JAL-629 Add link and example for BioJS image output
authorBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Wed, 20 Sep 2023 10:23:05 +0000 (11:23 +0100)
committerBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Wed, 20 Sep 2023 10:23:05 +0000 (11:23 +0100)
help/help/html/features/clarguments-basic.html

index 44c3459..f9fef90 100644 (file)
   <h3><a name="vector"></a>Vector image export (<code>svg</code>, <code>eps</code>, <code>html</code>, <code>biojs</code>)</h3>
 
   <p>
-  Jalview can export an alignment in Encapsulated PostScript (<code>eps</code>), Scalable Vector Graphics (<code>svg</code>), HTML (<code>html</code>) or BioJSON -- another HTML format (<code>biojs</code>), by using, e.g.
+  Jalview can export an alignment in Encapsulated PostScript (<code>eps</code>), Scalable Vector Graphics (<code>svg</code>), HTML (<code>html</code>) or <a href="biojsmsa.html">BioJSON</a> -- another HTML format with an interactive MSA viewer (<code>biojs</code>), by using, e.g.
   <pre>
   jalview --open examples/uniref50.fa --colour gecos-flower --image printable.eps
   </pre>
   jalview --open examples/uniref50.fa --colour gecos-flower --image printable.eps
   jalview --open examples/uniref50.fa --colour gecos-flower --image printable.postscript --type eps
   jalview --open examples/uniref50.fa --colour gecos-flower --image [type=eps]printable.postscript
+  jalview --open examples/uniref50.fa --colour gecos-flower --image [type=biojs]printable.html
   </pre>
   </p>