropTargetContext.js
-java/awt/dnd/DropTargetListener.js
-java/awt/dnd/peer/DropTargetPeer.js
-java/awt/event/AWTEventListener.js
-java/awt/event/ActionEvent.js
-java/awt/event/ActionListener.js
-java/awt/event/AdjustmentEvent.js
-java/awt/event/AdjustmentListener.js
-java/awt/event/ComponentAdapter.js
-java/awt/event/ComponentEvent.js
-java/awt/event/ComponentListener.js
-java/awt/event/ContainerEvent.js
-java/awt/event/ContainerListener.js
-java/awt/event/FocusAdapter.js
-java/awt/event/FocusEvent.js
-java/awt/event/FocusListener.js
-java/awt/event/HierarchyBoundsListener.js
-java/awt/event/HierarchyEvent.js
-java/awt/event/HierarchyListener.js
-java/awt/event/InputEvent.js
-java/awt/event/InputMethodListener.js
-java/awt/event/InvocationEvent.js
-java/awt/event/ItemEvent.js
-java/awt/event/ItemListener.js
-java/awt/event/KeyAdapter.js
-java/awt/event/KeyEvent.js
-java/awt/event/KeyListener.js
-java/awt/event/MouseAdapter.js
-java/awt/event/MouseEvent.js
-java/awt/event/MouseListener.js
-java/awt/event/MouseMotionAdapter.js
-java/awt/event/MouseMotionListener.js
-java/awt/event/MouseWheelEvent.js
-java/awt/event/MouseWheelListener.js
-java/awt/event/TextListener.js
-java/awt/event/WindowAdapter.js
-java/awt/event/WindowEvent.js
-java/awt/event/WindowFocusListener.js
-java/awt/event/WindowListener.js
-java/awt/event/WindowStateListener.js
-java/awt/font/FontRenderContext.js
-java/awt/font/TextAttribute.js
-java/awt/geom/AffineTransform.js
-java/awt/geom/Dimension2D.js
-java/awt/geom/Path2D.js
-java/awt/geom/PathIterator.js
-java/awt/geom/Point2D.js
-java/awt/geom/RectIterator.js
-java/awt/geom/Rectangle2D.js
-java/awt/geom/RectangularShape.js
-java/awt/image/BufferedImage.js
-java/awt/image/ColorModel.js
-java/awt/image/DataBuffer.js
-java/awt/image/DataBufferInt.js
-java/awt/image/DirectColorModel.js
-java/awt/image/ImageConsumer.js
-java/awt/image/ImageObserver.js
-java/awt/image/ImageProducer.js
-java/awt/image/PackedColorModel.js
-java/awt/image/PixelGrabber.js
-java/awt/image/Raster.js
-java/awt/image/RenderedImage.js
-java/awt/image/SampleModel.js
-java/awt/image/SinglePixelPackedSampleModel.js
-java/awt/image/WritableRaster.js
-java/awt/peer/ComponentPeer.js
-java/awt/peer/ContainerPeer.js
-java/awt/peer/DialogPeer.js
-java/awt/peer/FramePeer.js
-java/awt/peer/KeyboardFocusManagerPeer.js
-java/awt/peer/LightweightPeer.js
-java/awt/peer/WindowPeer.js
-java/awt/print/Printable.js
-java/beans/ChangeListenerMap.js
-java/beans/PropertyChangeEvent.js
-java/beans/PropertyChangeListener.js
-java/beans/PropertyChangeSupport.js
-java/io/BufferedInputStream.js
-java/io/BufferedReader.js
-java/io/BufferedWriter.js
-java/io/ByteArrayInputStream.js
-java/io/ByteArrayOutputStream.js
-java/io/Closeable.js
-java/io/DataInput.js
-java/io/DataInputStream.js
-java/io/File.js
-java/io/FileDescriptor.js
-java/io/FileInputStream.js
-java/io/FileOutputStream.js
-java/io/FileReader.js
-java/io/FileSystem.js
-java/io/FilenameFilter.js
-java/io/FilterInputStream.js
-java/io/FilterOutputStream.js
-java/io/InputStream.js
-java/io/InputStreamReader.js
-java/io/ObjectStreamField.js
-java/io/OutputStream.js
-java/io/OutputStreamWriter.js
-java/io/PrintStream.js
-java/io/Reader.js
-java/io/StringReader.js
-java/io/StringWriter.js
-java/io/Writer.js
-java/lang/AbstractStringBuilder.js
-java/lang/AutoCloseable.js
-java/lang/Class.js
-java/lang/Enum.js
-java/lang/Iterable.js
-java/lang/Readable.js
-java/lang/Runtime.js
-java/lang/StringBuffer.js
-java/lang/StringBuilder.js
-java/lang/Thread.js
-java/lang/ThreadGroup.js
-java/lang/ThreadLocal.js
-java/lang/ref/ReferenceQueue.js
-java/lang/reflect/AccessibleObject.js
-java/lang/reflect/AnnotatedElement.js
-java/lang/reflect/Constructor.js
-java/lang/reflect/Method.js
-java/math/BigDecimal.js
-java/math/BigInteger.js
-java/math/MathContext.js
-java/math/RoundingMode.js
-java/net/ContentHandler.js
-java/net/HttpURLConnection.js
-java/net/URI.js
-java/net/URL.js
-java/net/URLConnection.js
-java/net/URLStreamHandler.js
-java/net/URLStreamHandlerFactory.js
-java/net/UnknownHostException.js
-java/nio/file/FileSystem.js
-java/nio/file/FileSystems.js
-java/nio/file/Path.js
-java/nio/file/Watchable.js
-java/nio/file/spi/FileSystemProvider.js
-java/security/AccessController.js
-java/security/PrivilegedAction.js
-java/security/PrivilegedExceptionAction.js
-java/text/AttributedCharacterIterator.js
-java/text/CharacterIterator.js
-java/text/DateFormat.js
-java/text/DateFormatSymbols.js
-java/text/DecimalFormat.js
-java/text/DecimalFormatSymbols.js
-java/text/DigitList.js
-java/text/FieldPosition.js
-java/text/Format.js
-java/text/MessageFormat.js
-java/text/NumberFormat.js
-java/text/SimpleDateFormat.js
-java/text/spi/BreakIteratorProvider.js
-java/text/spi/CollatorProvider.js
-java/text/spi/DateFormatProvider.js
-java/text/spi/DateFormatSymbolsProvider.js
-java/text/spi/DecimalFormatSymbolsProvider.js
-java/text/spi/NumberFormatProvider.js
-java/util/AbstractCollection.js
-java/util/AbstractList.js
-java/util/AbstractMap.js
-java/util/AbstractQueue.js
-java/util/AbstractSequentialList.js
-java/util/AbstractSet.js
-java/util/ArrayDeque.js
-java/util/ArrayList.js
-java/util/Arrays.js
-java/util/BitSet.js
-java/util/Calendar.js
-java/util/Collection.js
-java/util/Collections.js
-java/util/ComparableTimSort.js
-java/util/Comparator.js
-java/util/Deque.js
-java/util/Dictionary.js
-java/util/DualPivotQuicksort.js
-java/util/Enumeration.js
-java/util/EventListener.js
-java/util/EventObject.js
-java/util/Formatter.js
-java/util/GregorianCalendar.js
-java/util/HashMap.js
-java/util/HashSet.js
-java/util/Hashtable.js
-java/util/IdentityHashMap.js
-java/util/Iterator.js
-java/util/LinkedHashMap.js
-java/util/LinkedHashSet.js
-java/util/LinkedList.js
-java/util/List.js
-java/util/ListIterator.js
-java/util/Locale.js
-java/util/Map.js
-java/util/NavigableMap.js
-java/util/NavigableSet.js
-java/util/Objects.js
-java/util/Properties.js
-java/util/PropertyResourceBundle.js
-java/util/Queue.js
-java/util/Random.js
-java/util/RandomAccess.js
-java/util/RandomAccessSubList.js
-java/util/ResourceBundle.js
-java/util/ServiceLoader.js
-java/util/Set.js
-java/util/SortedMap.js
-java/util/SortedSet.js
-java/util/Stack.js
-java/util/StringTokenizer.js
-java/util/SubList.js
-java/util/TimSort.js
-java/util/TimeZone.js
-java/util/TreeMap.js
-java/util/TreeSet.js
-java/util/Vector.js
-java/util/WeakHashMap.js
-java/util/concurrent/AbstractExecutorService.js
-java/util/concurrent/BlockingQueue.js
-java/util/concurrent/ConcurrentHashMap.js
-java/util/concurrent/ConcurrentMap.js
-java/util/concurrent/Executor.js
-java/util/concurrent/ExecutorService.js
-java/util/concurrent/Executors.js
-java/util/concurrent/LinkedBlockingQueue.js
-java/util/concurrent/RejectedExecutionHandler.js
-java/util/concurrent/Semaphore.js
-java/util/concurrent/ThreadFactory.js
-java/util/concurrent/ThreadPoolExecutor.js
-java/util/concurrent/TimeUnit.js
-java/util/concurrent/atomic/AtomicInteger.js
-java/util/concurrent/locks/AbstractOwnableSynchronizer.js
-java/util/concurrent/locks/AbstractQueuedSynchronizer.js
-java/util/concurrent/locks/Condition.js
-java/util/concurrent/locks/Lock.js
-java/util/concurrent/locks/ReadWriteLock.js
-java/util/concurrent/locks/ReentrantLock.js
-java/util/concurrent/locks/ReentrantReadWriteLock.js
-java/util/jar/JarEntry.js
-java/util/jar/JarInputStream.js
-java/util/regex/MatchResult.js
-java/util/regex/Matcher.js
-java/util/regex/Pattern.js
-java/util/spi/CalendarDataProvider.js
-java/util/spi/CurrencyNameProvider.js
-java/util/spi/LocaleNameProvider.js
-java/util/spi/LocaleServiceProvider.js
-java/util/spi/TimeZoneNameProvider.js
-java/util/zip/CRC32.js
-java/util/zip/Inflater.js
-java/util/zip/InflaterInputStream.js
-java/util/zip/ZipConstants.js
-java/util/zip/ZipEntry.js
-java/util/zip/ZipInputStream.js
-javajs/api/BytePoster.js
-javajs/api/GenericCifDataParser.js
-javajs/api/GenericLineReader.js
-javajs/api/GenericOutputChannel.js
-javajs/api/JSONEncodable.js
-javajs/util/A4.js
-javajs/util/AU.js
-javajs/util/AjaxURLConnection.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandler.js
-javajs/util/AjaxURLStreamHandlerFactory.js
-javajs/util/BS.js
-javajs/util/Base64.js
-javajs/util/CU.js
-javajs/util/CifDataParser.js
-javajs/util/DF.js
-javajs/util/Encoding.js
-javajs/util/JSThread.js
-javajs/util/LimitedLineReader.js
-javajs/util/Lst.js
-javajs/util/M3.js
-javajs/util/M34.js
-javajs/util/M4.js
-javajs/util/OC.js
-javajs/util/P3.js
-javajs/util/P3i.js
-javajs/util/P4.js
-javajs/util/PT.js
-javajs/util/Rdr.js
-javajs/util/SB.js
-javajs/util/T3.js
-javajs/util/T3i.js
-javajs/util/T4.js
-javajs/util/V3.js
-javax/net/ssl/HttpsURLConnection.js
-javax/swing/AbstractAction.js
-javax/swing/AbstractButton.js
-javax/swing/AbstractListModel.js
-javax/swing/Action.js
-javax/swing/ActionMap.js
-javax/swing/AncestorNotifier.js
-javax/swing/ArrayTable.js
-javax/swing/Autoscroller.js
-javax/swing/BorderFactory.js
-javax/swing/BoundedRangeModel.js
-javax/swing/BoxLayout.js
-javax/swing/ButtonGroup.js
-javax/swing/ButtonModel.js
-javax/swing/CellRendererPane.js
-javax/swing/ClientPropertyKey.js
-javax/swing/ComboBoxEditor.js
-javax/swing/ComboBoxModel.js
-javax/swing/ComponentInputMap.js
-javax/swing/DefaultBoundedRangeModel.js
-javax/swing/DefaultButtonModel.js
-javax/swing/DefaultComboBoxModel.js
-javax/swing/DefaultDesktopManager.js
-javax/swing/DefaultListCellRenderer.js
-javax/swing/DefaultListSelectionModel.js
-javax/swing/DefaultRowSorter.js
-javax/swing/DefaultSingleSelectionModel.js
-javax/swing/DesktopManager.js
-javax/swing/DropMode.js
-javax/swing/FocusManager.js
-javax/swing/Icon.js
-javax/swing/ImageIcon.js
-javax/swing/InputMap.js
-javax/swing/InternalFrameFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/JApplet.js
-javax/swing/JButton.js
-javax/swing/JCheckBox.js
-javax/swing/JCheckBoxMenuItem.js
-javax/swing/JComboBox.js
-javax/swing/JComponent.js
-javax/swing/JDesktopPane.js
-javax/swing/JDialog.js
-javax/swing/JFrame.js
-javax/swing/JInternalFrame.js
-javax/swing/JLabel.js
-javax/swing/JLayeredPane.js
-javax/swing/JList.js
-javax/swing/JMenu.js
-javax/swing/JMenuBar.js
-javax/swing/JMenuItem.js
-javax/swing/JOptionPane.js
-javax/swing/JPanel.js
-javax/swing/JPopupMenu.js
-javax/swing/JProgressBar.js
-javax/swing/JRadioButtonMenuItem.js
-javax/swing/JRootPane.js
-javax/swing/JScrollBar.js
-javax/swing/JScrollPane.js
-javax/swing/JSeparator.js
-javax/swing/JTabbedPane.js
-javax/swing/JTable.js
-javax/swing/JTextArea.js
-javax/swing/JTextField.js
-javax/swing/JToggleButton.js
-javax/swing/JToolTip.js
-javax/swing/JViewport.js
-javax/swing/JWindow.js
-javax/swing/KeyStroke.js
-javax/swing/KeyboardManager.js
-javax/swing/LayoutComparator.js
-javax/swing/LayoutFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/ListCellRenderer.js
-javax/swing/ListModel.js
-javax/swing/ListSelectionModel.js
-javax/swing/LookAndFeel.js
-javax/swing/MenuElement.js
-javax/swing/MenuSelectionManager.js
-javax/swing/MutableComboBoxModel.js
-javax/swing/Popup.js
-javax/swing/PopupFactory.js
-javax/swing/RepaintManager.js
-javax/swing/RootPaneContainer.js
-javax/swing/RowSorter.js
-javax/swing/ScrollPaneConstants.js
-javax/swing/ScrollPaneLayout.js
-javax/swing/Scrollable.js
-javax/swing/SingleSelectionModel.js
-javax/swing/SizeRequirements.js
-javax/swing/SortOrder.js
-javax/swing/SortingFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingConstants.js
-javax/swing/SwingContainerOrderFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingDefaultFocusTraversalPolicy.js
-javax/swing/SwingPaintEventDispatcher.js
-javax/swing/SwingUtilities.js
-javax/swing/Timer.js
-javax/swing/ToolTipManager.js
-javax/swing/TransferHandler.js
-javax/swing/UIDefaults.js
-javax/swing/UIManager.js
-javax/swing/ViewportLayout.js
-javax/swing/WindowConstants.js
-javax/swing/border/AbstractBorder.js
-javax/swing/border/BevelBorder.js
-javax/swing/border/Border.js
-javax/swing/border/CompoundBorder.js
-javax/swing/border/EmptyBorder.js
-javax/swing/border/EtchedBorder.js
-javax/swing/border/LineBorder.js
-javax/swing/event/AncestorEvent.js
-javax/swing/event/AncestorListener.js
-javax/swing/event/CaretEvent.js
-javax/swing/event/CaretListener.js
-javax/swing/event/CellEditorListener.js
-javax/swing/event/ChangeEvent.js
-javax/swing/event/ChangeListener.js
-javax/swing/event/DocumentEvent.js
-javax/swing/event/DocumentListener.js
-javax/swing/event/EventListenerList.js
-javax/swing/event/HyperlinkListener.js
-javax/swing/event/InternalFrameAdapter.js
-javax/swing/event/InternalFrameEvent.js
-javax/swing/event/InternalFrameListener.js
-javax/swing/event/ListDataEvent.js
-javax/swing/event/ListDataListener.js
-javax/swing/event/ListSelectionEvent.js
-javax/swing/event/ListSelectionListener.js
-javax/swing/event/MenuEvent.js
-javax/swing/event/MenuKeyListener.js
-javax/swing/event/MenuListener.js
-javax/swing/event/MouseInputListener.js
-javax/swing/event/RowSorterEvent.js
-javax/swing/event/RowSorterListener.js
-javax/swing/event/SwingPropertyChangeSupport.js
-javax/swing/event/TableColumnModelEvent.js
-javax/swing/event/TableColumnModelListener.js
-javax/swing/event/TableModelEvent.js
-javax/swing/event/TableModelListener.js
-javax/swing/event/UndoableEditEvent.js
-javax/swing/event/UndoableEditListener.js
-javax/swing/plaf/ActionMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/BorderUIResource.js
-javax/swing/plaf/ColorUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentInputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/ComponentUI.js
-javax/swing/plaf/DimensionUIResource.js
-javax/swing/plaf/FontUIResource.js
-javax/swing/plaf/InputMapUIResource.js
-javax/swing/plaf/InsetsUIResource.js
-javax/swing/plaf/UIResource.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicBorders.js
-javax/swing/plaf/basic/BasicGraphicsUtils.js
-javax/swing/table/AbstractTableModel.js
-javax/swing/table/DefaultTableCellRenderer.js
-javax/swing/table/DefaultTableColumnModel.js
-javax/swing/table/DefaultTableModel.js
-javax/swing/table/JTableHeader.js
-javax/swing/table/TableCellRenderer.js
-javax/swing/table/TableColumn.js
-javax/swing/table/TableColumnModel.js
-javax/swing/table/TableModel.js
-javax/swing/table/TableRowSorter.js
-javax/swing/text/AbstractDocument.js
-javax/swing/text/AttributeSet.js
-javax/swing/text/BoxView.js
-javax/swing/text/Caret.js
-javax/swing/text/CompositeView.js
-javax/swing/text/DefaultCaret.js
-javax/swing/text/DefaultEditorKit.js
-javax/swing/text/Document.js
-javax/swing/text/EditorKit.js
-javax/swing/text/Element.js
-javax/swing/text/GapContent.js
-javax/swing/text/GapVector.js
-javax/swing/text/JTextComponent.js
-javax/swing/text/MutableAttributeSet.js
-javax/swing/text/PlainDocument.js
-javax/swing/text/PlainView.js
-javax/swing/text/Position.js
-javax/swing/text/Segment.js
-javax/swing/text/SegmentCache.js
-javax/swing/text/SimpleAttributeSet.js
-javax/swing/text/Style.js
-javax/swing/text/StyleConstants.js
-javax/swing/text/StyleContext.js
-javax/swing/text/TabExpander.js
-javax/swing/text/TextAction.js
-javax/swing/text/Utilities.js
-javax/swing/text/View.js
-javax/swing/text/WrappedPlainView.js
-javax/swing/tree/TreeNode.js
-javax/swing/undo/AbstractUndoableEdit.js
-javax/swing/undo/CompoundEdit.js
-javax/swing/undo/UndoableEdit.js
-javax/xml/bind/ContextFinder.js
-javax/xml/bind/GetPropertyAction.js
-javax/xml/bind/JAXBContext.js
-javax/xml/bind/JAXBContextFactory.js
-javax/xml/bind/JAXBElement.js
-javax/xml/bind/ModuleUtil.js
-javax/xml/bind/ServiceLoaderUtil.js
-javax/xml/bind/Unmarshaller.js
-javax/xml/bind/ValidationEventHandler.js
-javax/xml/bind/annotation/adapters/CollapsedStringAdapter.js
-javax/xml/bind/annotation/adapters/XmlAdapter.js
-javax/xml/bind/helpers/AbstractUnmarshallerImpl.js
-javax/xml/bind/helpers/DefaultValidationEventHandler.js
-javax/xml/datatype/XMLGregorianCalendar.js
-javax/xml/namespace/QName.js
-javax/xml/stream/XMLInputFactory.js
-javax/xml/stream/XMLStreamConstants.js
-javax/xml/stream/XMLStreamReader.js
-net/miginfocom/layout/AC.js
-net/miginfocom/layout/AnimSpec.js
-net/miginfocom/layout/BoundSize.js
-net/miginfocom/layout/CC.js
-net/miginfocom/layout/ComponentWrapper.js
-net/miginfocom/layout/ConstraintParser.js
-net/miginfocom/layout/ContainerWrapper.js
-net/miginfocom/layout/DimConstraint.js
-net/miginfocom/layout/Grid.js
-net/miginfocom/layout/LC.js
-net/miginfocom/layout/LayoutUtil.js
-net/miginfocom/layout/LinkHandler.js
-net/miginfocom/layout/PlatformDefaults.js
-net/miginfocom/layout/ResizeConstraint.js
-net/miginfocom/layout/UnitValue.js
-net/miginfocom/swing/MigLayout.js
-net/miginfocom/swing/SwingComponentWrapper.js
-net/miginfocom/swing/SwingContainerWrapper.js
-org/apache/xerces/jaxp/datatype/XMLGregorianCalendarImpl.js
-org/jmol/adapter/readers/cif/CifReader.js
-org/jmol/adapter/readers/cif/MMCifReader.js
-org/jmol/adapter/readers/pdb/PdbReader.js
-org/jmol/adapter/smarter/Atom.js
-org/jmol/adapter/smarter/AtomIterator.js
-org/jmol/adapter/smarter/AtomSetCollection.js
-org/jmol/adapter/smarter/AtomSetCollectionReader.js
-org/jmol/adapter/smarter/AtomSetObject.js
-org/jmol/adapter/smarter/Bond.js
-org/jmol/adapter/smarter/BondIterator.js
-org/jmol/adapter/smarter/Resolver.js
-org/jmol/adapter/smarter/SmarterJmolAdapter.js
-org/jmol/adapter/smarter/Structure.js
-org/jmol/adapter/smarter/StructureIterator.js
-org/jmol/api/AtomIndexIterator.js
-org/jmol/api/EventManager.js
-org/jmol/api/FontManager.js
-org/jmol/api/GenericFileInterface.js
-org/jmol/api/GenericMouseInterface.js
-org/jmol/api/GenericPlatform.js
-org/jmol/api/Interface.js
-org/jmol/api/JmolAdapter.js
-org/jmol/api/JmolAdapterAtomIterator.js
-org/jmol/api/JmolAdapterBondIterator.js
-org/jmol/api/JmolAdapterStructureIterator.js
-org/jmol/api/JmolCallbackListener.js
-org/jmol/api/JmolFilesReaderInterface.js
-org/jmol/api/JmolGraphicsInterface.js
-org/jmol/api/JmolMeasurementClient.js
-org/jmol/api/JmolRendererInterface.js
-org/jmol/api/JmolRepaintManager.js
-org/jmol/api/JmolScriptEvaluator.js
-org/jmol/api/JmolScriptFunction.js
-org/jmol/api/JmolScriptManager.js
-org/jmol/api/JmolSelectionListener.js
-org/jmol/api/JmolStatusListener.js
-org/jmol/api/JmolViewer.js
-org/jmol/api/PlatformViewer.js
-org/jmol/api/SymmetryInterface.js
-org/jmol/api/Translator.js
-org/jmol/atomdata/AtomDataServer.js
-org/jmol/atomdata/RadiusData.js
-org/jmol/awt/AwtFile.js
-org/jmol/awt/AwtFont.js
-org/jmol/awt/Display.js
-org/jmol/awt/Image.js
-org/jmol/awt/Mouse.js
-org/jmol/awt/Platform.js
-org/jmol/bspt/Bspf.js
-org/jmol/bspt/Bspt.js
-org/jmol/bspt/CubeIterator.js
-org/jmol/bspt/Element.js
-org/jmol/bspt/Leaf.js
-org/jmol/bspt/Node.js
-org/jmol/c/CBK.js
-org/jmol/c/FIL.js
-org/jmol/c/PAL.js
-org/jmol/c/STER.js
-org/jmol/c/STR.js
-org/jmol/c/VDW.js
-org/jmol/dssx/Bridge.js
-org/jmol/dssx/DSSP.js
-org/jmol/g3d/CylinderRenderer.js
-org/jmol/g3d/G3DRenderer.js
-org/jmol/g3d/Graphics3D.js
-org/jmol/g3d/HermiteRenderer.js
-org/jmol/g3d/LineRenderer.js
-org/jmol/g3d/Pixelator.js
-org/jmol/g3d/Platform3D.js
-org/jmol/g3d/PrecisionRenderer.js
-org/jmol/g3d/SphereRenderer.js
-org/jmol/g3d/TextRenderer.js
-org/jmol/g3d/TextString.js
-org/jmol/g3d/TriangleRenderer.js
-org/jmol/i18n/GT.js
-org/jmol/i18n/Language.js
-org/jmol/i18n/Resource.js
-org/jmol/io/FileReader.js
-org/jmol/io/FilesReader.js
-org/jmol/modelset/Atom.js
-org/jmol/modelset/AtomCollection.js
-org/jmol/modelset/AtomIteratorWithinModel.js
-org/jmol/modelset/Bond.js
-org/jmol/modelset/BondCollection.js
-org/jmol/modelset/BondIterator.js
-org/jmol/modelset/BondIteratorSelected.js
-org/jmol/modelset/Chain.js
-org/jmol/modelset/Group.js
-org/jmol/modelset/HBond.js
-org/jmol/modelset/LabelToken.js
-org/jmol/modelset/Measurement.js
-org/jmol/modelset/MeasurementData.js
-org/jmol/modelset/MeasurementPending.js
-org/jmol/modelset/Model.js
-org/jmol/modelset/ModelLoader.js
-org/jmol/modelset/ModelSet.js
-org/jmol/modelset/Orientation.js
-org/jmol/modelset/Structure.js
-org/jmol/modelset/Text.js
-org/jmol/modelset/TickInfo.js
-org/jmol/modelsetbio/AlphaMonomer.js
-org/jmol/modelsetbio/AlphaPolymer.js
-org/jmol/modelsetbio/AminoMonomer.js
-org/jmol/modelsetbio/AminoPolymer.js
-org/jmol/modelsetbio/BioModel.js
-org/jmol/modelsetbio/BioModelSet.js
-org/jmol/modelsetbio/BioPolymer.js
-org/jmol/modelsetbio/BioResolver.js
-org/jmol/modelsetbio/Helix.js
-org/jmol/modelsetbio/Monomer.js
-org/jmol/modelsetbio/ProteinStructure.js
-org/jmol/modelsetbio/Sheet.js
-org/jmol/modelsetbio/Turn.js
-org/jmol/render/BallsRenderer.js
-org/jmol/render/BbcageRenderer.js
-org/jmol/render/CageRenderer.js
-org/jmol/render/FontLineShapeRenderer.js
-org/jmol/render/FrankRenderer.js
-org/jmol/render/HoverRenderer.js
-org/jmol/render/LabelsRenderer.js
-org/jmol/render/MeasuresRenderer.js
-org/jmol/render/RepaintManager.js
-org/jmol/render/ShapeRenderer.js
-org/jmol/render/SticksRenderer.js
-org/jmol/render/TextRenderer.js
-org/jmol/render/UccageRenderer.js
-org/jmol/renderbio/BioShapeRenderer.js
-org/jmol/renderbio/CartoonRenderer.js
-org/jmol/renderbio/RocketsRenderer.js
-org/jmol/renderbio/StrandsRenderer.js
-org/jmol/script/ContextToken.js
-org/jmol/script/SV.js
-org/jmol/script/ScriptCompiler.js
-org/jmol/script/ScriptContext.js
-org/jmol/script/ScriptError.js
-org/jmol/script/ScriptEval.js
-org/jmol/script/ScriptExpr.js
-org/jmol/script/ScriptFlowContext.js
-org/jmol/script/ScriptFunction.js
-org/jmol/script/ScriptManager.js
-org/jmol/script/ScriptMathProcessor.js
-org/jmol/script/ScriptParam.js
-org/jmol/script/ScriptQueueThread.js
-org/jmol/script/ScriptTokenParser.js
-org/jmol/script/T.js
-org/jmol/scriptext/CmdExt.js
-org/jmol/scriptext/MathExt.js
-org/jmol/scriptext/ScriptExt.js
-org/jmol/shape/AtomShape.js
-org/jmol/shape/Balls.js
-org/jmol/shape/Bbcage.js
-org/jmol/shape/Echo.js
-org/jmol/shape/FontLineShape.js
-org/jmol/shape/Frank.js
-org/jmol/shape/Hover.js
-org/jmol/shape/Labels.js
-org/jmol/shape/Measures.js
-org/jmol/shape/Mesh.js
-org/jmol/shape/Shape.js
-org/jmol/shape/Sticks.js
-org/jmol/shape/TextShape.js
-org/jmol/shape/Uccage.js
-org/jmol/shapebio/BioShape.js
-org/jmol/shapebio/BioShapeCollection.js
-org/jmol/shapebio/Cartoon.js
-org/jmol/shapebio/Rockets.js
-org/jmol/symmetry/Symmetry.js
-org/jmol/symmetry/SymmetryInfo.js
-org/jmol/symmetry/UnitCell.js
-org/jmol/thread/HoverWatcherThread.js
-org/jmol/thread/JmolThread.js
-org/jmol/thread/TimeoutThread.js
-org/jmol/util/BSUtil.js
-org/jmol/util/BoxInfo.js
-org/jmol/util/C.js
-org/jmol/util/ColorEncoder.js
-org/jmol/util/CommandHistory.js
-org/jmol/util/DefaultLogger.js
-org/jmol/util/Edge.js
-org/jmol/util/Elements.js
-org/jmol/util/Escape.js
-org/jmol/util/Font.js
-org/jmol/util/GData.js
-org/jmol/util/Geodesic.js
-org/jmol/util/Int2IntHash.js
-org/jmol/util/Int2IntHashEntry.js
-org/jmol/util/Logger.js
-org/jmol/util/LoggerInterface.js
-org/jmol/util/MeshSurface.js
-org/jmol/util/Node.js
-org/jmol/util/Normix.js
-org/jmol/util/Point3fi.js
-org/jmol/util/Rectangle.js
-org/jmol/util/Rgb16.js
-org/jmol/util/Shader.js
-org/jmol/util/SimpleEdge.js
-org/jmol/util/SimpleNode.js
-org/jmol/util/SimpleUnitCell.js
-org/jmol/util/TempArray.js
-org/jmol/viewer/ActionManager.js
-org/jmol/viewer/AnimationManager.js
-org/jmol/viewer/ColorManager.js
-org/jmol/viewer/FileManager.js
-org/jmol/viewer/Gesture.js
-org/jmol/viewer/GlobalSettings.js
-org/jmol/viewer/JC.js
-org/jmol/viewer/ModelManager.js
-org/jmol/viewer/MotionPoint.js
-org/jmol/viewer/MouseState.js
-org/jmol/viewer/SelectionManager.js
-org/jmol/viewer/ShapeManager.js
-org/jmol/viewer/StateManager.js
-org/jmol/viewer/StatusManager.js
-org/jmol/viewer/TransformManager.js
-org/jmol/viewer/Viewer.js
-org/jmol/viewer/binding/Binding.js
-org/jmol/viewer/binding/JmolBinding.js
-org/json/simple/parser/ParseException.js
-org/xml/sax/AttributeList.js
-org/xml/sax/Attributes.js
-org/xml/sax/ContentHandler.js
-org/xml/sax/InputSource.js
-org/xml/sax/Parser.js
-org/xml/sax/XMLReader.js
-org/xml/sax/ext/Attributes2.js
-sun/awt/AWTAutoShutdown.js
-sun/awt/AppContext.js
-sun/awt/CausedFocusEvent.js
-sun/awt/ComponentFactory.js
-sun/awt/EventQueueItem.js
-sun/awt/MostRecentKeyValue.js
-sun/awt/MostRecentThreadAppContext.js
-sun/awt/PaintEventDispatcher.js
-sun/awt/PostEventQueue.js
-sun/awt/RequestFocusController.js
-sun/awt/SunGraphicsCallback.js
-sun/awt/SunToolkit.js
-sun/awt/image/DataStealer.js
-sun/awt/image/IntegerComponentRaster.js
-sun/awt/image/IntegerInterleavedRaster.js
-sun/awt/image/OffScreenImageSource.js
-sun/awt/image/SunWritableRaster.js
-sun/font/AttributeValues.js
-sun/font/EAttribute.js
-sun/font/FontDesignMetrics.js
-sun/java2d/StateTrackable.js
-sun/java2d/StateTrackableDelegate.js
-sun/net/www/MessageHeader.js
-sun/swing/DefaultLookup.js
-sun/swing/StringUIClientPropertyKey.js
-sun/swing/SwingLazyValue.js
-sun/swing/SwingUtilities2.js
-sun/swing/UIAction.js
-sun/swing/UIClientPropertyKey.js
-sun/swing/table/DefaultTableCellHeaderRenderer.js
-sun/text/resources/FormatData.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en_GB.js
-sun/text/resources/en/FormatData_en_US.js
-sun/util/calendar/AbstractCalendar.js
-sun/util/calendar/BaseCalendar.js
-sun/util/calendar/CalendarDate.js
-sun/util/calendar/CalendarSystem.js
-sun/util/calendar/CalendarUtils.js
-sun/util/calendar/Gregorian.js
-sun/util/calendar/ZoneInfo.js
-sun/util/calendar/ZoneInfoFile.js
-sun/util/locale/BaseLocale.js
-sun/util/locale/LanguageTag.js
-sun/util/locale/LocaleUtils.js
-sun/util/locale/provider/AuxLocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/AvailableLanguageTags.js
-sun/util/locale/provider/CalendarDataProviderImpl.js
-sun/util/locale/provider/CalendarDataUtility.js
-sun/util/locale/provider/CalendarProviderImpl.js
-sun/util/locale/provider/DateFormatProviderImpl.js
-sun/util/locale/provider/JRELocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo.js
-sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter.js
-sun/util/locale/provider/LocaleResources.js
-sun/util/locale/provider/LocaleServiceProviderPool.js
-sun/util/locale/provider/ResourceBundleBasedAdapter.js
-sun/util/locale/provider/SPILocaleProviderAdapter.js
-sun/util/resources/LocaleData.js
-sun/util/resources/ParallelListResourceBundle.js
-sun/util/spi/CalendarProvider.js
-swingjs/JSApp.js
-swingjs/JSAppletThread.js
-swingjs/JSAppletViewer.js
-swingjs/JSDummyApplet.js
-swingjs/JSFileSystem.js
-swingjs/JSFocusPeer.js
-swingjs/JSFontMetrics.js
-swingjs/JSFrameViewer.js
-swingjs/JSGraphics2D.js
-swingjs/JSGraphicsConfiguration.js
-swingjs/JSGraphicsEnvironment.js
-swingjs/JSImage.js
-swingjs/JSImagekit.js
-swingjs/JSKeyEvent.js
-swingjs/JSMenuManager.js
-swingjs/JSMouse.js
-swingjs/JSScreenDevice.js
-swingjs/JSThreadGroup.js
-swingjs/JSToolkit.js
-swingjs/JSUtil.js
-swingjs/a2s/A2SContainer.js
-swingjs/a2s/Dialog.js
-swingjs/api/Interface.js
-swingjs/api/JSUtilI.js
-swingjs/api/js/DOMNode.js
-swingjs/api/js/HTML5Canvas.js
-swingjs/api/js/HTML5CanvasContext2D.js
-swingjs/api/js/JSFunction.js
-swingjs/api/js/JSInterface.js
-swingjs/jquery/JQueryUI.js
-swingjs/json/JSON.js
-swingjs/jzlib/Adler32.js
-swingjs/jzlib/CRC32.js
-swingjs/jzlib/Checksum.js
-swingjs/jzlib/InfBlocks.js
-swingjs/jzlib/InfCodes.js
-swingjs/jzlib/InfTree.js
-swingjs/jzlib/Inflate.js
-swingjs/jzlib/Inflater.js
-swingjs/jzlib/InflaterInputStream.js
-swingjs/jzlib/ZStream.js
-swingjs/plaf/BasicComboBoxEditor.js
-swingjs/plaf/BasicComboBoxRenderer.js
-swingjs/plaf/BasicHTML.js
-swingjs/plaf/ButtonListener.js
-swingjs/plaf/CellHolder.js
-swingjs/plaf/DefaultMenuLayout.js
-swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.js
-swingjs/plaf/JSAppletUI.js
-swingjs/plaf/JSButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSCheckBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboBoxUI.js
-swingjs/plaf/JSComboPopupList.js
-swingjs/plaf/JSComponentUI.js
-swingjs/plaf/JSDesktopIconUI.js
-swingjs/plaf/JSDesktopPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSDialogUI.js
-swingjs/plaf/JSEventHandler.js
-swingjs/plaf/JSFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSGraphicsUtils.js
-swingjs/plaf/JSInternalFrameUI.js
-swingjs/plaf/JSLabelUI.js
-swingjs/plaf/JSLayeredPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSLightweightUI.js
-swingjs/plaf/JSListUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuBarUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSOptionPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSPanelUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupMenuUI.js
-swingjs/plaf/JSPopupUI.js
-swingjs/plaf/JSProgressBarUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonMenuItemUI.js
-swingjs/plaf/JSRadioButtonUI.js
-swingjs/plaf/JSRootPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollBarUI.js
-swingjs/plaf/JSScrollPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSSeparatorUI.js
-swingjs/plaf/JSSliderUI.js
-swingjs/plaf/JSTabbedPaneUI.js
-swingjs/plaf/JSTableHeaderUI.js
-swingjs/plaf/JSTableUI.js
-swingjs/plaf/JSTextAreaUI.js
-swingjs/plaf/JSTextFieldUI.js
-swingjs/plaf/JSTextUI.js
-swingjs/plaf/JSToolTipUI.js
-swingjs/plaf/JSViewportUI.js
-swingjs/plaf/JSWindowUI.js
-swingjs/plaf/LazyActionMap.js
-swingjs/plaf/Resizer.js
-swingjs/plaf/TextListener.js
-swingjs/xml/JSJAXBClass.js
-swingjs/xml/JSJAXBContext.js
-swingjs/xml/JSJAXBContextFactory.js
-swingjs/xml/JSJAXBField.js
-swingjs/xml/JSJAXBUnmarshaller.js
-swingjs/xml/JSSAXAttributes.js
-swingjs/xml/JSSAXParser.js
-swingjs/xml/JSXMLGregorianCalendarImpl.js
-swingjs/xml/JSXMLInputFactory.js
-swingjs/xml/JSXMLStreamReader.js
index 7d802f2..fc73c18 100644 (file)
@@ -15,7 +15,8 @@ Info = {
        serverURL: 'https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/php/jsmol.php',
        j2sPath: 'swingjs/j2s',
        console:'sysoutdiv',
-       allowjavascript: true
+       allowjavascript: true,
+  namespace: ""
 }
 </script>
 </head>
diff --git a/utils/jalviewjs/libjs/Jmol-SwingJS.zip b/utils/jalviewjs/libjs/Jmol-SwingJS.zip
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ca35779
Binary files /dev/null and b/utils/jalviewjs/libjs/Jmol-SwingJS.zip differ
diff --git a/utils/jalviewjs/libjs/jmol-app.zip b/utils/jalviewjs/libjs/jmol-app.zip
deleted file mode 100644 (file)
index 65732a4..0000000
Binary files a/utils/jalviewjs/libjs/jmol-app.zip and /dev/null differ
diff --git a/utils/jalviewjs/site-resources/examples/exampleFile_2_7.jar b/utils/jalviewjs/site-resources/examples/exampleFile_2_7.jar
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7cd9d77
Binary files /dev/null and b/utils/jalviewjs/site-resources/examples/exampleFile_2_7.jar differ
diff --git a/utils/jalviewjs/site-resources/images/jv.gif b/utils/jalviewjs/site-resources/images/jv.gif
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f5cca49
Binary files /dev/null and b/utils/jalviewjs/site-resources/images/jv.gif differ
diff --git a/utils/jalviewjs/site-resources/jalview_bin_Jalview-namespace.html b/utils/jalviewjs/site-resources/jalview_bin_Jalview-namespace.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2a5ccc5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,36 @@
+<!DOCTYPE html>
+<html>
+<head>
+<title>SwingJS test Jalview</title><meta charset="utf-8" />
+<script src="swingjs/swingjs2.js"></script>
+<script>
+if (!self.SwingJS)alert('swingjs2.js was not found. It needs to be in swingjs folder in the same directory as ' + document.location.href)
+Info = {
+  code: null,
+  main: "jalview.bin.Jalview",
+  core: "NONE",
+  width: 850,
+  height: 550,
+  readyFunction: null,
+  serverURL: 'https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/php/jsmol.php',
+  j2sPath: 'swingjs/j2s',
+  console:'sysoutdiv',
+  allowjavascript: true,
+  namespace: "jv"
+}
+</script>
+</head>
+<body>
+<div id="jv:jalviewSplash" style="position:absolute;right:10px;top:10px;">
+<img src="images/jv.gif">
+</div>
+<script>
+SwingJS.getApplet('testApplet', Info)
+getClassList = function(){J2S._saveFile('_j2sclasslist.txt', Clazz.ClassFilesLoaded.sort().join('\n'))}
+</script>
+<div style="position:absolute;left:10px;top:10px;width:640px;height:1200px;">
+<div id="sysoutdiv" contentEditable="true" style="border:1px solid green;width:100%;height:95%;overflow:auto"></div>
+This is System.out. <a href="javascript:testApplet._clearConsole()">clear it</a>  <a href='javascript:J2S.getProfile()'>start/stop profiling</a><br>see <a href=___j2sflags.htm>___j2sflags.htm</a> for SwingJS URL command-line options<br><a href="javascript:getClassList()">get _j2sClassList.txt</a>
+</div>
+</body>
+</html>
index 27fd9a4..7ca150e 100644 (file)
@@ -16,7 +16,8 @@ Info = {
        serverURL: 'https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/php/jsmol.php',
        j2sPath: 'swingjs/j2s',
        console:'sysoutdiv',
-       allowjavascript: true
+       allowjavascript: true,
+  namespace: ""
 }
 </script>
 </head>
diff --git a/utils/jalviewjs/some_commands.txt b/utils/jalviewjs/some_commands.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b7a122c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,19 @@
+java -Xmx2g -Dfile.encoding=UTF-8 -Duser.country=GB -Duser.language=en -Duser.variant -cp ./tools/closure-compiler-v20230802.jar com.google.javascript.jscomp.CommandLineRunner --compilation_level ADVANCED --warning_level QUIET --charset UTF-8 --js='./build/jalviewjs/site/swingjs/**.js' --js='!**/DatabaseReaction.js' --js='!**/FileTime.js' --js='!**/ChoiceFormat.js' --js='!**/TableView.js' --js='!**/JSVApplet.js' --js='!**/NativeMDLReactionReader.js' --js='!**/AsyncCallback.js' --js='!**/_ES6/jsutil.js' --js='!**/org/jmol/inchi/InChIJS.js' --js='!**/j2s/swingjs/JSUtil2.js' --js='!**/j2s/core/*.js' --js='!**/js/core/*' --js_output_file ./coreall-advanced.z.js > errors.txt
+
+grep JSC_UNDEFINED_VARIABLE errors.txt  | perl -n -e 'm/.* variable (\S+) is undeclared/ && print "var $1;\n";'  > externs.txt
+
+java -Xmx2g -Dfile.encoding=UTF-8 -Duser.country=GB -Duser.language=en -Duser.variant -cp ./tools/closure-compiler-v20230802.jar com.google.javascript.jscomp.CommandLineRunner --compilation_level ADVANCED --warning_level QUIET --charset UTF-8 --js='./build/jalviewjs/site/swingjs/**.js' --js='!**/DatabaseReaction.js' --js='!**/FileTime.js' --js='!**/ChoiceFormat.js' --js='!**/TableView.js' --js='!**/JSVApplet.js' --js='!**/NativeMDLReactionReader.js' --js='!**/AsyncCallback.js' --js='!**/_ES6/jsutil.js' --js='!**/org/jmol/inchi/InChIJS.js' --js='!**/j2s/swingjs/JSUtil2.js' --js='!**/j2s/core/*.js' --js='!**/js/core/*' --js_output_file ./coreall-advanced.z.js --externs=./externs.txt
+
+java -Xmx2g -Dfile.encoding=UTF-8 -Duser.country=GB -Duser.language=en -Duser.variant -cp ./tools/closure-compiler-v20230802.jar com.google.javascript.jscomp.CommandLineRunner --compilation_level SIMPLE --warning_level QUIET --charset UTF-8 --js='./build/jalviewjs/site/swingjs/**.js' --js='!**/DatabaseReaction.js' --js='!**/FileTime.js' --js='!**/ChoiceFormat.js' --js='!**/TableView.js' --js='!**/JSVApplet.js' --js='!**/NativeMDLReactionReader.js' --js='!**/AsyncCallback.js' --js='!**/_ES6/jsutil.js' --js='!**/org/jmol/inchi/InChIJS.js' --js='!**/j2s/swingjs/JSUtil2.js' --js='!**/j2s/core/*.js' --js='!**/js/core/*' --js_output_file ./coreall-simple.z.js --externs=./externs.txt
+
+cat ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/com/actelion/research/chem/io/NativeMDLReactionReader.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/com/actelion/research/chem/reaction/DatabaseReaction.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/java/nio/file/attribute/FileTime.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/java/text/ChoiceFormat.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/javax/swing/text/html/TableView.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/jme/js/AsyncCallback.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/jspecview/appletjs/JSVApplet.js > problems1.js
+
+cat ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/resources/_ES6/jsutil.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/_ES6/jsutil.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/org/jmol/inchi/InChIJS.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/swingjs/JSUtil2.js > problems2.js
+
+cat ./build/jalviewjs/site/swingjs/js/core/coretop2.js ./coreall-simple.z.js ./problems1.js ./problems2.js ./build/jalviewjs/site/swingjs/js/core/corebottom2.js > ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/core/coreall.z.js
+
+
+--
+
+
+perl -p -i -e 's/colorPtToFFRGB\$javajs_util_T3d/colorPtToFFRGB\$javajs_util_T3/' $(grep -rl 'colorPtToFFRGB$javajs_util_T3d' ./build/jalviewjs/site/swingjs/j2s/)
index 7c20d44..e7fb5e9 100644 (file)
@@ -15,7 +15,8 @@ Info = {
        serverURL: 'https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/php/jsmol.php',
        j2sPath: 'swingjs/j2s',
        console:'sysoutdiv',
-       allowjavascript: true
+       allowjavascript: true,
+  namespace: ""
 }
 </script>
 </head>