javatidy
authorjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 4 Jun 2012 16:27:02 +0000 (17:27 +0100)
committerjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 4 Jun 2012 16:27:02 +0000 (17:27 +0100)
src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

index 029c842..cab166f 100644 (file)
@@ -6,8 +6,6 @@ import jalview.api.AlignViewportI;
 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
-import jalview.datamodel.Annotation;
-import jalview.datamodel.SequenceGroup;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.workers.AlignCalcWorker;
@@ -73,7 +71,7 @@ public abstract class JabawsAlignCalcWorker extends AlignCalcWorker
    * reconfigure and restart the AAConsClient. This method will spawn a new
    * thread that will wait until any current jobs are finished, modify the
    * parameters and restart the conservation calculation with the new values.
-   * 
+   *
    * @param newpreset
    * @param newarguments
    */
@@ -275,6 +273,7 @@ public abstract class JabawsAlignCalcWorker extends AlignCalcWorker
 
   }
 
+  @Override
   public void updateAnnotation()
   {
     updateResultAnnotation(false);
@@ -359,14 +358,14 @@ public abstract class JabawsAlignCalcWorker extends AlignCalcWorker
           seqs.set(p, new compbio.data.sequence.FastaSequence(sq.getId(), new String(padded)));
         }
       }
-      
+
     }
     return seqs;
   }
 
   /**
    * notify manager that we have started, and wait for a free calculation slot
-   * 
+   *
    * @return true if slot is obtained and work still valid, false if another
    *         thread has done our work for us.
    */