probably unnecessary optimisation (SequenceGroup.addSequence is probably rate limitin...
authorjprocter <Jim Procter>
Fri, 22 Feb 2008 16:31:03 +0000 (16:31 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Fri, 22 Feb 2008 16:31:03 +0000 (16:31 +0000)
src/jalview/gui/ScalePanel.java

index 3e91f21..d8bdba3 100755 (executable)
-/*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
- * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- *\r
- * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
- * of the License, or (at your option) any later version.\r
- *\r
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
- * GNU General Public License for more details.\r
- *\r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
- * along with this program; if not, write to the Free Software\r
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
- */\r
-package jalview.gui;\r
-\r
-import java.awt.*;\r
-import java.awt.event.*;\r
-import javax.swing.*;\r
-\r
-import jalview.datamodel.*;\r
-\r
-/**\r
- * DOCUMENT ME!\r
- *\r
- * @author $author$\r
- * @version $Revision$\r
- */\r
-public class ScalePanel\r
-    extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
-{\r
-  protected int offy = 4;\r
-\r
-  /** DOCUMENT ME!! */\r
-  public int width;\r
-  protected AlignViewport av;\r
-  AlignmentPanel ap;\r
-  boolean stretchingGroup = false;\r
-  int min; //used by mouseDragged to see if user\r
-  int max; //used by mouseDragged to see if user\r
-  boolean mouseDragging = false;\r
-\r
-  // wants to delete columns\r
-  public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
-  {\r
-    this.av = av;\r
-    this.ap = ap;\r
-\r
-    addMouseListener(this);\r
-    addMouseMotionListener(this);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param evt DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
-    final int res;\r
-\r
-    if (av.hasHiddenColumns)\r
-    {\r
-      res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      res = x;\r
-    }\r
-\r
-    min = res;\r
-    max = res;\r
-\r
-    if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
-    {\r
-      JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
-      if (reveal != null)\r
-      {\r
-        JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
-        item.addActionListener(new ActionListener()\r
-        {\r
-          public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
-          {\r
-            av.showColumn(reveal[0]);\r
-            reveal = null;\r
-            ap.paintAlignment(true);\r
-            if (ap.overviewPanel != null)\r
-            {\r
-              ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
-            }\r
-          }\r
-        });\r
-        pop.add(item);\r
-\r
-        if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
-        {\r
-          item = new JMenuItem("Reveal All");\r
-          item.addActionListener(new ActionListener()\r
-          {\r
-            public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
-            {\r
-              av.showAllHiddenColumns();\r
-              reveal = null;\r
-              ap.paintAlignment(true);\r
-              if (ap.overviewPanel != null)\r
-              {\r
-                ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
-              }\r
-            }\r
-          });\r
-          pop.add(item);\r
-        }\r
-        pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
-      }\r
-      else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
-      {\r
-        JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
-        item.addActionListener(new ActionListener()\r
-        {\r
-          public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
-          {\r
-            av.hideColumns(res, res);\r
-            if (av.getSelectionGroup() != null\r
-                && av.getSelectionGroup().getSize() == av.alignment.getHeight())\r
-            {\r
-              av.setSelectionGroup(null);\r
-            }\r
-\r
-            ap.paintAlignment(true);\r
-            if (ap.overviewPanel != null)\r
-            {\r
-              ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
-            }\r
-          }\r
-        });\r
-        pop.add(item);\r
-        pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
-      }\r
-    }\r
-    else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
-    {\r
-      if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
-      {\r
-        av.getColumnSelection().clear();\r
-      }\r
-\r
-      av.getColumnSelection().addElement(res);\r
-      SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
-      for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
-      {\r
-        sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
-      }\r
-\r
-      sg.setStartRes(res);\r
-      sg.setEndRes(res);\r
-      av.setSelectionGroup(sg);\r
-\r
-      if (evt.isShiftDown())\r
-      {\r
-        int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
-        int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
-        for (int i = min; i < max; i++)\r
-        {\r
-          av.getColumnSelection().addElement(i);\r
-        }\r
-        sg.setStartRes(min);\r
-        sg.setEndRes(max);\r
-      }\r
-\r
-    }\r
-\r
-    ap.paintAlignment(false);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param evt DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    mouseDragging = false;\r
-\r
-    int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
-\r
-    if (res > av.alignment.getWidth())\r
-    {\r
-      res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
-    }\r
-\r
-    if (av.hasHiddenColumns)\r
-    {\r
-      res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
-    }\r
-\r
-    if (!stretchingGroup)\r
-    {\r
-      ap.paintAlignment(false);\r
-\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
-\r
-    if (sg != null)\r
-    {\r
-      if (res > sg.getStartRes())\r
-      {\r
-        sg.setEndRes(res);\r
-      }\r
-      else if (res < sg.getStartRes())\r
-      {\r
-        sg.setStartRes(res);\r
-      }\r
-    }\r
-    stretchingGroup = false;\r
-    ap.paintAlignment(false);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param evt DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    mouseDragging = true;\r
-\r
-    int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
-    if (res < 0)\r
-    {\r
-      res = 0;\r
-    }\r
-\r
-    if (av.hasHiddenColumns)\r
-    {\r
-      res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
-    }\r
-\r
-    if (res > av.alignment.getWidth())\r
-    {\r
-      res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
-    }\r
-\r
-    if (res < min)\r
-    {\r
-      min = res;\r
-    }\r
-\r
-    if (res > max)\r
-    {\r
-      max = res;\r
-    }\r
-\r
-    SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
-\r
-    if (sg != null)\r
-    {\r
-      stretchingGroup = true;\r
-\r
-      if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
-      {\r
-        av.getColumnSelection().addElement(res);\r
-      }\r
-\r
-      if (res > sg.getStartRes())\r
-      {\r
-        sg.setEndRes(res);\r
-      }\r
-      if (res < sg.getStartRes())\r
-      {\r
-        sg.setStartRes(res);\r
-      }\r
-\r
-      int col;\r
-      for (int i = min; i <= max; i++)\r
-      {\r
-        col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);\r
-\r
-        if ( (col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))\r
-        {\r
-          av.getColumnSelection().removeElement(col);\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          av.getColumnSelection().addElement(col);\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      ap.paintAlignment(false);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    if (mouseDragging)\r
-    {\r
-      ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    if (mouseDragging)\r
-    {\r
-      ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
-  {}\r
-\r
-  public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    if (!av.hasHiddenColumns)\r
-    {\r
-      return;\r
-    }\r
-\r
-    int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
-\r
-    res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
-\r
-    reveal = null;\r
-    for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
-    {\r
-      int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
-          elementAt(i);\r
-      if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
-      {\r
-        reveal = region;\r
-        ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
-        this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
-        break;\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        this.setToolTipText(null);\r
-      }\r
-\r
-    }\r
-\r
-    repaint();\r
-  }\r
-\r
-  int[] reveal;\r
-\r
-  /**\r
-   * DOCUMENT ME!\r
-   *\r
-   * @param g DOCUMENT ME!\r
-   */\r
-  public void paintComponent(Graphics g)\r
-  {\r
-    drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
-  }\r
-\r
-  // scalewidth will normally be screenwidth,\r
-  public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
-                        int height)\r
-  {\r
-    Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
-    gg.setFont(av.getFont());\r
-\r
-    if (av.antiAlias)\r
-    {\r
-      gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
-                          RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
-    }\r
-\r
-    //Fill in the background\r
-    gg.setColor(Color.white);\r
-    gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
-    gg.setColor(Color.black);\r
-\r
-    //Fill the selected columns\r
-    ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
-    gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
-\r
-    for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
-    {\r
-      int sel = cs.columnAt(i);\r
-      if (av.hasHiddenColumns)\r
-      {\r
-        sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
-      }\r
-\r
-      if ( (sel >= startx) && (sel <= endx))\r
-      {\r
-        gg.fillRect( (sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
-                    getHeight());\r
-      }\r
-    }\r
-\r
-    // Draw the scale numbers\r
-    gg.setColor(Color.black);\r
-\r
-    int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
-\r
-    FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
-    int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
-\r
-    if ( (scalestartx % 10) == 0)\r
-    {\r
-      scalestartx += 5;\r
-    }\r
-\r
-    String string;\r
-    int maxX = 0;\r
-\r
-    for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
-    {\r
-      if ( (i % 10) == 0)\r
-      {\r
-        string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(\r
-            i));\r
-        if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
-        {\r
-          gg.drawString(string,\r
-                        (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
-          maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
-        }\r
-\r
-        gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
-                            (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
-                    (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
-                           (av.charWidth / 2)),\r
-                    y + (fm.getDescent() * 2));\r
-\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
-                            (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
-                    (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
-                           (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
-      }\r
-    }\r
-\r
-    if (av.hasHiddenColumns)\r
-    {\r
-      gg.setColor(Color.blue);\r
-      int res;\r
-      if (av.getShowHiddenMarkers())\r
-      {\r
-        for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
-             i++)\r
-        {\r
-\r
-          res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
-              startx;\r
-\r
-          if (res < 0 || res > endx - scalestartx)\r
-          {\r
-            continue;\r
-          }\r
-\r
-          gg.fillPolygon(new int[]\r
-                         {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
-                         res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
-                         res * av.charWidth},\r
-                         new int[]\r
-                         {\r
-                         y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
-                         y + 8\r
-          }, 3);\r
-\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
-      {\r
-        gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
-      }\r
-    }\r
-\r
-  }\r
-}\r
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
+ * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ *
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ */
+package jalview.gui;
+
+import java.awt.*;
+import java.awt.event.*;
+import javax.swing.*;
+
+import jalview.datamodel.*;
+
+/**
+ * DOCUMENT ME!
+ *
+ * @author $author$
+ * @version $Revision$
+ */
+public class ScalePanel
+    extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener
+{
+  protected int offy = 4;
+
+  /** DOCUMENT ME!! */
+  public int width;
+  protected AlignViewport av;
+  AlignmentPanel ap;
+  boolean stretchingGroup = false;
+  int min; //used by mouseDragged to see if user
+  int max; //used by mouseDragged to see if user
+  boolean mouseDragging = false;
+
+  // wants to delete columns
+  public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
+  {
+    this.av = av;
+    this.ap = ap;
+
+    addMouseListener(this);
+    addMouseMotionListener(this);
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param evt DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mousePressed(MouseEvent evt)
+  {
+    int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
+    final int res;
+
+    if (av.hasHiddenColumns)
+    {
+      res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
+    }
+    else
+    {
+      res = x;
+    }
+
+    min = res;
+    max = res;
+
+    if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
+    {
+      JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
+      if (reveal != null)
+      {
+        JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");
+        item.addActionListener(new ActionListener()
+        {
+          public void actionPerformed(ActionEvent e)
+          {
+            av.showColumn(reveal[0]);
+            reveal = null;
+            ap.paintAlignment(true);
+            if (ap.overviewPanel != null)
+            {
+              ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
+            }
+          }
+        });
+        pop.add(item);
+
+        if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
+        {
+          item = new JMenuItem("Reveal All");
+          item.addActionListener(new ActionListener()
+          {
+            public void actionPerformed(ActionEvent e)
+            {
+              av.showAllHiddenColumns();
+              reveal = null;
+              ap.paintAlignment(true);
+              if (ap.overviewPanel != null)
+              {
+                ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
+              }
+            }
+          });
+          pop.add(item);
+        }
+        pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
+      }
+      else if (av.getColumnSelection().contains(res))
+      {
+        JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");
+        item.addActionListener(new ActionListener()
+        {
+          public void actionPerformed(ActionEvent e)
+          {
+            av.hideColumns(res, res);
+            if (av.getSelectionGroup() != null
+                && av.getSelectionGroup().getSize() == av.alignment.getHeight())
+            {
+              av.setSelectionGroup(null);
+            }
+
+            ap.paintAlignment(true);
+            if (ap.overviewPanel != null)
+            {
+              ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
+            }
+          }
+        });
+        pop.add(item);
+        pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
+      }
+    }
+    else // LEFT MOUSE TO SELECT
+    {
+      if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
+      {
+        av.getColumnSelection().clear();
+      }
+
+      av.getColumnSelection().addElement(res);
+      SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
+      // try to be as quick as possible
+      SequenceI[] iVec = av.alignment.getSequencesArray(); 
+      for (int i = 0; i < iVec.length; i++)
+      {
+        sg.addSequence(iVec[i], false);
+        iVec[i] = null;
+      }
+      iVec=null;
+      sg.setStartRes(res);
+      sg.setEndRes(res);
+      av.setSelectionGroup(sg);
+
+      if (evt.isShiftDown())
+      {
+        int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
+        int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
+        for (int i = min; i < max; i++)
+        {
+          av.getColumnSelection().addElement(i);
+        }
+        sg.setStartRes(min);
+        sg.setEndRes(max);
+      }
+
+    }
+
+    ap.paintAlignment(false);
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param evt DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mouseReleased(MouseEvent evt)
+  {
+    mouseDragging = false;
+
+    int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
+
+    if (res > av.alignment.getWidth())
+    {
+      res = av.alignment.getWidth() - 1;
+    }
+
+    if (av.hasHiddenColumns)
+    {
+      res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
+    }
+
+    if (!stretchingGroup)
+    {
+      ap.paintAlignment(false);
+
+      return;
+    }
+
+    SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
+
+    if (sg != null)
+    {
+      if (res > sg.getStartRes())
+      {
+        sg.setEndRes(res);
+      }
+      else if (res < sg.getStartRes())
+      {
+        sg.setStartRes(res);
+      }
+    }
+    stretchingGroup = false;
+    ap.paintAlignment(false);
+  }
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param evt DOCUMENT ME!
+   */
+  public void mouseDragged(MouseEvent evt)
+  {
+    mouseDragging = true;
+
+    int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
+    if (res < 0)
+    {
+      res = 0;
+    }
+
+    if (av.hasHiddenColumns)
+    {
+      res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
+    }
+
+    if (res > av.alignment.getWidth())
+    {
+      res = av.alignment.getWidth() - 1;
+    }
+
+    if (res < min)
+    {
+      min = res;
+    }
+
+    if (res > max)
+    {
+      max = res;
+    }
+
+    SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
+
+    if (sg != null)
+    {
+      stretchingGroup = true;
+
+      if (!av.getColumnSelection().contains(res))
+      {
+        av.getColumnSelection().addElement(res);
+      }
+
+      if (res > sg.getStartRes())
+      {
+        sg.setEndRes(res);
+      }
+      if (res < sg.getStartRes())
+      {
+        sg.setStartRes(res);
+      }
+
+      int col;
+      for (int i = min; i <= max; i++)
+      {
+        col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
+
+        if ( (col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
+        {
+          av.getColumnSelection().removeElement(col);
+        }
+        else
+        {
+          av.getColumnSelection().addElement(col);
+        }
+      }
+
+      ap.paintAlignment(false);
+    }
+  }
+
+  public void mouseEntered(MouseEvent evt)
+  {
+    if (mouseDragging)
+    {
+      ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
+    }
+  }
+
+  public void mouseExited(MouseEvent evt)
+  {
+    if (mouseDragging)
+    {
+      ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
+    }
+  }
+
+  public void mouseClicked(MouseEvent evt)
+  {}
+
+  public void mouseMoved(MouseEvent evt)
+  {
+    if (!av.hasHiddenColumns)
+    {
+      return;
+    }
+
+    int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
+
+    res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
+
+    reveal = null;
+    for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
+    {
+      int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().
+          elementAt(i);
+      if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
+      {
+        reveal = region;
+        ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
+        this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");
+        break;
+      }
+      else
+      {
+        this.setToolTipText(null);
+      }
+
+    }
+
+    repaint();
+  }
+
+  int[] reveal;
+
+  /**
+   * DOCUMENT ME!
+   *
+   * @param g DOCUMENT ME!
+   */
+  public void paintComponent(Graphics g)
+  {
+    drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());
+  }
+
+  // scalewidth will normally be screenwidth,
+  public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
+                        int height)
+  {
+    Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
+    gg.setFont(av.getFont());
+
+    if (av.antiAlias)
+    {
+      gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
+                          RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
+    }
+
+    //Fill in the background
+    gg.setColor(Color.white);
+    gg.fillRect(0, 0, width, height);
+    gg.setColor(Color.black);
+
+    //Fill the selected columns
+    ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
+    gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
+
+    for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
+    {
+      int sel = cs.columnAt(i);
+      if (av.hasHiddenColumns)
+      {
+        sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
+      }
+
+      if ( (sel >= startx) && (sel <= endx))
+      {
+        gg.fillRect( (sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
+                    getHeight());
+      }
+    }
+
+    // Draw the scale numbers
+    gg.setColor(Color.black);
+
+    int scalestartx = (startx / 10) * 10;
+
+    FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
+    int y = av.charHeight - fm.getDescent();
+
+    if ( (scalestartx % 10) == 0)
+    {
+      scalestartx += 5;
+    }
+
+    String string;
+    int maxX = 0;
+
+    for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
+    {
+      if ( (i % 10) == 0)
+      {
+        string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(
+            i));
+        if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
+        {
+          gg.drawString(string,
+                        (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
+          maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
+        }
+
+        gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +
+                            (av.charWidth / 2)), y + 2,
+                    (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +
+                           (av.charWidth / 2)),
+                    y + (fm.getDescent() * 2));
+
+      }
+      else
+      {
+        gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +
+                            (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),
+                    (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +
+                           (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));
+      }
+    }
+
+    if (av.hasHiddenColumns)
+    {
+      gg.setColor(Color.blue);
+      int res;
+      if (av.getShowHiddenMarkers())
+      {
+        for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();
+             i++)
+        {
+
+          res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -
+              startx;
+
+          if (res < 0 || res > endx - scalestartx)
+          {
+            continue;
+          }
+
+          gg.fillPolygon(new int[]
+                         {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
+                         res * av.charWidth + av.charHeight / 4,
+                         res * av.charWidth},
+                         new int[]
+                         {
+                         y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,
+                         y + 8
+          }, 3);
+
+        }
+      }
+
+      if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
+      {
+        gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);
+      }
+    }
+
+  }
+}