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authorjprocter <Jim Procter>
Wed, 10 Jun 2009 12:02:44 +0000 (12:02 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Wed, 10 Jun 2009 12:02:44 +0000 (12:02 +0000)
src/jalview/bin/Jalview.java

index 423780b..3dd6f75 100755 (executable)
@@ -80,13 +80,13 @@ public class Jalview
                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
-                      + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment."
-                      + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires."
-                      + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check."
+                      + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
+                      + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
+                      + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
-                      + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments."
-                      + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them."
-                      + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)"
+                      + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname \n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
+                      + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
+                      + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed\n\t\t(if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
                       + "\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
       System.exit(0);
     }