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author kjvdheide <kjvanderheide@dundee.ac.uk>

Tue, 3 Oct 2017 12:06:18 +0000 (13:06 +0100)

committer kjvdheide <kjvanderheide@dundee.ac.uk>

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Tue, 3 Oct 2017 12:06:18 +0000 (13:06 +0100)
committer kjvdheide <kjvanderheide@dundee.ac.uk>
Tue, 3 Oct 2017 12:06:18 +0000 (13:06 +0100)
diff --git a/src/com/github/reinert/jjschema/Attributes.java b/src/com/github/reinert/jjschema/Attributes.java

index c3bd6c4..db306fc 100755 (executable)
--- a/src/com/github/reinert/jjschema/Attributes.java
+++ b/src/com/github/reinert/jjschema/Attributes.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Copyright (c) 2014, Danilo Reinert (daniloreinert@growbit.com)
+ * Copyright (c) 2014, 2015, Danilo Reinert (daniloreinert@growbit.com)
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/AmpersandRule.java b/src/com/stevesoft/pat/AmpersandRule.java

index 0496a19..4d7d717 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/AmpersandRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/AmpersandRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Any.java b/src/com/stevesoft/pat/Any.java

index dbaa961..8a0917f 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Any.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Any.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *   
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+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/BackG.java b/src/com/stevesoft/pat/BackG.java

index 166b58c..a5e62fc 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/BackG.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/BackG.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/BackMatch.java b/src/com/stevesoft/pat/BackMatch.java

index 1d7499e..0151601 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/BackMatch.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/BackMatch.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/BackRefRule.java b/src/com/stevesoft/pat/BackRefRule.java

index daacbc1..489a14e 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/BackRefRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/BackRefRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Backup.java b/src/com/stevesoft/pat/Backup.java

index 6602aca..55fde99 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Backup.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Backup.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/BasicStringBufferLike.java b/src/com/stevesoft/pat/BasicStringBufferLike.java

index adb10f1..badaa42 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/BasicStringBufferLike.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/BasicStringBufferLike.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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  package //
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Bits.java b/src/com/stevesoft/pat/Bits.java

index b47f794..e98fa77 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Bits.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Bits.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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  package //
  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Boundary.java b/src/com/stevesoft/pat/Boundary.java

index af79f66..4f9f0ce 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Boundary.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Boundary.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Bracket.java b/src/com/stevesoft/pat/Bracket.java

index adbcded..9f83e8f 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Bracket.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Bracket.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/CaseMgr.java b/src/com/stevesoft/pat/CaseMgr.java

index 393dac9..3cd2391 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/CaseMgr.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/CaseMgr.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/ChangeRule.java b/src/com/stevesoft/pat/ChangeRule.java

index e8ef5df..3daf8a1 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/ChangeRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/ChangeRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/CodeRule.java b/src/com/stevesoft/pat/CodeRule.java

index aa9c4dc..8e2bb8a 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/CodeRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/CodeRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Ctrl.java b/src/com/stevesoft/pat/Ctrl.java

index 07b9d6d..af45deb 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Ctrl.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Ctrl.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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index 3251fa3..09fa8c3 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Custom.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Custom.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/CustomEndpoint.java b/src/com/stevesoft/pat/CustomEndpoint.java

index bf122b7..662347b 100755 (executable)
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/DirFileRegex.java b/src/com/stevesoft/pat/DirFileRegex.java

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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/DotMulti.java b/src/com/stevesoft/pat/DotMulti.java

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+++ b/src/com/stevesoft/pat/DotMulti.java
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+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/End.java b/src/com/stevesoft/pat/End.java

index 06aadda..14483c8 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/End.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/End.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/FastBracket.java b/src/com/stevesoft/pat/FastBracket.java

index af1bc37..4d04cf4 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/FastBracket.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/FastBracket.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/FastMulti.java b/src/com/stevesoft/pat/FastMulti.java

index cad69ee..50fbffe 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/FastMulti.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/FastMulti.java
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/FileRegex.java b/src/com/stevesoft/pat/FileRegex.java

index fa57795..cdc548a 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/FileRegex.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Group.java b/src/com/stevesoft/pat/Group.java

index 22d9f81..b060125 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Group.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Group.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/LeftRule.java b/src/com/stevesoft/pat/LeftRule.java

index c75a0a5..082e5e9 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/LeftRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/LeftRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Multi.java b/src/com/stevesoft/pat/Multi.java

index 7798d12..4997a9b 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Multi.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Multi.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/MultiMin.java b/src/com/stevesoft/pat/MultiMin.java

index 6054e06..5b28e83 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/MultiMin.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/MultiMin.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Multi_stage2.java b/src/com/stevesoft/pat/Multi_stage2.java

index f5a54db..b38ebc3 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Multi_stage2.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Multi_stage2.java
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/NoPattern.java b/src/com/stevesoft/pat/NoPattern.java

index 37d6384..362ab55 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/NoPattern.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/NoPattern.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/NonDirFileRegex.java b/src/com/stevesoft/pat/NonDirFileRegex.java

index 864243c..3307649 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/NonDirFileRegex.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/NonDirFileRegex.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/NotImplementedError.java b/src/com/stevesoft/pat/NotImplementedError.java

index 11ce9eb..0918bbd 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/NotImplementedError.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/NotImplementedError.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/NullPattern.java b/src/com/stevesoft/pat/NullPattern.java

index accd3f1..26b2a6d 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/NullPattern.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/NullPattern.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/NullRule.java b/src/com/stevesoft/pat/NullRule.java

index 7c780e1..3490136 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/NullRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/NullRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Or.java b/src/com/stevesoft/pat/Or.java

index d5ee673..71bf916 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Or.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Or.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/OrMark.java b/src/com/stevesoft/pat/OrMark.java

index ce1ecad..2a24dca 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/OrMark.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/OrMark.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/PartialBuffer.java b/src/com/stevesoft/pat/PartialBuffer.java

index c53d6df..0ff1fa8 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/PartialBuffer.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/PartialBuffer.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Pattern.java b/src/com/stevesoft/pat/Pattern.java

index 1bc74f8..ad0e255 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Pattern.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Pattern.java
@@ -13,7 +13,7 @@ import java.util.Hashtable;
  
  /**
   Shareware: package pat
- <a href="copyright.html">Copyright 2001, Steven R. Brandt</a>
+ <a href="copyright.html">Copyright 2001, 2015, Steven R. Brandt</a>
   */
  /**
   * Class Pattern is the base class on which all the other pattern elements are
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/PatternSub.java b/src/com/stevesoft/pat/PatternSub.java

index d790f4b..0c97869 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/PatternSub.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/PatternSub.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/PopRule.java b/src/com/stevesoft/pat/PopRule.java

index 4a17ab8..b870dac 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/PopRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/PopRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Prop.java b/src/com/stevesoft/pat/Prop.java

index 127e44a..0b62c09 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Prop.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Prop.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  //
  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Pthings.java b/src/com/stevesoft/pat/Pthings.java

index 8de2748..a7a52ba 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Pthings.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Pthings.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  //
  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/PushRule.java b/src/com/stevesoft/pat/PushRule.java

index dd1ac9c..3bc0457 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/PushRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/PushRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RBuffer.java b/src/com/stevesoft/pat/RBuffer.java

index 7970a1a..099d36f 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RBuffer.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RBuffer.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *   
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
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  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Range.java b/src/com/stevesoft/pat/Range.java

index 02c5d3a..98101c7 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Range.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Range.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RegOpt.java b/src/com/stevesoft/pat/RegOpt.java

index 50d799f..5bea193 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RegOpt.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RegOpt.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RegRes.java b/src/com/stevesoft/pat/RegRes.java

index a963a17..25d2efe 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RegRes.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RegRes.java
@@ -9,7 +9,7 @@ package com.stevesoft.pat;
  
  /**
   Shareware: package pat
- <a href="copyright.html">Copyright 2001, Steven R. Brandt</a>
+ <a href="copyright.html">Copyright 2001, 2015, Steven R. Brandt</a>
   */
  /**
   * This class is used to store a result from Regex
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RegSyntax.java b/src/com/stevesoft/pat/RegSyntax.java

index 635dc4c..c606a48 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RegSyntax.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RegSyntax.java
@@ -9,7 +9,7 @@ package com.stevesoft.pat;
  
  /*
   Shareware: package pat
- <a href="copyright.html">Copyright 2001, Steven R. Brandt</a>
+ <a href="copyright.html">Copyright 2001, 2008, Steven R. Brandt</a>
   */
  /**
   * This type of syntax error is thrown whenever a syntax error is encountered in
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RegSyntaxError.java b/src/com/stevesoft/pat/RegSyntaxError.java

index 1e56122..40eb197 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RegSyntaxError.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RegSyntaxError.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Regex.java b/src/com/stevesoft/pat/Regex.java

index c00ddad..cee80b1 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Regex.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Regex.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RegexReader.java b/src/com/stevesoft/pat/RegexReader.java

index 837821e..9a4ce38 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RegexReader.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RegexReader.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RegexTokenizer.java b/src/com/stevesoft/pat/RegexTokenizer.java

index 31fa2ba..84c8626 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RegexTokenizer.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RegexTokenizer.java
@@ -12,7 +12,7 @@ import java.util.Vector;
  
  /**
   Shareware: package pat
- <a href="copyright.html">Copyright 2001, Steven R. Brandt</a>
+ <a href="copyright.html">Copyright 2001, 2015, Steven R. Brandt</a>
   */
  /**
   * The RegexTokenizer is similar to the StringTokenizer class provided with
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RegexWriter.java b/src/com/stevesoft/pat/RegexWriter.java

index 57e2170..92d7469 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RegexWriter.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RegexWriter.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/ReplaceRule.java b/src/com/stevesoft/pat/ReplaceRule.java

index 74a7a25..91e6617 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/ReplaceRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/ReplaceRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  //
  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Replacer.java b/src/com/stevesoft/pat/Replacer.java

index 6eaf5f6..11e4da4 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Replacer.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Replacer.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *   
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  //
  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RightRule.java b/src/com/stevesoft/pat/RightRule.java

index cddcb4a..da56c39 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RightRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RightRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Rthings.java b/src/com/stevesoft/pat/Rthings.java

index 58afe8e..016309e 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Rthings.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Rthings.java
@@ -9,7 +9,7 @@ package com.stevesoft.pat;
  
  /**
   Shareware: package pat
- <a href="copyright.html">Copyright 2001, Steven R. Brandt</a>
+ <a href="copyright.html">Copyright 2001, 2008, Steven R. Brandt</a>
   */
  /**
   * This class only exists to store data needed during the compilation of a
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RuleHolder.java b/src/com/stevesoft/pat/RuleHolder.java

index 8b50149..f14fff0 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/RuleHolder.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/RuleHolder.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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+ *******************************************************************************/
  //
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Skip.java b/src/com/stevesoft/pat/Skip.java

index f04653e..bb51934 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Skip.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Skip.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Skip2.java b/src/com/stevesoft/pat/Skip2.java

index 5f6bb5a..f25e1b3 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Skip2.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Skip2.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/SkipBMH.java b/src/com/stevesoft/pat/SkipBMH.java

index 8257548..fa6f21b 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/SkipBMH.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/SkipBMH.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Skipped.java b/src/com/stevesoft/pat/Skipped.java

index 2d20845..c4baa2e 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Skipped.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Skipped.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/SpecialRule.java b/src/com/stevesoft/pat/SpecialRule.java

index 2a249a2..ff94e78 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/SpecialRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/SpecialRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Start.java b/src/com/stevesoft/pat/Start.java

index 6cc0ce4..f8f3a8b 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Start.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Start.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/StrPos.java b/src/com/stevesoft/pat/StrPos.java

index 1f08e31..01470fd 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/StrPos.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/StrPos.java
@@ -9,7 +9,7 @@ package com.stevesoft.pat;
  
  /**
   Shareware: package pat
- <a href="copyright.html">Copyright 2001, Steven R. Brandt</a>
+ <a href="copyright.html">Copyright 2001, 2008, Steven R. Brandt</a>
   */
  /**
   * StrPos is used internally by regex to parse the regular expression.
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/StringBufferLike.java b/src/com/stevesoft/pat/StringBufferLike.java

index d125758..05581f7 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/StringBufferLike.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/StringBufferLike.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package //
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/StringLike.java b/src/com/stevesoft/pat/StringLike.java

index fa01fe6..4e4ca6d 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/StringLike.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/StringLike.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package //
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/StringRule.java b/src/com/stevesoft/pat/StringRule.java

index 10557d8..289a7b0 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/StringRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/StringRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/SubMark.java b/src/com/stevesoft/pat/SubMark.java

index 245fa6c..49c2330 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/SubMark.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/SubMark.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/TransPat.java b/src/com/stevesoft/pat/TransPat.java

index b9a0989..6ac7eb9 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/TransPat.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/TransPat.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Transformer.java b/src/com/stevesoft/pat/Transformer.java

index 901a92d..c914e99 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Transformer.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Transformer.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/UniValidator.java b/src/com/stevesoft/pat/UniValidator.java

index 31ae272..bcb716e 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/UniValidator.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/UniValidator.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/Validator.java b/src/com/stevesoft/pat/Validator.java

index dbedca5..0e17efc 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/Validator.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/Validator.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  //
  // This software is now distributed according to
  // the Lesser Gnu Public License.  Please see
diff --git a/src/com/stevesoft/pat/WantMoreTextReplaceRule.java b/src/com/stevesoft/pat/WantMoreTextReplaceRule.java

index 6c0ddeb..1642db2 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/WantMoreTextReplaceRule.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/WantMoreTextReplaceRule.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/lookAhead.java b/src/com/stevesoft/pat/lookAhead.java

index 5f2a1d0..87d6aca 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/lookAhead.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/lookAhead.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/oneChar.java b/src/com/stevesoft/pat/oneChar.java

index b13c64d..23d4daa 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/oneChar.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/oneChar.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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index 0d1f14e..efd7e84 100755 (executable)
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@@ -1,3 +1,23 @@
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index cbdbf9e..6f9eb75 100755 (executable)
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+/*******************************************************************************
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+ *
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index df0d028..f5249b2 100755 (executable)
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/wrap/CharArrayBufferWrap.java b/src/com/stevesoft/pat/wrap/CharArrayBufferWrap.java

index 2735f12..16e284c 100755 (executable)
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  package //
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/wrap/CharArrayWrap.java b/src/com/stevesoft/pat/wrap/CharArrayWrap.java

index 5fa0fb0..3bb7e4d 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/wrap/CharArrayWrap.java
+++ b/src/com/stevesoft/pat/wrap/CharArrayWrap.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ *
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/wrap/RandomAccessFileWrap.java b/src/com/stevesoft/pat/wrap/RandomAccessFileWrap.java

index 66a1014..880fc18 100755 (executable)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/wrap/StringBufferWrap.java b/src/com/stevesoft/pat/wrap/StringBufferWrap.java

index 29ec042..efac926 100755 (executable)
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+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/wrap/StringWrap.java b/src/com/stevesoft/pat/wrap/StringWrap.java

index 8396dd9..1367279 100755 (executable)
--- a/src/com/stevesoft/pat/wrap/StringWrap.java
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  //
  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/com/stevesoft/pat/wrap/WriterWrap.java b/src/com/stevesoft/pat/wrap/WriterWrap.java

index 189b0f2..a4c82e1 100755 (executable)
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+++ b/src/com/stevesoft/pat/wrap/WriterWrap.java
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+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ *   
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  // This software is now distributed according to
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diff --git a/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimUtils.java b/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimUtils.java

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@@ -1,6 +1,6 @@
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  /**
- * Copyright (c) 2006 The Regents of the University of California.
+ * Copyright (c) 2006, 2016 The Regents of the University of California.
   * All rights reserved.
   *
   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
diff --git a/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraChain.java b/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraChain.java

index 9a29a99..28e0390 100644 (file)
--- a/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraChain.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
  /* vim: set ts=2: */
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- * Copyright (c) 2006 The Regents of the University of California.
+ * Copyright (c) 2006, 2015 The Regents of the University of California.
   * All rights reserved.
   *
   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
diff --git a/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraManager.java b/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraManager.java

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- * Copyright (c) 2006 The Regents of the University of California.
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   * All rights reserved.
   *
   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
diff --git a/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraModel.java b/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraModel.java

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   *
   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
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   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
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  /**
- * Copyright (c) 2006 The Regents of the University of California.
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   * All rights reserved.
   *
   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
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index 9ecc6a7..2e27ac0 100644 (file)
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- * Copyright (c) 2006 The Regents of the University of California.
+ * Copyright (c) 2006, 2015 The Regents of the University of California.
   * All rights reserved.
   *
   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
diff --git a/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/StructureManager.java b/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/StructureManager.java

index effe556..5b87026 100644 (file)
--- a/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/StructureManager.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
  /* vim: set ts=2: */
  /**
- * Copyright (c) 2006 The Regents of the University of California.
+ * Copyright (c) 2006, 2016 The Regents of the University of California.
   * All rights reserved.
   *
   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
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@@ -1,6 +1,6 @@
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  /**
- * Copyright (c) 2006 The Regents of the University of California.
+ * Copyright (c) 2006, 2016 The Regents of the University of California.
   * All rights reserved.
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diff --git a/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/port/ListenerThreads.java b/src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/port/ListenerThreads.java

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@@ -1,6 +1,6 @@
  /* vim: set ts=2: */
  /**
- * Copyright (c) 2006 The Regents of the University of California.
+ * Copyright (c) 2006, 2016 The Regents of the University of California.
   * All rights reserved.
   *
   * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
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index 9020ce2..68b7512 100644 (file)
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
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index 6709487..671a1cc 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/jalview/binding/Pdbentry.java b/src/jalview/binding/Pdbentry.java

index 77bb446..4da0035 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Pdbentry.java
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java b/src/jalview/binding/PdbentryItem.java

index 30a0512..cc87eb8 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
+++ b/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
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diff --git a/src/jalview/binding/Pdbids.java b/src/jalview/binding/Pdbids.java

index 79cae6c..e8b26f8 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Pdbids.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbids.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/binding/Property.java b/src/jalview/binding/Property.java

index 5823fed..f39ea14 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Property.java
+++ b/src/jalview/binding/Property.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/jalview/binding/Sequence.java b/src/jalview/binding/Sequence.java

index 845f224..bcdd574 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Sequence.java
+++ b/src/jalview/binding/Sequence.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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diff --git a/src/jalview/binding/SequenceSet.java b/src/jalview/binding/SequenceSet.java

index 3d81bae..acf9947 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceSet.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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diff --git a/src/jalview/binding/SequenceType.java b/src/jalview/binding/SequenceType.java

index 7f10bca..3855336 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/binding/Setting.java b/src/jalview/binding/Setting.java

index d098303..8c534a2 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Setting.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/binding/Tree.java b/src/jalview/binding/Tree.java

index 7005c93..4539ad3 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Tree.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ *
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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diff --git a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java

index e1a1a2f..ffb668d 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/binding/UserColours.java b/src/jalview/binding/UserColours.java

index 9dbcc9e..71e1aef 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/UserColours.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColours.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/binding/VAMSAS.java b/src/jalview/binding/VAMSAS.java

index b5a32da..dc4837c 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/binding/VAMSAS.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/binding/VamsasModel.java b/src/jalview/binding/VamsasModel.java

index d3c90cf..3d52b40 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/binding/VamsasModel.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/binding/Viewport.java b/src/jalview/binding/Viewport.java

index 183e048..1adaaed 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Viewport.java
+++ b/src/jalview/binding/Viewport.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/datamodel/ContiguousI.java b/src/jalview/datamodel/ContiguousI.java

index f2ae4b7..07a5cb5 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/ContiguousI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/ContiguousI.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel;
  
  public interface ContiguousI
diff --git a/src/jalview/datamodel/Range.java b/src/jalview/datamodel/Range.java

index 7886713..fa43199 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/Range.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Range.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel;
  
  /**
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceCursor.java b/src/jalview/datamodel/SequenceCursor.java

index b5929bf..70188d9 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceCursor.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceCursor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel;
  
  /**
diff --git a/src/jalview/datamodel/features/FeatureLocationI.java b/src/jalview/datamodel/features/FeatureLocationI.java

index e651c13..0b33b61 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/features/FeatureLocationI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/features/FeatureLocationI.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel.features;
  
  import jalview.datamodel.ContiguousI;
diff --git a/src/jalview/datamodel/features/FeatureStore.java b/src/jalview/datamodel/features/FeatureStore.java

index 51bee57..e32345d 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/features/FeatureStore.java
+++ b/src/jalview/datamodel/features/FeatureStore.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel.features;
  
  import jalview.datamodel.ContiguousI;
diff --git a/src/jalview/datamodel/features/NCList.java b/src/jalview/datamodel/features/NCList.java

index b8160d3..ebc1908 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/features/NCList.java
+++ b/src/jalview/datamodel/features/NCList.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel.features;
  
  import jalview.datamodel.ContiguousI;
diff --git a/src/jalview/datamodel/features/NCNode.java b/src/jalview/datamodel/features/NCNode.java

index 007f3b1..55c1571 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/features/NCNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/features/NCNode.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel.features;
  
  import jalview.datamodel.ContiguousI;
diff --git a/src/jalview/datamodel/features/RangeComparator.java b/src/jalview/datamodel/features/RangeComparator.java

index 26ffee1..8a27136 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/features/RangeComparator.java
+++ b/src/jalview/datamodel/features/RangeComparator.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel.features;
  
  import jalview.datamodel.ContiguousI;
diff --git a/src/jalview/datamodel/features/SequenceFeatures.java b/src/jalview/datamodel/features/SequenceFeatures.java

index 8d5ba58..67085ef 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/features/SequenceFeatures.java
+++ b/src/jalview/datamodel/features/SequenceFeatures.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel.features;
  
  import jalview.datamodel.ContiguousI;
diff --git a/src/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesI.java b/src/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesI.java

index 58beca2..befc292 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesI.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel.features;
  
  import jalview.datamodel.SequenceFeature;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java b/src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java

index 4a359ff..b58dc29 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.datamodel.xdb.uniprot;
  
  /**
diff --git a/src/jalview/ext/android/ContainerHelpers.java b/src/jalview/ext/android/ContainerHelpers.java

index 26bd142..2acfa0f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/android/ContainerHelpers.java
+++ b/src/jalview/ext/android/ContainerHelpers.java
@@ -1,7 +1,7 @@
  package jalview.ext.android;
  
  /*
- * Copyright (C) 2013 The Android Open Source Project
+ * Copyright (C) 2013, 2017 The Android Open Source Project
   *
   * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
   * you may not use this file except in compliance with the License.
diff --git a/src/jalview/ext/android/SparseDoubleArray.java b/src/jalview/ext/android/SparseDoubleArray.java

index eaf059c..79c3849 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/android/SparseDoubleArray.java
+++ b/src/jalview/ext/android/SparseDoubleArray.java
@@ -1,7 +1,7 @@
  package jalview.ext.android;
  
  /*
- * Copyright (C) 2006 The Android Open Source Project
+ * Copyright (C) 2006, 2017 The Android Open Source Project
   *
   * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
   * you may not use this file except in compliance with the License.
diff --git a/src/jalview/ext/android/SparseIntArray.java b/src/jalview/ext/android/SparseIntArray.java

index fcd4f1f..58d75db 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/android/SparseIntArray.java
+++ b/src/jalview/ext/android/SparseIntArray.java
@@ -1,7 +1,7 @@
  package jalview.ext.android;
  
  /*
- * Copyright (C) 2006 The Android Open Source Project
+ * Copyright (C) 2006, 2016 The Android Open Source Project
   *
   * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
   * you may not use this file except in compliance with the License.
diff --git a/src/jalview/ext/android/SparseShortArray.java b/src/jalview/ext/android/SparseShortArray.java

index f961f55..cccf131 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/android/SparseShortArray.java
+++ b/src/jalview/ext/android/SparseShortArray.java
@@ -1,7 +1,7 @@
  package jalview.ext.android;
  
  /*
- * Copyright (C) 2006 The Android Open Source Project
+ * Copyright (C) 2006, 2016 The Android Open Source Project
   *
   * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
   * you may not use this file except in compliance with the License.
diff --git a/src/jalview/ext/archaeopteryx/AlignmentToTreeViewerI.java b/src/jalview/ext/archaeopteryx/AlignmentToTreeViewerI.java

index 85ee750..4a667d7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/archaeopteryx/AlignmentToTreeViewerI.java
+++ b/src/jalview/ext/archaeopteryx/AlignmentToTreeViewerI.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.ext.archaeopteryx;
  
  
diff --git a/src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java b/src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java

index 5089112..8fdf83a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java
+++ b/src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.ext.archaeopteryx;
  
  import jalview.analysis.TreeModel;
diff --git a/src/jalview/ext/archaeopteryx/TreeViewerBindingI.java b/src/jalview/ext/archaeopteryx/TreeViewerBindingI.java

index 4bb0ff2..50307fd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/archaeopteryx/TreeViewerBindingI.java
+++ b/src/jalview/ext/archaeopteryx/TreeViewerBindingI.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.ext.archaeopteryx;
  
  interface TreeViewerBindingI
diff --git a/src/jalview/jbgui/GStructureChooser.java b/src/jalview/jbgui/GStructureChooser.java

index 7c4672a..307dd5d 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GStructureChooser.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GStructureChooser.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Copyright (C) 2014, 2017 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
   * 
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java

index e2522a1..e534c38 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

index 3bd1cbb..63ea943 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java

index 218e07e..d6a8ff2 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *   
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

index 2fead37..30dfaa1 100644 (file)
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+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java

index 2f76e76..5a12635 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java

index 350ebce..79b5934 100644 (file)
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java

index 2a765ea..7953187 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java b/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java

index 57d6986..bc0dd8c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java

index 9d5a916..6cc2d55 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java

index 85997ff..97bfe0d 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java

index 9e484d5..dfb9791 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java

index fa75e76..b4f285d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java

index 5d17512..f7b7803 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java

index ec1af95..9ec543c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
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   * This class was automatically generated with 
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java

index beac4e0..b09a223 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ *   
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

index 962569f..e4c209f 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java

index c13ef64..344dd74 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

index c7c02c5..c3f8182 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java

index 042f092..d06e314 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java

index 67bf1dc..9616a1f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java

index e59baf8..bf02de6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java

index cfb0752..dfd0a1d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java

index 9d71e1d..a97507d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java

index e50efa7..bc8a6f3 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java

index fb6b276..0a1db7d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java

index 65de364..8a3f22b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java

index 5554b49..49051d2 100644 (file)
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+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java

index 978df5b..f3c1ef4 100644 (file)
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+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java

index dbf96bf..d9cdd63 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/RnaViewer.java b/src/jalview/schemabinding/version2/RnaViewer.java

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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SecondaryStructure.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SecondaryStructure.java

index eb88fc4..e9db604 100644 (file)
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+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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index 531ca66..6074bed 100644 (file)
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java

index 8be8022..372fe86 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java

index 3a7d172..fcf088a 100644 (file)
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+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java

index f213ebb..3b1b75f 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java

index c458971..9dcf68f 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java

index 186e4e6..97637a2 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java

index d70d855..5f8c6b0 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

index 19b3eb1..a490822 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java

index e4983bd..bb6eeab 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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index b02d0cd..9c3d4b2 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java

index d025824..b41cbb3 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java

index d3fe796..1db8440 100644 (file)
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+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

index 159f7ae..04fcbb3 100644 (file)
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+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java

index 72d2f82..3dc2124 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java

index 1447978..9814071 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java

index c1a0eab..aafcfc6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java

index 919941e..d811719 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java

index 804b49e..0ad3071 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java

index 5739d90..17c9b9a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

index e2331f4..649c327 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java

index 4416bbf..78aedfc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java

index 6dbea24..bd93afe 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java

index 8b1ae9e..d93d6a1 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java

index e896d7a..af82d7c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java

index 64ed3a5..92771b7 100644 (file)
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+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java

index 44bc256..22ca537 100644 (file)
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+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java

index 107c06d..dcea8f7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java

index 7aa6203..ab8e8a5 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java

index a5607b7..9c2e24d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

index 620432f..56a1256 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

index 28f23b2..ba44939 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java

index f400c2c..4c2becd 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

index e8c4ef4..c4b159d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java

index d65de13..bdf161d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java

index 529f477..424125f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java

index bed082a..3e70435 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java

index fc24a78..fd65a9a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java

index ae460af..16d1096 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java

index fab0d2e..19c5983 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java

index f582311..492028b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java

index f19703a..471571d 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java

index 4e2fc87..2c52e06 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java

index 584607d..4c3abf7 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java

index 60d09b4..73d836e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/RnaViewerDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/RnaViewerDescriptor.java

index 3344050..808ba65 100644 (file)
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+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/RnaViewerDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SecondaryStructureDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SecondaryStructureDescriptor.java

index c1e46b8..afbc162 100644 (file)
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+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SecondaryStructureDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java

index 2303e1b..60a541b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java

index cd74c6e..8d95d6b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java

index 409abdd..3bd5e22 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java

index 3ee3fa9..9907a1d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java

index 4703f46..5c0cf4a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java

index 16d091b..926923e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
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@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java

index 8a863d8..f4389e1 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

index 8e675f3..455319f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java

index df9ab07..303c0d3 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java

index 53dfde4..8c746c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

index e3470ee..45ac788 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java

index 3e26611..7a91577 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java

index 1df3988..4de5162 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  /*
   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java

index beb5b50..43b600b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
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   * This class was automatically generated with 
   * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
diff --git a/src/jalview/util/IntRangeComparator.java b/src/jalview/util/IntRangeComparator.java

index cb32a0e..40d066f 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/IntRangeComparator.java
+++ b/src/jalview/util/IntRangeComparator.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ *******************************************************************************/
  package jalview.util;
  
  import java.util.Comparator;
diff --git a/src/jalview/xml/binding/sifts/Alignment.java b/src/jalview/xml/binding/sifts/Alignment.java

index 650ea19..54232b0 100644 (file)
--- a/src/jalview/xml/binding/sifts/Alignment.java
+++ b/src/jalview/xml/binding/sifts/Alignment.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*******************************************************************************
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
+ *
+ * This file is part of Jalview.
+ *  
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *   
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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index f74da5a..610b75d 100644 (file)
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index 7429059..32e3cff 100644 (file)
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index 7b74e13..0c0ffcf 100644 (file)
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author	kjvdheide <kjvanderheide@dundee.ac.uk>
	Tue, 3 Oct 2017 12:06:18 +0000 (13:06 +0100)
committer	kjvdheide <kjvanderheide@dundee.ac.uk>
	Tue, 3 Oct 2017 12:06:18 +0000 (13:06 +0100)
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